鸭ChREBP表达与肉质及血清生化指标关联性

为更好地了解及利用贵州地方鸭品种优良遗传资源,本研究随机抽取50只樱桃谷鸭(公母各半),屠宰,测其肉质及血清生化指标,荧光定量PCR检测樱桃谷鸭ChREBP m RNA的组织表达谱并分析其相关性,结果显示:ChREBP在鸭各组织中均表达,在腹脂中表达量最高,除在大脑、小脑、肝、脾、腺胃和肌胃中表达量较低,属低度表达,在其它10组织中表达量相对较高,均属中高度表达。相关性结果表明,ChREBP mRNA表达丰度与白蛋白、甘油三酯、总胆固醇和高密度脂蛋白呈显著或极显著正相关(p0.05或0.01),与低密度脂蛋白呈极显著负相关(p0.01),与肉质指标相关但不显著(p0.05),推测ChREBP基因在鸭调控脂质代谢方面发挥着重要作用。     

蛋鸭IP3R2基因多态性与蛋品质关联性分析

为了了解IP3R2基因对蛋鸭蛋品质的遗传效应,本研究以樱桃谷鸭、三穗鸭和兴义鸭为实验材料,采用PCR产物直接测序法对IP3R2基因g.70681～g.71200和g.71864～g.72386区域进行单核苷酸多态性筛查,应用一般线性模型分析多态座位对三穗鸭蛋品质的影响。结果显示,在IP3R2基因中g.70681～g.71200共检测到2个SNPs位点,分别为g.70868 CT和g.70871 CT,2个SNPs位点完全连锁,均位于内含子2,共检测到2种基因型:CC和CT,等位基因C的频率在3个鸭品种中均为优势等位基因,三穗鸭群体中该多态座位为低度多态座位,樱桃谷鸭和兴义鸭群体中均为中度多态座位,樱桃谷鸭群体的杂合度最高、有效等位基因数最大,分别为0.475 8和1.907 7,三穗鸭群体则最低,分别为0.284 8和1.398 2;卡方(χ2)检验发现,该多态座位在樱桃谷鸭群体中基因型分布极显著偏离了Hardy-Weinberg平衡(p0.01),三穗鸭和兴义鸭群体基因型分布均未偏离Hardy-Weinberg平衡(p0.05)。关联性分析表明,IP3R2基因多态座位对蛋黄色泽的影响达到显著性水平(p0.05),CC基因型个体显著高于CT基因型个体(p0.05),其他蛋品质指标在2个基因型间差异未能达到显著水平(p0.05)。IP3R2基因g.70681～g.71200多态座位对鸭的蛋壳品质的影响未达显著水平,但却对蛋黄色泽有显著影响,为进一步研究其功能提供参考。     

樱桃谷鸭MYOD1基因外显子4多态与体尺的关联效应研究

MYOD1基因属于生肌调节因子家族,对骨骼肌的生成与分化有重要作用。本研究选取210只樱桃谷鸭为试验材料,通过PCR-SSCP结合DNA直接测序技术筛查MYOD1基因外显子4的SNPs,分析其与体尺性状的关联效应;结果表明,樱桃谷鸭MYOD1外显子4共发现了2个SNPs,分别是g.101007AG和g.101058TC,3种基因型AA、AT和TT,其中AA和A分别是优势基因型和等位基因,频率分别为0.705与0.800,属中度多态(PIC=0.269),卡方检验结果表明,基因型分布严重偏离了Hardy-Weinberg平衡(p0.01);关联效应结果显示,MYOD1基因外显子4与樱桃谷鸭的胸宽有显著的关联性,突变型TT鸭群体显著小于野生型AA群体,这可能是g.101007AG和g.101058TC促进了MYOD1基因的表达从而一定程度上降低鸭体腹脂沉积的缘故,但这需要进一步的屠宰性状关联效应分析和更深层次的表达研究证实。     

