用正交设计优化荔枝RAPD反应体系

以改良CTAB法提取的荔枝基因组DNA为模板,应用L25(56)正交表,研究了Taq、Mg2+、随机引物、dNTPs和DNA模板5种RAPD反应组分浓度变化对扩增结果的影响,量化分析结果表明:正交设计可以应用于RAPD反应体系的建立。用这种方法建立的荔枝RAPD-PCR优化反应体系为:25μL反应体系中含1×Buffer、2.0mmol/LMg2+、2.0UTaqDNA聚合酶、0.15mmol/LdNTPs、0.6μmol/L随机引物、25ngDNA模板。     

缢蛏SRAP-PCR体系的正交优化

运用L16(45)正交设计对影响缢蛏SRAP-PCR反应的5个因素:Taq酶浓度、Mg2+浓度、模板DNA浓度、dNTPs浓度和引物浓度在4个水平上进行了优化试验,PCR结果采用SPSS v16.0软件分析.结果表明,各因素对SRAP-PCR反应的影响依次为:引物>Taq酶>模板DNA>Mg2+;缢蛏SRAP反应最佳体系为:在20μL PCR反应体系中,引物0.3 μmol/L、Taq 酶0.5 U、模板DNA 50 ng、dNTPs 0.2 mmol/L及Mg2+2 mmol/L.用不同缢蛏的基因组DNA两次SRAP-PCR扩增,8对引物均能扩增出清晰且重复性好的谱带.因而建立的缢蛏反应体系稳定可靠.     

青花菜SRAP-PCR体系优化与品种分子鉴定

本试验对青花菜基因组DNA的SRAP-PCR体系中主要影响因子Mg2+、dNTPs和引物浓度进行了优化。结果表明,反应体系中适宜浓度为Mg2+1.5-3.0mmol/L,dNTPs0.4mmol/L,引物0.25-0.50μmol/L(模板DNA约20ng,16μL反应体系)。运用优化的反应体系,对20个青花菜品种进行分子鉴定,从10个引物组合中筛选到7个多态性引物组合,获得60个多态性位点,平均每个引物组合在供试品种中产生8.6个多态性位点,鉴别品种数4.3个。双引物组合me1/em6与me2/em9可以区分所有供试材料。     

均匀设计优化毛竹EST-SSR PCR反应体系

本研究以毛竹叶片DNA为模板,利用均匀设计U10(54)表,对毛竹EST-SSRPCR反应体系的TaqDNA聚合酶、Mg2+、dNTPs及引物浓度4因素5个水平进行优化筛选。优化实验结果表明,毛竹EST-SSRPCR的25μL优化反应体系为:10×PCRBuffer(含Mg2+)2.5μL、TaqDNA聚合酶1.5U,Mg2+、dNTPs及引物的最适浓度分别是1.0mmol/L、0.1mmol/L、0.48μmol/L;通过梯度PCR试验筛选得到相应引物的最佳退火温度为52.4℃。对优化出的EST-SSRPCR反应体系进行稳定性检测,结果均能获得丰富、稳定、清晰可辨的DNA谱带。该优化体系为利用EST-SSR分子标记对毛竹进行遗传多样性等相关研究工作提供了基础条件。     

均匀设计在枇杷ISSR-PCR反应体系优化中的应用

本实验通过U25(54)均匀设计实验研究,对枇杷ISSR-PCR分子标记体系中模板DNA、dNTPs、Taq DNA聚合酶、Mg2+、引物5个组分的浓度进行优化.获得25 μL反应体系中各成分的适宜浓度或用量分别是:模板DNA为10ng、dNTPs为0.5 mmol/L、Taq DNA聚合酶为1 U、Mg2+为2.5 mmol/L,引物为0.4 μmol/L.与单因素梯度优化体系相比,操作简便,简化了实验步骤,获得的实验结果可靠,从100条ISSR引物中筛选出27条扩增良好的引物,并获得了这些引物的最佳退火温度,经琼脂糖凝胶电泳获得了清晰的图谱.这一优化体系的建立为进一步利用ISSR标记技术进行枇杷种质鉴定及遗传多样性分析提供了一个标准化程序.     

