消化道微生态标准化样本库共识

正生物样本库主要是指标准化收集、处理、储存和应用健康和疾病生物体的器官、组织、细胞、血液、体液、分泌物、排泄物及生物大分子衍生物等各种生物样本,以及与这些样本相关的临床、检验、病理、影像、治疗、随访、患者知情同意等信息,包括质量控制、信息管理与应用系统。人类消化道生存着众多微生物,包括细菌、古生菌、真菌、病毒和原虫等[1]。肠道微生物与宿主     

初探病理科肿瘤组织样本库的建立

临床病理科有着最为丰富的肿瘤组织资源,其工作性质决定了在肿瘤组织样本的采集等方面具有得天独厚的条件,因此病理科在肿瘤组织样本库的建设中扮演最重要的角色。本文总结了肿瘤组织样本的收集、石蜡包埋组织样本和冰冻组织样本的保存、样本使用的科学管理等方面的经验以及问题,探讨了病理科建立肿瘤组织样本库的可行性。     

生物样本库是生物医学研究的重要基础

在生物医学研究飞速发展的今天,随着对健康和疾病认识的不断深入,传统的单病因、单基因研究模式已难以胜任复杂疾病的研究.医学科学的发展需要一种能提供疾病相关的、具有普遍意义的、全局式的分子信息数据库.生物样本库在其中所能发挥的关键作用得到了越来越多的重视.它从最初的小作坊模式经过100多年,尤其是近30年的快速发展已经演化成为科研院所和政府支持的生物样本库、商业化生物样本库及以人口为基础的生物银行等多种模式.伴随存储样本数据信息的复杂度不断快速增加,生物样本库除了收集样本相关的基本数据和诊断信息外,还延伸到配套信息,包括参加人和病人的多种表型,到目前已经迅速扩展到基因组学、蛋白质组学及其他的组学信息.如何科学地建设和管理这种大型复杂模式的生物样本库成为医学科学领域亟待规范、解决的问题.本文将从生物样本库的发展入手重点讨论其建设、管理和应用.     

国内生物样本库建设现状分析与对策探讨

?????? 生物样本库既包括生物样本实体也包括样本的相关信息,生物样本库的建设逐渐被全球所重视。中国拥有庞大的临床样本资源,如果能把这些宝贵的资源收集起来,合理利用,势必能为医学研究创造无限价值。文章描述了国内外生物样本库的建设情况,提出了关于我国生物样本库建设的一些建议。

     

赛默飞展示端到端的生物样本库和生物储存库解决方案

整体式生物样本库解决方案保障了生物样本的质量,提高了效率并促进了信息共享 中国上海,2011年11月16日——全球科学服务领域的领导者赛默飞世尔科技（以下简称：赛默飞）于11月16-19日期间在法国马赛举行的ESBB2011上展示其整体式生物样本库解决方案。这一综合性解决方案保障了生物样本质量,并涵盖了完整的生物样本库工作流程,包括样本收集、处理、     

生物样本库及其伦理问题简介

随着分子和基因组信息对流行病学影响的增加,无数遗传流行病学研究和后人类基因组计划的研究都越来越依赖人类生物样本库的使用。生物样本库的范围也已横跨学术或者医院环境下的小数量收集到大规模的全国性储藏。尽管生物样本库的概念并不新,但是在基因组研究和后人类基因组计划的背景下,伴随它们十几年极大发展的是无数待解决的伦理挑战。从生物样本库的概念着手,介绍了其与一般遗传数据库的区别以及建立生物样本库的意义;然后介绍并比较国际上已有的生物样本库,以及其伦理问题和伦理法律框架的发展趋势。     

生物样本库的建立与管理

目的:探讨医学研究中样本库的建库条件,样本的采集、保存和质量控制,以及样本库的信息化管理等问题。方法:流行病学现场采集人群的全血、血浆等标本,按分子生物学实验要求分装处理,于液氮或-80℃低温冷冻保存;建立了一套信息管理软件应用于样本库的管理。结果:2004年7月至2009年12月收集维吾尔族、哈萨克族、汉族人群的各类样本达2万余份,并且已应用于新疆民族高发性疾病的研究,效果良好。结论:生物标本库的建立,有利于合理有效地利用资源。     

组织保护剂对病毒核酸与豚鼠皮肤组织样本RNA的保存效果探究

病毒核酸和生物组织样本RNA容易受到外部环境的影响,极易发生降解,造成实验结果产生严重偏差。以病毒核酸与豚鼠皮肤组织样本RNA为研究对象,探究组织保护剂保存它们在不同温度放置不同时间后,对病毒载量以及豚鼠皮肤组织样本中RNA的保护效果。结果发现,在4℃保存30 d,25℃保存7 d或37℃保存24 h后,与初始病毒核酸量相比较,组织保护剂中保存的病毒载量未发生明显变化（P>0.05）。在4℃保存30 d,25℃保存7 d或37℃保存24 h后,与液氮储存组相比较,组织保护剂组与市售RNA later组均可以保持豚鼠皮肤组织中样本RNA的提取量和纯度,差异无统计学意义（P>0.05）。结果表明,组织保护剂可作为科研或临床组织样本的储存保存液,在4℃、25℃以及37℃条件下放置一定时间,不影响病毒核酸的病毒载量以及豚鼠皮肤组织样本RNA的提取量和纯度,使样本保存更简便高效。     

