人肠道病毒EV-D68的研究进展

人肠道病毒D68型属于小RNA病毒科、肠道病毒属、D组病毒,1962年发现于美国加利福尼亚州儿童鼻咽拭子中,后来罕有报道。近年来该病毒在全球多个国家引致暴发,并出现以呼吸及中枢神经系统疾病为主要症状的重症患者,因而引起广泛关注。然而,EV-D68暴发的缘由尚不清楚,当前迫切需要研发特异有效的预防及治疗药物来遏制病毒的危害。本文就EV-D68已有研究进展作一综述,为该病毒后续研究提供依据。     

肠道病毒68型的研究进展

2014年,在美国暴发了肠道病毒68型(enterovirus D68,EV-D68)感染相关的急性呼吸道疾病,引起全球对EV-D68的广泛关注。EV-D68属于小RNA病毒科肠道病毒属,然而其某些生物学特性和流行规律却与典型肠道病毒不同。EV-D68可通过呼吸道传播,重症患者可表现与脊髓灰质炎相似的神经系统症状,且有一定的死亡率。该病原在世界多个国家和地区的流行为世界公共卫生安全提出了挑战。现对EV-D68流行概况、分子流行病学、血清中和抗体、交叉保护等方面的研究进展作一综述。     

安阳地区2013年手足口病柯萨奇病毒A6 VP1基因特征研究

为了解2013年安阳地区手足口病病原谱组成特点及柯萨奇病毒A6(CV-A6)VP1基因特征,采用实时荧光逆转录PCR方法对全年采集的临床手足口病例的479份粪便标本进行检测和分型,统计各型肠道病毒阳性标本数量及比例。对10份CV-A6阳性标本VP1基因进行扩增测序以获得全序列。使用BIOEDIT 7.2和MEGA 5.1软件对获得序列和NCBI数据库中检索到的参考序列进行VP1基因核苷酸、氨基酸相似性及系统发育分析。研究结果显示,检出肠道病毒阳性标本共429份,其中CV-A6阳性标本为90份,占全部阳性标本的比例为20.98%,这是安阳地区首次记录非CV-A16和EV-A71型肠道病毒列居手足口病病原谱第二位,成为手足口病主要病原之一。将成功获得的10条VP1序列与CV-A6原型株Gdula比较,发现安阳序列与Gdula VP1基因的核苷酸、氨基酸序列差异皆较大。与河南历史株HN421(2011)比较,发现有4条本地序列与HN421的核苷酸、氨基酸序列差异较大,其余6条与HN421差异较小。系统发育树显示,全部49条CV-A6序列共形成A、B、C、D四个分支。其中D分支可进一步分为D1和D2两个亚分支。安阳地区获得的10条CV-A6序列中,有6条属于D1亚分支,4条属于D2亚分支。     

人体肠道病毒组学研究进展

人体微生物组计划开展近10年来,大量的研究显示人体微生物通过各种方式深刻地影响着人体健康。人体肠道内丰富多样的病毒构成了肠道病毒组,是人体微生物组的重要组成部分,和人体健康密切相关。本文综述了近些年国际上人体肠道病毒组研究的最新进展,分别从人体肠道病毒组的组成特征、肠道病毒组-细菌组-人体间的相互作用及其对人体健康的影响、病毒组研究的技术策略及挑战等方面进行了论述,探讨了肠道病毒组在人体疾病预防和治疗领域应用的可行性。     

人体肠道病毒组的研究进展

人体肠道微生物包括细菌、真菌、古细菌和病毒等，肠道病毒组的基因组约占肠道微生物总DNA的5.8%，病毒的数量在所有肠道微生物中排名第二，且多样性高。受高比例细菌基因组的影响，很难直接从宏基因组数据中深入分析肠道病毒组。随着病毒样颗粒（VLPs）富集技术的出现以及高通量测序技术的迅速发展，近年来对肠道病毒组的研究越来越多。基于VLPs，发现真核病毒、植物相关病毒和噬菌体是肠道病毒组的主要组成部分，而且未知病毒序列占比高达81%～93%。现阶段病毒组富集扩增方法主要有超速离心、单引物扩增和多重置换扩增等。疾病特异性研究表明，炎症性肠病、酒精性肝病和2型糖尿病等与饮食及肠道病毒组改变相关。本综述回顾了近十年对人类肠道病毒组的研究，总结归纳了目前肠道病毒组的构成、研究方法及与人体健康的相关性，探讨了未来肠道病毒组的研究方向，力求为后续的研究提供新思路。     

