不同牛种STAT5B基因启动子多态性分析

目的:试验旨在筛选STAT5B基因启动子区SNP及研究其对启动子功能元件的影响,为地方牛种选种选育提供一定理论依据.方法:选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,直接测序筛选SNP位点.结果:STAT5B基因5'调控区及第1外显子存在3个SNPs位点,分别为:T-181C、C-31G、T+119C.生物信息学软件预测得到STAT5B基因核心启动子区和转录因子结合位点,SNP位点导致5个转录因子结合位点消失,而产生8个新的转录因子结合位点.软件未发现可能的CpG岛范围,但STAT5B基因RNA二级结构和最小自由能在突变后显著改变.结论:DNA池结合测序技术可快速筛选SNP位点,STAT5B启动子区存在功能性SNP位点.     

利用DNA池技术研究猪GH基因启动子序列的多态性

目的:分析猪GH基因启动子区序列的多态性,期望筛选出对猪生长性状有显著影响的SNP位点,为地方猪种的选育及选种提供一定的理论依据.方法:以大约克、可乐猪、香猪和黔北黑猪为试验对象,构建品种DNA池,采用PCR产物直接测序法对猪GH基因启动子区-856～+171片段共1 027bp进行单核苷酸多态性检测.结果:除香猪外,在其他3个猪种5'-端侧翼序列发现5个SNP位点:C22T、A- 26T、G- 219A、T- 385A和C-391T,并且在大约克GH基因启动子区-640处发现了一个12bp碱基序列(GGCAAAGTGTAG)的缺失.结论:DNA池结合PCR产物直接测序技术能够很好的筛选SNP位点,本研究采用该技术在猪GH基因启动子区- 856～+171片段检测到了5个SNP位点.     

中华鳖MyoD1基因SNP鉴定及其与生长性状的关联分析

为了研究生肌决定因子1(MyoD1)基因多态性与中华鳖生长性状的相关性,采用直接测序法在MyoD1基因上共检测到6个SNP位点(T-49G、A-38G、C91T、A187T、C880T和T1522A),其中C880T位于外显子上,属于错义突变。对从同批繁殖、同块稻田养殖的2冬龄中华鳖群体中随机选取的178只个体中各位点的基因型进行检测。结果显示,所有位点在中华鳖群体中的平均有效等位基因数、平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为1.636 5、0.349 3和0.375 4,除A187T位点外,其余5个位点的基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg定律。采用一般线性模型分析各位点与中华鳖生长性状之间的相关性,研究发现,T-49G位点GG基因型个体的背甲宽显著大于TT基因型,A-38G位点AG基因型个体的背甲宽显著大于AA基因型,A187T位点TT基因型个体的体高显著大于AA基因型,T1522A位点AA基因型个体的体质量显著大于TT、TA基因型,其余位点不同基因型个体间的生长性状均不存在显著差异。T-49G、A-38G、A187T和T1522A位点与生长性状显著相关,可作为中华鳖分子标记辅助育种的候选标记。     

三角帆蚌GPX基因结构特征及抗性相关SNP的筛选

根据三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)谷胱甘肽过氧化物酶(Glutathione peroxidase,GPX)基因cDNA序列,通过PCR和基因组步移法,从三角帆蚌基因组DNA中扩增出GPX基因全长及其5′调控区。序列分析表明,该基因序列全长6 708 bp,含有2个外显子,1个内含子。5′调控区为992 bp,含有启动子的核心序列TATA盒以及其他一些转录调控元件,如AP1、C/EBP、CdxA。2个外显子长度分别为273 bp和991 bp,内含子长度为4 491 bp。通过直接测序法在三角帆蚌抗性群体和易感群体中筛选GPX基因的SNPs,并研究这些多态性位点与抗逆性状的相关性。共获得了16个SNP位点,其中启动子区的A-99G位点、A-86C位点、A-49C位点,内含子区的A2841T位点、C2847T位点、G3146C位点、A3150G位点以及G4645T位点共8个SNP位点的基因型频率和等位基因频率在抗性和易感群体中均存在显著性差异(P<0.05)。连锁不平衡分析结果显示GPX基因A-86C位点、A-49C位点、C2847T位点、A3150G位点与G4645T位点之间,以及A2841T位点与G3146C位点之间均存在强连锁不平衡。同时单倍型分析发现,在抗性群体中单倍型分别为ACTGT和TG的个体出现的频率显著高于易感群体中出现的频率。这些结果表明,GPX基因的部分SNPs可作为三角帆蚌抗病辅助育种的候选分子标记。     

