基于RefSeq的人类基因荧光定量PCR引物库的构建

利用NCBI提供的RefSeq序列,通过BLAT、Sim4和自主开发的剪接比对程序Ealter1.0对人类RefSeq转录本进行外显子预测,根据预测的外显子信息,采用自主开发SYBR Green I Real Time PCR引物设计程序E-qPCR-Design1.0高通量设计21,118对SYBR Green I Real Time PCR引物,同时选取5000条基因进行SYBR Green I Real Time PCR引物验证,95.92%的基因引物取得良好效果,1.64%的基因引物产生引物二聚体,1.08%的基因引物有非特异性扩增,通过生物信息技术分析与实验验证,建立了基于RefSeq的人类基因荧光定量PCR引物库。     

SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR测定肠道病毒71型（EV71）RNA拷贝数方法的建立

目的建立SYBR GreenⅠ荧光染料实时定量RT-PCR方法,测定实验动物等来源的EV71病毒RNA。方法运用EV71VP1保守区引物,优化real time RT-PCR条件,运用NASBA方法扩增EV71病毒RNA,计算拷贝数,经10倍系列稀释做出标准曲线,作为EV71病毒RNA定量检测的外标准品。结果应用Qiagen公司QuantiTect SYBR Green RT-PCR Kit,该标准品可精确定量到100copies/μL,PCR扩增效率达到99.5%。结论 SYBRGreenⅠ荧光染料实时定量PCR法测定EV71病毒RNA拷贝数的方法敏感性高、稳定性好,可用于EV71病毒RNA载量的定量测定。     

实时荧光定量PCR方法快速检测转基因大豆

针对转基因大豆中普遍含有的35S启动子进行引物设计,以双链DNA染料SYBR GreenⅠ为荧光标记物,利用实时荧光定量PCR方法对大豆样品进行检测。该法检测转基因大豆的检测低限为0.005 nmol/L的35S启动子,线性范围达3个数量级,可快速区分转基因大豆和非转基因大豆,具有快速、简便、灵敏、安全、高通量、低成本等优点,可推广用于转基因植物产品的快速定量检测。     

荧光定量PCR

荧光定量PCR又可以分为TaqMan探针和SYBR Green I荧光染料两种方法。比较而言,探针杂交技术在原理上更为严格,所得数据更为精确,荧光染料技术则成本更为低廉,实验设计更为简便。也许作为确认微阵列数据的金标准,TaqMan有些名不副实。TaqMan与SYBR Green孰优孰劣？在选择实验方案时要根据实验目的,以及对数据精度的要求来决定。     

基于SYBR Green I的双链DNA定量方法

摘要 基于SYBR Green I荧光染料与双链DNA（dsDNA）结合产生荧光的原理,建立一种高精度、高通量的双链DNA 定量方法。将梯度稀释后的基因组DNA及已知浓度的?DNA与等体积的SYBR Green I（4×）充分混合后,利用荧光定量PCR仪采集荧光信号,以ROX（1×）作为校正染料进行定量分析;同时利用紫外分光光度计对样品进行平行测定,比较该方法与紫外分光光度法的检测限与准确度。紫外分光光度法的检测限为2 ng/?l,而SYBR Green I荧光定量法的检测限可达到0.015 ng/?l,并且在0.015~2 ng/?l范围内,SYBR Green I荧光强度与?DNA浓度呈线性关系（R2=0.9999）,比紫外分光光度法灵敏100倍以上,并可准确定量低纯度的DNA样品。此方法具有重复性好、高通量的特点,仅需少量的生物样本即可满足定量要求,为分子生物学研究及临床检验等多个领域提供了一种可靠的dsDNA定量方法。     

SYBR Green实时荧光PCR高通量检测转基因大豆油

采用SYBR Green实时荧光PCR技术,建立了食用大豆油转基因成分的检测方法.根据转基因大豆中内源参照基因lectin和外源基因35S启动子、NoS终止子和ep4 epsps基因,设计特异性引物,在Roche荧光PCR仪上进行实时荧光PCR扩增.荧光曲线表明,SYBR Green实时荧光PCR可特异性地检测大豆油中的转基因成分,方法准确、快速,并运用熔解曲线进行产物分析,验证了试验结果的特异性和准确性,检测方法灵敏度高.     

