一种简便高效的改良降落PCR

降落(touchdown,TD)PCR通常涉及15个退火温度,程序设计复杂。报道了一种简便高效的改良降落PCR,只需5个降落退火温度,以杜氏盐藻(Dunaliellabardawil)基因组为模板,设计一对引物扩增胡萝卜素生物合成相关(carotenebiosynthesisrelated,cbr)基因的第3外显子。实验证实该方法程序简单,比标准降落PCR步骤简化70%,且产物的特异性及效率都有较大提高。     

耐甲氧西林葡萄球菌和肠球菌blaTEM及tetM基因检测

目的了解临床分离的耐甲氧西林葡萄球菌(MRS)和肠球菌中blaTEM及tetM基因存在状况。方法分离50株耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA),7株耐甲氧西林表皮葡萄球菌(MRSE)、5株耐甲氧西林溶血葡萄球菌(MRSH)、15株粪肠球菌和9株屎肠球菌,采用PCR技术检测耐药基因。结果MRSA、MRSE、MRSH、粪肠球菌和屎肠球菌中blaTEM基因阳性率分别为40.0%、57.1%、60.0%、6.7%和88.9%,tetM基因阳性率分别为100%、0%、0%、66.7%、0%。结论blaTEM基因阳性率在MRS中较高,在屎肠球菌中则很高;携带tetM基因是MRSA和粪肠球菌对四环素耐药的主要原因。     

凹甲陆龟沙门氏菌的分离鉴定及毒力因子基因的PCR检测

从成都动物园因腹泻死亡的凹甲陆龟体内分离到一株病源菌,经选择性分离培养、生化试验、血清型鉴定等,确定该病源菌为D群肠炎沙门氏菌,其抗原结构式为1,9,12∶ g,m∶ -.该菌株对小鼠有较强的致病性,能引起人工感染小鼠大量死亡,且从其体内分离到相同特性的菌株;药物敏感性试验证实该分离菌对头孢曲松、氧氟沙星、卡拉霉素、多粘菌素、复方新诺明、呋喃唑酮等敏感,对链霉素、四环素、氯霉素等耐药;同时根据GenBank中已报道的沙门氏菌毒力因子ivnA和ivnE的基因序列,设计两对特异性引物对该菌进行PCR检测,结果在该菌中成功扩增并检测出ivnA和ivnE基因.本试验尝试了沙门氏菌的PCR检测方法,为该分子诊断技术的全面推广奠定了良好基础,也为今后该疾病的预防、诊断和治疗提供了科学的实验数据.     

PCR结合反向斑点杂交法检测石蜡包埋组织中的曲霉感染

目的评价PCR结合反向斑点杂交法检测福尔马林固定、石蜡包埋组织中曲霉感染的可行性。方法选取39例病理证实曲霉感染的患者活检标本（21例为鼻窦感染标本、18例为尸检标本）,以1对真菌特有的28SrRNA保守序列结构作为真菌通用引物,以临床常见的4个曲霉菌种：烟曲霉、黄曲霉、黑曲霉、土曲霉的种特异性序列为种特异性探针,与扩增产物进行反向斑点杂交。结果尸检标本阳性率为55．6％（10／18）,鼻窦标本阳性率为76．2％（16／21）,特异性均为100％。在这些曲霉所致的系统性感染中,烟曲霉是主要的致病真菌。结论该方法能对临床无法培养的石蜡组织块进行回顾性病原学研究,并可以鉴定常见的曲霉菌种,有良好的特异性和敏感性,适用于临床曲霉感染的检测。     

卫氏并殖吸虫PCR和实时荧光PCR快速检测方法的建立

目的建立快速、灵敏、特异的分子生物学检测卫氏并殖吸虫的方法。方法根据卫氏并殖吸虫的特异性基因序列,设计适合于PCR检测的特异性引物及实时荧光PCR特异性引物和探针,并进行灵敏性和特异性试验。结果设计的引物和探针特异性强,所建立的检测方法灵敏度高。应用实时荧光PCR方法的检测灵敏度可达到0.1 pg/μL,比PCR方法的灵敏度高三个数量级。结论本研究所建立的PCR和实时荧光PCR技术检测卫氏并殖吸虫方法的特异性强,灵敏度高,为卫氏并殖吸虫感染的诊治提供了快速的检测技术手段。     

