幽门螺杆菌23s rRNA基因突变与克拉霉素耐药性关系的研究

目的:通过对幽门螺杆菌(Helicobacterpylori,HP)23s rRNA基因突变位点分析,观察23s rRNA各突变点与克拉霉素耐药的关系.方法:分离培养HP、提取DNA、扩增其23s rRNA基因片段及测序;运用Clustalw软件进行序列比对找出突变点.选用GenBank中已全基因组测序的35株HP,根据其mutY、ppa、efp和ureI4个管家基因建立Neighbour-joining树,根据进化树结果将35株HP分为欧非和东亚菌群;观察各突变点与菌群分布的关系.结果:与耐药有关的A2143G突变率为32.8％,T2182C突变率为90.6％但与耐药无关,其碱基分布具有菌群差异:东亚菌群以c碱基为主,欧非菌群以T为主(P＜0.05),其他可能与耐药有关的各位点分别为A2223G(6.25％)、T2190C(1.6％)、C2195T(1.6％).结论:青岛地区HP克拉霉素耐药率为32.8％并表现为23s rRNA基因A2143G突变,而2182位点突变是由于菌群分布差异导致的与克拉霉素耐药无关.     

应用HRM技术对CYP2C19*2和CYP2C19*3进行双重SNP分型

氯吡格雷是一种广泛用于预防静脉血栓形成的抗血小板药物。研究表明, 携带有CYP2C19基因功能缺失型等位基因CYP2C19*2、CYP2C19*3的病人, 其体内代谢氯吡格雷成为其活性形式的能力降低, 导致氯吡格雷抑制血小板聚集功能减弱。文章旨在建立一种利用高分辨率熔解曲线分析(High-resolution melting curve analysis,HRM)技术在闭合单管中同时对CYP2C19*2、CYP2C19*3两个多态性位点进行简便、准确分型的方法。本实验针对两个SNP位点分别设计特异性的HRM引物, 并在两个位点引物的5′端分别加上富含AT和GC的序列, 保证两个位点的扩增产物熔解峰无重叠。利用HRM技术, 快速、灵敏地对64例随机DNA样本的CYP2C19*2 、CYP2C19*3两个多态性位点进行了基因分型, 且HRM方法的分型结果与测序验证结果完全一致。因此, 利用HRM技术可以实现在闭合单管中简便、准确地对CYP2C19*2 、CYP2C19*3两个多态性位点同时进行基因分型。该方法有望应用于临床, 指导氯吡格雷的个体化用药。     

CYP2C19基因多态性PCR扩增体系的正交优化与验证

本实验通过建立CYP2C19*2、*3和*17基因多态性PCR反应体系和条件,筛选出4μL体系中各因素最佳水平。采用SNaPshot技术对CYP2C19基因3个SNP位点*2、*3和*17同时进行复合扩增检测,利用L9(34)正交实验设计,对影响PCR反应体系和条件的3个因素(PCR Mix, Taq DNA聚合酶,循环次数)在3个水平上进行优化,结果采用综合评分法和极差分析法进行分析。用3组已知样本对正交优化所得条件进行重复性和稳定性验证。结果表明CYP2C19*2、*3和*17基因PCR扩增体系的影响因素依次为:PCR Mix>循环数>Taq DNA聚合酶。最佳反应体系为PCR Mix 2.0μL、Taq DNA聚合酶0.2μL、循环次数32次。3组样本验证效果满意。优化的CYP2C19*2、*3和*17基因PCR反应体系稳定性高,重复性和经济性较好,为该基因多态性的大规模调查奠定了基础。     

威海地区幽门螺杆菌耐药谱表型及遗传特征分析

目的研究威海地区的幽门螺杆菌对阿莫西林(AMX)、克拉霉素(CLA)、甲硝唑(MTZ)和四环素(TET)的耐药性表型和基因型。方法对172株分离自消化不良患者的幽门螺杆菌进行药敏试验检测,采用PCR法对甲硝唑耐药菌株进行rdx A和frx A基因的扩增。结果共检出耐4株阿莫西林耐药株(2.3%)、16株克拉霉素耐药株(9.3%),以及90株甲硝唑耐药株(52.3%)和6株四环素耐药株(3.5%)。所有甲硝唑耐药菌株中的rdx A基因发生了改变并直接导致Rdx A蛋白的氨基酸序列发生变化。在52株甲硝唑耐药株中发现frx A基因的错义突变,而在14株甲硝唑耐药株中检出了由于移码突变造成的frx A基因表达的提前终止。结论本地区的幽门螺杆菌对甲硝唑有较高的耐药率,与该类细菌染色体中rdx A和frx A基因的突变有关。     

