生物信息学软件研究的可视化分析

以Web of Science数据库为数据来源,利用Cite Space和UCINET软件对发表在Nucleic Acids Research期刊上有关生物信息学软件研究的文献做了可视化分析,揭示了该领域的研究力量、作者团队与高被引作者、知识基础、期刊分布、研究热点与前沿,为生物信息学软件的研究和发展提供必要的参考依据。     

国际生物信息学研究的可视化分析

利用当前主流的信息可视化分析软件Cite Space对2005~2014年间SCI收录的生物信息学的5种高影响力外文期刊所刊载论文的题录数据进行统计和可视化分析,绘制该领域的关键词共现、膨胀词共现、经典文献共现、高被引文献共现和关键节点文献共现的网络可视化图谱,试图揭示生物信息学领域的研究热点、研究前沿以及知识基础,以期帮助研究人员了解该领域在国际范围内的研究态势。     

2000～2005年《生物化学与生物物理进展》载文被引分析

依据美国《科学引文索引(扩展版)》(ScienceCitationIndexExpanded,SCIE)和期刊引证报告(JournalCitationReports,JCR),采用文献计量方法对2000～2005年《生物化学与生物物理进展》载文被引用情况进行统计分析及评价.该刊论文平均单篇被引次数为1.70次,被引作者分布于国内23个省(直辖市)和部分国外作者,北京、湖南和广东发表在《生物化学与生物物理进展》上的论文被引比率较高.在被引机构中来自中南大学湘雅医学院的论文被引频次最高.共有115种期刊引用《生物化学与生物物理进展》.     

《环境昆虫学报》2001-2010年载文被引统计分析

利用"中国学术期刊文献评价统计分析系统",对《环境昆虫学报》载文在2001～2010年所刊载论文的被引用情况进行统计分析。结果表明,在2001～2010年间《环境昆虫学报》10年共载文504篇,有343篇论文,被引率为68.06%;被引用1904次,篇均被引次数为5.55,单篇被引最高次数为40次;被引用5次以下的论文占63.57%;引证期刊262种,引用3次以下的期刊占74.81%。同时,对被引论文作者进行了系统分析,特别阐述了高被引论文的详细信息,从而提出从统计得出的高被引频次论文作者及研究热点着手,加强组稿,突出栏目特色,提高刊物对高质量论文的吸纳能力。     

基于文献计量分析的土壤微生物群落构建研究态势

土壤微生物群落构建是当前的热点研究领域,中国学者对此开展了大量研究,发表了众多高水平论文。采用文献计量方法,对2003-2022年期间WOS （Web of Science）核心合集数据库收录的该研究领域论文的数量、被引频次、作者、国家（地区）、研究机构、期刊以及关键词进行统计。基于VOSviewer可视化软件分析贡献居前的作者、国家（地区）、研究机构、期刊以及重要关键词,借助Scimago Graphica软件将不同国家（地区）的发文数量可视化,利用bibliometrix包（R语言）分析研究热点的演变趋势。结果表明：在2003-2022年间,中国学者在本研究领域共发表论文374篇,排名世界第一;根据年度发文量,该领域的研究历程大体可分为三个阶段,分别为萌芽期（2003-2005年）、波动发展期（2006-2011年）和指数增长期（2012-2021年）;Zhou JZ （周集中）、Li XZ （李香真）和Chu HY （褚海燕）是本研究领域的核心作者,中国科学院是核心研究机构,Frontiers in Microbiology为WOS数据库文献的主要来源期刊;本领域研究热点词的演变与测序技术的发展紧密关联,测序技术从454焦磷酸测序发展到高通量测序和宏基因组测序,推动了该领域从优先效应和中性理论等概念的引入发展到通过模型确定确定性过程和随机性过程相对贡献的定量研究。在系统描述2003-2022年土壤微生物群落构建领域的研究现状及研究热点的基础上,提出了未来可能的一些重要研究方向,有助于相关学者加深对该研究领域的理解,对进一步聚焦土壤微生物群落构建领域的研究方向具有重要参考价值。     

基于文献计量学的亲生物设计研究进展

在探索我国城市绿色发展、健康发展的进程中,亲生物设计的理论、方法和技术日益受到学界的重视。在论述亲生物设计概念和发展背景的基础上,通过文献计量方法,以国内权威的中国知网(CNKI)数据库和国外(WOS)核心数据库为数据来源,按关键词检索精选出与“亲生物”主题相关的1999—2022年的国内外文献,统计文献的年发文数量、作者、论文被引频次等,运用CiteSpace文献计量可视化软件,分析并绘制作者被引频次、国家发文量、关键词共现和聚类、学科研究方向图谱,得到结论如下：(1)亲生物设计研究领域共发表论文539篇,其中WOS收录217篇,CNKI收录322篇,年度发文量总体上呈上升趋势;(2)《Biophilia:does visual contact with nature impact on health and well-being?》是WOS文献中被引频次最高的论文,《疗愈导向的街道设计：基于VR实验的探索》是CNKI文献中被引频次最高的论文;(3)耶鲁大学的史蒂芬·科勒特(Stephen R. Kellert)教授是基于WOS文献的亲生物设计研究领域的核心作者;(4)美国、澳大利亚...     