人体肠道病毒群的宏基因组学研究进展

随着高通量测序技术的发展,与人体共生的微生物群成为当今研究的热点。肠道微生物群是人体最庞杂且重要的微生态系统,与人体健康密切相关。其中,肠道菌群与疾病的研究是热点,但是人们对肠道病毒群的关注较少。该文对人体肠道病毒宏基因组学的研究进行综述,介绍病毒宏基因组学的基本研究内容,以及研究面临的瓶颈问题,阐述利用宏病毒组学探索健康人体肠道病毒群组成的特征、肠道病毒群与某些人类疾病相关性的研究进展。     

基于RIVEM的人肠道病毒衣壳表面结构绘制流程

RIVEM是一款通过球面投射的方式在平面上绘制二十面体病毒衣壳结构的软件工具,因为开发时间较早,目前无法直接识别RCSB PDB数据库中绝大多数肠道病毒的三维结构文件。为此本研究发展了将RCSB PDB坐标体系转换到RIVEM PDB坐标体系的算法,开发了基于RIVEM的人肠道病毒衣壳表面结构绘制流程,并将该流程应用到PSGL-1和SCARB2这两个重要的肠道病毒受体的研究中。结果显示:构建的流程成功的绘制了RCSB PDB数据库中人肠道病毒的衣壳表面结构。与PyMol相比,RIVEM绘制的衣壳表面结构具有信息量更大,更便于研究衣壳与受体和抗体之间的相互作用关系等优点。对于广大非结构生物学专业的病毒学研究者来说,该流程能够促进RIVEM在衣壳与受体、抗体和抗病毒药物的相互作用、抗原表位、结构蛋白变异的监测以及肠道病毒致病机制等研究领域中的应用。该流程也能直接推广到包括脊髓灰质炎病毒、甲肝病毒和口蹄疫病毒在内的其他小RNA病毒的研究中。     

人肠道病毒D68型5′UTR间隔区域对下游基因表达的影响

【背景】人肠道病毒D68型(EV-D68)属于小RNA病毒科肠道病毒属人肠道病毒D组,在2014年8月至2015年1月间,该病毒引起的感染在北美显著增多,我国也出现流行。相对于原始的Fermon毒株,流行株5′UTR区域几乎都存在一两处缺失,在起始密码子ATG前还存在两处ataaca重复序列,这两处位点的功能尚未见报道。【目的】探讨流行株5′UTR区域的缺失对下游基因表达的影响,以及ataaca重复序列的功能。【方法】通过序列比对分析现阶段流行株与原始毒株Fermon株5′UTR的差异以及保守区域,利用分子生物学方法缺失上述区域后,利用双荧光素酶报告系统分析5′UTR中上述区域对下游报告基因的影响。【结果】序列比对分析发现,目前流行的EV-D68毒株在对应于Fermon株基因组5′UTR的685-707区域发生了23个碱基的缺失,而部分毒株还在718-729区域发生了第二处缺失。荧光素酶结果显示,仅第一处缺失可以极大地提高下游基因的表达量,同时具有两处缺失则与野生型几乎相当,而仅缺失第二段序列则降低了下游基因的表达量。此外,还发现第一处缺失中的序列可能对下游基因表达起到了抑制作用,而靠...     

