林麝源蜡样芽孢杆菌SCBCM001株的分离鉴定及全基因组序列分析

【背景】细菌性疾病是林麝规模化养殖的重要制约因素,蜡样芽孢杆菌曾在林麝化脓灶中检出,但是目前对林麝源蜡样芽孢杆菌的研究报道很少。【目的】对分离自病死林麝肝脏中的一株疑似蜡样芽孢杆菌进行分离鉴定和全基因组序列分析,为林麝相关疾病的防治奠定基础。【方法】将病原菌纯化培养后,对病原菌进行生化试验、药敏试验和小鼠致病性试验;并通过第3代单分子测序技术进行全基因组测序,根据测序结果进一步评估物种间的亲缘关系,并进行基因功能注释和遗传进化分析。【结果】该病原菌经平均核苷酸相似度分类和系统发育树分析属于蜡样芽孢杆菌群,生化结果符合蜡样芽孢杆菌的一般特征,将分离菌株命名为SCBCM001。该菌株对小鼠的半数致死量为8.3×107 CFU,对大多数β-内酰胺类、四环素和磺胺异噁唑耐药,对氨基糖苷类、头孢氨苄、头孢哌酮和亚胺培南等药物敏感;全基因组测序结果表明该菌株的染色体大小为5292570bp,GC含量为35.37%,多位点序列分型显示该菌株属于ST427序列类型。在菌株SCBCM001基因组内发现hblA、hblC、hblD、nheA、nheB、clo和cytK等多种毒力因子,同时菌株携带对β-内酰...     

一株林麝源丙二酸盐克罗诺杆菌的分离鉴定及其全基因组序列分析

【背景】 克罗诺杆菌(Cronobacter spp.)作为食源性致病菌,常出现在新生儿患病的报道中,目前尚无在林麝中检出克罗诺杆菌的报道。【目的】 对分离自林麝肾脏的一株丙二酸盐克罗诺杆菌(C. malonaticus)进行鉴定和全基因组测序,为林麝相关疾病的预防治疗奠定基础。【方法】 将病原菌分离纯化后,依次进行生化试验、药敏试验、小鼠致病性试验及全基因组测序,以测序结果为基础,进一步分析群体进化、物种分型及基因功能注释。【结果】 该病原菌经过平均核苷酸一致性(average nucleotide identity, ANI)分类和系统发育树分析可知属于丙二酸盐克罗诺杆菌,生化结果符合克罗诺杆菌的一般特性。该菌株被命名为Dcc0527,对部分喹诺酮类药物、酰胺醇类药物、氨基糖苷类药物和β-内酰胺类药物敏感,对部分磺胺类药物和大环内酯类药物耐药;全基因组测序结果表明该菌株包含1个环状染色体和4个环形质粒,全基因组大小为1 257 547 026 bp,G+C含量为57.08%,多位点序列分型显示该菌株属于ST211序列类型。在菌株Dcc0527基因组内存在阿尔法霉素、氟喹诺酮、四环素等多种耐药基因,同时该菌株还存在Type IV pili、kpsD、iroN等多种毒力基因。菌株Dcc0527基因组的染色体和质粒中还存在3个比较完整的噬菌体区域。【结论】 从林麝肾脏分离得到一株丙二酸盐克罗诺杆菌,并获得了该ST211型菌株的全基因组序列,为林麝细菌性疾病的防治提供参考。     