幽门螺杆菌STM文库重组质粒的构建

目的:应用信号标签突变技术(Signature tagged mutagenesis,STM)构建幽门螺杆菌突变体文库重组质粒。方法:采用平末端内切酶随机酶切幽门螺杆菌基因组DNA,并回收300～500bp片段(记作Fr),基因重组技术构建重组质粒pID700-Fr,电转化E.coliDH5α筛选阳性克隆,提取重组质粒酶切鉴定。结果:成功构建了1200个幽门螺杆菌STM文库重组质粒。结论:STM技术可用于幽门螺杆菌致病以及耐药相关基因的筛选,为幽门螺杆菌致病及耐药机理的研究奠定了基础。也将为幽门螺杆菌的治疗提供新的药物靶点。     

幽门螺杆菌抗生素耐药机制研究进展

幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)感染可引起消化性溃疡、胃粘膜相关淋巴组织淋巴瘤和胃癌。随着抗生素耐药性的问题越来越严重,耐药机制的研究也不断深入。分子检测方法,尤其是核酸检测技术,可高效、快速、准确地检测幽门螺杆菌抗生素耐药基因及突变,对幽门螺杆菌感染的临床治疗发挥重要的指导作用,同时也可对幽门螺杆菌抗生素耐药性进行大规模及时有效监控。本文讨论了关于幽门螺杆菌抗生素耐药机制并着重总结了相关耐药基因及突变。     

48例消化性溃疡患者幽门螺杆菌的耐药性调查

对幽门螺杆菌 (Helicobacterpylori ,Hp)临床分离株进行药物敏感性试验及耐药性分析 ,为探求幽门螺杆菌感染的根除疗法提供依据。运用微需氧培养方法 ,从胃镜活检标本中分离幽门螺杆菌 ,利用琼脂稀释法测定幽门螺杆菌对抗生素的敏感性试验 ,将 2 1株Hp临床分离株进行 7种抗菌药物的敏感性及耐药性调查。从 4 8例消化性溃疡患者胃镜活检标本中分离出 2 1株幽门螺杆菌。 2 1株幽门螺杆菌对阿莫西林MIC范围 0 .5～ 8mg/L ,无耐药菌株 ;克拉霉素、替硝唑的MIC范围分别为 0 .12 5～ 0 .5mg/L和 4～ 8mg/L ,耐药率均为 4 .76 % ;四环素、利福平的MIC范围分别为 0 .5～ 1mg/L和 1～ 6 4mg/L ,耐药率分别为 4 .76 % ,9.5 2 % ;甲硝唑的MIC为 16～ 12 8mg/L ,红霉素的MIC为 0 .5～ 12 8mg/L ,耐药率较高 ,分别为 2 3.89%和5 7.15 %。此次分离的Hp对阿莫西林、克拉霉素、替硝唑有较高的敏感性 ;而对甲硝唑及红霉素耐药率高 ,应避免应用 ;阿莫西林、克拉霉素可作为本地区治疗Hp感染的主要药物 ;四环素、利福平可用于一线治疗失败后二线治疗 ;替硝唑可替代甲硝唑用于Hp的根除治疗。     

汉族和维吾尔族乙型肝炎病毒耐药基因的相关临床研究

目的:利用基因芯片技术研究伊犁地区汉、维两个民族乙型肝炎病毒(HBV)耐药基因的差异性。方法:收集2014年1月-2015年12月我院收治的汉族及维吾尔族(以下简称"维族")慢性HBV感染患者各50例,患者均经基因芯片技术筛选确诊存在天然HBV耐药基因(耐核苷酸类药物),观察HBV耐药基因分型特点及对核苷酸类药物的耐药突变位点的情况。结果:汉族HBV感染患者的耐药基因型集中于B、C型,且以C型为主,而维族以D型为主,两组各基因型比较,差异均有统计学意义(P0.05)。汉族患者在rt204位点变异明显,而维族在rtn236t、rta181v/t+rtn236t位点变异明显,差异均有统计学意义(P0.05)。结论:在新疆伊犁地区天然HBV病毒耐药基因患者中,汉族及维族耐药基因分型及耐药基因突变位点均存在显著差异,临床可通过基因芯片技术筛选变异靶点,选择合适的敏感药物。     

