广东省水稻纹枯病菌遗传多样性与致病力分化的研究

利用随机引物扩增多态性DNA（PAPD）分子标记技术分析了来自广东省7个县市48个水稻纹枯病菌菌株的遗传多样性,以筛选出的10个随机引物对菌株进行PAPD－PCR扩增,共产生了98个PAPD分子标记,其中89．9％的片段具有多态性。48菌株间的遗传相似性系数（以Nei基因一致度表示）在0．56－0．949之间,用UPGMA和类分析可将它们分为5个RAPD遗传聚类群（A、B、C、D、E）,相同地区来源的菌株基本上聚类在同一组群内。在温室中对供试菌株进行致病性测定,结果表明所有菌株对水稻品种Tetep都有致病性,菌株间致病力差异显著（α＝0．05）,病情指数范围为0．73－18．7,平均感指病指数为5．24。试验分析结果表明水稻纹枯病菌具有丰富的遗传多样性,不同县市的菌株存在很大的遗传分化现象（FST＝0．579）,RAPD遗传聚类群的划分与菌株的地理来源有明显的相关性,但菌株的致病力差异与菌株的来源、遗传聚类组群的划分没有明显的相关性。     

梭子蟹科六种海产蟹的RAPD标记

选取日本蟳(普陀、嵊泗两个自然群体)、锈斑蟳、锐齿蟳、三疣梭子蟹、红星梭子蟹、青蟹共6种海产蟹,用RAPD方法检测了其基因组DNA的多态性。在事先优化的反应条件下,用16个随机引物共扩增出123条多态性片段,片段大小在500～14000bp。在123条扩增片段中,6种蟹共享的片段有2条,3种蟳有13条,2种梭子蟹有16条;6种蟹之间随机扩增DNA片段的共享度在0．0606～0．8000,相对遗传距离指数在0．2000～0．9394。根据获得的相对遗传距离指数,用PHYLIP3．5软件包中的UPGMA和NJ方法进行聚类处理。UPGMA和NJ聚类图均显示三疣梭子蟹和红星梭子蟹先聚在一起,再和青蟹聚在一起。6种蟹的亲缘关系与传统的形态学分类结果基本一致。     

名贵茶花种质资源的RAPD分析

采用RAPD方法构建了国内外23个茶花品种的指纹图谱。从100个随机引物中筛选出的20个有效引物共产生136条DNA片段,遗传多态性带120条占总数88．2％。遗传相似性分析表明,各基因型间的Nei＇s相似系数分布在0．4386～0．8936之间,平均相似性系数为0．7668。通过非加权算术平均数聚类（UPGMA）法,绘制了它们的遗传关系树状图,23个品种可划分为3个类群。研究结果表明,RAPD技术可用于茶花品种的鉴别以及种质资源遗传多态性的研究。     

贵州几种常见杜鹃花的随机扩增多态性DNA(RAPD)研究

采用RAPD方法对贵州7个常见杜鹃花基因型进行分析,建立了它们的指纹图谱。从60个随机引物中筛选出的10个有效引物共产生49条DNA片段,大小分布在0．1～3．0kh之间,其中28个条带具有遗传多态性,约占总数的57．14％,平均每个引物扩增的DNA带数为4．9条。7个杜鹃花的遗传相似性分析表明,各基因型之间的J相似性系数分布在0．63～0．90之间．平均相似性系数为0．765。应用NTSYSpc软件进行聚类．将聚类结果转化为7个杜鹃花基因型之间的遗传关系树型图。7个杜鹃花基因型明显地聚成A、B两大类,A类包括：1号(锈叶杜鹃)、6号(红花露珠杜鹃)和7号(露珠杜鹃)3个基因型;B类包括：2号(大白杜鹃)、4号(杜鹃)、5号(红马缨杜鹃)和3号(桃叶杜鹃)4个基因型。     