鸭前胰岛素原基因多态性及其与屠体性状的关联分析

以384只北京鸭 (Z2系、Z4系、Z2×Z4杂交系)和樱桃谷鸭为材料, 利用PCR-SSCP结合测序技术, 对前胰岛素原基因外显子2与部分内含子的多态性进行了研究, 并分析对屠体性状的遗传效应。结果发现存在2个单核苷酸突变位点, 即在第179位和第195位分别发生了T→C和C→T的突变。适合性χ2检验结果表明, 北京鸭各品系和樱桃谷鸭均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。最小二乘分析SNPs与屠体性状的关系表明, 在北京鸭3个品系中, 基因型 BB 在胴体重、全净膛重和胸肌重上极显著(P<0.01)高于基因型AA和AB, 在腿肌重和皮脂重上极显著(P<0.01)高于基因型AB; 基因型AA在皮脂率和全净膛重上极显著(P<0.01)和显著(P<0.05)高于基因型AB。而对于樱桃谷鸭, 只有AB型在皮脂重和腹脂重上显著(P<0.05)高于基因型AA。研究结果表明, 鸭前胰岛素原基因多态性与鸭的部分屠体性状存在显著相关性, 且B等位基因有利于增加鸭的胴体重和胸肌重。     

藏山羊FGF1基因克隆、生物学特征及组织表达分析

本研究旨在克隆藏山羊FGF1基因的CDS序列,并获得其生物学特征,同时阐明其组织表达规律。选取2.5周岁健康公藏山羊6头,采集皮下脂肪、背最长肌、心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏组织样品,提取组织总RNA,利用RT-PCR方法克隆FGF1基因序列,同时利用实时定量PCR检测其m RNA在不同组织中的表达水平。结果表明,获得藏山羊FGF1基因序列1 165 bp(Gen Bank登陆号:KX509990),其中CDS为468 bp,5'UTR 255 bp和3'UTR 422 bp,编码155个氨基酸,藏山羊FGF1基因与山羊(KT899959)的核苷酸同源性为99.57%,氨基酸同源性为99.35%。FGF1 m RNA在藏山羊皮下脂肪组织中的表达水平较高,极显著高于其他组织(p0.01)。本研究将为进一步研究藏山羊FGF1基因的结构和功能提供参考资料。     

小鼠GP73敲低质粒的构建

目的:用p SUPER-NEO空载体构建可以敲低小鼠高尔基蛋白73(m GP73)表达的重组质粒p SUPER-m GP73-si RNA,并鉴定其功能。方法:合成靶向m GP73基因区的3条小干扰RNA(si RNA)m GP73-si RNA1、m GP73-si RNA2和m GP73-si RNA3,通过细胞实验挑选干扰效率大于60%的si RNA,用于合成能够敲低m GP73的重组质粒;重组载体经双酶切和测序鉴定正确后转染4T1细胞,检测转染质粒后细胞内m GP73的m RNA水平;将重组质粒p SUPER-m GP73-si RNA经尾部静脉注射小鼠体内,测定小鼠胃组织中m GP73的m RNA水平。结果:构建了p SUPER-m GP73-si RNA重组质粒;在转染该载体后,小鼠乳腺癌4T1细胞m GP73的m RNA表达下调43%;小鼠体内注射该载体后,胃组织中m GP73的m RNA表达受抑制率为33%。结论:构建了针对m GP73敲低的p SUPER-m GP73-si RNA质粒,可以较明显地下调鼠细胞系和小鼠胃组织m GP73的表达。     