芋ISSR-PCR扩增反应体系的建立

目的:获得清晰可靠、重复性较好的ISSR-PCR扩增反应体系,应用于芋种质资源进行遗传多样性的研究中.方法:以芋的幼叶提取基因组DNA为材料,采用正交试验设计L16(45),从模板DNA浓度、引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度及TaqDNA聚合酶的用量5因素4水平出发,构建芋最佳反应体系.结果:芋ISSR-PCR的最佳反应体系为:在25μl的反应体系中,40ng DNA模板、0.4μmol/L引物浓度、2.5 mmol/L Mg2+、0.2 mmol/L dNTPs、1 U Taq DNA聚合酶.结论:利用芋种质资源对最佳反应体系的验证,结果显示该反应体系具有扩增稳定性.     

毛薯ISSR-PCR反应体系的建立

本研究主要建立毛薯ISSR-PCR的最佳反应体系。研究采用改良CTAB法提取毛薯总基因组DNA,应用单因子实验法设定模板DNA,Mg2+浓度,dNTP浓度,Tap酶浓度以及退火温度的5个不同梯度,探讨单因素变化对毛薯ISSR-PCR扩增的影响。实验结果表明,毛薯ISSR-PCR最佳反应体系为:总体积20μL,模板DNA为50ng、Taq酶为0.8U、Mg2+浓度为2.0mmol/L、引物浓度为0.5μmol/L、dNTPs浓度为0.5mmol/L。     

长心卡帕藻RAPD-PCR反应体系的正交优化研究

采用SDS(十二烷基硫酸钠,20%)法提取了大型海藻长心卡帕藻(Kappaphycus alvarezii)基因组DNA.通过单因子梯度试验,确定了影响随机扩增DNA多态性(RAPD)扩增结果的模板、Mg2 、dNTPs、S22引物、Taq的适宜浓度、退火温度和反应的最佳循环次数;利用正交试验优化了模板、Mg2 、dNTPs、S22引物、Taq的配比浓度.结果表明,在进行长心卡帕藻的RAPD扩增时,在总体积为25μl的反应体系中,模板、Mg2 、dNTPs、S22引物、Taq的最佳浓度分别为15ng、2.0mmol/L、0.2mmol/L、0.25μmol/L、2.5U;退火温度为37℃.反应程序为94℃预变性5min,然后经94℃变性30s、37℃退火1min.72℃延伸2min,进行30次循环,最后在72℃再延伸10min.     

正交试验优化八角ISSR-PCR反应体系

利用正交试验设计研究Taq DNA聚合酶、DNA模板、引物(UBC 886)、dNTP、Mg2+浓度5个因素对云南八角ISSR-PCR反应的影响,建立其最佳反应体系。结果表明:25μL的反应体系中5个因子的最佳水平为:Mg2+3 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5 U、DNA模板0.016 ng、引物0.8μmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L。PCR最佳反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,46℃退火45 s,72℃延伸1 min,40次循环;72℃最后延伸7 min,4℃保存。     

番茄叶霉病菌ISSR-PCR体系的建立

以番茄叶霉病菌(Passalora fulva)基因组DNA为模板,采用单因素试验和正交设计试验对该菌ISSR-PCR体系中的一些重要参数(Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA、TaqDNA聚合酶、缓冲液、循环次数)和引物进行筛选和优化,并对退火温度进行了梯度优化,建立了番茄叶霉病菌ISSR-PCR的最佳反应体系(20μL):Mg2+1.5 mmol/L,dNTPs 0.4 mmol/L,引物1.5μmol/L,模板DNA45 ng,TaqDNA聚合酶1.0 U,1倍的PCR缓冲液,循环40次,退火温度50℃。     