四个奥利亚罗非鱼群体的微卫星分析

应用筛选到的19对微卫星引物,对四个不同来源的奥利亚罗非鱼（Oreochromis aureus）群体（奥利亚罗非鱼83系、奥利亚罗非鱼02系、奥利亚罗非鱼05系和红色奥利亚罗非鱼）的基因组DNA进行PCR扩增,分析其群体遗传结构和亲缘关系。根据几个群体在19个位点上的PCR扩增图谱,统计计算各群体的遗传多样性指数。四个群体的平均观测遗传杂合度值在0．154—0．391间;平均预期杂合度在0．181—0．428间;平均多态信息含量值在0．1513—0．3882间,说明它们的遗传多样性水平较低。遗传偏离指数D的评估结果显示这4个群体有多个位点存在不同程度的Hardy—Weinberg遗传平衡偏离。运用MicroChecker软件进行零等位基因预测,结果显示除红色奥利亚罗非鱼群体外,其他3个群体中均可能存在零等位基因位点。各群体零等位基因的位点数分别为：83系1个,02系3个,05系7个,红奥群体为0。零等位基因位点的存在可能是导致位点发生Hardy—Weinberg遗传平衡偏离的原因之一。4个群体中,05系群体与83系群体间的遗传相似性系数最高（0．9422）,遗传距离最小（0．0596）,说明两者亲缘关系最近;83系群体与红奥群体的遗传相似性系数最低（0．6977）,遗传距离最大（0．3599）,可推断两者亲缘关系最远。根据群体间的遗传距离采用UPGMA法进行聚类,结果表明：83系首先与05系聚类为一支,然后与02系群体聚类,最后与红奥群体聚类。聚类结果说明红奥群体与其他三个群体亲缘关系最远;83系群体与05系群体亲缘关系最近,与02系群体次之。     

美国白蛾种群遗传分化的RAPD分析

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对9个不同地理种群美国白蛾进行了遗传多样性和UPMGA聚类分析.结果表明:25个RAPD引物共扩增191个位点,片段大小在200～2000 bp,其中158个是多态位点,多态百分率为82.72%,遗传距离指数在0.2043～0.5108,遗传相似性系数在0.4892～0.7957;9个不同地理种群的美国白蛾可以分成3类:辽宁省和山东类群、北京和天津类群、美国类群,表明美国白蛾不同地理种群间的遗传分化与地理位置相关.     

用ISSR标记检测黄麻野生种与栽培种遗传多样性

利用ISSR标记对黄麻属((Corchorus)10个种27份材料的遗传多样性进行分析,25个ISSR引物共扩增出283条带,平均每个引物扩增出10．48条带,多态性条带比例(PPB)为92．85％;种间遗传相似系数在0．33～0．97之间。表现出丰富的遗传多样性．系统聚类结果显示,第I、Ⅲ类群均为黄麻属8个种11份原始野生种,种间存在丰富的遗传多样性;第Ⅱ类群为黄麻两个栽培种及其近缘野生种,共16份材料。种遗传相似性较高;基因组聚类结果与经典分类相符．利用分子标记技术研究初步可以认为。荨麻叶种为最原始的黄麻野生种之一;三室种21C为三室种的一个变种;甜麻为一个尚待定性的野生种．同组材料的RAPD和ISSR分析结果,具有较高的相似性和可信度．     

内蒙古典型草原羊草种群遗传分化的RAPD分析

运用 RAPD技术对内蒙古典型草原不同生境 8个羊草种群进行分析。采用 2 4个随机引物 (10 nt)在 8个种群中共检测到2 2 4个扩增片断 ,其中多态性片断 173个 ,总的多态位点百分率达 77.2 % ,特异性片断 2 2个 ,占 9.82 % ,平均每个引物扩增的DNA带数为 9.3 3条。利用 Nei指数和 Shannon指数估算了 8个种群的遗传多样性 ,并计算种群相似系数和遗传距离 ,运用UPGMA法进行聚类分析。结果表明 :羊草大部分的遗传变异存在于种群内 ,只有少部分的遗传变异存在于种群间 ,Nei指数和Shannon指数计算结果分别为 85.4%和 66.8% ;羊草不同种群的遗传多样性存在差异 ;8个羊草种群平均遗传距离为 0 .2 3 16,变异范围为 0 .1587～ 0 .2 70 0 ,说明 8个羊草种群间的遗传变异不大 ,即 :在较小地理范围内羊草的遗传分化程度较小 ;8个种群可聚为 3个类群 ,聚类结果显示生境相似的种群能够聚在一起 ,而地理距离最近的种群不一定归为一类 ,说明小范围内羊草种群间的遗传分化与地理距离不存在相关性 ,而与其生境间的相似度相关。影响遗传相似性的不是单一因子而是各种因子的综合作用 ,较小地理范围内羊草种群间的遗传分化主要是由环境的异质性所引起的     

