山东省玉米纹枯菌融合群类型及遗传多样性

从山东省14个县市区采集的玉米纹枯病标本上分离获得103个玉米纹枯菌菌株。核荧光染色确定菌丝细胞核的数目,以及利用配对培养法确定不同菌株细胞是否融合。结果表明这些菌株分别属于多核丝核菌的AG-1-IA、AG-1-IB、AG-1-IC、AG-3、AG-4-HG-I、AG-5和WAG-Z融合群和双核丝核菌的AG-Ba融合群,其中AG-1-IA类型菌株数量占菌株总数的60.19%,为优势融合群。通过inter-simple sequence repeats（ISSR）标记技术进行菌株的遗传多样性分析,获得45个ISSR分子标记,其中91.1%的片段具有多态性,表明种群间存在丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析将103个菌株分成6个遗传聚类群,遗传聚类群的菌株组成说明遗传群组的划分与菌株的地理来源和菌株融合群类型均存在一定的相关性。     

利用ISSR标记分析红脂大小蠹微生境中球孢白僵菌遗传多样性

针对红脂大小蠹危害程度不同的3个地区的球孢白僵菌种群,利用ISSR（inter-simple sequence repeat）分子标记分析了各个种群的遗传多样性。从19条引物中筛选出10条多态性高、稳定性好的ISSR引物用于扩增分析。68株球孢白僵菌的Nei’s基因多样性（h）为0.2973,Shannon指数（Is）为0.4488。旬邑、宜君、古交3地白僵菌种群间的基因分化系数（GST）为0.0525,基因流（Nm）为9.0255;而来源于土壤、红脂大小蠹、蛀屑和树皮的白僵菌种群间的基因分化系数为0.1449,基因流为2.9508。各球孢白僵菌种群表现出不同的多样性水平,旬邑种群和红脂大小蠹虫种群的遗传多样性相对较高;地理分布种群间的差异不如分离基质种群间的差异明显,地理分布种群间存在明显的基因交流,而分离基质种群间的基因流较低,遗传分化明显。     

伞裙追寄蝇不同地理种群遗传多样性的ISSＲ分析

为从分子水平探索不同地区伞裙追寄蝇种群间的内在联系,本文利用ISSR分子标记技术对8个不同地区伞裙追寄蝇自然种群进行遗传多样性、种群间分化程度以及聚类分析等研究。结果表明:筛选出11对多态性稳定的ISSR引物,对8个地区伞裙追寄蝇群体的80个个体进行PCR扩增,共获得166个重复性好且清晰可辨的ISSR条带,平均每条引物扩增出15.0909个片段,且均为多态性条带,多态信息含量(PIC)为0.8441-0.8653;香农信息指数(I)为0.1240-0.3455;Nei's遗传多样性指数(H)为0.0841-0.2285;基因分化率(Gst)为28.78%,基因流(Nm)的均值为1.5702,即遗传变异主要存在于个体之间,不同种群间基因交流处于中等水平;8个地区伞裙追寄蝇种群被划分为4个类群,种群间的遗传分化与地理距离呈正相关关系。     

森林生态系中球孢白僵菌遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR分子标记对安徽大别山区的球孢白僵菌遗传多样性进行了研究。从33个引物中筛选出12个多态性高、稳定性好的ISSRs用于正式的扩增分析,在2个自然保护区、3个不同季节和3个不同海拔梯度采集的48个菌株中共扩增出84条带,其中73条为多态性条带,多态性为81％,平均每个引物扩增出7条（2～11）。群体的多态位点百分率（PPL）达81％,Nei’s基因多样性（H）为0.3187,Shannon信息指数（I）为 0.4782。居群间的基因分化系数较小（Gst）0.1028。以上结果表明：安徽大别山区球孢白僵菌有较高的遗传多样性, 居群间遗传变异较小,居群内表现出较高水平的遗传分化。     

