吴茱萸的AFLP指纹图谱的初步研究

首次报道中草药植物吴茱萸基因组DNA指纹图谱的研究。吴茱萸是贵州省内经济价值极高的中草药之一,采用扩增片段长度多态性（AFLP）技术来分析来自不同地区的石虎、疏毛、大花吴茱萸3个品种的DNA指纹图谱,从18对引物中筛选出3对引物对19份材料的DNA检测,共得到93条带,其中多态性片段57条（平均61.3%）。3对引物组合从DNA指纹图谱上将19份材料完全区分开,结果表明AFLP技术是鉴别吴茱萸相近品种的有效方法,是形态学鉴定方法的有益补充;UPGMA方法聚类分析显示19份种质材料间的相似系数为0.235～0.941,表明吴茱萸种质间的遗传多样性丰富;余庆地区种植基地的石虎和疏毛样本聚为一类,提示人工栽培影响到吴茱萸的遗传特性。     

白杨杂种无性系抗寒性生理指标动态分析

 以6个毛白杨双杂交无性系为材料,测定了超氧化物歧化酶(SOD)活性,过氧化物酶(POD)活性、原生质膜透性等指标在冬季的变化。结果表明,各无性系SOD活性冬季变化可分为两种类型,其它指标变化模式基本一致,但各无性系间指标值差异显著;各无性系原生质膜透性均在12月达到最小,抗寒能力最强;以各指标值进行抗寒性综合评定,无性系间差异明显,各指标与综合评定结果间均存在显著相关。     

cDNA-AFLP技术在植物表达分析上的应用

阐述了一种mRNA指纹图谱技术,即cDNA_AFLP技术的原理和程序; 该技术具有重现性高、准确可靠、效率高等特点,可广泛应用于植物遗传标记分析、基因表达特性研究以及分离植物基因等,具有良好的发展前景。     

cDNA-AFLP技术在植物表达分析上的应用

阐述了一种mRNA指纹图谱技术 ,即cDNA_AFLP技术的原理和程序 ;该技术具有重现性高、准确可靠、效率高等特点 ,可广泛应用于植物遗传标记分析、基因表达特性研究以及分离植物基因等 ,具有良好的发展前景。     

西瓜核心种质的AFLP指纹图谱和SCAR标记

西瓜(Citrullus lanatus (Thunb.) Mansf.)种质资源的鉴定与评价是对其有效利用的基础.以往的研究表明, 西瓜是一种遗传资源特别狭窄的作物,在用同工酶、RAPD及SSR技术对西瓜种质资源进行鉴定时,发现很难将品种完全区分开来.本研究利用高效可靠的AFLP技术,对30个西瓜核心种质材料进行了遗传分析,最终建立了这30个材料的DNA指纹图谱.在该图谱中,每个材料均有其独特的"指纹",材料之间可以相互区分开来.为了进一步利用AFLP分子标记,将重要抗病种质材料"PI296341"的AFLP特异带转化成了生产上可以直接利用的SCAR标记.     

云南栽培种及野生种芋头的AFLP指纹分析

目的:分析云南芋头种质资源遗传多样性。方法:应用扩增片段长度多态性(AFLP)指纹技术,用3对AFLP引物对采集自云南省的9份芋头栽培品种及1份野生品种进行研究,分离AFLP多态性条带。结果:共分离到60个AFLP多态性条带,AFLP多态位点百分率为96.77%,云南芋头种质资源在DNA分子水平上表现出丰富的遗传多样性。聚类分析将10份芋头品种分为2组,遗传距离为0.101～0.908。结论:AFLP指纹技术是筛选品种间差异基因的有效方法,研究结果为云南省芋头品种鉴定、遗传相关性分析、特殊功能基因的分离等工作提供了一定的理论基础。     

