贵州地方山羊ADIPOQ基因外显子1和3多态性研究

为分析山羊ADIPOQ基因的多态性,筛选出对山羊繁殖性状有显著影响的SNPs位点,本研究以黔北麻羊和贵州黑山羊为试验对象,构建池DNA,采用PCR产物直接测序法对2个品种山羊该基因的外显子1和3进行单核苷酸多态性检测,估算各SNPs等位基因频率,并利用在线软件预测不同基因型的m RNA二级结构。结果显示,4对引物扩增片段均存在多态性,共发现5个单碱基突变,分别位于内含子1中的C109G,外显子3中的A730G、G1055A、A1691T和A2244G。利用生物信息学软件对外显子3中的A1691T、A2244G进行分析,结果表明2个SNPs位点均导致编码的m RNA二级结构发生改变。表明ADIPOQ基因在黔北麻羊和贵州黑山羊群体中存在较高的遗传多样性,ADIPOQ位点有望丰富两个山羊品种繁殖性状的研究内容。     

贵州地方山羊DRA基因Exon5的多态性分析

本研究通过构建3个贵州地方山羊品种的DNA池,并对其MHC-DRA基因第5外显子进行SNPs位点的筛选和生物信息学分析,以丰富山羊抗病育种的基础理论资料。分析发现,在3个山羊品种的DRA基因Exon5中发现两个共同突变位点,分别是C~(172)T和T~(176)G,而贵州白山羊中多一个突变位点G~(205)A;生物信息学分析发现,C~(172)T和G~(205)A位点均引起RNA二级结构和最小自由能的改变。结果表明贵州地方山羊DRA基因具有较丰富的遗传多样性。     

贵州地方山羊RBP4基因多态性及生物信息学分析

[目的]对贵州黑山羊和黔北麻羊进行RBP4基因多态位点的筛选,为从分子水平探究RBP4基因对动物繁殖性能的调控机制提供理论依据。[方法]采用DNA混池结合直接测序法分析RBP4基因外显子4在贵州黑山羊和黔北麻羊中的单核苷酸多态性,利用生物信息学软件分析SNP位点对RBP4基因mRNA二级结构的影响。[结果]RBP4基因外显子4在贵州黑山羊和黔北麻羊中均存在4-T214C突变位点,且为同义突变。生物信息学分析结果表明,外显子4-T214C突变导致RBP4基因mRNA二级结构发生变化,自由能降低,结构稳定性增大。[结论]在贵州黑山羊和黔北麻羊中检测到RBP4基因外显子4的1个SNP位点,该突变位点影响了RBP4基因mRNA的二级结构。     

贵州黑山羊和黔北麻羊LEPR基因第7、8、10和18外显子的多态性分析

为探究LEPR基因的遗传多态性,丰富山羊LEPR基因的研究,本研究以贵州黑山羊和黔北麻羊为试验材料,运用DNA池结合直接测序方法进行LEPR基因SNPs位点的筛选,从而对突变的SNPs位点进行RNA二级结构以及所编码蛋白质的二级结构和三级结构进行生物信息学分析。在试羊LEPR基因中共发现4个SNPs,分别为Exon7-T81C(同义突变)、Exon8-C39T(同义突变)、Exon10-A70G(Asn-Ser)和Exon18-C94T(Ser-Leu)。分析表明,4个位点突变前后的等位基因频率、mRNA二级结构的最小自由能、LEPR蛋白质二级结构和三级结构均有改变。结果表明,LEPR基因拥有较为丰富的遗传多态性。     

贵州地方山羊品种H-FABP基因第3外显子SNP研究

[目的]研究3种贵州地方山羊品种H-FABP基因第3外显子的多态性以及进行该基因多态性生物信息学分析,以期筛选出适合的突变位点,研究其与山羊生长性状关联性影响。[方法]以3种贵州地方山羊品种为试验材料构建DNA池,结合直接测序技术筛选H-FABP基因SNPs,并利用在线软件分析H-FABP基因RNA二级结构及其蛋白二、三级结构。[结果]仅在黔北麻羊和贵州白山羊H-FABP基因第3外显子处分别筛选到T120A和G152C两个SNPs,其中exon3-T120A为导致编码氨基酸发生的Phe→Ile改变的错义突变,而exon3-G152C为苏氨酸(Thr)的同义突变。[结论]exon3-T120A位点影响黔北麻羊H-FABP基因RNA二级结构,最小自由能由-189.40 kcal/mol变为-190.00 kcal/mol,其蛋白二级结构无规则卷曲由49变为48,延伸链由36变为37,exon3-G152C位点仅影响贵州白山羊RNA二级结构,最小自由能变为-185.40 kcal/mol。     