中国与欧洲高卢蜜环菌的遗传多样性

高卢蜜环菌(Armillaria gallica)为北半球广布种,不同大陆间的菌株遗传相似性和多样性水平能反映出该种在洲际大陆尺度上的地理遗传变异关系。作者用ISSR(inter-simple sequence repeat)分子标记技术,对从中国和欧洲收集到的高卢蜜环菌79个菌株进行了遗传多样性分析。用6个ISSR引物扩增得到210个位点,其中多态性位点(频率<0.95)为202个,占96.2%,平均每个引物多态位点多达33.6个,表明ISSR标记在蜜环菌中存在较高的多态性。根据非加权类平均法(UPGMA)聚类分析,中国53个菌株中的49个在0.773的相似性水平上聚成了中国类群(China group);而欧洲26个菌株遗传分化较大,分别在0.775和0.763的相似性水平上聚成了欧洲类群A(Europe group A)和B(Europe group B);2个欧洲类群间的相似性水平仅为0.738,而欧洲类群A与中国类群间的相似性却达到了0.770;两个大陆均有少数菌株表现出较为明显的遗传分化,个别菌株的种内遗传相似性甚至低于蜜环菌种间的遗传相似性。结果表明,中欧两个大陆间的A.gallica菌株因地理隔离已经表现出明显的遗传分化,处于异域物种形成过程中;欧洲大陆的菌株遗传分化更为明显,可能是两个大陆A.gallica菌株的起源地。     

重要昆虫病原真菌粉棒束孢种群的遗传分化

粉棒束孢是一种重要的昆虫病原真菌.运用ISSR分子标记研究了安徽省6个不同地理环境的粉棒束孢种群遗传异质性.结果表明:10个多态性引物多态位点百分率高达98.5％,但种群水平的多态位点差异较大,在59.6％ - 93.2％.基于Nei遗传异质性分析得出各种群间的遗传分化系数(Gst)为0.3365,基因流(Nm)为0.4931;各种群间的遗传分化低于种群内的遗传分化,表明安徽省粉棒束孢的遗传变异主要存在于种群内.根据各菌株间的遗传相似系数进行UPGMA聚类,结果表明,西山种群是单系的同质种群,其余5个种群皆为多系的异质种群,其中鹞落坪种群的异质性最高,琅琊山种群异质性最低.各种群之间的地理距离与遗传距离之间无相关关系.根据6个种群间的遗传距离进行UPGMA聚类,可将它们分成3个类群,分类的结果与各种群的地理环境相符,反映出环境的异质性对种群异质性的影响.     

法国蜜环菌Armillaria gallica菌株遗传多样性的ISSR分析

在中国东北地区共采集到53个法国蜜环菌Armillaria gallica菌株,用ISSR（Inter-Simple Sequence Repeat）标记技术对这些菌株进行遗传多样性分析。用6个ISSR引物扩增所得条带表明,ISSR标记在蜜环菌中存在较高的多态性;亲缘关系树状图表明,有3个菌株遗传分化明显;其余50个分别来自3个不同地理居群的菌株聚成一类,亲缘关系较近,没有表现出地理隔离。     

羊肚菌不同单孢及不同萌发孔菌丝间的遗传多样性

本研究对来自不同单孢和不同萌发孔菌丝的166份羊肚菌菌株进行形态研究、交配型基因检测、基于ISSR的遗传多样性分析和菌株杂交选育。结果表明,来自不同单孢及其不同萌发孔菌丝培养的菌株间均存在不同程度的形态和遗传差异。4条ISSR引物共扩增出条带清晰的22条多态性谱带,多态性比率为88%。基于遗传相似性系数（GS）、不加权成对群算术平均法（UPGMA）构建的系统树,可将供试菌株分为梯棱羊肚菌Morchella importuna和六妹羊肚菌M. sextelata两大类群。聚类分析发现不同物种间的单孢菌株和单丝菌株的遗传差异显著;同一单孢不同萌发孔菌丝的菌株间存在较大的遗传分化,遗传多样性丰富。交配型基因检测证实羊肚菌是异宗结合型真菌,同一单孢的不同萌发孔菌丝体含相同的交配型基因（MAT 1-1-1或MAT 1-2-1）。遗传多样性结果表明：梯棱羊肚菌比六妹羊肚菌的遗传背景更广泛。此外,ISSR分子标记也表明仅依靠菌丝和菌核的形态特征并不能准确衡量羊肚菌菌株间的亲缘关系。研究羊肚菌单孢菌株、单丝菌株间的形态和遗传特征,将为羊肚菌优质菌种的精准选育提供理论参考。     

