沈阳市人类免疫缺陷病毒的基因序列分析

从10份沈阳地区人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)血浆标本中提取核糖核酸(RNA),经逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)和套式聚合酶链反应(nest-PCR)扩增HIV-1的p17与p24交界部分的基因片断并进行测序.将所测序列与各亚型国际参考株及亚洲流行参考序列进行比对,确定被检标本的亚型,并进行基因序列分析.同时将所得亚型结果与经过亚型特异性引物的复合套氏PCR鉴定基因亚型的方法所获结果进行比较.结果表明,10份HIV-1病毒株分属B'、CRF07-BC和CRF01-AE 3种基因亚型.本文所研究样本的p17区段的ks/ka值小于1,而p24区段的ks/ka值大于1;p24部分的基因同源性高于p17部分,即我国HIV-1 B'、CRF07-BC和CRF01-AE 3种亚型毒株的p17区段的基因变异较大,而p24区段相对较为保守.提示上述3种亚型HIV-1病毒株的p24区段更适合于HIV-1疫苗的研制.     

河南郑州市男男同性恋HIV-1感染者gag区基因亚型分析

为了解河南郑州市男男同性恋人群HIV-1流行株的亚型分布情况,运用反转录及套式PCR方法从40例已经被确认为HIV-1阳性的MSM的全血样本中扩增gag全长基因并进行序列测定,应用BioEdit软件对序列进行校对编辑,利用MEGA3.1软件构件系统进化树,同时使用美国Los Alamos国家实验室HIV核酸序列库和美国NCBI提供的在线分析工具进行比对分析,确定基因亚型。结果成功获得24条gag基因序列,亚型分析结果显示,共存在B、CRF01-AE和CRF07-BC三种亚型,其中B亚型8例（33.33﹪）,CRF01-AE亚型10例（41.67﹪）,CRF07-BC亚型6例（25﹪）。小样本量的流行病学调查显示,河南郑州市同性恋人群中主要存在B,CRF01-AE和CRF07-BC三种亚型,CRF01-AE已成为河南郑州市MSM人群中HIV主要流行亚型,河南地区重组型毒株逐渐占优势,流行情况更加复杂。     

CRF01-AE亚型人类免疫缺陷病毒的基因序列特征研究

从确诊的HIV-1感染者的全血样本中提取基因组DNA,经套式聚合酶链反应(PCR)扩增其gag蛋白P17/P24交界区基因片断后,将扩增产物进行纯化和测序,分析其氨基酸序列。进而了解所检出的病毒基因变异和分子流行病学特征。结果发现,HIV-1 CRF01-AE亚型病毒分别与3株不同来源的国际参考毒株具有紧密的亲缘关系,表明这些毒株可能分别由不同的传播路线进入我国大陆境内。     

新余市CRF01-AE亚型人类免疫缺陷病毒的分子流行病学及其抗病毒治疗的研究

为了分析新余市HIV-1 CRF01-AE亚型的变异特征,了解其流行特性和最适抗逆转录病毒治疗方案,提高疗效,本文通过提取HIV毒株的RNA,巢式PCR扩增其env基因,产物经纯化测序,获得序列;对达到抗病毒治疗标准的HIV感染者,用不同治疗方案治疗至少6个月,并每隔3个月进行CD4+T淋巴细胞计数,获得治疗方案与疗效的关系。结果发现,经异性性接触感染的CRF01-AE亚型毒株间基因距离较大(0~47.4%),分为两大支,而同性性接触感染株较集中,基因距离小(0~2.6%);CRF01-AE亚型感染者合并乙肝、丙肝和梅毒感染率较高(56.3%);该型感染者经不同抗病毒治疗方案短期治疗后,CD4+T淋巴细胞水平都逐渐上升,但上升水平差异显著(p0.05)。可见,HIV-1 CRF01-AE亚型毒株在传播过程中产生了各自的变异特征,且在新余市成为优势株而不断扩散,其感染者合并其它病毒感染率高,机会性感染大。HIV-1 CRF01-AE亚型毒株对治疗方案具有选择性,临床尽量选择最佳治疗方案,少用方案AZT+NVP+3TC,以提高疗效,降低机会感染率。     

B′亚型人类免疫缺陷病毒的基因序列分析

目的 研究沈阳市人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）B′亚型毒株抗原表位的变异特征。方法 从确诊的HIV-1感染者的全血样本中提取基因组DNA,经套式聚合酶链反应（PCR）扩增、产物纯化和测序分析后,将所得病毒核苷酸序列翻译成蛋白质的氨基酸序列,比较和分析我国人群中较常见的HLA型别限制的CTL表位的突变情况。结果 在HIV-1 gag蛋白P24编码区,有4个抗原表位相当保守,且P17部分的抗原表位的变异率高于P24部分。结论 HIV-1 B′亚型毒株P24部分的4个抗原表位适合于抗原表位疫苗的研制。     

