猪肺泡巨噬细胞感染PRRSV进程中差异表达基因及基因功能富集分析

猪呼吸和繁殖综合症病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)感染猪后会引起妊娠母猪严重繁殖障碍和仔猪呼吸困难及高死亡率,给养猪产业造成了巨大经济损失,因此挖掘PRRSV感染猪肺泡巨噬细胞进程中差异表达的基因及机理有重要意义。本研究对来自GEO数据库的PRRSV感染猪肺泡巨噬细胞sage表达谱数据GSE10346进行后续挖掘。先用sage软件处理,经sagemap注释得到上调已知基因49个,下调已知基因41个。利用AgBase网站上的GORetriever工具和GOSlim Viewer工具进行细胞组分(cellular component)、分子功能(molecular function)及参与的生物过程(biological process)分类后发现有4个基因与病毒的复制相关:其中IL8已有报道认为与抗PRRSV相关;TNF-α能够抑制PRRSV复制;PPIA可能与GP5蛋白胞外区中和决定簇与抗体发生作用的24位脯氨酸有关;ICAM-1在嗜中性粒细胞的产生中起关键作用,与病毒吸附相关。这4个基因与PRRSV的致病机制相关,可望用于抗PRRSV研究。进一步利用David在线工具进行基因功能富集分析后,发现几个免疫通路,如趋化因子通路,Toll-like受体信号通路和NOD-like受体信号通路具有检验显著性,这些免疫通路在PRRSV感染过程中起着一定作用,有望成为抗PRRSV的靶通路。     

肾阳虚证候的人血清比较蛋白质组学分析

利用双向电泳（2-DE）优化分离了除去高丰度蛋白（白蛋白和IgG）的老年体虚肾阳虚患者（以健康组为参照）的血清样本,对比分析pH 4～7范围的2-DE谱图,肾阳虚患者和参照组的平均蛋白点分别为(393±32)和(455±19)个. 其中肾阳虚证候表达量上调2倍（P<0.05）以上的蛋白点有26个,下调2倍以上的有33个. 用质谱获得上述差异蛋白的肽质量指纹图谱,并经数据库检索共鉴定出了49种差异蛋白质,其中有10种在肾阳虚血清中特异表达,有6种在健康组血清中特异表达. 蛋白功能分析发现,其中33种蛋白质的差异表达与肾阳虚证密切相关. 蛋白质TCRβ及transthyretin的蛋白印迹实验验证了2-DE 的结果. 该研究结果为阐明中医肾阳虚证的机理提供了一条新途径.     

基因功能分析与鉴定的新进展

随着人类基因组研究的不断深入,目前已进入大规模测序和基因功能的分析与鉴定阶段。要尽快读通读懂人类１０万个基因,基因功能的分析与鉴定尤为重要。本综述了ＳＡＧＥ,微点阵分析法,遗传足迹法,蛋白质组分析及生物信息学研究５种基因功能分析与鉴定的新方法,它们的共同点是实现了由单一分析到规模,批量分析的转变,这有利于加快对序列与基因,基因与蛋白质及蛋白质与疾病之间关系的全面理解,从而推进人类基因组研究进程。     

RNA沉默在分析植物基因功能方面的研究

RNA沉默是真核生物的一种高度保守的和序列特异的RNA降解系统,它不但是基础生物学领域的研究热点,同时在调节基因表达或研究基因功能方面也是非常有前景的。植物中的转录后基因沉默（PTGS）是RNA沉默的一种形式,通过PTGS能对目标RNA进行特异性降解。对双链RNA（dsRNA）在RNA沉默启动中所起中心作用的认知,形成了几种RNA沉默载体的构建方法,这些方法与基因组资源相结合,通过转基因或非转基因的方法能够快速和高效研究植物的基因功能。     

后基因组时代基因功能分析的策略

人类基因组计划的完成标志着生命科学已经开始迈进后基因组时代,大规模基因的功能研究正成为生命科学研究的热点。基因功能的分析方法日趋成熟和多样化,综述了基因敲除、反义技术、“dominantnegative”策略(“显性失活”策略)、基因诱导超表达、RNA干涉以及生物信息学等基因功能分析策略的特异性及其优缺点。     

