小鼠植入前胚胎及几种组织中IFRG15的差异表达研究

为进一步研究干扰素α应答基因IFRG15（Interferon responsive gene 15）在小鼠整个发育过程中的表达规律,从植入前胚胎及2、5、16周龄的雌、雄昆明小白鼠心、肝、脾、肺、肾、肌肉、卵巢或睾丸等组织中提取总RNA,以HPRT1（Hypoxanthine phosphoribosyltransferase 1）为内参基因,利用RT-PCR的方法进行目的片段的扩增及差异性分析。结果表明,IFRG15在植入前胚胎8-细胞期,桑葚胚期开始显著高表达于受精卵、2-细胞期、4-细胞期（p〈0.05）,在囊胚期表达量达到最高,且显著高于其他各期（p〈0.05）;在雌雄小鼠几个组织体外发育过程中均检测到表达,但表达量有所不同,在雄性小鼠各组织中的表达无显著规律性差异;在5周龄雌性小鼠组织中达到最高（p〈0.05）,卵巢组织尤为明显,推测该基因对卵巢的成熟有重要的促进作用;本实验成功获得IFRG15在小鼠植入前各期胚胎及体外发育过程中的表达模式,为进一步探究该基因在小鼠克隆胚发育过程中的作用奠定基础。     

小鼠早期胚胎发育过程中TGF-α和EGF-R mRNA的表达

This study was conducted to examine the activity of TGF α and EGF R mRNA using the RT PCR technique in the early embryonic development of the mouse. Expression of TGF α mRNA was initially observed in the 8 cell stage embryo of the mouse. The level of expression gradually increased in the morula and blastula. Expression of EGF R mRNA was initially observed in the 4 cell stage embryo of the mouse and 8 cell stage embryo;morula and blastula all expressed EGF R mRNA and the levels of expression had not changed. These results confirm that epidermal growth factors play a key role in early embryonic development of the mouse, especially TGF α which can stimulate and regulate embryonic development via the autocrine system.     

小鼠电融合四倍体胚胎早期发育的研究

多倍体发育现象在低等动物,尤其是在无脊椎动物中比较普遍,在哺乳动物中多倍体往往发育到胚胎早期就死亡,因而在自然界中不能存活。探讨哺乳类四倍体不能存活的原因是当今生物学研究的热点问题之一。目前,电融合技术是大量获得四倍体胚胎的主要手段。本以8－12周龄昆明小白鼠为实验对象,取其2－细胞胚胎于Whitten氏液中进行电融合,再移入CZB液中培养。电刺激的条件分别为：1．0kv/cm,40μs,和0．8kv/cm,80μs。对融合胚发育的状态、细胞数目及染色体组成等进行观察的结果表明,融合胚培养24小时后发育到4－细胞期,并发生致密化（Tab.1)。融合胚的囊胚形成时间与体内发育的同期胚胎及体外培养的同期二倍体胚胎基本一致（Tab,2;Fig.1)。融合囊胚的细胞数平均为13．0±4．95,显（P＜0．01）少于体外发育囊胚（37．0±5．92）和体内发育囊胚（41．6±2．4）的细胞数（Tab.3)。融合胚各个分裂相的染色体数目分布情况见Fig.2,其四倍体（4n＝80）率为42．86％,非整倍体率达57．14％。而对照组的体内发育囊胚的非整倍体率仅为11．54％;（Tab.4),与Kaufman的结果（12．4％）很接近,说明本实验中的染色体制备技术和分析方法是可行的。融合囊胚的细胞数目减少和高发的非整倍体率可能是四倍体胚胎发育能力差的原因。     

AL023001基因在2型糖尿病肾病小鼠中的差异表达分析

利用Affymetrix寡核苷酸基因表达谱芯片对2型糖尿病肾病模型动物——db/db小鼠的肾脏基因表达谱进行了研究.在此基础上,利用末端快速扩增法和RT-PCR的方法,对筛选出来的一个糖尿病肾病相关EST进行了cDNA克隆和表达分析.得到了一长为1.7 kb的cDNA片段.序列分析和网上数据库比对发现,此cDNA片段是小鼠表达序列AL023001的一部分.根据AL023001序列设计特异性引物,利用半定量RT-PCR的方法对AL023001在db/db小鼠肾脏、肝脏、脂肪、骨胳肌、脑等组织中的表达情况进行了分析,发现AL023001在db/db小鼠肾脏中的表达情况与基因芯片检测结果吻合,且AL023001在肝脏、脂肪、骨胳肌和脑等糖尿病肾病相关联组织中均有差异表达.这些结果提示：AL023001与db/db小鼠的糖尿病肾病具有相关性.上述工作有利于揭示AL023001基因的功能,探讨糖尿病肾病的分子机制.     