期刊评价指标解释

1.总被引频次指该期刊自创刊以来所登载的全部论文在统计当年的统计刊源中被引用的总次数。该指标可以客观地说明该期刊总体被使用和受重视的程度,以及在学术交流中的作用和地位。2.影响因子指某期刊前两年发表的论文在统计当年的被引用总次数除以该期刊在前两年内发表的论文总数。这是一     

从JCR的“被引频次”、“影响因子”、“载文量”分析我中心生物化学和分子生物学外文期刊的收藏

本文利用１９９７年ＪＣＲ光盘对我中心的生物化学和分子生物学外文期刊的收藏作了评价。"被引频次"（ｔｏｔａｌｃｉｔｅｓ）指１９９７年该期刊所载文章被引用的总次数;"影响因子"（ｉｍｐａｃｔｆａｃｔｏｒ）指该期刊过去两年中所载文章被引用的总篇（次）数与发表的总文献篇数的比值;"载文量"（ａｒｔｉｃｌｅｓ）指１９９７年该期刊发表的总文献篇数。从表１和表２的关系中我们可以看到,相对地说,一个期刊被引用的频次越多,影响因子也越大,或许它们与这个期刊每年发表的总文献篇数也有某种正相关关系,但必须以它所载文献的质量…     

期刊评价指标解释

1.总被引频次指该期刊自创刊以来所登载的全部论文在统计当年的统计刊源中被引用的总次数.该指标可以客观地说明该期刊总体被使用和受重视的程度,以及在学术交流中的作用和地位.2.影响因子指某期刊前两年发表的论文在统计当年的被引用总次数除以该期刊在前两年内发表的论文总数     

期刊评价指标解释

1.总被引频次指该期刊自创刊以来所登载的全部论文在统计当年的统计刊源中被引用的总次数。该指标可以客观地说明该期刊总体被使用和受重视的程度,以及在学术交流中的作用和地位。2.影响因子指某期刊前两年发表的论文在统计当年的被引用总次数除以该期刊在前两年内发表的论文总     

中国生物多样性研究文献计量分析

生物多样性是人类赖以生存的重要物质基础,中国在生物多样性研究领域做了大量的工作,发表了众多有价值的学术论文。通过文献计量方法,对2009-2018年中国生物多样性研究领域WOS（Web of Science）和CNKI（中国知网）数据库收录论文的数量及被引情况、载文期刊分布等进行统计;并借助CiteSpace文献可视化软件,分析论文的作者合作、合作机构、国家（地区）合作和研究热点等。结果表明：2009-2018年间,中国生物多样性研究领域共发表论文17035篇,其中CNKI收录文献13365篇,WOS收录文献3670篇;年度发文总量以及WOS年度发文量总体呈上升趋势;CNKI文献被引频次最高的论文是于2009年发表在《生物多样性》上的"植物群落清查的主要内容、方法和技术规范",WOS文献被引频次最高的论文是于2011年发表在Global Change Biology上的"TRY-a global database of plant traits";朴世龙教授、骆亦其教授和唐志尧教授等是基于WOS文献的生物多样性研究领域核心作者,王得祥教授、马克平研究员和张文辉教授等基于CNKI文献的生物多样性研究领域主要作者;WOS文献与CNKI文献发文量最多的机构均为中国科学院所属相关科研院所;与中国合作的国家或地区共有106个,包括美国、英国、澳大利亚等;《生态学报》和Global Change Biology分别是该领域中文和外文文献的重要期刊载体;基于WOS文献的研究热点为气候、土壤等环境因子变化对物种多样性的影响研究以及基于微卫星分子标记技术的物种遗传多样性研究,基于CNKI文献的研究热点为环境因子与群落结构的关系研究。上述研究结果从收录论文的角度,定量、客观、科学地描述了2009-2018年中国生物多样性研究状况及研究热点,以期促进中国生物多样性的深入研究,并为相关领域学者凝练研究动向和科学问题等提供参考信息。     

期刊评价指标解释

1.总被引频次指该期刊自创刊以来所登载的全部论文在统计当年的统计刊源中被引用的总次数.该指标可以客观地说明该期刊总体被使用和受重视的程度,以及在学术交流中的作用和地位.2.影响因子指某期刊前两年发表的论文在统计当年的被引用总次数除以该期刊在前两年内发表的论文总数     

CNKI推出《中国高被引图书年报》

<正>中国知网(CNKI)中国科学文献计量评价研究中心推出了一套《中国高被引图书年报》,该报告基于中国大陆建国以来出版的422万余本图书被近3年国内期刊、博硕、会议论文的引用频次,分学科、分时段遴选高     