PCR在鸭瘟病诊断和免疫及致病机理研究中的初步应用

根据GenBank文献,应用Oligo 6.0分析软件合成了用于扩增鸭瘟病毒(duck plague virus,DPV)EcoRⅠ765bp片段的1对引物,上游引物(P1)位于EcoR Ⅰ片段的246～266nt,下游引物(P2)位于EcoRⅠ片段的727～744nt,以DPV CHa株DNA为模板,筛选PCR最佳反应条件,建立了检测DPV的PCR方法.应用该方法对强毒株DPV鸭胚培养物和弱毒株的鸡胚培养物进行扩增,均可获得498bp的DNA片段.而对正常鸭(鸡)胚和鸡马立克氏病毒、鸡传染性喉气管炎病毒、鸭病毒性肝炎病毒、多杀性巴氏杆菌、大肠杆菌、鸭副伤寒沙门氏菌和鸭疫里默氏杆菌培养物进行检测,结果均呈阳性.扩增产物测序结果与文献报道一致,证明了PCR方法的特异性.对DPV CHa株鸡胚毒提取物DNA进行检测,其最低检出量为10fg.用病毒分离、Dot-ELISA和PCR三种方法分别检测1990～2002年期间送检的临床样品,对所获得的结果进行χ2分析,证明PCR检出率明显高于前2种方法.CHa株免疫雏鸭后对血液、心、肝、脾、肺、肾、十二指肠、直肠、法氏囊、胸腺、胰腺、延脑、大脑、小脑、舌头、肌肉、骨髓、食道共18种组织和粪便进行PCR检测,结果表明:①皮下接种4h后,心、肝、脾、肾、法氏囊、胸腺、胰腺、延脑、大脑和小脑为阳性,8h后18种组织和粪便均为阳性;②口服接种4h后舌头和食道为阳性,8h后,心、肝、脾、肾、胸腺、胰腺、延脑、大脑、小脑、舌头、食道和血液均为阳性;③滴鼻接种4h后无阳性组织,8h后检测心、肝、脾、肾、胸腺、延脑、大脑、小脑、舌头、食道和血液,均为阳性;④三种途径免疫的鸭,于12h至第21天均检测出DPV DNA.DPV强毒SC1株人工感染成年鸭2h后,即能从脑、肝、脾、法氏囊和胸腺中检出DPV DNA.12h后和死亡鸭的心、肝、脾、肺、肾、十二指肠、直肠、法氏囊、胸腺、胰腺、脑、胸肌、食道、腺胃、血液、舌头、皮肤、骨髓等组织器官和口腔分泌物及粪便中,均检测到DPV的DNA.该研究为阐明鸭瘟病毒在体内分布提供了重要的数据.     

PCR和随机引物标记探针的方法比较

采用PCR标记法和随机引物标记法对小白鼠、欧洲田鼠(M icrotus arvalis和Pitymys duodecim costatus)的Sry基因保守区进行地高辛标记,结果显示PCR标记的探针灵敏度要高于随机引物法,同时对两种标记方法进行了比较,为进一步进行Southern杂交研究打下了基础。     

实时荧光定量PCR技术的研究进展与应用

实时荧光定量PCR技术(real-time fluorescent quantitative PCR,FQ-PCR)以其特异性强、灵敏度高、重复性好、定量准确、自动化程度高、速度快、全封闭反应等优点在人类和动物疾病的快速检测、食品安全检测、定量分析、基因分型、基因表达研究、以及疫苗效力测定中成为分子生物学研究的重要工具...     

Characterization of a family B DNA polymerase from Thermococcus barophilus Ch5 and its application for long and accurate PCR

The family B DNA polymerase gene from the euryarchaeon Thermococcus barophilus Ch5 (Tba5) contains an open reading frame of 6198 base pairs that encodes 2065 amino acid residues. The gene is split by three inteins that must be spliced out to form the mature DNA polymerase. A Tba5 DNA polymerase gene without inteins (genetically intein-spliced) was expressed under the control of the pET-28b(+)T7lac promoter in E. coli Rosetta 2(DE3)pLysS cells. The molecular mass of the purified Tba5 DNA polymerase was about 90 kDa consistent with the 90,470 Da molecular mass calculated based on the 776 amino acid sequence. The optimal pH for Tba5 DNA polymerase activity was 7.5 and the optimal temperature was 70–75 °C. The enzyme possessed 3′ → 5′ exonuclease activity and was activated by magnesium ions. PCR amplification using Tba5 DNA polymerase enables high-yield for 1- to 6-kb target DNA products, while 8- to 10-kb target DNA products were amplified at low or inefficient levels. To simultaneously improve product yield and amplification fidelity, Tba5 plus DNA polymerase mixtures were constituted with various amounts of Tba5 DNA polymerase mixed with Taq DNA polymerase. The Tba5 plus DNA polymerase mixtures robustly amplified up to 25-kb λ DNA fragments. In addition, the PCR error rate of Tba5 plus3 and Tba5 plus4 mixtures were much lower than those of wild-type Tba5 DNA polymerase, Pfu DNA polymerase, Taq DNA polymerase, and Pfu plus DNA polymerase.     

