婆罗门牛mtDNA D-loop变异及其遗传背景

对10头原种婆罗门牛mtDNA D-loop全序列912 bp测序，婆罗门牛遗传多样性丰富，检测到的9种单倍型兼有瘤牛(B. indicus)与普通牛(B. taurus)的遗传背景，核苷酸变异率为6.25%，单倍型多态度为0.978±0.054，核苷酸多态度为0.014 30±0.008 68。所有单倍型聚为明显的两大分支，婆罗门牛的大部分单倍型为普通牛单倍型类群， 并占绝对优势(90%)，仅Brah-6与亚洲瘤牛聚在一起，属于亚洲瘤牛线粒体单倍型，表明婆罗门牛的确是集亚洲瘤牛、欧洲普通牛等优良特性于一身(易产犊、产肉性能好、耐热与体表寄生虫等)的瘤牛品种之一。育种学家引种瘤牛的目的是改善当地牛的生产力与适应性，现代普通牛表现出明显又普遍的瘤牛渐渗现象。对现代的瘤牛品种而言，除亚洲瘤牛品种外，普通牛对其他瘤牛品种育成的贡献同样高。 支持瘤牛(B. indicus)为独立驯化、起源于印度次大陆的假说。     

西藏牦牛mtDNA D-loop区的遗传多样性及其遗传分化

通过测定和分析西藏11个牦牛类群114个个体的mtDNA D-loop区全序列,对西藏牦牛的遗传多样性、类群间的亲缘关系及其遗传分化进行了研究。结果表明:①西藏牦牛mtDNA D-loop区全序列长度为890—896 bp,4种核苷酸T、C、A、G的平均比例分别为28.5%、25.3%、32.4%、13.8%,西藏牦牛mtDNA D-loop区富含碱基A+T,表现出一定的碱基偏好性。②共检测到130个变异位点,占分析总位点数的14.33%;其中单一多态位点85个,占多态位点总数的65.38%,简约信息位点45个,占多态位点总数的34.62%。序列变异中碱基缺失、插入和碱基替换等均有,其中碱基替换变异类型中转换114次,颠换12次,在转换变异类型中以A/G、T/C为主,占95.61%,在颠换变异类型中以A/T为主,占75%。③在114个个体中鉴定出90种单倍型,单倍型多样性为0.981±0.008,核苷酸多样性为0.01056±0.00701,均说明西藏牦牛具有丰富的单倍型类型。④90种单倍型分为2个聚类簇(Ⅰ、Ⅱ),聚类簇Ⅰ包含80种单倍型,占全部单倍型的88.89%,涵盖本研究中所有的西藏牦牛类群;聚类簇Ⅱ中有10种单倍型,占单倍型总数的11.11%,涉及的类群有工布江达、帕里、丁青、巴青、江达、类乌齐、桑桑、桑日、斯布,说明西藏牦牛可能有2个母系起源。⑤西藏牦牛类群间核苷酸分歧度(Dxy)在0.503%—1.416%之间,聚类分析和AMOVA分析显示西藏牦牛可分为两大类,康布牦牛、嘉黎牦牛为一类,其余的牦牛类群为另一类。     

多浪羊mtDNA D-loop区遗传多样性及系统发育分析

以多浪羊为研究对象,分析绵羊线粒体D-loop区的遗传多样性,为研究多浪羊的起源和进化历史奠定基础。结果显示,多浪羊线粒体DNA D-loop序列长度为945~1 039 bp,A、T、G和C含量分别为29.4%、27.7%、17.7%和25.1%,其中A+T为57.1%,G+C为42.8%。研究获得了26种单倍型,56个多态位点,其中单一多态位点42个,简约信息位点14个。平均核苷酸差异数k为5.289,核苷酸多样度Pi为0.02 415,核苷酸多样度较低,说明多浪羊的遗传多样性贫乏,应采取重点措施予以保护。另外研究发现多浪羊经历过群体扩张,其母系起源除A、B和C世系外,可能存在D或E世系。     

黑琴鸡北方亚种mtDNA D-loop遗传多样性初步研究

黑琴鸡(Tetrao tetrix)为国家Ⅱ级保护动物,但近年来种群数量不断减少。因此,了解不同种群的遗传变异情况,可为制定保护管理策略提供依据,以便恢复野外种群的数量。本文测定加格达奇(42个个体)和呼伦贝尔市扎兰屯(76个个体)两个黑琴鸡种群的共118个个体的mtDNA D-loop 序列,共发现25个变异位点,定义了33个单倍型,整体的平均核苷酸差异数(K)为2.608,核苷酸多样性(π)为0.228%,种群的遗传多样性偏低,两个种群有一定的基因交流,N_m为14.63,群体间无显著的遗传分化。Tajima's D和Fu&Li's D的估算结果表明,这两个黑琴鸡种群相对于中性的歧异度并没有明显的偏离(P>0.1),两个种群可能未经过大规模的种群扩张过程。     