利用RAPD标记评价小豆种质遗传多样性

本研究利用10个RAPD引物对180份小豆种质的基因组DNA进行扩增,共扩增出44条带,其中35条具有多态性,比例为79．5％,平均每个引物扩增出3．5条多态性带;平均遗传距离为0．274,变异幅度为0．05－0．60,平均遗传多样性指数为0．692;基于RAPD标记,把180份小豆种质聚类划分为4个组群,该组群的划分与小豆的生态地域性似乎不存在明显的相关性。     

中国啤酒大麦品种RAPD标记的遗传多样性分析

采用RAPD技术对中国38个啤酒大麦品种的遗传资源进行了聚类分析。结果表明：从筛选出的28个有多态性的随机引物中,共扩增出153条谱带,其中91条谱带具有多态性,占59．4％。每个引物可扩增出1～8条多态性谱带,平均3．3条。聚类分析表明,在遗传距离GD值0．27水平上38个啤酒大麦品种可聚成两大类,下分5个亚类。品种间遗传距离GD变幅为0．00952～0．37846。RAPD标记揭示出这38个啤酒大麦品种遗传变异较小,遗传基础比较狭窄。     

大壁虎不同地理居群的遗传变异与分化

以线粒体细胞色素b(Cytb)基因作为分子标记,对中国广西12个地区,以及越南和老挝大壁虎(Gekko gecko)进行序列测定,获得Cytb基因424bp的序列片段,共有7个单倍型。以白脊壁虎和沙虎为外群,用邻接法和最大简约法构建了大壁虎不同地理种群的系统发育关系,其结果显示中国广西4个不同单倍型黑大壁虎之间的平均遗传距离为0.20%—1.20%,越南红大壁虎与老挝红大壁虎之间的平均遗传距离为0.50%,广西宁明红大壁虎与越南红大壁虎和老挝红大壁虎之间平均遗传距离分别为1.70%和2.20%。广西黑大壁虎种群与红大壁虎种群之间的平均遗传距离为8.60%—9.50%,达到了亚种或种分化的差异。     

Assessment of genetic diversity of Korean native pig (Sus scrofa) using AFLP markers

In order to assess the genetic diversity and genetic relationships among the six commercial pig breeds including the Korean native pig, we performed an amplified fragment length polymorphism (AFLP) analysis. Applying the three EcoRI/TagI primer combinations to 54 individual pig samples out of six breeds, a total of 186 AFLP bands were generated, 67 (36%) of which were identified as polymorphic bands. From these polymorphic bands, the three estimates (percentage of polymorphic loci, Neis heterozygosity and Shannon index) of genetic diversity, G(ST) estimates, Neis unbiased genetic distance and two indices of genetic similarity were calculated. From all the calculations of genetic diversity, the lowest genetic diversity was exhibited in the Korean native pig, and the highest in the Chinese Yanbian pig. Given the mean G(ST) value (G(ST) = 0.390) across all pigs examined, levels of apparent breed subdivision were considerable. A UPGMA tree of individuals based on Jaccards similarity index showed that the Korean native pig formed a distinct cluster from the other five pigs. In addition, the tree displayed that all the individuals except for six individuals were grouped into their breeds. Principal component analysis based on the binary data matrix of either presence or absence confirmed the distinctness of the Korean native pig from the other pigs. Our results indicate that the Korean native pig has a low level of genetic diversity and is distinct from the five pig breeds, confirming the results from previous microsatellite data. The findings also suggest that AFLP analysis may be a valuable tool for revealing genetic relationships and genetic diversity among different pig breeds.     

