利用苹果EST-SSR分析木瓜属种质遗传多样性北大核心CSCD

利用苹果属的EST-SSR标记对33份木瓜种质资源进行遗传多样性研究,以分析引物在木瓜属中的通用性。筛选出15对引物进行PCR扩增,其中9对引物显示多态性,共扩增出71条带,其中多态性条带59条,多态性条带比率83.10%,并且可成功区分不同种。PIC多态性信息含量平均值为0.45,Nei’s基因多样性(H)、Shannon指数(I)的平均值分别为0.45、0.71。根据EST-SSR数据的UPGMA聚类分析将材料分为五大类,木瓜属的不同基原样本各聚为一支,能很好地将5个种植物区分,显示出单系性。研究结果表明,苹果属的EST-SSR标记在木瓜属上具有高度的可转移性,可应用于木瓜属植物的资源评价及遗传关系研究。     

利用苹果EST-SSR分析木瓜属种质遗传多样性

利用苹果属的EST-SSR标记对33份木瓜种质资源进行遗传多样性研究,以分析引物在木瓜属中的通用性。筛选出15对引物进行PCR扩增,其中9对引物显示多态性,共扩增出71条带,其中多态性条带59条,多态性条带比率83.10%,并且可成功区分不同种。PIC多态性信息含量平均值为0.45,Nei’s基因多样性(H)、Shannon指数(I)的平均值分别为0.45、0.71。根据EST-SSR数据的UPGMA聚类分析将材料分为五大类,木瓜属的不同基原样本各聚为一支,能很好地将5个种植物区分,显示出单系性。研究结果表明,苹果属的EST-SSR标记在木瓜属上具有高度的可转移性,可应用于木瓜属植物的资源评价及遗传关系研究。     

4种红豆杉属植物遗传多样性和遗传关系的RAPD分析

采用RAPD标记研究了分属于4种红豆杉属(Taxus Linn.)植物的68个单株的遗传多样性,并采用UPGMA方法分析68个单株的遗传关系.结果表明:12条RAPD引物共扩增出109条带,其中多态性条带108条,多态性条带百分率为99.1％;平均每条引物扩增出9.1条带.南方红豆杉[T.wallichiana var.mairei (Lemée et Lévl)L.K.Fu et Nan Li.]种内的多态性条带百分率和观察等位基因数均最高;欧洲红豆杉(T.baccata Linn.)种内的有效等位基因数、Nei's基因多样度和Shannon's信息指数均最高;须弥红豆杉(T.wallichiana Zucc.)种内的各项遗传多样性指数均最低.供试4种植物的种内遗传多样度、种间遗传多样度、基因流和种间遗传分化系数分别为0.1745、0.358 6、0.401 7和0.554 5,表明55.45％的遗传变异发生在种间.南方红豆杉和须弥红豆杉遗传距离最近;曼地亚红豆杉(Taxus×media Rehd.)和须弥红豆杉的遗传距离最远.通过聚类分析可将68个单株分为3组,欧洲红豆杉的18个单株和曼地亚红豆杉的18个单株分别各自聚为1组;须弥红豆杉的16个单株和南方红豆杉的16个单株聚为1组,其中须弥红豆杉的16个单株和南方红豆杉的16个单株又各自聚为1个亚组,且南方红豆杉的雌、雄单株也分别聚在同一分支上,表明须弥红豆杉和南方红豆杉遗传关系较近,而欧洲红豆杉与其他3种植物的遗传关系较远.     

13种石斛属植物遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP技术对13种石斛属植物的遗传多样性进行了分析。选择性扩增引物组合E ACT/M CAC、E AAC/M CAC和E ACA/M CAC分别对这13种材料进行扩增,得到丰富的条带。在100-300bp共得到346条带,多态性带342条,多态性百分率为98.8%。聚类分析结果表明,在相似系数0.54处,可将13种材料分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类。Ⅰ类包括:串珠石斛、铁皮石斛、广东石斛、重唇石斛、晶帽石斛、细叶石斛、滇桂石斛、报春石斛、玫瑰石斛、球花石斛;Ⅱ类包括:鼓槌石斛;Ⅲ类包括:美花石斛(花,浅红)、美花石斛(花,淡白)。AFLP分析结果与传统分类学的结果基本一致,表明该标记技术对石斛属植物的遗传多样性和分类研究是可行的。     