贵州地方山羊品种的RAPD分析

用180条引物对黔东南小香羊、贵州白山羊、贵州黑山羊和黔北麻羊4个贵州地方山羊品种(种群),以及南江黄羊和波尔山羊进行RAPD分析,其中27条引物扩增出多态性图谱。这27条引物共扩增出281条带,多态带为115条,平均多态频率为40．92％(范围20％～80％);每条引物平均扩增条带为10．41条(范围4～16条);扩增带分子量在210～2800bp。贵州白山羊与贵州黑山羊之间的遗传距离指数(0．0605)最小,而波尔山羊与其他品种之间的遗传距离指数(0．1059～0．1488)最大。NJ法聚类结果显示,贵州白山羊与贵州黑山羊间的亲缘关系最近,其次为黔北麻羊,而黔东南小香羊与其他3个贵州地方品种的亲缘关系较南江黄羊还远。分析表明,黔东南小香羊在遗传上为一独立的品种;而贵州地方山羊品种间具有较近的亲缘关系,遗传变异较小,具有较高的遗传稳定性。     

贵州地方山羊ADAMTS1基因序列多态性及生物信息学研究

本研究选择黔北麻羊和贵州黑山羊为试验对象,分别构建DNA池,结合PCR产物直接测序法分析两品种中ADAMTS1基因外显子2~8中可能与繁殖性状相关的单核苷酸多态位点。结果表明在黔北麻羊和贵州黑山羊两个群体中共检测到ADAMTS1基因的10个SNPs位点,其中该基因第2、5、6外显子中各存在1个SNP位点,依次是C266T、T2210C、C2513A,均引起所编码氨基酸的同义突变,第3、4、6、8内含子中各存在1个SNPs位点,依次是C1073T、A1326G、G2698A、T4261A,第7内含子中同时存在3个SNPs位点,为T3401C、T3045T、T3064C,其中9个SNPs位点(C266T,C2513A,C1073T,A1326G,G2698A,T4261A,T3401C,T3045G,T3064C)为两品种所共有,T2210C仅存在黔北麻羊中。位点A1326G的A和G等位基因频率在检测的两个羊种间差异较大,通过后续的生物信息学分析显示,ADAMTS1基因外显子2的C266T和外显子6的优势突变C2513A的位点变异共同引起m RNA二级结构发生显著改变。     

贵州黑山羊、贵州白山羊TFB1M基因第7外显子SNP研究

目的:研究TFB1M基因编码区多态性,筛选出对山羊肉质有显著影响的SNPs位点,以期为山羊品种选种选育提供科学依据。方法:采用DNA池结合PCR直接测序技术分析TFB1M基因在贵州本地山羊的多态性,估算等位基因频率,利用在线软件分析TFB1M基因RNA二级结构及其蛋白二级、三级结构。结果:在TFB1M基因中筛选到2个SNPs:A76G和T221G,其中A76G为同义突变;T221G错义突变,导致编码的半胱氨酸(Cys)变为甘氨酸(Gly)。RNA二级结构最小自由能改变,贵州黑山羊RNA二级结构稳定性增强。贵州黑山羊β折叠链增加1%,α螺旋增加4%,混乱度也上升1%。β转角减少4,α螺旋增加6,自由卷曲减少3,延伸链增加1。结论:SNPs位点对TFB1M基因RNA二级结构及其蛋白结构均有影响。     