单管PCR-Pyrosequencing快速检测华法林代谢酶基因多态性方法的建立

文章旨在建立一种单管、快速及高通量的华法林药物代谢酶相关基因多态性的检测方法。通过抽取人外周血DNA,应用带有生物素标记的扩增引物,经PCR扩增并制备焦磷酸测序单链模板,于PyroMark ID焦磷酸测序仪上进行焦磷酸测序,以Sanger测序法测序结果为对照,观察分析的准确性。结果显示,华法林药物代谢酶的3个相关基因多态性(CYP2C9*2、CYP2C9*3、VKORC1(-1693))于单管中可被同时检测,一次可获得96份DNA的华法林药物代谢相关多态性位点检测结果。经与Sanger测序方法比较,符合率为100%。结果表明本方法可准确、高通量、快速检测华法林药物代谢酶相关基因多态性,与单管检测一个位点的焦磷酸测序方法相比,能有效降低检测成本,节省检测时间。该方法在个性化医疗上有较大的推广应用价值,也可以将该平台运用于其他疾病相关基因多态性检测。     

MELAS和MERRF综合征相关mtDNA突变位点检测集成芯片的建立

摘要: 文中建立了一种新型的寡核苷酸芯片, 用于线粒体脑肌病伴高乳酸血症和卒中样发作(Mitochondrial encephalomyopathy with lactic acidosis and stroke-like episodes, MELAS)和肌阵挛性癫痫伴发不规整红纤维(Myoclonic epilepsy with ragged red fibers, MERRF)线粒体DNA所有已知突变位点的集成检测。将31对allele位点特异性的寡核苷酸探针包被在醛基修饰的载玻片表面, 以多重不对称PCR方法制备Cy5荧光标记靶基因。利用此芯片对5例MELAS患者、5例MERRF患者及20例健康对照进行筛查, 结果发现, MELAS患者均为MT-T1基因A3243G突变; 在MERRF患者组, MT-TK基因A8344G突变4例, T8356C突变1例; 健康对照组均未发现31种相关mtDNA突变。芯片检测与DNA测序结果完全一致。结果表明, 这种寡核苷酸芯片可以对MELAS和MERRF综合征已知突变位点进行同步快速检测, 具有较高的灵敏度和特异性。这一模式的基因芯片经过适当改装后也可用于其他人类线粒体疾病的基因诊断。     

Theory for the number of genes affecting quantitative characters

Summary A general expression for gene number estimation which encompasses the conventional formula was derived. It provides a basis for gene number estimation from the data of recurrent selection experiments that are not of sufficient duration to measure total response to selection.Gene number estimates are considerably more reliable when heritability is high. The effect of heritability on sampling variance is particularly important when gene number is large.Generally the most effective ways of decreasing the variance of a gene number estimate will be 1) to increase the number of generations in a primary selection program, 2) to increase the number of generations in the two way selection program and 3) to increase population size.From a thesis submitted by the author in partial fulfillment of the requirements for the Ph.D. degree. Received March, 1975. Work supported by Public Health Service Grant GM 16074, by the Minnesota Agricultural Experiment Station and by National Institutes of Environmental Health Sciences Grant No. 5T32 ES07011-02.Former Research Assistant, Genetics and Cell Biology, University of Minnesota; Currently Post-doctoral Fellow in Environmental Health Measurement and Statistics.     

产番茄红素基因工程菌的研究进展

番茄红素是一种重要的类胡萝卜素,具有许多生物功能和生物活性,尤其在保护人类健康方面起着重要的作用。随着番茄红素生物合成途径的阐明及其相关基因的克隆,运用基因工程手段调控番茄红素的合成已经成为可能。本文首先综述了番茄红素生物合成途径及合成途径中相关基因的克隆,然后对近年来构建的番茄红素基因工程菌进行了全面的总结,包括：运用DNA重组技术使异源微生物大肠杆菌、酵母等生产番茄红素,以及通过过表达特定基因从而提高霉菌等产番茄红素的量,最后分析了改造过程中存在的主要问题,并展望了未来的研究方向。     

鹅副粘病毒WF00 G分离株HN蛋白基因的测序与序列分析

用鹅副粘病毒凤阳分离株WF00G做9～10日龄SPF鸡胚的尿囊腔接种,成功增殖了该病毒,采用一步法RT-PCR技术扩增WF00G病毒的HN基因,获得了1条约1．8kb的特异性条带。PCR产物回收纯化后测序。测序结果表明,扩增片段大小为1844bp,含有1个1716bp的开放性阅渎框,编码571个氨基酸。核苷酸同源性分析表明：WF00G株与其他12株鹅副牯病毒的同源性为89．9％-99．2％,与国内外其他NDVHN基因的同源性为81．7％～95．7％,其中与国内标准强毒株F48E9的同源性为84．7％,说明WF00G与国内外的传统毒株有较大变异。与Taiwan95株和NL／96株的同源性为94．3％和95．7％,说明WF00G与Taiwan95株和NL／96株亲缘关系较近,具有较高的相似性。     

