红球菌线型质粒pNSL1的克隆、测序和复制区的鉴定

从红球菌NS1中检测到两个线型质粒pNSL1和pNSL2。【目的】克隆、测序和分析pNSL1,并鉴定质粒的复制区。【方法】利用脉冲电泳方法从凝胶中回收大量的质粒DNA,进行鸟枪法克隆、测序和拼接,通过生物信息学分析和实验证明质粒的自主复制区。【结果】克隆、测序和拼接获得pNSL1全长为117252bp的序列,包括在红球菌中保守的1282bp端粒的序列。序列预测含有103个蛋白编码区,包括质粒的复制、分配、转移等功能基因。将pNSL1中一个与分枝杆菌质粒的复制基因同源的pNSL1.038及其上游的767bp非编码序列克隆到大肠杆菌质粒,电击转化珊瑚诺卡氏菌4.1037,获得了抗性转化子。【结论】克隆、测序了全长的线型质粒pNSL1,鉴定了质粒的复制区。     

190株肠球菌的鉴定及药敏分析

目的了解黑龙江省医院肠球菌的菌种分布及对常用抗生素耐药性的现状。方法对2004年8月至2006年6月检出的190株肠球菌的菌种鉴定及药敏结果进行回顾性分析。结果粪肠球菌(46.3%)分离率下降;屎肠球菌(33.2%)、鹑鸡肠球菌(13.7%)分离率增加。耐药株检出率屎肠球菌为85.1%,粪肠球菌为75.0%,鹑鸡肠球菌为70.2%。青霉素和呋喃妥因对粪肠球菌引起的感染有一定的疗效,万古霉素,替考拉宁是治疗肠球菌引起感染的最佳选择。结论肠球菌已成为引起临床感染的重要致病菌,它的天然耐药和多重耐药的特性使得临床可选治疗药物范围狭窄。应防止耐万古霉素肠球菌株的产生。     

播散性隐球菌病1例及其实验研究

目的 播散性隐球菌病1例临床及实验研究.方法 患者男,72岁,红皮病1年2个月,口服醋酸泼尼松治疗,双下肢出现结节、溃烂6个月.皮损组织病理、皮损组织真菌培养、尿素酶试验、PCR扩增测序比对明确诊断,同时做胸部及脑部CT.结果 皮损组织病理显示为感染肉芽肿改变,可见大量圆形和椭圆形酵母细胞.皮损组织真菌培养可见酵母样菌落生长,菌株尿素酶试验阳性,ITS区测序比对鉴定为新生隐球菌grubii变种.血清隐球菌荚膜多糖抗原乳胶凝集试验阳性(++++).胸部CT显示左下肺后基底段空洞性病灶.依据临床及实验室检查确诊为由新生隐球菌grubii变种引起的 播散性隐球菌病.给予患者静滴氟康唑400 mg/d治疗2周,之后改口服300 mg/d治疗,3个月后结节性皮损全部消退,胸片显示左肺陈旧性病变,血清隐球菌荚膜多糖抗原乳胶凝集试验阳性(++).治疗15个月后,血清隐球菌荚膜多糖抗原乳胶凝集试验仍阳性(++).结论 对该病例的临床和实验室研究为临床明确诊断和治疗提供了依据,确定菌种需要进行分子生物学研究.     

中国首株格特隐球菌VGII基因型分离株XH91的分子和表型特征鉴定

【目的】研究我国首次临床分离的一株格特隐球菌VGII基因型菌株(XH91)的分子和表型特征。【方法】对受试株XH91进行血清型的分子鉴定;选取核基因组和线粒体基因组中共16个基因片段进行多位点序列分型;对受试株进行单倍体繁育、同性交配及异性交配能力评价;观察受试株的黑色素生成、荚膜厚度及37℃生长等表型特征。【结果】我国首株格特隐球菌VGII基因型菌株XH91为血清B型;该菌株在多位点序列分型上与温哥华岛致病基因型VGIIb一致;XH91能与a交配型发生交配,产生担孢子,而不能与α交配型发生交配且不具备单倍体繁育能力;XH91的黑色素生成、荚膜厚度及37℃生长等表型特征与参考株无明显差异。【结论】我国首株格特隐球菌VGII基因型菌株XH91在基因型、表型特征上均与温哥华岛VGIIb基因亚型一致,该结果将为我国格特隐球菌VGII基因型的分子流行病学和疾病监控提供重要资料。     

