哈尼梯田稻鲤共作与单养模式下福瑞鲤肠道菌群结构比较研究

【目的】分析不同养殖模式的福瑞鲤肠道菌群结构组成和群落特征。【方法】通过16S rRNA高通量测序技术,分析比较哈尼梯田稻鲤共作、传统池单养、水泥池单养模式下的福瑞鲤肠道菌群的结构组成和丰度差异。【结果】梯田稻鲤组(RCIC)、传统池鲤组(YPIC)和水泥池鲤组(HPIC)分别获得了2345、238和118个OTU。RCIC组的Sobs指数及PD指数最高,显著高于YPIC组(P<0.05),极其显著高于HPIC组(P<0.01);池塘单养模式下,两组之间多样性指数也存在显著差异,YPIC组大于HPIC组(P<0.05)。含量大于10%优势菌门：RCIC组主要为变形菌门(39.39%)、梭杆菌门(38.55%)和厚壁菌门(15.4%);YPIC组为变形菌门(21.87%)、梭杆菌门(58.27%);HPIC组为变形菌门(46.63%)、梭杆菌门(53.14%)。变形菌和梭杆菌为3组福瑞鲤肠道样品的优势菌群,其中的鲸杆菌属(Cetobacterium)、气单胞菌属(Aeromonas)为核心优势菌属。LEfSe线性判别分析(LDA>3)显示17个具有差异的标记菌属,...     

黄颡鱼肠道内寄生棘头虫位置分布的研究

长江丽棘虫和黄颡异１钩棘头虫单独在黄颡鱼肠中分布的相似性比例ＰＳ＝０．６８４。它们共同寄生在黄颡鱼肠道内,长江丽棘虫的寄生部位向前移,黄颡异钩棘头虫的寄生部位明显向后移,生态位宽度变窄,生态位重叠值下降。但是,它们的平均感染强度并未降低,种间正关联显著。     

黄颡鱼和杂交黄颡鱼“黄优1号”形态及性腺发育的比较

选取相同养殖条件的10月、22月和34月龄的黄颡鱼和新品种杂交黄颡鱼(黄颡鱼P. fulvidraco♀×瓦氏黄颡鱼P. vachelli♂)“黄优1号”进行形态及性腺发育的比较研究。通过形体指标测量发现“黄优1号”生长性能显著优于黄颡鱼; 在22月和34月龄黄颡鱼中, 雄性的体重是雌性的2倍左右, 雄性生长速度显著高于雌性; 而在“黄优1号”中, 两性生长异形现象被显著减弱。基于性腺解剖形态分析发现雌性“黄优1号”卵巢完全退化, 呈细线状结构且没有卵子产生, 故“黄优1号”雌鱼完全不育; 雄性“黄优1号”精巢组织呈现透明状和退化状态。精巢组织切片HE染色分析发现10月龄“黄优1号”的精小囊为空腔状几乎没有精子产生, 22月和34月龄“黄优1号”的精小囊内出现极少量精子。计算机辅助精子分析系统(CASA)分析发现, 相比于黄颡鱼, “黄优1号”精巢中精子量非常少, 有效活力低下; 经过繁殖能力测试, 22月龄“黄优1号”雄鱼不具备繁殖能力。新品种杂交黄颡鱼“黄优1号”在生长性能提高上显现了杂交优势, 具有推动黄颡鱼产业发展的潜力。     

