真核生物基因近论

由于哺乳动物、家禽、两栖类以及动物病毒 基因内沉默DNA插人序列的发现,生物学家 对基因的认识发生了一个飞跃。他们对真核基 因的近论要点简略如下。     

真核生物tRNA基因的表达

真核生物ｔＲＮＡ基因的表达金由辛（中科院上海生化所分子生物学国家重点实验室,上海２０００３１）真核细胞的生长周期真核生物ｔＲＮＡ基因的表达研究远落后于蛋白质基因的表达研究。原因很明显：１。ｔＲ－ＮＡ基因表达的终产物为ＲＮＡ,它在中心法则遗传信息传递过程中才走了半程;2。蛋白质基因表达受基因工程的推动。     

真核生物基因工程的遗传学基础

基因的非载体转移在本文中只是相对于基因的载体转移而言的,这不是一个特定的术语,它只是被用来概括所有不借助于载体而转移基因的各种手段。有时个别的手段并不被认为是基因工程,但是值得注意的是,它们作为遗传学的研究手段和作为真核生物基因工程的技术基础所具有的意义,现在先分别介绍非载体转移基因的各种途径。     

真核生物基因工程的遗传学基础

四、借助于非载体的基因转移 基因的非载体转移在本文中只是相对于基 因的载体转移而言的,这不是一个特定的术语, 它只是被用来概括所有不借助于载体而转移基 因的各种手段。有时个别的手段并不被认为是 基因工程,但是值得注意的是,它们作为遗传学 的研究手段和作为真核生物基因工程的技术基 础所具有的意义,现在先分别介绍非载体转移 基因的各种途径。     

真核生物基因工程的遗传学基础

基因工程作为一个新的研究领域问世尚不 足十年,但它在深度和广度上发展得非常迅速。 概括地说,基因工程研究的范畴有3个,它们彼 此独立而又有联系。第一,基因工程以其独特 的整套技术和方法渗透到分子遗传学基础研究 的各个领域,使分子遗传学进人一个新的时代, 有人称之为新遗传学。     

真核生物rRNA基因的转录调节

核糖体RNA(rRNA）基因的转录直接决定着细胞核糖体的生物发生,而后者与细胞的生长、增殖等行为相适应.研究发现,rRNA基因转录以RNA聚合酶Ⅰ（Pol Ⅰ）为核心,有多种因子参与,并受到多种调控因子的严密调节控制;各调控因子不仅均有自己特异的作用位点,而且又彼此关联、相辅相成.本文在简要介绍真核生物rRNA基因转录基本过程与涉及的主要因子的基础上,重点阐述了rRNA基因转录的主要调节方式,包括ERK、mTOR和JNK等信号转导通路对转录因子磷酸化的影响;转录因子的乙酰化;细胞周期相关因子和其它因子的多种作用方式等. 概括起来看,真核生物rRNA基因转录调节的核心机制是调节转录因子间及转录因子与DNA间的相互作用或影响染色质结构,从而实现对rRNA基因转录的调控,以满足特定生理/病理状况下细胞对rRNA量的要求.     

真核生物基因工程的遗传学基础

基因工程作为一个新的研究领域问世尚不足十年,但它在深度和广度上发展得非常迅速。概括地说,基因工程研究的范畴有3个,它们彼此独立而又有联系。第一,基因工程以其独特的整套技术和方法渗透到分子遗传学基础研究的各个领域,使分子遗传学进入一个新的时代,有人称之为新遗传学。它的特点是人们可以从     