引起蜘蛛流行病的紫色野村菌种群异质性

应用ISSR分子标记对安徽琅琊山自然保护区和牯牛降自然风景区引起蜘蛛流行病的紫色野村菌Nomuraea atypicola遗传多样性进行了研究。筛出的9个ISSR引物共扩增出117条带,多态性比率高达94%。ISSR扩增结果显示:22株紫色野村菌之间的遗传分化较大,Jaccard遗传相似系数为0.48-0.88,平均为0.71。UPGMA方法构建的系统树表明,在遗传相似系数0.60处,22株紫色野村菌按照两个自然保护区明显分为2大类群。第一大类是分离自琅琊山不同蜘蛛的10株菌株,其种群内平均遗传相似系数为0.74。第二大类是采自牯牛降不同蜘蛛的12株菌株,其种群内平均遗传相似系数为0.76。种群内的遗传相似性虽高于种群间的遗传相似性,但未见两株菌株的ISSR指纹图谱相同或高度相似。这表明,不管是在琅琊山还是在牯牛降,紫色野村菌的两个种群均无优势的流行菌株。两地的蜘蛛流行病都是由高度异质的紫色野村菌种群造成的。紫色野村菌的菌株遗传相似性和地理来源相关而和寄主无关。     

二色胡枝子遗传多样性ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对二色胡枝子的遗传多样性进行分析,16个ISSR引物共扩增出229条带,多态性条带209条,多态性比率为91%,居群的平均多态性位点比率为68.24%,胡枝子总遗传多样性Ht为0.392,Shannon指数为0.576,群体间基因分化系数Gst的变动范围非常大,平均值为0.2434,居群间基因流Nm为1.052。种群内的基因多样性占总群体的75.66%,种群间占24.34%,表明二色胡枝子种群具有丰富的遗传多样性,在育种上具有很大的遗传潜力。根据居群间遗传相似系数聚类,14个居群被聚成3大类群,且居群的遗传多样性参数与其地理、生态因子相关均不显著,遗传多样性无明显的地域性分布格局。     

黄淮海地区玉蜀黍黑粉菌群体遗传结构分析

利用17个多态性ISSR引物对2017年在我国黄淮海地区采集的41株玉蜀黍黑粉菌Ustilago maydis样本进行了种群遗传结构分析。基于UPGMA法和贝叶斯模型对玉蜀黍黑粉菌群体遗传结构分析显示,采集的样本可以分为两大群,且种群的划分表现出了与来源地理纬度的一致性。因此按照各样本所属地理纬度将样本分为北纬33°-34°、北纬35°-36°、北纬37°-38° 3大种群。结果表明,分离自北纬33°-34°地区的玉蜀黍黑粉菌遗传多样性最丰富,Nei’s基因多样性（H）为0.2216,Shannon指数（I）为0.3300。分子方差分析（AMOVA）显示,变异中来自种群内部的变异为86%,种群间变异14%（φpt=0.141）。     

短柄枹种群遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记方法对分布在浙江省境内的7个短柄枹种群的遗传多样性和遗传分化进行了分析。从100个引物中筛选出12个用于正式扩增的ISSR引物,在7个种群140个个体中共检测到132个位点,其中多态位点118个,多态位点百分率(P)为89.39%,各种群P平均为58.87%。短柄枹总的Shannon信息指数(I)为0.493 3、Nei指数(h)为0.334 7,各种群I平均为0.336 2、h平均为0.229 1。P、I、h均显示云峰种群最高,天台山种群最低。AMOVA分子差异分析表明,67.97%的变异存在于种群内,32.03%的变异存在于种群间,种群间的基因分化系数(G_ST)为0.315 4。短柄枹种群间的基因流为(N_m)为1.085 3。7个种群的平均遗传距离为0.173 9。利用UPGMA法对7个种群进行聚类,结果显示天台山和雪窦山种群聚成一类,其它5个种群聚成另一类。     

7种川产淫羊藿属植物遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记对7种12居群的川产淫羊藿属植物进行遗传多样性及亲缘关系分析。结果发现23个ISSR随机引物共扩增194条清晰条带,其中169条具多态性,平均多态性位点比率为87.11%,有效等位基因数Ne=1.534 2,Nei基因多样性指数H=0.314 4,Shannon多样性指数I=0.469 7,表明物种间遗传多样性丰富。7种川产淫羊藿属植物间的遗传相似系数为0.653 2～0.748 9,聚类分析和主成分分析直观的显示出12份供试材料间的亲缘关系,并将其分为两类。表明ISSR分子标记技术可以用于川产淫羊藿属植物的遗传多样性和亲缘关系分析。     

