活疫苗及其生产基质中Sendai病毒RT-PCR检测方法的研究

目的建立检测Sendai病毒的RT-PCR方法并应用于活疫苗及其生产基质中Sendai病毒的检测.方法将Sendai病毒E17株接种9日龄鸡胚尿囊腔,72h后收集尿囊液,用于提取病毒RNA,并逆转录成cDNA,用两对针对Sendai病毒NP基因设计的外引物和内引物分别进行扩增.扩增产物克隆于T-载体,并测序.尿囊液按10倍倍比稀释,进行敏感性实验.将该方法用于检测乙脑减毒活疫苗和用于生产疫苗用的普通级乳地鼠肾中的Sendai病毒.结果外引物和内引物的PCR分别扩增出684bp和248bp的片段,外引物PCR产物的测序结果与Genbank报告的序列完全一致.敏感性实验结果表明,第一次PCR可检测到10-4病毒滴度,巢式PCR可检测到10-7病毒滴度.乙脑减毒活疫苗和乳地鼠肾的检测结果为阴性.结论建立检测Sendai病毒的RT-PCR方法具有很高的特异性和敏感性.     

西部马脑炎病毒基因组序列的半套式RT-PCR检测

为进一步提高RT－PCR检测西部马脑炎病毒（WEE）病毒基因组方法的敏感性,采用半套式PCR扩增病毒基因组特异序列,首先采用逆转录法将病毒基因组RNA逆转录为cDNA,然后以此cDNA为模板,进行扩增。对扩增后电泳检查无可见DNA条带的产物进行半套式PCR;与此同时对扩增的循环数、Mg^ 浓度和退火温度等条件进行了优化,以进一步提高扩增的特异性。结果第一轮PCR未扩出特异笥片段的WEE病毒稀释度,其半套式扩增出特定大小的DNA产物;同时优化的条件提高了扩增产物的特异性。扩增产物约为190bp的单一DNA片段,其大小与预期的相一致,结果表明采用半套式RT－PCR方法检测WEE病毒的基因组序列的敏感性可提高100倍以上。     

引物悬挂延伸PCR扩增白藜芦醇合酶cDNA

为了得到葡萄白藜芦醇合酶(RS)基因的cDNA,实验以葡萄叶片为材料,利用引物悬挂延伸PCR法,以葡萄总DNA为模板,先分别扩增得到编码白藜芦醇合酶的第一外显子和第二外显子的序列,再以这两个序列为模板,进行第二轮的PCR,得到大小与RS基因大小相同的片段,经PCR产物测序证明,两个外显子已经准确无误地拼接,此片段就是RS基因。     

RT—PCR方法扩增白蛉热病毒M片段的研究

为建立扩增未知序列白蛉热病毒M片段的RT—PCR方法,本研究选取7个血清组成员和8个未分组血清型,共42株白蛉热病毒为RT—PCR检测对象。通过排列GenBank中已知的4型白蛉热病毒M片段氨基酸序列,选择保守区设计引物。根据保守区各已知病毒的cDNA特异序列合成寡核苷酸,将相同区的寡核苷酸等量混合成为“鸡尾酒”引物,用于RT—PCR。扩增产物经电泳检测,纯化后直接测序。引物对Ph—M—2FM和Ph—M—3RM扩增产物长度约为600bp,从42株病毒中扩增出34株,阳性率为81．0％。另一引物对Ph—M—2FM和Ph—M—4R2M扩增产物长度约为1400bp,扩增出22株病毒,阳性率为52．3％。测出序列经BLAST检索,与GenBank中已知白蛉热病毒同源。本研究首次成功地应用RT—PCR扩增不同血清型未知序列白蛉热病毒的部分M片段,并测出扩增产物序列,为白蛉热病毒属成员的基因鉴定和种系发生关系分析提供了实验手段,并将有助于白蛉热病毒感染的基因诊断。     

豇豆胰蛋白酶抑制剂cDNA在大肠杆菌中的克隆与表达

从即将成熟的豇豆予叶中分离出总RNA,逆转录合成cDNA第一条链。参照已知的几种Bowman—Birk型胰蛋白酶抑制剂基因序列,设计并合成了两段寡核苷酸引物,以单链cDNA为模板,进行PCR扩增,得到320bp的均一扩增产物,克隆到pBluescrip sK(+)的EcoRV位点上并转化大肠杆菌JM101。酶切图谱及DNA序列分析表明克隆到的片段含有编码完整80个aa的豇豆胰蛋白酶抑制剂结构基因和一段编码27aa的前导序列。利用限制酶NcoI对其前导序列进行缺失,只保留成熟蛋白结构基因上游第一个ATG密码子并克隆到大肠杆菌表达载体pKK233—2中进行表达研究,从转化细菌的提取物中检测到了外源CpTJ基因表达产物对胰蛋白酶的抑制活力。     