应用DNA分子标记鉴定黄颡鱼、瓦氏黄颡鱼及其杂交种的研究

为区分黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco Richardson）、瓦氏黄颡鱼（Pelteobagrus vachelli Richardson）及其杂交种,前期研究构建了一个YY超雄黄颡鱼的BAC文库并筛选到了一个包含性别连锁标记Pf62-Y的BAC克隆。研究对该BAC克隆进行测序并鉴定到了一个新基因Inad-like,而且Inad-like的外显子序列在X和Y染色体上基本一致。通过黄颡鱼Inad-like的外显子序列及序列的保守性我们设计引物在瓦氏黄颡鱼中扩增获得了其部分内含子序列。通过内含子序列比对,发现瓦氏黄颡鱼比黄颡鱼少了一个DNA片段。基于黄颡鱼和瓦氏黄颡鱼的显著遗传差异,设计了一对引物,该引物在黄颡鱼和瓦氏黄颡鱼基因组中分别扩增出1908和1178 bp DNA片段,而且在杂交黄颡鱼中同时扩增出这两个DNA片段。总之,这个新的遗传标记提供了一种稳定、高效识别黄颡鱼及其与瓦氏黄颡鱼杂交种的方法。     

精液添加精氨酸和亮氨酸对杂交黄颡鱼受精和孵化的影响

为提高杂交黄颡鱼[黄颡鱼Tachysurus fulvidraco (♀)×瓦氏黄颡鱼Tachysurus vachelli (♂)]的繁殖效率,文章首先对精子保存液中L-精氨酸(L-Arg)和L-亮氨酸(L-Leu)两种功能性氨基酸的添加进行了研究,以找出最适添加浓度。实验以受精率、孵化率和畸形率为评判指标。结果显示,受精率随着L-精氨酸浓度的等倍增加,呈先升后降的趋势,且均显著高于对照组(P<0.05)。其中以0.50 mmol/L的浓度组最高,而对孵化率和畸形率均无显著影响(P>0.05)。随着L-亮氨酸浓度增加,受精率和孵化率呈先升后降,畸形率呈先降后升的趋势,其中0.80 mmol/L浓度组的受精率、孵化率最高,畸形率最低,且均显著优于对照组(P<0.05)。在两种氨基酸同时添加,当L-精氨酸浓度为0.4 mmol/L, L-亮氨酸浓度为1.0 mmol/L时,受精率、孵化率和畸形率均显著优于对照组(P<0.05)。其次,研究利用计算机辅助精子分析系统(CASA)对精子活力进行检测,结果显示, 0.4 mmol/L精氨酸与1.0 mmol/L亮氨酸的单...     

大豆皂甙对杂交黄颡鱼生长、免疫及肠道健康的影响

为探究大豆皂甙对杂交黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco♀×Pelteobagrus vachelli♂)生长、免疫及肠道健康的影响,在鱼粉、虾粉及玉米浓缩蛋白为蛋白源的基础饲料中分别添加0、0.20%、0.40%、0.80%、1.60%和4.00%的大豆皂甙,配制成6种等氮等脂的饲料饲喂初始质量为(1.0±0.17) g的杂交黄颡鱼,分别记为D0、D0.2、D0.4、D0.8、D1.6和D4.0等处理组,每组设3个重复,每个重复30尾鱼。60d饲养试验结束后测定生长指标、体组成、血清免疫、抗氧化酶活性和肠道炎症因子表达量等变化。结果显示:(1)与D0组相比,添加大豆皂甙的处理组增重率和特定生长率均显著性降低(P<0.05),饲料系数显著性升高(P<0.05)。试验鱼体蛋白含量和肌肉脂肪含量先降低后升高,体脂含量和肌肉蛋白含量先上升后下降。(2)随着饲料皂甙水平的提高,血清T-AOC持续降低, AKP、NO和CAT活性先升高后降低, ACP活性先降低后升高。(3) D0.8、D1.6和D4.0组试验鱼肝脏ACP活性显著高于其他组(P<0.05); D...     

