测定λ原噬菌体诱导频率的新方法

本文报道两种测定λ原噬菌体紫外诱导频率的新方法 - 菌落计数法和平板诱导法.将溶源菌液经紫外诱导暗培养稀释后直接涂布在平板上培养,根据平板上菌落形成单位数计算λ噬菌体紫外诱导频率.另一种是将溶源菌与指示菌混合制备的平板用紫外线诱导,根据平板上噬菌体形成单位确定λ噬菌体紫外诱导频率.这两种方法不仅能准确测定噬菌体紫外诱导频率,而且操作简便,节省时间和用具,重复性好.本研究还将冬虫夏草浸出汁与溶源菌混合后进行紫外辐射,通过几种方法进行比较,结果证明建立的新方法确实可行,易操作;同时也表明冬虫夏草具有较强的抗紫外辐射作用.     

噬菌体φ297切除酶(xis)基因的克隆和序列分析

目的:克隆噬菌体φ297 切除酶(xis)基因,并对其进行遗传与变异研究。方法:提取埃希氏大肠杆菌O157:H7 菌株EH297染色体DNA,采用步移PCR方法寻找目的基因,并通过克隆、亚克隆、DNA测序等分子生物学方法获得切除酶基因,通过序列分析软件对此基因进行分析。结果:克隆获得噬菌体φ297编码的切除酶基因(xis)的完整序列,它的长度是255 bp,编码了一个84个氨基酸组成的蛋白质(Xis),将它们的序列与λ噬菌体的切除酶家族的其它成员进行了比较。其结果是噬菌体φ297的切除酶基因(xis)与噬菌体VT1-Sakai的切除酶基因(xis)只有4个核苷酸的不同,而Xis蛋白与噬菌体VT1-Sakai的Xis蛋白是一样的,与噬菌体933W的Xis蛋白只有47.2%的相似性。结论:噬菌体φ297编码的切除酶基因(xis)与λ噬菌体的切除酶基因同源。     

改进大肠杆菌(E.coli)局限性转导实验的探索

在大肠杆菌(E.coli)局限性转导(restricted transduction)实验中,通常用λ噬菌体特异性转导半乳糖发酵基因(gal)的现象来说明转导的基本原理和掌握转导实验的基本方法。近年来,我们在指导学生进行这一实验过程中,对实验菌株的选择、噬菌体(λ)的诱导、噬菌体裂解液的效价测定和进一步提高转导频率等方面进行了一些改进,收到了较好的效果。本文     

recA基因的克隆及其在λ溶原菌中的生物学功能

通过一对自行设计的引物,以E. coli染色体DNA为模板进行PCR扩增,获得完整的recA基因.将PCR产物和pUC18在体外进行连接后,并分别转入E. coli DH5α和E.coli k12(λ+),筛选出含重组质粒(pUR4)的转化子.在诱导条件和非诱导条件下,分别测定recA基因在不同转化子中的生物学功能.结果表明recA基因在溶原菌中表现出明显的生理功能,能使λ原噬菌体从溶原状态进入裂解循环.这种重组质粒将在进一步研究λ原噬菌体的诱导机理以及受紫外辐射损伤细胞的修复作用等方面成为有效的工具.     

噬菌斑电子图像的计算机处理及其自动计数

噬菌斑平板计数是微生物学理论研究与实际应用中常用的方法之一.但由于平板上噬菌斑与背景反差小,而且往往出现几个噬菌斑相连,计算机识别时出现较大的误差,因此噬菌斑计数目前仍为人工方法.本文以λ噬菌体为材料,感染E.coli宿主细胞,获得噬菌斑.然后将噬菌斑制成电子图像.抽取图像中有代表性的区域,利用分水岭算法对图像进行分割处理,将相连的噬菌斑分割成单独的噬菌斑,然后利用基于区域生长法进行计数,结果与人工计数完全相同,表明我们建立的新方法可以用于噬菌斑计算机自动计数.     

测定λ原噬菌体诱导频率的新方法

本文报道两种测定λ原噬菌体紫外诱导频率的新方法—菌落计数法和平板诱导法。将溶源菌液经紫外诱导暗培养稀释后直接涂布在平板上培养 ,根据平板上菌落形成单位数计算λ噬菌体紫外诱导频率。另一种是将溶源菌与指示菌混合制备的平板用紫外线诱导 ,根据平板上噬菌体形成单位确定λ噬菌体紫外诱导频率。这两种方法不仅能准确测定噬菌体紫外诱导频率 ,而且操作简便 ,节省时间和用具 ,重复性好。本研究还将冬虫夏草浸出汁与溶源菌混合后进行紫外辐射 ,通过几种方法进行比较 ,结果证明建立的新方法确实可行 ,易操作 ;同时也表明冬虫夏草具有较强的抗紫外辐射作用     