RAPD反应体系优化的研究

筛选随机扩增多态性DNA(RAPD)反应体系的最佳优化方案,以期获得稳定可靠的实验结果。选取对结果影响较大的4种因素(Taq酶、dNTP、引物、Mg2+)进行单因素设计,寻找最佳反应浓度。优化后得到4种因素的最佳反应浓度分别为Taq酶2.5U、dNTP 200μmol/L、引物1μmol/L、Mg2+2.5mmol/L。在优化的反应条件下,RAPD的稳定性和重复性均好。     

红曲菌基因组DNA提取及RAPD反应体系优化

为了建立一套适合红曲属真菌RAPD反应的优化体系,用改进的CTAB法提取红曲菌基因组DNA,采用单因素试验探讨RAPD反应体系中模板DNA、随机引物、Taq酶、Mg^2＋、dNTPs对扩增结果的影响。结果在20μL体积中,模板DNA20 ng、随机引物0、2μmol/L、Taq酶、Mg^2＋1.5mmol/L,dNTPs 1mmol/L的反应体系可得到稳定清晰的RAPD扩增图谱,为采用RAPD技术进行红曲菌种质资源遗传多样性研究奠定基础。     

蚬壳花椒ISSR-PCR反应体系的建立及优化

通过单因素试验及正交设计方法对影响蚬壳花椒ISSR-PCR扩增的主要因素(模板DNA、Mg2+的浓度、引物、dNTPs,TaqDNA聚合酶的用量以及退火温度)进行优化,以建立蚬壳花椒ISSR-PCR反应的最佳体系。结果表明:最佳反应体系(20μL)为模板DNA 60ng、MgCl2 2.5mmol/L、dNTPs 0.15mmol/L、引物0.6μmol/L、TaqDNA聚合酶2.4U。在此基础上,从100条引物中筛选出18条扩增稳定、多态性好的ISSR引物并经过10份蚬壳花椒种质检验,证明该体系具有扩增条带清晰、稳定、重复性好等优点。该反应体系的建立为蚬壳花椒种质资源分类、遗传多样性分析提供了更客观可靠的方法。     

散斑壳属ISSR-PCR反应条件的优化

以散斑壳属 (Lophodermium) T29、T50、T62、R111菌株为研究材料,对该属ISSR-PCR反应体系中的模板DNA浓度、引物浓度、Mg2 浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶浓度以及退火温度等条件进行优化,寻找出适合此类真菌ISSR-PCR反应的最佳反应体系为15 μL反应体系中,模板DNA浓度为 4～8 ng/μL、引物浓度 0.4～0.5 μmol/L、Mg2 浓度 2.0～2.5 mmol/L、dNTPs浓度 0.15～0.30 mmol/L、Taq DNA聚合酶量1.5～2.5 U,退火温度为 52 ℃.     

光裸星虫ISSR-PCR反应体系的单因素优化试验

以光裸星虫为试验材料,通过单因素方法对影响其ISSR-PCR扩增效果的因子(模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶、甲酰胺和二甲基亚砜)浓度进行研究。确立适合光裸星虫ISSR-PCR的反应体系:25μL体积含1×PCR buff-er、模板DNA用量为10-50 ng、TaqDNA聚合酶为0.75-1.75 U、Mg2+浓度为1.5-2.5 mmol/L、dNTP浓度为0.20 mmol/L,引物浓度为0.8-1.2μmol/L,甲酰胺和二甲基亚砜的添加并不能优化光裸星虫ISSR-PCR反应结果。利用所建立的体系对广西北海群体的20个光裸星虫个体基因组DNA进行ISSR-PCR扫描,结果表明,优化后的体系均能扩增出清晰、多态性高的条带。     

宽叶缬草DNA的提取及正交优化RAPD反应体系

[目的]确定适合宽叶缬草RAPD分析的DNA提取方法以及建立最佳RAPD反应体系。[方法]比较宽叶缬草基因组DNA的两种提取方法(经典CTAB法、试剂盒法);采用正交设计L16(45),针对Taq DNA聚合酶浓度,d NTP浓度,Mg2+浓度,引物浓度,DNA模板浓度进行RAPD扩增,确立最佳RAPD反应体系。[结果]综合比较,试剂盒法较适合宽叶缬草基因组DNA提取;25μl最适宽叶缬草RAPD反应体系为:2.0 U Taq DNA聚合酶、0.4 mmol/L d NTP、4.0 mmol/L Mg2+、4.0μmol/L随机引物、60 ng模板DNA、2.5μl 10×buffer。[结论]试剂盒DNA提取法和正交优化的反应体系适用于宽叶缬草的RAPD分析,为进一步研究黔产宽叶缬草药材遗传多样性奠定了基础。     