乙醇和液体石蜡对早期小鼠胚胎体外发育的影响

哺乳动物早期胚胎体外培养技术是研究早期胚胎发育和胚胎工程的基本手段。目前最常用的方法是采用液体石蜡覆盖的液滴培养法。该方法中所用液体石蜡和CO2质量的好坏对体外培养胚胎的发育有严重影响。本文就此对几种中国产液体石蜡和含气体乙醇的CO2作为胚胎体外培养条件对胚胎发育的影响进行了研究。取成熟小鼠受精后的2细胞和8细胞胚胎分别用于两组实验。一、不同品牌液体石蜡对胚胎发育的影响。体外培养采用液体石蜡覆盖液滴培养法。所用液体石蜡均经过水洗。CO2为经过一次水滤的工厂粗制品。其乙醇含量经气相色谱仪测定约为0．18％。二、不同浓度乙醇对胚胎发育的影响。采用试管培养法。采用乙醇浓度不同的培养液。表1为五个不同厂家的液体石蜡对早期胚胎体外培养的影响。其中：I、II（上海、北京）号两种产品符合胚胎体外培养的要求,可使2细胞后期胚胎发育到囊胚的比率达到92％以上,对细胞没有毒害作用（图1A和图2A、B）。其余,则不符合要求,对细胞有毒害作用（图1B）,甚至用无水乙醇和水先后各洗涤3至4遍,亦无改善。由于影响液体石蜡质量的硝基萘可溶于乙醇而被清除,说明这些不合格的液体石蜡中可能还含有其它对胚胎发育有毒害作用的未知因素,有待进一步查明。商品液体石蜡经水洗能够提高其胚胎培养效率。即使是上海产品（I号）,如果不经水洗,2细胞胚胎也只能发育到桑椹阶段。但是,水洗后的液体石蜡需静置至油水彻底分离,才能正常使用。另外,这5种液体石蜡的比重各不相同。比重相关最大的I号和II号产品均符合培养要求,说明液体石蜡的比重对胚胎的正常发育没有影响。表2为各种乙醇浓度对8细胞胚胎发育的影响。当乙醇浓度达到0．1％时,即可使8细胞胚胎发育为囊胚的比率下降为73．9％;达到0．8％以上时,胚胎甚至不能发育。可见,培养液中若含有乙醇将会严重影响胚胎的体外培养。这除了由于水滤降低了CO2中气体乙醇的含量外,还可能是由于液体石蜡覆盖培养液滴后,对气体乙醇的渗入有一定阻作用所致。因此,在胚胎体外培养中不必非使用价格昂贵的纯CO2不可。     

基因芯片筛选差异表达基因方法比较

摘要: 使用计算机模拟数据和真实的芯片数据, 对8种筛选差异表达基因的方法进行了比较分析, 旨在比较不同方法对基因芯片数据的筛选效果。模拟数据分析表明, 所使用的8种方法对均匀分布的差异表达基因有很好的识别、检出作用。算法方面, SAM和Wilcoxon秩和检验方法较好; 数据分布方面, 正态分布的识别效果较好, 卡方分布和指数分布的识别效果较差。杨树cDNA芯片分析表明, SAM、Samroc和回归模型方法相近, 而Wilcoxon秩和检验方法与它们有较大差异。     