Predicting the Proportion of Essential Genes in Mouse Duplicates Based on Biased Mouse Knockout Genes

In the yeast or nematode, the proportion of essential genes in duplicates is lower than in singletons (single-copy genes), due to the functional redundancy. One may expect that it should be the same in the mouse genome. However, based on the publicly available mouse knockout data, it was observed that the proportion of essential genes in duplicates is similar to that in singletons. The most straightforward interpretation, as claimed in a recent study, is that duplicate genes may have a negligible role in the mouse genetic robustness. Here we show that in the current mouse knockout dataset, recently duplicated genes have been highly underrepresented, leading to an overestimation of the proportion of essential genes in duplicates. After estimating the duplication time of mouse duplication events, we have developed a simple bias-correcting procedure and shown that the bias-corrected proportion of essential genes in mouse duplicates is significantly lower than that in singletons.     

植物多聚半乳糖醛酸酶功能研究进展

综述了近年来多聚半乳糖醛酸酶 (PG)在果实软化、器官脱落、花粉授粉、种子发育、胁迫反应等中作用的研究进展 ,结合实验结果讨论了PG与乙烯的关系 ,以及PG在植物病害发生和逆境反应中的作用。分析了PG的多基因家族所表现出来的功能多样性     

含口蹄疫病毒VP1基因与结核杆菌HSP70基因的重组腺病毒转移载体的构建

根据GenBank已发表的结核杆菌HSP70的基因序列及O型口蹄疫病毒VP1基因序列,应甩Primer5．0软件设计了2对引物,其中一对引物用于扩增结核杆菌基因组中的HSP70完整基因,另一对引物用于以pMD-D为模板,扩增其中的VP1完整基因序列。将所扩增的2段基因串联插入腺病毒转移载体．pAdenovator-CMV5-IRES-GFP的BgⅢ位点,经PCR方法和限制性酶切方法鉴定2基因已成功插入了转移载体并且插入方向正确,获得了重组腺病毒转移载体pAdenovator-CMV5-IRES-GFP-VP1-HSP,此转移载体可与腺病毒骨架载体进行细菌内同源重组,以产生重组腺病毒载体。     

基因打靶技术在人类疾病动物模型研究中的应用

人类疾病动物模型在医学研究中起着非常重要的作用,而自然发生的人类疾病已远远不能满足医学研究的需要。利用基因打靶技术开展人类疾病动物模型的研究具有广阔的应用前景。本文就基因打靶技术及其在人类疾病动物模型研究中的应用做一介绍。     

富集液中六六六（γ-BHC）脱氯基因的克隆、表达及降解试验

从长期受六六六污染的土壤中获得高效降解六六六的富集液 ,其对六六六 4种异构体的降解效果均为10 0 % ,但至今未能获得纯培养。根据国外报道的六六六脱氯基因linA序列 ,设计并合成一对引物 ,通过PCR技术从富集液总DNA中扩增了 4 71bp的基因片段 ,命名为linN ,测序结果表明linN与报道的脱氯基因linA和linA2的同源性达 99% ,与linA1的同源性达 97%。将linN定向克隆到pET 2 9α表达载体中 ,转化至E .coliBL2 1,经IPTG诱导后可表达分子量约 17kD的蛋白 ,表达产物占菌体总蛋白的 30 %左右 ;诱导后转化子的降解能力明显提高 ,粗酶也有很好的降解效果 ,为进一步分离纯培养和构建多功能农药残留降解菌提供了基础     

植物耐盐相关基因克隆的研究进展

随着植物分子生物学快速发展,植物耐盐性研究已深入到耐盐相关基因的克隆、基因的结构分析以及基因表达特性等领域.目前,耐盐相关基因的克隆工作进行的如火如荼,有很多植物的耐盐基因已经被克隆,这些已克隆的耐盐相关基因涉及盐胁迫信号传导、基因表达的调控因子、渗透调节物质、胚胎发育晚期丰富蛋白LEA(Late-embryogensiS-abundant)等,本文就盐胁迫涉及的信号传导基因、基因表达调控因子等的克隆研究进展作一简要概述.