基于ISSR标记的62个朱顶红品种的遗传关系分析及指纹图谱构建

采用ISSR标记方法分析了62个朱顶红(Hippeastrum spp.)品种(包含60个引自荷兰的品种和2个苏州本地品种)的遗传多样性,并采用UPGMA法对62个朱顶红品种进行聚类分析.在此基础上,通过特异性条带的比较及筛选,采用黑白方格示意图法构建了供试品种的ISSR指纹图谱.扩增结果显示:用11条引物从62个朱顶红品种的基因组DNA中共扩增出118条带,其中多态性条带109条,多态性条带百分率达92.4％,有5条引物扩增条带的多态性条带百分率达100.0％.62个品种间的遗传相似系数变幅较大,为0.371 4～0.842 9,表明各品种间存在丰富的遗传变异和遗传多样性.聚类分析结果显示:在遗传相似系数0.63处62个品种被分为7组,多数形态相似的品种被聚在一起;其中形态相似的白色单瓣品种间遗传相似系数较高(约0.8),大多聚在一起,表明它们同源性较高;而2个苏州本地品种间遗传相似系数最高(0.842 9),表明它们可能具有同一来源.品种‘小红星’在引物UBC873扩增图谱的450 bp处有1条特异性条带,而品种‘精灵’在引物UBC835扩增图谱的3 000 bp处有1条特异缺失条带,这2条特异性条带可分别用于品种‘小红星’和‘精灵’的鉴定.基于引物UBC835和UBC873的ISSR扩增条带组合构建了供试的62个朱顶红品种的ISSR指纹图谱,采用这一指纹图谱可对供试的所有朱顶红品种进行鉴定.     

部分两用桃品种(系)指纹图谱的建立

以近亲个体'顺10-16'、'青北10-7'和'贺春'为材料建立了两用桃AFLP研究体系,从64对引物组合中筛选出了E-AAT/M-ACT、E-AAT/M-CTG、E-ACA/M-CTG和E-ACA/M-CTT等4个多态性好、分辨率高的引物组合;应用该体系对'锦春'等23个两用桃品种(系)进行AFLP分析,结果共扩增出127条带,其中多态性带62条,多态性百分率48.8%,以其中特异性较高的23个多态性条带构建了这23个两用桃品系的指纹图谱,为两用桃品种鉴定及保护奠定了基础.     

基于CE-SRAP标记的榉树优良单株指纹图谱构建

建立了榉树SRAP分子标记技术体系,并在此基础上结合毛细管电泳技术(CE,capillary electrophoresis)对来自贵州、江西、浙江和日本京都的70个榉树优良单株进行指纹图谱构建和遗传聚类分析。筛选出13对SRAP引物,共扩增出2276个位点,均为多态性条带,多态性百分率达到100%,筛选出的任意一条引物在采用毛细管电泳技术的情况下均可将所有样本区分开。70个优良单株间的遗传距离变化范围为0.0078~0.3772,平均值为0.0629;遗传相似系数在0.9218~0.9565之间,平均值为0.9339,说明种源间遗传距离近,遗传相似性较高。SRAP遗传聚类分析结果显示,榉树的分类依次与其所生长的时间、地理位置以及秋季叶色和叶面光滑程度等性状相关。本研究可以为榉树优良单株无性系的分子鉴定、遗传资源管理及品种保护提供参考依据。     

西瓜核心种质的AFLP指纹图谱和SCAR标记

西瓜(Citnllus lanatus (Thunb.) Mansf.)种质资源的鉴定与评价是对其有效利用的基础。以往的研究表明,西瓜是一种遗传资源特别狭窄的作物,在用同工酶、RAPD及SSR技术对西瓜种质资源进行鉴定时,发现很难将品种完全区分开来。本研究利用高效可靠的AFLP技术,对30个西瓜核心种质材料进行了遗传分析,最终建立了这30个材料的DNA指纹图谱。在该图谱中,每个材料均有其独特的“指纹”,材料之间可以相互区分开来。为了进一步利用AFLP分子标记,将重要抗病种质材料“P1296341”的AFLP特异带转化成了生产上可以直接利用的SCAR标记。     