基因芯片筛选新疆维吾尔妇女宫颈癌差异表达基因

新疆南部维吾尔族聚居区是宫颈癌高发区. 本文旨在利用基因芯片技术筛选与维吾尔族妇女宫颈癌发生相关的基因. 首先,分别提取5例新疆维吾尔妇女宫颈癌和5例子宫肌瘤组织(对照)的mRNA,逆转录成cDNA,并用Cy3-dUTP标记子宫肌瘤组织的cDNA,用Cy5 dUTP标记宫颈癌组织的cDNA,制成芯片杂交探针.为筛选出宫颈癌组织中差异表达的基因,上述标记探针分别与含有20 000条人类基因的Affymetrix基因芯片进行杂交,杂交信号用GeneChip Scanner 3000扫描仪扫描,并用芯片图像分析软件(SAM software)分析扫描结果.筛选出的差异表达基因经GO(Gene Ontology)分析和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）信号通路分析,确定其在宫颈癌中的作用.基因芯片筛选结果显示,在宫颈癌组织中发现2 758个差异表达基因,其中1 326个上调基因,1 432个下调基因.GO分析和KEGG信号通路分析表明,表达差异在两倍以上的基因涉及168个信号通路,包括细胞粘附分子、细胞周期以及MAPK和mTOR信号通路等.上述结果表明,基因芯片技术筛选出大量与宫颈癌发生相关的基因,其中表达差异显著的基因涉及细胞粘附分子、细胞周期和mTOR等信号通路.     

Borealin及CPC相关基因在胚胎干细胞畸变过程中的表达差异

目的：研究Borealin及CPC（Chromosomal Passenger Complex）相关基因表达变化与胚胎干细胞瘤变过程的关系,从而了解Borealin在于细胞中的特殊功能。方法：培养不同状态的胚胎干细胞及畸胎癌细胞,并提取总RNA,进行芯片和荧光定量PCR分析。结果：ES（embryonic stem cell）细胞分化过程中Borealin基因表达下调;在Es细胞染色体发生变异的过程中部分染色体复合物相关基因的表达发生了明显的变化,EC（embryonic cancer cell）细胞中Borealin、Survivin,MCAK、AuroraB、op18等基因的表达明显高于正常胚胎干细胞。结论：Borealin及CPC异常的表达可能是胚胎干细胞瘤变的一个重要标记。     

小鼠早期胚胎的6℃低温保存研究

本文利用Whitten′s液作为贮存液,采用台盼蓝染色和37℃培养两种方法研究小鼠各期胚胎6℃保存情况。37℃培养结果表明,小鼠胚胎在6℃保存是可行的;8—细胞以后的各期胚胎的贮后存活率高于8—细胞以前各期。台盼蓝染色鉴定结果一般偏高。未经冷处理的对照组胚胎的37℃培养存活率达85—100％。     

转基因小鼠中外源基因部分内含子序列的缺失及其对转录的影响

利用PCR扩增及PCR测序在显微注射法产生的转基因小鼠中发现,整合在小鼠染色体上的肌球蛋白轻链2启动子(myosinlightchain2promoter,MLC2)-糜酶(chymase)外源融合基因存在两种形式,一种为全长的融合基因,另一种在糜酶结构基因的第一内含子中缺失了213bp的序列。RT-PCR结果表明,缺失了部分内含子序列的外源融合基因不能在转基因小鼠心脏中表达.而全长的外源融合基因则能较高水平地表达,竞争性PCR定量实验表明在200ng心脏总RNA反转录产物中约含5.05(±1.38)×106个糜酶cDNA分子。上述结果表明,糜酶结构基因的第一内含子可能对MLC2-糜酶基因的表达具有调控作用。     

维甲酸诱导的脊柱裂小鼠的脊髓全基因组表达谱分析(英文)

关于维甲酸胚胎病理学的研究很多,维甲酸受体在器官发生、发育及神经管闭合过程中发挥重要作用。但维甲酸影响这些过程的机制还不清楚。在本研究中,我们发现,小鼠怀孕8天时,给予母体连续3次维甲酸灌胃,将导致胎儿脊柱裂,发生率为96.77%。本研究应用微阵列技术,在维甲酸诱导的脊柱裂小鼠胎儿的脊髓组织中发现了134个差异表达在1.5倍以上的基因。基因富集分析显示,母亲暴露于维甲酸导致的胎儿脊柱裂,与促凋亡和抗凋亡、细胞增殖、迁徙、细胞骨架成分以及细胞或局部粘附等基因功能簇相关,提示这些细胞成分和生物学的功能缺陷促使脊柱发育异常。我们的研究提供了脊柱裂的全基因组基因表达模式,有助于理解神经管缺陷的病因和病理学。     

