芦笋老茎堆肥中嗜热细菌的分离与鉴定

利用稀释涂布法对芦笋老茎堆肥不同发酵阶段6个样品中的嗜热细菌进行分离,并采用16S rDNA序列分析方法对分离得到的菌落形态有明显区别的22株细菌进行鉴定.根据16S rDNA序列分析结果,22株细菌菌株中13株属于芽胞杆菌属(Bacillus),1株属于类芽胞杆菌属(Paenibacillus),4株属于假黄色单胞菌属(Pseudoxanthomonas),1株属于肠杆菌属(Enterobacter),1株属于副球菌属(Paracoccus),1株属于短芽胞杆菌属(Brevibacillus),菌株D-b2在GenBank数据库中未找到与其相似的已知细菌属的序列,分类地位待定.从以上鉴定结果可以看出,芦笋老茎堆肥中的优势嗜热细菌主要是芽胞杆菌(Bacillus spp.)和假黄色单胞菌(Pseudoxanthomonas spp.).     

永兴岛白穗软珊瑚共附生放线菌筛选及部分活性次级代谢产物的鉴定

【目的】从白穗软珊瑚中分离和鉴定共附生放线菌,运用PCR技术对所分离的放线菌进行I型聚酮合酶(PKS)筛选,研究其次级代谢产物。【方法】使用11种培养基对白穗软珊瑚共附生放线菌进行分离、鉴定,构建16S rRNA基因系统发育进化树,以基于I型PKS的KS基因设计的简并引物对所分离放线菌进行基因筛选,对阳性菌株用3种培养基发酵检测,对目标菌株进行放大规模发酵分离鉴定次级代谢产物。【结果】从白穗软珊瑚中分离到20株共附生放线菌,包括链霉菌属10株、迪茨氏菌属2株和盐水孢菌属8株,筛选获得18株I型PKS阳性菌株,并从菌株Salinospora arenicola SH04中分离到化合物rifamycin S和rifamycin W。【结论】首次从珊瑚共附生环境中分离得到海洋专属性稀有放线菌盐水孢菌属,并以I型PKS基因筛选为指导,分离鉴定了聚酮类化合物rifamycins,为研究软珊瑚共附生可培养放线菌的多样性和基于基因筛选指导分离次级代谢产物提供了可靠依据。     

五味子根内生真菌的分离及其抑菌活性的研究

采用组织块分离方法对五味子根内生真菌进行分离鉴定,并以人参疫病病菌[Phytophthora cactorum(Leb.et Coh.)Schroet.]、人参黑斑病病菌(Alternaria panax Whetz.)为供试病原菌对分离的内生真菌进行了抑菌活性筛选。试验共分离得到74株内生真菌,根据形态特征鉴定出33株,分别隶属于半知菌亚门丛梗孢科的轮枝孢属(Verticillium)、柱隔孢属(Ramularia)和瘤座孢科的镰刀菌属(Fusarium)。通过抑菌试验筛选出5个内生真菌有抑制作用,其中3个内生真菌的发酵产物、乙醇提取液对2种病原菌均有一定的抑菌活性。     

药用植物内生放线菌的分离、筛选及活性菌株YIM 61470鉴定

从云南西双版纳热带雨林多种药用植物中分离到272株内生放线菌,活性筛选表明 146株菌的发酵产物具有抗菌活性,其中94株菌具有拮抗病原细菌活性,127株菌具有抑制病原真菌的功能.分离菌株YIM 61470具有广谱抗菌活性,通过形态特征、培养特征、生理生化特征、细胞化学分类特征和基于16S rRNA基因序列的相似性分析等研究,菌株YIM 61470被鉴定为链霉菌属(Streptomyces)氢化链霉菌(S.llydrogenans)的一个菌株.     