山东地方山羊BMP15基因多态性与产羔数性状关联分析

利用PCR、克隆测序、序列拼接获得山羊(Capra hircus)BMP15基因全长。利用F-CSGE技术分析两个外显子,发现山羊BMP15编码序列的第901处发生了A→G单碱基突变,该突变使得第301位氨基酸(成熟蛋白质第32位氨基酸)由丝氨酸变为甘氨酸。利用LDR技术对济宁青山羊、鲁北白山羊和沂蒙黑山羊进行突变检测,并进行其与产羔数的关联分析。结果表明,该突变对济宁青山羊产羔数没有显著影响,但对鲁北白山羊及沂蒙黑山羊产羔数均有显著影响(P0.05)。GG型和AG型的鲁北白山羊产羔数分别比AA型多0.34只(P0.01)和0.31只(P0.01)。AG型沂蒙黑山羊的产羔数比AA型多0.13只(P0.01)。初步表明,BMP15是控制鲁北白山羊和沂蒙黑山羊多胎性状的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的分子标记。     

H-FABP基因多态性与江苏地方山羊品种IMF含量的关系

目的:探讨H -FABP基因多态性与江苏地方山羊品种肌内脂肪含量之间的相关性.方法:PCR - SSCP标记技术检测2个江苏地方山羊品种H -FABP基因部分外显子和内含子区域的多态性,利用最小二乘法分析其与IMF含量的关系.结果:在H - FABP基因第2外显子区域发现1个多态性位点,分别定义为GG和GC2种基因型.构建的固定效应模型显示,基因型GC的IMF含量含量高于基因型GG,在背最长肌和腿肌中GC基因型个体的IMF含量显著高于GG基因型(P＜0.05).结论:H-FABP基因第2外显子132 bp位点处GC基因型具有使IMF含量提高的遗传效应.     

贵州白山羊和贵州黑山羊DRB1基因第3外显子遗传变异分析

为研究贵州黑山羊、贵州白山羊MHC-DRB1基因遗传机制,试验运用混合DNA池结合PCR产物直接测序方法,对MHC-DRB1基因第三外显子区域进行多态性分析,利用生物信息学分析软件对PCR扩增所获序列进行m RNA二级结构及蛋白质的二级结构和抗原表位分析。经序列对比发现9个SNPs位点,其中A~(8858)G(ILe-Val)、G~(8969)A(Gly-Ser)、G~(8978)A(Glu-Lys)、T~(9094)G(Asp-Glu)4个单核苷酸突变,导致所编码氨基酸发生改变,其它5个位点均属于同义突变。进一步分析发现,A~(8858)G、C~(8974)T、T~(9094)G、C~(9100)T、G~(9124)A突变位点导致m RNA二级结构的变化,A~(8858)G以及T~(9094)G对蛋白质二级结构影响最大。     

7个地方山羊品种遗传多样性及遗传结构分析

检测了7个地方山羊群体在15个微卫星位点的遗传多样性和遗传结构,旨为地方山羊群体的保护利用奠定基础。采集燕山绒山羊、辽宁绒山羊、承德无角山羊、济宁青山羊、太行山羊、武安山羊血液样品及内蒙古绒山羊的耳组织,利用微卫星方法分析遗传多样性及遗传结构。结果表明,7个山羊群体的平均有效等位基因数为4.235 8、平均期望杂合度为0.718 8、平均多态信息含量为0.706 8,均具有高度的遗传多样性;总群体平均近交系数为0.088 3,平均遗传分化系数为0.544 2,平均基因流为0.209 4。武安山羊和承德无角山羊的遗传距离最近,太行山羊和燕山绒山羊的遗传距离最远。系统进化树聚类分析表明,燕山绒山羊与辽宁绒山羊聚为一类,济宁青山羊、承德无角山羊、武安山羊、内蒙古绒山羊和太行山羊聚为一类。综上,7个地方山羊群体遗传多样性丰富,群体间遗传分化程度大,基因交流少,受近交程度影响小,具有较高的利用价值和潜力。     

贵州地方山羊不同组织GnRHR mRNA表达水平研究

[目的]了解GnRHR基因的功能,为山羊选种选育提供更好的科学依据。[方法]采用荧光定量PCR技术分析了贵州地方山羊不同组织GnRHR基因的表达差异。[结果]黔北麻羊中子宫、下丘脑、输卵管和卵巢组织的表达量分别是是垂体组织的0.31、0.42、0.01和0.03倍。贵州白山羊和小香羊垂体组织中表达量是输卵管和卵巢组织的0.13和0.01倍;GnRHR基因在贵州黑山羊下丘脑组织中的表达量是垂体组织的5.5倍,且远高于其它组织。[结论]该研究结果将会为进一步研究该基因对山羊繁殖相关功能影响的研究奠定基础。     

