缢蛏遗传多样性的RAPD分析

用RAPD(Random amplified polymorphic DNA)技术对大连的养殖缢蛏(Sinonovaeula constrict)群体35个个体的遗传多样性进行了分析。结果表明,14个随机引物,平均每个引物扩增出6条带;共检测到的86个位点,其中多态位点数为43个(占50.0%);个体间遗传距离在0.1503～0.3768之间,平均遗传距离为0.2107;16号和25号缢蛏个体聚类成一大类,另33个缢蛏个体聚成一大类。     

五个罗氏沼虾群体遗传多样性的微卫星分析

利用16对微卫星标记对来自泰国(CP)、缅甸(MN)、孟加拉(BD)和中国(MP和DP)的共5个罗氏沼虾群体进行了遗传多样性和遗传结构的分析。结果显示, 16个微卫星位点均具有较高的多态性,平均等位基因数(Na)、期望杂合度(He)、Shannon信息指数(I)和多态信息含量(PIC)分别为17.563、0.8316、2.1662和0.7328。5个群体的期望杂合度(He)介于0.7025—0.8594,多态信息含量(PIC)介于0.6538—0.8048,表明所有群体均具有高度遗传多样性,遗传多样性水平CP>MP>BD>MN>DP。遗传分化指数(Fst)值介于0.03430—0.17333,表明所有群体间均有不同程度的遗传分化。16个微卫星位点的Fst值均大于0.05,均值为0.0977,与群体间有遗传分化相符。AMOVA分析显示群体间变异占总变异的6.22%,群体内个体间的变异占总变异的40.72%,个体内部的遗传变异占总变异的53.07%。基于Nei氏遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示, MN群体首先与MP群体聚为一类,再与DP群体聚为一类,之后再与B...     

基于SSR分子标记的中国黄连木遗传多样性分析北大核心CSCD

该研究利用筛选出的7对SSR引物,对中国20个省、市、自治区的210份种质资源进行分子标记试验,分析中国黄连木种质资源遗传多样性、亲缘关系、遗传分化特点并构建DNA分子身份证,为黄连木的资源保护、种质利用提供理论依据,结果表明:(1)7对引物在210份种质中共扩增出158个等位基因位点,平均每对引物的等位基因数为22.571个。(2)基因多样性(GD)变化幅度为0.654~0.913,平均为0.804;期望杂合度(He)变化范围0.257~0.771,平均为0.532;多态信息含量(PIC)变化范围0.639~0.907,平均为0.784。(3)从不同地区黄连木群体的遗传多样性来看,观测杂合度(Ho)介于0.373~0.600之间,平均值为0.520;期望杂合度(He)介于0.632~0.811之间,平均值为0.737;从各群体间遗传分化指数(Fst)来看,黄连木各地区群体间的遗传分化值在0.015~0.099之间,各群体间的遗传分化处于中等以下水平。(4)分子方差分析(AMOVA)结果显示,黄连木的遗传分化变异以群体内为主,占总变异量的94%,群体间的变异占6%。(5)UPGMA聚类、群体遗传结构分析和PCoA分析结果相一致,全部种质被划分为两大类,西南地区群体单独为一类,其他地区单独为一类。(6)利用7对SSR引物构建了210份黄连木种质的DNA分子身份证。     

海南霸王岭南亚松天然林群落遗传多样性的SSR分析

为揭示海南霸王岭南亚松天然林群落在遗传多样性水平上的差异和遗传分化情况,利用SSR分子标记技术对其6个群落共350个单株进行了遗传多样性分析。结果显示:所选用的12对SSR引物,共检测到38个等位位点。各区域间观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、Shannon信息指数(I)和Nei’s期望杂合度分别介于0.1933~0.4679、0.4150~0.5321、0.5225~0.7384、0.3451~0.4819之间,说明霸王岭南亚松总体的遗传多样性水平相对较低。居群间的遗传分化系数(Fst)平均为0.0628,说明绝大部分变异(93.72%)存在于群体各居群内。UPGMA聚类可将供试6个群落划分为2类,遗传距离与地理距离有一定相关性,但并没有严格按地理距离聚类,受到了自然地理隔离的影响。     