高产γ-氨基丁酸的棉子糖肠球菌的筛选、鉴定及其摇瓶发酵条件的优化

【目的】在中国传统发酵泡菜中分离出高产γ-氨基丁酸(γ-Aminobutyric acid,GABA)的乳酸菌。【方法】对分离自泡菜中的菌株M1进行形态观察、生理生化特性鉴定及其16S rDNA序列分析,实验采用单因素和正交设计对以MRS培养基为基础的GABA发酵培养基与摇瓶发酵条件进行了优化。【结果】菌株M1的形态培养和生理生化特征均符合肠球菌属(Enterococcus)特征,其16S rDNA序列与Enterococcus raffinosusSS1278 16S rDNA序列同源性达99%,鉴定为棉子糖肠球菌(Enterococcus raffinosus)。优化该菌株产GABA的发酵培养基的实验发现,最佳摇瓶发酵条件为:接种量10%,发酵温度30°C,培养初始pH 5.5,发酵周期60 h,谷氨酸一钠底物浓度10%,GABA产量提高了1.22倍。【结论】棉子糖肠球菌(E.raffinosus)M1菌株具有工业化发酵生产GABA的潜力。     

东乡野生稻内生放线菌分离及菌株S123次级代谢产物分析

【目的】从东乡野生稻(Oryza rufipogon)中分离和鉴定内生放线菌,对其进行抗菌活性筛选,并分析高抗菌活性菌株S123的次级代谢产物。【方法】采用S培养基对东乡野生稻内生放线菌进行分离、纯化,并构建16S rRNA基因序列系统发育进化树进行菌株鉴定。以琼脂扩散法和菌丝生长速率法进行抗菌活性筛选,同时设计简并引物检测菌株I型聚酮合酶(PKS-I)基因。对具广谱抗菌活性的菌株S123进行分批大量发酵,运用多种色谱方法对发酵产物进行分离、纯化,利用MS和NMR分析鉴定化合物的结构。【结果】从东乡野生稻中共分离到11株内生放线菌,分别属于链霉菌属(8株)和假诺卡氏属(3株)。其中有8株具有抗菌活性,8株呈现I型PKS阳性。从高抑菌活性菌株S123中分离到化合物Nigericin和17-O-demethylgeldanamycin,其中Nigericin对金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌及水稻纹枯病菌均有抑制活性。【结论】对东乡野生稻内生放线菌进行了分离、鉴定和抗菌活性筛选,并从中分到两种与I型PKS基因相关活性的化合物Nigericin和17-O-demethylgeldanamycin,为研究东乡野生稻内生放线菌的多样性和次级代谢产物的分离提供依据。     

西沙海藻共附生放线菌的分离鉴定及其抗菌活性评价

【目的】为了探究南海海藻共附生放线菌资源的多样性及潜在的应用价值,对中国西沙群岛来源的海藻进行共附生放线菌的分离鉴定与抗菌活性筛选。【方法】利用稀释涂布平板法,采用2种不同分离培养基对不同采样位点的6种海藻进行放线菌分离;通过16S rRNA基因序列分析、构建系统发育树对分离的放线菌进行鉴定;用打孔法对无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)等10种敏感细菌进行抗菌活性筛选;对筛选得到的目标活性菌株HZ014进行全基因组测序,通过AntiSMASH在线工具分析其次级代谢产物生物合成基因簇,预测其产生新型活性物质的潜力。【结果】从6种海藻中分离得到36株共附生放线菌,基于16S rRNA基因序列比对和系统发育分析,鉴定结果为链霉菌属(Streptomyces) 2株、红球菌属(Rhodococcus) 2株、诺卡氏菌属(Nocardia)3株、小单孢菌属(Micromonospora) 5株和盐孢菌属(Salinispora) 24株;抗菌活性筛选结果表明,36株共附生放线菌发酵粗提物对至少1种敏感细菌表现出一定的抑制作用,不同菌株发酵粗提物的抗菌活性存在明显差异,...     