兴义鸭LPL基因外显子8多态性与生长和肉质性状的关联性分析

脂蛋白脂酶(LPL)是动物脂质沉积和新陈代谢的关键酶,对生长和肉质发挥着重要作用。试验采用PCR-SSCP法和DNA直接测序技术相结合对兴义鸭L PL基因外显子8进行多态性检测,并分析其多态与生长和肉质性状的关联性。结果表明,在兴义鸭L PL基因外显子8首次检测到1个T1251C同义突变,产生三种基因型TT、TC和CC,2个等位基因T和C,基因型TT和等位基因T的频率分别为0.8077和0.8750,多态信息含量为0.1948,表现为低度多态,卡方(字2)检验表明T1251C位点的基因型分布在兴义鸭中未偏离Hardy-Weinberg平衡。最小二乘分析显示,TT基因型个体的宰前体重显著低于CC基因型(p<0.05),胸宽显著低于TC基因型(p<0.05),推测等位基因C可能是兴义鸭生长性状的有利等位基因,可作为生长性状的一个标记性辅助选择位点。     

猪CAST基因的遗传多态性及遗传效应分析

采用PCR—SSCP方法对猪cAST基因遗传多态性进行分析。并研究基因型与肉质性状和背膘厚的相关性。根据猪CAST基因的cDNA序列（M20160）设计7对引物。结果在F1／R1。F6／R6引物对扩增的片段上发现了多态性。并对纯合子进行测序。发现317位A—G突变。2042位G—C突变。基因型在不同猪种分布的多重比较结果表明。长白猪、大白猪和杜洛克猪与沂蒙黑猪和莱芜猪比较差异极显著（P〈0．01）。固定效应模型分析结果表明,嫩度及背膘厚基因型间差异显著（P〈0．05）,而pH值、温度及滴水损失基因型间差异不显著（P〉0．05）。最小二乘分析结果表明,不同猪种比较,屠宰12h和24h后肌肉温度、30min和1h后pH值及滴水损失差异显著（P〈0．05）;BBCC和BBDD单元型个体与其他单元型个体比较肌肉嫩度的差异显著（P〈0．01）。AACC和AADD单元型个体与其他单元型个体比较背膘厚的差异显著（P〈0．01）。因此,推测CAST基因对猪肉品质及背膘厚存在一定的影响。将CAST基因应用于猪育种过程中的标记辅助选择将可以改善猪肉品质。加快猪的育种进程。     

合作猪SLA-DQA基因外显子2多态性分析

旨在研究合作猪DQA基因外显子2多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点、氨基酸多态位点及各个等位基因之间的遗传关系,分析其进化意义。选用PCR-SSCP对439只合作猪SLA-DQA基因外显子2的多态性进行检测;测序群体内因变异而产生的各等位基因序列,并分析序列数据。结果显示,在合作猪SLA-DQA外显子2中发现了7个新等位基因,共18个核苷酸多态位点,10个氨基酸多态位点。合作猪SLA-DQA外显子2具有较丰富的多态性,群体内可能蕴藏着更加丰富的遗传资源;合作猪SLA-DQA外显子2基因最初可能由一个等位基因突变分化成一大类基因;合作猪SLA-DQA外显子2序列与各个猪种的SLA-DQA外显子2序列具有较高的同源性,预示着这些猪种的SLA-DQA外显子2基因最早可能来源于其分歧之前的共同祖先原始序列;新发现的7个SLA-DQA外显子2等位基因,可能由遗传关系较近的两个等位基因突变产生。     

