基因组常用术语解释(中)

精确序列 (Finished sequence) :序列中碱基鉴定的误差不超过万分之一 ,碱基排序和方向定位正确 ,碱基在染色体上排列几乎不存在间隙 (Sequence in which bases are identified to an accuracy of no morethan 1 error in 1 0 ,0 0 0 and are placed in the rightorder and orientation along a chromosome with almostno gaps)。原位荧光杂交 (FISH,Fluorescence in situ hybridization) :在染色体上精确定位一段 DNA序列的方法(a method for pinpointing the location of a piece of DNA sequence on a chromosome)。功能基因组学 (…     

DNA计算机的分子生物学研究进展

DNA(脱氧核糖核酸)计算机研究是一个新领域。从字面上看,它既包含DNA研究也包含计算机的研究,因而也包含DNA技术与计算机技术如何交融的研究。1994年,Adleman在Science上报道了首例DNA计算的研究结果;2001年,Benenson等在Nature报道了一种由DNA分子和相应的酶分子构成的、有图灵机功能的可程序试管型DNA计算机,标志着DNA计算机研究的重大进展。DNA计算机最大的特点是超大规模的并行运算能力和潜在的巨大的数据储存能力。目前DNA计算机研究已涉及许多领域,包括生物学、数学、物理、化学、计算机科学和自动化工程等具体应用,是计算概念上的一次革命。DNA计算机的研究大大促进了DNA分子操作技术尤其是在纳米尺度下操作DNA分子的研究速度。从DNA计算机的基本原理、应用形式、与基因组学研究的重要关系等方面总结和评述了相关研究进展。     

第21人类染色体长臂DNA的YAC克隆及重叠排序

人类基因组的研究已在全世界主要发达国家展开。由于YAC(YeastArtificialChromosome)克隆技术的建立及广泛采用,已使人类及其他生物基因组的研究迈出了成功的第一步。以DanielCohen(CEPH,Paris)为首,联合法国、西班牙、美国和日本12家实验室的35名 合作者,已完成了人类第21染色体长臂DNA的YNC克隆及重叠排序(Nature359,380-387,1992)。     

基于核小体位置预测的酵母进化印迹研究

在利用核小体定位实验数据训练支持向量机(SVM)对任意酵母DNA序列的核小体形成能力进行预测的过程中,发现染色质结构对基因组DNA分子进化过程有着显著影响。我们观察到核小体DNA比连接DNA的平均预测准确率低15%,这种普遍存在的局部预测准确率差异性代表了酵母核小体定位的进化印迹(Evolutionary footprint),它揭示了核小体组织在基因组的整个进化过程中所具有的保守性。     

2007影响人类生命健康的6大生物科技进展

进展一：个体基因测序不再是梦人类第一个个体基因组排序已经完成。利用基因组排序技术,研究人员成功绘制了著名科学家克雷格·文特尔的一个完整的DNA蓝图。     

动物的双亲判别与DNA指纹图谱

在亲缘识别和婚配选择等动物行为学研究中,需要知道动物之间的亲缘关系。通过分析以往的各种双亲判别方法,如蛋白电泳和血清学技术等,其中DNA指纹图谱法被认为是目前最好的。这种方法已在许多种动物(狗、猫、小家鼠、家燕、蓠雀、天鹅等)和人的研究中得到应用。DNA指纹图谱方法的基本原理是这样,两个动物的DNA 片断具有完全相同的碱基排序的情形从理论上讲其可能性极小,所以每个个体(除同卵双生子外)的DNA经提取、酶切、凝胶电泳、RNA或DNA探针杂交和放射性自显影后所形成的条带分布应该是有区别的、具有个体的特异性,这些条带就是DNA指纹图谱。动物个体DNA 指纹图谱中的每一条带,除了偶然发生的基因突变, 都可以从父母双方、或父方、或母方找到。据此,本文介绍了如何使用DNA指纹图谱进行包括父方和母方亲代判别的方法,如条带比较法和相似性系数法。     