豆豉中发酵菌株的分离与鉴定

目的 从豆豉菌曲中分离并鉴定其发酵菌株.方法 将豆豉菌曲采用平板稀释的方法进行菌种分离后,采用革兰染色和16S rDNA序列分析进行菌株的鉴定.以黑豆为原料,分别接种分离的菌株进行豆豉的纯种发酵,观察并测定豆豉在发酵过程中的外观、温度、气味的变化.结果 筛选并鉴定获得10株分属魏斯菌、乳杆菌、芽胞杆菌和葡萄球菌等的菌株,且用枯草芽胞杆菌、发酵乳杆菌纯种发酵的豆豉在外观及气味等方面与自然发酵相近.结论 分离得到的枯草芽胞杆菌、发酵乳杆菌可取代自然发酵菌种,作为工业纯种发酵的参考菌株应用.     

产河豚毒素菌株的分离鉴定

从厦门同安海域的黄鳍东方豚(Fugu xanthopterus)卵巢组织中分离纯化出59株菌株,通过小鼠试验筛选出11株产毒菌株,并对其中产毒能力较强的EL10菌株的发酵产物进行高效液相色谱分析,初步认定发酵产物中含有河豚毒素。同时对EL10菌株进行16S rDNA鉴定,结果表明该菌属于希瓦氏菌属(Shewanella)。     

南海深海链霉菌Streptomyces albiflaviniger SCSIO ZJ28中Elaiophylin的分离鉴定

从我国南海深海沉积物中分离得到一株放线菌SCSIO ZJ28,通过16S rRNA基因序列分析鉴定为Streptomyces albiflaviniger SCSIO ZJ28.对该菌株采用M-AM2ab培养基进行发酵,以溶剂萃取获得发酵提取物,通过卤虫致死活性、抑菌活性和HPLC-UV追踪,利用正相、反相硅胶柱层析和半制备高效液相色谱法分离,得到化合物1.经ESI-MS,1H及13C NMR,2D NMR和X-RD单晶衍射分析鉴定为大环内酯类化合物elaiophylin(1).     

湛江高桥红树林沉积物放线菌多样性及其中一株链霉菌产生的germicidins类化合物的鉴定

【目的】从3种红树林植物根际沉积物中分离和鉴定放线菌,进行抑菌活性初筛获得目标菌株并研究其次级代谢产物。【方法】使用5种培养基对红树林植物根际沉积物放线菌进行分离,采用16S rRNA基因序列比对的方法研究沉积物中的放线菌多样性,结合抑菌活性筛选获得目标菌株后进行放大规模发酵和分离鉴定次级代谢产物,根据生物合成基因簇定位和分析对化合物的生物合成途径进行推导。【结果】从3种红树林植物根际沉积物中分离得到放线菌49株,包括链霉菌属(Streptomyces)31株、小单孢菌属(Micromonospora)14株、小双孢菌属(Microbispora)、链孢子囊菌属(Streptosporangium)、野野村氏菌属(Nonomuraea)和糖单孢菌属(Saccharomonospora)各1株。获得粗浸膏抑菌活性较好的菌株Streptomyces sp. SCSIO 40067,从中分离鉴定了6个α-吡喃酮类化合物：germicidin A–C、germicidin I和isogermicidin A–B,并首次报道了germicidin A的晶体结构。从菌株SCSIO 40067基因组...     

千层塔中产石杉碱甲内生真菌的研究

从千层塔中分离产石杉碱甲内生真菌。采用平板分离法分离千层塔内生真菌,通过抑制乙酰胆碱酯酶活性和抗氧化活性筛选,结合薄层层析和HPLC测定活性菌株中的石杉碱甲含量,通过形态学ITS-rDNA序列分析鉴定内生真菌。共分离得到94株内生真菌,筛选到S29、L44、S94共3株乙酰胆碱酯酶抑制活性和清除DPPH·自由基活性都在50%以上,筛选到一株S29能产石杉碱甲的菌株。摇瓶发酵产量为每克干菌体的石杉碱甲含量为50.64μg。形态学与ITS-rDNA序列分析法鉴定该内生真菌为Podospora sp.属。药用植物千层塔体内Podospora sp.属的内生真菌可产石杉碱甲。     

