活性污泥总DNA提取方法的研究

采用冻融＋玻璃珠、溶菌酶＋SDS和冻融＋玻璃珠＋溶菌酶＋SDS的方法提取活性污泥的微生物总DNA,并对以上三种方法进行比较,从中确定最佳的方法,以实现普通实验条件下成功提取符合PCR扩增要求的DNA。经紫外光度分析及电泳结果表明,冻融＋玻璃珠＋溶菌酶＋SDS方法所得的DNA的OD260/OD280为1．81,电泳结果显示,所提DNA片段分子量大于10kb,适于酶解和PCR扩增要求,为PCR技术应用于活性污泥的研究提供了一种简便、可靠的DNA提取方法。     

土壤微生物总DNA的提取和纯化

本文建立了从土壤中提取总DNA的方法,并通过改进使适合于对革兰氏阳性菌的提取。用9种性质不同的土壤进行验证,均提取到了DNA,每克干土的DNA提取量从3.30μg～13.41μg,通过透析袋回收进行纯化,纯化回收率达到65.34%,纯化后的土壤DNA可以直接扩增出16S rDNA。9种土壤的提取率从60.51%～93.45%,可以从每g干土添加362个菌体的土壤中扩增到目的条带。     

沼气池污泥微生物总DNA提取方法的比较

沼气发酵系统是一个复杂的生态系统,其污泥微生物超过99%是不可培养的。为了优化沼气池纤维素的转化效率、沼气的产率和开展污泥微生物多样性研究,本研究采用化学裂解法、溶菌酶裂解法和QIAampDNA Stool Mini Kit提取了沼气池污泥样品中微生物的总DNA,对三种方法的DNA得率、纯度、大片段提取效果以及是否含有PCR反应抑制剂进行了研究,最后对16S rRNA基因V3区的扩增产物进行了PCR变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)分析。与化学裂解法和QIAamp DNA Stool Mini Kit法相比,溶菌酶裂解法得到的DNA量大、片段长、片段分布广、PCR扩增效率高;同时PCR-DGGE图谱显示,溶菌酶裂解法可更好地展示沼气池污泥中微生物的多样性。该结果为进一步提高沼气池中纤维素的转化效率和沼气生产优势菌种的质和量打下了一定的前期基础。     

厌氧颗粒污泥微生物群落结构与功能的研究进展

厌氧颗粒污泥(anaerobicgranularsludge,AnGS)是由多种功能微生物组成的自固定化聚集体,具有容积负荷高、工艺简单、剩余污泥产量低等优点,在废水处理领域中显示出巨大的技术和经济潜力,被认为是一种很有前景的低碳废水处理工艺。本文系统总结了近年来厌氧颗粒污泥微生物结构和功能的研究成果,从微生物学角度讨论了厌氧颗粒污泥形成及稳定的影响因素,并对今后厌氧颗粒污泥的研究进行了展望,以期为后续厌氧颗粒污泥技术的深入研究和实际工程应用提供参考。     

工业化废水处理反应器污泥总DNA提取方法

根据工业化废水处理反应器污泥特性,对常规的溶菌酶-SDS-酚/氯仿环境样品总DNA提取方法进行改进,增强样品预处理,强化细胞裂解,提高杂质去除效率,获得了一种工业化污泥总DNA提取的通用方法,并采用该方法对石家庄若干实际运行的工业化厌氧、好氧反应器的污泥样品进行了总DNA提取研究.结果表明,该方法对所选污泥样品均有效,具有普适性.提取的污泥总DNA杂质含量少,纯度高,A260/A280在1.8左右;提取效率较高.总DNA产率都在0.7 mg/g以上,最大产率可达0.85 mg/g.所提取的污泥总DNA可以直接作为模板进行PCR反应,PCR产物直接进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),能够得到较好的DGGE谱图,表明该方法提取的污泥总DNA样品可满足后续分析研究的要求.     

一种快速提取肠道微生物总DNA的方法

采集的兔肠道内容物及其粪便样品,通过分散浸泡、震荡洗涤、分级离心、滤器过滤、DNA提取试剂盒提取纯化,可以获得纯度很高的DNA样品。经0.8%琼脂糖凝胶电泳检测和紫外分光光度计测定,样品A260/A280的比值为1.72±0.02。分别以提取的DNA样品为模板,通过设计的细菌特异引物,对其16S rDNA基因进行PCR扩增,获得了1.6 kb大小特异性很好的预期条带。这为肠道微生物群落的分子生态学研究提供了一种简便、可靠的DNA提取方法。     