大乳头水螅RACE cDNA文库的构建

目的:为筛选和克隆大乳头水螅发育调控相关基因的全长cDNA,构建大乳头水螅RACE cDNA文库.方法:提取大乳头水螅总RNA后从其中分离mRNA,运用SMART技术构建RACE cDNA文库.为鉴定所构建文库的质量,根据GenBank中大乳头水螅actin基因cDNA序列设计5'RACE和3'RACE的引物及用于扩增actin基因编码区全长序列的引物.结果:琼脂糖凝胶电泳结果表明,RACE cDNA文库中全长cDNA的长度集中在500-2 000bp之间.5'RACE、3'RACE PCR及扩增actin基因编码区全长序列时均以本文构建的大乳头水螅RACE cDNA文库为模板,这3个PCR反应均能扩增出产物,产物大小与目标片段预计大小相似.PCR产物分别经T/A克隆及测序后证明为大乳头水螅actin基因cDNA的相应序列.结论:RACE cDNA文库的成功构建为通过RACE方法获得大乳头水螅功能基因cDNA全长序列奠定了基础.     

草鱼CYP1A和ACT基因cDNA片段的克隆与鉴定

以Trizol法分别提取BNF诱导和对照处理草鱼的肝组织总RNA并合成cDNA第一链,以此为模板利用1对ACT特异性引物和(8条)6对CYP1A简并引物进行扩增。结果显示,引物对F0-R0在对照和诱导草鱼中均扩增得到预期ACTcDNA片段,而引物对F4-R4在诱导草鱼中获得预期CYP1A cDNA产物。这两个cDNA片段分别进行克隆、测序和比对,BLAST结果表明草鱼ACTcDNA片段(800 bp)与GenBank中ACT基因(登录号M25013)同源性为99.1%,推导氨基酸序列同源性为99.2%;草鱼CYP1A cDNA片段(439 bp)与鲤鱼同源性最高,为92.5%,推导氨基酸同源性为96.6%。上述序列提交GenBank,获得登录号分别为DQ211096和DQ211095。通过Mega 3.1软件的Neighbor-joining程序对CYP基因的部分cDNA序列和氨基酸序列进行比对分析并绘制进化树,根据CYP1A部分蛋白的系统发育关系,在进化上可以将参与比对的真骨鱼划分为4个主要的分支。     

传染性支气管炎病毒核衣壳蛋白基因克隆及在E.coli中的表达

核衣壳蛋白基因 (N基因 )是传染性支气管炎病毒的重要结构基因 .根据已报道的序列设计引物 ,利用RT PCR技术从病毒RNA中扩增和克隆到了N基因的cDNA ,并测定了核苷酸序列 .克隆的N基因片段ORF全长 12 30bp ,编码 4 0 9个氨基酸 .将该片段序列与其他IBV病毒株比较 ,核苷酸的同一性为 87 0 %～ 98 6 %,氨基酸的同一性为 91 0 %～ 98 1%.将该cDNA亚克隆到pBV2 2 0表达载体 ,转化大肠杆菌DH5α菌株 ,Western印迹检测 ,获得了分子量约 4 5kD表达蛋白     

登革热病毒基因组末端cDNA的克隆及序列分析

采用磁性分离技术从登革热病毒(D2-04株)感染的C6/36细胞中分离了D2-04病毒RNA.以该RNA为模板进行RT-PCR,分别扩增了D2-04 RNA 5′和3′端cDNA片段,该cDNA片段分别克隆到pGEM-3Z质粒多聚接头的HincⅡ位点得到含有5′端284 bp及3′端525 bp cDNA的重组质粒.通过荧光标记引物及双脱氧核苷酸PCR方法测定了上述cDNA插入片段的序列.同源性比较结果证明D2-04株与其他不同株间的同源性较高,可达93%～98%;不同型间的同源性较差, 仅80%左右; 属间的同源性更低.     

棉铃虫细胞色素P450 cDNA片段的克隆与序列分析

以 5龄实验室敏感品系棉铃虫Helicoverpaarmigera的总RNA为模板 ,采用简并性引物 ,利用反转录 -多聚酶链式反应 (RT PCR)扩增出了 2个新的长度分别为 2 3 7bp和 2 40bp的cDNA片段。序列分析表明 ,2 3 7bp的cDNA片段与棉铃虫P45 0CYP4家族有较高的相似性 ,最高达 73 %;而 2 40bp的cDNA片段与CYP6家族有较高的相似性 ,最高达 49%。