miR-199a-3p负调控CBX7影响肺癌细胞NCI-H460的生物学行为研究

目的:探讨mi R-199a-3p负调控CBX7影响肺癌细胞NCI-H460的生物学行为。方法:qRT-PCR法检测并比较肺癌组织、癌旁正常组织、肺癌细胞、正常肺上皮细胞中的mi R-199a-3p m RNA相对表达量。比较远处转移肺癌组织、未转移肺癌组织中mi R-199a-3p m RNA相对表达量。qRT-PCR法、Western Blot法检测并比较肺癌组织、癌旁正常组织中的CBX7 m RNA及蛋白的表达水平。荧光素酶活性法检测mi R-199a-3p与靶基因CBX7的结合。比较mi R-199a-3p模拟物转染组与阴性对照组的肺癌细胞中的CBX7 m RNA相对表达量及CBX7蛋白表达水平。CCK8实验检测mi R-199a-3p对肺癌细胞增殖的促进作用。Tranwell实验检测mi R-199a-3p对肺癌细胞侵袭与迁移能力的影响。结果:肺癌组织中mi R-199a-3p明显高于癌旁正常组织,发生远处转移的肺癌组织中mi R-199a-3p m RNA的表达量明显高于未发生转移的肺癌组织,差异有统计学意义(P<0.001)。肺癌组织中CBX7m RNA、CBX7蛋白表达水平均明显低于癌旁正常组织,差异有统计学意义(P<0.001)。荧光素酶活性法证实mi R-199a-3p可与靶基因CBX7结合抑制CBX7的表达。肺癌细胞中mi R-199a-3p m RNA的相对表达量明显高于正常肺上皮细胞,CBX7 m RNA相对表达量明显低于正常肺上皮细胞(P<0.05)。对于肺癌细胞,mi R-199a-3p模拟物转染组的CBX7 m RNA相对表达量及CBX7蛋白表达水平均明显低于阴性对照组(P<0.001)。CCK8实验证实mi R-199a-3p能够促进肺癌细胞的增殖,Tranwell实验证实mi R-199a-3p对肺癌细胞侵袭与迁移具有积极的促进作用。结论:mi R-199a-3p在肺癌的发生发展过程中发挥重要作用,能够通过抑制CBX7基因的表达,促进肺癌细胞的增殖、侵袭和转移。     

EVI1基因在急性髓系白血病中对PTEN表达呈负相关

探讨急性髓系白血病中EVI1基因对PTEN表达的影响及二者的关系。采用RT-PCR方法检测263例AML病人(初诊与慢粒急髓变组239例,复发组13例,缓解组11例)骨髓单个核细胞中EVI1和PTEN m RNA的表达水平,对照组12例为正常人及缺铁性贫血病人。EVI1和PTEN m RNA在AML病人骨髓单个核细胞中阳性表达率分别为7.5%和61.1%。初诊组患者EVI1 m RNA表达水平与缓解组相比显著升高(p0.000 1),对照组患者中并无EVI1表达;PTEN m RNA表达量较缓解组及正常对照组显著下降(p值分别为p=0.010 7,p0.000 1);缓解组患者EVI1 m RNA表达量降低,PTEN m RNA表达量升高,与初诊组及对照组比较有统计学差异。AML各亚型间EVI1、PTEN m RNA的表达量无统计学意义。AML初诊组中EVI1、PTEN m RNA表达呈负相关,R=0.611 4,p=0.000 3。在AML中EVI1和PTEN基因的表达呈负相关,为EVI1阳性的AML患者寻找治疗靶点提供依据。     