基于ISSR数据探讨卷叶凤尾藓(Fissidens dubius P.Beauv.)遗传多样性

卷叶凤尾藓(Fissidens dubius P.Beauv.)是凤尾藓科凤尾藓属植物,该种分布广泛,形态变异强烈。为了解其遗传多样性及种群遗传结构特点,本研究利用ISSR分子标记对采集于浙江、福建、广西、四川、辽宁5个省区的卷叶凤尾藓14个自然种群的遗传多样性进行了评价。结果显示:筛选出的12对引物共扩增出259条清晰、重复性高的条带,其中多态性位点有248个,多态位点百分率为95.75%;种群总的Nei's基因多样性指数为0.2327,Shannon's信息指数为0.3701,说明卷叶凤尾藓遗传多样性水平较高;14个种群的遗传分化系数(Gst)为0.7078,种群间的基因流(Nm)为0.1864,表明大部分遗传变异(72.01%)存在于种群间,27.99%的遗传变异存在于种群内,即卷叶凤尾藓种群间遗传分化明显。基于ISSR数据的聚类分析表明,在遗传距离50为分组阈值处,14个种群可被分为6组(G1~G6):G1为来自于浙江省不同采集地点的8个种群(JHBS除外);G2由浙江金华北山种群(JHBS)组成;G3包括福建武夷山(WYS)和天宝岩种群(TBY);G4、G5、G6分别由广西龙胜县花坪种群(GX)、四川龙池种群(LC)、辽宁白石砬子保护区种群(BSLZ)组成,表明卷叶凤尾藓种群间的遗传分化主要由地理距离造成,种群内的遗传分化可能与其生境的异质性有关。     

入侵植物薇甘菊种群的遗传分化

利用简单重复序列区间(Inter simple sequence repeat, ISSR)分子标记技术分析了入侵植物薇甘菊(Mikania micrantha)8个种群的遗传多样性及遗传分化。12个引物共扩增出171个位点,其中多态位点有103个,多态位点百分率(P%)为60.23%,Shannon信息指数(I)为0.281 8,Nei指数(h)为0.184 9,薇甘菊在物种水平具有较高的遗传多样性。AMOVA显示薇甘菊具有较高的遗传分化,36.49%的变异发生在种群间,63.51%的变异发生于种群内,基因分化系数(G_ST)为0.352 4。种群间的基因流较高,为0.918 7。薇甘菊8个种群之间的遗传相似性很高,平均为0.915 5;遗传距离很小,平均为0.088 4。采用UPGMA法对8个种群进行聚类,可以将8个种群分为两大类群,即内伶仃岛为一个类群,而深圳与东莞内陆种群组成另一类群。薇甘菊现有遗传结构的形成与其生活史特性及入侵生态学特性有关。     

光皮桦6个南方天然群体的遗传多样性

为揭示中国特有珍贵用材树种光皮桦(Betula luminifera)天然群体的遗传多样性和遗传结构, 采用AFLP分子标记, 分析了采自浙江、福建、江西、广西和贵州5个省区6个天然群体的120份样品。9对引物获得了355个位点, 其中多态性位点323个。分析结果表明光皮桦天然群体具有较高的遗传多样性, 多态位点百分率(PPL)达90.99%, 各群体的PPL和Nei’s基因多样性(h_j)分别为93.20-98.60%和0.3143-0.3645; 总群体遗传多样性指数(H_t)为0.3616, 群体间遗传分化系数(F_st)为0.0650, 群体间总的基因流较高(N_m= 3.5962)。AMOVA分析表明群体间的遗传变异占总变异的11.49%, 浙江临安群体和贵州修文群体间的遗传距离最大(0.0665), 江西龙南群体和广西龙胜群体间的遗传距离最小(0.0173), 且遗传结构分析显示这两个群体的部分个体可能来自同一近祖。Mantel检测发现, 群体间的遗传距离与地理距离没有显著相关性(r = 0.423, P = 0.113), 而与两两群体所在地的均温差呈显著相关(r = 0.449, P = 0.017)。结合群体实地调查, 可以得出光皮桦天然群体的遗传多样性和遗传结构的形成不仅与其广域分布、自然杂交、种子特性以及生活史有关, 而且与群体被人为砍伐、生境片断化等因素有重要关系。基于上述结果我们提出了光皮桦天然种群的保护策略。     