林麝源支气管败血波氏杆菌FMDBb1株的分离鉴定及全基因组序列分析

【背景】呼吸系统疾病是圈养麝常见疾病之一,其中部分由支气管败血波氏杆菌引起,但目前关于林麝源支气管败血波氏杆菌的研究甚少。【目的】对分离自患病林麝鼻黏液的一株疑似支气管败血波氏杆菌进行分离鉴定和全基因组序列分析,为林麝相关疾病的防治奠定基础。【方法】将病原菌纯化培养后,通过菌落形态和生化试验初步鉴定病原菌类型,然后进行药敏试验和小鼠致病性试验以观察其耐药和毒力表型,最后对其进行全基因组测序,通过平均核苷酸一致性(Average NucleotideIdentity,ANI)比对在全基因组水平进一步评估物种间的亲缘关系,并进行基因功能注释和遗传进化分析。【结果】该病原菌经ANI分类属于经典波氏杆菌亚种,结合菌落形态和生化结果综合鉴定为支气管败血波氏杆菌,菌株命名为FMDBb1,药敏表型显示其对林可霉素、利福平及大多数β-内酰胺类抗生素耐药,对小鼠的半数致死量为8.55×106 CFU。全基因组测序显示该菌基因组大小为5 133 936 bp,基因功能注释显示其拥有强代谢能力,基因组内检测到65个经典波氏杆菌毒力因子,以及1个粉霉素和1个利福平的靶向耐药基因,同时发现19个插入序列和1个噬...     

林麝源酪黄肠球菌的分离鉴定及全基因组序列分析

【背景】 酪黄肠球菌(Enterococcus casseliflavus)为肠球菌属(Enterococcus)中的一种机会性致病菌,其广泛存在于自然界中,但是目前林麝源酪黄肠球菌的相关研究甚少。【目的】 对从病死林麝肝脏中分离出的一株酪黄肠球菌进行分离鉴定和全基因组测序,以期为林麝相关细菌性疾病的预防和治疗奠定基础。【方法】 将病原菌分离并纯化后,对其进行生化试验、药敏试验、16S rRNA基因分析和细菌载量试验,并根据全基因组测序结果进行耐药基因、毒力基因注释及遗传进化分析。【结果】 分离菌株经16S rRNA基因分析和平均核苷酸一致性(average nucleotide identity, ANI)分类后判断其为酪黄肠球菌,生化试验结果与酪黄肠球菌的一般特性相符合,将分离株命名为Dec0527。菌株Dec0527对头孢氨苄、氨曲南、丁胺卡那、妥布霉素等药物耐药,对多西环素、四环素、氯霉素、复方新诺明和部分β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类药物敏感。细菌载量结果表明菌株Dec0527对肝脏的侵袭力明显高于心脏、肺脏、脾脏和肾脏。该菌株的基因组长度为3 345 060 bp,G+C含量为42.55%。菌株Dec0527携带ebpC、tufA、groEL、cpsA、cap8E、psaA等多种毒力因子,同时还携带对万古霉素、环丙沙星等多种药物耐药的基因,菌株Dec0527对氨基糖苷类、大环内酯类和β-内酰胺类药物存在耐药基因与耐药表型不完全相符的现象。此外,菌株Dec0527基因组还包含2个环状质粒和一个比较完整的噬菌体区域。【结论】 从林麝肝脏分离出一株酪黄肠球菌并对其完成了全基因组测序及分析,为林麝相关疾病的防治提供了参考依据。     

一株兔源A型多杀性巴氏杆菌的分离鉴定和全基因组测序及分析

【背景】多杀性巴氏杆菌可导致猪肺疫、牛出血性败血症和兔出血性败血症等多种疾病,严重威胁多种动物畜牧养殖业的健康发展。【目的】重庆某兔场送检一批病死兔,为研究其病原和治疗方法,对病原进行了微生物分离和全基因组测序分析。【方法】从2022年重庆某兔场送检兔病料中进行细菌分离纯化、生化试验、16S rRNA基因鉴定、荚膜血清型分型、药敏试验和毒力基因检测,同时通过全基因组测序结果进行毒力、耐药基因注释和遗传进化等分子生物学信息分析。【结果】该菌为兔源A:ST74多杀性巴氏杆菌,命名为LXSS001,基因组序列上传到NCBI数据库(登录号为CP119523.1),药敏试验显示该菌对四环素、杆菌肽、复方新诺明和磺胺异恶唑耐药,对头孢噻肟、头孢哌酮和丁胺卡那等药物敏感。全基因组长度为2 480 671 bp,并注释到了58个毒力基因和9类药物的靶向抗药基因。通过联合建树表明其与3480株一致性最高。【结论】本研究完成了一株A型多杀性巴氏杆菌的分离鉴定和全基因组测序,并揭示了其与国内外其他分离株的进化关系,为多杀性巴氏杆菌的后续研究提供了参考依据。     