鸡FSH β基因5’调控区单核苷酸多态性分析

促卵泡激素(follicle-stimulating hormone, FSH)是由垂体前叶分泌的糖蛋白类促性腺激素.运用PCR-SSCP法检测鸡FSH β基因5'调控区的单核苷酸多态性.检测发现该区域存在6个SNP位点,即G-494A,T-470A,A-464G,-450处插入碱基A,A-405G,A-361G.同时分析了SNPs与文昌鸡早期产蛋性能的相关性.结果显示,FSH β基因调控区SNPs位点与鸡的早期产蛋性能显著相关.     

BRCA1 基因启动子区SNPs 与散发性乳腺癌易感性的相关研究

目的:探讨BRCA1基因启动子区rs11655505、rs73625095位点单核苷酸多态性与散发性乳腺癌易感性的关系。方法:采用ASA-PCR方法对200例乳腺癌患者(均经病理确诊)及200例正常女性BRCA1基因启动子区rs11655505(A/G)、rs73625095(A/G)位点单核苷酸多态性(SNP)进行分析,并将其PCR产物进行测序。结果:乳腺癌患者BRCA1基因启动子区rs11655505位点的A/G基因型频率为75%,显著高于正常人的40%;A/A基因型频率为7%,G/G基因型频率为18%,分别低于正常人的30%、30%。此位点的A或G等位基因在乳腺癌病例组及对照组中均无差别(x2=2.427,P=0.119);rs73625095位点的A/G基因型频率为68%,显著高于正常人的15%;G/G基因型频率为32%,低于正常人的84%;乳腺癌病例组中BRCA1基因启动子区rs11655505、rs73625095位点的A/G基因型与淋巴结转移与否相比,差别均有统计学意义(x2=7.321,P=0.026、x2=4.782,P=0.029)。结论:BRCA1基因rs11655505位点、rs736...     

BRCA1基因启动子区SNPs与散发性乳腺癌易感性的相关研究（英文）

目的：探讨BRCA1基因启动子区rs11655505、rs73625095位点单核苷酸多态性与散发性乳腺癌易感性的关系。方法：采用ASA-PCR方法对200例乳腺癌患者（均经病理确诊）及200例正常女性BRCA1基因启动子区rs11655505（A/G）、rs73625095（A/G）位点单核苷酸多态性（SNP）进行分析,并将其PCR产物进行测序。结果：乳腺癌患者BRCA1基因启动子区rs11655505位点的A/G基因型频率为75%,显著高于正常人的40%;A/A基因型频率为7%,G/G基因型频率为18%,分别低于正常人的30%、30%。此位点的A或G等位基因在乳腺癌病例组及对照组中均无差别（x2=2.427,P=0.119）;rs73625095位点的A/G基因型频率为68%,显著高于正常人的15%;G/G基因型频率为32%,低于正常人的84%;乳腺癌病例组中BRCA1基因启动子区rs11655505、rs73625095位点的A/G基因型与淋巴结转移与否相比,差别均有统计学意义（x2=7.321,P=0.026、x2=4.782,P=0.029）。结论：BRCA1基因rs11655505位点、rs73625095位点的A/G基因型可能与散发性乳腺癌的发生相关,而且与有无发生淋巴结转移密切相关。rs73625095位点A和G等位基因可能为散发性乳腺癌发生的遗传危险因素。     