气道内微量雾化机对质粒DNA完整性和基因转染效率的影响

目的:探索新型气道内微量雾化机对质粒DNA(pDNA)完整性和整体动物基因转染效率的影响。方法:首先,研究新型气道内微量雾化机对pDNA破坏程度。分别向新型气道内微量雾化机和目前临床普遍使用的机械喷射式雾化机的加药池内加入2ml pDNA(20μg/ml),在开始雾化后第1min、3min、5min分别收集两种雾化机嘴处的雾化液滴,用琼脂糖凝胶电泳观察比较质粒的完整性。其次,研究整新型气道内微量雾化机在整体动物上对基因转染效率的影响。分别用新型气道内微量雾化机和目前临床普遍使用的机械喷射式雾化机,给大鼠雾化经多聚乙烯亚胺(polyethylenimine,PEI)修饰的相同量的绿色荧光蛋白质粒(plasmid DNA of green fluorescent protein gene, pEGFP)3.3μg(PEI/pEGFP),24h后提取动物肺组织进行反转录,用real time PCR及琼脂糖凝胶电泳观察分析绿色荧光蛋白(green fluorescent protein, GFP)的mRNA表达情况。结果:新型气道内微量雾化机在雾化第1min、第3min、第5min后完整的质粒比例分别为(99.6±0.7)%、(100±1.2)%、(99.6±0.7)%,与未雾化对照相比(P>0.05,n=3),无统计学差异,新型雾化机对质粒破坏性可以忽略。临床常用的喷射式雾化机在相同时间段内完整的质粒比例分别为(70.3±1.5)%、(49.3±1.5)%、(32.7±0.6)%。与未雾化对照相比(P<0.05,n=3)有统计学差异,并且随雾化时间增加临床常用的喷射式雾化机对质粒的完整性破坏程度逐渐增加;新型气道内微量雾化机的基因转染效率高于临床普遍使用的机械喷射式雾化机转染效率的(382.1±101.1)倍(P<0.01,n=3)。结论:新型气道内微量雾化机对质粒没有破坏性,能显著增加雾化吸入基因转染效率。为雾化基因治疗提供了一种合适的工具。     

人类Y染色体常染色质部分DNA YAC重叠克隆构建

人类基因组研究的目标在于人类基因组全部DNA的核苷酸顺序的测定,及在此基础上的对所有基因的编码及其生化功能的研究。全基因组DNA的完全的物理图谱构成,包括全基因组DNA的大片段克隆,及覆盖完整基因组的克隆重叠排序是达成这一目标的首要步骤。     

基于机器学习方法对人类基因组DNA双链断裂位点进行识别

DNA双链断裂(double-strand break, DSB)是细胞中一种严重的DNA损伤形式，与包括癌症、重组异常、神经元发育异常在内的多种基因组不稳定性疾病密切相关。由于成本和技术门槛的限制，高通量测序技术绘制的高分辨率DSB图谱十分有限，这阻碍了我们对不同物种基因组中DSB情况的认知。据此，我们建立了以随机森林(RF)、支持向量机(SVM)和逻辑回归(LR)三种分类器为基础算法的分类预测模型，对人类上皮细胞基因组DSB位点进行预测。除了之前预测研究中常用到的表观特征和DNA形状特征外，我们发现DNA序列特征(k-mer频数、GC含量、GC-偏移和互信息)也能表征DSB位点。同时，在考虑DNA物理性质、化学位移和自相关信息后，预测结果得到有效提高。将上述所有特征合并后进行预测，得到了较好的分类预测结果，其中逻辑回归(LR)的分类预测性能是最佳(AUC=0.97),与以往的预测结果相当(AUC=0.964)。另外，通过特征递增搜索方法，得到由294个特征组成的最优特征集，对应的AUC值达到0.974。     