柳州和南宁HIV-1亚型分布及耐药情况调查

为了解柳州和南宁两市HIV-1亚型分布和耐药情况,在柳州和南宁招募HIV感染者和AIDS患者共304名,采集外周静脉血,从血浆中提取HIVRNA,扩增HIVpol基因并测序。将获得的序列进行系统进化树分析,结果表明柳州的HIV-1毒株中存在CRF01_AE和CRF07_BC两种亚型,其中CRF01_AE毒株占75.2%,CRF07_BC毒株占24.8%;南宁的HIV-1毒株中存在CRF01_AE、CRF08_BC、B亚型和C亚型共4种亚型,其中CRF01_AE和CRF08_BC仍是南宁最主要的亚型,CRF01_AE占85.8%,CRF08_BC占11.5%。根据所得的序列资料进行HIV-1耐药性分析,计算耐药率。计算结果表明,柳州未治疗和治疗研究对象的耐药率分别为3.3%和8.7%,南宁未治疗和治疗研究对象的耐药率分别为1.4%和27.5%。     

B'亚型人类免疫缺陷病毒的基因序列分析

目的研究沈阳市人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)B'亚型毒株抗原表位的变异特征.方法从确诊的HIV-1感染者的全血样本中提取基因组DNA,经套式聚合酶链反应(PCR)扩增、产物纯化和测序分析后,将所得病毒核苷酸序列翻译成蛋白质的氨基酸序列,比较和分析我国人群中较常见的HLA型别限制的CTL表位的突变情况.结果在HIV-1 gag蛋白P24编码区,有4个抗原表位相当保守,且P17部分的抗原表位的变异率高于P24部分.结论 HIV-1 B'亚型毒株P24部分的4个抗原表位适合于抗原表位疫苗的研制.     

HIV-1抗体阳性血浆中HIV-1病毒基因分型研究

为了解HIV抗体阳性血浆中的HIV-1病毒基因亚型的情况,应用逆转录PCR和DNA序列测定技术,对6份获自高危人群的抗HIV-1阳性血浆进行序列分析和基因亚型分型的研究,结果表明均属HIV-1B亚型.V3环氨基酸序列分析指出这些HIV-1B亚型病毒株与泰国HIV-1B亚型病毒株核苷酸和氨基酸序列相似;同时发现HIV-1 cDNA和氨基酸序列均相同,推测这6份标本可能来自同时感染同一株HIV病毒的感染者.本研究对了解高危人群中HIV-1流行的遗传变异和HIV-1亚型病毒株的分子流行病分析具有一定的意义.     

2020年银川市HIV-1感染者基因亚型及耐药分析

为了解银川市接受抗病毒治疗的HIV-1感染者基因亚型和耐药突变特征。收集2020年银川市接受抗病毒治疗的HIV-1感染者血样,其中病毒载量大于400拷贝/mL的样本进行基因型耐药检测,通过巢式聚合酶链反应（PCR）扩增HIV-1 pol基因区片段并测序,对所得序列进行基因分型和耐药突变分析。收集642例血浆样本,50例病毒载量大于400拷贝/mL,基因型耐药检测后获得29例pol区基因序列。17例耐药,3例潜在耐药,总体耐药率为2.65%(17/642)。CRF07＿BC和CRF01＿AE是耐药株的主要基因亚型。NRTIs类耐药突变中,M184V/I(31.03%)突变发生率最高,其次为K65R(17.24%)。3TC、FTC和ABC耐药发生率最高,均为37.93%(11/29)。NNRTIs类耐药突变中,G190A/S/E、V179D/DE/E突变发生率最高,均为24.14%;K103N/KN(17.24%)次之。EFV和NVP耐药发生率最高,均为58.62%(17/29)。2020年银川市新型重组亚型增加,首次检出CRF79＿0107。总体耐药率处于低水平,以NNRTIs耐药为主,...     