元江鲤种群遗传多样性

选择12对微卫星标记检测了于2011年采集自元江(红河上游中国江段)5个样点192尾鲤的群体遗传多样性.共检测到201个等位基因,每个位点等位基因2-27个.各群体各位点平均等位基因(NA)12.25-14.67个,平均有效等位基因(NE)8.28-9.73个,平均观察杂合度(Ho)o.7765-0.8037,平均期望杂合度(HE)0.7761-0.8080,平均多态信息含量(PIC)0.7534-0.7843.元江鲤种群192个个体各位点NA、NE、Ho、HE、PIC分别为16.50、11.26、0.7927、0.8049、0.7966,种群遗传多样性水平高.元江鲤群体之间遗传分化小,可作为一个种群管理单元进行管理.增殖放流要防止遗传多样性丧失.     

鲮鱼的微卫星位点筛选和群体遗传多样性初步分析

利用鲤科鱼类微卫星引物在鲮鱼中进行扩增,结果在24对引物中,13对引物能成功扩增,且在鲮鱼中的扩增产物表现稳定,其中11对有较高多态性,等位基因数在2—7个之间,扩增的条带符合孟德尔遗传规律。随后利用筛选的微卫星座位对鲮鱼野生和养殖群体遗传多样性进行了初步分析。分析结果显示鲮鱼野生群体的平均等位基因数5.2个;观测杂合度在0.25与0.8之间,平均观测杂合度(Ho)是0.61±0.2 ,平均期望杂合度(He)是0.8±0.09 ;群体座位平均多态信息含量(PIC)为0.72±0.1。相比之下,养殖群体的平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)都低于野生群体,分别是0.59±0.2、0.75±0.1。两群体间的遗传相似度为0.7774、遗传距离为0.2518。研究表明用其他鱼类分离出的微卫星引物可以快速筛选到适用于鲮鱼遗传分析的微卫星座位。     

内蒙古西伯利亚杏群体遗传多样性和遗传结构分析

利用27对SSR分子标记对内蒙古地区13个西伯利亚杏群体的遗传多样性和遗传结构进行分析,评价其遗传多样性水平和分化程度,为内蒙古西伯利亚杏资源的合理保护与利用提供理论依据。结果显示:(1)27对SSR引物共检测到512个等位基因(Na),各位点平均等位基因数(Na)和多态性信息含量(PIC)分别为19和0.84;物种水平上Shannons信息指数(I)和期望杂合度(He)分别为2.25和0.73。(2)群体水平上的等位基因(Na)、有效等位基因(Ne)、Shannons信息指数(I)、期望杂合度(He)和观察杂合度(Ho)分别为6.95、4.48、1.60、0.76和0.56;其中科左后旗群体遗传多样性最丰富,克什克腾旗群体遗传多样性最低。(3)基于F统计量分析的遗传分化系数(Fst)为0.12,基因流(Nm)为1.86;分子方差分析显示内蒙古西伯利亚杏群体大部分遗传变异来自群体内(92%),群体间的遗传变异仅占8%。(4)内蒙古西伯利亚杏群体遗传距离为0.04~0.67,遗传相似度为0.33~0.83;遗传相似度的聚类分析、遗传距离的主坐标分析和遗传结构分析(Structure)均将供试13个群体划分为4组。Mantel检测显示,内蒙古西伯利亚杏群体遗传距离与地理距离呈显著相关关系(r=0.453,P0.01)。研究表明,内蒙古西伯利亚杏资源具有丰富的遗传多样性,这一特性与其群体的大小、悠久的演化历史以及自身生物学特性相关;内蒙古西伯利亚杏群体间存在中等程度的遗传分化,这可能源于自然地理隔离以及近期人类活动引起的生境片段化。     