黄颡鱼肠道病原拮抗性芽孢杆菌的筛选与特性研究

采用80℃水浴法从黄颡鱼肠道分离到65 株芽孢杆菌, 牛津杯法拮抗试验筛选到3 株抑菌活性很强的菌株, API 50CHB 试剂盒鉴定它们为枯草芽孢杆菌。选取抑菌活性最强的F14 进行特性研究。结果显示: F14在80℃、90℃和沸水浴中处理5min 后的存活率分别为96.7%、95.3%、52.9%。随时间的延长, F14 在90℃和沸水浴中的存活率均出现了较大幅度的下降。沸水浴处理10min 时, 其存活率减少至8.3%。在pH 3.0—5.0的范围内, 处理F14 1h、2h 后的存活率分别在98%、87%以上。F14 代谢粗提物具有较强的抑菌作用, 病原性嗜水气单胞菌在粗提物中培养2h, 细菌数量就开始急剧下降, 至 24h 时已检测不到活的细菌。此外, 喷洒在饲料中的F14 在室温、4℃和?20℃条件下储存, 细菌数量在4℃和?20℃存储20d 均无显著变化, 仅在室温下存储至第20 天时显著减少。研究表明, F14 抗菌谱较广, 抑菌作用强, 耐高温和酸性环境, 在饲料中稳定性好, 具有作为水产益生菌应用的潜力。       

杂交黄颡鱼与普通黄颡鱼幼鱼生长性能及耐低氧能力的比较

实验以杂交黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)和普通黄颡鱼幼鱼为实验对象, 拟通过8周的投喂生长和低氧胁迫实验, 比较研究杂交黄颡鱼与普通黄颡鱼的生长性能及耐低氧抗逆性。投喂生长实验: 经过8周的养殖, 杂交黄颡鱼平均体重为(19.60±0.88) g/尾, 显著高于普通黄颡鱼平均体重为(15.74±0.42) g/尾(P<0.05), 杂交黄颡鱼幼鱼较普通黄颡鱼幼鱼体重生长快24.52%; 杂交黄颡鱼幼鱼存活率为(87.78±1.92)%, 显著高于普通黄颡鱼幼鱼存活率(67.78±1.92)% (P<0.05), 杂交黄颡鱼幼鱼比普通黄颡鱼幼鱼存活率高 29.51%; 杂交黄颡鱼的饲料系数为1.18±0.14, 普通黄颡鱼饲料系数为1.36±0.21。低氧胁迫实验: 同时将杂交黄颡鱼和普通黄颡鱼置于在溶氧量(1.48 ± 0.27) mg/L的水体中, 分别在低氧胁迫0、6h、12h和24h后, 检测血清和肝脏中抗氧化酶活性以及脑和肝脏中缺氧诱导基因(HIF-1α)的相对表达量发现: 杂交黄颡鱼和普通黄颡鱼血清和肝脏中乳酸脱氢酶(LDH)活性、超氧化物歧化酶(SOD)活性和过氧化氢酶(CAT)活性在低氧胁迫后 6h以及总抗氧化能力(T-AOC)在低氧胁迫后 12h较低氧胁迫 0均出现显著性变化(P<0.05)且在低氧胁迫6h、12h和24h杂交黄颡鱼抗氧化酶活性均高于普通黄颡鱼; 杂交黄颡鱼和普通黄颡鱼脑和肝脏中缺氧诱导基因(HIF-1α)的相对表达量均在低氧胁迫后出现显著性上升(P<0.05)且在低氧胁迫6h、12h和 24h杂交黄颡鱼缺氧诱导基因(HIF-1α)的相对表达量均高于普通黄颡鱼。从无氧代谢能力、抗氧化能力以及缺氧诱导基因相对表达量3方面分析表明杂交黄颡鱼和黄颡鱼低氧胁迫短时间均具有一定的低氧耐受能力但随着胁迫时间延长均会出现氧化损伤且杂交黄颡鱼的耐低氧能力要显著性高于普通黄颡鱼。     