华南及邻近地区大刺鳅遗传多样性的ISSR分析

为了解我国大刺鳅野生资源状况, 研究采用ISSR技术分析了福建、广东、广西、云南和海南11个地理群体262尾大刺鳅的遗传多样性。10个引物共扩增出112个位点, 多态位点95个, 多态位点比例为84.82%。大刺鳅总群体Nei基因多样性h=0.2126、Shannon 信息指数I=0.3358, 表明大刺鳅总群体遗传多样性较丰富, 其中各群体遗传多样性依次为恩平 红河 屯昌 英德 河池 乐昌 增城 龙岩 五华 仁化 百色。总群体遗传分化系数Gst=0.4620, 显示46.2%的变异来自群体间。总群体基因流Nm=0.5823, 表明大刺鳅总群体间缺乏有效的基因交流, 遗传漂变是大刺鳅群体遗传分化的主要因素。聚类分析表明, 东江群体和韩江群体聚为一支, 西江群体和北江群体聚为一支, 大陆群体聚为一大支, 然后和海南屯昌群体聚类。     

A genetic diversity study of silkworm using cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) markers

The silkworm, Bombyx mori is a beneficial insect of great economic importance in China for its silk production. In this study, we obtained 11 cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) markers and one PCR polymorphism marker from the genes of the silkworm, B. mori. A backcross progeny analysis showed that all these molecular markers were segregated in a Mendelian fashion and that polymorphisms were co-dominant. These markers were used to investigate the genetic diversity among 29 strains of B. mori from China, Japan and Europe. Cluster analysis, based on the genetic similarities calculated from CAPS data, grouped these strains roughly according to their geographical origin. One group contained silkworm strains from Europe and some of the Japanese strains were interspersed into the Chinese groups, whereas other Japanese strains clustered together.     

Population structure and virulence analysis of <Emphasis Type="Italic">Alternaria carthami</Emphasis> isolates of India using ISSR and SSR markers

Alternaria leaf spot caused by Alternaria carthami is one of the most devastating diseases of safflower. Diversity among 95 isolates of A. carthami was determined using virulence assays, enzyme assays, dominant (ISSR) and co-dominant (SSR) markers. Collections and isolations were made from three major safflower producing states of India. The virulence assays categorised the population into four groups based on level of virulence. Estimation of activities of cell wall degrading enzymes (CWDE) yielded concurrent results to virulence assays with maximum CWDE activities in most virulent group. Eighteen ISSR primers were used and 23 polymorphic microsatellite markers were developed to assess the genetic diversity and determine the population structure of A. carthami. Analysis of ISSR profiles revealed high genetic diversity (Nei’s Genetic diversity index; h?=?0.36). Microsatellite markers produced a total of 56 alleles with an average of 2.43 alleles per microsatellite marker and Nei’s genetic diversity index as h?=?0.43. Unweighted Neighbor-joining and population structure analysis using both the marker systems differently arranged the isolates into three clusters. Distance analysis of the marker profiles provided no evidence for geographical clustering of isolates, indicating that isolates are randomly spread across India, signifying high potential of the fungus to adapt to diverse regions. Microsatellite markers clustered the isolates in consonance to the virulence groups in the dendrogram. This implies that the fungus has a high potential to adapt to resistant cultivars or fungicides. The information can aid in the breeding and deployment of A. carthami resistant varieties, and in early blight disease management in all safflower growing regions of the world.     

Comparison of RAPD and ISSR markers for genetic diversity analysis among different endangered Mangifera indica genotypes of Indian Gir forest region

The genetic variability and relationships among 20 Mangifera indica genotypes representing 15 endangered and 5 cultivars, obtained from Indian Gir forest region, were analyzed using 10 random amplified polymorphic DNA (RAPD) and 21 inter simple sequence repeat (ISSR) markers. RAPD markers were more efficient than the ISSR assay with regards to polymorphism detection. Also, the average numbers of polymorphic loci per primer, average polymorphic information content (PIC) and primer index (PI) values were more for RAPD than for ISSR. But, total number of genotype specific marker loci, Nei’s genetic diversity (h), Shannon’s information index (I), total heterozygosity (Ht), average heterozygosity (Hs) and mean coefficient of gene differentiation (Gst) were more for ISSR as compared to RAPD markers. The regression test between the two Nei’s genetic diversity indexes showed low regression between RAPD and ISSR based similarities but maximum for RAPD and RAPD + ISSR based similarities. The pattern of clustering of genotypes within groups was not similar when RAPD and ISSR derived dendrogram were compared. Thus, both the markers were equally important for genetic diversity analysis in M. indica.