草鱼EST-SSR标记及5个不同地域群体的遗传结构分析

以草鱼(Ctenopharyngodon idella)脑、肌肉、肝等组织构建cDNA文库,经测序获得unigenes序列45 318个,从中筛选微卫星序列共5 556个,据此设计EST-SSR引物118对,其中19对引物能够扩增出带型清晰且多态性较高的谱带。用这19个EST-SSR标记研究3个长江水系群体(石首、监利和长沙)和2个珠江水系群体(清远和肇庆)草鱼的遗传结构。结果表明,5个群体的平均多态信息含量(PIC)为0.415 4～0.460 4,显示草鱼群体的遗传多样性偏低;平均观测杂合度(Ho)为0.415 8～0.501 3,平均期望杂合度为(He)0.450 6～0.502 8,其中,长沙群体平均期望杂合度最高,为0.502 8,监利群体的平均观察杂合度和平均期望杂合度均最低,分别为0.415 8和0.450 6,即长沙群体的遗传多样性最高,监利群体的遗传多样性最低;对数据进行F-检验,结果表明,群体间的遗传分化程度低。Hardy-Weinberg平衡的卡方检验结果表明,5个群体均一定程度上偏离了平衡;聚类分析显示长沙群体、石首群体与监利群体聚成一支;肇庆群体与清远群体聚成一支,这与草鱼群体的流域分布一致。     

野生杏和栽培杏的遗传多样性和遗传结构分析

利用SSR分子标记结合荧光毛细管电泳检测技术,研究了野生杏和栽培杏的遗传多样性和遗传结构,结果显示:27个SSR位点,平均每个位点检测到17.82个等位基因(Na)和7.44个有效等位基因(Ne),平均Shannon's信息指数(I)为2.23,平均期望杂合度(He)和观察杂合度(Ho)分别为0.70和0.52。基于SSR位点,群体水平上平均等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度、观察杂合度和Shannon's信息指数分别为6.59、4.15、0.70、0.53和1.50,说明我国杏种质资源遗传多样性丰富,其中野生杏资源遗传多样性明显高于栽培杏资源,野生杏中西伯利亚杏种质遗传多样性最高且具有较多的特异等位基因,而栽培杏中仁用杏遗传多样性最低,特有等位基因较少。聚类分析将供试159份种质分为4组。群体遗传结构分析将159份种质划分为5个类群,分类情况与传统形态指标划分基本一致。通过本研究可知,我国杏资源遗传多样性丰富,遗传结构较为复杂;西伯利亚杏与栽培杏亲缘关系较远;野生普通杏与栽培杏具有类似的遗传结构,推测野生普通杏为栽培杏原始种;仁用杏遗传多样性较低,遗传背景狭窄。本研究结果可为杏资源新品种选育及持续利用提供重要的理论依据。     

北沙柳群体遗传多样性和遗传结构分析

以内蒙古北沙柳(Salix psammophila)国家种质资源库内9个群体(P1~P9)288个无性系为实验材料,利用TP-M13-SSR技术,选取22对具有多态性EST-SSR北沙柳引物,采用毛细管电泳对PCR产物进行检测,分析北沙柳遗传多样性、分化程度和群体遗传结构,为北沙柳种质资源库遗传管理、无性系鉴定、品种选育、遗传改良和构建指纹图谱提供理论依据。结果显示:(1)22对EST-SSR引物共检测到222个等位基因,各位点平均等位基因数(A)为10,四倍体基因型丰富度(G)和特异基因型(G1)总和分别为1 460和802个,平均特异基因型比率(P1)和种质鉴别率(P2)分别为45.86%和13.21%。(2)9个群体平均等位基因数(A)为7.475,基因型丰富度(G)为15.586,观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.577和0.638。以期望杂合度He为标准,北沙柳群体遗传多样性水平最低的是P1和P9。(3)北沙柳群体遗传分化系数仅为0.02,AMOVA分子变异分析显示,北沙柳群体大部分遗传变异来自群体内(97%),群体间变异仅为3%。(4)三维主成分、聚类和Structure群体遗传结构分析显示,9个群体被划分为2个组,Mantel检验表明北沙柳遗传距离与地理距离极显著相关(r=0.684 P0.001)。研究表明,北沙柳种质资源具有丰富的遗传多样性,这是其具有耐旱、耐寒、耐高温、耐沙埋和抗风蚀等适应性较强的分子基础;北沙柳的遗传变异集中在群体内;分布区群体呈现由中心向边缘群体扩张分化的趋势。     