柯萨奇病毒B3基因组及其变异与心肌损伤的关系

肠道病毒感染是人类急性和慢性心肌炎的常见病因之一,而且也与人类扩张 型心肌病(DCM)的发生发展有密切关系 [1]}.病毒分离,血清学研究,免疫组化技术 、原位核酸杂交技术以及聚合酶链反应技术(PCR)均提示肠道病毒与心肌炎关系密切.最近 ,LI等 [2]}用肠道病毒特异性单克隆抗体,采用改良的免疫组化技术对心肌炎或DCM病人心 肌切片中肠道病毒抗原进行检测,此法直接证明了心肌炎或DCM病人体内确实有子代病毒产 生.但是,肠道病毒究竟通过怎样的机制引起心肌损伤还未阐明,推测可能有多种机制参与 .本文仅就肠道病毒(柯萨奇病毒B3,CVB3)基因组结构及其基因变异与心肌损伤的关系方面加以综述.     

肠道病毒溶瘤作用的研究进展

溶瘤病毒(oncolytic virus,OV)是一类能选择性地在肿瘤细胞中复制并且能够溶解肿瘤细胞,对正常组织细胞无损伤的自然状态或基因改造过的病毒。肠道病毒(enterovirus)是一类单股正链RNA病毒,包括脊髓灰质炎病毒(Poliovirus, PV)、柯萨奇病毒和埃可病毒等。研究证实多种肠道病毒具有溶瘤作用,如已在拉脱维亚等国上市的RIGVIR~?(埃可病毒7型,Echovirus 7, ECHO7),已进入Ⅱ期临床试验的柯萨奇病毒A组21型(Coxsackievirus A21, CVA21),以及处于临床前研究阶段的柯萨奇病毒B组3型(Coxsackievirus B3, CVB3)及PV等。现就有关肠道病毒的溶瘤作用作一概述。     

人肠道病毒复制子的研究进展

人肠道病毒(human enteroviruses,HEVs)感染人类并造成严重的健康问题。目前缺乏针对HEVs的特异性抗病毒药物,且预防HEVs感染的疫苗的种类有限。HEVs的基因组结构简单且保守,故基于病毒基因组结构的病毒复制子已成为研究HEVs的重要工具,可用于病毒的分子生物学特性、病毒与宿主的关系及抗病毒药物的筛选及疫苗的研发等方面。现就HEVs复制子的研究进展作一综述。     

病毒感染性疾病与肠道微生物关系研究进展

肠道微生物影响着人体的营养、代谢、免疫等多种生理活动,对人体健康有非常重要的影响.目前的研究表明,肠道微生物在病毒感染性疾病的感染及预后过程中发挥着重要的作用.本文分别总结了肠道病毒感染、非肠道病毒感染与肠道微生物的相互作用关系以及微生态调节干预病毒感染等内容,以期为相关研究的进一步深入和病毒感染性疾病的防治提供新思路...     

柯萨奇病毒B3型3D蛋白抗体的制备

肠道病毒3D蛋白是其RNA聚合酶。柯萨奇病毒B3型(coxsackievirus B3,CVB3)主要感染心脏,其3D蛋白在心肌表达中的时序和分布尚不清楚。本研究将通过聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)获得的CVB 3D片段插入pET28a(＋)的表达框,获得pET28a(＋)-3D重组质粒。异丙基 β-D-硫代半乳糖苷(isopropyl β-D-1-thiogalactopyranoside,IPTG)诱导pET28a(＋)-3D表达3D-His蛋白,十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)后,切胶,获得3D-His蛋白。3D-His蛋白加佐剂免疫新西兰大白兔制备3D蛋白多克隆抗体,蛋白免疫印迹法检测抗体效价及特异性。结果显示,本研究获得了高效价且特异性好的抗CVB3 3D蛋白抗体,可用于CVB3 3D蛋白功能的后续研究。     

复合益生菌体外抑菌杀病毒作用研究

采用平板抑菌法和液体试管法来研究复合益生菌对蜡样芽胞杆菌和伤寒沙门菌的作用。另外,通过提取复合益生菌与肠道病毒作用前后的总RNA并用RT-PCR扩增-琼脂糖凝胶电泳的方法来研究两者的作用。结果显示,复合益生菌对致病性蜡样芽胞杆菌和伤寒沙门菌具有明显的抑制作用,对肠道病毒具有杀灭作用。     

