大豆不同生育期根际土壤细菌群落结构的变化

为了解大豆根际细菌群落结构多样性及根际细菌群落结构的变化,该研究以大豆苗期和成熟期的根际土壤为材料,采用Illumina高通量测序技术测定细菌16S rRNA V3+V4区序列,探究大豆不同生育期根际土壤细菌群落结构的变化。对原始数据进行拼接、过滤、去除嵌合体序列和聚类分析等数据处理,并对OTU进行分类学注释。在此基础上运用ANOVA分析物种组成变化,Alpha多样性指数研究细菌多样性变化。结果表明:细菌丰富度和多样性在不同生育期有显著变化,其中成熟期土壤中的细菌丰富度和多样性指数均明显高于苗期; 变形菌、放线菌、酸杆菌是大豆根际的优势菌门,其含量在不同生育期也有显著变化; 假诺卡氏菌属、糖丝菌属、鞘氨醇单胞菌属是大豆根际的优势菌属,这些菌属中的部分菌群属于根际促生菌,具有潜在的促生效应。这些结果证实大豆的生育期对根际土壤细菌群落结构有重要影响。     

当归提取物对慢性湿疹小鼠相关菌群的影响

观察当归提取物对慢性湿疹的治疗作用。

将昆明小鼠采用2,4-二硝基氯苯诱导慢性湿疹模型,取30只8周龄SPF级昆明小鼠按随机数表法分为正常空白组、湿疹模型组以及当归高、中、低剂量治疗组,每组6只。空白对照组、湿疹模型组小鼠给予生理盐水,其他各治疗组小鼠给予高、中、低剂量的当归提取物灌胃。比较各组小鼠右耳肿胀程度、两耳质量、小鼠左右耳中部厚度、搔抓次数及耳组织病理学变化,采用16S高通量测序观察肠道菌群变化。

相比湿疹模型组,当归提取物能减轻湿疹小鼠耳肿胀程度（P＜0.01）;随着当归提取物浓度的增加,小鼠搔抓指数及耳厚度均显著减小（均P＜0.01）,两耳质量趋于一致,肠道厚壁菌门水平逐渐恢复且趋于空白对照组。HE染色结果显示,当归提取物治疗后小鼠耳组织表皮角化、水肿、淋巴细胞浸润及真皮血管扩张充血等病理现象均有不同程度缓解,测序结果显示慢性湿疹小鼠相关的肠道菌群随当归治疗出现一定程度的变化。

当归提取物对小鼠慢性湿疹模型具有一定的治疗作用,对相关菌群有一定的恢复作用,且可能成为慢性湿疹的主要治疗药物。

     

艾灸对诱导性大鼠关节炎症及肠道菌群的影响

目的 观察艾灸治疗大鼠实验性类风湿关节炎（RA）的效果及其肠道菌群变化。方法 将46只SD大鼠随机分为正常对照组10只,正常艾灸组12只,RA模型组12只,RA艾灸组12只。RA艾灸组与RA模型组以牛Ⅱ型胶原诱导方法建立关节炎大鼠模型。正常艾灸组与RA艾灸组给予艾灸双侧肾俞、足三里,正常对照组与RA模型组不进行艾灸治疗。分别于造模成功后,艾灸干预第1、2、3周测量各组大鼠体质量、足趾容积、关节炎指数（AI）评分、杆菌/球菌、革兰阳性杆菌/细菌总数并比较差异。结果 大鼠造模后较正常对照组一般情况差、体质量低、足趾容积大、AI评分高、杆菌/球菌及革兰阳性杆菌/细菌总数比值低。艾灸干预后一般情况改善、体质量增加、足趾容积稳定增加、AI评分下降、杆菌/球菌及革兰阳性杆菌/细菌总数比值增加。RA临床表现和肠道菌群变化呈显著性相关,各时间段艾灸干预后RA模型组、RA艾灸组大鼠杆菌/球菌、革兰阳性杆菌/细菌总数差异有统计学意义（P<0.05或P<0.01）。结论 艾灸能够有效治疗Ⅱ型胶原诱导关节炎大鼠关节炎症和调节肠道菌群紊乱状态。     

