基于Perl脚本在NCBI网站自动或批量获取物种信息

根据物种学名、分类号、任意一段核酸或蛋白质的序列,判定其属于什么物种及其详细分类的信息如何,是生物信息分析的最为基础且重要的环节,但该过程的分析及结果的获取均为手动,费时费力且容易出错。本研究旨在解决如何在NCBI网站上自动或批量获取物种信息。通过解析NCBI在线BLAST结果及其网页源程序特点,利用Perl语言编写自动化脚本,以达到批量获取查询或比对结果的物种分类信息。本研究编写的Perl语言脚本可解决序列在NCBI在线比对后自动或批量获取物种的分类信息问题,适用于细菌、真菌、动物、植物等物种学名、分类号、核酸或蛋白质的任意序列,可以为同行生物数据分析提供参考。     

角质层的离析及显微观察方法

植物角质层的离析方法很多,获取化石植物的角质层可以同时用几种化学处理方法。舒氏液浸解是最常用的方法,也是几种方法共用时最关键的步骤。浸解液浓度过大或处理时间过长有可能破坏角质层的结构。对于已经获取到的角质层,利用相差光学显微技术可以增加反差。利用微分干涉光学显微技术不仅反差增加,而且有立体感,背景颜色也可以调节。荧光显微分析技术在不破坏标本的前提下,可以获取到表皮的特征。扫描电子显微镜具有观察不透明物体,放大范围广以及高的分辨力等优越性,可作为光学显微镜的必要补充。     

乔治斯·科勒尔

今天在生命科学研究和医学应用中,单克隆抗体成为最普遍的试剂之一,但这在三十多年前几乎是无法想象的,因为可产生特异性抗体的B淋巴细胞无法在体外长期培养,因此根本不可能获取足量的抗体用于研究.     

景深合成技术在植物光学微形态研究上的应用

介绍了利用电脑景深合成技术在光学显微镜上获得植物标本大景深图片的摄影方法。概述了此方法获取植物光学微形态特征清晰图片的基本步骤和优缺点。该方法制片简单,可利用最普通的生物显微镜、电子目镜结合计算机进行摄影,成本低,观察特征明显,获得的图片具有真色彩,并可拍出植物最鲜活的状态。此方法有可能成为未来植物微形态研究的一个重要手段。     

桂林七星公园猕猴的食物组成及季节性变化

觅食是动物最重、最常见的行为,动物通过觅食获取其生长发育、繁殖和运动所需要的营养与能量.     

脉冲超声多普勒胎心率检测与处理

胎儿心率的检测是胎儿监护的最主要的项目之一。胎心率的变化趋势与胎儿的健全程度(Well-being)、供氧状况、胎儿活力状况密切相关。围产期,特别是妊娠末期和分娩过程中,对胎心率进行监测,可及时发现胎儿在宫内缺氧、窘迫等危重症状,以便采取相应对策,保障新生儿的健康。胎心信号的获取是准确地测定胎心率的前提。胎心信号的获取方法主要有微音器法(FPCG)、胎儿心电法(FECG)和超声多普勒法。微音器法获取的是胎儿心音信号,它易受内外环境声音的干扰。胎儿心电法获取的是胎儿心电信号,可用直接法取得或经母体     

第四脑室注射Orexin-A对大鼠饮食摄取条件性位置偏爱的影响

目的:探讨第四脑室注射orexin-A(OXA)对大鼠饮食摄取条件性位置偏爱的影响。方法:将30只大鼠随机分成3组,即对照组,低剂量组和高剂量组,第四脑室分别注射生理盐水(NS)、orexin-A或orexin-A受体拮抗剂SB334867,观察大鼠按压杠杆获取蔗糖的次数和最高频率的变化。再选择30只大鼠,第四脑室注射orexin-A和SB334867,观察大鼠对高脂饮食(HF)食物的摄入量。另选取30只大鼠第四脑室注射orexin-A或SB334867,将大鼠置于条件位置偏爱箱来检测大鼠对HF条件性位置偏爱的变化。结果:与对照组相比,24小时禁食大鼠,第四脑室注射orexin-A,可显著增加大鼠按压杠杆获取蔗糖的次数和最高频率(P0.05)。而SB334867可显著降低大鼠按压杠杆获取蔗糖次数以及最大频率(P0.05)。第四脑室注射orexin-A,可使大鼠HF摄入量显著增加(P0.05),第四脑室注射SB334867,不影响大鼠HF摄入量,但会抑制普通饮食的摄入(P0.05)。第四脑室注射orexin-A能增强对HF饮食位置偏爱性的表达,注射SB334867后会显著抑制大鼠对HF饮食位置偏爱性的表达(P0.05)。结论:第四脑室注射Orexin-A可影响大鼠摄食行为,增加高脂饮食的摄入量,增强对HF饮食位置偏爱性的表达。     