基于基因表达变异性的通路富集方法研究

当前的通路富集方法主要是基于基因的表达差异,很少有方法从通路变异性(方差)角度对其富集分析．我们注意到用合适的统计量描述通路的变异性时,在疾病表型下一些通路的变异性有明显的上升或者下降．因此本研究假设：通路变异性程度在不同表型中存在差异．本文设计了14种描述通路变异性的统计量与检验方法,检测不同表型下变异性有差异的通路即富集通路,并将富集结果与文献检索结果进行比较,同时,分析不同芯片预处理方法对数据和结果的影响．研究结果表明：5种预处理方法中,多阵列对数健壮算法(RMA)是数据预处理的最优方法;不同表型下通路的变异性程度存在差异;根据文献检索的通路结果,14种基于变异性的通路富集方法中,以通路中各基因欧氏距离的方差做统计量进行permutation检验(方法11)能有效识别显著通路,其富集结果优于基因集富集分析(GSEA)．综上所述,基于通路变异性的通路富集策略具有可行性,不仅对通路富集分析有一定的理论指导意义,而且为人类疾病研究提供新的视角．     

利用RNAi技术大规模分析基因功能的研究

将双链RNA导入细胞内会干扰与之同源的基因的表达 ,使生物体产生相应的功能缺陷表型 ,这种作用称为RNAi(RNAinterference)。针对人类、植物、微生物等大规模基因组测序后所面临的功能鉴定难题 ,着重探讨了RNAi的机制及其研究进展。复合物RISC和酶Dicer的发现揭示了RNAi导致同源基因沉默的作用机理。通过使用RNAi这种反向遗传学工具可使生物体产生相应的功能缺陷表型 ,从而确定未知基因的功能。因此RNAi对大规模分析动、植物基因功能的研究具有重要的作用。     

利用RNAi技术大规模分析基因功能的研究

将双链RNA导入细胞内会干扰与之同源的基因的表达,使生物体产生相应的功能缺陷表型,这种作用称为RNAi（RNA interference）。针对人类、植物、微生物等大规模基因组测序后所面临的功能鉴定难题,着重探讨了RNAi的机制及其研究进展。复合物RISC和酶Dicer的发现揭示了RNAi导致同源基因沉默的作用机理。通过使用RNAi这种反向遗传学工具可使生物体产生相应的功能缺陷表型,从而确定未知基因的功能。因此RNAi对大规模分析动、植物基因功能的研究具有重要的作用。     

胰岛素受体底物家族与Ⅱ型糖尿病关系性的研究进展

胰岛素受体底物分子(IRS)是调节胰岛素信号通路的关键物质,在维持细胞生长,分裂和代谢中起着重要作用。目前已发现的家族成员有四个(IRS-1、IRS-2、IRS-3、IRS-4)。目前研究表明,糖尿病的发生与之密切相关:胰岛素信号通路与其他信号通路发生交叉发生干扰,从而导致胰岛素抵抗,引发Ⅱ型糖尿病;IRS蛋白的结构、表达水平异常导致胰岛素信号的中断或减弱,并表现为胰岛素抵抗;四种IRS分子表达的不平衡,致使胰岛素分泌调节的稳态被破坏也可能是糖尿病发病的原因之一。Fox蛋白家族是动物细胞内的一类转录因子,与细胞代谢密切相关。Fox蛋白靶点有可能作为研究治疗糖尿病方法的一种新思路。     

美国开发出用于酵母基因功能分析的工具包

美国Hopkins的Xuewen Pan博士开发的一种工具包从6000个酵母菌株(每个菌株都丢失一种不同的基因)的集合人手,能够使研究人员确定出哪些基因被敲除后能导致酵母菌株的死亡。这项进展发表在近日的Molecular Cell上。     

基因表达谱富集分析方法研究进展

微阵列技术是生物技术变革的核心,允许研究者同时监测成千上万个基因的表达水平,已广泛应用于医学研究。如何挖掘海量基因表达信息中的有用信息并进行生物学专业解释,是基因表达谱数据分析领域所面临的一个重要挑战。不同的研究者提出了各种基于基因集进行富集分析的方法,在此将这些方法大致分为两大类,即bottom-up方法和top-down方法。前者先进行单基因分析,然后根据生物学领域知识注释基因集并进行分析。该方法应用广泛,且结果比单基因分析容易解释。后者先根据生物学领域知识将各基因进行归类,然后进行基因差异表达模式分析。该方法不仅能提高结论的可解释性,而且能达到降维的目的。     