SPF级封闭群SD大鼠血清生化值及凝血酶原时间值的测定

目的建立SPF级（屏障系统）封闭群SD大鼠血液生化及凝血酶原时间正常参考值,为药物长期毒性试验研究者提供参考。方法采用全自动血液生化分析仪检测19周和31周大鼠血液生化值,采用紫外可见分光光度计检测K＋、Na＋、Cl-值和凝血酶原时间值。结果取得19周和31周龄SD大鼠血清生化值和凝血酶原平均值。CR、TG、TC生化指标受年龄及性别因素影响,CR、TG、TC随年龄增长而逐步升高。TBIL、CR、TG、TC、CK、TP、BUN、ALB、AST、K＋、ALP指标雌雄间差异显著（P＆lt;0.05）。结论在药物长期毒性试验中,同一周龄雌、雄SD大鼠K＋、Cl-、Na＋、凝血酶原时间值可合并统计;雌、雄SD大鼠血液生化指标不宜合并统计。在比对正常参考值时应考虑到性别与年龄的因素。     

不同因素对六盘山地区甘肃鼢鼠肠道细菌多样性的影响

【目的】研究甘肃鼢鼠肠道细菌的群落结构和多样性,探讨不同环境因素对六盘山地区甘肃鼢鼠肠道细菌多样性的影响。【方法】通过Illumina高通量测序技术,对甘肃鼢鼠的36个盲肠样品进行16S rRNA V3–V4区的高通量测序,分析了肠道细菌多样性、丰度和群落结构,探讨地域、性别和季节等因素对甘肃鼢鼠肠道细菌多样性的影响。【结果】甘肃鼢鼠肠道细菌群落主要包括3个门,其中Firmicutes门占主导地位,其次是Bacteroidetes和Proteobacteri。在属水平,优势菌属分别为Oscillospira、Ruminococcus、Coprococcus和Desulfovibrio等。不同县(区)样品中,彭阳县、隆德县和泾源县三个县的甘肃鼢鼠肠道细菌菌群结构相似度较高,海原县甘肃鼢鼠肠道细菌群落结构在组内相似度高,与其他县(区)相似度低;雌性甘肃鼢鼠肠道细菌群落结构相似性高,而雄性细菌群落结构在样品间差异较大;甘肃鼢鼠肠道细菌菌群多样性秋季显著高于春季,细菌群落结构相似度秋季高于春季。【结论】不同地域、性别和季节因素对甘肃鼢鼠肠道细菌群落结构产生显著的影响,甘肃鼢鼠肠道细菌群落结构和多样性的变化对基于食源的季节性变化具有积极的响应。     

原发性肝癌患者经肝动脉化疗栓塞术后舌苔菌群变化特征研究

对比分析原发性肝癌（PLC）患者和经肝动脉化疗栓塞术（TACE）后患者舌苔菌群多样性变化和菌群结构差异。

收集我院20例确诊肝癌患者和10例同期体检无异常的健康组（HC组）,根据确诊的肝癌患者治疗期间是否行TACE术,进一步分为原发性肝癌初诊组10例（NL组）,原发性肝癌患者TACE术后患者组10例（LIT组）,总纳入人数30例。采用16S rDNA高通量测序技术分析各组舌苔菌群结构并比较菌群差异。

舌苔菌群ɑ-多样性分析结果显示,NL组、LIT组Chao1、Shannon、Ace、Simpson指数与HC相比,差异无统计学意义（P＞0.05）。β-多样性分析表明,三组样本的舌苔菌群组间结构有差异,与LIT组相比,NL组与HC组的舌苔菌群构成差异更小,更接近于HC组。在科水平上,与HC组相比,NL组和LIT组的消化链球菌科丰度显著升高（P＜0.05）,LIT组的瘤胃球菌科、支原体科、丰度明显下降,差异具有统计学意义（P＜0.05）。与NL组相比,LIT组舌苔拟杆菌纲、普雷沃菌科和瘤胃球菌科丰度显著降低（P＜0.05）。