双峰驼源天然噬菌体纳米抗体展示库的构建及抗GDH纳米抗体筛选

目的:构建噬菌体天然纳米抗体展示库,以期用于筛选不同抗原分子的纳米抗体筛选平台,并用艰难梭菌谷氨酸脱氢酶(GDH)抗原筛选靶向GDH的纳米抗体,对所构建的噬菌体天然纳米抗体展示库进行验证。方法:采用Oligo DT提取双峰骆驼脾脏总RNA进行反转录,通过巢氏PCR获取全套重链可变区基因,将其构建到噬菌粒pCANTAB5E载体,经多次电转化至E. coil TG1构建初级噬菌体抗体库,经辅助噬菌体拯救后构成噬菌体展示库,并对噬菌体展示库的库容及多样性进行分析和鉴定。同时以GDH为靶向抗原对文库进行淘筛,计算淘筛回收率,并对第三轮淘筛后平板的单克隆进行ELISA鉴定。结果:构建的天然噬菌体纳米抗体库的插入率为95%左右,随机挑取的9个克隆氨基酸同源性为66. 17%,经MEGA分析后具有较好的多样性,同时经辅助噬菌体拯救后,得到的噬菌体展示库滴度为4×10~(12)CFU/ml。在三轮淘筛过程中,回收率逐步升高,噬菌体得到了有效的富集,同时对阳性克隆进行测序及分析,最终得到2条抗GDH纳米抗体序列。结论:成功构建了双峰驼源天然噬菌体纳米抗体展示文库且多样性良好,为后续筛选其他的靶向抗原奠定了基础,同时筛选获得两条抗GDH纳米抗体序列,为制备艰难梭菌谷氨酸脱氢酶诊断抗体提供技术支撑。     

一种E. Coli B菌株的芳香族氨基酸氨基转移酶基因克隆

一种证明由苯丙酮酸盐到苯丙氨酸的转氨作用活性高的E. Coli B菌株为在E. Coli DG30中构建柯斯质粒文库的DNA来源。已知E. Coli DG30缺失三种主要的氨基转移酶基因(asp C,ilv E和tyr B)。通过互补分析,证明柯斯质拉克隆是一种携带有tyr B基因的插入物。这种DNA插入物进一步亚克隆进PAT153,发现E. Coli B的tyrB基因类似于已报道的E. Coli K_(12)的tyrB基因,含有E. Coli B菌株tyrB基因的质粒转化到原来的E. Coli B菌株中,并对重组茵株的转氨酶活性及质粒的稳定性进行了分析。     

大肠杆菌O157:H7中编码vt2基因的噬菌体的分离与鉴定

根据GenBank中VT1、VT2毒素的基因序列设计合成2对引物,以大肠杆菌O157H7菌株DNA为模板,扩增vt1、vt2.诱导只扩增出vt2的菌株释放噬菌体,利用多种指示菌经双层琼脂平板法来分离纯化VT2噬菌体,观察噬菌斑的特征,提纯病毒粒子进行电镜观察,并对噬菌体中vt2基因检测、克隆和序列分析.结果显示VT2噬菌体感染MC1061在双层琼脂平板上形成的噬菌斑小而混浊,多呈磨玻璃样;而首次感染大肠杆菌CC118(λpir),此后用MC1061分离的噬菌体,再以MC1061为指示菌,在双层琼脂平板上形成小而清晰透明的噬菌斑.电镜下噬菌体头部呈六边形外廓,尾部细长无尾鞘结构.以噬菌体DNA为模板进行PCR扩增,检测到vt2特异性DNA带,克隆的vt2基因序列与GenBank中编码VT2毒素的核苷酸序列(X07865,NC_002655,BA000007,AF291819)的同源性分别达到99%,确定编码VT2毒素的基因位于噬菌体上,并获得VT2噬菌体()HY.     

大肠杆菌nmpC基因与噬菌体lc基因的关系

基因lc首先于大肠杆菌(E．Roli)噬菌体PA2中发现,其产物为蛋白质2。PA2溶源菌的外膜上存在有蛋白质2。E．Coli K-12的突变株nmgC(P+)能够产生新的外膜蛋白质NmpC,与蛋白质2的结构和抗原性非常近似。通过用λ噬菌体分别与野生型的K一12株及一pC(P+)突变株的qsr 缺陷前噬菌体进行置换,获得两种新的带有缺陷前噬菌体qs,’区的重组噬菌体。电子显微镜异源双链分析显示,除了从野生型菌株中置换到的DNA多出一段1,300碱基对的插入序列外,这两段置换DNA完全相同。并且置换DNA的一部分与含有lc基因的那部分PA2 DNA相同,插入序列的位点在这段DNA之内。在置换DNA中,不含插入序列的重组噬菌体可使其溶原菌产生与NmpC及蛋白质2非常相似的外膜蛋白。在。‘。“‘一12的基因图上,基因nmpC定位于12分钟,qsr缺陷前噬菌体也在附近的位置。因此,可以肯定一埘pC基因位于缺陷前噬菌体之中,实际上就是噬菌体的k基因。在野生型的K一12株中,由于插入序列的存在,阻止了这个基因的表达。     