松江湿地沉积物细菌T-RFLP分析中PCR体系的建立与优化

细菌是微生物的重要组成部分,其对保持湿地生态系统平衡起着重要作用,在沉积物细菌T-RFLP(terminal restriction fragment length polymorphism)分析中建立与优化PCR体系对进一步研究沉积物细菌群落组成具有重要意义。此次研究以松江湿地沉积物细菌基因组DNA为模板,采用正交和单因素试验对PCR体系中各因素(模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物、Taq酶)进行优化,系统分析各因素对PCR扩增结果的影响,建立最佳PCR反应体系。在20μL反应体系中,DNA模板30 ng、Mg2+2.0 mmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L、引物0.2μmol/L、Taq酶0.5 U。该优化体系确保了沉积物细菌T-RFLP分析过程中PCR产物的质量与效果。     

鲤TRAP分子标记反应体系的建立与优化

针对鲤(Cyprinus carpio)这一主要水产养殖品种设计了靶位区域扩增多态性(target region amplified polymorphism,TRAP)分子标记的反应体系,对影响TRAP反应体系的各参数,包括Mg2+、dNTPs、TaqDNA聚合酶、模板DNA和引物浓度进行了优化,建立了适合鲤的、稳定、可重复的TRAP-PCR反应体系。在15μlPCR反应体系中,Mg2+浓度为1.5mmol/L、dNTPs浓度为0.35mmol/L、两个随机引物浓度均为3pmol/L、固定引物浓度为10pmol/L、含DNA模板60ng、TaqDNA聚合酶1.0U。鲤的TRAP反应程序为:94℃4min,1个循环;94℃45s,35℃45s,72℃1min,5个循环;94℃45s,53℃45s,72℃1min,35个循环;72℃10min,1个循环。这一优化体系的建立为今后进行鲤群体遗传多样性、种质鉴定、遗传连锁图谱及亲缘关系分析等方面的研究提供了新的分子标记。     

利用正交设计优化异色瓢虫SRAP-PCR反应体系

利用正交设计L16(45)对异色瓢虫Harmonia axyridis(Pallas)SRAP-PCR反应体系的5个因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTPs、引物)在4个水平上进行优化试验,试验结果用DPS和MINITAB软件进行分析,建立了异色瓢虫SRAP-PCR反应的最佳体系,即在20μL体系中模板50~100ng、引物0.25μmol/L、dNTPs0.1mmol/L、Taq DNA聚合酶1.5U、Mg2+0.375~0.625mmol/L。并对反应体系进行梯度退火试验,得到最佳退火温度为50.3℃。这一优化系统的建立,为今后利用SRAP技术进行瓢虫遗传图谱的构建、多态性分析和基因定位奠定了技术基础。     

云南松SSR-PCR反应体系的建立与优化

为了建立适宜云南松SSR-PCR的反应体系和扩增程序,利用近缘种火炬松的引物,采用正交设计L16(45)对云南松SSR-PCR反应体系的5因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP、引物)在4个水平上进行优化,筛选出各反应因素的最佳水平,建立了适于云南松的SSR反应体系.在10μL的反应体系中,模板DNA的用量为30.0 ng,Taq DNA聚合酶的用量为1.0 U,Mg2+的浓度为2.0 mmol/L,dNTPs浓度为0.4 mmol/L,引物的浓度为0.2 μmol/L.扩增程序为:94℃预变性4 min;94℃变性45 s,48℃退火30 s,72℃延伸30 s,30个循环;72℃延长10 min,4℃保存.最后利用1个居群对该体系进行稳定性验证,结果可用于云南松SSR标记的研究.