上海地区人类免疫缺陷病毒1型感染/艾滋病患者病毒耐药基因突变及亚型分布

目的 研究上海地区人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)感染／艾滋病(AIDS)患者中HIV-1耐药株出现的情况及亚型分布。方法 对33例HIV-1感染／AIDS患者的血浆HIV-1分离株,进行抗HIV-1药物(核苷类反转录酶抑制剂、非核苷类反转录酶抑制剂和蛋白酶抑制剂)的基因型耐药检测和亚型分析。结果 33例的HIV-1均未检出对PI的耐药突变;10例高效抗反转录病毒疗法(HAART)治疗失败或抑制病毒复制不完全者中,检出的耐药突变为70％,过渡型耐药突变为20％;23例未经抗HIV-1治疗者中,耐药突变为4．3％,过渡型耐药突变为13％。所有过渡型耐药突变均为T215S。15例经血制品传播的HIV- 1均为B亚型;18例经吸毒和性传播的HIV-1中,B和CRF01-AE亚型分别为39％,和33％,此外,还有C、D、G、K和CRF02-AG亚型。结论 上海地区HIV-1感染／AIDS患者中,HAART治疗失败或复制抑制不完全者HIV-1的NRTI和NNRTI耐药突变率高;吸毒和性传播者的HIV-1中,除主要为B和CRF01-AE亚型外,尚有其他少见的亚型。     

Unprecedented degree of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) group M genetic diversity in the Democratic Republic of Congo suggests that the HIV-1 pandemic originated in Central Africa

The purpose of this study was to document the genetic diversity of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) in the Democratic Republic of Congo (DRC; formerly Zaire). A total of 247 HIV-1-positive samples, collected during an epidemiologic survey conducted in 1997 in three regions (Kinshasa [the capital], Bwamanda [in the north], and Mbuyi-Maya [in the south]), were genetically characterized in the env V3-V5 region. All known subtypes were found to cocirculate, and for 6% of the samples the subtype could not be identified. Subtype A is predominant, with prevalences decreasing from north to south (69% in the north, 53% in the capital city, and 46% in the south). Subtype C, D, G, and H prevalences range from 7 to 9%, whereas subtype F, J, K, and CRF01-AE strains represent 2 to 4% of the samples; only one subtype B strain was identified. The highest prevalence (25%) of subtype C was in the south, and CRF01-AE was seen mainly in the north. The high intersubtype variability among the V3-V5 sequences is the most probable reason for the low (45%) efficiency of subtype A-specific PCR and HMA (heteroduplex mobility assay). Eighteen (29%) of 62 samples had discordant subtype designations between env and gag. Sequence analysis of the entire envelope from 13 samples confirmed the high degree of diversity and complexity of HIV-1 strains in the DRC; 9 had a complex recombinant structure in gp160, involving fragments of known and unknown subtypes. Interestingly, the unknown fragments from the different strains did not cluster together. Overall, the high number of HIV-1 subtypes cocirculating, the high intrasubtype diversity, and the high numbers of possible recombinant viruses as well as different unclassified strains are all in agreement with an old and mature epidemic in the DRC, suggesting that this region is the epicenter of HIV-1 group M.     

海南省及云南西双版纳州HIV-1的分子流行病学比较研究

目的调查比较HIV-1在海南省及云南西双版纳州的流行情况及分子流行病学分析高危因素传播的情况以及传播链的鉴定。方法我们与海南省CDC及西双版纳州CDC合作在其境内开展了HIV血清学调查,筛查了海南省（1991～2006）及西双版纳州（1996～2005）高危人群志愿者血清样本。在本次两地调查中,我们通过系统进化分析方法,对已诊断的HIV感染者进行分子流行病学的追踪,来分析其中的主要流行亚群以及结合个案追踪进行传播链的鉴定。结果我们共筛查了海南省499725人,共检出HIV阳性感染者523例（0.1%）,以注射器吸毒感染为主要传播途径（经共用注射器吸毒感染占69．2％、经性接触传播占19．3％、供血和使用血液／血液制品感染占3．3％、母婴传播占0．8％、不详占7．7％）。然而,在西双版纳州筛查中发现了较海南省高20倍的检出率：在25390受检人中,共检出HIV阳性感染者501例（2％）并以异性性传播为主（经异性性接触传播占77．3％、经共用注射器吸毒感染占21．1％、经同性性接触传播占0．4％、母婴传播占1．2％）。在海南省抽样的83人中,以CRF01_-AE重组亚型（70人,84．3％）为主要病毒亚型,其他病毒亚型包括B’亚型（8人）、C亚型（2人）、CRF08_BC重组亚型（1人）、B亚型（1人）和1个未报道过的CRF01～AE／B’重组亚型。同样,在版纳抽样的44人中,也以CRF01_AE重组亚型（27人,61．3％）为主要病毒亚型,其他病毒亚型包括CRF08_BC重组亚型（15人）、G亚型（1人）、和1个未报道过的B／C重组亚型。在海南省抽样中有66人（79．5％）分布于4个大小不同的传播群,传播群1（59人）较大（奠基效应）,属于CRF01_AE重组亚型,传播群2、3、4则较小,分别为3、2、2人,分别属于CRF01_AE重组亚型、C亚型和B’亚型。相反,在版纳抽样中有18人（40．9％）分布于8个较小的传播群（每群平均含2．25感染个体）。在海南省抽样中怀疑的6对异性性接触的传播链中,经系统进化分析方法确认了其中的4对,2对被拒绝。在版纳抽样中怀疑的8对异性性接触的传播链中,经系统进化分析方法确认了其中的5对,2对被拒绝,1对无法分析,此外还新发现了3对异性性接触传播群。结论HIV-1感染者的分子流行病学的追踪和分析对于追溯艾滋病流行的源头和地区性预防策略的制定有着重大的意义。     