飘鱼微卫星位点的筛选及珠江流域5个地理群体的遗传多样性分析

为了解珠江流域飘鱼(Pseudolaubuca sinensis)群体间的遗传多样性及其分化程度,利用RAD-Seq技术开发出微卫星位点,并设计了100对微卫星引物,筛选出66个可稳定扩增出目的条带的位点,其中16个具有较高的多态性(PIC>0.5),以2碱基重复居多。利用其中10对多态性位点对珠江流域的郁江(YuJ)、左江(ZJ)、右江(YJ)、融江(RJ)和桂江(GJ)飘鱼群体进行遗传多样性研究,得到有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度范围分别为5.2028—6.3800、0.6773—0.7667和0.7975—0.8425,表明珠江流域5个飘鱼群体具有较高的遗传多样性,以YuJ群体遗传多样性最高, RJ群体遗传多样性为最低。且群体间各个遗传参数相差较小,说明他们的遗传多样性水平相近。AMOVA分析显示,遗传变异主要来自于群体内(98.45%),仅一小部分的变异来自于群体间(1.55%),总群体的遗传分化系数Fst为0.015,两两群体间的Fst在–0.0033—0.0295波动,属于低等程度的分化。群体间基因交流值(Nm)在8.2246—76.0075,表明群体间基因交...     

华南鲤选育群体不同世代遗传多样性与遗传结构的微卫星分析

为了解人工选育对华南鲤(Cyprinus carpio rubrofuscus)选育群体遗传结构的影响, 采用微卫星技术分析了华南鲤4个连续选育世代(F₁、F₂、F₃和F₄)的遗传多样性和遗传结构。结果显示:在4个选育群体中, 16对微卫星引物共扩增得到99个等位基因, 每个微卫星座位检测到的等位基因数为3—10个, 平均为6.1875个。随着人工连续选育的进行, F₁到F₄的平均等位基因数(N_a)从5.6875下降到4.6755, 平均观测杂合度(H_o)从0.7943下降到0.7135, 平均多态信息含量(PIC)从0.6577下降到0.5834。F₁与其后各代的遗传距离逐代增加(从0.1486上升到0.2181), 遗传相似系数逐代减小(从0.8619下降到0.8041), 而相邻世代间的遗传分化指数(F_st)逐代变小(F₁与F₂为0.062, F₂与F₃为0.058, F₃与F₄则为0.051), 遗传相似性逐步升高。世代间F_st值配对比较结果显示4个世代间的遗传分化处于中等水平, 表明人工选育已对华南鲤选育群体的遗传结构产生了影响。实验结果表明, 华南鲤经过4代选育后, 虽然遗传杂合度和遗传多样性存在下降的现象, 但遗传多样性水平依然较高, 还具有进一步选育的潜力。研究结果为下一步制定华南鲤新品种选育计划提供基础遗传数据。     

花鲈群体的遗传变异

采用水平淀粉凝胶电泳技术对花鲈群体的遗传结构进行了研究 ,共检测了中国沿海花鲈 14 6尾和 40尾日本东京湾花鲈。其群体的多态位点比例为 0 2 667— 0 53 3 3 ,观测杂合度和预期杂合度分别为 0 0 2 11— 0 0 515和0 0 3 98— 0 0 797。中日花鲈在LDH ,GPI 1 ,GPI 2 基因位点上的等位基因接近完全置换。中国花鲈各群体之间的根井遗传距离为 0 0 0 0 4— 0 0 0 11,平均值约为 0 0 0 80 ;而中日花鲈间的根井遗传距离为 0 1870— 0 1954,平均值为 0 192 6。以上结果表明中国花鲈群体间遗传变异很小 ,中日花鲈间遗传变异远大于中国花鲈群体间的遗传距离。     