变铅青链霉菌内源线性质粒接合转移必需功能区的鉴定

通常细菌间环型质粒在接合转移过程中,单链质粒DNA在质粒内部“oriT”接合转移起始位点发生缺刻.随后,打开的单链质粒DNA通过细胞膜的Ⅳ型分泌系统转移到受体菌中.但是,链霉菌中的接合型线型质粒带有游离3′端,5′端与末端蛋白结合,因而不能以细胞-细胞间方式转移单链缺刻DNA.报道了变铅青链霉菌线型质粒SLP2衍生的环型质粒,与SLP2一样可以高频高效接合转移,并鉴定了接合转移功能区.质粒有效的接合转移功能区包含6个共转录的基因,分别编码一个Tra样的DNA转移酶、胞壁水解酶、2个膜蛋白(可以与ATP结合蛋白相互作用)和一个功能未知的蛋白质.从SalⅠR-/M-向SalⅠR/M宿主转移的质粒频率下降表明,线型和环型的质粒都是以双链的形式转移的.上述研究结果表明SLP2衍生的线型质粒和环型质粒以相似的与细胞膜/胞壁功能相关的机理进行接合转移.     

1株虎源致病性肠球菌的分离鉴定及序列分析

从病死老虎肺脏中分离到1株肠球菌,并对该菌做了生理生化鉴定、药敏试验,致病性试验。本菌对多种抗生素高度耐药,对小白鼠有强致病性,其LD50为2.7×109.2cfu。并用PCR方法扩增分离菌株16S rDNA基因,获得1 415 bp片段,该片段核苷酸序列提交GenBank,登陆号为HM346186,将分离株的16S rDNA核苷酸序列与GenBank上其他肠球菌进行同源性分析。结果表明,分离株的16S rDNA核苷酸序列与肠球菌(EU285587)的同源性为100%,因此该分离菌株被鉴定为致病性肠球菌,命名为YN-1株(云南-1株)。     

肾移植术后隐球菌性脑膜炎的临床分析

目的 分析肾移植术后隐球菌性脑膜炎的临床特点,以期提高临床医生的诊治水平.方法 回顾性分析肾移植术后隐球菌性脑膜炎的临床表现、实验室检查和治疗预后.结果 4例患者中,男2例,女2例,全部为首次同种异体肾移植.所有患者均有发热和头痛症状,多表现为轻度头痛和低热.3例患者隐球菌涂片和培养均为阳性.所有患者分别给予两性霉素B脂质体、伏立康唑、5-氟胞嘧啶等抗真菌治疗,其中1例合并两性霉素B鞘内注射.经2～4个月治疗后,4例隐球菌涂片转阴,临床症状消失,均在我院随访,至今未复发.结论 肾移植术后隐球菌性脑膜炎首发症状隐匿,临床表现不典型,极易误诊漏诊.早期明确诊断、多科室协作、规范足量治疗是提高此病救治成功的关键.     

一株屎肠球菌烈性噬菌体的分离鉴定及基因组测序分析

【背景】屎肠球菌为ESKAPE(由屎肠球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌和肠杆菌属六大超级细菌的拉丁学名首字母组成)病原体之一,对多种抗菌药物具有耐药性,严重威胁全球人类健康,被世界卫生组织列入亟须研发新抗菌药的病原体名单。【目的】分离针对屎肠球菌的烈性噬菌体,测定其基本生物学特性并进行基因组测序分析,为屎肠球菌噬菌体疗法提供原料。【方法】从牧场污水中分离筛选出一株烈性屎肠球菌噬菌体,命名为Enterococcus phage 1A11,通过透射电镜观察噬菌体的形态,测定其最佳感染复数、一步生长曲线和裂解谱,并进行全基因组的测序和分析,以阐释该噬菌体的基本生物学特性。【结果】电镜下可观察到屎肠球菌噬菌体1A11具有典型的正二十面体头部结构和较长的尾部结构,属于有尾病毒目长尾病毒科,而且测得其最佳感染复数为0.01,裂解周期为70 min,潜伏期为30 min,暴发期为40 min,并特异性地对部分屎肠球菌产生裂解作用。噬菌体1A11的基因组大小为42 750 bp,GC含量为34.71%,含有70个推定的开放阅读框(open reading frame, O...     