七种风铃草属植物亲缘关系的ISSR分析

为了解四川风铃草属植物的资源丰富度和遗传进化情况,该研究利用ISSR分子标记,探究了四川7种风铃草属植物的亲缘关系,为风铃草属植物的分子标记辅助鉴定、资源保护、花卉品种的开发与育种提供理论基础。结果表明:40条ISSR引物中有28条引物能够扩增出清晰的条带,扩增总条带数为164,其中有98.8%的扩增条带具有多态性,供试的7种风铃草属植物遗传相似性系数在0.421～0.945之间,其中钻裂风铃草与藏滇风铃草的遗传相似度最高为0.945,说明它们之间的亲缘关系很近。此外,ISSR分子标记聚类结果表明,7种风铃草属植物可以明显聚为4大类:西南风铃草、灰毛风铃草、灰岩风铃草为一类;紫斑风铃草与流石风铃草各成一类,这两种在形态上与其它各种风铃草差异较大;最后是钻裂风铃草与藏滇风铃草为一类。     

鸢尾属部分植物种质资源的RAPD分析

采用RAPD分子标记技术,从100个随机引物中筛选出多态性强、重复性好且稳定性高的引物18个,对38份野生鸢尾属材料进行扩增,共扩增出409条带,其中多态性带405条,多态性比率为99.0%,表明野生鸢尾属植物种间有丰富的遗传多态性;根据DNA谱带计算物种间遗传距离,聚类分析结果将鸢尾属38份材料划分为6组,其结果与传统生物学特性划分的6个亚属的分类结果基本一致;物种特有RAPD标记分析表明,利用18个引物可以较好地将鸢尾属38种植物区分开,其中9个材料得到了单一标记的扩增带,表明运用RAPD分子标记对研究鸢尾属植物特异性基因及标记的筛选等有一定的理论和实际应用价值。     

云南木兰科48种野生植物资源的遗传多样性研究

为了解云南省木兰科(Magnoliaceae)野生植物资源的遗传多样性,利用ISSR分子标记技术对48种木兰科野生植物资源进行研究。结果表明,10对引物共扩增出151条带,均为多态性条带,多态性条带百分率为100%。总的观测等位基因数(N_a)为2.000 0,有效等位基因数(N_e)为1.564 5,Nei’s基因多样性指数(H) 0.337 9,Shannon’s信息指数(I)为0.510 1。总的基因多样性指数(H_t)为0.368 0,属间基因多样性指数(D_(st))为0.251 9,占68.4%,基因分化系数(G_(st))为0.684 0,基因流(N_m)为0.231 0。UPGMA聚类分析将48种木兰科植物划分为7个类群,各类群并非按照属聚在一起,而是不同属植物相间分布,长喙厚朴(Magnolia rostrata)、素黄含笑(Michelia flaviflora)和球花含笑(M. sphaerantha)可能为云南省木兰科植物中的原始种。48种木兰科野生植物总体具有较高的遗传多样性,但属间遗传变异较高,基因流较小,存在遗传漂变的风险,聚类结果与刘玉壶的分类系统存在分歧,这从分子水平为木兰科植物间的起源、进化与分类提供了重要依据。     

鸢尾属植物遗传多样性的 RAPD和ISSR分析

应用RAPD和ISSR标记技术,对来自不同产地的鸢尾属(IrisL.)4个野生种的遗传多样性进行了分析。结果表明,12个RAPD和ISSR引物分别扩增出225和196条带,多态性条带分别为215和196条,多态性条带百分率分别为95.56%和100.00%;种间总基因多样度分别为0.368 9和0.357 5、种内基因多样度分别为0.107 7和0.138 0,表明鸢尾属种间遗传多样性较高,且种间变异大于种内变异。4个野生种中,蝴蝶花(I.japonicaThunb.)的遗传组成较为丰富。此外,种内遗传关系与地理分布和环境差异有一定的相关性。     