猪传染性胃肠炎病毒的分离鉴定及全基因组序列分析

采用ST细胞培养,免疫荧光、理化试验、中和试验、电镜观察等方法,从四川疑似猪腹泻病料中分离到1株猪传染性胃肠炎病毒,命名为SC-Y.分离株在ST细胞上盲传至第8代时可出现稳定的细胞病变,病毒滴度TCID50为10-3.664/0.05m1,中和指数为52.应用长链RT-PCR技术成功地扩增出了覆盖SC-Y株全长基因组的5个片段,通过BioEdit软件对测序结果进行拼接,确认SC-Y株基因组全长28 590bp,包括7个开放阅读框,基因组5非编码区长315nt,3'端非编码区长277nt.TGEV基因组系统进化树显示,SC-Y株与美国Purdue株可能来源于共同的祖先.     

一株花椒根腐病拮抗菌的分离鉴定及全基因组序列分析

【背景】花椒根腐病的防治一直是生产中难以解决的问题,优良生防菌的筛选是微生物菌剂研发的重要方向。【目的】解析花椒根腐病拮抗菌T-1的遗传信息,深入挖掘其拮抗基因簇资源,揭示该菌的拮抗机制。【方法】采用平板对峙法、形态观察、生理生化测定结合分子生物学等方法进行拮抗菌的分离鉴定,同时对菌株进行全基因组测序,并对其序列进行分析及比较基因组学分析。【结果】分离获得的菌株经鉴定为贝莱斯芽孢杆菌,编号T-1,该菌对花椒根腐病的抑制率可达72%,可使菌丝前端的生长严重受阻,抑菌谱检测和花椒根片的离体拮抗试验结果表明,拮抗菌T-1具有较广的抑菌活性且离体状态下对花椒根片具有一定的拮抗作用。其全基因组序列数据提交到NCBI的SRA数据库中获得登录号为SRX11086663,基因组总长为3 886 726 bp,GC含量为46.42%,全基因组中有4015个编码基因,占总基因组的89.74%,比较基因组学分析结果显示,菌株T-1与贝莱斯芽孢杆菌模式菌株FZB42相似性高,拮抗基因簇预测结果发现B. velezensis T-1基因组序列中有12个编码次级代谢产物基因合成簇,其中8个与已知功能基因簇高度相似...     

一株鸡传染性贫血病毒野毒株致病性及其全基因组序列比较

从山东某商品代肉鸡场表现生长迟缓的14日龄病鸡群分离到一株鸡传染性贫血病毒(CAV)C14株。C14株感染1日龄SPF鸡能抑制对禽流感病毒(AIV)的抗体反应,还能与禽网状内皮增生病病毒(REV)在免疫抑制上起协同作用。用PCR方法分段扩增出C14基因组的三条部分重叠片段,分别克隆于T载体并进行测序,拼接后得到其全基因组序列。测序结果表明,CAV-C14株基因组全长2298bp,含有3个互相重叠的开放阅读框和1个调控区。将C14与国内外已发表的CAV参考株基因组比较,同源性为97.2%~99.2%。序列比较表明CAV非编码区中含有的多个与复制及转录调控相关已知基序的序列都非常保守。CAV的3个编码基因VP1、VP2和VP3均有一定程度变异,以VP1变异性最大,且不同毒株间的3个蛋白质氨基酸序列的变异是互不相关的。     