抗鳗弧菌独特型单克隆抗体dsFv的构建及其噬菌体表面呈现

抗鳗弧菌独特型单克隆抗体 1E10是能够模拟鳗弧菌的保护性表位 ,可以作为疫苗使用的一种单克隆抗体 .利用基因工程抗体技术从抗鳗弧菌独特型单克隆抗体杂交瘤细胞株 1E10中克隆出抗体的重链及轻链可变区基因 (VH 和VL) .通过定点突变技术将VH4 4和VL10 5突变为半胱氨酸并且连接到噬菌体表达载体pCANTAB5E中 ,突变后的VH 和VL 基因位于cpⅢ先导序列和cpⅢ基因之间 ,在LacZ启动子调控之下 ,以融合蛋白的形式被导入细胞间隙 ,依靠链间二硫键组装成二硫键稳定型Fv抗体 (dsFv) .加入辅助噬菌体M13K0 7后 ,dsFv以融合蛋白的形式表达在噬菌体表面 .ELISA测定显示 :dsFv噬菌体能够与抗原结合并且这种结合呈噬菌体浓度依赖 .结果表明 :成功构建出了抗鳗弧菌独特型单克隆抗体dsFv基因并使其在噬菌体表面获得了正确呈现 .该dsFv噬菌体有望成为新一代基因工程疫苗用于预防鱼类鳗弧菌感染     

噬菌斑电子图像的计算机处理及其自动计数

噬菌斑平板计数是微生物学理论研究与实际应用中常用的方法之一。但由于平板上噬菌斑与背景反差小,而且往往出现几个噬菌斑相连,计算机识别时出现较大的误差,因此噬菌斑计数目前仍为人工方法。本文以λ噬菌体为材料,感染E.coli宿主细胞,获得噬菌斑。然后将噬菌斑制成电子图像。抽取图像中有代表性的区域,利用分水岭算法对图像进行分割处理,将相连的噬菌斑分割成单独的噬菌斑,然后利用基于区域生长法进行计数,结果与人工计数完全相同,表明我们建立的新方法可以用于噬菌斑计算机自动计数。     

噬菌体Ψ297切除酶(xis)基因的克隆和序列分析

目的：克隆噬菌体ψ297切除酶(xis)基因,并对其进行遗传与变异研究。方法：提取埃希氏大肠杆菌O157：H7菌株EH297染色体DNA,采用步移PCR方法寻找目的基因,并通过克隆、亚克隆、DNA测序等分子生物学方法获得切除酶基因,通过序列分析软件对此基因进行分析。结果：克隆获得噬菌体ψ97编码的切除酶基因(xis)的完整序列,它的长度是255bp,编码了一个84个氨基酸组成的蛋白质(xis),将它们的序列与λ噬菌体的切除酶家族的其它成员进行了比较。其结果是噬菌体ψ297的切除酶基因(xis)与噬菌体VT1-Sakai的切除酶基因(xis)只有4个核苷酸的不同,而Xis蛋白与噬菌体VT1-Sakai的Xis蛋白是一样的,与噬菌体933W的Xis蛋白只有47．2％的相似性。结论：噬菌体ψ297编码的切除酶基因(xis)与λ噬菌体的切除酶基因同源。     

新书介绍

本书介绍用于分子生物学中的一些新的研究方法,其特点是所介绍的试验步骤较具体,便于读者操作。适于教学、科研参考用,也可所说是一本实验操作的工具书。内容共七章:一、利用的E.coli;二、λ噬菌体;三、酶检测;四:蛋白质工作;     

大肠杆菌O157：H7中编码vt2基因的噬菌体的分离与鉴定

根据GenBank中VT1、VT2毒素的基因序列设计合成2对引物,以大肠杆菌O157:H7菌株DNA为模板,扩 增vt1、vt2。诱导只扩增出vt2的菌株释放噬菌体,利用多种指示菌经双层琼脂平板法来分离纯化VT2噬菌体,观 察噬菌斑的特征,提纯病毒粒子进行电镜观察,并对噬菌体中vt2基因检测、克隆和序列分析。结果显示VT2噬菌 体感染MC1061在双层琼脂平板上形成的噬菌斑小而混浊,多呈磨玻璃样;而首次感染大肠杆菌CC118(λpir),此 后用MC1061分离的噬菌体,再以MC1061为指示菌,在双层琼脂平板上形成小而清晰透明的噬菌斑。电镜下噬 菌体头部呈六边形外廓,尾部细长无尾鞘结构。以噬菌体DNA为模板进行PCR扩增,检测到vt2特异性DNA 带,克隆的vt2基因序列与GenBank中编码VT2毒素的核苷酸序列(X07865,NC_002655,BA000007,AF291819) 的同源性分别达到99％,确定编码VT2毒素的基因位于噬菌体上,并获得VT2噬菌体(?)HY。     

