基于线粒体Cytb基因全序列探讨两爪鳖和山瑞鳖的系统进化关系

采用PCR方法对两爪鳖(Carettochelys insculpta)和山瑞鳖(Pdea steindachneri)mtDNA的细胞色素b基因(Cytb)进行了扩增和测序,并结合GenBank中已公布的其它15种龟鳖类和两种鳄类的同源序列,进行了序列变异比较和系统发生分析.以凯门鳄和扬子鳄为外群,采用邻接(neighbor ioining,NJ)法、最大简约(maximum likelihood,ML)法和最大似然(maximum parsimony,MP)法重建分子系统树.结果均支持将龟鳖目分为3支:侧颈龟科(Pelomedusidae)(非洲侧颈龟Pelomedusa subrufa),两爪鳖科(Carettochelyidae)(两爪鳖Carettochelys insculpta)和一支由其它15种现生龟鳘类组成的进化支.在这里两爪鳘科被认为可能代表一新的亚目;而山瑞鳖聚于鳖科(Trionychidae)中,与中华鳌(Pelodiscus sinensis)最先聚成一支,再依次与马来鳖(Dogania subplana)、非洲鳖(Trionyx triunguis)、印度箱鳖(Lissemys punctata)聚成一组.     

齿缘摄龟线粒体基因组全序列与系统进化

采用常规PCR扩增并测序获得了齿缘摄龟(Cyclemys dentata)线粒体DNA(mtDNA)全序列,并研究了其基因组结构特点;根据20种龟的线粒体基因组重链蛋白编码基因序列,分别利用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(Bayesian)构建系统进化树,探讨这些龟鳖物种之间的系统进化关系。结果显示,齿缘摄龟线粒体基因组全序列长为16489 bp(GenBank登录号为JX455823),A+T含量为61.51%,编码37个基因,包括13个蛋白质编码基因,2个rRNA,22个tRNA和1个控制区(Dloop),基因组成与其他龟鳖类动物相似;非编码区D-loop长973 bp,包含1个中央保守区(CD),2个扩展终止结合序列区(ETASs),3个保守盒(CSBs);构建的MP树、ML树和Bayesian树的拓扑结构相似,闭壳龟属7种龟聚为一枝,拟水龟属6种龟聚为一枝,齿缘摄龟与黑桥摄龟聚在一枝,3种进化树均支持这些龟鳖物种现有的分类学地位。     

亚洲淡水和陆生龟鳖类12S rRNA基因片段的序列分析和系统发生研究

对亚洲产淡水和陆生龟鳖４科２３个种进行了ＤＮＡ序列水平的分子系统学研究，用ＰＣＲ技术扩增约４００ｂｐ的线粒体１２ＳｒＲＮＡ基因片段进行了序列分析，合并从ＧｅｎＢａｎｋ中检索到的其它龟鳖类的序列数据，在基于二级结构的对位排列基因上用邻结法地系统发生研究。结果表明，潮龟科与陆龟简拼要缘关系比龟科与陆龟科的近；支持将平胸龟属归为鳄龟上属；潮产是并系起源，从１２ＳｒＲＮＡ基因序列得到的系统发生关系不支持根     

龟鳖类线粒体全基因组的比较研究

在基因组水平上,比较分析了已登录GenBank的19种龟鳖类线粒体全基因组的结构特征．结果表明：1）除平胸龟、扁陆龟外,其余17种龟鳖类线粒体基因组结构、基因排列顺序均与典型的脊椎动物相似,显示龟鳖类线粒体基因组在进化上十分保守：2）19种龟鳖类线粒体全基因组和各部分的碱基组成均表现出高AT、低G含量的偏向,在控制区中表现尤为明显：3）除中华鳖和白腹摄龟外,其余种类的某些蛋白编码基因中都存在一个或多个额外插入的核苷酸：4）除侧颈龟亚目的非洲侧颈龟外,其余18种曲颈龟线粒体DNA的“WANCY”区中都存在轻链复制起始点（OL）,且它们的二级结构、核苷酸组成高度保守,推测该结构可能是曲颈龟亚目的一个共同特征：5）部分龟鳖类线粒体基因组控制区3’端存在大片段（200～450bp）的重复序列,某些龟鳖类中有由（AT）构成的微卫星序列,并且这些拷贝序列在种间表现出一定的差异,其可作为特异的分子标记,对于龟鳖类动物系统学的研究、亲缘关系的鉴定、物种多样性的保护和研究等方面具有重要的参考价值．     