肝移植后播散性隐球菌病1例及其实验研究

目的播散性隐球菌病临床及实验研究。方法患者女,47岁,肝移植术后2 d,面部、肩部、四肢皮肤出现多发溃疡,伴昏迷。通过脑计算机断层扫描、皮损组织病理检查、PAS染色、皮损组织真菌培养及激光俘获显微切割结合PCR扩增序列分析确诊,并对获得菌株进行尿素酶试验、API试验、PCR扩增测序等实验研究。结果皮损组织病理可见大量圆形和椭圆形菌体,PAS染色阳性。血液和脑脊液真菌镜检均为阴性。皮损组织真菌培养可见酵母样菌落生长,菌株尿素酶试验阳性,API试验鉴定为新生隐球菌。ITS区序列分析鉴定为新生隐球菌grub ii变种。激光俘获显微切割结合PCR扩增,序列分析与培养获得的菌株直接PCR扩增后序列分析结果一致。脑脊液特异性隐球菌抗原（＋＋）,血液特异性隐球菌抗原（＋＋＋＋）。脑CT显示为多发结节灶。依据临床及实验室检查确诊为播散性隐球菌病,致病菌为新生隐球菌grubii变种。结论通过对该病例的深入研究,为临床明确诊断播散性隐球菌病奠定基础,确立了显微切割技术在皮肤真菌感染中的应用价值。     

二株B亚群禽白血病病毒全基因组序列及其在细胞上的复制性比较

本研究比较了从山东地方品系鸡群分离到的二株B亚型禽白血病病毒(ALV)SDAU09E3和SDAU09C2的全基因组序列及它们在细胞培养上的复制动态。这二株ALV-B的同源性为95.4%,与GenBank中3株B亚群参考株之间的同源性也均在91.0%～94.9%间,而与其它亚群参考株的同源性均低于87.9%。与亚群无关的gag、pol基因和LTR的核苷酸序列比较表明,这二株ALV-Bgp85基因的gag和pol基因与所有比较的参考株的同源性均在93%以上。LTR与其他外源性ALV参考株的LTR间的同源性在72.6%～88.3%范围内,但与E亚群内源性ALV的LTR的同源性只有51.5%。然而,这二个ALV-B的LTR的同源性也只有74.8%,远低于其他基因组部分的同源性,特别是它们的LTR的U3区同源性只有68.8%,二者在二个CAAT分布上也显著不同。对这二株ALV-B在DF-1细胞上的复制动态比较表明,它们在细胞培养上清液中的TCID50值非常类似,但SDAU09E3株核衣壳蛋白p27抗原的含量显著高于SDAU09C2株。这表明,同一亚群的不同毒株在复制过程中,所表达的p27抗原量与所形成的具有传染性的病毒量间没有平行关系。这一差异与LTR-U3区的相关性则有待应用感染性克隆技术来做进一步深入研究。     

基于Maxent的大洋臀纹粉蚧和南洋臀纹粉蚧在中国的适生区分析

大洋臀纹粉蚧Planococcus minor Maskell和南洋臀纹粉蚧P.lilacinus Cockerell是我国有重要检疫意义的有害生物。这两种粉蚧从东盟进口水果口岸检疫中频繁截获,且已在广东、海南、云南等地发现大洋臀纹粉蚧入侵,这对我国热带、亚热带的水果和观赏植物等已构成严重威胁。本研究以大洋臀纹粉蚧和南洋臀纹粉蚧在国内外的分布数据为基础,利用Maxent生态位模型和Arc GIS对两种粉蚧在中国的潜在适生区进行预测。预测结果表明,大洋臀纹粉蚧和南洋臀纹粉蚧的适生区主要分布在长江流域以南地区,其适生区面积分别占全国面积的22.14%、18.17%,其中高度适生区域集中分布在广西、广东、云南、福建、四川、台湾、海南等地区,与我国热带水果的主要种植区域具有高度的一致性。大洋臀纹粉蚧已成功入侵,一旦南洋臀纹粉蚧传入便可迅速扩散蔓延,并对我国热带水果生产造成严重危害。因此,各口岸应加强对东盟进口水果的检验检疫,预防其新的进入和扩散。     

南洋臀纹粉蚧雌成虫主要器官及其蜡泌物的扫描电镜观察

为明确南洋臀纹粉蚧Planococcus lilacinus(Cockerell)雌成虫及其蜡泌物的结构特征,利用扫描电镜观察该虫体表主要器官、蜡质及泌蜡腺体的超微结构.结果表明:南洋臀纹粉蚧雌成虫外覆白色粉状厚蜡被,体缘具18对蜡棒,触角8节、口器和足发达且分布有不同长度的毛形和刺形感受器,眼为单眼,腹脐和背孔唇形、...     