10份续断属植物亲缘关系的ISSR分析（英文）

续断属(Dipsacus L.)植物是中国续断科(Dipsacaceae)传统中药材,但属下种间亲缘关系仍存在不准确性鉴定。本研究拟采用10条多态性较高的ISSR(Inter-simple sequence repeat)标记从分子水平研究10份续断属植物的分类和种间亲缘关系,为该属植物的科学分类提供资料。从100条ISSR引物中筛选出多态性较高的10条,对10份续断材料进行PCR扩增,共扩增出947条DNA带,其中多态性条带828条,平均多态性条带百分率为87.4%,表明续断属植物具有丰富的遗传变异。遗传相似系数变化范围在0.557~0.806,平均为0.661。聚类分析结果表明,10份续断在相似系数水平0.582处可分为2个大类,进一步在0.702又可分为5个小类群。第1大类群包括3个小类群,第1小类群包括4分大理续断[DL(L),DL(W),DL(H),DL(WS)],第2小类群包括日本续断(RB)和恩施续断(ES),第3小类群包括2份川续断[C(J)和C(D)],这表明小类群间品系亲缘关系比较近,基因交流比较频繁;第2大类群包括大头续断(DT)和深紫续断(SZ),两者遗传距离较远,分别构成另外两个小类群。主成份分析与聚类分析所得的结果基本一致。研究结果还发现日本续断(RB)和恩施续断(ES)两者亲缘关系较近(0.210 1),且两者的地理分布有较大的重叠,可能两者基因交流比较频繁,由于环境的不同形态上稍有差异。推测恩施续断可能为日本续断的一个变种,当然这还需要进一步深入研究。     

华木莲的遗传多样性研究

利用ISSR标记对中国特有植物华木莲(Manglietia decidua Q．Y．Zheng)的遗传多样性进行了研究,从90个引物中筛选出10个引物用于正式扩增,共扩增出81条DNA带,其中多态性DNA带14条,占17．28％,平均每个引物扩增的DNA带8．1条,多态性条带1．4条。结果表明：华木莲的遗传多样性水平较低(种水平的遗传多样性Hr为0．0649,居群水平的遗传多样性Hs为0．0515,多态位点百分率P为17．28％)。与物种的遗传多样性平均水平、同科的其它种类以及其它特有植物相比,华木莲的遗传多样性极低。     

辣椒种质遗传多样性的RAPD和ISSR及其表型数据分析

用RAPDI、SSR分子标记及28个表型性状数据对辣椒属5个栽培种的13份材料进行了分析,结果表明:23条RAPD引物共扩增出209条带,平均每个引物扩增出9.09条,多态性位点比率为83.73%;16条ISSR引物共扩增出94条带,平均每个引物扩增出5.88条,多态性位点比率为79.79%.与RAPD相比,ISSR标记检测到的有效等位基因数(Ne)及Shannon多样性指数(I)、遗传离散度(Ht)和遗传分化系数(Gst)等遗传多样性参数都较大,多态性位点比例在亲缘关系较近的一年生辣椒(Capsicum annuum)种内较高,说明ISSR有更高的多态性检测效率,并且适合亲缘关系较近的种群间遗传多样性分析.基于RAPDI、SSR的聚类与基于表型数据的聚类之间存在极显著正相关,且都能将C.annuum与其它栽培种区分开来.     

中国半夏属植物亲缘关系的SRAP分析

利用序列相关扩增多态性(SRAP)标记对中国半夏属植物5个种的亲缘关系进行了研究.38个引物组合在半夏属植物的5个种中共扩增出752条清晰的谱带,其中628条谱带具有多态性,多态性比率为83.51％,显示出较高的多态性比率;各物种间的遗传相似系数在0.6513～0.7312之间,聚类分析和主坐标分析结果表明,5种半夏属植物被聚为两大类:掌叶半夏单独聚为一类(Ⅱ),而其它4个种聚为一类(Ⅰ).第Ⅰ类可再分为A和B两个亚类:A亚类包括半夏和石蜘蛛;B亚类包括盾叶半夏和滴水珠.滴水珠和盾叶半夏的亲缘关系最近,其次是半夏和石蜘蛛,而掌叶半夏和其它4个种的亲缘关系都较远,这说明掌叶半夏与半夏属其它种呈姐妹群关系.本研究结果对我国半夏属植物资源的开发利用与保护具有重要意义.     