基于CO Ⅰ基因的龟鳖目动物鉴定与分类进化分析

为探索COⅠ基因条形码技术在龟鳖目物种分类与鉴定中的适用性,本研究应用通用引物PCR扩增获得龟鳖目动物9科26属45种共205个样品的634 bp COⅠ基因序列片段进行研究分析。结果显示,COⅠ基因在龟鳖目动物中存在少量的碱基插入和缺失,共计12种20个位点,物种占比34.28%;平均碱基含量(A+T)为55.42%,显著高于(G+C)的44.58%。通过Kimura's 2-parameter计算45个物种的种内遗传距离为0～0.023 98,平均为0.003 2;种间遗传距离为0.022 3～0.334 9,平均为0.1 637,种间平均遗传距离约为种内平均遗传距离的51.16倍;有3个物种的种内遗传距离大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离0. 02,其中1个物种的种内遗传距离大于45个物种的种间最小遗传距离0.022 3。同科内不同属间及同目内不同科间的遗传距离分别为0.146 7、0.212 7,显示物种间遗传距离随着分类阶元的上升而逐步扩大。系统进化树聚类结果显示,不同个体依据亲缘关系程度不同分别聚为独立的一支,没有出现物种交叉分布,能准确反映个体间的亲缘关系。结果表明利用COⅠ基因鉴定龟鳖目物种具有可行性,但科内属间及以上分类阶元进化节点自展率不高,无法通过COⅠ基因明确其进化关系,须结合其他DNA指标加以确认。     

龟鳖目淡水龟科系统发生关系的研究进展

淡水龟科是龟鳖目中物种数目最多、形态变异最多样的一个类群。其早期的系统学研究主要依据形态学和细胞学的特征,近年来,随着分子数据的不断增多,结合形态学等方法,淡水龟科系统发生学研究取得了诸多进展,但至今尚未有一致的结论。本文主要对近年来有关淡水龟科起源的单系性问题;潮龟属、闭壳龟属和拟水龟属重划分问题;潮龟属、草龟属和小棱背龟属属间关系问题;齿缘龟属、果龟属和东方龟属属间关系问题;齿缘龟属和木纹龟属属内种间关系问题研究进行了文献综述,以期为淡水龟科的系统发生关系和物种保护等研究提供参考。     

新疆艾比湖湿地国家级自然保护区发现四爪陆龟

正四爪陆龟(Testudo horsfeldii)又名草原龟,俗称旱龟、鳖盖,隶属于爬行纲(Reptilia)龟鳖目(Testudoformes)陆龟科(Testudinidae)陆龟属(史海涛1998)。四爪陆龟的标本最早由新疆大学许设科等于1957年在新疆伊犁州霍城县芦草沟乡采集(许设科等1984),并于1973作为中国新记录种首次报道(赵尔宓1973)。该物种目前在中国已知的分布区仅局限于新疆霍城四爪陆龟国家级自然保护区,其他地     

缅甸陆龟线粒体全基因组的测序及分析

本文参照近缘物种的线粒体基因组序列,设计17对特异引物,采用LD-PCR、PCR及测序技术获得了我国广西产缅甸陆龟的线粒体全基因组序列,分析了其基因组特点和各基因的定位。结果表明:缅甸陆龟线粒体基因组全长为16813bp,碱基组成为35.30%A、26.47%T、12.09%G、26.14%C,包括13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码基因控制区(D-Loop区)。缅甸陆龟线粒体基因组各基因长度、位置与典型的脊椎动物相似,其编码蛋白质区域和rRNA基因与其它脊椎动物具有很高的同源性,显示龟类线粒体基因组在进化上十分保守。将缅甸陆龟的线粒体基因组序列提交到GenBank,获得的检索号为DQ656607。本文还结合GenBank中已发表的其它16种龟鳖类动物的线粒体基因组序列,探讨龟鳖类动物不同科间的系统进化关系。     

哺乳动物朊蛋白基因序列变异及其系统发育意义

以朊蛋白基因(PRNP)为研究对象,从GenBank中选取代表哺乳动物的17目61属共84个物种PRNP的编码区序列,分析了该基因的结构及其在不同层次分类阶元间的进化关系.发现由于在基因内序列重复区存在插入或缺失,PRNP的编码区长度在哺乳动物不同目的物种间存在差异.在终止密码子的使用上不同目的物种之间存在明显的偏好性, TGA和TAG是哺乳动物PRNP最常用的终止密码子,只有奇蹄目的5个种和有袋目袋鼠科的2个种是使用TAA终止.所有84条序列呈现了较高的核苷酸多样性(10.54%).以PRNP为分子标记构建的系统进化树总体上是和以往研究一致的,结果表明PRNP可以应用于哺乳动物较高分类单元的系统进化研究,但对于能否用于种间和种内不能肯定.最后应用系统进化树对尚未有患病报道的哺乳动物的患病可能性进行了预测.     