从文献计量角度分析中国生物多样性研究现状

以汤森路透科技集团的WEB OF KNOWLEDGE信息平台提供的Science Citation Index Expanded数据库为数据源,检索到从1997年至2009年期间国际生物多样性研究论文文献219773篇,其中11182篇来自于中国学者。利用NoteExpress软件,对这13a间生物多样性研究论文发表的国家分布、年度分布、研究机构、引用情况、期刊分布和学科分类等做的分析与比较表明:1)全球生物多样性研究的论文数量一直呈增长趋势,中国13年间每年发文量占当年全球生物多样性论文总量的百分率逐年增加;2)从论文总被引频次、篇均引用次数和h-index三项论文影响力特征参数分析,中国与国际其他国家相比有一定差距;3)从学科分类来看,与国际相比,中国在生物多样性保护领域、进化生物学和海洋与淡水生物学领域研究略显不足,昆虫学和真菌学研究领域活跃。     

全球大数据与健康管理的研究热点聚类分析

揭示全球该领域的研究热点。采用文献计量学和双向聚类分析方法。发现全球大数据与健康管理现已达到年均发文量1000篇以上;全球有89个国家和地区都进行了该方面的研究,其中欧洲地区的国家合作交流频繁;该领域中重要出版物有Stud Health Technol Inform、PloS one等;目前研究热点主要聚焦为：蛋白质等生物大分子网络作用的信息挖掘、数据挖掘在药物数据库及电子健康档案的应用、基因组序列数据挖掘在疾病预测中的应用、药物生物信息学的数据挖掘、生物医学大型数据库的数据挖掘、系统生物学的数据挖掘和医疗卫生服务中的数据挖掘等7个方面。     

基于WOS与CSCD文献计量的中国昆虫学研究透视(2011—2016)

采用文献计量学的方法,统计2011—2016年中国昆虫学研究者发表的SCI与CSCD论文,客观地计量分析中国昆虫学研究的发展。在Web of ScienceTM核心合集中共检索到中国昆虫学研究者发表SCI文献6 589篇,被引频次40 649,论文来源于2 899个研究机构,来源出版物1 461种。研究的主要内容表现为昆虫生物化学与分子生物学、杀虫剂及其抗性生理、昆虫系统发育及分类学、昆虫的发育及生理学、害虫防治等方面。在CSCD中共检索到中国昆虫学研究文献6 407篇,被引频次7 641,文献来源于2 833个研究机构,来源出版物282种。研究的主要内容为昆虫分类学、昆虫生物化学与分子生物学、昆虫生理生态学、种群生物学、害虫生物防治及天敌与资源昆虫研究,昆虫超微结构、昆虫生物多样性与群落结构等方面。中国昆虫学研究形成了核心作者群,研究机构与研究人员与国内外的机构与团队有较广泛的合作,SCI研究论文数量逐年增加,论文被引用频次也迅速增加。CSCD昆虫学研究论文被引用频次迅速增加,但文献数量呈下降趋势。中国农业科学院植物保护研究所、中国科学院动物研究所等单位集中了中国昆虫学研究优势力量,在促进中国昆虫学学科发展中发挥了重要作用。     

从文献计量看海洋药物研发趋势的变化

本文对Science Citation Index Expanded （SCI-E）以及Medline数据库1998—2007年收录的海洋药物相关文章进行文献讨一量分析,统计了发文量居前10位的国家或地区、研究机构、作者以及他们各自对应文章的总被引频次和平均被引频次等数据,数据库中所收录的文献的附加关键词和主题词分布等,以反映近年来海洋药物研发趋势的变化。     

基因表达谱芯片的数据挖掘

随着基因芯片技术的迅速发展,表达谱芯片分析及aCGH等方法已被广泛应用于生命科学各个研究领域,由此产生的数据也呈指数级增长。如何从海量数据中获取有生物学意义的结果成为摆在生物学工作者面前的难题。对表达谱芯片数据挖掘方法进行了综述。介绍了基本分析思路,当前重点分析方向,如GO分析、pathway与调控网络分析、聚类分析等计算法则和相关几款易用的分析软件。并介绍了几种科学自由计算软件在表达谱生物信息学分析中的应用。藉此为从事芯片分析的研究人员提供参考。     

CNKI推出《中国高被引图书年报》

正中国知网(CNKI)中国科学文献计量评价研究中心推出了一套《中国高被引图书年报》,该报告基于中国大陆建国以来出版的422万余本图书被近3年国内期刊、博硕、会议论文的引用频次,分学科、分时段遴选高被引优秀学术图书予以发布。据研制方介绍,他们统计并分析了2013-2015年中国学术期刊813万余篇、中国博硕     

CNKI推出《中国高被引图书年报》

<正>日前,中国知网(CNKI)中国科学文献计量评价研究中心推出了一套《中国高被引图书年报》,该报告基于中国大陆建国以来出版的422万余本图书被近3年国内期刊、博硕、会议论文的引用频次,分学科、分时段遴选高被引优秀学术图书予以发布。据研制方介绍,他们统计并分析了2013-2015年中国学术期刊