基于mtDNA D-loop分析高原鳅群体遗传多样性和系统发育

本研究以高原鳅属6个群体共82尾个体的线粒体DNA D-loop高变区为标记,采用分子生物信息学方法分析其遗传多样性及系统发育关系.结果表明,在570 bp的mtDNA D-loop中共检测到149个多态位点,由此界定了 39个单倍型.在6个群体中,单倍型多样度(Hd)由高到低依次为细尾高原鳅(T.stenura)(0...     

用6个微卫星座位研究BMY牛和婆罗门牛的遗传多样性和群体遗传结构

 对6个牛微卫星座位的遗传变异及多态性分析,以期了解BMY牛和婆罗门牛的群体遗传结构与育成情况。6个微卫星座位的多态信息含量为在0.524～0.752间,BMY牛、婆罗门牛两个群体的平均期望杂合度和观察杂合度值接近,分别为0.737 6和0.739 6,0.641 2和0.653 7,进入横交固定第二世代的BMY牛期望杂合度值较高,这与我们的育种进展相符。红安格斯的期望杂合度较低(0.460 9)接近日本和牛0.471,暗示红安格斯牛的同质性较高。                       

中国黄牛mtDNA D-loop遗传多样性及起源

黄牛自古以来就是我国一个重要的畜种,其经济、文化价值很高。我国是世界上黄牛品种资源最丰富的国家之一。据《中国牛品种志》介绍,把一些地区同种异名的黄牛品种合并以后,尚有28个地方黄牛品种,按照其地理分布区域分为北方黄牛、中原黄牛和南方黄牛三大类型(邱怀,1986)。如果把中国地方黄牛品种分得更细,则有49个固有品种(常洪,1995)。关于中国黄牛的起源,历来有不同的观点。一般认为,中国黄牛是多元起源的,但究竟起源于哪几个牛种,观点不一(陈宏等,1993;于汝梁等,1993;Yu et al.,1999;陈幼春,1990)。主要的观点有:(1)中国黄牛主要起源于…     

都柳江南方白甲鱼群体mtDNA D-loop序列及遗传多样性分析

为探究都柳江流域南方白甲鱼种群种质资源现状。本研究以采集自都柳江的40尾南方白甲鱼个体为实验样本,使用mtDNA D-loop分子标记技术,得到了长度近700 bp的南方白甲鱼D-loop序列。经分析序列中碱基A、T的含量高于碱基C、G,识别了序列的保守序列区、终止序列区和中央保守区以及相关的核心序列。都柳江南方白甲鱼群体D-loop序列有变异点13个,变异类型包括缺失、插入、转换和颠换。多态位点11个,其中单突变点和简约信息点分别有3个和8个。碱基转换颠换比为4.5∶1,变异尚未达饱和。确定了15个单倍体型。都柳江南方白甲鱼群体D-loop序列单倍型多样性度和核苷酸多样性指数分别为0.877 7和0.003 3。都柳江南方白甲鱼群体近期可能存在扩张现象,但其核苷酸多样性较低,需要开展其种质资源研究和保护。本研究从分子水平上为都柳江南方白甲鱼种质资源的评价、开发和利用提供基础。     

西南地区家猪和野猪mtDNA遗传多样性研究

本实验用ＡｐａＩ、ＡｖａＩ、ＢａｍＨＩ、ＢｃｌＩ、ＢｇｌＩＩ、ＢｇｌＩＩ、ＣｌａＩ、ＥｃｏＲＩ、ＥｃｏＲＶ、ＨｉｎｄＩＩＩ、Ｈｐａｌ、ＫｐｎＩ、ＰｓｔＩ、ＰｖｕＩＩ、ＳａｃＩ、ＳａｌＩ、ＳｃａＩ、ＳｍａＩ、ＸｂａＩ和ＸｈｏＩ等２０种限制性内切酶分析来自中国西南地区的家猪和野猪的ｍｔＤＮＡ群体遗传多样性。结果表明：在全部２８只个体中,共检出２６种限制性态型（ｍｏｒｐｈ）,归结为６种不同的限制性类型,限制性类型的差异主要来源于少数几个限制性位点的偶然突变。利用现代分子群体遗传学方法,对这些猪的遗传多样性进行评估,结果表明中国西南地区猪的ｍｔＤＮＡ变异度很低,遗传多样性贫乏,提示西南地区的猪起源于一个共同的祖先,在品种形成的早期可能受到创立者效应的制约。     