一种实时荧光定量PCR检测Ⅱ型单纯疱疹病毒检测方法的研究

建立SYBR Green实时荧光定量PCR方法,用于快速、准确检测Ⅱ型单纯疱疹病毒(HSV-2)。设计特异性引物,PCR扩增糖蛋白G(g G)片段,构建p EASY-T1-g G2重组质粒作为标准品,绘制标准曲线,同时考察该方法的稳定性、灵敏性和特异性,并利用此方法检测HSV-2血清学确诊的生殖器疱疹临床样本。本实验获得的标准曲线R~2=0.997,相关性良好,灵敏度是普通PCR的1 000倍。用本方法检测HSV-2血清学确诊的生殖器疱疹临床样本均为阳性,符合率为100%,且每份样品检测结果的变异系数均小于2%。本研究建立的SYBR Green实时荧光定量PCR方法可用于临床HSV-2感染的检测。     

食品中阪崎肠杆菌快速检测鉴定方法的研究

通过设计特异性的引物,采用SYBR Green I实时荧光PCR,经引物的优化筛选、特异性和重现性试验,以及模拟污染样品检验,建立了食品中阪崎肠杆菌的快速检测和鉴定方法。     

实时荧光定量PCR方法检测小RNA

<正>Real-time QuantitativePCR Detecting System,即实时定量核酸扩增检测系统,也称为实时定量基因扩增检测系统,简称定量PCR(qPCR)。荧光定量PCR一般分为非特异性荧光定量PCR和特异性荧光定量PCR。本文主要介绍一种应用非特异性荧光定量PCR(以SYBR Green I为例)方法对小RNA进行定量分析。SYBRGreen I qPCR分析小RNA的优点为:实验设计简单,一般需要一条特异性反转录引物,一条特异性正向PCR引物,反向PCR引物可通用于所有小RNA分析,无需象TaqMan方法那样专门设计探针;实验成本相对较低;可通过溶解曲线分析来检测扩增反应的特异性。这些特点有利于初学者掌握该技术,而对于一般的分析也可以完全达到实验目的。操作方法如下:     

小麦脱水素基因wzy2表达量实时荧光定量PCR方法的建立和应用

以陕合6号小麦品种为材料,用SYBR GreenⅡ染料,参照小麦脱水素wzy2和-βactin基因序列设计引物,建立小麦wzy2基因的实时荧光定量PCR分析方法.结果表明:通过对标准品标准曲线和熔解曲线分析,其标准曲线的Ct值检测范围为12~30,PCR扩增效率高达111.3%;不同的标准品扩增曲线的间距为3.078,接近于理想值3.32,且可显示产物特异的单峰,引物的特异性扩增强.小麦脱水素基因wzy2表达量实时荧光定量PCR的测定结果表明,小麦脱水素基因wzy2在胁迫24 h的表达量明显高于胁迫12 h的表达量.     

鸭冠状病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为建立一种鸭冠状病毒（Duck coronaviruses,DuCoV）的临床快速诊断方法，根据鸭冠状病毒1b基因保守区域设计特异性引物，成功建立了用于检测鸭冠状病毒的特异性SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法。该方法特异性强、敏感性高、重复性好，对鸭冠状病毒有特异性扩增，最低检测限为8.04×100拷贝/μL，比普通PCR方法敏感10倍，批内变异系数与批间变异系数分别为0.28%～0.34%、0.25%～0.36%，均小于1%。对临床可疑鸭泄殖腔拭子进行检测，本方法与常规PCR方法的检测结果阳性符合率为100%，阴性符合率为96.43%，样本总符合率为97.62%。本研究建立的鸭冠状病毒SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法，可用于鸭冠状病毒的临床快速诊断及流行病学监测。     