肉质色不同萝卜遗传多样性的SSR分子标记分析

利用微卫星(SSR)标记技术,从600对SSR引物中筛选86对扩增条带清晰的引物,检测了来自我国不同地区37个肉质不同颜色萝卜品种的遗传多样性。86对引物共扩增到976个条带,每对引物扩增出2～17个条带,平均为10.7个,其中多态性条带892个,多态性条带比例为91.39%;共检测出753个基因型,每对引物检测2～20个基因型,平均8.7个,其中有效基因型443.99,有效基因型比例为58.96%;Shannon多态性指数变幅为0.44～2.77,平均1.76。当相似系数为0.81时,可将供试萝卜分成3类,第I类包括6份白色肉质萝卜,第II类包括3份红色肉质萝卜和6份白色肉质萝卜,第III类包括22份红色肉质萝卜。各红色肉质萝卜品种间的遗传相似系数有97%大于0.80,而各白色肉质萝卜品种间的遗传相似系数有91%大于0.80。红色肉质萝卜遗传多样性略低于白色肉质萝卜,红色肉质萝卜与白色肉质萝卜间平均相似系数为0.83,说明不同肉色的萝卜间亲缘关系较密切,在分类上红色肉质萝卜可能是白色萝卜的一个变种。     

剑尾鱼近交系遗传纯度的RAPD分析

目的　分析近交系剑尾鱼 (Xiphophorushelleri)的遗传纯度 ,以指导剑尾鱼实验动物化的培育工作。方法　应用经过筛选的 2 9条随机引物对剑尾鱼的第 19代近交系 12尾剑尾鱼个体基因组DNA进行RAPD扩增 ,计算近交系个体间的相似系数及遗传距离。结果　筛选的 2 9条引物共扩增出 30 6条带 ,扩增片段的大小在 0 2 - 3kb之间。其中多态性带 2 9条 ,多态性带频率在 0～ 5 0 0 0 %之间 ,平均为 9 48%。近交系剑尾鱼不同个体拥有相同条带的比率较高。计算得到近交系的平均相似系数 (S)为 0 9839(0 973～ 0 997) ,平均等位基因频率 ( q)为 0 8731,最低平均杂合率 ( H)为 0 12 6 9。 结论　剑尾鱼第 19代近交系有较高的遗传纯合度。     

五种索科线虫RAPD亲缘关系分析

采用RAPD技术构建了索科线虫4属5种的指纹图谱。从47个引物中筛选出12个稳定性好、多态性高的引物,共扩增出161条谱带,其中150条谱带具遗传多态性,占93·17%。所获片段长度大小为200~3200bp,单个引物扩增的条带数在11~16之间,平均为13·42条。采用RAPDistance软件及MEGA程序,计算Nei氏相似系数和遗传距离,建立UPGMA和NJ聚类图,两个聚类图拓扑结构相同,将5种索科线虫分为两大分支:同属于蚊幼寄生罗索属线虫的食蚊罗索线虫(Romanomermisculicivorax)与武昌罗索线虫(R.wuchangensis)亲缘关系最近,先聚在一起,再与同翅目(Homoptera)寄生长沙多索线虫(Agamermischang-shaensis)聚为一支;鳞翅目(Lepidoptera)寄生中华卵索线虫(Ovomermissinensis)和同翅目寄生两索属线虫(Amphimermissp·)亲缘关系较近,两者聚为一支。5种索线虫属内种间的遗传距离较小,食蚊罗索线虫与武昌罗索线虫之间遗传距离仅为0·1789;而属间遗传距离较大,在0·4471~0·5488之间。上述结果表明:RAPD技术可以应用于索科线虫亲缘关系的分析,能够反映出不同线虫间的遗传差距,从而成功地进行属、种的分类及进化问题研究。     

红掌品种亲缘关系SRAP分析

利用相关序列扩增多态性（SRAP）分子标记,从100对引物组合中筛选出 26对多态性高、条带清晰的SRAP引物,对33个红掌品种进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果如下：（1）26对引物共扩增出366条条带,其中有314条多态性条带,多态性比率为85.79%。引物组合产生的条带数在9～23之间,平均每对引物组合扩增出14.1条和12.1条多态性条带。（2）根据SRAP扩增结果,利用UPGMA法进行聚类分析,33份材料的遗传相似系数在0.55～0.94之间,在遗传相似系数0.786处可将33个红掌品种分为5个类群。结果表明,供试品种遗传多样性丰富,本研究为品种鉴定和杂交育种提供了参考信息。     