中国生物化学与分子生物学会第九届理事会组成名单

名誉理事长:邹承鲁名誉理事:(按姓氏拼音排序)张昌颖郑集邹承鲁理事长:王志新副理事长:(按姓氏拼音排序)赫荣乔景乃禾沈岩吴家睿查锡良秘书长:景乃禾(兼)副秘书长:王同喜(专职)王悦常务理事:(按姓氏拼音排序)昌增益耿运琪贺福初赫荣乔焦炳华景乃禾梁宋平林志新刘德培钱关祥强伯     

藏北高原草地群落的数量分类与排序

采用TWINSPAN数量分类和DCA、CCA排序的方法,对藏北高原草地29个样点进行统计分析。结果显示:(1)TWINSPAN数量分类将藏北高寒草地群落划分成10种类型。(2)样点DCA排序第一轴基本反映了水分环境梯度,第二轴基本反映了热量梯度。(3)TWINSPAN分类所划分的各群落在DCA排序图上都有各自的分布范围和界限,说明DCA排序能较好的反应各优势群落与其环境资源之间的关系。(4)样点CCA排序表明,影响群落分布的首要环境因子是水分因子(年均降水量)和空间因子(经度),其次是热量因子(年均温度),CCA排序进一步阐明了群落分布决定于水分和温度等环境因子,并间接验证了TWINSPAN的分类结果。(5)物种CCA排序和TWINSPAN分类结果表明:植物群落中物种的分布格局与植物群落类型的分布格局存在一定的相似性。     

浙江产车前(Plantago asiatica)种群遗传分化的主坐标分析

运用18个有效的10mer-寡核苷酸引物对浙江产车前（Plantago asiatica)的8个种群基因组DNA进行了PCR扩增,共检测到186个位点,其中多态位点125个,占68.70%,应用Jaccard公式计算了8个种群在125个位点上的相似性,以此为基础,应用主坐标排序,作出了8个种群遗传分化的三维排序图,结果表明,8个种群的遗传分化与地理位置、海拔高度有联系。     

海南岛热带草地的数量分类和排序研究

本文用一些数量分类和排序的方法对海南岛鹦歌岭热带草地进行了分类和排序。所用的方法包括两种多元等级聚合分类--最近邻体法(NN)和最远邻体法(FN),极点排序(PO)和主分量分析(PCA)排序。结果表明：把19个样地分为三大类型、9个群落,其分布格局与坡度、放牧强度和土壤肥力密切相关。所用的四种方法在热带草地的研究中均有一定的适用性。     

裂殖酵母复制起始位点的序列特征分析和预测

DNA的精确复制是保证基因组完整性的关键。裂殖酵母是研究真核生物DNA复制等基因表达调控过程的重要模式生物。作者统计分析了裂殖酵母复制起始区的碱基组分、k-mer(k=2~4)频数、GC/AT位点偏差和GC/AT位点组分。结果发现:复制起始区的AT含量显著高于非复制起始区,且富含WW(W为A或T)二联体,而非复制起始区富含SS(S为G或C)二联体;复制起始区和非复制起始区的GC/AT位点偏差、GC/AT位点组分也存在显著差异。另外,作者仅基于DNA序列或结构特征,使用支持向量机区分了裂殖酵母复制起始区和非复制起始区,预测总精度约70%。表明DNA序列对裂殖酵母的复制起始有重要影响。该研究对进一步阐明真核生物的复制机制有重要的理论意义。     

协惯量分析与典范对应分析在植物群落排序中的应用比较

采用协惯量分析(PCA-CA COIA)和典范对应分析(CCA)两种排序方法, 对北京小龙门林场的黄檗 (Phellodendron amurense)群落进行了分析, 并用Spearman秩相关系数检验了对应排序轴的相关性。两种排序方法得出的结果基本一致, 两者的第一排序轴都反映了海拔高度和坡向对群落分布的影响, 而各自第二、第三排序轴所代表的环境意义有所差异, 并出现了交叉, 但是两者的前3个排序轴均反映了海拔、坡位、土壤厚度和凋落物层厚度的变化趋势, 说明在环境因子个数较少或共线性效应不明显的情况下, 协惯量分析也能达到CCA的分析效果, 并且在排序轴特征值解释量上高于典范对应分析。     