中国人群中STK15基因内两种非同义SNP的连锁不平衡和单体型分析

STK15基因编码一种丝氨酸苏氨酸蛋白激酶,哺乳动物细胞中其过量表达将导致中心体扩增、染色体不稳定和细胞癌变。STK15基因外显子3中有3种非同义单核苷酸多态(SNP),即：91A→T(131F)、169G→A(V571)和311C→T(S104L)。新近研究发现,91A→T与人类肿瘤遗传易感性相关。应用PCR-RFLP技术确定了91A→T(131F)和169G→A(V571)两种SNP在中国人群中的基因型和单体型。采用巢式PCR方法扩增了193例正常个体的DNA样品,通过错配正向巢式内引物引入EcoRⅠ酶切位点。巢式PCR扩增产物用限制性内切酶EcoRⅠ和ACCⅡ双酶切消化,其中EcoRⅠ能酶切91A,AccⅡ能切开169G,用聚丙烯酰胺凝胶电泳银染法鉴定双酶切结果,发现了4种可能的单体型中的3种,其单体型频率分别为：p(91A-169G)=68．65％,p(91T-169A)=10．88％,p(91T-169G)=20．47％,p(91A-169A)=0％;它们组成的6种基因型及频率分别为：91A-169G／91A-169G(46．11％),91A-169G／91T-169A(14．51％),91A-169G／91T-169G(30．57％)．91T-169G／91T-169G(3．11％),91T-169G／91T-169A(4．15％),91T-169A／91T-169A(1．55％)。等位基因及单体型数据分析结果表明,91A→T(131F)和169G→A(V571)之间存在连锁不平衡。     

汉族人群NOS3 A-922G、NOS3 T-786C与NOS3 G894T SNP的等位基因及其组合分布与高血压的相关性

为了分析汉族人群一氧化氮合酶基因NOS3 A-922G、NOS3 T-786C与NOS3 G894T单核苷酸多态性(sin-gle nucleotide polymorphism,SNP)的等位基因及其组合分布与高血压病的相关性,选取无亲缘关系的高血压病人192例(男97例,女95例)以及无亲缘关系的健康个体122例(男76例,女46例)为对照组,提取静脉血白细胞基因组DNA,采用等位基因特异性引物PCR技术检测NOS3 A-922G、NOS3 T-786C与NOS3 G894T 3个位点的基因型.其结果显示:高血压病组与对照组NOS3 G894T、NOS3A-922G及NOS3 T-786C各等位基因型及其基因单倍型频率比较无显著性差异(P＞0.05).男、女性别分层研究:无论男亚组还是女亚组均未发现NOS3 A-922G、NOS3T-786C与NOS3 G894T各个位点SNP与高血压病有相关性.等位基因组合分布研究发现NOS3 G894G A-922G T-786T组合基因型总体频率分布在高血压病组与正常对照组之间有显著性差异(P＜0.05,x2=4.5944).男、女性别分层研究:男亚组上述3个位点SNP的各个组合基因型分布频率在高血压病组与正常对照组之间无显著性差异(P＞0.05);女亚组中携带NOS3 G894G A-922G T-786C的组合基因型分布频率在高血压病组与正常对照组之间有显著性差异(P＜0.01,x2=8.502).研究发现,在中国汉族人群中NOS3A-922 G、NOS3 T-786C与NOS3G894T SNP与高血压病无明确的相关性,且无性别差异.组合分布研究发现,NOS3 G894G A-922G T-786C的组合基因型分布频率在高血压病女性亚组较健康女性亚组明显减低,提示携带该组合基因型女性人群可能不易患高血压病.     