基因表达谱中信号通路基因集分析方法进展

微阵列技术是生物技术变革的核心,允许研究者同时监测成千上万个基的表达水平,已广泛应用医学研究.如何挖掘海量基表达信息中的有用信息并进行生物学专业解释,是基表达谱数据分析领所面临的一个重要挑战.生物信号通路研究已成为基芯片中不同表型差异表达研究的主要方法,其是以整个信号通路作为一个整体作为研究对象,此得出的研究结果更加科学和准确.在本文中我们简要描述了近10年来信号通路基集富集分析方法的发展情况,将其分为三个阶段,对每个阶段方法的基础和特点做了一些简单的总结和阐述.     

芜菁消减文库特异基因片段功能的初步分析

目的：对4个消减cDNA文库中筛选到的特异基因片段进行功能分析,为筛选津田芜菁和赤丸芜菁花青素合成的特异基因和代谢途径奠定基础。方法：以不同处理的津田芜菁和赤丸芜菁块根为材料,采用抑制削减杂交构建4个消减cDNA文库并富集特异基因群体,同时对消减文库的特异基因片段进行初步的生物信息学分析。结果：通过功能聚类、代谢途径分析和基因注释等手段分析了消减cDNA文库的特异基因片段。结论：对消减文库特异基因片段的功能分析,为进一步分离和鉴定依光型和非依光型花青素合成相关基因奠定了基础。     

减蛋综合征病毒四川分离株六邻体蛋白基因的序列分析

According to the nucleotide sequence of egg drop syndrome virus(EDSV)AV-127 strain (a foreign standard isolate)from the GenBank,a pair of oligonucleotide primers was designed and synthesizedWith use of polymerase chain reaction(PCR),the hexon-encoding gene fragment was amplified from the genome of EDSV SG9301 strain that was isolated from Sichuan Province of China and the amplified fragment was directly inserted into pMD-T vectorThe recombinant plasmid harboring the hexon-encoding gene was identified by digestion of restriction endonucleases and PCRThen,a positive clone was sequencedThe result showed that the recombinant plasmid contained the complete sequence of the hexon-encoding gene and the hexon-encoding gene was 2733 base pair long which encoded 910 amino acids, identical with AV-127 strain and AAV-2 strain (an attenuated strain)Comparison with AV-127 strain indicated that there was 9985% homology at the nucleotide levelThe homology of the deduced amino acid sequence with AV-127 strain and AAv-2 strain was over 98%,which indicated that the hexon protein was conservativeBut comparatively,the homology of the hexon protein of SG9301 strain with AV-127 strain was higher(9978%),the homology of the hexon protein of AAV-2 strain with AV-127 strain and SG9301 strain were 9868% and 9846% respectivelyComparison of nucleotides and amino acids suggested that the biological character is consistent with the homologies of nucleotide and amino acid of the hexon(Namely,the homology of the hexon of virulence strain with virulence strain was higher than that of virulence strain with attenuated strain),the hexon was one of the most conserved viral proteins among EDSV strains     

一个先天性眼球震颤家系致病基因的初步定位

为确定一个X染色体显性遗传先天性眼球震颤家系的致病基因与X染色体的连锁关系, 选用X染色体上的DXS1214、DXS1068、DXS993、DXS8035、DXS1047、DXS8033、DXS1192和DXS1232共8个微卫星DNA标记对该家系进行基因扫描与基因分型,并利用LINKAGE等软件包对基因分型结果进行分析,探讨该家系致病基因与X染色体的连锁关系。 两点连锁分析时X染色体短臂4个基因座最大LOD值均小于-1,不支持与该家系致病基因连锁; X染色体长臂4个基因座中最大LOD值达到2,提示存在较大的连锁可能性。该家系的致病基因可初步定位于X染色体长臂,且提示Xq26-Xq28区间附近可能是先天性眼球震颤一个共同的致病基因座,但区间范围仍较大,仍须进一步选择合适的微卫星标记进行精确的定位以缩小候选基因的筛查范围。Abstract： To investigate the relationship between X chromosome and obligatory gene of a pedigree with congenital nystagmus,we used the following markers: DXS1214、DXS1068、DXS993、DXS8035、DXS1047、DXS8033、DXS1192 and DXS1232.Genome screening and genotyping were conducted in this pedigree of congenital nystagmus, and linkage analysis by LINKAGE package was used to determine the potential location. The linkage was not found on the Xp ( All LOD score <-1) but on Xq (the maximum LOD score=2). The related gene of this pedigree was located on the long arm of X chromosome. We demonstrate that Xq26-Xq28 is a common locus for CMN. It bring us closer to the identification of a gene responsible for X-linked CMN.     