七种蝽mtDNA-16S rRNA基因序列多态性的研究(半翅目:蝽科)

测定蝽亚科2族4属7个种(宽碧蝽,辉蝽,凹肩辉蝽,角肩真蝽,褐真蝽,斑真蝽,全蝽)9个个体线粒体DNA(mtDNA)的16SrRNA基因片段,分析了其遗传多态性。通过测定该基因片段的序列发现,不同种群存在丰富的DNA序列多态性,同一种的不同个体差异较小,9个个体具有9种基因型。在扩增的长为400bp的基因片段中,通过排序,有338个碱基可用于这9个个体的比较。在这一基因片段中,共检测到122个多态性核苷酸位点(约36．1％)。NJ法构建的分子系统树表明碧蝽属归于短中片族,全蝽属的分化较其它属要早。     

DNA基因库的同源重组筛选

专利为鉴别和分离真核寄主基因库中目标DNA的同源重组法(Ⅰ),包括:(a)制备真核细胞DNA基因库,其中可发生导入DNA与寄主细胞现有DNA间的重组;(b)导入在真核寄主细胞中可复制并含选择性标记基因,与目标DNA部分同源的DNA序列的目标DNA载体质粒YIp;(c)重组;和(d)选择转化体。专利还包括:(1)用(Ⅰ)分离到的哺乳动物、人或植物DNA或基因;(2)带至少缺失1个选择性标记染色体的酿酒酵母TD7-16d、IV-16d和MGD131-10;(3)质粒p184DLARG及其功能性等同物;(4)在     

缙云山常绿阔叶林的排序

排序概念由苏联学者拉孟斯基(1930)第一次提出并首先用环境梯度为坐标去排列植物群落。然而,这一方法在60年代电子计算技术的普遍应用和连续性学派(个体学派)兴旺发达起来以后,才迅速发展起来。排序是植物群落样本的一种空间排列,是揭示其空间连续变化的有效技术。至今方法很多,但一般分为两类,一类是用环境因子进行排列,称为直接排序,或称直接梯度分析,或者就叫梯度分析。另一类是用植物群落本身的特征(属性)来排序,称为间接排序,或间接     

活化石植物－－苏铁树叶绿体DNA分子中的核糖核苷酸

随着分子生物学的深入发展,科学工作者对脱氧核糖核酸(DNA)的研究也更加深入。近年来发现一些植物叶绿体DNA(cpDNA)、动物线粒体DNA(mtDNA)分子中含有少数核糖核苷酸。其中对豌豆,菠菜和莴苣叶绿体DNA分子中的核糖核苷酸研究较多,而且比较详细。研究这个问题,使用的方法是碱(KOH)或核糖核酸酶(RNase)处理cpDNA。如果DNA分     

中国科学院上海细胞生物学研究所1987年招考硕士研究生试卷(续)

3.在反馈抑制中,代谢的最终产物通常抑制合成代谢途径中(1)第一酶的基因(2)最后一个酶的基囚或(3)中间的酶的基因表达。 4.如果已知一个DNA分子的(A十T)/(G十C)的比例为1,你能否说出这是一个(1).双链,或(幼单链DNA分子,或(3)需要更多的信息。 5.在细菌中已发现了三种DNA聚合酶、三者都参与DNA的复制,进一步的研究成果表明(1) DNA聚合酶I,或(2) DNA聚合酶兀,或(3) DNA聚合酶皿。实际上是一个DNA的修复酶。 6.线粒体中的功能蛋白是完全由(1)线粒体的基因组编码的,(2)核内基因组编码的(3)还是由两者共同编码的。.真核细胞RNA聚合…