湖南省永州都庞岭自然保护区爬行动物群落结构的调查研究

本文报道了湖南永州都庞岭自然保护区的４１ 种爬行动物, 它们隶属２ 目,１２ 科, 其中龟鳖目３ 科（平胸龟科、龟科、鳖科） ３ 种; 有鳞目中的蜥蜴亚目５ 科（鬣蜥科、壁虎科、石龙子科、蜥蜴科、双足蜥科） ８ 种;蛇亚目４ 科（闪鳞蛇科、游蛇科、眼镜蛇科、蝰科） ３０ 种。保护区内的爬行动物有１２－２％ 属广布动物, ８７－８％ 属东洋界种类。     

广州市花地湾市场龟鳖类调查

通过对广州市花地湾花鸟鱼虫市场贸易龟鳖类进行为期3年27次调查,共记录了9科29属41种或亚种,包括鳖科(Trionychidae)2属2种,两爪鳖科(Carettochelyidae)1属1种,龟科(Emydidae)4属5种,淡水龟科(Geoemydidae)10属18种,侧颈龟科(Chelidae)3属3种,动胸龟科(Kinosternidae)2属3种,鳄龟科(Chelydridae)2属2种,陆龟科(Testudinidae)4属6种,海龟科(Cheloniidae)1属1种。其中,国内龟鳖类共13种,外来物种共28种。受保护种类30种,所占比例达73.17%,部分龟类来源为野外捕捉。大量实体商家转入互联网进行精确营销,尤其是针对高价值的濒危种类,未来将着重对该隐蔽领域进行深入调查。     

中国鳖属的分类历史简述

鳖属Pelodiscus隶属于鳖科Trionychidae,是我国分布较多的龟鳖类动物.现生龟鳖类物种繁多,中国已报道了鳖属动物4种,分别是中华鳖Pelodiscus sinensis、东北鳖Pelodiscus maackii、砂鳖Pelodiscus axenaria和小鳖Pelodiscus parviformi...     

12个物种miR-302基因簇的生物信息学分析

很多microRNA (miRNA)基因在基因组上聚集排列形成miRNA基因簇.miRNA基因簇在进化上较为保守,有其特殊的生物学意义.miR-302基因簇在胚胎干细胞中特异表达,对胚胎干细胞的自我更新和多潜能维持有重要的作用.本文采用miRBase数据库查询和BLAST同源搜索方法共搜寻并分析了12个物种的miR-302基因簇.生物信息学分析表明,这些物种miR-302基因簇均位于LARP7蛋白基因的内含子区,但转录方向与LARP7基因转录方向相反.序列相似性分析显示,同一物种miR-302簇成员间以及不同物种相应miR-302簇成员间相似性均较高.进化分析表明,基因复制可能是miR-302基因簇进化的主要驱动力.     

乌龟线粒体全基因组序列和结构分析

龟鳖类同其它类群脊椎动物的系统进化关系一直存在争论。为进一步从分子水平上探讨这一问题,本文参照近源物种的线粒体基因组,设计了16对特异引物,采用PCR产物直接测序法测得了乌龟线粒体基因组全序列。结果表明:乌龟线粒体基因组序列全长16576bp,包括2个rRNA基因、22个tRNA基因、13个蛋白质编码基因和1个非编码控制区。乌龟线粒体基因组结构和基因排列顺序与其它龟鳖类相同,在“WANCY区”包含一个“stemloop”结构,ND3基因174位点存在一个额外插入的腺苷酸(A)。本文通过比较分析结构基因在主要脊椎动物类群中的排列顺序,探讨了龟鳖类与其它主要脊椎动物类群的系统进化关系     