澜沧江中上游光唇裂腹鱼四个地理群体遗传多样性分析

利用简化基因组测序对澜沧江中上游的苗尾-功果桥库区、黄登-大华桥库区、里底江段和乌弄龙江段4个地理群体60个光唇裂腹鱼(Schizothorax lissolabiatus Tsao)样本进行了简化基因组测序, 平均测序深度255.26X, Q30为94.96%, 平均GC含量为39.80%; 测序获得多态性SLAF标签252623个, SNP标记1151083个, 其中, SNP平均完整度为36.66%, SNP平均杂合率为9.5%; 通过测序结果进行遗传多样性分析, 结果表明, 观测等位基因数均为2, 平均期望等位基因数为1.4211—1.5029, 平均观测杂合度为0.2381—0.3131, 平均期望杂合度为0.2690—0.3115, 平均多样性指数为0.2868—03248, 平均香浓指数为0.4269—0.481, 平均次要基因频率(MAF)为0.1854—0.2216, 平均多态信息含量(PIC)为0.2237—0.2553; AMOVA分析结果显示, 在总的变异中, 89.73%的遗传变异来自群体内部, 10.27%的遗传变异来自于群体间, 群体间遗传分化指数在–0.0150—0.1299(P<0.05), 表明群体间存在不同程度的分化。4个群体间遗传距离为0.05—0.15, UPGMA聚类表明, 苗尾-功果桥库区、黄登-大华桥库区和里底3个地理群体相互交叉聚类, 乌弄龙地理群体单独聚为一类。综上, 4个群体的遗传多样性处于中等水平, 遗传距离及聚类结果与试验群体地理距离基本相符, 研究结果将为光唇裂腹鱼种质资源评价与保护提供参考依据。     

华东地区青冈种群的遗传多样性及遗传分化

采用垂直板型聚丙烯酰胺凝胶电泳测定了华东地区6个青冈(Cyclobalanopsis glauca(Thunb.)Oerst.)种群的遗传多样性和遗传分化程度以及基因流。青冈种和种群水平都维持有较高的遗传多样性,期望杂合度分别为0.2252和0.2126,观察杂合度分别为0.1661和0.1771。种群间的遗传分化程度较低,分化度仅为5.6％,种群间的遗传一致度和遗传距离的均值分别为0.9729和0.0276。种群间的分化时间为1.4～27万年。基因流分别为4.21和20.49。     

基于微卫星分析的长丰鲢种质资源遗传监测

长丰鲢(CF)为我国人工培育的鱼类新品种, 自推广应用以来取得了良好的效果。开展长丰鲢种质资源遗传监测, 对其优良性状保持具重要作用。研究采用18对微卫星引物分析了鲢(L)和长丰鲢世代间(CF₁、CF₂和CF₃)的遗传多样性和遗传结构。结果表明: 鲢遗传多样性指数高于长丰鲢, 遗传多样性也较长丰鲢丰富。而长丰鲢子代间CF₁到CF₃平均等位基因数(N_a)从5.7222下降到5.0556; 平均有效等位基因数(N_e)从3.2551下降到3.1461; 平均观测杂合度(H_o)从0.6975下降到0.5407; 平均期望杂合度(H_e)从0.6422下降到0.6235; 多态信息含量(PIC)从0.5784下降到0.5609。CF₁到CF₃的遗传参数是逐渐下降, 遗传多样性逐渐降低, 但群体间遗传多样性仍较高。长丰鲢子代间F_st在0.0160—0.0315, 表明其群体已出现了遗传分化, 但分化程度较低。长丰鲢各世代间遗传距离逐渐增加, 遗传相似度逐渐减小。研究表明经过连续3代利用, 长丰鲢CF₁到CF₃的遗传结构发生了改变, 遗传多样性呈下降趋势, 但遗传多样性水平仍较高。研究结果为长丰鲢进一步优良性状的维持提供了依据。     