真核生物的V形基因调控模型和基因调控关系的预测

我们研究发现,有些果蝇基因的外显子和插入序列的碱基组成没有明显区别.这种基因编码的蛋白质C-末端氨基酸序列与其转录的mRNA尾随片段高度亲和.这种母基因与其编码的子蛋白质高度亲和的特性,我们称为母子相亲机制.用这些基因的尾随片段进行同源搜索,然后再分析同源序列所在位置的RNA结构,结果发现:1)位于基因启动子位置的,其结构为茎环结构,说明该同源序列是基因启动子的重要组成部分;2)位于插入序列中的,出现了一种象钥匙一样的结构,它的一端为回文形成的茎环结构,为钥匙的柄,另一端为单链结构,为钥匙的舌.这两种序列可能参与了基因的调控.由此,我们建立了一个的V形的基因调控模型.这个模型包括3个主体:被控基因、编程基因、启动基因.编程基因提供蛋白质与被调控基因的启动子序列结合,决定被调控基因是否可以表达的.而启动基因转录成的RNA通过剪切等加工,产生一种结构象钥匙的microRNA(miRNA),它可以启动被调基因.根据母子相亲机制和V形调控模型,以及回文规则,我们设计出了一种尾随片段搜索筛选法,预测真核生物基因的互控关系.     

真核生物Ⅱ类基因的转录起始

真核生物Ⅱ类基因的转录起始是一个非常复杂并且受到严格调控的过程. 它涉及到染色体结构的改变、顺式作用元件和反式作用因子相互作用等多种过程. 关于Ⅱ类基因基础转录起始复合物在启动子区的装配的研究,目前存在两种模型,即分步组装模型与RNAPⅡ全酶模型,它们分别是基于体外重建转录实验的结果以及酵母中RNAPⅡ全酶巨酶体系的发现而提出的. 在转录激活的分子机制上目前认为存在两个相互联系的过程,即解抑制作用和真正的激活作用.     

真核生物基因组转录诱导融合基因的研究进展

真核生物的基因组由基因和基因间区组成.基因转录时,从转录起始点开始到该基因的转录终止点结束,形成独立的转录单元.然而有少量的文献表明,转录有时会通读基因间区,产生包含上游基因、基因间区和下游基因的融合基因转录本.融合转录本经基因间剪接而成为有功能的成熟转录本.对真核生物转录诱导融合基因的基因间剪接方式、产生机制和意义进行了综述.     

真核生物基因启动子的计算机预测及其软件资源

真核生物基因启动子一直是现代分子生物学的研究热点。随着近年来生物技术和计算机技术的高速发展,应用生物信息学技术对真核生物启动子的计算机预测及相关软件开发取得了较大进展。文章将主要对真核生物启动子Ⅱ的预测研究进展和软件资源作一简单介绍。     

真核生物双向启动子的结构与功能

双向启动子(bidirectional promoter)是指位于两个相邻且转录方向相反的基因之间 的一段DNA序列.双向启动子的双向转录机制可能是两个RNA聚合酶同时聚集在无核小 体区的边界,然后在两个方向上起始转录.双向启动子在真核生物基因组中广泛分布 ,大多数的双向启动子缺少TATA盒,而具有较高的GC含量和丰富的CpG岛.本文概述了 双向启动子双向起始转录的最新研究,并对其在双向转录基因对共表达和稳定性表达 调控中的作用及其应用做了详细阐述.     

真核生物FANCJ-like蛋白的结构与进化

FANCJ-like蛋白是一类ATP依赖的5′-3′DNA解旋酶,参与DNA损伤修复、同源重组及G4-DNA拆解,在基因组稳定性维持过程中发挥重要功能。文章系统分析了47种真核生物的FANCJ-like蛋白,对其序列结构特征及起源进化进行了深入探讨。真核生物FANCJ-like蛋白包含4类成员——XPD、CHL1、RTEL1和FANCJ,但在真菌的一些世系及昆虫中存在严重缺失现象,如接合菌门(Zygomycota)缺失了RTEL1,担子菌门(Basidiomycota)和子囊菌门(Ascomycota)缺失了RTEL1和FANCJ,双翅目昆虫缺失了FANCJ。FANCJ-like蛋白不仅包含经典解旋酶共有HD1和HD2结构域,而且在HD1结构域中插入了自身特有的Fe-S、Arch和Extra-D结构域。Fe-S和Arch结构域在4类成员中较保守,Extra-D结构域在XPD中不存在,在其他3类成员中也各不相同。在FANCJ-like蛋白的Fe-S、Arch和Extra-D结构域中分别发现了7个、10个和2个特有模体;除了已报道的保守模体外,HD1和HD2中分别发现了5个和12个特有模体。从这些特有模体的组成和排布来看,RTEL1和FANCJ最为相近,它们在HD2区包含两个独有模体Vb2和Vc,可能与其G4-DNA解旋活性相关。进化方面的证据表明,FANCJ-like蛋白起源于一种HD1区插入了Fe-S和Arch结构域的DNA解旋酶,在多细胞真核生物出现之前,该蛋白通过3次复制事件和随后的特异化过程,依次形成了目前真核生物所包含的4类FANCJ-like蛋白。     