叶绿体基因infA-rpl36区域在小麦族物种中的序列变异分析

利用小麦叶绿体基因组中infA-rpl36区域的序列设计引物, 对小麦族(Triticeae)的12个二倍体和多倍体的物种进行了PCR扩增和序列测定, 获得了长度为584～603 bp的12条DNA序列。序列分析表明, 供试物种在infA-rpl36基因间隔区的核苷酸变异明显高于基因编码区。基因编码区核苷酸序列同源性高达97%, 表明了目标片段具有高度的保守性。但在5个物种的infA编码区出现了较大的插入、缺失突变, 导致推导的氨基酸序列也发生了很大的变化, 证实了infA基因是叶绿体基因组中最活跃的基因之一, 而rpl36基因的变异较小, 说明不同叶绿体基因的进化速度是不同的。基于测定序列建立的种系树分析发现, 多倍体物种中间偃麦草(Thinopyrum intermedium)具有多种不同的细胞质起源, 与核基因组一样在进化上较为复杂。     

汉寿中华鳖线粒体细胞色素b基因克隆及其遗传多样性分析

本文以汉寿中华鳖为研究材料,比较分析中华鳖线粒体细胞色素b基因(Cytb)与瑞鳖、砂鳖等的差异,为探讨其进化与遗传分子标记奠定实验基础。采用PCR技术,克隆汉寿中华鳖Cytb基因的序列,并检测其在不同组织以及不同生长发育时期的表达模式,最后通过分子进化树分析中华鳖与砂鳖的亲缘关系。通过克隆发现中华鳖细胞色素b基因的mRNA开放阅读框含有1 140 bp,其碱基组成为A+T的含量(61. 1%)高于G+C(38. 9%),编码379个氨基酸残基的序列。与山瑞鳖和砂鳖氨基酸序列比较发现,中华鳖与瑞鳖和砂鳖均存在一定差异; Cytb基因在中华鳖不同组织和各个不同发育时期中均有表达,且在精巢组织中表达量最高,在不同时期阶段呈"低-高-低"曲线表达模式;分子进化树分析发现汉寿中华鳖与砂鳖具有较强的亲缘关系,但是在Cytb中仍存在差异,所以能够很好的把它们区分开来。此外汉寿中华鳖与哺乳动物、鱼类和爬行类均存在巨大差异。结果表明,Cytb基因在探讨汉寿中华鳖的进化与遗传分子标记中具有重要意义,可作为分析中华鳖种属进化系统发育特性和群体遗传多样性的标记基因。     

中华鳖线粒体基因组序列分析

参照近源物种线粒体基因组序列,设计17对特异引物,采用PCR产物直接测序法测得中华鳖线粒体基因组全序列.初步分析其基因组特点和各基因的定位,用pDRAW32软件预测12种限制性酶对其的酶切图谱.结果表明,中华鳖线粒体基因组全长17364bp,核苷酸组成为35.23%A、27.26%T、25.73%C、11.78%G,包括13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码控制区.基于线粒体基因组编码的13个蛋白质的氨基酸序列,用NJ法和MP法构建系统进化树,分析6种龟鳖类动物之间的亲缘关系,与传统的系统分类基本一致,初步确定淡水龟科与海龟科的亲缘关系比与龟科的亲缘关系要近.     

中国龟鳖物种多样性及濒危现状

本文对1949年以来我国龟鳖动物的新种和新记录、物种多样性和名录变化状况作了述评,分析了中国龟鳖物种多样性的特点及濒危现状。我国现存龟鳖动物1目6科21属41种。     

鳄龟科和平胸龟科线粒体控制区序列分析和结构比较

本文参照龟类近缘种的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)控制区(control region,CR)及邻接序列,设计了二对特异引物,采用PCR和测序技术,获得了大鳄龟(Macroclemys temminckii)、小鳄龟(Chelydra serpentina)和平胸龟(Platysternon megacephalum)mtDNA CR区序列,其长度分别为1062bp、1124bp和1119bp;A T的含量分别为68.93%、69.34%和69.44%。序列分析显示,三种龟CR区3'末端均存在丰富的微卫星序列,其中大鳄龟和小鳄龟各有一段2bp的TA序列分别重复20和15次;小鳄龟另有一段5bp的TATAT序列重复13次;平胸龟则是一段10bp的AGTATGTTAT序列重复4次和一段17bp的GTTGTTATATAACATAT序列重复13次。本文还结合GenBank中已发表的其他6种龟鳖类动物的控制区序列,探讨了龟鳖类动物微卫星序列的类型及分布,结果表明:9种龟鳖类动物都存在丰富的微卫星序列,且微卫星所在位置及序列存在很大差异。     

龟鳖类锥虫两新种（动体目：锥体科）

龟鳖类锥虫的研究,国内外均比较少。本文记述了在中华鳖和乌龟血液中发现的两新种,鳖锥虫和龟锥虫。这是国内首次对龟鳖类锥虫研究的报道。