川金丝猴mtDNA D-loop序列遗传多态性分析

采用非损伤性DNA分析技术,分析了甘肃白水江保护区、陕西长青保护区、湖北神农架保护区3个川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)种群中的20份粪便样品和2份肌肉样品,成功扩增了mtDNA D-loop区部分片段。经过GenBank数据库的BLAST比对,确定了22份样品均来自川金丝猴,经过Clustal W和DNASP软件分析,在22份川金丝猴mtDNA D-loop区393bp中,共检测出54个多态性位点,分为17个单倍型,单倍型多态性(h)为0.965,核苷酸多态性(π)为3.10%。3个种群之间的遗传距离为0.003～0.098,核苷酸差异为0.08%～2.80%,表明所得到的川金丝猴样品中存在着较丰富的遗传多态性,种群间存在一定的遗传差异。     

中国部分地方黄牛品种线粒体D-loop区的遗传变异与进化分析

测定了13个黄牛品种125个个体的线粒体D-loop区段的全序列,包括12个中国地方黄牛品种的123个个体和德国黄牛2个个体,并进行了分析。结果显示,共检测到93个变异位点,57个单倍型,平均核苷酸差异(average number ofnucleotide differences,k)为22.708,核苷酸多样度(nucleotide diversity,π)为0.0251±0.00479,单倍型多样度(haplotypediversity,Hd)为0.888±0.026,表明我国黄牛品种遗传多样性非常丰富。构建的Neighbor-Joining进化树显示这13个品种主要分成两大类型:普通牛和瘤牛;新发现的特殊类型Ⅲ只有一个西藏阿沛甲咂牛的个体,它与牦牛D-loop序列最相近,证明西藏地区的黄牛与牦牛之间存在基因渗入现象。普通牛和瘤牛在日喀则驼峰牛中占的比例分别是64.3%和35.7%,在阿沛甲咂牛中占的比例分别是50.0%和50.0%,证明了西藏的黄牛也有瘤牛类型。云南牛品种的单倍型非常丰富证明了云南在中国黄牛起源上的重要地位;在27个中国黄牛品种中(本研究11个品种以及GenBank上的16个品种)找到了中国瘤牛的核心单倍型i1,并且对它进行了讨论。同时证明了西藏瘤牛独立于中国瘤牛核心类群的特殊性。     

平凉地方牛群体母系遗传背景

牛(Bos)的驯养作为农耕文化重要内容之一,在我国历史悠久,长久以来形成的役用型逐步被肉用型所替代.为了揭示平凉地方牛群体的遗传背景,分析其是否具有生产优质牛肉的遗传基础,本研究测定了88头平凉地方牛群体mtDNA D-loop HVS序列,对包括平凉地方牛群体在内的我国23个地方牛群体单倍型分布及系统发生关系进行了分析.结果表明,mtDNA D-loop高变区,在平凉地方牛群体共有52个单倍型,23个地方牛群体共有95个单倍型,这些单倍型在系统发生树和中介网络关系中分布于两个分枝,即瘤牛型和普通牛进化枝.因此,我们认为平凉地方牛群体和我国其他牛种一样,存在普通牛和瘤牛两个母系起源的遗传背景.     

贵州黄牛mtDNA D-loop 遗传多样性研究

对贵州4个地方黄牛品种共计82个个体的线粒体DNA D-loop区全序列910 bp进行分析,检测到31种单倍型,其核苷酸多态位点65个,约占所测核苷酸总长的7.14%,其中有62个转换,2个颠换,1个转换/颠换共存。贵州4个黄牛品种mtDNA D-loop区核苷酸多样度（π值）为2.16%～2.61%,单倍型多样度（H）为0.695～0.909,表明贵州黄牛mtDNA遗传多样性比较丰富。根据单倍型构建了贵州4个黄牛品种的NJ分子系统树。聚类表明,贵州黄牛有普通牛和瘤牛2大母系起源,其影响较为均一。并探讨了用核苷酸多样度π值的大小来衡量黄牛群体遗传分化程度的可行性。      