原发性肝癌患者的舌苔菌群失调,TACE治疗可能一定程度调节舌苔菌群的丰度,降低致病菌,恢复口腔微环境的稳态。

     

聚赖氨酸和1-MCP联合处理对草菇贮藏期间表面细菌变化的影响

【背景】草菇具有很高的营养价值和药用价值,草菇采后品质易劣变主要是由其表面腐败菌引起的。保鲜处理条件下草菇表面菌的研究目前未见相关报道。【目的】探究聚赖氨酸(ε-polylysine,ε-PL)和1-甲基环丙烯(1-methylcyclopropene,1-MCP)联合处理对草菇贮藏期间表面细菌变化的影响。【方法】采用平板培养与16S rRNA基因高通量测序技术两种方法,分离、鉴定ε-PL和1-MCP联合处理后草菇贮藏期间的表面微生物,确定草菇贮藏期间菇体表面优势腐败菌。【结果】平板培养法结果表明,草菇子实体表面的菌落总数随着贮藏时间的延长逐渐上升。贮藏6d时,处理组(PC)草菇表面菌落总数为7.16 lg (CFU/g),极显著(P<0.01)低于CK组[7.42 lg (CFU/g)];从PC组、CK组分离鉴定的细菌分别为16株和19株,以假单胞菌属、金黄杆菌属、芽孢杆菌属和寡养单胞菌属为主;16S rRNA基因高通量测序结果表明,PC组共鉴定出370个属的细菌隶属于27个门;CK组共鉴定出366个属的细菌隶属于25个门;寡养单胞菌属为相对丰度最高的优势菌。【结论】寡养单胞菌...     

Commercial high-throughput sequencing and its applications in DNA analysis

DNA sequences can be used for the analysis of genetic variation and gene function. The high-throughput sequencing techniques that have been developed over the past three years can read as many as one billion bases per run, and are far less expensive than the traditional Sanger sequencing method. Therefore, the high-throughput sequencing has been applied extensively to genomic analyses, such as screening for mutations, construction of genomic methylation maps, and the study of DNA-protein interactions. Although they have only been available for a short period, high-throughput sequencing techniques are profoundly affecting many of the life sciences, and are opening out new potential avenues of research. With the highly-developed commercial high-throughput sequencing platforms, each laboratory has the opportunity to explore this research field. Therefore, in this paper, we have focused on commercially-popular high-throughput sequencing techniques and the ways in which they have been applied over the past three years.     

Decomposition and dipteran succession in pig carrion in central Argentina: ecological aspects and their importance in forensic science

Data on the insect species associated with corpse decomposition are particularly important for estimation of the post-mortem interval (PMI) in forensic science because the PMI is based on the lifecycle and behaviour of necrophagous insects, among other measures. To determine the dipteran succession on pig carrion, four experiments, one in each season, were carried out during 2004 in a rural area of Córdoba, central Argentina. Two pigs ( Sus scrofa L.) were used in each of the four experiments. At each time-point one pig was placed in the shade and the other under direct sunlight. Insects were collected daily during the first 4 weeks and thereafter every 2 or 3 days. Five stages of decomposition were observed and a total of 24 710 adult specimens were collected, belonging to the following eight families of Diptera: Calliphoridae; Muscidae; Sarcophagidae; Phoridae; Piophilidae; Fanniidae; Sphaeroceridae, and Anthomyiidae. All Calliphoridae collected in this study were considered to be of potential forensic importance because of their necrophagous behaviour and because their immature stages use carrion as a food source. Other species, such as Musca domestica L. and Ophyra aenescens (Wiedemann), were also considered to represent potential forensic indicators.     