汉族人群NOS3 A-922G、NOS3 T-786C 与NOS3 G894T SNP的等位基因及其组合分布与高血压的相关性

为了分析汉族人群一氧化氮合酶基因NOS3 A-922G、NOS3 T-786C 与NOS3 G894T单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）的等位基因及其组合分布与高血压病的相关性,选取无亲缘关系的高血压病人192例(男97例,女95例)以及无亲缘关系的健康个体122例（男76例,女46例）为对照组,提取静脉血白细胞基因组DNA,采用等位基因特异性引物PCR技术检测NOS3 A-922G、NOS3 T-786C 与NOS3 G894T 3个位点的基因型。其结果显示：高血压病组与对照组NOS3 G894T、NOS3A-922G及NOS3 T-786C各等位基因型及其基因单倍型频率比较无显著性差异(P>0.05)。男、女性别分层研究：无论男亚组还是女亚组均未发现NOS3 A-922G、NOS3 T-786C 与NOS3 G894T各个位点SNP与高血压病有相关性。等位基因组合分布研究发现NOS3 G894G +A-922G+T-786T组合基因型总体频率分布在高血压病组与正常对照组之间有显著性差异(P<0.05,χ2= 4.5944)。男、女性别分层研究：男亚组上述3个位点SNP的各个组合基因型分布频率在高血压病组与正常对照组之间无显著性差异(P>0.05);女亚组中携带NOS3 G894G+A-922G+T-786C 的组合基因型分布频率在高血压病组与正常对照组之间有显著性差异(P<0.01,χ2=8.502)。研究发现,在中国汉族人群中NOS3A–922 G、NOS3 T-786C 与NOS3 G894T SNP与高血压病无明确的相关性,且无性别差异。组合分布研究发现,NOS3 G894G+A-922G+T-786C 的组合基因型分布频率在高血压病女性亚组较健康女性亚组明显减低,提示携带该组合基因型女性人群可能不易患高血压病。     

利用DNA池和测序技术快速筛查SNPs及估算基因频率

选取产蛋性能具有明显差异的4个鸡品种(莱航鸡、阳山鸡、丝羽乌骨鸡和隐性白洛克鸡)构建品种DNA池,采用测序的方法研究鸡催乳素基因5′侧翼调控区远端序列(1028bp)的多态性,快速筛查到8个可能与产蛋性能相关的SNPs(C-2402T、T-2192C、C-2161G、C-2134G、C-2062G、G-2040A、A-1944G和C-1884A)。进一步利用测序图中SNP等位基因峰高的比值估算各鸡品种等位基因的频率,其中C-2402T、C-2161G、C-1884A和C-2062G、G-2040A位点等位基因频率的估算结果分别被PCR-RFLP、PCR-SSCP所验证,说明测序峰高比值估算等位基因频率的方法具有一定的可行性。     

人ACT1基因P7启动子的克隆及序列分析

克隆并测定人酰基辅酶A:胆固醇酰基转移酶1(ACAT1)基因P7启动子的序列,进一步探讨ACAT1基因表达的转录调控特点并分析其特异性转录位点。根据GenBank数据库提供的人A- CAT1基因P7启动子核苷酸序列,应用PCR方法从人单核细胞系THP-1扩增分离出ACAT1基因P7启动子全长片段,将PCR产物克隆入T载体,并对所获得的序列进行生物学信息分析。经琼脂糖凝胶电泳及直接测序鉴定,克隆的ACAT1基因P7启动子片段碱基序列与Gen Bank数据库一致。成功克隆了ACAT1基因P7启动子,为研究在动脉粥样硬化过程中AcAT1基因的转录调控机制奠定基础。     

载脂蛋白M启动子区域T-778C定点诱变与应用

通过改良PCR介导的定点诱变技术,经济且高效地对ApoM基因-778位点进行定点诱变,并运用萤光素酶报告系统检测其启动子活性的变化,探讨ApoM基因-778位点在ApoM基因启动子区域的作用.研究发现ApoM基因-778突变型片段启动子活性下降了两倍左右.ApoM基因T-778C突变体的构建,为进一步研究ApoM基因的功能打下了基础.     