凉地方牛群体母系遗传背景研究

黄牛（Bos taurus）的驯养作为农耕文化重要内容之一,在我国历史悠久,长久以来形成的役用型逐步被肉用型所替代。为了揭示平凉地方牛群体的遗传背景,分析其是否具有生产优质牛肉的遗传基础,本研究测定了88头平凉地方牛群体mtDNA D-loop HVS序列,并对包括平凉地方牛群体在内的我国23个地方牛群体单倍型分布及系统发生关系进行了分析。结果表明,mtDNA D-loop 高变区,在平凉地方牛群体共有52个单倍型,而23个地方牛群体共有95个单倍型,这些单倍型在系统发生树和中介网络关系中分布于两个分枝,即瘤牛型和普通牛进化枝。因此,我们认为平凉地方牛群体和我国其他牛种一样,存在普通牛和瘤牛两个母系起源的遗传背景。     

中国部分黄牛品种mtDNA遗传多态性研究

对我国8个黄牛品种22个个体的mtDNA D-loop区910bp全序列进行了分析。结果表明：8个黄牛品种D-loop区序列中,A T平均含量为61．65％;经比对,共检测到66个核苷酸多态位点,约占核苷酸总数的7．25％;D-loop全序列突变类型有5种,即转换、颠换、插入、缺失及转换与颠换共存,它们分别占核苷酸多态位点的81．82％、6．06％、7．57％、3．03％及1．52％。以欧洲牛mtDNA D-loop全序列为标准,8个黄牛群体D-loop的平均核苷酸变异率分3个层次：西镇牛、蒙古牛、黑白花牛及秦川牛的核苷酸变异率最低,分别为0．37％、0．44％、0．52％和0．66％;南阳牛与郏县红牛的核苷酸变异率居中,分别为1．91％和2．02％;晋南牛与岳阳牛的核苷酸变异率最高,分别为4．47％和4．73％。中国黄牛品种内D-loop区序列歧异度为0．55％～5．39％,品种间序列歧异度为1．21％～6．59％。在所测黄牛个体中,mtDNA D-loop序列由19种单倍型组成,单倍型比例为86．36%,说明中国黄牛mtDNA遗传多态性很丰富。由此构建了中国8个黄牛品种的NJ分子系统树,聚类分析表明：所测黄牛的mtDNA D-loop序列表现为3个单倍型组,从而揭示中国黄牛可能有3个母系起源,以普通牛起源和瘤牛起源为主。     

中国部分家养山羊mtDNA D环区遗传多样性与进化

对我国10个家养山羊品种140只个体的mtDNA D-loop区进行测序分析, 测得结果: 整个D-loop区为 1 211~1 213 bp, 共检测到84种单倍型, 171个多态位点。其中核苷酸多样性(Nucleotide diversity, Pi)为: 0.02063 ± 0.00225, 单倍型多样性(Haplotype gene diversity, Hd)为: 0.988 ± 0.003, 平均核苷酸差异数(Average number of nucleotide differences) k为: 24.896。表明我国家养山羊品种遗传多样性丰富。通过构建NJ网络进化树, 得出中国家养山羊主要分为两大支系, 并且其中一支与角骨羊(Capra aegagrus)聚在一起, 而旋角野山羊(Capra fal-coneri)单独聚为一支, 说明角骨羊对中国家养山羊贡献较大。     

贵州疣螈D-loop区和tRNAPhe序列变异及群体遗传多样性

贵州疣螈(Tylototriton kweichowensis)是我国特有的国家Ⅱ级保护动物,分布面积极为狭窄。为了解其遗传多样性现状,作者采获了几乎覆盖其分布范围的12群体的58个体的材料,测定了线粒体D-loop区(mtDNA控制区)及tRNAPhe基因全序列共808bp,发现16个变异位点,定义了26个单元型。遗传多样性检测显示,贵州疣螈种群具有高的单元型多样性和低的核苷酸多样性。Tajima’s D和Fuand Li’s D值检测结果均表明,贵州疣螈种群相对于中性进化的歧异度并没有明显的偏离。系统发育及网络进化分析没有显示出单元型和地理位置的对应关系,各群体的单元型都相互散布在不同的分布群中,呈现一种混杂的分布格局。水城群体与其他任一群体间基因流Nm1,有分化的迹象。总的来说,贵州疣螈各群体之间没有发生极显著的遗传分化,因此建议将贵州疣螈所有群体作为一个整体管理单元加以保护。