2018-2021年广东汕头手足口病病原谱及CVA6/CVA10基因特征分析

本研究旨在通过对手足口病（Hand, foot and mouth disease,HFMD）病例的病原学标本进行肠道病毒分型鉴定,和对CVA6和CVA10开展VP1基因全长序列分析,探究广东省汕头市HFMD病原谱及CVA6和CVA10基因进化特征,为当地HFMD肠道病毒监测及预警提供一定的技术支撑。将汕头市病原监测哨点医院2018-2021年的HFMD样本进行RT-PCR肠道病毒病原学分型,筛选出CVA6和CVA10样本进行VP1区全长基因扩增和测序,并通过系统进化分析、同源性和突变位点分析了解其遗传进化特征。结果显示,2018-2021年共监测到HFMD阳性样本706份,其主要病原体为CVA6和CVA10。CVA6和CVA10流行株分别属于D3和C2亚型。CVA6样本VP1核苷酸和氨基酸的相似性分别为91.37%～100.00%和92.79%～100.00%,与2010年的中国台湾株高度同源（GenBank:JQ946055.1）。CVA10样本VP1核苷酸和氨基酸的相似性分别为92.28%～100.00%和96.98%～100.00%,与2014年的广东株高度同源（GenBank...     

肠道病毒71型(EV71)反向遗传研究进展

反向遗传学技术实现了在DNA分子水平上对RNA病毒基因组的人工操作,在深入阐明基因组结构与功能、筛选研制新型基因工程疫苗及基因治疗等方面显示出良好的应用前景。本文对反向遗传学技术及在肠道病毒71型病毒中的应用进行了综述。1肠道病毒71型基因组结构及复制特征肠道病毒71型(Enterovirus type 71,EV71)是小RNA病毒科肠道属成员,其感染主要引起手足口病,还可能引起严重的神经系统疾病,如脑炎、无菌性脑膜炎和脊髓灰质炎样的麻痹等。根据EV71衣壳蛋白VP1区的核苷酸序列的不同,EV71可以分为A、B、C三个基因型,其中B型和C型又     

人肠道病毒D68型微复制子的建立

建立人肠道病毒D68型(EV-D68)微复制子体系。利用增强绿色荧光蛋白(EGFP)或萤火虫荧光素酶(FLuc)报告基因替换病毒编码区,通过酶切连接,构建EV-D68 T7和PolⅠ系统微复制子体系,获得重组质粒pT7-miniEGFP、pT7-miniFLuc、pHH21-miniEGFP、pHH21-miniFLuc和pHH21-miniFLuc_(ΔpolyC)。微复制子转染RD细胞,48h后荧光显微镜观察EGFP表达情况或用双报告系统检测荧光素酶表达水平。T7和PolⅠ系统微复制子均可表达报告基因,但PolⅠ系统荧光素酶表达水平是T7系统的5倍。并且病毒非编码区的PolyC区域对于病毒蛋白的表达起着重要的作用。本研究成功构建了EV-D68微复制子体系,为EV-D68非编码区功能研究提供工具。     

肠道病毒71型基因组中小干扰RNA的靶位点预测

肠道病毒71型（EV71）已经在世界范围内有过十多次大的爆发与流行,近年来EV71病毒的流行在亚洲逐渐呈上升的趋势,但是目前尚无有效的治疗措施,因此迫切需要一种治疗EV71的有效药物。本文采用生物信息学的方法,对人类EV71病毒三个不同株型（SHZH03,SHZH98和MS）RNA序列的局域二级结构进行了预测,并从这些病毒株的基因组中分别得到了长度在21～25nt的小干扰RNA靶序列碱基片段。这一结果将有助于治疗EV71药物的开发研究,对预防和控制EV71的爆发和流行也会有重要意义。     

2010年上海部分地区440例手足口病病例的病原谱及分子流行病学分析

本文旨在对上海部分地区2010年440例临床手足口病病例进行病原谱及分子流行病学特征分析,为上海地区手足口病防治工作提供依据.采集4所哨点医院440例手足口病病例的咽拭子、粪便和脑脊液标本,进行肠道病毒核酸检测、反转录-聚合酶链反应扩增、DNA测序和序列分子系统发生树分析.结果显示,引起手足口病的肠道病毒主要为肠道病毒...