53个猕猴桃品种(品系)亲缘关系的SCoT分析

现有主流猕猴桃品种的遗传背景相对单一,亲本来源地理分布狭窄,亲缘关系不清晰。为充分利用杂种优势,该研究以广西植物研究所猕猴桃种质资源圃收集的53个猕猴桃品种(品系)叶片为材料,使用SCoT分子标记进行遗传多样性分析。结果表明:(1)10条引物在53份猕猴桃供试材料中共扩增出110条条带,各引物扩增的条带在8～15条之间,引物平均扩增条带数为11条;其中多态性条带101条,引物平均扩增多态性条带数为10.1条,多态性比例为91.81%。(2)聚类分析显示猕猴桃品种(品系)没有按类型、倍性或选育地等形成明显有规律的聚类关系。但相对来说,同一杂交后代个体之间的亲缘关系比亲本与后代个体之间的亲缘关系更近;芽变品种与原品种并没有表现出特别近的遗传距离,说明芽变材料的突变可能在基因组或染色体层面发生了较大范围的重组、复制或丢失;‘楚红’‘桂红’‘湘吉红’和‘龙藏红’4个红肉品种与‘红阳’亲缘关系明显较远,说明其可能由不同亲本衍生而来;初步验证了‘桂海四号’可能为‘Hort16A’亲本之一的推测。     

利用RAPD和ISSR标记分析烤烟品种间遗传关系

利用RAPD和ISSR标记对22份烤烟(Nicotiana tabacumL.)品种进行了遗传关系研究。在RAPD分析中筛选到13个引物,共扩增出167条带,其中多态性带50条,多态性比率为29.9%;在ISSR分析中筛选出7个引物,共扩增出96条带,其中多态性带44条,多态性比率为45.8%。两种标记相结合估算出的品种间遗传相似系数在0.881~0.979之间,平均为0.933。单独基于RAPD标记和ISSR标记的聚类结果有一定差异;两种标记结合起来的聚类分析结果与系谱信息吻合程度更高。定向选择可能对烤烟品种间遗传关系有较大影响;国外引进品种与国内育成品种并未完全分开,表明分子水平的遗传关系和地理来源间缺乏必然联系。     

16份石榴RAPD扩增产物的两种电泳方法检测及其序列特征

本实验以16个石榴品种为实验材料,筛选出10个重复性及多态性均较好的引物进行RAPD分析。分别采用琼脂糖凝胶以及聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳检测方法对PCR扩增结果进行检测并对其结果进行比较,结果显示,两种电泳方式均能得到较为清晰的扩增条带,且两种电泳方式获得的条带总数及多态性条带数均有所不同,琼脂糖凝胶电泳方法共检测出76条带,其中有43条为多态性谱带,多态性比率为56.4%;而在PAGE电泳方法共检测出123条谱带,多态性谱带数为87条,多态性比率为70.95%。PAGE电泳方法检测出的条带数约为琼脂糖凝胶电泳方法检测出条带数的1.5倍。基于两种电泳方法所得RAPD标记的多态性位点,利用NYSYS软件计算遗传相似系数,并构建遗传关系聚类图,分析结果显示,石榴遗传多样性丰富,两种电泳方法所得聚类结果大致相同,可以利用RAPD分子标记及两种电泳检测方法对不同数量的石榴进行分子水平的品种鉴定和遗传多样性的分析。同时通过对来自几个引物随机挑选的17个片段进行克隆,测序结果显示17个片段都是对应引物的RAPD扩增产物,其中有3条是编码蛋白的基因片段,表明了RAPD不仅扩增基因组上的非编码蛋白序列,同时也可以扩增编码蛋白的基因片段,这为更好地认识RAPD技术的实质以及促进石榴产业的发展提供了理论依据。     

应用RAPD技术探讨木兰科10属17种植物的遗传多样性

目的:采用RAPD技术对木兰科10属17种植物进行遗传多样性分析.方法:采用改良CTAB法提取基因组DNA,用筛选的9个引物的RAPD结果进行聚类分析,得出17种木兰科植物的聚合树状图.结果:9条RAPD引物共扩增出346条清晰稳定的条带,其中有295个多态性位点,多态百分比为85.3％,聚类分析表明,在遗传距离为0.728处17个供试品种分为3个类群.结论:中国木兰科植物品种有丰富的遗传多样性,RAPD技术可以用于木兰科植物的种间鉴别和遗传学研究.     