大鼠尿激酶SYBR Green Ⅰ real time RT—PCR引物的设计

设计用于SYBR Green Ⅰ法实时定量逆转录多聚酶链反应（QRT—PCR）检测大鼠尿激酶型纤溶酶原激活因子（uPA）mRNA的引物。从基因库获取靶基因及相关序列,充分收集和分析相关生物信息学数据,应用Oligo 6．22设计出一对长度为21bp的引物,其GC含量为52．4％;上下游引物3’最稳定二聚体和及发夹结构的能量分别为-1．5、-0．40kcal／mol和-3．5、-0．90kcal／mol,引物间最稳定二聚体为-3．1kcal／mol。5’端和中间AG值较高,高于3’端AG;引发效率分别455和403。实验证明,该引物能够高效、特异地实现对靶序列的检测,适用于SYBR GreenⅠ法实时定量检测（uPA）mRNA。     

腐皮镰刀菌SYBR Green实时荧光定量PCR快速检测方法的建立

目的建立一种能够快速、灵敏、特异的鉴定腐皮镰刀菌的SYBR Green实时荧光定量PCR。方法运用SYBR Green实时荧光定量PCR反应体系检测腐皮镰刀菌,并对此方法的特异性、灵敏度和稳定性进行评价。结果通过对45例样品的检测,结果显示SYBR Green实时荧光定量PCR特异性好,其检出率高于普通PCR;灵敏度高,对重组质粒标准品的检测灵敏度为1.0×10~2copies/μL;稳定性好,对质粒为1.0×10~7copies/μL、1.0×10~5copies/μL、1.0×10~3copies/μL的标准品重复检测10次,结果显示扩增反应Ct值的变异系数为0.96%~1.68%。结论SYBR Green实时荧光定量PCR检测腐皮镰刀菌,不仅特异性好,灵敏度高,稳定性好,而且简便、快速、易操作。     

一种检测马尔尼菲青霉菌实时荧光定量PCR方法的建立和应用

目的:建立一种检测马尔尼菲青霉菌的实时荧光定量PCR的方法。方法:针对马尔尼菲青霉菌5.8S rRNA设计特异性PCR引物,采用核酸荧光染料SYBR GreenⅠ进行实时荧光定量PCR检测,探讨该方法的灵敏度和特异性,并进行临床样品检测验证。结果:该方法的特异性较好,与该菌属内的其他细菌间无交叉反应;灵敏度可检测出10个细胞/mL全血,在检测范围内线性良好,相关系数R2=0.981。临床样品检测和传统的培养方法结果完全相符。结论:该方法特异性好,灵敏度高,操作简单,检测时间短;临床样品检测具有很好的准确性,从本研究的结果显示实时荧光定量PCR方法在检测马尔尼菲青霉菌中的应用可以大大缩短临床的诊断时间,提高临床诊断的准确度和效率。     

大豆深加工产品两种荧光定量PCR检测方法的比较研究

以内源基因Lectin作为内参照,根据RR大豆中外源基因CP4-EPSPS和内源基因Lectin设计TaqMan和SYBR GreenⅠ引物和荧光探针,使用定量PCR仪对大豆深加工产品中RR大豆的含量使用两种FQ-PCR方法进行定量检测,建立了RR大豆标准品CP4-EPSPS和Lectin之间的△Ct与样品中RR大豆含量百分比之间的校正曲线和线性回归方程,并对5种未知大豆深加工样品进行检测,同时比较二者的检测结果。结果表明,说明TaqMan和SYBR GreenⅠ两种FQ-PCR检测技术的检测结果可靠,且均可用于转基因深加工产品的检测。     