家蚕AFLP分子连锁图谱的构建及绿茧基因定位

利用改进的AFLP技术,对家蚕品系C100和大造的回交一代BC,群体进行连锁图谱的构建。经28对引物组合的选择性扩增,共获得了3956条带,平均每对引物产生141．3条带,获得多态性带只有1018条,多态性带的比率为25．7％。其中693(68．1％)个多态性位点符合1：1孟德尔分离比例。利用Mapmaker／Exp3．0软件进行连锁分析,构建了一张含有408个标记位点、33个连锁群、总图距为3676．7cM的连锁图谱,并将绿茧基因定位在该图谱的22连锁群上,表明该连锁群与家蚕经典遗传学的第15染色体相对应。     

A modified AFLP with fluorescence-labelled primers and automated DNA sequencer detection for efficient fingerprinting analysis in plants

A modified AFLP (amplified fragment length polymorphism) technique is described. Fluorescence-labelled primers were used in the selective amplifications. The amplified fragments were detected on denaturing polyacrylamide gels using an automated ALF DNA sequencer with the fragment option. The modified AFLP technique avoids the use of isotopes or silver staining, but gives a much higher resolution than other AFLP detection systems.     

糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)的AFLP指纹图谱分析

在对糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)的AFLP分析条件进行优化的基础上,利用该技术建立了14株产自不同地区的糙皮侧耳：DNA指纹图谱,并进行了数据分析。结果表明,在合成的14条引物的不同组合中,引物对E-3／M-3可以产生较多的DNA多态片段,E-AGC／M-CAT引物对的扩增效果最好,共获得184条DNA扩增带,其中多态性条带i101条,占54．89％。利用UPGMA法对所获数据进行聚类分析,计算得到糙皮侧耳菌株之间的遗传距离,发现不同品种间遗传距离差异较大,从0．192到0．754,说明糙皮侧耳的遗传多样性比较丰富。绘制的指纹分析树状图表明,14个糙皮侧耳菌株被分为6个组群,其中P17和杂3的相似性系数最高,达到了81．2％,而侧5与其他菌株的亲缘关系相对最远。     

应用AFLP标记对江西省猕猴桃种质资源的鉴别及其分类意义

 对江西省猕猴桃种质资源进行扩增片段长度多态性(AFLP)标记来鉴定分析.首先从64对引物筛选出4对引物,对31份种质材料的DNA进行检测,得到190个扩增基因位点,其中多态性位点179个,多态性比例为94.2%,对31份种质材料的区分率达到100%.然后,对扩增结果进行UPGMA聚类分析,谱系图显示,31份种质材料之间的相似系数在0.50～0.85之间,表明猕猴桃种质之间遗传关系相对来说不是很近.在相似系数0.56的水平上,可以将31份种质大致分为4个类群：净果组和斑果组为一类群;糙毛组为一类群;星毛组为一类群;中华猕猴桃和美味猕猴桃为一类群.从树状图中看,原为中华猕猴桃的一个变种的“赣猕5号”,现与中华猕猴桃并列,有对其作进一步分类方面深入研究的必要.本研究从分子角度鉴定分析了江西省猕猴桃种质资源及其遗传关系,其结果在很大程度上与传统分类是一致的,同时也为江西省猕猴桃种质资源分类学研究提供了新的证据.     