拟南芥MLH1基因启动子甲基化作为镉胁迫生物标记物潜力评估

应用重亚硫酸盐测序技术,研究了镉(Cd)胁迫21 d后拟南芥幼苗错配修复基因Mut L-homologue1(MLH1)启动子甲基化的变化趋势。结果显示,拟南芥MLH1启动子区域为-346~+42(391 bp),含有71个胞嘧啶:16个Cp G、6个CHG(H为C、A或T)和49个CHH位点。对照植株Cp G、CHH和CHG位点的甲基化率分别为44.8%、40.5%和52.0%。随Cd胁迫浓度的增加,MLH1启动子区胞嘧啶位点发生超甲基化和去甲基化的位点数逐渐增加;这些位点的甲基化率均呈上升趋势,且均高于对照组(除CHG位点外)。MLH1启动子区域71个胞嘧啶中,Cp G6、Cp G9、CHH44和CHG4位点的甲基化多态性对Cd胁迫更敏感,且具有剂量-效应关系;其中0.25 mg·L-1Cd胁迫下,Cp G9位点为超甲基化,其甲基化变化率为20.0%,其他3个位点为去甲基化,其甲基化变化率分别为12.0%、20.0%和20.0%。相对于幼苗的其他生物学性状(叶片数、生物量及叶绿素含量),Cd胁迫下MLH1启动子甲基化变化更显著且敏感,上述4个胞嘧啶热点的甲基化多态性可作为检测Cd胁迫对植物遗传毒性效应潜在的、有效的生物标记物。     

白介素-18 基因多态性与黑龙江省汉族人群心房颤动相关性

目的:探讨白介素-18(IL-18)基因启动子区-137G/C(rs187238)位点和-607A/C(rs1946518)位点的等位基因、基因型、单体型与黑龙江省汉族人群心房颤动发病风险的相关性。方法:选取56例心房颤动患者和26例对照者,心房颤动患者按持续时间分为阵发房颤组和持续房颤组。采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序法(DS)对所选2个SNPs位点的基因型进行检测。结果:1黑龙江省地区汉族人群中IL-18基因启动子区-607A/C位点存在AA、AC、GG三种基因型,-137C/G位点存在CC、GC、GG三种基因型。2各心房颤动患者组与对照组间IL-18基因启动子区-137G/C(rs187238)位点和-607A/C(rs1946518)位点的基因型和等位基因频率比较均无显著性差异(P0.05)。3IL-18基因启动子区-137G/C(rs187238)位点和-607 A/C(rs1946518)位点有CA、CC、GA、GC四种单倍体型,各组单倍体型分布频率比较均无统计学差异(P0.05。4IL-18基因启动子区-137G/C(rs187238)位点和-607 A/C(rs1946518)位点的基因型和等位基因频率与AF患者的发病年龄均无统计学相关性(P0.05)。结论:IL-18基因启动子区-607A/C(rs1946518)位点和-137G/C(rs187238)位点不是黑龙江省汉族人群心房颤动的易感基因,可能与其心房颤动的发病风险无关。     

猪ANK1基因单核苷酸多态性与启动子区域活性分析

本实验旨在通过构建猪ANK1基因启动子序列的双荧光素酶报告基因系统,分析ANK1基因启动子活性,寻找ANK1基因启动子的核心区域,为下一步研究猪ANK1基因启动子序列SNP与活性之间的关系提供依据。利用Methprimer和Ali Baba2.1软件预测分析ANK1基因启动子区序列,预测其转录结合位点和Cp G岛。利用直接测序法,对广西巴马小型猪和长白猪共64个样品的ANK1基因启动子核心区域的单核苷酸多态性进行研究。双荧光素酶实验结果表明所预测的序列具有启动子活性,并寻找到启动子的核心区域;同时发现了16个SNP位点,它们分别是:-19、-133、-147、-187、-228、-246、-332、-360、-369、-468、-549、-550、-615、-696、-725和-798。     