土壤微生物总DNA提取方法的优化

【目的】土壤中未培养微生物约占总量的99%,这就意味着绝大多数微生物资源还未得到开发和利用。本研究通过优化土壤微生物总DNA的提取方法,获得较高质量的DNA,为后期研究土壤微生物的多样性及构建大插入片段的宏基因组文库奠定基础。【方法】通过综合比较已报道的微生物DNA提取方法的优缺点,我们设计出一种新的提取方案。对提取过程中的几个关键步骤进行了优化,包括联合使用SDS-CTAB和溶菌酶一起来破细胞,利用氯仿除蛋白,使用PVPP柱纯化DNA等。比较分析了优化后的方法和3种已报道方法所获得的土壤总DNA的产量、纯度及片段大小。【结果】优化后的方法所获得的土壤DNA质量明显有所提高:每克土壤最高能提取95μg DNA,A260/A280和A260/A230比值更接近理想水平,PCR扩增能够得到明显的目标条带,DNA片段最大能达到100 kb左右。【结论】通过比较分析,最终确立了一种较理想的土壤微生物总DNA提取方法,为更好地开发利用土壤未培养微生物资源提供了有力工具。     

厌氧氨氧化颗粒污泥研究进展

厌氧氨氧化(Anaerobic ammonium oxidation,Anammox)工艺是一种新的生物脱氮技术。一经问世即得到人们青睐,现已成为废水脱氮的升级技术。厌氧氨氧化菌(Anaerobicammoniumoxidation bacteria,AnAOB)是Anammox工艺的功能之源。以颗粒污泥形态存在的AnAOB是Anammox颗粒污泥床脱氮系统的重要支柱。由于AnAOB生长缓慢且对环境条件变化敏感,Anammox脱氮系统不仅启动缓慢,而且运行极易失稳甚至崩溃。值得庆幸的是,AnAOB可自主选择、组合和固定功能菌群落而形成Anammox颗粒污泥,并通过其优良的重力沉降性能和高效的基质转化性能保障Anammox脱氮系统的持续工作。本文综述了AnAOB的种类和特性及Anammox颗粒污泥的组成、结构和功能,以期为Anammox工艺的优化和拓展提供参考。     

高活性厌氧颗粒污泥微生物特性和形成机理的研究

选择了几种生产废水和人工配水形成的厌氧颗粒污泥,进行了其微生物形态,特性和组成研究.成熟的颗粒表面电镜扫描观察表明,产甲烷索氏丝状菌是形成颗粒的主要细菌,在生长的后期相互缠绕形成拟颗粒状的菌团;八叠球菌在颗粒形成的初期也起到了一定的作用.本研究对人工配水颗粒污泥形成五阶段的污泥微生物组成和运行特点,以及“241”网状中空载体核对细菌的粘附作用等进行了初步观察.讨论了厌氧颗粒污泥形成必要的条件.     

红豆杉属植物三种不同总DNA提取方法的分析比较

红豆杉属植物均为濒危物种,也是国家一级保护植物.以红豆杉属植物叶片为材料,利用三种不同的DNA提取方法提取总DNA,用分光光度计和琼脂糖凝胶电泳方法检测所得总DNA的得率和纯度,用PCR扩增的方法检测所得总DNA的质量,并对三种不同提取方法的结果进行了比较分析.结果表明:CTAB法提取的DNA纯度和得率均较高,可直接用...     

可用于微生物群落分子生态学研究的活性污泥总DNA提取方法研究

活性污泥样品经液氮速冻、沸水浴融化、溶菌酶处理和 SDS裂解后 ,99%以上细胞裂解。所提取的 DNA经琼脂糖凝胶电泳检测和荧光法浓度测定 ,其片断大小在 2 0 kb左右 ,产量可达 1 .75 6± 0 .1 mg/g MLSS。样品 ABS2 6 0 nm/ABS2 80 nm的比值为 1 .96± 0 .2。以提取的总 DNA为模板 ,进行细菌核糖体小亚基 1 6Sr DNA基因 V3区和多组分苯酚羟化酶大亚基基因 (Lm PHs)的 PCR扩增 ,均获得成功 ,为活性污泥中微生物群落的分子生态学研究提供了一种简便、可靠的 DNA提取方法。     

一种提取蜘蛛基因组DNA的有效方法

介绍了用尿素法提取蜘蛛基因组DNA。通过与其他DNA提取方法相比较,证明尿素法具有可在室温条件下进行、DNA得率高、完整性好、简单快速等优点。以提取的DNA为模板进行PCR扩增,获得预期大小的、高重复、高GC含量的编码蜘蛛牵引丝蛋白基因的DNA片段。     