Mol Med:抗寄生虫药物治疗脑癌疗效优于现有化疗药物

<正>Feinstein医学研究所Karches癌症研究中心教授Marc Symons博士正在测试一种治疗蛲虫的常用药物是否可以代替目前某种脑癌的疗法。近日他们在同行审查的、可开放获取的Molecular Medicine杂志上发表了一些研究成果。这些研究成果有助于延长遭受最常见的脑瘤--即低级神经胶质瘤病人的生命。低级神经胶质瘤是一种源于支持和保护大脑神经系统细胞的肿瘤。这些肿瘤的疗法包括手术治疗、放射疗法和化疗。因为大多数药物都不     

基于碱基组成的横向基因转移预测方法研究概况

横向基因转移(Horizontal gene transfer,HGT)是指物种从亲代以外的个体中获取遗传物质的过程,它对研究生物进化、细菌多样性等有着重要作用。目前最常用的HGT预测方法是基于碱基组成的方法。本文主要介绍此类方法的常用特征及研究现状。     

一种实用可靠的古代 DNA 获取方法

古代DNA序列信息能够为物种演化研究提供最直接的分子证据,但获取古代DNA的技术仍存在诸多瓶颈,尤其是扩增中存在受损伤DNA模板的干扰、获取成本高和实验周期长等问题．改进了异丙醇沉淀提取法,并采用了尿嘧啶糖苷酶(UNG)去除受损伤DNA模板后进行扩增的方法,最终可以高效地获取真实的古代DNA序列．实验利用距今4 300～3 900年前的猪牙样本,将改进的古 DNA 获取方法与常规方法进行比较研究,结果表明,改进的异丙醇沉淀法提取结合UNG处理后进行PCR扩增的方法,可以在保证古代DNA获取成功率并提高获得的DNA序列可靠性的前提下,将经费投入和实验周期都各减少至常规方法的50%以下．这可以为开展大规模古代样本检测提供一种切实可行的 DNA 获取方法．     

印度生物遗传资源和相关传统知识获取制度发展动态研究

印度是世界上生物多样性最丰富的国家之一,主张遗传资源主权归国家所有并实现遗传资源惠益公平分享。印度政府于2003年颁布了《生物多样性法》,2004年又补充颁布了《生物多样性条例》,明确规定国家对其生物资源及相关传统知识的主权、保护原则、主管部门和管理体系、获取和惠益分享等问题。2014年又制订发布了《生物资源及相关传统知识获取规则指南》,对生物考察和利用、商业开发的惠益形式与比例、成果转化程序与惠益分享方式、知识产权获取程序与惠益分享形式、第三方转让为研究或商业利用、豁免审批情况等都作出了详细明确的规定。从印度遗传资源获取与惠益分享制度体系发展动态来看,印度的制度构建过程是循序渐进,不断更新,逐步趋于完善、细化。印度的遗传资源制度体系建设紧跟国际发展形势,从原则性的规定发展到具体措施。印度与中国生物遗传资源及相关传统知识国情相似,国际谈判立场一致,印度的遗传资源获取与惠益分享管理制度体系构建思路值得中国在国内遗传资源获取与惠益分享国家制度体系构建借鉴。     

细菌病毒--噬菌体的应用概况

噬菌体是细菌病毒 ,它分裂细菌细胞可获取胞内物质 ,可改造做基因工程载体 ;噬菌体表面展示技术广泛应用于疾病诊断、特异性抗体及蛋白药物生产等。噬菌体双报告基因的插入在研究蛋白质功能方面显示了广阔的应用前景     

生物制氢工业技术进展

氢能是未来最有发展前景的新能源之一。以多种方式制备的氢气,通过燃料电池直接转变为电力,可以用于汽车、火车等交通工具,实现终端污染物零排放;也可以用于工业、商业和民用建筑等同定式发电供热设施（见图1）。生物制氢是可持续地从自然界中获取氢气的重要途径之一。     

几种植物叶的可溶性蛋白质

绿色叶子作为食物时,可为人类提供蛋白质、碳水化合物、类脂物、维生素和矿物质。但是可食性的叶子种类不多,而且是季节性的。有些叶子还含有抗营养成份和有毒化学物质。虽然,在人类日常饮食中,植物是碳水化合物和类脂物的主要来源,但蛋白质常常来源于动物。现在有人主张从豆类和谷类中摄取更多的蛋白质,但它们却缺乏某些必需氨基酸。而从烟草和大豆叶中获取的蛋白质却含有适量全部必需氨基酸。目前,世界人口正迅速增长,人类营养所需蛋白质短缺。叶蛋白质是地球上最丰富的蛋白质,可以缓解这一供需问题。     