蒙古沙葱萤叶甲种群遗传多样性的微卫星分析

【目的】沙葱萤叶甲 Galeruca daurica (Joannis)是一种近年来在内蒙古草原上猖獗成灾的新害虫,本研究旨在明确内蒙古沙葱萤叶甲不同地理种群间的遗传分化和基因交流程度。【方法】应用5对微卫星引物分析了沙葱萤叶甲8个地理种群的遗传多样性、基因流和遗传分化。【结果】5个位点等位基因数为10~18,有效等位基因数为9.2796~16.0388,多态信息含量值为0.6760~0.8985,期望杂合度为0.3430~0.5284,说明所选5个微卫星位点均为高度多态性位点。8个种群的期望杂合度为0.2216~0.3701,平均值为0.2680;种群间遗传分化系数为0.1244~0.4116,平均值为0.2521;种群间基因流为0.3574~1.7596,平均值为0.9622。8个地理种群根据遗传距离聚为3个分支,遗传距离与地理距离呈显著的正相关关系 (r=0.4854,P=0.0180)。【结论】沙葱萤叶甲种群遗传多样性低,不同地理种群之间基因流较小,遗传分化程度高;沙葱萤叶甲迁移能力弱和地理阻碍可能是限制其基因交流和导致遗传高度分化的主要原因。     

Genetic variation of Avicennia marina (Forsk.) Vierh. (Avicenniaceae) in Vietnam revealed by microsatellite and AFLP markers

Genetic variation of Avicennia marina in the costal area of Vietnam was examined using microsatellite and AFLP markers. By using five microsatellite loci a total of 21 alleles were detected. The average number of alleles per locus per population ranged from 1.667 to 3.000. The observed heterozygosity varied from 0.180 to 0.263, with an average of 0.210 indicating relatively low level of genetic variation comparing to the previous studies on A. marina in the worldwide range. The expected heterozygosity was larger than the observed heterozygosity leading to positive inbreeding coefficients in all the six populations. Highly significant departures from Hardy-Weinberg Equilibrium were detected in four populations. AFLP analysis revealed a total of 386 loci, of which 232 (60.1%) were polymorphic. In congruent with microsatellite markers relatively low levels of genetic variation were detected at both gene and nucleotide levels (H = 0.086; pi = 0.0054). Reduced level of genetic variation was found in the central population, and in the southern populations. Both microsatellite and AFLP markers revealed large genetic differentiation (F(ST) = 0.262 and 0.338, respectively) indicating strong genetic structure among regional populations. Pairwise genetic distance by AFLP showed two populations in the north and the other two in the south are closely related each other.     

青鱼野生与养殖群体遗传变异的微卫星分析

研究利用自主开发的12个微卫星标记, 对来自于长江水系4个野生群体(湖北石首、湖南湘江、江苏邗江、浙江嘉兴)和1个养殖群体(江苏吴江)青鱼(Mylopharyngodon piceus)进行遗传多样性和遗传结构分析。遗传多样性分析结果显示这12个位点多态信息含量(PIC)介于0.660—0.923, 表明这12个位点均具有高度多态性(PIC>0.5)。5个群体的平均等位基因数(N_a)介于7.917—11.667, 平均有效等位基因数(N_e)介于4.837—6.035; 平均观测杂合度介于0.713—0.861; 平均期望杂合度介于0.749—0.819; 平均多态信息含量介于0.711—0.788, 表明这5个群体均具有较高的遗传多样性。遗传距离分析结果表明4个野生群体之间遗传距离较近, 养殖群体与这4个野生群体遗传距离均较远。UPGMA系统进化树显示, 湘江群体和石首群体首先聚为一支, 然后与邗江群体和嘉兴群体聚为一支, 最后与吴江养殖群体聚为一支。这12个微卫星位点具有较为丰富的遗传多样性特征, 可以用于青鱼不同群体的种质资源的评估和遗传多样性的分析。