苹果山梨醇脱氢酶的基因表达、组织分布和活性调控

木本蔷薇科植物光合作用产物以山梨醇为主。成熟叶片中合成的山梨醇运输到果实等库器官后不是作为储存形式而是被转化为其它形式的糖参与代谢。NAD-依赖的山梨醇脱氢酶(EC 1.1.1.14)催化山梨醇转化为果糖,是苹果等植物库器官分解利用山梨醇的关键酶,其含量和活性直接影响光合同化物在不同组织器官间的分配,关系到果实产量和品质。本文对苹果NAD-依赖的山梨醇脱氢酶的基因表达、组织分布以及酶活性调控等方面的研究进展进行了综述和讨论。     

5例前列腺癌T细胞受体β链CDR3的多样性分析

T淋巴细胞受体(TCRs)在抗原识别免疫应答中作用重要,其多样性与宿主免疫反应及肿瘤预后判断密切相关。目的:采用高通量测序技术研究前列腺癌组织和癌旁组织中T细胞受体(TCR)克隆多样性及其克隆序列。方法:收集5例PC患者的癌组织和癌旁组织,提取DNA后经多重PCR技术对TCRβ链CDR3区进行扩增。用Illumina MiSeq进行测序,经过数据处理和比对分析,比较前列腺癌组织TCR CDR3组库的组成特征。结果:前列腺癌组织具有更高程度的克隆百分比和较高的高度扩增克隆比HEC(HEC:频率样本总读数的0. 5%的TCR克隆),并获得了24对在癌组织样本中差异表达的V-J基因组合、16对在癌旁组织样本中差异表达的V-J基因组合。结论:前列腺癌组织与癌旁组织均存在差异性的V-J基因组合以及高克隆表达的HEC,其中癌组织样品具有更高的HEC。PC发生发展对免疫学研究提供了新的数据,对PC免疫监视、T细胞受体变异标志等研究提供了参考,对以后继续研究打下了基础。     

条形码自助取单系统的临床应用

目的：通过创建条形码自助取单系统,实现检验报告单发放的自动化、科学化和人性化管理,实现无纸化验室。方法：在检验信息管理系统与医院信息系统实现无缝连接的基础上,门诊患者在医生申请检验项目收费处确认收费后,由门诊抽血护士站采集标本时生成条形码和条形码取单凭证,患者用条形码取单凭证上的条形码在自动取单机上扫描打印所有检验报告单,住院患者由医生根据申请在医生工作站自行打印检验报告单。结果：条形码自助取单系统代替了传统人工分发检验报告单的繁琐、遗失和重复打印等问题,节省人力,使用方便。结论：利用条形码自助取单系统实现了检验报告单管理的自动化、规范化和实验室管理的科学化,杜绝了交叉污染,保护了病人隐私。     

Quality control of human tissues-experience from the Indiana University Cancer Center-Lilly Research Labs human tissue bank

The success of molecular research and its applications in both the clinical and basic research arenas is strongly dependent on the collection, handling, storage, and quality control of fresh human tissue samples. This tissue bank was set up to bank fresh surgically obtained human tissue using a Clinical Annotated Tissue Database (CATD) in order to capture the associated patient clinical data and demographics using a one way patient encryption scheme to protect patient identification. In this study, we determined that high quality of tissue samples is imperative for both genomic and proteomic molecular research. This paper also contains a brief compilation of the literature involved in the patient ethics, patient informed consent, patient de-identification, tissue collection, processing, and storage as well as basic molecular research generated from the tissue bank using good clinical practices. The current applicable rules, regulations, and guidelines for handling human tissues are briefly discussed. More than 6,610 cancer patients have been consented (97% of those that were contacted by the consenter) and 16,800 tissue specimens have been banked from these patients in 9 years. All samples collected in the bank were QC’d by a pathologist. Approximately 1,550 tissue samples have been requested for use in basic, clinical, and/or biomarker cancer research studies. Each tissue aliquot removed from the bank for a research study were evaluated by a second H&E, if the samples passed the QC, they were submitted for genomic and proteomic molecular analysis/study. Approximately 75% of samples evaluated were of high histologic quality and used for research studies. Since 2003, we changed the patient informed consent to allow the tissue bank to gather more patient clinical follow-up information. Ninety two percent of the patients (1,865 patients) signed the new informed consent form and agreed to be re-contacted for follow-up information on their disease state. In addition, eighty five percent of patients (1,584) agreed to be re-contacted to provide a biological fluid sample to be used for biomarker research.     