HIV-1 Diversity,Drug-Resistant Mutations,and Viral Evolution among High-Risk Individuals in Phase II HIV Vaccine Trial Sites in Southern China

HIV-1 prevalence in Guangxi, China, has been growing since 1996, when the first case was reported. Over half of HIV-1 positive patients in Guangxi Province were injecting drug users (IDUs), possibly because of the province’s location near drug-trafficking routes. Since a phase II HIV vaccine trial is ongoing there, a current characterization of the subtypes of HIV-1 among IDUs in Guangxi would provide critical information for future HIV vaccine trials, as well as further control and prevention of HIV-1 transmission. Thus, we conducted a molecular epidemiological investigation of HIV-1 samples from 2008–2010 among IDUs in multiple cities in Guangxi Province. Our results, based on the gag/pol fragment, indicated a very high proportion (78.47%) of HIV-1 CRF08_BC recombinants, some CRF01_AE (15.38%) recombinants, and a low proportion of CRF07_BC (6.15%) recombinants among the IDUs. The high proportion of CRF08 HIV-1 strains among recent IDUs matches the vaccine candidate constructs. However, future vaccine development should also incorporate CRF01-targeted vaccine candidates. Distinct Env sequence evolution patterns were observed for CRF08_BC and CRF01_AE, indicating that different local selection pressures have been exerted on these two HIV-1 subtypes. Unique drug-resistant mutations were also detected, and our data indicate that HIV treatment programs should consider pre-existing drug-resistant mutations.     

HIV-1 gag与gp41基因片段的序列特征与亚型研究

本文对华北地区出入境39例HIV-1阳性样本(中国21例,非洲17例,东南亚1例)的gag和env两个基因片段进行了序列特征和亚型对比分析。发现了A、A1、A3、B、C、G亚型和重组亚型03_AB、01_AE、AG、02_AG、07_BC、08_BC、CD和06_CPX共14个亚型,其中重组亚型占57.2%(8/14)。表明HIV-1基因变异较快,亚型分布广泛,重组亚型有增多趋势。此外发现26.7%(8/30)的样本,其gag和env基因区亚型表现不一致。提示在研究HIV-1亚型中应综合gag和env两个基因区的序列特征进行亚型分析。     

Temporal and spatial dynamics of human immunodeficiency virus type 1 circulating recombinant forms 08_BC and 07_BC in Asia

Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) CRF08_BC and CRF07_BC are two major recombinants descended from subtypes B' and C. Despite their massive epidemic impact in China, their migration patterns and divergence times remain unknown. Phylogenetic and population genetic analyses were performed on 228 HIV-1 sequences representing CRF08_BC, CRF07_BC, and subtype C strains from different locations across China, India, and Myanmar. Genome-specific rates of evolution and divergence times were estimated using a Bayesian Markov chain Monte Carlo framework under various evolutionary models. CRF08_BC originated in 1990.3 (95% credible region [CR], 1988.6 to 1991.9) in Yunnan province before spreading to Guangxi (south) and Liaoning (northeast) around 1995. Inside Guangxi region, the eastward expansion of CRF08_BC continued from Baise city (west) to Binyang (central) between 1997 and 1998 and later spread into Pingxiang around 1999 in the south, mainly through injecting drug users. Additionally, CRF07_BC diverged from its common ancestor in 1993.3 (95% CR, 1991.2 to 1995.2) before crossing the border into southern Taiwan in late 1990s. Phylogenetic analysis indicates that both CRF08_BC and CRF07_BC can trace their origins to Yunnan. The parental Indian subtype C lineage likely entered China around 1981.2 (95% CR, 1976.7 to 1985.9). Using a multiple unlinked locus model, we also showed that the dates of divergence calculated in this study may not be significantly affected by intrasubtype recombination among different lineages. This is the first phylodynamic study depicting the spatiotemporal dynamics of HIV/AIDS in East Asia.