候选抑瘤基因 BRD7 及家族蛋白的功能研究进展

溴区结构(bromodomain)是近年来发现的广泛分布于多种生物中的一种高度保守的结构域,溴区结构蛋白通过参与信号依赖性的基因转录调控而广泛参与细胞内重要的生命活动.BRD7基因是1999年克隆的一个新的bromodomain基因,GenBank登录号为AF152604或AF152605.eMotif分析表明,BRD7蛋白包含多个磷酸化位点和一个保守bromodomain功能域,Blast显示BRD7蛋白与人的Celtix-1及鼠的bromodomain蛋白BP75具有高度的同源性.利用转基因技术已证实,在鼻咽癌细胞系HNE1中过表达BRD7基因可以抑制其细胞生长和细胞周期G1-S的进程,并部分逆转鼻咽癌细胞HNE1的恶性表型.为了全面地揭示BRD7基因的细胞内生物学功能,深入了解BRD7基因的细胞内整体信息流向,中南大学肿瘤研究所细胞遗传室已从上、中、下游三个不同层面对BRD7基因的功能研究展开了初步的探索.     

候选抑瘤基因 BRD7 及家族蛋白的功能研究进展

溴区结构（bromodomain）是近年来发现的广泛分布于多种生物中的一种高度保守的结构域,溴区结构蛋白通过参与信号依赖性的基因转录调控而广泛参与细胞内重要的生命活动．BRD7基因是1999年克隆的一个新的bromodomain基因,GenBank登录号为AF152604或AF152605．eMotif分析表明,BRD7蛋白包含多个磷酸化位点和一个保守bromodomain功能域,Blast显示BRD7蛋白与人的Celtix-1及鼠的bromodomain蛋白BP75具有高度的同源性．利用转基因技术已证实,在鼻咽癌细胞系HNEl中过表达BRD7基因可以抑制其细胞生长和细胞周期G1-S的进程,并部分逆转鼻咽痛细胞HNE1的恶性表型．为了全面地揭示BRD7基因的细胞内生物学功能,深入了解BRD7基因的细胞内整体信息流向,中南大学肿瘤研究所细胞遗传室已从上、中、下游三个不同层面对BRD7基因的功能研究展开了初步的探索．     

益气化瘀汤对药物流产后恶露不绝气虚血瘀证患者子宫机能、凝血功能和血液流变学的影响

摘要 目的：探讨益气化瘀汤对药物流产后恶露不绝气虚血瘀证患者子宫机能、凝血功能和血液流变学的影响。方法：按照随机数字表法将2020年6月-2021年6月期间河北省中医院收治的80例药物流产后恶露不绝气虚血瘀证患者分为联合组（n=40,对照组基础上接受益气化瘀汤治疗）和对照组（n=40,常规西医治疗）。比较两组中医证候积分、止血率、止血时间、月经复潮时间、子宫机能、凝血功能和血液流变学变化情况。结果：与对照组相比,联合组治疗7 d后恶露量、恶露质、恶露色、小腹疼痛、少气懒言、四肢乏力评分更低,子宫动脉收缩期峰值流速（PSV）、止血率更高,月经复潮时间、止血时间更短,搏动指数（PI）、阻力指数（RI）、子宫三径之和、活化部分凝血活酶时间（APTT）、全血高切黏度（HS）、全血低切黏度（LS）、凝血酶原时间（PT）、血沉（ESR）、纤维蛋白原（FIB）、血细胞比容（Hct）、凝血酶时间（TT）更低（P<0.05）。结论：益气化瘀汤用于药物流产后恶露不绝气虚血瘀证患者,具有较好的疗效,可有效改善子宫机能、血液流变学、凝血功能。