一种高效的植物DNA提取和PCR扩增体系建立

报道一种高效简易的植物DNA提取和PCR扩增体系。该体系仅需一步即可提取DNA,扩增时延长PCR预变性时间便能获得较好的目的基因扩增结果。本体系具有较高的实验稳定性和较好的物种适用性,将大大提高植物分子生物学实验和基于分子标记辅助的植物育种实验效率,节省科研成本。     

湿地土壤微生物DNA提取及其脱腐技术

DNA分子生物学技术的广泛应用,为全面了解微生物群落提供了有力的工具。本文建立了一种新的从湿地土壤中提取微生物总DNA的方法,即氯化钙-SDS-酶法。在直接提取DNA过程中采用氯化钙去除腐殖酸,DNA提取缓冲液中不使用EDTA螯合剂,提取过程用时4h左右。与其他两种方法相比,该方法高效去除湿地土壤腐殖酸,纯度较高,满足PCR扩增,为微生物生态学研究提供了一种高效的湿地土壤微生物总DNA提取和纯化技术。     

穿山甲标本和甲片的DNA提取及PCR扩增

为验证经处理后的穿山甲(Manis spp.)标本和甲片是否可以用于种间分子鉴定标记的开发及个体识别工作,本文在样品的预处理、消化、提取后纯化等方面对传统提取方法进行了改进,分别从穿山甲剥制标本、干皮标本及甲片中提取总DNA;然后用Cyt b基因扩增通用引物、12S rRNA基因全序列扩增引物、RAPD引物及微卫星引物进行了PCR扩增,并对部分扩增结果进行了序列测定.结果表明,除剥制标本的脚底皮张组织外,其他样品基本都可以提取出DNA.以此为模板的PCR扩增中,2种线粒体基因引物扩增出明显目的条带,RAPD引物扩增出种间特异条带,测序结果可用于种间特异性引物及SCAR引物的开发;微卫星引物在甲片样品中扩增稳定,可用于个体识别工作.     

一种从人血凝块中提取基因组DNA的方法

介绍了一种新的从人血凝块中提取基因组DNA的方法,用该方法提取的DNA成功地应用于PCR和限制性酶切等后续实验中。基本过程为首先机械粉碎,然后高盐高EDTA溶液处理,含蛋白酶K和SDS的消化液变换温度消化,苯酚氯仿抽提。     

Single Fish Egg DNA Extraction for PCR Amplification

Modern stock researches on marine biomass are basically genetic and rely increasingly on PCR-based manipulations of informative DNA markers for detecting the genetic diversity. This study developed a simple and rapid single tube method for DNA extraction from a single fish egg. The 15 min protocol was based on the use of Chelex 100 resin and urea to breakdown membrane and connective tissue of eggs. From various sizes of a single egg of walleye pollack (Theragra chalcogramma), the amounts of total nucleic acids were reproducibly obtained to be 18.25 ± 1.92 μg per egg. Using DNA templates diluted ranging 1/10⁰–1/10⁵, PCR amplification for the mitochondrial cytochrome b (Cytb) gene was successfully performed, and the 1/10² diluted template yielded the best result in PCR amplification for three different DNA marker genes. This method is quite simple and economical, and enables to provide the high throughput often demanded by the stock identification of marine biomass, in which large numbers of specimens of single fish eggs must be analyzed.     

Extraction, amplification and characterization of wood DNA from dipterocarpaceae

A successful DNA extraction from wood yielding appropriate DNA quality for PCR amplification allows molecular genetic investigations of wood tissue. Genotypes, the origin of sampled material, and species can be identified based on an investigation of wood if suitable information on genetic variation patterns within and among species is available. Potential applications are in forensics and in the control of the timber and wood trade. We extracted DNA from wood of Dipterocarpaceae, a family that dominates rainforests and comprises many important timber species in Southeast Asia. Several different DNA isolation techniques were compared and optimized for wood samples from natural populations and from wood processing enterprises. The quality of the DNA was tested by spectrophotometry, PCR amplification, and PCR inhibitor tests. An average DNA yield of 2.2 μg was obtained per 50–100 mg of dried wood sample. Chloroplast DNA (cpDNA) regions of different length were amenable to PCR amplification from the extracted DNA. Modification of DNA isolation techniques by the addition of polyvinylpyrrolidone (PVP) addition up to 3.1% into lysis buffer reduced PCR inhibition effectively. In order to evaluate the extraction method, we analyzed leaves and wood from the same tree by PCR amplification, genotyping and sequencing of chloroplast microsatellites.