基于Miseq测序技术分析黄颡鱼不同养殖模式下池塘微生物群落结构多样性

利用Miseq测序技术分析了黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco (Richardson)三种养殖模式[(黄颡鱼单养、黄颡鱼混养草鱼(Ctenopharyngodon idellus, Valenciennes)和黄颡鱼混养草鱼、鳙(Aristichthys nobilis, Richardson)、鲢(Hypophthalmichthys molitrix, Valenciennes)]下养殖水体及底泥微生物群落结构多样性。结果显示, 12个样本共获得了655100条合格16S rDNA序列, 每个样本获得的有效序列数目为41256—77508, 可归纳为608—3686个分类操作单元。α多样性指数结果表明, 在三种养殖模式下末期水体的微生物群落丰度和多样性均高于养殖初期, 黄颡鱼混养草鱼模式下水体的群落丰度最高(Chao1指数: 2199.25, ACE指数: 2374.60), 黄颡鱼混养草鱼、鲢、鳙模式下水体微生物群落多样性最高(Shannon指数: 4.88, Simpson指数: 0.021)。样本聚类分析及PcoA主坐标分析结果表明, 黄颡鱼单养及黄颡鱼、草鱼混养模式下的水体和底泥的菌群组成及群落结构相似性较高, 黄颡鱼、草鱼、鲢、鳙混养模式下样本单独形成一类。从门水平的比较分析发现, 所有样本检测到细菌有8门, 其中变形菌门(Proteobacteria)的物种丰度在所有样本中占绝对优势地位。放线菌门(Actinobacteria)在养殖末期升高成为水体中占比第二的优势门, 尤其是黄颡鱼混养草鱼模式下(37.6%)。黄颡鱼在单养模式下, 养殖末期水体拟杆菌门(Bacteroidetes)细菌含量均明显增加(1.95%到10.98%)。从属水平的比较分析发现, 各样本之间的优势属组成有较大差异, 其中黄颡鱼在单养模式下水体样本中气单胞菌属(Aeromonas)在养殖末期丰度占优势(5.81%)。从微生物群落结构和多样性的角度考虑, 黄颡鱼、草鱼、鲢、鳙混养是一种值得推荐的养殖模式。     

低氧胁迫和恢复对杂交黄颡鱼“黄优1号”肠道组织的影响

为探究低氧胁迫和恢复对杂交黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco) “黄优1号”肠道组织的影响, 研究运用酶活测定、HE染色、qRT-PCR、TUNEL检测及16S rRNA测序技术等方法, 分析低氧胁迫[(1.0±0.1) mg/L]和恢复下[(7.0±0.5) mg/L]该鱼肠道氧化应激指标、组织结构形态、细胞凋亡及微生物组成变化。结果显示: (1)在低氧胁迫下肠道中抗氧化酶活性(SOD、CAT、GSH-Px)、能量代谢酶活性(LDH)、丙二醛(MDA)和脂质过氧化物(LPO)含量显著升高, 恢复溶氧后氧化应激反应也比较剧烈。(2)低氧胁迫阶段, 肠道组织受损现象逐渐加剧, 杯状细胞肿胀、黏膜层被侵蚀, 恢复溶氧24h后, 缺氧引起的生理变化并未得到明显改善。(3)肠道组织细胞凋亡程度随着低氧时间的延长而加剧, 凋亡相关基因(bax、caspase9和p53)的表达量显著升高, bcl-2基因的表达量则减少。(4)低氧胁迫阶段肠道微生物相对丰度降低, 低氧胁迫72h的处理组中以厚壁菌门(Firmicutes)(47.8%)和拟杆菌门(Bacteroidetes)(40.6%)的丰度最为优势, 恢复溶氧后肠道菌群数量有所增加; KEGG功能预测显示, 多数肠道微生物与代谢通路相关。研究结果可为解析低氧和恢复下杂交黄颡鱼“黄优1号”肠道组织内环境稳态调控机制提供理论依据。     