c—Ha-ras在转基因小鼠模型C57-ras各组织中的表达谱分析

目的：分析转基因c-Ha-ras在C57-ras癌症小鼠模型中的组织表达谱及时空表达差异。方法：利用半定量及荧光定量RT-PCR法,分析不同首建鼠系、不同周龄小鼠各脏器中转基因c-Ha-ras的表达。结果：转基因c-Ha-ras在心、肝等13种组织器官中均有表达,在肺脏中表达最高,在肝脏中表达最低,No.2、No.3和No.5等3个首建鼠均呈现相似的变化规律;转基因在No.5首建鼠中表达水平最高,而在同一个首建鼠系中,12周龄时表达高于8周龄和24周龄。结论：转基因c-Ha-ras在各脏器中能高效表达,并间接表明该转基因能稳定遗传,为C57-ras癌症小鼠模型用于新药临床前致癌性评价提了供理论支持。     

db/db小鼠糖尿病肾病相关基因的分析和克隆

用GM-U74A基因芯片分别检测了正常对照组（db/m小鼠）、糖尿病肾病组（db/db小鼠）、大黄酸治疗组（大黄酸150 mg/kg治疗12周）肾脏基因表达谱.发现在12 437个基因（包括表达序列标签）中,与正常对照组相比,糖尿病肾病组有1 085个基因表达下调,37个基因表达上调,其中变化幅度大于2倍,表达下调的有166个和表达上调的有29个.与糖尿病肾病组相比,大黄酸治疗组有384个基因表达下调,155个表达上调,其中变化幅度大于2倍,表达下调的有47个和表达上调的有30个.在此基础上,对其中的一个差异表达的表达序列标签(EST)进行了详细的生物信息学分析,发现它是一个未知功能基因——“REKEN cDNA 0610006H10”基因的一部分.在用RT-PCR进一步验证了其与糖尿病肾病的相关性后,对“REKEN cDNA 0610006H10”基因进行了克隆.     

Diversity of Gene Expression in Hepatocellular Carcinoma Cells

Understanding tumor diversity has been a long-lasting and challenging question for researchers in the field of cancer heterogeneity or tumor evolution. Studies have reported that compared to normal cells, there is a higher genetic diversity in tumor cells, while higher genetic diversity is associated with higher progression risks of tumor. We thus hypothesized that tumor diversity also holds true at the gene expression level. To test this hypothesis, we used t-test to compare the means of Simpson's diversity index for gene expression(SDIG) between tumor and non-tumor samples.We found that the mean SDIG in tumor tissues is significantly higher than that in the non-tumor or normal tissues(P 0.05) for most datasets. We also combined microarrays and next-generation sequencing data for validation. This cross-platform and cross-experimental validation greatly increased the reliability of our results.     

基于GO与基因表达谱挖掘特征基因功能类

我们研制了基于Gene Ontology与基因表达谱挖掘与实验条件相关的特征基因功能类的算法OntoFexed,它的特点是分别采用信息增益方法和Rand Index评价单个基因功能类与一组基因功能类鉴别差异表达基因与不差异表达基因的能力。算法的优点是充分利用了GO的结构信息来搜索特征功能类,并能给出各个抽象层次上的特征功能类。我们将OntoFexed应用于腺癌数据集和NCI60数据集,发现OntoFexed确能发掘与实验条件相关的功能类,且算法对主要的参数有较高的稳健性。     

基因表达系列分析技术在真菌功能基因组学中的应用

基因表达系列分析( SAGE)是一种在mRNA水平上高通量、快速、灵敏分析细胞或组织基因表达信息,并在基因组学研究中广泛应用的技术.该技术不仅能够全面地分析特定组织或细胞表达的基因,比较不同时空条件下基因表达的差异,还可以在全基因组范围内获得基因的表达谱,从而发现新基因.综述基因表达系列分析技术在材料用量、标签长度、技术流程和标签测序等方面的研究进展及该技术在病原真菌、工业真菌和食用真菌功能基因组学中的应用.     

Expression of Tyrosinase Gene in Transgenic Albino Mice: The Heritable Patterned Coat Colors

To elucidate the regulatory mechanism for tyrosinase gene expression in vivo, we microinjected a mouse tyrosinase minigene, mg-Qrs-J, into the fertilized eggs of BALB/c albino mice. As a result, we obtained six pigmented founder mice that exhibited non-standard coat color variations as well as the wild-type phenotype. These founder mice were subsequently crossed with BALB/c albino mice to establish the transgenic lines. As a consequence, two primary lines and five sublines have been obtained from four of the six founder mice. We found that not only uniformly pigmented phenotypes but also patterned phenotypes were inherited by their descendants. The possible underlying mechanism of the patterned phenotypes is discussed.