应用RAPD标记分析黑麦属品种的遗传多样性

四川农业大学小麦研究所侯永翠、郑有良、魏育明等研究人员对黑麦遗传多样性课题作了研究。他们采用随机扩增多态性DNA(RAPD)标记 ,对黑麦属 (SecaleL) 7个品种共 1 2份材料进行了遗传多样性检测 ,发现被检测材料间RAPD标记多态性较高 ,在 4 0个随机引物中 ,有 2 5个引物约占整个的 6 2 .5 %的扩增产物具有多态性。这 2 5个中共扩增出 1 6 7条带 ,其中 89条带约占 5 3.2 %具有多态性 ,每个引物可扩增出 1～ 1 0条多态性带 ,平均为 3～ 6条。RAPD标记遗传距离GD变异范围为 0 .1 382～ 0 .4 5 1 2 ,平均为 0 .2 71 2。通过聚类分析表…     

基于AFLP标记的山东省5个野核桃群体的遗传多样性分析

利用AFLP分子标记,对分布于山东省内5个样地(泰山鹁鸽崖、鲁山核心区边缘、崂山北九水、昆嵛山南天门和泰山佛爷寺)的46个野核桃(Juglans cathayensis Dode)单株的遗传多样性进行了分析,并采用聚类分析方法探讨了它们的遗传关系.结果表明:用8对PstI/ MseI系列引物组合从46个单株中共扩增出1 034条带,其中多态性条带1 005条,多态性条带百分率达97.20％;每对引物可扩增出113 ～ 154条多态性条带,平均每对引物可扩增出125.6条多态性条带.在这些条带中包含174条特异性条带(其中有19条缺失条带),通过特异性条带可鉴别出91.3％的野核桃单株.5个野核桃群体的多态性条带百分率(PPB)、观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ⅳe)、Nei,s基因多样度(H)和Shannon's信息指数(I)分别为50.57％ ～ 63.51％、1.505 7～1.635 1、1.273 5 ～ 1.300 4、0.163 2～0.181 9和0.249 1 ～0.281 3,PPB、Na、Ne、H和I的平均值分别为55.23％、1.552 3、1.284 3、0.169 6和0.259 4,表明野核桃群体遗传多样性较高、遗传变异较为丰富.46个单株的遗传相似性系数为0.536 8 ～0.8645,平均值为0.624 9.聚类分析结果显示:在遗传相似性系数0.66处,可将46个单株分成7组,其中部分来源于同一产地的单株没有聚在同一组中,表明这些野核桃单株的遗传关系与其地理分布不完全一致.     

牛鞭草品种EST-SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

为探讨牛鞭草(Hemarthria spp.)品种间的遗传多样性,从86对EST-SSR引物中筛选出8对引物对牛鞭草属6个品种进行指纹图谱的构建及遗传多样性分析。结果表明,8对EST-SSR引物对牛鞭草属6个品种共扩增出193条清晰条带,多态性条带161条,多态性比例为83.4%。每条引物的多态信息含量(PIC)为0.480~0.695,平均为0.602。UPGMA聚类分析表明,牛鞭草属6个品种在相似系数为0.652处可分为两大类群。8对EST-SSR引物均能将6个品种完全区分开,以3对EST-SSR引物扩增的电泳图谱为基础,建立了牛鞭草属6个品种的指纹图谱标准模式图,每个品种都有唯一的指纹图谱。牛鞭草属6个品种的平均Nei’s基因多样性指数为0.333,平均Shannon信息指数为0.496,品种间的相似系数介于0.399~0.782之间。可见,牛鞭草属植物品种的遗传多样性较丰富,种间差异明显。     

大戟属植物亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR标记对9种大戟属植物的亲缘关系进行了分析.结果表明:筛选出的24条ISSR引物共扩增251条带,其中多态性条带248条,多态率为98.8%.9种大戟属材料的遗传相似系数在0.51～0.69之间,平均为0.62.利用UPGMA法将9种大戟属植物分别聚为3个类群,第一类群包含地锦亚属与一品红亚属的5个种及大戟亚属的绿玉树,第二、第三类群分别包含大戟亚属中的3个种.ISSR标记获得的聚类结果与根据形态特征获得的分类结果有很大的差异.