新疆褐牛和安格斯牛公犊脂代谢相关肉品质性状的比较

动物体脂沉积具有明显的时空变化特征,且与其肉品质性状密切相关。新疆褐牛是我国著名的肉乳兼用培育品种,但与国外优良肉牛品种相比,其脂代谢相关肉品质性状的生长发育变化以及其相关调控基因的表达变化缺乏系统研究。本研究以相同饲养条件下安格斯肉牛和新疆褐牛3月龄公犊为对象,对其屠宰性状、不同脂肪组织形态测量指标、背最长肌和脂肪组织中脂肪酸合成酶(FASN)、脂肪酸结合蛋白4(FABP4)、激素敏感脂酶(HSL)、脂蛋白脂酶(LPL)和瘦素(LEP)基因的m RNA及其蛋白表达以及血清中其激素水平进行了测定。以期为后续的品种比较研究提供早期生长发育变化基础。结果为:(1)安格斯公犊肉骨比极显著高于新疆褐牛(p0.01),而肋脂厚和眼肌面积显著小于新疆褐牛(p0.05)。(2)安格斯肉牛心周脂肪和网膜脂肪组织中的脂肪细胞面积/单位面积脂肪细胞数量之比显著高于新疆褐牛(p0.05)。(3)在背最长肌和肾周脂肪中安格斯牛的FASN基因mRNA表达量均呈现出显著(p0.05)和极显著(p0.01)低于新疆褐牛的一致性变化;而在心周脂肪中则呈现安格斯公犊极显著高于新疆褐牛的相反变化(p0.01)。此外,在心周脂肪中安格斯牛的LEP和LPL基因的m RNA表达量极显著(p0.01)和显著(p0.05)高于新疆褐牛,而在肾周脂肪中安格斯牛的LPL、HSL和FABP4基因的mRNA表达量均极显著低于新疆褐牛(p0.01)。在心周脂肪组织和肾周脂肪中安格斯牛的LPL蛋白表达量极显著(p0.01)和显著(p0.05)高于新疆褐牛;(4)安格斯公犊血清5种激素浓度均显著(p0.05)或极显著(p0.01)低于新疆褐牛。除LEP外,该结果与肾周脂肪中其余4种激素编码基因的mRNA相对表达量变化一致。本研究结果表明,三月龄新疆褐牛体脂沉积能力大于安格斯牛,而产肉率有低于安格斯牛的趋势。体脂代谢相关基因及其蛋白表达的品种间差异主要体现在背最长肌、肾周、心周脂肪等组织。     

SREBP-1基因表达对血清生化指标的效应分析

为丰富SREBP-1基因的功能研究并更好地选育优质鸭种奠定理论基础。本研究以鸭为试验材料,运用q PCR技术研究SREBP-1基因组织表达规律,并分析其与所测血清生化指标间的关联性。结果表明,SREBP-1基因在鸭9个组织中存在差异性表达。其中,在腹脂中表达最高,皮脂和肾次之,在肝、脾、小肠、肌胃、心及肺中均有少量表达;SREBP-1基因与甘油三酯、低密度胆固醇、总胆固醇,总蛋白及低密度脂蛋白显著或极显著正相关,与高密度胆固醇显著负相关。推测SREBP-1基因对鸭脂质代谢具有调控作用。     

APRO家族基因在胃癌中的表达及预后意义

目的:基于大数据挖掘分析BTG/Tob抗增殖蛋白家族(anti-proliferativeprotein family,APRO)基因在胃癌组织的表达及其对胃癌患者预后的影响。方法:采用Oncomine数据库分析APRO家族6个成员在胃癌组织中的m RNA表达情况,通过Kaplan-Meier Plotter数据库进行胃癌患者总生存期的分析。结果:相比正常胃组织,BTG2在胃癌组织中呈低表达;BTG3在肠型胃癌组织中呈高表达,而在总体胃癌组织中呈低表达。BTG3低表达的患者总生存期较短;对5-氟尿嘧啶辅助化疗的胃癌患者,低表达BTG2的预后较差。结论:BTG2、BTG3的m RNA表达在胃癌和正常胃组织中有明显差异。BTG3低表达的胃癌患者预后较差;BTG2可能参与调节胃癌患者5-氟尿嘧啶治疗的敏感性。     

ITPR1基因过表达对鸭子宫上皮细胞Ca2+浓度、脂质含量及钙转运相关基因的调控效应

肌醇1,4,5-三磷酸受体Ⅰ型 (Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor 1,ITPR1) 是细胞内Ca2+释放的重要通道。为探讨ITPR1基因过表达对鸭子宫上皮细胞Ca2+浓度和脂质含量的调控效应及其对钙转运相关基因的影响,文中构建鸭ITPR1基因结构域的真核表达载体,转染鸭子宫上皮细胞,检测细胞ITPR1基因的过表达量、Ca2+浓度、细胞的脂质含量以及其他6个钙转运相关基因的表达量。结果显示,转染后子宫上皮细胞内的Ca2+浓度显著降低 (P<0.05),甘油三酯含量极显著升高 (P<0.01),高密度脂蛋白含量极显著降低 (P<0.01);相关性分析结果显示,C端ITPR1基因过表达量与总胆固醇含量呈极显著正相关 (P<0.01),与低密度脂蛋白含量呈显著正相关 (P<0.05),N端ITPR1基因过表达量与甘油三酯含量呈极显著正相关 (P<0.01),与Ca2+浓度呈显著负相关 (P<0.05);RT-qPCR结果显示,C端ITPR1基因过表达对IP3R2、VDAC2、CAV1基因的表达有显著抑制作用,N端ITPR1基因过表达对IP3R3、CACNA2D1基因的表达有显著促进作用。总之,ITPR1基因过表达能促进鸭子宫上皮细胞内Ca2+释放,促进甘油三酯、低密度脂蛋白和胆固醇的合成,抑制高密度脂蛋白的生成,且ITPR1基因过表达对6个钙转运相关基因的表达均产生影响。     