Anesthesia and post-mortem interval profoundly influence the regulatory serine phosphorylation of glycogen synthase kinase-3 in mouse brain

Glycogen synthase kinase-3 (GSK3) is a crucial enzyme contributing to the regulation of neuronal structure, plasticity and survival, is implicated as a contributory factor in prevalent diseases such as Alzheimer's disease and mood disorders and is regulated by a wide range of signaling systems and pharmacological agents. Therefore, factors regulating GSK3 in vivo are currently of much interest. GSK3 is inhibited by phosphorylation of serine-9 or serine-21 in GSK3beta and GSK3alpha, respectively. This study found that accurate measurements of phospho-Ser-GSK3 in brain are confounded by a rapid post-mortem dephosphorylation, with approximately 90% dephosphorylation of both GSK3 isoforms occurring within 2 min post-mortem. Furthermore, three anesthetics, pentobarbital, halothane and chloral hydrate, each caused large in vivo increases in the serine phosphorylation of both GSK3beta and GSK3alpha in several regions of mouse brain. Thus, studies of the phosphorylation state of GSK3 in brain, and perhaps in other tissues, need to take into account post-mortem changes and the effects of anesthetics and there is a direct correlation between anesthesia and high levels of serine-phosphorylated GSK3.     

高通量测序技术在植物内生菌领域研究中的应用

植物内生菌是一类能够在植物体内度过部分生命周期而不会引起宿主病害的微生物,是种类和功能十分丰富的微生物资源。随着测序技术的进步,在微生物领域中关于植物内生菌的研究愈发深入。Sanger测序的定向验证性以及较低的测序成本使得该测序技术沿用至今,但其测序的通量较低,不适用于更深层次的内生菌基因组研究。本文简要概述了植物内生菌的研究历程,并综述了以高通量为技术特点的下一代测序(next-generation sequencing,NGS)和以单分子实时测序技术(single-molecule real-time,SMRT)为代表的第三代测序技术在植物内生菌研究领域的应用,总结了不同测序技术在实际研究中的优势和局限性,并探讨了如何根据研究需求选择合适的测序技术,希望为研究者进一步发掘植物内生菌的潜在价值提供参考。     

耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌对C57BL/6小鼠肺部菌群的扰动

【背景】肺部菌群与宿主健康和呼吸道疾病密切相关,耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistantKlebsiella pneumonia,CRKP)是临床常见的条件致病菌,感染后对肺部菌群的影响尚不清楚。【目的】探究耐碳青霉烯类肺炎克雷伯杆菌CRKP2对C57BL/6小鼠肺部菌群的扰动。【方法】将C57BL/6小鼠随机分为3组,分别用CRKP2、碳青霉烯类敏感肺炎克雷伯菌KP2044和无菌PBS溶液滴鼻,利用16S rRNA基因的高通量测序技术分析肺部菌群结构。【结果】与健康小鼠相比,菌株KP2044和CRKP2感染后小鼠肺部菌群α多样性和β多样性均显著改变,变形菌门相对丰度显著增加,乳酸杆菌属相对丰度明显下降。与KP2044相比,CRKP2生物膜形成能力较弱,感染后小鼠死亡率较低,对肺部菌群的扰动较小。【结论】虽然肺炎克雷伯菌是条件致病菌,但高剂量耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌CRKP2仍对健康小鼠肺部菌群造成显著影响;尽管菌株CRKP2具有多重耐药性,但与菌株KP2044相比对肺部菌群的扰动较小,因此推测KP菌株感染对肺部菌群的扰动程度可能与菌株毒力有关。     

ForenSeek: un programme de simulation du développement des insectes nécrophages dédié à l’entomologie médico-légale