虾-贝-红树林耦合循环水养殖系统中微生物群落分析

海水循环水养殖系统是重要的生态养殖模式发展趋势之一, 为了深入了解循环水养殖生态系统, 通过对系统各功能区水体中细菌16S rRNA基因V4V5区进行高通量测序和生物信息学分析, 从微生物生态学角度分析了循环水养殖系统不同功能区的细菌群落结构动态。测序分析结果显示, 海水循环水养殖系统中优势细菌种群分别属于变形菌门(Proteobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和浮霉菌门(Planctomycetes)。红树林湿地水体中变形菌门和厚壁菌门丰度较高, 而对虾养殖池的拟杆菌门和浮霉菌门丰度较高。在不同优势类群中, 变形菌门多样性指数平均值最高, 其次是拟杆菌门, 厚壁菌门最低。在各功能区中, 红树林细菌多样性最高, 虾池最低。MDS分析结果显示虾池、贝池和红树林湿地水体中细菌群落结构有明显差异, 虾池与其他功能区差异最大。研究表明, 高密度对虾养殖对虾池水体中细菌群落有显著影响, 但其影响在循环水养殖系统后续功能区中逐渐减弱。     

微生物醌指纹法在环境微生物群体组成研究中的应用

微生物醌是能量代谢过程的电子传递体,不同的微生物含有不同种类和分子结构的醌。因此,环境样品中微生物醌的组成,即醌指纹可在一定程度上反映微生物的群体结构。本简要介绍了微生物醌的分析方法,并利用醌指纹对活性污泥中的微生物群体组成进行了解析。     

黄海中北部不同断面鱼卵、仔稚鱼群落结构特征

为了解黄海中北部近岸海域不同断面的鱼卵、仔稚鱼群落结构特征,基于2017年5月、6月和7月对黄海中北部近岸海域内不同断面表层水平拖网的调查数据,对该海域鱼卵和仔稚鱼的种类组成、数量分布、多样性等进行分析。结果表明:3个航次共采获鱼卵5493粒,仔稚鱼43尾,经鉴定共20种,隶属于7目16科20属,种类以鲈形目为主要类群。采获鱼卵、仔稚鱼的数量在不同月份和不同断面间有所差异,总体来看数量分布不均匀。采获鱼卵、仔稚鱼对应成鱼的适温类型主要由暖温种和暖水种组成,仅有少量冷温种,各生态类型种类数随断面不同有所变化,暖温种在调查海域内由北向南呈递减的趋势,暖水种则呈递增的趋势。鱼卵、仔稚鱼优势种和重要种组成在不同月份和不同断面间均有所差异,鳀(Engraulis japonicus)为5月航次调查海域及T1和T2断面的鱼卵优势种,仔稚鱼没有出现优势种。3个航次采集的鱼卵、仔稚鱼对应成鱼平均营养级分别为3.58、3.51和3.41,呈现逐渐降低的趋势。调查海域内鱼卵、仔稚鱼的丰富度指数(D)、多样性指数(H′)和均匀度指数(J′)均以5月航次最高, 6月航次最低。此外,两个断面各站位之间的丰富度指...     

稻虾共作水体浮游植物群落结构特征分析

为认识稻虾共作水体浮游植物群落结构特征, 于2016年4月至12月对江汉平原4处稻虾共作水体浮游植物和理化因子开展了逐月调查与分析。共鉴定出浮游植物7门124种, 其中绿藻78种、蓝藻16种、硅藻15种、裸藻3种、隐藻2种、甲藻7种、金藻3种。6—9月浮游植物的种类数、细胞密度、叶绿素a含量达到最大值, 最小值出现在12月份; 浮游植物细胞密度波动范围在1.37×105—2.93×108 cells/L, 叶绿素a含量的变化范围为0.15—208.60 μg/L。调查期间浮游植物的优势种共28种, 主要优势种有颤藻、蓝纤维藻、微囊藻、小球藻、隐藻等。浮游植物Shannon-Wiener多样性指数周年变化范围为0.64—6.3, 多样性指数最高出现在10月份, 最低出现在8月份。结果显示, 稻虾共作水体浮游植物群落结构较复杂, 细胞密度变化显示时空的一致性, 优势种组成以及优势度存在明显的空间差异(P<0.05), 稻田的浅水环境以及小龙虾的养殖行为显著影响浮游植物群落的结构。鉴于藻类作为初级生产者对于水生态环境和小龙虾健康具有重要作用, 关注种养结合水体中藻类群落的演变规律对于保障稻田种养的综合效益具有积极意义。     