安徽省新型冠状病毒分离鉴定和全基因组序列分析

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)作为引起全球新型冠状病毒肺炎疫情蔓延的病原体而受到广泛关注。安徽省自2020年1月起陆续出现990例新型冠状病毒肺炎确诊病例。为探索SARS-CoV-2分离培养和二代测序方法构建,了解该病毒在安徽省传播的变异情况,为药物筛选和疫苗研发等工作提供基础和依据,本研究选取1例新型冠状病毒肺炎确诊病例咽拭子样本接种Vero细胞进行病毒分离培养,并逐日观察细胞病变,经荧光定量PCR检测确认病毒分离培养结果;采用SARS-CoV-2全基因组捕获技术及二代测序对毒株进行全基因组测序,并通过DNASTAR Lasergene MegAlign v7.1.0和PhyloSuite v1.2.1进行序列比对和进化分析;将全基因组序列上传国家基因组科学数据中心鉴定变异位点。结果显示,样本接种Vero细胞第4d出现细胞病变,经荧光定量PCR检测确认为SARS-CoV-2毒株。该毒株基因组序列全长29 860bp,与SARS-CoV-2参比序列相似度均在99%以上,共有9个位点发生突变。与蝙蝠来源SARS样冠状病毒Bat Yunnan RaTG13相似度最高,为96.8%。本...     

莴苣花叶病毒浙江余杭分离物基因组全序列及其结构分析

测定了莴苣花叶病毒(LMV)浙江余杭分离物基因组全序列.此病毒分离物基因组由10*!080个核苷酸组成,具典型的马铃薯Y病毒科成员基因组结构,与已报道的欧洲、美国和巴西LMV核苷酸同源性为96.7%～98.8%,氨基酸同源性97.8%～99.0%.根据外壳蛋白氨基酸序列和5′端非编码区核苷酸序列分析比较及分子进化树分析,可将全球LMV分为西欧-加利福尼亚、希腊和也门3个类群.LMV有可能起源于加利福尼亚州向西欧,进而向希腊和也门扩展,浙江余杭LMV有可能来源于加利福尼亚州和西欧.     

辽宁部分地区生肉制品中小肠结肠炎耶尔森菌多位点序列分型及耐药分析

【背景】小肠结肠炎耶尔森菌(Yersinia enterocolitica)是一种人兽共患病原细菌,在我国分布广泛,可引起多种肠道症状以及全身性疾病,对人类和动物的健康造成威胁。【目的】了解辽宁省内部分地区不同畜禽生肉来源的小肠结肠炎耶尔森菌耐药表型、耐药基因、毒力基因及多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)特征。【方法】对辽宁省2018−2021年分离自市售生鸡肉、生猪肉和生牛肉三类食品样品的26株小肠结肠炎耶尔森菌进行药物敏感性试验和血清型鉴定,并通过全基因组测序技术进行遗传相关信息的分析。【结果】26株小肠结肠炎耶尔森菌对头孢唑啉(cefazolin, CFZ)的耐药程度最高,对多黏菌素E (polymyxin E, CT)全部中介耐药,对氯霉素(chloramphenicol, CHL)和庆大霉素(gentamicin, GEN)两种抗生素均为敏感。26株菌的毒力基因以ail⁻virF⁻yadA⁻ystA⁻ystB⁺型为主,存在一株ail⁺virF⁻yadA⁻ystA⁺ystB⁻基因型,来自猪肉样品。血清型以O:5为主,占比为84.6%,O:8和未分型的菌株占比均为7.7%。26株菌均携带CRP、rosA和rosB这3种相同的耐药基因,有14株携带vat(F)和blaA基因,2株携带qnrD基因。经MLST分析共获得21种ST型,其中ST150型、ST726型、ST848型、ST143型、ST820型各有2株,其余ST型各1株,同一聚类簇的ST型别,其毒力基因和耐药基因较一致。【结论】辽宁省不同生肉来源的小肠结肠炎耶尔森菌ST型分布较分散,携带多种耐药基因,存在一定的耐药风险。     