L’entomologie médico-légale repose sur l’utilisation des insectes nécrophages pour estimer le moment de la mort dans le cadre d’enquêtes judiciaires et permet dans certains cas de préciser les circonstances du décès. Cette technique repose sur des bases scientifiques solides et est désormais couramment utilisée en France comme à l’étranger dans le cadre d’affaires criminelles. Le projet ForenSeek est un outil informatique d’aide à la décision, dédié à la réalisation de simulations et d’expertises en entomologie médico-légale. Le cæur de ce programme est un modèle de comportement et de développement des larves de diptères nécrophages basé sur un système multi-agents (SMA). Ce procédé permet de modéliser des comportements de groupes complexes à partir de données individuelles simples, et est done particulièrement bien adapté à l’étude des populations d’insectes. De plus, les résultats de ce modèle sont destines à être traités automatiquement pour en extraire des informations sur la pertinence de chaque simulation, et ainsi estimer de manière automatisée et avec précision l’intervalle post-mortem (IPM).     

SD大鼠胚胎-胎仔发育毒性试验的基础数据

目的 检测胚胎-胎仔发育毒性试验中SD大鼠妊娠期的体重、生殖功能指标及胎鼠的各项发育指标,为SD大鼠的发育毒性研究提供参考数据.方法 395只SD雌性大鼠,交配成功后,于妊娠第20天剖检孕鼠,检查孕鼠的内脏器官有无异常,称量子宫重量、窝重和胎盘重量,计数黄体数、着床数、活胎数、吸收胎数和死胎数.胎鼠共5272只,将一半胎鼠放人固定液中做内脏检查,另一半胎鼠进行骨骼检查,检查胎鼠外观、内脏和骨骼有无异常和变异.结果 和结论 建立SD大鼠胚胎-胎仔发育毒性试验中各项指标的数据库,求得各指标的正常值及标准差,95％的可信区间,为生殖毒性研究提供正常值的参考依据.     

Rapid Detection of the ACMG/ACOG-Recommended 23 CFTR Disease-Causing Mutations Using Ion Torrent Semiconductor Sequencing

Cystic fibrosis (CF) is one of the most frequently diagnosed autosomal-recessive diseases in the Caucasian population. For general-population CF carrier screening, the American College of Medical Genetics (ACMG)/American College of Obstetricians and Gynecologists (ACOG) have recommended a core panel of 23 mutations that will identify 49–98% of carriers, depending on ethnic background. Using a genotyping technology that can rapidly identify disease-causing mutations is important for high-throughput general-population carrier screening, confirming clinical diagnosis, determining treatment options, and prenatal diagnosis. Here, we describe a proof-of-concept study to determine whether the Ion Torrent Personal Genome Machine (PGM) sequencer platform can reliably identify all ACMG/ACOG 23 CF transmembrane conductance regulator (CFTR) mutations. A WT CF specimen along with mutant DNA specimens representing all 23 CFTR mutations were sequenced bidirectionally on the Ion Torrent 314 chip to determine the accuracy of the PGM for CFTR variant detection. We were able to reliably identify all of the targeted mutations except for 2184delA, which lies in a difficult, 7-mer homopolymer tract. Based on our study, we believe PGM sequencing may be a suitable technology for identifying CFTR mutations in the future. However, as a result of the elevated rate of base-calling errors within homopolymer stretches, mutations within such regions currently need to be evaluated carefully using an alternative method.     