人PRR11核心启动子区域NF-Y结合位点的定点突变分析

PRR11(proline-rich protein 11)是我们最近发现的一个新的肿瘤相关基因,在细胞周期和肿瘤发生等过程中起重要作用。该研究是在此前对PRR11启动子鉴定分析的基础上,对PRR11核心启动子区域中的核因子(nuclear factor Y,NF-Y)结合位点进行进一步的分析以确定其在PRR11转录调控中的作用。核苷酸序列同源性分析结果表明,PRR11核心启动子区域中的两个NF-Y结合位点在人、牛、大鼠和小鼠四个物种中均高度保守。共转染NF-Y表达质粒后,发现NF-Y的外源过表达可以明显提高PRR11的启动子活性。采用定点突变方法将PRR11启动子区域中的两个NF-Y结合位点单独或同时进行有效突变后,PRR11启动子活性明显下降,且NF-Y外源过表达对其启动子活性的激活效应也明显削弱甚至丧失。另外,对基因定点突变方法做出了改进,提出了一种更好的基于转录因子结合位点分析的碱基突变方法。这些结果表明,NF-Y结合位点是PRR11核心启动子区域中的重要的顺式作用元件,NF-Y可能通过调节PRR11的转录进而调节细胞周期和肿瘤发生等过程。     

一组中国河南汉族群体血管紧张素转换酶基因多态性与血清酶活性研究

为研究中国汉族群体血管紧张素转换酶(angiotensin-1 converting enzyme,ACE)活性、基因多态性分布及相互关系,用分光光度法检测496例汉族个体血清酶活性,PCR后的限制性酶切片段长度多态性(PCR-RFLP)法检测血管紧张素转换酶基因启动子区A-5466C、T-3892C、A-240T及编码区T1237C、G2215A、G2350A共6个SNP位点,以及第16内含子的A／u片段插入／缺失(I／D)和3’端4656(CT)。共8个多态位点的分布,同时用最大期望值(expectationmaximization,EM)算法估计基因连锁不平衡状态和单倍型结构。结果发现,上述8个多态存在于常见的9个单倍型中,其中两种最常见的单倍型为A(A-T-A-T-G-I-A-3)和B(C-C-T-C-A-D-G-2),A和B在每个位点都不相同。最大简约法分析提示本群体可被分为3个进化簇,Ⅲ簇最有可能由Ⅰ簇和Ⅱ簇产生。ACE基因各位点多态性在个体中的分布与血清中ACE活性有关,组成单倍型A的各等位位点与血清中ACE低活性有关,单倍型B的各等位位点与血清中ACE高活性有关。研究结果提示,本群体中ACE基因存在连锁不平衡,有两种主要的单倍型,单倍型B可能与导致ACE升高的数量性状(QTL)关联,但确定具体的数量性状位点还需绘制精细物理图谱。     

黄曲霉菌aflR基因启动子序列变异与黄曲霉毒素产生相关联

为探讨黄曲霉菌aflR基因启动子序列变异与黄曲霉毒素产生的关系,收集黄曲霉菌、米曲霉菌和寄生曲霉菌若干株。在有利于黄曲霉毒素产生的条件下培养后,提取各菌株的总RNA,RT-PCR法检测aflR基因的mRNA表达水平;并应用ELISA法检测各菌株产生黄曲霉毒素B1的情况。提取各菌株的基因组DNA,PCR扩增aflR基因启动子序列并测序。应用基因分析软件将不产毒素的黄曲霉菌与产毒黄曲霉菌的aflR基因启动子序列进行比较,找出不产毒菌株aflR基因启动子序列的变异位点。ELISA法和RT-PCR法结果表明,产毒的黄曲霉菌菌株均有明显的aflR基因转录,而在2株不产毒的黄曲霉菌菌株中,一株aflR基因无转录,另一株仅有较低水平的转录。序列比较结果表明,不产毒黄曲霉菌菌株的aflR基因启动子序列存在如下共同变异位点:-90、-236、-253、-262、-282位。米曲霉菌产生黄曲霉毒素B1和aflR基因转录的检测均为阴性,并且其aflR基因启动子序列中存在与上述不产毒黄曲霉菌菌株相同的变异位点。寄生曲霉菌产生黄曲霉毒素B1和aflR基因转录的检测均呈阳性,并且其aflR基因启动子序列的上述5个位点与产毒黄曲霉菌完全一致。在不产毒素的黄曲霉菌aflR基因启动子序列中发现了5个共同变异位点,实验结果提示这些变异位点可能与黄曲霉毒素的产生有关。