一株牛源多动物链球菌致病性及基因组特性分析

【背景】多动物链球菌(Streptococcus pluranimalium,Sp)最早于1999年由Devriese等报道,是一种具有广泛宿主来源的潜在人畜共患病原体。目前的研究中,该菌种已从牛、羊、猪、肉鸡等多个物种的感染组织中被分离确认。然而,目前对其致病性、耐药性和基因组学等相关研究较少。【目的】从牛呼吸道分离鉴定一株Sp菌,分析其致病性及耐药性;通过基因组测序分析,明确其基因组的基本特征及部分毒力因子和耐药基因。【方法】从患病牛鼻拭子分离菌株并进行16S rRNA基因测序鉴定,开展对兔致病性试验和药敏试验;通过Illumina测序、组装以获取该菌株基因组一般特征信息,进行Swiss-Prot、NR、GO、COG、KEGG、CAZy、TCDB、Pfam数据库注释并分析基因功能,并通过PHI、VFDB、CARD数据库注释该菌株的毒力因子及耐药基因。【结果】分离到一株多动物链球菌Bov5,可引起兔肺组织肺间隔增厚及炎性细胞浸润;药敏试验结果显示其对林可霉素和克林霉素耐药,对链霉素中介;全基因组测序组装后确定其基因组大小为2 038 579 bp (2.04 Mb),注释到的编码基因共计1 981个,注释到毒力因子100个,突变导致病原致病能力增强的基因28个,耐药相关基因83个。【结论】分离到一株具有较强致病性的牛源多动物链球菌,构建了菌株基因组框架图,挖掘出系列毒力和耐药相关基因,为进一步研究Sp致病基因和耐药基因奠定了基础。     

一株鳢源鰤诺卡氏菌致病性与全基因组分析

【背景】鰤诺卡氏菌是一种典型的条件致病菌,感染鳢、鲈等多种名优鱼类,易造成存在机体损伤或免疫机能下降的鱼持续性感染,给水产养殖业造成了巨大损失。【目的】了解临床分离鳢源鰤诺卡氏菌对乌斑杂交鳢（斑鳢♀×乌鳢♂）的致病性,并从全基因组层面了解该病原菌的基因组和致病因子信息,为鰤诺卡氏菌后续病原学及鰤诺卡氏菌病防治技术和疫苗的开发研究提供有利的数据支撑。【方法】鰤诺卡氏菌NK201610020通过回归感染试验和发病鱼靶器官组织病理分析,了解鰤诺卡氏菌的毒力和病理特征。通过对试验菌进行全基因组测序和比较基因组学分析,挖掘该菌的基因组与毒力特征。【结果】回归感染试验结果显示,除1.5×10³组外,其余5个感染组致死率高达90%,LD₅₀为1.079×10³ CFU/mL,说明试验菌毒力较强。组织病理学观察到肝、脾、肾呈现严重的病理损伤,而且有肉芽肿结构形成。试验菌全基因组测序发现,全基因组大小为8294329bp,GC含量为68.10%,共预测到编码基因7812个。比较基因组学分析发现,不同地区不同宿主来源鰤诺卡氏菌在基因组基础特...     

鸭疫里默氏杆菌流行菌株的分离鉴定及生物学特性

【背景】鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)是引起雏鸭、鹅、火鸡等多种家禽、野禽发生传染性浆膜炎的病原,在全世界范围内广泛存在,危害养禽业发展,造成严重的经济损失。【目的】了解国内RA的流行现状,探究该菌的生物学特性,更好地指导防控鸭疫里默氏杆菌病。【方法】对2020-2021年从山东省、河北省、广东省、山西省等地分离的RA疑似菌株进行PCR、生化和血清型鉴定,并根据药物敏感性结果分析耐药现象,根据半数致死量(median lethal dose,LD₅₀)测定结果分析致病力差异。【结果】共鉴定78株RA分离株,其中,血清1型4株、2型21株、10型11株、6型3株、7型17株,1株有交叉凝集现象,21株血清型未定型;药敏结果显示78株分离株对多粘菌素B、磷霉素、克林霉素等的耐药性最强,对头孢拉定、多西环素、呋喃唑酮、氟苯尼考等抗生素最为敏感,并且78株分离株均存在多重耐药性,其中77株耐药5重及以上;动物试验结果显示,RA的分离株致病力普遍较强,而且不同地区分离株、同地区不同分离株之间均存在差异,数株RA分离株的LD₅₀在10⁴-10⁷ CFU不等。【结论】RA在国内流行表现了强致病力及严重耐药情况,本研究结果为更好地预防控制、临床用药及后续致病机制研究提供了参考依据。     