产ESBLs大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌呼吸道分离株的基因分型及耐药性分析

目的了解深圳市人民医院大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌呼吸道分离株超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)的基因型特点及耐药性。方法采用临床实验室标准化协会(CLSI)推荐的表型确证试验筛选出该院呼吸道分离株产ESBLs大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌共78株。应用PCR及DNA测序法分析产酶株的TEM、SHV及CTX-M3种β-内酰胺酶基因,用琼脂稀释法测定细菌最低抑菌浓度(MIC)。结果 37株产ESBLs大肠埃希菌中,28株(75.7%)检出CTX-M-14基因,4株(10.8%)检出CTX-M-9基因,其他型较少见。41株肺炎克雷伯菌中,25株(61.0%)检出SHV-12基因,4株(9.8%)检出SHV-11基因,其他SHV型较少。20株(48.8%)检出CTX-M-14基因,5株(12.2%)检出CTX-M-3基因,其他型较少。产ESBL菌株均对亚胺培南敏感,对氨苄西林/舒巴坦的耐药率最高(90%),对其他抗生素有不同程度耐药。结论深圳市人民医院呼吸道分离的产ESBLs大肠埃希菌以CTX-M-14型为主,产酶肺炎克雷伯菌以SHV-12和CTX-M-14型为最常见。     

人工接种后稻曲病菌在水稻穗部增殖状况的观察和检测

采用显微观察和PCR检测分析了人工接种后稻曲病菌在水稻穗部的增殖状况。结果表明：分生孢子萌发后产生的菌丝首先附着在花粉上或花丝上,柱头上未发现有菌丝附着;后期（接种后8d）在柱头上有附着菌丝的花粉粒。显微观察和PCR检测结果表明：在不同的小穗内菌丝增殖的速度不同,该结果为进一步研究该病的发生规律提供了信息。     

通用型转铁蛋白融合表达载体的构建及应用价值

构建通用型转铁蛋白融合表达载体,利用PCR方法扩增编码人转铁蛋白N端半分子的基因片段,通过酶切、连接、转化等分子克隆方法构建通用型转铁蛋白融合表达载体。PCR扩增了一个长约1.1 kb的包含ScaI酶切位点的基因片段,插入pPICZα的PmlI和XbaI酶切位点,转化后进行菌液PCR鉴定,成功获得重组子pPICZα-TfN,测序结果表明载体构建成功,重组质粒pPICZα-TfN能被ScaI酶切。本研究成功构建通用型转铁蛋白融合表达载体,构建的载体可以用于转铁蛋白融合表达载体的构建。     

在单个PCR管内快捷完成定点突变

采用大引物方法,利用质粒多克隆位点两侧的普通测序引物作为旁侧引物,在单个PCR管内,经2个步骤共34个循环进行定点突变. 该方法通过优化模板和引物的量达到降低PCR循环次数, 通过加入10个在68℃复性条件下的PCR循环达到增加突变效率而无需胶纯化.本方法达到平均62%的突变效率,而且全长扩增产物的产率很高.     

勒氏笛鲷微卫星位点的筛选及特征分析

采用PCR法快速筛选勒氏笛鲷(Lutjanus russelli)基因组文库, 以获得(CA)_n微卫星位点。勒氏笛鲷基因组DNA经限制性内切酶HaeⅢ+ DraⅠ双酶切后, 连接T-载体克隆, 构建基因组文库。以通用引物M13+/-与重复序列引物(CA)15对基因组文库进行筛选, 二次筛选后得到121个可能含有微卫星位点的阳性克隆。进行序列测定, 共获得53个CA(n≥7)重复序列, 重复次数主要分布于7~15(80.77%)。在所得微卫星序列中, 重复单元除CA外, 还观察到单碱基、三碱基、四碱基、五碱基重复单元。根据侧翼序列设计48对引物, 通过优化PCR反应条件, 可获得清晰可重复的目的条带。研究旨在为勒氏笛鲷遗传多样性研究及遗传图谱的构建等奠定基础, 为勒氏笛鲷资源的合理开发利用提供参考。     

微流控芯片分析技术在生化研究中的应用进展

综述了微流控芯片分析技术在生物和化学领域中进展,主要从药物筛选、PCR、细胞研究和微流控芯片电泳4个方面总结目前的进展。     

鸟类性别决定机制及性别鉴定的研究进展

鸟类的性别决定是一个多基因参与的级联调控过程。这一过程受Z染色体连锁的DMRT1基因, W染色体连锁的PKC1W和其它多种因子共同调控。本文综述了性别决定基因及其功能、性别鉴定方法等方面的研究进展。Abstract： Avian sex determination is a multiple gene regulation cascade. Genes such as the Z chromosome-linked DMRT1 gene, W chromosome-linked PKCIW gene and other factors have been demonstrated to be involved in this process. In this paper, we review the recent progress in this field. The investigation of functions of sex determinate genes and methods of sexing birds are discussed here.     