应用RAMP分子标记探讨拟鹅观草属的种间关系

采用RAMP (random amplified microsatellite polymorphism) 标记技术, 分析了拟鹅观草属9种1亚种和鹅观草属6 种植物之间的遗传变异和亲缘关系。33 个引物组合产生的310 条DNA扩增片段中, 286条(92 25%) 具有多态性, 每个引物组合产生5~13条多态性带, 平均为8 67条。利用310个RAMP标记, 在NTSYS pc软件中, 计算Jaccard遗传相似系数, 建立UPGMA聚类图。结果表明: (1) 物种间遗传差异明显, 具有丰富的遗传多样性; (2) 阿拉善鹅观草和大丛鹅观草与拟鹅观草属的物种聚类在一起, 表明它们与拟鹅观草属的亲缘关系较近, 而与本试验所分析的另外4个鹅观草属物种的亲缘关系较远; (3) RAMP分子标记可以将拟鹅观草属的物种分开, 而且形态相似、地理分布相同或相近的物种聚类在一起;(4) RAMP结果与形态学和细胞学的分析结果一致, 表明RAMP标记是评价拟鹅观草属种间关系十分有效的方法。     

黑龙江省强壮水螅遗传多样性的RAPD分析

应用RAPD技术对黑龙江省10个分布区17个种群的强壮水螅(Hydrarobusta)进行了遗传多样性分析。从80个随机引物中筛选出19个引物,共扩增出320条带,分子量在0.3～3.0kb,其中多态性带数299个,占93.44%,表现出高度的遗传多样性。17个种群的遗传相似系数(GI)平均值为0.7158,相应的遗传距离(GD)平均值0.3425;分布区内种群间的差异(GD平均值0.1695)小于各分布区间种群间的差异(GD平均值0.3425),各种群间的遗传距离与它们的地理间距基本一致;但虎头种群与其他种群间的相似度明显偏低(GI平均值0.5413,GD平均值0.6161),视为较特化种群。     

Population genetic structure of an ectomycorrhizal fungus Amanita manginiana in a subtropical forest over two years

The population genetic structure of the late-stage fungus Amanita manginiana in a natural forest in Dujiangyan, southwest China was examined over two years using inter-simple sequence repeat (ISSR) markers. Seven ISSR primers were used and 170 bands were obtained in this population: 134/160 and 135/153 bands were polymorphic for sporocarps of 2001 and 2002, respectively. Each sporocarp represented a single genet in 2001 and 2002, and no identical genets were found between the two years. The results of genetic similarity comparison, using unweighted pair group method with arithmetic means, and analysis of molecular variance, indicated that although genetic variances were mainly within individuals of the same year the genetic variance between years was statistically significant (P<0.001). Relationships between genetic similarity and spatial distance of pairwise sporocarps were also found to be different in the two years. The differences in genetic structure and genetic similarity between individuals of the two years implied that the sporocarps were not likely to be derived from continuous generations, i.e., the sporocarps collected in 2002 were not developed from sexual spores dispersed by sporocarps of 2001. We suggest that the life-cycle traits of ectomycorrhizal (ECM) fungi should be considered in genetic studies on ECM fungal populations.     

应用AFLP技术分析冬枣优良单株选择的遗传基础

为探讨冬枣优良单株选择的遗传基础,本研究收集了河北、山东冬枣优良单株及对照冬枣共52株,以金丝小枣和尖枣做类外对照进行AFLP分子标记研究。实验选用16对M／E引物组合,共扩增出565条带,基于SM相似系数,利用UPGMA法对多态性谱带进行聚类分析,结果表明：冬枣优良单株群体内存在一定的遗传差异,但这种差异小于冬枣与金丝小枣和尖枣间的遗传距离,因此在聚类图中将冬枣、金丝小枣和尖枣分为3类;冬枣优良单株群体在聚类图中分成若干组,其中河北黄骅原始冬枣林古树和源于原始冬枣林的黄骅采穗圃冬枣优良单株,遗传距离相对较远;山东滨州各县的冬枣优良单株和沾化冬枣古树遗传距离较近,但存在个别变异较大的单株。上述结果证实冬枣是一个存在变异的群体、包含不同类型的品系,不同来源的冬枣优良单株存在一定的遗传变异,说明冬枣优良单株的优良性状不完全是立地条件和栽培技术引起的环境饰变,这一研究结果为冬枣的遗传改良和品种内选优提供了理论依据。