猪细胞因子SYBR Green实时PCR检测方法的建立

目的:建立一种用SYBR Green荧光染料检测猪细胞因子的实时PCR方法。方法:从猪外周血淋巴细胞中提取细胞因子mRNA,反转录成cDNA,利用SYBR Green荧光染料法实时检测IL8、IL10、IFNα、IFN(?)和TNFα的mRNA表达水平。分别通过融解曲线和琼脂糖凝胶电泳分析各细胞因子检测的特异性;并对各细胞因子PCR产物进行梯度稀释后作为模板进行敏感性试验;利用建立的方法分别对正常猪和感染PRRSV的猪的外周血淋巴细胞中上述细胞因子进行检测,并以管家基因cyclophilin为内参照对各细胞因子进行定量分析。结果:建立的各细胞因子SYBR Green实时检测方法具有良好的特异性和敏感性,TNFα检测敏感性可达10个拷贝,其它细胞因子检测敏感性均可达100个拷贝。猪在感染PRRSV后,外周血淋巴细胞中IL8和IL10明显增加,而IFNα和TNFα略有下降。结论:建立了五种猪细胞因子SYBR Green实时PCR检测方法,并能成功地应用于临床检测。     

关于用定量PCR方法测定基因的转录水平的几个问题

<正>定量PCR的方法已经广泛应用于生命科学各学科的研究。作者发现有些用SYBR Green I的定量PCR的工作不甚规范,影响了实验结果的准确性,这里结合实验从原理说明SYBR Green I的定量PCR的应用方法。此外,生物学研究中大量采用了相对测定,然后对结果归一化的策略。这里我们分析相对测定策略存在的不足,并介绍每拷贝基因的转录水平的概念和双外参跟踪标定法。     

水貂肠炎病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立

根据Gen Bank登录的水貂肠炎病毒(MEV)VP2蛋白基因的保守序列设计了1对特异性引物,经PCR扩增出146bp的目的片段,并克隆到pMD 18-T载体上,提取重组质粒经PCR及测序鉴定正确后,以10倍梯度稀释质粒作为阳性标准品,绘制荧光定量标准曲线,以此建立一种基于SYBR Green荧光染料的定量PCR特异性检测水貂肠炎病毒的方法。结果表明:该方法对MEV有很好的特异性,检测灵敏度为34拷贝/μL,且重复性试验变异系数均小于2%。临床检测中,在80份样品中检测到30份阳性样品,高于普通PCR和电镜观察方法的检出率。该方法的建立实现了对MEV临床早期快速诊断和定量分析,为毛皮动物MEV的防控提供了可靠的检测方法。     

茶树α-tubulin基因实时荧光定量RT-PCR方法的建立

目的:建立茶树α-tubulin基因实时荧光定量RT-PCR方法。方法:根据GenBank中茶树α-tubulin基因保守区域设计一对特异性引物,将PCR扩增得到的α-tubulin基因克隆到pTG19-T载体上,构建的重组质粒标准品经1/10梯度稀释后,用SYBR GreenⅠ染料法绘制标准曲线,并进行融解曲线分析。结果:标准曲线Ct值检测范围为14.56~27.09,相关系数为0.991,溶解曲线分析显示产物为特异的单峰,其Tm值为81±0.3℃。结论:建立了茶树α-tu bulin基因实时荧光定量RT-PCR法,为以α-tubulin作为茶树内参基因进行功能基因表达差异研究奠定了基础。     

大鼠尿激酶SYBR Green I real time RT-PCR引物的设计

设计用于SYBR Green I法实时定量逆转录多聚酶链反应(QRT-PCR)检测大鼠尿激酶型纤溶酶原激活因子(uPA)mRNA的引物。从基因库获取靶基因及相关序列,充分收集争分析相关生物信息学数据,应用Oligo 6.22设计出一对长度为21bp的引物,其GG含量为52.4%;上下游引物3’最稳定二聚体和及发夹结构的能量分别为-1.5、-0.40 kcal/mol和-3.5、-O.90 kcal/mol,引物间最稳定二聚体为-3.1 kcal/mol。5’端和中间△G值较高,高于3’端△G;引发效率分别455和403。实验证明,该引物能够高效、特异地实现对靶序列的检测,适用于SYBR Green I法实时定量检测(uPA)mRNA。