真核生物转录延长因子TFⅡS的结构和功能

真核生物转录延长因子ＴＦⅡＳ的结构和功能徐晨明,明镇寰（杭州大学生物系,杭州３１００１２）关键词转录延长因子ＴＦⅡＳ,转录延长复合物真核生物的转录调控是一个十分复杂的过程,它除转录起始时起始因子介导的转录调控外,还包括延长因子介导的转录调控和终止水平...     

真核生物系统发育和多样性概观

Our understanding of eukaryote biology is dominated by the study of land plants, animals and fungi. However, these are only three isolated fragments of the full diversity of extant eukaryotes. The majority of eukaryotes, in terms of major taxa and probably also sheer numbers of cells, consists of exclusively or predominantly unicellular lineages. A surprising number of these lineages are poorly characterized. Nonetheless, they are fundamental to our understanding of eukaryote biology and the underlying forces that shaped it. This article consists of an overview of the current state of our understanding of the eukaryote tree. This includes the identity of the major groups of eukaryotes, some of their important, defining or simply interesting features and the proposed relationships of these groups to each other.     

真核生物中原核生物基因的来源被揭示

<正>多年来,人们一直认为真核生物基因组中所见的原核生物基因是在一个原核细胞器的内共生之后到达那里的。但最近的研究证据表明,在真核生物之间以及在原核生物和真核生物之间也存在实质性的横向基因转移。对细菌、古菌和真核生物基因组所做的这项分析,没有发现连续横向基因转移对真核基因内容的演化具有可以检测得到的累积影响的证据。相反,真核生物是在广泛的差异基因(differential gene)丢失之后、在相对于线粒体和质体起源的两次演化涌入事件中获得其原核生物基因的。     

真核生物中锌指蛋白的结构与功能

真核生物中的许多蛋白质分子包含锌指结构区,这类蛋白称为锌指蛋白.锌指蛋白因其包含特殊的指状结构,在对DNA、蛋白质和RNA的识别和结合中起重要作用.许多锌指蛋白的锌指结构域包含能与DNA特异结合的区域,并与某些效应结构域（如KRAB、SCAN、BTB/POZ、SNAG、SANT和PLAG等）相连,这类锌指蛋白常作为转录因子起作用,可调控靶基因的转录.一些锌指蛋白包含蛋白质识别结构域（如LIM锌指、MYND锌指、PHD锌指和RING锌指等）,它们能够特异地介导蛋白质之间的相互作用,因此被称作蛋白适配器.此外,某些锌指蛋白还可以结合RNA,起转录后调控作用.本文就锌指蛋白与DNA、RNA以及蛋白质分子间的相互作用作一综述.     

水稻组蛋白H_3基因的分离和组织结构分析

用噬菌斑原位杂交法,从一个水稻新品系的EMBL,基因文库中筛选到了两个组蛋白H,基因克隆,并制作了它们的限制性内切酶图谱,分析了它们的组织结构。其中λRH_3-1克隆包含2个组蛋白H_3基因区(分别为0.5kb和0.8kb的BamHI-EcoRI片段,两基因区距离5.8kb)。而λRH_3-2克隆只带有1个结构特异的H_3基因区(5.2kb的EcoRI-HindⅢ片段)。本文还就水稻组蛋白H_3基因在整个基因组中的组织结构特点进行了讨论。