鸭CD36基因表达对前列腺癌PC3细胞增殖的影响

为了探讨鸭CD36基因表达对前列腺癌PC3细胞增殖的效应,通过克隆鸭CD36基因CDS区,构建真核表达载体pEGFP-N3+CD36+His,空载体pEGFP-N3为对照,转染培养的前列腺癌PC3细胞。结果表明:前列腺癌PC3细胞均被pEGFP-N3+CD36+His和pEGFP-N3成功转染,转染效率均较高;通过检测转染48 h的CD36+His-tag融合蛋白表达量和细胞数量,CD36+His-tag融合蛋白表达量为98.81 pg/m L,pEGFP-N3+CD36+His组细胞数为0.72×10~6个,pEGFP-N3组细胞数为0.61×10~6个,pEGFP-N3+CD36+His组细胞数显著高于pEGFP-N3组。研究结果揭示,鸭CD36基因的表达对前列腺癌PC3细胞增殖和生长可能有促进作用。     

鸭肠炎病毒感染对鸭肠道黏膜组织转录组变化分析

为了探究鸭肠炎病毒感染对鸭十二指肠黏膜组织相关免疫基因的变化影响,本试验采用鸭肠炎病毒接种35日龄的健康樱桃谷鸭,将其分为3组(2个试验组和1个对照组),在感染后24 h、48 h采集十二指肠,提取总RNA进行浓度、纯度及完整性检测后构建cDNA文库,使用BGISEQ-500平台对2个实验组和对照组黏膜组织测序,筛选差异表达基因,并用GO和KEGG数据库进行分析。结果显示,2个实验组感染鸭肠炎病毒后T24和T48分别筛选出共720个差异表达基因,其中T24表达上调58个,下调163个;T48表达上调77个,表达下调422个。GO功能注释结果显示,感染后差异基因都与代谢、免疫、炎症和调控途径等密切相关。KEGG通路富集分析发现,感染T24的差异表达基因富集到神经活性配体-受体相互作用、补体和凝血级联、氮代谢、cAMP信号通路和IL-17信号转导通路;感染T48的主要差异表达基因富集到神经活性配体-受体相互作用、细胞因子-细胞因子-受体相互作用、趋化因子信号通路、造血细胞谱系和补体和凝血级联。借助BGISEQ-500平台对鸭肠炎病毒感染后十二指肠黏膜组织相关因子的变化来探究其致病机制及其他生物学通路,弥补了非模式生物转录组研究中缺乏基因信息的不足。     

低分化胃腺癌组织AUF1与p16表达的负相关

RNA结合蛋白AUF1（AU-富含元件结合/降解因子）通过结合并促进抑癌基因p16 mRNA降解来抑制p16表达.然而,AUF1-p16调控过程在肿瘤发生发展过程中的意义有待探讨.本研究用Western印迹与RT-PCR技术分别检测临床50例患者低分化胃腺癌组织和癌旁组织细胞中AUF1和p16蛋白、p16 mRNA的表达情况,并分析其关联性;用RNA Pull-down技术检测其AUF1与p16 mRNA的结合情况.结果显示,低分化胃腺癌组织AUF1蛋白表达水平明显增高,且与p16蛋白和p16 mRNA相对表达水平呈负相关;RNA pull-down分析结果显示,癌组织AUF1与p16-3′UTR的结合活性明显强于癌旁组织. 提示AUF1-p16调控过程可能是低分化胃腺癌组织p16水平降低的重要机制.     