海水养殖尾水处理系统中微生物群落对水处理阶段的响应

为了阐明南美白对虾高位池养殖尾水处理系统中不同水处理阶段微生物群落演替机制, 利用16S rRNA基因高通量测序技术分析了水体和生物膜的微生物群落结构。结果显示, 在水处理系统中主要是变形菌门(Proteobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)及酸杆菌门(Acidobacteria), 平均占细菌总OTU的88.61%。生物膜中生物多样性指数普遍高于水样, 与水体的共有菌为320种, 载体不同是造成群落结构差异的主要原因, 黏土陶粒和北美海蓬子(Salicornia bigelovii)根系是硝化作用的主要反应场所。在属水平上筛选出160种微生物, 主要属于变形菌门、拟杆菌门、浮霉菌门、蓝细菌门、厚壁菌门(Firmicutes)及放线菌门, 它们能够较好地区分菌群的来源及水处理的反应阶段。研究揭示了不同水处理阶段以及不同生物填料中微生物动态变化情况, 为今后的海水养殖尾水处理提供理论依据和技术参考。     

黄颡鱼性别连锁标记Pf62-Y的染色体定位简

正黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)隶属鲇形目、科、黄颡属,广泛分布于我国各大水域,是我国重要经济鱼类之一。桂建芳等[1]进行了黄颡鱼银染核型研究,沈俊宝等[2]也报道了黄颡鱼的核型,其核型为2n=52。刘汉勤等[3]利用人工雌核发育等技术开展了全雄黄颡鱼研究,认为黄颡鱼的遗传性别决定类型为XY雄性异配型,Wang,et al.在黄颡鱼中开展了性别连锁的DNA标记分离研究,     

黄颡鱼性别连锁标记Pf62-Y的染色体定位

{{@ convertAbstractHtml(article.abstractinfoCn, "cn")}}       

黄,渤海沿岸水域游泳动物群落结构时空格局异质性研究

依１９８０年至１９８５年搜集的系统生态学资料分析,黄渤海沿水域游泳动物群落由１８５种动物（１７７种鱼类和８种头足类）组成,暖温性和冷温性的复合区系,以及偶见种,季节种和习见种的多重生态学成分,以暖温性习见种占群落优势地位,其ＮＥＤ和ＢＥＤ分别占６８．８６％和６５．５９％,暖水性偶见种仅占０．１０％和０．１９％。群落结构的季节变化可归结为依ＢＥＤ聚合成暖季组（５－９月）和依ＮＥＤ聚合为冷季组（１０－     

水平潜流人工湿地堵塞初期微生物群落结构变化

为了寻找合适的湿地堵塞监测指标,文章通过运行4组湿地装置来模拟水平潜流人工湿地堵塞的过程,并研究人工湿地中微生物群落在湿地堵塞初期的响应。在人工湿地反应器运行过程中,定期监测基质过滤速率与人工湿地处理性能,包括化学需氧量(COD)、总氮(TN)和总磷(TP)去除效率,同时应用高通量测序技术测定并分析湿地反应器中微生物群落结构组成与多样性。结果表明:随着堵塞的形成,在4组人工湿地中,基质过滤速率和TP的去除效率持续下降,而COD和TN的去除效率分别为50%—85%和10%—20%; 16S rDNA测序结果表明堵塞会降低细菌群落的丰富度和多样性;人工湿地系统中的优势菌门主要是变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和绿弯菌门(Chloroflexi)等,且当湿地进入堵塞初期后,变形菌门丰度明显增加,具体表现为其门下的反硝化细菌属(Thauera、Zoogloea和Rhizobium)丰度显著增加,此外厚壁菌门和绿弯菌门的有机物降解菌属(Clostridium sensu stricto、Gracilibacter和Levilinea)的丰度也明显增加,这...