几种芽胞杆菌溶血素BL基因及其溶血素的检测

用PCR方法对几种芽胞杆菌溶血素BL基因进行了检测,结果表明7株蜡样芽胞杆菌含有溶血素BL基因hblA、hblC、hblD,其他枯草芽胞杆菌、多粘类芽胞杆菌、地衣芽胞杆菌检测到部分溶血素基因;通过血平板培养的方法检测结果表明只有含有溶血素全部基因的菌株才会产生溶血环,从而为筛选不产生溶血素的有益芽胞杆菌奠定一定基础。     

PCR扩增试验的动力学数学模型

PCR技术已日趋成熟,但因为影响因素较多、反应过程比较复杂,直到目前PCR技术已创立近二十年,尚未能给出较好的描述PCR 反应的数学方法。我们根据它的基本原理提出了能够描述其反应过程的动力学方程：Wamp=［Ntarg×(1+P)n1+0.5×Cenz×U×P×Ceactiv×(n-n1)-Ntarg× (1+n×P)］×Cu×M,准确地描述了PCR反应的产物积累规律,建立了PCR反应的动力学数学模型。用动力学数学模型预测的PE 7700仪器的CT值与仪器的实际数值一致。动力学数学模型配合适当的监测设备可以构成自动化的PCR 定量仪器。PE 7700 仪器使用本动力学模型处理、分析数据,定量结果的准确性会更好。各实验室可根据各自的实验条件,由模型估算PCR产物数量,为PCR后产物继续处理提供较准确的数量信息。本模型阐明了PCR反应在多次循环后必然由指数扩增转变为线性扩增的分子基础,为定量PCR 提供了准确的计算方法。 Abstract:The PCR technique has been set up for nearly twenty years and is becoming more and more ripe.But because of the multiple influencing factors and complicated reaction procedures,no mathematical method that can describe the PCR reaction has been given.On the basis of its elementary principle,we suggested a kinetic equation to describe the reaction procedure,Wamp=［Ntarg×(1+P)n1+0.5×Cenz×U×P×Ceactive×(n-nl)-Ntarg×(1+n×P)］×Cu×M.This equation can describe correctly the accumulation rule of PCR product and thus build up the kinetic-mathematical model of PCR reaction.The predicted CT value of PE 7700 by the kinetic-mathematical model was in accordance with the real value detected by the machine.This kinetic-mathematical model accompanied by proper detecting equipment and computer could make an automatic PCR instrument,which would produce much better result.A laboratory can predict the amount of PCR product by this model and provide accurate information for further handling of PCR product according to its own condition.In this model,the molecular basis that PCR reaction is doomed to change from exponential amplification to linear amplification had been clarified.     

产ESBL克雷伯菌与大肠埃希菌质粒分布的初步研究

比较产超广谱 β 内酰胺酶克雷伯菌与大肠埃希菌质粒的表型与分布。用BlaTEM引物经PCR技术将 5 1株克雷伯菌与 2 9株大肠埃希菌编码产超广谱 β 内酰胺酶的质粒扩增 ,琼脂糖凝胶电泳分离目的片段后得到完整的质粒电泳图谱。克雷伯菌与大肠埃希菌存在有相同大小的产超广谱 β 内酰胺酶的质粒。 2种细菌有产ESBL相同质粒 ,PCR技术可用于产超广谱 β 内酰胺酶细菌质粒的分析。     

PCR结合反向斑点杂交法检测侵袭性曲霉感染的初步实验研究

目的评价PCR结合反向斑点杂交法检测动物模型和临床免疫抑制患者的侵袭性曲霉感染的可行性。方法建立侵袭性曲霉感染动物模型,收集动物血清和健康人群、免疫抑制患者的血清,进行PCR-种特异性探针检测。以1对真菌特有的28S rRNA保守序列结构作为真菌通用引物,以临床常见的4个曲霉菌种,即烟曲霉、黄曲霉、黑曲霉、土曲霉的种特异性序列为种特异性探针,与扩增产物进行反向斑点杂交。结果PCR-探针杂交检测动物接种后24h时阳性血清为16/24,48h为18/24,72h为19/24,96h为24/24。阳性率为80%,特异性为95.8%。同时取血行真菌培养,烟曲霉阳性率仅为5%。临床标本显示两例确诊IA患者血清均为阳性,且能鉴定菌种。健康对照人群标本检测显,阴性38例,假阳性2例。结论PCR-探针杂交法较传统血培养法能更快速、灵敏地检测动物模型的侵袭性曲霉感染,并可用于对IA高危患者的监测。