湖羊、东湖杂种羊POMC基因外显子3单核苷酸多态性及其与生长性状的关联分析

阿黑皮素原(Pro-opiomelanocortin, POMC)在动物采食和能量平衡调控中发挥重要作用, 文章对绵羊POMC基因外显子3进行扩增和测序, 筛选多态性位点, 并分析多态位点与湖羊和东弗里生×湖羊杂种羊生长性状的相关性。测序后发现湖羊POMC基因外显子3有2个单碱基突变(g.273 T/C和g.456 G/A), 根据273位点处发生的T/C突变, 建立PCR-RFLP分析方法, 并对162只湖羊和130只东湖杂种羊进行检测分析。结果发现, 在湖羊群体中检测到TT(0.469)、TC(0.438)和CC(0.093)3种基因型, 而在东湖杂种羊群体中仅检测到TT(0.754)和TC(0.246)两种基因型。POMC基因外显子3的273位点多态性与生长性状的相关性研究结果显示：湖羊群体中CC基因型个体的2月龄断奶重、4月龄尻高及TC基因型个体4月龄体长和管围均显著高于TT型个体(P<0.05); CC基因型个体的4月龄重、6月龄重极显著高于TT和TC基因型个体(P<0.01); CC基因型个体的4月龄体高和体长极显著高于TT型个体(P<0.01), 且显著高于TC基因型个体(P<0.05)。此外, CC型个体的管围极显著高于TT基因型个体(P<0.01)。东湖杂种羊群体中TC基因型个体的2月龄断奶重、4月龄重及4月龄体高、体长、胸深和管围都显著高于TT型个体(P<0.05), TC型个体的6月龄重极显著高于TT型个体(P<0.01)。研究结果表明, POMC基因外显子3与绵羊生长性状相关, C等位基因对体重及体尺性状的增加更有利。该结果为进一步探讨POMC基因作为绵羊生长性状的辅助选育标记奠定了基础。     

河南地方山羊品种的遗传多样性

采用18个微卫星位点对河南省5个地方山羊品种（牛腿山羊、槐山羊、河南奶山羊、太行黑山羊和伏牛白山羊）的遗传多样性进行了评价.结果表明：18个微卫星位点在5个山羊品种均为高度多态;5个山羊品种的多态信息含量、群体杂合度、有效等位基因数值较高,说明其遗传多样性和各品种内的遗传变异比较丰富;聚类分析显示,牛腿山羊与太行黑山羊的关系较近,与河南奶山羊的关系较远.群体遗传分化系数和群体遗传距离表明,河南省地方山羊的变异主要存在于品种内,品种间的变异相对较小.结合5个山羊品种的实际生态地理分布,提出了避免近交,并有选择地进行品种间杂交的保种模式.     

合作猪SLA-DQA基因第4外显子多态性分析

合作猪的MHC-DQA基因的适应性变异,其抗原识别区域(即外显子4)通过PCR扩增和随后的单链构象多态性(SSCP)和序列分析,结果显示在439个合作猪个体,SLA-DQA第4外显子检出4个等位基因和6个基因型(AA、BB、DD、AB、AC和AD),其中A等位基因和AA基因型的频率最高,为优势基因和优势基因型。对不同型的PCR-SSCP条带测序分析,发现7个突变位点(5 068 bp T→C,5 109 bp和5 149 bp处缺失C,5 131 bp A→G导致丝氨酸变为甘氨酸,5 135 bp C→T,5 234 bp G→A,5 136 bp处插入A)。遗传学分析发现,合作猪多态信息含量(PIC)为0.240 1,属于低度多态,各种基因型的分布不显著。研究结果证实,合作猪SLA—DQA基因第4外显子为低度多态。     

乐至黑山羊PRLR基因外显子10多态性与产羔数的关系研究

设计2对特异性引物对乐至黑山羊PRLR基因第10外显子进行了PCR-SSCP检测,并研究该基因与产子性能的相关性。结果表明,P1引物扩增片段不存在多态性;P2引物扩增片段存在多态性,表现为AA,AB,AD和CD 4种基因型,测序结果表明,4种基因型都在该片段第89、94、146和157位存在C→T、A→C、C→G、G→C的突变;此外AA型还在61位发生C→T的突变;AD型还在175位发生A→G的突变;CD型还在24位发生T→C的突变,96位发生C→T的突变,通过统计分析发现AD型平均产羔数优于其他3种基因型,并且与AB型差异达到显著水平(P<0.05)。因此认为PRLR基因对于乐至黑山羊产子性能有一定的影响。