Cx43 与Smo 基因在胰腺癌中的表达及其临床意义

目的:研究细胞间隙连接蛋白43(Cx43)与信号通路基因Smoothened(Smo)在胰腺癌中的表达及其临床意义。方法:选择从2013年1月~2015年12月在医院接受手术治疗的胰腺癌患者53例切除组织及与癌组织相配对的3cm外癌旁组织,对比不同胰腺组织中Cx43与Smo阳性表达率,及Cx43 m RNA与Smo m RNA表达水平,分析胰腺癌组织中Cx43和Smo表达与胰腺癌的病理特征之间的关系及两者的相关性。结果:胰腺癌组织中Cx43的阳性表达率及Cx43 m RNA表达水平明显低于在癌旁组织,而Smo的阳性表达率及Smo m RNA表达水平明显高于癌旁组织,差异均有统计学意义(均P0.05)。胰腺癌患者组织学分级为Ⅲ级、有淋巴结转移者的Cx43 m RNA表达水平分别明显低于Ⅰ~Ⅱ级、无淋巴结转移者,Smo m RNA表达水平则明显高于Ⅰ~Ⅱ级、无淋巴结转移者,差异均有统计学意义(均P0.05)。Pearson相关性分析结果发现,胰腺癌组织中Cx43 m RNA和Smo m RNA表达呈负相关关系(r=-0.846,P=0.000)。结论:Cx43 m RNA在胰腺癌中的表达下降,而Smo m RNA则表达上调,临床监测Cx43及Smo基因的表达情况,有助于评价患者的病情与预后。     

微小RNA调控脓毒症患者外周血免疫因子表达及其机制研究

目的:探讨脓毒血症患者血清外周白细胞中的微小RNA(mi RNA)表达水平的变化及其在脓毒症患者中的表达意义以及免疫调控的关系。方法:采用流式细胞仪检测外周血CD4+CD25+Treg细胞表达,采用实时定量PCR(RT-PCR)方法检测110例脓毒症患者以及100例正常对照外周血白细胞中mi RNA以及Foxp3 m RNA表达量,酶联免疫吸附法测定TNF-α和IL-10浓度,序贯器官衰竭估计(SOFA)评分系统评价脓毒症患者的严重程度。对mi RNA与白细胞总数、TNF-α、IL-10和SOFA评分之间的相关性进行分析。结果:实验组mi RNA表达水平较对照组显著降低(P0.01),WBC、IL-10水平显著升高(P0.01)。实验组mi RNA表达水平以及SOFA评分、血清TNF-α和IL-10之间呈负相关关系(r值分别为-0.512、-0.623、-0.432,P0.05);与WBC无显著相关性(r=0.215,P0.05)。脓毒症患者外周血Treg表达率和Foxp3m RNA均显著高于对照组(P0.01);随病情严重而升高,轻、中、重度实验组间两两比较差异均有统计学意义(P0.01)。死亡均在重度脓毒症患者中,死亡组Treg、Foxp3 m RNA及IL-10均显著高于存活组(P0.01);mi RNA低于存活组(P0.01)。结论:脓毒症患者外周血的mi RNA表达量显著降低,表达水平在一定程度上可以反应机体的炎症反应情况,同时还可以判断疾病的严重度,且mi RNA参与对Treg细胞增殖的调节,在脓毒症免疫失衡机制中发挥一定的作用。     