一株抗MRSA内生细菌的鉴定及其活性物质

根据生理生化特征和16S rDNA序列,对一株从新疆苦豆子Sophora alopecuroides中分离的、对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)具有较强拮抗作用的内生细菌菌株KDNB6进行鉴定;并通过硅胶柱、凝胶柱层析从该菌发酵产物中分离纯化了抗MRSA的活性物质。结果表明菌株KDNB6各项特征与粘质沙雷氏菌Serratia marcescens最为接近,鉴定为S.marcescens。从菌株KDNB6的代谢产物中分离到一个抗MRSA的活性成分。     

动物微生态制剂猪肠源乳球菌的分离与鉴定

试验的菌种是从宁夏平罗县边远农村基本自然生长的健康肉猪的小肠、大肠和盲肠中分离获得的,共分离出64株菌株。通过对这64株菌株的菌落形态观察和革兰氏染色镜检。筛选出9株进行了乳球菌属的生理生化鉴定,初步确定这9株属于乳球菌属(Lactococcus)。再通过糖醇类发酵产酸鉴定,确定2株为乳酸乳球菌乳酸亚种(L.lactissubsplactis),3株为植物乳球菌(L.plantarum),4株为棉籽糖乳球菌(L.raffi-nolactis)。各项鉴定结果均符合乳球菌属和相应种鉴定标准。     

基于Adhl基因分析高粱属的系统进化关系

高粱属中有重要的粮食作物和优良牧草,也有农业生产上的重要杂草.文章旨在进一步从分子水平阐明高粱属种间的系统进化关系,为有效利用种质资源进行分子育种改良作物品质提供理论依据,并明确检疫性杂草的分类地位.根据二色高粱(Sorghum bicolor)的Adhl全基因序列(GenBank登录号:AF050456)设计引物,扩增并测定黑高粱(S.almum),假高粱(S.halepense)、丝克高粱(S.silk)和苏丹草(S.sudanense)共计8个植物材料约2 000 bp的Adhl基因部分序列,结合GenBank中其他24个Sorghum属的同源序列.以Cleistachne sorghoides的对应序列为外群,进行了高粱属的亲缘关系分析,用MP、ML和NJ法分别构建了分子进化树,得到了基本相同的拓扑结构.结果显示:(1)高粱属可明显分为三大支,一支是蒴柄高粱(Chaetosorghum)和异高粱(Heterosorghum)个亚属,一支是优高粱亚属(Eusorghum),这两个分支包含2n=20、40,染色体较小的种类,另一分支包括拟高粱(Parasorghum)和有柄高粱(Stiposorghum)两个亚属,包含2n=10的种类和它们的多倍体近缘种,染色体相对较大;(2)S.almum的Adhl基因表现出明显的地理分化;(3)Parasorghum亚属的S.pur-pureosericeum和多色高粱(S.versicolor)、光高粱(S.nitidum)和S.leiocladum聚在一起,而该亚属中的S.mata-rankense、S.grande、S.timorense却与亚属Stiposorghum的种聚在一起,表现出更近的亲缘关系;(4)S.mac-rospermum和S.laxiflorum之间具有比其他高粱属种更近的亲缘关系.     

广西沿海地区红树林根系土壤中放线菌的分离与鉴定

本研究通过分离纯培养,从广西北海及防城港红树林根系土壤中分离出放线菌并提取其总DNA,用放线菌通用引物对获得菌株的16S rDNA进行PCR扩增,对获得的扩增产物进行DNA序列测定及菌株鉴定.研究结果表明,从红树林根系土壤样品中分离出15株典型放线菌菌株.16S rDNA测序比对鉴定结果显示,15株典型放线菌菌株中有12株属于链霉菌属(Streptomyces),是常见菌属;3株属于拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis),为稀有放线菌.本研究分离纯化获得15株典型放线菌,初步揭示了广西沿海地区红树林土壤中放线菌的多样性.     