缓冲蛋白胨水前增菌对冷鲜鸡表面微生物变化的影响

缓冲蛋白胨水(Buffered peptone water,BPW)是常用于微生物分离培养的增菌液,为了解BPW增菌对微生物结构的影响,以冷鲜鸡污染微生物为研究对象,在杭州超市采集20只冷鲜鸡样品,分别用BPW增菌0、2、6、12、24 h,检测菌落总数的变化,分析不同增菌时间对沙门氏菌检出率的影响。并选择2只冷鲜鸡不同增菌时间的BPW增菌液,提取细菌基因组DNA,分别用DGGE分析和高通量测序分析其菌群结构变化。结果显示,菌落总数随增菌时间增加而增加,增菌6 h后极显著增加(P 0. 01),增菌24 h与其他时间差异极显著(P 0. 01);沙门氏菌检出率在BPW增菌的前0～12 h增加,随着增菌时间的延长而增加,其中增菌12 h阶段检出率最高,为40%,而在24 h时下降,为15%。DGGE结果显示,增菌0～12 h条带丰富,24 h条带减少,与增菌0～12 h的菌群结构有显著不同的聚类。高通量测序显示在门的水平上,变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)是冷鲜鸡表面优势菌门,占85%以上;在BPW增菌24 h后,菌群结构发生较大变化,变形菌门相对丰度降低,厚壁菌门(Firmicutes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度增加。在属水平上,BPW增菌12 h以内,优势菌主要为不动杆菌属(Acinetobacter)、希尔氏菌属(Shewanella)、假单胞菌属(Pseudomonas)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter),而BPW增菌24 h后,在未增菌前,相对丰度较低消化链球菌属(Peptostreptococcus)、梭杆菌属(Fusobacterium)、变形杆菌属(Proteus)、漫游球菌属(Vagococcus)、拟杆菌属(Bacteroides)和摩根氏菌属(Morganella)成为主要的优势菌。由此说明BPW增菌时间对沙门氏菌的检出率、微生物数量和菌群结构有显著的影响,在前增菌时应选择合适的增菌时间。     

SD大鼠原代胰岛细胞分离、纯化及培养技术的改进

目的:探讨大鼠胰岛细胞分离、纯化及培养的方法,并评价其生物学功能。方法:选用8~10周龄健康SD大鼠,采用胆总管逆行注射预冷胶原酶P溶液,37℃水浴静止消化,30目不锈钢筛网过滤,Ficoll400非连续密度梯度离心纯化。分离后的胰岛用DTZ染色计算胰岛产量,胰岛素释放试验评价其生物学功能。结果:胰岛细胞分布于Ficoll400浓度为23%~20%和20%~11%的界面之间。DTZ染色呈红色细胞团,胰岛产量为(606±56)IEQ/胰腺。纯度高达80~90%,活率≥90%,胰岛素释放功能良好。结论:胶原酶P溶液原位消化,Ficoll400纯化是一种高效简便的胰岛分离方法,分离的胰岛细胞数量多、纯度高及活性好。     

不同类型脂肪酸对SD大鼠血清脂肪酸及胰岛素抵抗的影响

目的分析中链饱和脂肪酸（MC-SFA,MCF组）、长链饱和脂肪酸（LC-SFA,LCF组）、n-6多不饱和脂肪酸（n-6 PUFA,SUF组）和n-3多不饱和脂肪酸（n-3 PUFA,TUF组）四种脂肪酸对大鼠血清脂肪酸及胰岛素抵抗的影响。方法雄性SD大鼠40只随机分为5组,对照组给予普通日粮,高脂组给予脂肪热量比相同的高脂日粮。喂养10周,每18 d测定空腹血糖（GLU）、血清脂肪酸、血清胰岛素水平,根据胰岛素敏感性指数（ISI）=ln1/（FPG×FINS）评定大鼠的胰岛素敏感性。结果10周后,LCF组和SUF组大鼠体重显著高于对照组和其它高脂组;LCF组血清胰岛素显著高于对照组（P﹤0.05）;LCF组、TUF组ISI显著低于对照组（P﹤0.05）;各组间血糖无明显差异（P〉0.05）。SUF组、TUF组血清LC-SFA浓度显著低于LCF组（P﹤0.05）;TUF组血清（n-3 PUFA）显著高于对照组和其它高脂组（P﹤0.05）。结论不同类型脂肪酸的高脂饲料对SD大鼠的血清脂肪酸组成和含量有显著的影响,SD大鼠脂肪沉积及胰岛素抵抗程度随血清脂肪酸代谢作用的不同而变化。