JCI标准下的中药管理信息化

?????? 目的 改进医院中药管理,提升医院中药服务质量。方法 参照JCI标准,结合医院实际,通过信息化技术将中药药事服务的各方面进行改进,如建立电子处方系统、电子医嘱审核系统、中药电子发药系统以及进行煎药房的信息化改革,实行条码化管理和单剂量发药等,构建信息化的医院中药管理模式。结论 JCI标准下中药信息化管理提高了工作效率和服务质量,建立了中药药事服务方便快捷、准确合理的管理、服务机制,在提高整体药学服务水平与质量的同时也为整个医院的信息化建设和管理贡献了力量。     

信息管理系统对医院药品管理规范化的作用及意义

目的：评价血清中甲状腺特异性抗体的存在对乳腺癌患病风险的影响,为评估乳腺癌的预后及制定治疗方案提供理论依据。方法：计算机检索Medline（1950~2012）、EMBASE（1949~2012）、Pubmed（1946~2012）、Current Contents Connect（1998~2012）和Google Scholar（1992~2012）等英文数据库。收集关于甲状腺特异性抗体与乳腺癌（Breast Cancer, BC）相关性分析的横断面研究或队列研究。按Cochrane 系统评价方法,评价所纳入研究的文献质量,有效数据采用RevMan5.2 软件进行系统评价。结果：最终纳入6 项研究,共计6945 例患者。系统评价结果显示：乳腺癌的风险会随血清中甲状腺特异性抗体（包括甲状腺过氧化物酶抗体anti-TPO 和甲状腺球蛋白抗体anti-TG）的存在而增加（anti-TPO OR 2.51,95%CI： 1.94-3.25;anti-TG 2.67, 95%CI： 1.65-4.33）。结论：乳腺癌的风险会随血清中甲状腺特异性抗体的存在而增加,甲状腺特异性抗体可能为乳腺癌预后的评估以及治疗原则的制定提供理论基础。     

A bar code scoring system for behavioral research

A data collection method using lap-top computers and bar codes was developed and used in behavioral research. The studies involved several common sampling methods and a variety of study subjects. Advantages and restrictions of the system are discussed. Overall, we found bar code technology to increase both efficiency and accuracy of behavioral data collection.     

The importance of ethic in the field of human tissue banking

A tissue bank is accountable before the community in fulfilling the expectations of tissue donors, their families and recipients. The expected output from the altruistic donation is that safe and high quality human tissue grafts will be provided for the medical treatment of patients. Thus, undertakings of tissue banks have to be not only authorised and audited by national competent health care authorities, but also comply with a strong ethical code, a code of practices and ethical principles. Ethical practice in the field of tissue banking requires the setting of principles, the identification of possible deviations and the establishment of mechanisms that will detect and hinder abuses that may occur during the procurement, processing and distribution of human tissues for transplantation. The opinions and suggestions manifested by the authors in this paper may not be necessarily a reflection of those within the institutions or community they are linked to.     

自动设别技术在医院药品供应和管理体系中的应用

?????? 运用医院电子化药品物流平台,贯穿整个医院药品物流供应过程,并结合运用条形码扫描自动识别技术来判别调配药品以及数量的准确性,同时客观记录人员绩效管理数据。盘点误差由使用前的0.24%,降至零;2011年度验收拒收药品共74次;专业技术人员配备由7名降至5名。整个电子化药品物流平台贯穿医院药品物流始终,能确保入院药品信息准确,杜绝调剂差错,有效提升人员绩效管理,真正发挥药师应有的专业特长,更好地为患者服务。

     

Integration of a barcode reader with a commercial flow cytometer.

This report describes the application and installation of a barcode reader on a standard EPICS Elite flow cytometer. The barcode reader system eliminates keyboard entry of sample information on the cytometer. The system automates the transfer of sample information already present in our laboratory database to the cytometer at run time. The system uses a standard "off-the-shelf" bar code wand with a personal computer keyboard interface and requires no additional software at run time. No typing of sample information is required by the operator at any stage of normal sample operation at the cytometer. All operations are automatically coded into the cytometry software using the macro functions of the software. Tubes are inserted into the tube reader and sample information is transferred automatically into the cytometer. We have found that the system allows rapid and continuous operation of routine clinical and research samples. This automated data entry also reduces the possibility of data input errors.     

活植物信息数据库中的植物编码系统

本文概述了南京中山植物园活植物信息数据库中的植物编码系统,重点介绍了植物编码的生成方法。该系统通过将关系数据库ORACLE与Microsoft C所提供的完备的计算模型与关系查询语言的强功能管理手段结合起来,弥补了现行商用数据库的不足,获得了较高的时空效率。