鳖源铜绿假单胞菌的分离鉴定及多位点序列与全基因组分析

【目的】查明引起湖北仙桃某中华鳖养殖场中华鳖发病死亡的病原及其特征。【方法】本研究分离患病中华鳖的病原,并结合形态特征、生理生化试验、16SrRNA基因鉴定,鉴定分离菌株;通过人工回归感染试验、药敏试验、全基因组测序与分析对分离菌株的致病性和耐药性进行研究;通过多位点序列分型(multilocus sequence type,MLST)分析,对分离菌株的流行情况进行探究。【结果】从患病中华鳖肝脏等部分分离到3株优势菌株HX8、FG10和GC20,16SrRNA基因同源性和生化特征分析鉴定为铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)。回归感染试验证实该菌株是引起本次中华鳖患病的病原菌。3株分离株的药敏实验结果基本一致,均对诺氟沙星、恩诺沙星等8种抗生素敏感,对氟苯尼考、多西环素、磺胺异恶唑等6种抗生素耐药。MLST鉴定表明,3株分离株均属于序列型(sequencetype,ST)252型,eBURST分析进一步显示ST252型与一些ST共同构成了克隆复合体(clonal complexes,CC) CC252,且ST252是CC252的原始序列型(founder ST)...     

2016-2017年宁夏地区牛源金黄色葡萄球菌的全基因组分析

[目的]了解宁夏地区奶牛乳腺炎金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,SA)代表菌株的基因组序列基本特征,进一步探究其耐药基因型、毒力及进化关系,为兽医临床防治提供理论依据.[方法]采用纸片法对97株金黄色葡萄球菌临床分离株进行抗菌药物敏感性试验,同时进行葡萄球菌蛋白A(Staphylococcus...     

银色裂腹鱼线粒体基因组序列特征与系统进化分析

银色裂腹鱼(Schizothorax argentatus)在我国仅分布于新疆地区的伊犁河流域,是我国裂腹鱼类中珍稀濒危品种之一,具有较高的科研和经济价值。本研究采用高通量测序技术获得了银色裂腹鱼长度为16580 bp的线粒体基因组全序列,其基因组成和排列顺序均与典型的脊椎动物相似,共有13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码区(D-loop)。碱基组成分别为A(30.25%)、G(17.28%)、C(27.20%)和T(25.27%),呈现明显的AT偏好性和反G偏倚。tRNA基因中仅tRNA-Ser(GCU)因缺少二氢尿嘧啶茎而无法形成典型的三叶草结构。ND6基因的AT-skew和GC-skew值波动最大,揭示该基因经历的选择和突变压力可能与其他基因不同。银色裂腹鱼线粒体控制区包含了3个不同的结构域:终止序列区(ETAS)、中央保守区(CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-B)和保守序列区(CSB1、CSB2和CSB3),且在CSB3下游约50 bp处识别到鲤形目(Cypriniformes)鱼类中普遍存在的保守序列片段TT(AT)nGTG。基于28种裂腹鱼属鱼类线粒体基因组全序列构建的系统发育关系表明银色裂腹鱼分化时间较早,与其他类群亲缘关系较远,这可能与其所生活的水域地理位置和水文环境有密切关系。     

A transposon-like sequence with short terminal inverted repeats in the nuclear genome of Chlamydomonas reinhardtii

A 1.2 kb DNA sequence, flanked by a potential seven base target-site duplication, was found inserted into a TOC1 transposable element from Chlamydomonas reinhardtii. The insertion sequence, named TOC2, is a member of a family of repeated DNA sequences that is present in all the C. reinhardtii strains tested. It resembles class II transposable elements: it possesses short 14 bp imperfect terminal repeats that begin AGGAGGGT, and sub-terminal direct repeats located within 250 bp of the termini. No large open reading frames were found. The terminal bases and length of target-site duplication are important in classifying transposable elements. On this basis TOC2 does not fall readily into existing families of class II transposable elements found in plants.