利用SWISS-PROT网上获取生物信息学资源

生物信息学是是采用数学、统计学和计算机方法对生物学数据信息进行采集、存储、传播、分析、归类、解释的科学[1].Internet网络是信息传输、检索、获取、交流的重要手段.当前,在Internet网上可以查询到大量的生物信息学数据库,其中SWISS-PROT蛋白质序列数据库是网上生物信息学最核心的3个数据库之一.通过该数据库,可以较完整地获得生物大分子的序列信息.同时,研究者也可以将测定的序列信息通过该数据库予以认定、发表、交流.本文主要探讨SWISS-PROT蛋白质序列数据库的特点、检索方法及利用Internet获取蛋白质序列信息.     

微生物嗜铁素介导的铁摄取

嗜铁素是好氧菌和兼性厌氧菌的一种产物,它是微生物在低铁条件下产生的小分子的、特异性的Fe^3＋螯合因子。大多数的好氧和兼性厌氧微生物至少合成一种嗜铁素,由嗜铁素介导的铁摄取可能是细菌最普遍的一种获取铁元素的方式。     

南阳五号酵母原生质体制备及再生条件的研究

微生物细胞融合是细胞工程中的一个重要分支。它可跨越种间、属间的界线,实现远缘杂交。该技术不仅在研究细胞学、分子遗传学等方面有其重大的理论意义,而且也为工业微生物育种技术,获取具有     

高通量筛选地衣芽孢杆菌DW2高产杆菌肽诱变菌株

杆菌肽是一种广泛使用的广谱多肽抗生素,其作为次级代谢产物具有复杂的生物合成过程。以杆菌肽工业生产菌株地衣芽孢杆菌DW2作为研究对象,采用ARTP诱变和基于流式细胞仪的高通量筛选策略,获取杆菌肽高产菌株。通过筛选确定了8#6D、7#5E、6#7E、5#8D和2#5F 5株高产菌株,相对出发菌株分别提高20.9%、20.9%、20.8%、19.7%和22.2%,杆菌肽的最高效价达到912 U/mL。高通量筛选操作简单、安全,结合流式细胞仪高流速分选,可快速实现杆菌肽产量提高。     

森林害虫发生的空间模式研究进展

森林昆虫种群表现出多样的时空模式,空间同步性是其中最常见的。回顾了森林昆虫空间同步性的特点、形成机制及研究方法方面的进展。森林害虫发生的同步性是广泛存在的,但不同昆虫种类的同步性大小不同。空间同步性常随距离的增大而下降,还与时间尺度有关。Moran效应和扩散是解释空间同步性的两种主要机制,通常Moran效应的影响要比扩散大。从虫害发生数据的获取、同步性的度量及成因3个方面介绍了空间同步性的研究方法方面的进展。利用树轮生态学原理重建森林虫害发生历史的方法可在事后获取可靠的数据,很值得国内研究者借鉴和应用。在空间自相关度量上,空间统计学方法和地统计学方法都是非常有力的手段,但由于不能处理多时间点数据而限制了其在同步性研究中的应用。在同步性成因研究中,利用变异分解将基于距离的Moran特征向量图(dbMEM)作为空间变量研究害虫发生的驱动力是比较新颖的研究方法。     

古气候定量重建—共存似然估计正态分布法的新认识*

利用植物估计气候是定量重建过去气候参数的主要途径之一。共存似然估计正态分布法(P-CRACLE)是一种基于生物分类学的气候定量重建方法,它利用全球范围内的植物分布数据来获取植物的耐受区间,并假定植物分布的气候变量沿正态分布,以此计算植物组合最有可能共存的气候区间。该方法基于全球现代植物样地较好地验证了该方法的可靠性,但在获取植物分布数据以及气候数据的处理方面仍存在不足。为更深层次验证该方法的可靠性,本文挑选了26个研究点,基于全球生物多样性信息设施(GBIF)数据库获取植物的全球分布资料,并使用两种分辨率(0.5弧分、2.5弧分)的气象网格数据(WorldClim 2.1)获取分布点的气候参数,引入传统的相互气候范围方法(MCR)与P-CRACLE同时计算研究点的气候共存区间。结果显示,使用不同分辨率气象网格数据的结果无明显差别, MCR和P-CRACLE获取年平均温度的平均分辨率分别为8.3℃、1.7℃,年平均降水的平均分辨率为1120 mm、280 mm, P-CRACLE获取的气候区间分辨率远比MCR更精确。随后,基于每一种植物分类群的气候参数到达研究点气候观测值的百分位,选取百...