基于EST-SSR标记的南方型黑杨主栽无性系鉴定及亲缘关系分析

以南方型黑杨引进后主栽区重点推广栽植的12个无性系为研究对象,利用EST-SSR分子标记进行多态性分析,并建立无性系鉴定的指纹图谱,为优良黑杨无性系的推广提供依据。用EST-trimmer对NCBI数据库中的EST序列进行分析、MISA软件找出SSR位点后运用primer3在线设计获得的30对EST-SSR引物,对12个黑杨无性系进行PCR扩增。经过筛选获得18对多态性引物,对12个黑杨无性系进行扩增获得88个等位基因,多态率为70.5%,平均观察等位基因数为2.1463,平均Shannon’s多样性指数为0.5927。通过5对引物组合(EU147、EU43、EU11、EU164和EU81)可以将12个黑杨无性系进行区分,并在此基础上构建指纹图谱。亲缘关系分析发现无性系间的遗传相似系数为0.6020~0.9040,平均值为0.7691;无性系间的遗传距离较近,与其均来源于美洲黑杨和欧美杨的相似遗传背景有关。总之,EST-SSR标记可以对南方型黑杨主栽无性系进行有效鉴定。     

白杨无性系秋季水分参数与冬季抗寒性指标关系研究

选用7个白杨杂种无性系1年生苗为材料,采用P-V技术于秋季落叶前测定各无性系枝叶水分参数Ψ0π、Ψ1π00、RWC0、ROWC0、mεax,并于冬季不同时期测定了各无性系相对电导率、钾离子渗漏率、SOD酶活性和POD酶活性的动态变化,对无性系抗寒性进行了综合评定。无性系各项生理指标存在一定变化模式,相对电导率、钾离子渗漏率在12月份降至最低,以后逐步提高,无性系间在2月份变异最大;SOD酶活性和POD酶活性在各时期无性系间差异均较大;无性系抗寒能力评价结果表明,从落叶开始,抗寒能力逐渐提高,12月至翌年1月达到最大,2月份又迅速下降,此时无性系间抗寒能力差异也达到最大。将水分参数与抗寒性指标进行相关分析表明,大部分水分参数与冬季不同时期的抗寒性指标存在不同程度的相关性,特别是与春季指标相关更加显著,其中Ψ0π是相关性最为显著的指标,Ψ1π00相关不明显。     

番茄抗青枯病基因的AFLP分子标记

用番茄高抗青枯病品种“T51A”与高感青枯病品种“T9230”配制杂交组合,接种鉴定其正反交Ｆ₁代及Ｆ₂代分离群体的青枯病发生情况。结果表明,T51A对青枯病的抗性属于细胞质遗传,受1对杂合基因加性控制。用64个EcoRＩ/ＭseＩ引物组合对“T51A”、“T9230”两个亲本及其Ｆ₂代抗病和感病基因池进行AFLP分析,共扩增出约4200条可分辨的带,其中2条为稳定的差异。用“T51A”和“T9230”杂交产生的Ｆ₂代分离群体对2个特异条带与目的基因的遗传连锁性进行分析,发现特异条带AAG/CAT与暂定名为RRS-342的抗青枯病基因紧密连锁,二者之间的遗传距离为6.7 cM。将AAG/CAT片段回收、克隆和测序,成功地将其转化为SCAR标记,可以更加方便地用于对番茄青枯病基因的标记辅助选择。      

Differentiation of European cattle by AFLP fingerprinting

The Neolithic introduction of domestic cattle into Europe was followed by differential adaptation, selection, migration and genetic isolation, leading ultimately to the emergence of specialized breeds. We have studied the differentiation of European cattle by amplified fragment length polymorphism (AFLP) fingerprinting. Combining AFLP data sets from two laboratories yielded 81 biallelic polymorphic markers scored in 19-22 individual animals from 51 breeds. Model-based clustering differentiated Podolian cattle as well as French and Alpine breeds from other European cattle. AFLP genetic distances correlated well with microsatellite-based genetic distances calculated for the same breeds. However, the AFLP data emphasized the divergence of taurine and indicine cattle relative to the variation among European breeds and indicated an Eastern influence on Italian and Hungarian Podolian breeds. This probably reflects import from the East after the original introduction of domestic cattle into Europe. Our data suggest that Italian cattle breeds are relatively diverse at the DNA sequence level.