小花棘豆中毒对家兔生精细胞p53、Bcl-2和Bax表达的影响

探讨小花棘豆中毒对家兔睾丸生精细胞p53、Bcl-2和Bax基因的影响。将24只公兔随机分为对照组和试验Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组,试验组饲粮分别按照Ⅰ组15%、Ⅱ组30%、Ⅲ组45%的比例添加小花棘豆,对照组仅饲喂苜蓿干草,试验期70 d。分别于攻毒后第14天、第35天、第70天每次每组随机采集2只家兔的睾丸,通过Real-time q PCR检测生精细胞p53、Bcl-2和Bax m RNA的表达,免疫组化和Western Blot检测生精细胞p53、Bcl-2和Bax蛋白的表达。结果显示,试验Ⅱ组和Ⅲ组家兔睾丸生精细胞p53、Bcl-2和Bax m RNA的表达均与对照差异极显著(p0.01),试验Ⅰ组家兔睾丸生精细胞p53、Bcl-2和Bax m RNA的表达均与对照差异显著(p0.05);试验组家兔生精细胞中Bcl-2蛋白表达均明显低于对照,p53和Bax蛋白表达均明显高于对照,其差异性随中毒时间的延长而变化。结果表明小花棘豆中毒可导致家兔睾丸组织生精细胞凋亡相关基因p53、Bcl-2和Bax表达异常,且与小花棘豆中毒呈现一定的时间-剂量效应。     

基于生物信息学分析miRNA-195-5p在肝癌中的表达及其临床意义

为了研究miRNA-195-5p在肝癌(liver hepatocellular carcinoma, LIHC)中的表达及对预后的影响,并对其潜在靶基因进行生物学信息学分析,评估miRNA-195-5p在LIHC中的临床意义和诊断价值,本文利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析miRNA-195-5p在肝癌组织中的表达;利用Kaplan-Meier plotter数据库分析miRNA-195与肝癌患者预后的相关性;利用miRWalk 2.0数据库获取预测的与实验数据支持的miRNA-195-5p的靶基因,同时采用DAVID 6.8数据库对靶基因进行GO和KEGG富集分析,以Cytoscape 3.6.1软件构建靶基因蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选PPI网络中的核心基因;通过公开访问的数据库进一步验证筛选出的核心基因。TCGA数据库分析结果显示, miRNA-195-5p在肝癌组织中的表达水平显著低于正常组织。Kaplan-Meier生存分析显示, miRNA-195低表达LIHC患者的总生存时间明显低于高表达患者。GO分析显示,miRNA-195-5p的靶基因主要显著富集到蛋白质磷酸化、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的负调节等生物学过程。KEGG分析显示, miRNA-195-5p的靶基因显著富集于癌症相关通路。miRNA-195-5p潜在靶基因所编码蛋白质之间存在复杂的相互作用,其中POLR2A、MIB1、MAPK3、ACACA、ASH1L以及MAP3K3是PPI网络中的核心基因。6个核心基因中,仅MAPK3的蛋白质与m RNA表达水平在LIHC组织中均显著上调。Kaplan-Meier生存分析进一步显示, MAPK3 m RNA水平升高预示LIHC患者总生存时间缩短。以上生物信息学分析结果初步表明, miRNA-195-5p表达下调在肝癌相关的生物学过程中起到重要调控作用,可能与其潜在靶基因MAPK3表达上调有关,这为肝癌的生物标志物研究提供了线索。     

CircECH1通过充当miR-365-5p海绵抑制猪前体脂肪细胞增殖（英文）

环状RNA (circRNA)是一种共价封闭RNA,在脂肪发育过程中具有重要作用。本研究旨在探讨猪环状RNA ECH1 (circECH1)对前体脂肪细胞增殖的调控机制。本研究通过实时荧光定量PCR (qRT-PCR)分析、Sanger测序和RNase R酶消化法成功鉴定circECH1的稳定环状结构，其在马身猪各个组织中均有表达，并且其在脂肪组织中的表达量随日龄增加呈上升趋势。功能研究证明，干扰circECH1后，增殖相关基因PCNA、CDK1和MKi67极显著升高(P<0.01),增殖细胞数量极显著增加(P<0.01)。为进一步探究其分子机制，使用miRDB、miRWalk和RNAhybrid预测circECH1的下游靶基因。通过双荧光素酶报告基因分析和RNA结合蛋白免疫沉淀技术，验证circECH1能靶向结合miR-365-5p。在猪前体脂肪细胞中过表达miR-365-5p会增殖相关基因PCNA和CDK1的表达量极显著升高(P<0.01),增殖细胞数量极显著增加(P<0.01);干扰miR-365-5p后增殖相关基因PCNA、CDK1和MKi67的表达量极...