Identification and characterization of a serine hydroxymethyltransferase isoform in Caenorhabditis briggsae

In the nematode Caenorhabditis elegans, the maternal effect lethal gene mel-32 encodes a serine hydroxymethyltransferase isoform. Since interspecies DNA comparison is a valuable tool for identifying sequences that have been conserved because of their functional importance or role in regulating gene activity, mel-32(SHMT) genomic DNA from C. elegans was used to screen a genomic library from the closely related nematode Caenorhabditis briggsae. The C. briggsae genomic clone identified fully rescues the Mel-32 phenotype in C. elegans, indicating functional and regulatory conservation. Computer analysis reveals that CbMEL-32(SHMT) is 92% identical (97% similar) to CeMEL-32(SHMT) at the amino acid level over the entire length of the protein (484 amino acids), whereas the coding DNA is 82.5% identical (over 1455 nucleotides). Several highly conserved non-coding regions upstream and downstream of the mel-32(SHMT) gene reveal potential regulatory sites that may bind trans-acting protein factors.     

DNA条形码技术对重大潜在入侵害虫大洋臀纹粉蚧的鉴定有效性研究

【目的】粉蚧是一类重要的世界性检疫性害虫,对果蔬产业以及水果的进出口贸易造成了巨大威胁。通常,口岸截获的粉蚧多为若虫或残体,加之隐存种的存在和较小的近缘种间差异,严重影响了基于形态学特征的粉蚧类害虫识别鉴定的准确性和及时性。本研究旨在明确DNA条形码技术对重大潜在入侵害虫大洋臀纹粉蚧Planococcus minor(Maskell)的鉴定有效性。【方法】以旅检截获的36头大洋臀纹粉蚧为对象、其近缘种柑橘臀纹粉蚧Pl.citri(Risso)为参照,以线粒体COI基因5'端和3'端序列以及核糖体28S r DNA D2-D3区段序列为分子标记进行比对分析,以K-2-P模型计算种内种间遗传距离,以最大似然法(maximum likelihood,ML)构建进化树并进行系统发育分析,同时利用Species Identifier物种识别软件评价3种基因片段对大洋臀纹粉蚧的鉴定效果。【结果】当分别以COI基因5'端和3'端序列为分子标记时,截获大洋臀纹粉蚧的碱基序列与NCBI中大洋臀纹粉蚧的序列一致性分别为100%和99%~100%,而与近缘种柑橘臀纹粉蚧COI基因5'端和3'端的核苷酸序列一致性分别为97%~98%和96%~98%;且大洋臀纹粉蚧和柑橘臀纹粉蚧分别存在5个和11个稳定的物种特异性识别位点;系统发育分析显示,截获的大洋臀纹粉蚧均与数据库中的大洋臀纹粉蚧聚为一支。当以28S r DNA D2-D3区段序列为分子标记时,臀纹粉蚧属各物种间高度保守,无法区分大洋臀纹粉蚧与其近缘种柑橘臀纹粉蚧;种间遗传距离仅为0.004。此外,物种识别软件评价结果显示,基于COI基因5'端和3'端序列的鉴定结果完全正确,而基于28S r DNA D2-D3区段序列的鉴定结果却存在45.2%~61.9%的模糊鉴定。【结论】基于COI基因5'端和3'端的DNA条形码技术完全可用于大洋臀纹粉蚧的快速准确鉴定及检测,对有效阻截其入侵和进一步扩散蔓延意义重大。     

Phylogenetic analysis of the genera Planococcus, Marinococcus and Sporosarcina and their relationships to members of the genus Bacillus

A phylogenetic analysis based on 16S rRNA was performed on the genera Planococcus, Marinococcus, Sporosarcina and endospore-forming rods. In agreement with earlier 16S rRNA cataloguing data, Planococcus citreus and Sporosarcina ureae clustered with Bacillus pasteurii and other bacilli containing lysine in their cell walls. Sporosarcina halophila was shown to be genetically distinct from S. ureae and formed a loose association with the main Bacillus subtilis grouping. Marinococcus halophilus (formerly Planococcus halophilus) exhibited low levels of relatedness to all reference species examined and formed a distinct line of descent.     