产生志贺样毒素的噬菌体ψ297整合酶基因(int) 的克隆和序列分析

目的克隆并分析细菌性噬菌体ψ297的整合酶基因(int).方法采用加接头的基因DNA片断为模板进行步移PCR,根据溶源性噬菌体ψ297的染色体DNA上类似于噬菌体933W的整合酶基因的一个40个核苷酸设计引物,进行扩增、克隆、亚克隆、测序和序列分析.结果得到了噬菌体ψ297编码的整合酶基因(int)的完整序列,它的长度是1287bp,编码了428个氨基酸的Int蛋白质.将它们的序列与λ噬菌体的整合酶家族其它成员进行了比较,发现噬菌体ψ297的整合酶基因(int)与噬菌体VT1-Sakai的整合酶基因有79%的同源性,噬菌体ψ297的Int蛋白与噬菌体VT1-Sakai的Int蛋白在氨基酸序列上有82%的同源性.N-末端的氨基酸区域是完全保守的,而中心区和C-末端则显示出较大差异.结论噬菌体ψ297与λ噬菌体的int基因来源于同一基因库,噬菌体ψ297可能属于λ噬菌体家族.     

高效构建卵清白蛋白scFv噬菌体文库及其筛选

目的:建立一种高效噬菌体文库构建方法,获得抗鸡卵清蛋白(ovalbumin,OVA)的单链抗体(scFv)噬菌体展示文库,筛选鉴定获得OVA单链抗体。方法:用OVA蛋白免疫Balb/C小鼠,选取血清抗体效价高的小鼠提取脾脏RNA,利用RT-PCR方法扩增获得小鼠重链和小鼠轻链基因。通过无缝连接酶一步将小鼠重链基因、轻链基因和linker DNA连接起来,插入噬菌体表达载体中,构建OVA scFv噬菌体展示文库。测定文库容量,对文库进行富集筛选,ELISA鉴定阳性克隆,测序后构建真核表达载体,转入Expi-CHO悬浮细胞进行真核表达,利用Western blot进行鉴定。结果:成功获得库容量为1. 2×10~7cfu的OVA scFv噬菌体展示文库,并从中筛选出8个阳性克隆,选取效价最高的2号克隆,在Expi-CHO悬浮细胞中表达获得可溶性抗体。结论:建立了一种高效构建scFv噬菌体文库的方法,筛选获得高结合活性的OVA单链抗体,并成功进行了真核表达,为OVA ELISA检测试剂盒的研制奠定了基础。     

一个实用的制备EMBL4 DNA 的方法

以往人们通常用氯化铯梯度超速离心法、甘油梯度超速度离心法等方法纯化噬菌体。采用这些方法,虽然可以获得纯净的λ噬菌体颗粒。但需要昂贵的试剂和仪器。操作也冗长繁琐。我们采用并改进了Reddy的方法,首先用DE_(52)纤维素柱层析纯化λ噬菌体颗粒,然后用酚抽提,从提纯的噬菌体中分离DNA,这个方法简单快速,不需要氯化铯梯度超速离心,也不使用SDS、蛋白酶和核酸酶。     

培养基对海洋青霉菌株抗真菌活性物质的影响

研究了培养基的配方、培养条件和培养时间对海洋青霉M-182菌株产生抗真菌活性物质 (M-182A)的影响 ,以期获得高效价的M-182A。结果表明 :用海水配制经改良的高氏1号培养基 (高氏 1号 +0.1 %蛋白胨 +2 %海带汁 ) ,2 8℃培养 96～108h ,M-182A的相对效价最高。     

实验14 M13克隆和DNA顺序分析

一、制备感受态受体菌 1.配制M13(单链DNA噬菌体)宿主菌E.coliK12 JM103的基本琼脂培养基。JM103的基因型是[△(lac pro)thi,str A,supE,end A,sbc B15,hsdR4,F′tra D36,pro AB,lac I~qz M15]。基本琼脂培养基的配制如下: (1)2×Bacto琼脂:15克琼脂粉溶于450毫升水,高压蒸汽灭菌。 (2)2×盐溶液:K_2HPO_4 10.5克,KH_2PO_4 4.5