基于Adh1基因分析高粱属的系统进化关系

高梁属中有重要的粮食作物和优良牧草, 也有农业生产上的重要杂草。文章旨在进一步从分子水平阐明高梁属种间的系统进化关系, 为有效利用种质资源进行分子育种改良作物品质提供理论依据, 并明确检疫性杂草的分类地位。根据二色高粱(Sorghum bicolor)的Adh1全基因序列(GenBank登录号: AF050456)设计引物, 扩增并测定黑高粱(S. almum)、假高粱(S. halepense)、丝克高粱(S. silk)和苏丹草(S. sudanense)共计8个植物材料约2 000 bp的Adh1基因部分序列, 结合GenBank中其他24个Sorghum属的同源序列, 以Cleistachne sorghoides的对应序列为外群, 进行了高梁属的亲缘关系分析, 用MP、ML和NJ法分别构建了分子进化树, 得到了基本相同的拓扑结构。结果显示: (1) 高梁属可明显分为三大支, 一支是蒴柄高梁(Chaetosorghum)和异高梁(Heterosorghum)二个亚属, 一支是优高梁亚属(Eusorghum), 这两个分支包含2n=20、40, 染色体较小的种类, 另一分支包括拟高梁 (Parasorghum)和有柄高梁(Stiposorghum)两个亚属, 包含2n=10的种类和它们的多倍体近缘种, 染色体相对较大; (2) S. almum的Adh1基因表现出明显的地理分化; (3) Parasorghum亚属的S. pur-pureosericeum和多色高粱(S. versicolor)、光高粱(S. nitidum)和S. leiocladum聚在一起, 而该亚属中的S. mata-rankense、S. grande、S. timorense却与亚属Stiposorghum的种聚在一起, 表现出更近的亲缘关系; (4) S. mac-rospermum和S. laxiflorum之间具有比其他高梁属种更近的亲缘关系。     

高效产氢细菌新种--Ethanologenbacterium sp.X-1的分离鉴定及其产氢效能

为获得高效产氢发酵细菌 ,采用改进的厌氧Hungate培养技术 ,从生物制氢反应器CSTR中分离一株产氢细菌X 1。对该株细菌进行了形态学特征、生理生化指标、16SrDNA和 16S 2 3SrDNA间隔区序列分析等研究。结果表明与最相近的种属Clostridiumcellulosi和Acetanaerobacteriumelongatum等的 16SrRNA基因序列同源性为 94 %以下。16S 2 3SrRNA间隔区基因序列比对分析显示保守区域仅为tRNAAla和tRNAIle序列 ,其它可变部位没有同源性区域 ,鉴定为新属Ethanologenbacteriumsp .。该株细菌为专性厌氧杆菌 ,代谢特征为乙醇发酵 ,葡萄糖发酵产物主要为乙醇、乙酸、H2 和CO2 。在pH4 0和 36℃条件下最大产氢速率是 2 8 3mmolH2 (gdrycell·h)。经鉴定和产氢效能分析表明该菌株是一新属的高效产氢细菌     

产喜树碱内生真菌的筛选及鉴定

从喜树Camptotheca acuminate树皮和果实中分离得到27株内生真菌,发酵后经HPLC检测,筛选出一株菌丝产喜树碱的菌,产量达774μg/L。对其ITS序列进行系统发育分析,结合其培养特征和显微特征,鉴定为拟茎点霉属(Phomopsis sp.)。这是首次报道分离自喜树的该属真菌发酵产喜树碱。     

深海细菌SHB109的鉴定及其表面活性产物研究

从南海深海海泥中分离得到1株海洋细菌SHB109.采用形态学鉴定方法,并结合16S rDNA序列分析确定其为枯草芽胞杆菌斯皮兹亚仁亚种(Bacillus subtilis subsp.spizizenii).从其发酵液中分离得到3个化合物,通过1 H-NMR,13C-NMR及HR ESI MS光谱分析将它们鉴定为sur...