一株新的木素过氧化物酶产生菌的分离和鉴定

目的：木素过氧化物酶在工业和环保方面具有潜在应用价值。从腐木上分离得到一株新的木素过氧化物酶合成菌,该菌株具有香栓菌（Trametes suaveolens）的形态特征,需要对其进一步确认。方法：用rDNAITS序列的分子分类方法对该菌株进行鉴定。结果：PCR得到的ITS片段长621bp,其序列与一株香栓菌具有最高的相似性（97．6％）,并明显不与栓菌其他种聚类。结论：该分离种为一株新的香栓菌,命名为T．suaveolens1523。     

Host selection and sex allocation in Leptomastidea abnormis, a parasitoid of the citrus mealybug Planococcus citri

Leptomastidea abnormis (Girault) and Leptomastix dactylopii (Howard) [Hymenoptera: Encyrtidae] are the two parasitoid species frequently used for biological control of the citrus mealybug Planococcus citri (Risso) [Homoptera: Pseudococcidae]. As part of a programme to determine the best control practice, host size selection and sex allocation were studied in L. abnormis, and compared with those of L. dactylopii. L. abnormis showed a preference for the second size class, but also attacked third and fourth size class and adult mealybugs, while in previous studies L. dactylopii was found to prefer the third and fourth size class and adults, and never attacked second size class mealybugs. Female L. abnormis reared from parasitized mealybugs had a higher mean body mass than males, as is predicted by Charnov's theory on sex allocation. However, sex ratios of emerging L. abnormis did not differ between mealybug size classes. These results imply possibile coexistence of the two parasitoids. As field evidence suggests a more complex interaction between the two species, studying direct competition would be a useful next step.     

Aicardi-Goutieres syndrome gene and HIV-1 restriction factor SAMHD1 is a dGTP-regulated deoxynucleotide triphosphohydrolase

The SAMHD1 protein is an HIV-1 restriction factor that is targeted by the HIV-2 accessory protein Vpx in myeloid lineage cells. Mutations in the SAMHD1 gene cause Aicardi-Goutières syndrome, a genetic disease that mimics congenital viral infection. To determine the physiological function of the SAMHD1 protein, the SAMHD1 gene was cloned, recombinant protein was produced, and the catalytic activity of the purified enzyme was identified. We show that SAMHD1 contains a dGTP-regulated deoxynucleotide triphosphohydrolase. We propose that Vpx targets SAMHD1 for degradation in a viral strategy to control cellular deoxynucleotide levels for efficient replication.     

龙葵叶绿体的阿特拉津抗性基因psbA的核苷酸序列及有关分析

对克隆在psb135质粒上的来自龙葵阿特拉津抗性生物型的psbA基因进行DNA序列分析,测得长为1384个核苷酸的全序列,包括该基因的全部编码区和5′上游顺序。该基因的核苷酸序列与另一个独立来源的龙葵阿特拉津抗性基因的核苷酸序列完全相同,在由核苷酸推导的氨基酸序列的基础上,比较了分别由龙葵抗阿特拉津和对阿特拉津敏感的psbA基因编码的32kD蛋白质的二级结构,并对其可能的含意进行了讨论。     

Attraction of Planococcus ficus males to racemic and chiral pheromone baits: flight activity and bait longevity

The vine mealybug (VM), Planococcus ficus (Signoret), is a worldwide pest and affects mainly grapevine and figs. In Israel, (S)-lavandulyl senecioate [(S)-LS] and (S)-lavandulyl isovalerate [(S)-LI] were identified from VM reared for several generations on potato sprouts, when compared with the identification of only (S)-LS from feral females. Racemic lavandulyl senecioate (LS) can be used for fieldwork because the unnatural enantiomer is benign and does not affect the activity of the pheromone. Lures loaded with 200  μ g of LS remained active for 24 weeks but it is recommended to replace lures after 12 weeks to preserve constant and high attractiveness. Delta sticky traps, baited with 50 or 200  μ g of LS were used to determine the daily flight pattern and the seasonal flight activity including vine plant infestation. A positive correlation between peak mealybug density and male capture was observed strengthening the usefulness of the pheromone traps for monitoring the pest. Addition of racemic or the two enantiomers of lavandulyl isovalerate (LI) to LS decreased the capture of VM males. The level of inhibition varied during 2003–2004. Both enantiomers of LI displayed the same antagonistic activity. Addition of (S)-lavandulol to the pheromone resulted in shut-down of the traps. Inhibition by the antipode, (R)-lavandulol, was moderate indicating a certain degree of chiral discrimination.