COL9A1基因与先天性马蹄内翻足的相关性研究

应用限制性片段长度多态性技术结合测序方法,分析了84个先天性马蹄内翻足核心家系COL9A1基因内2个SNP位点rs592121与rs1135056的基因型;应用ETDT软件统计分析各SNP位点基因型与先天性马蹄内翻足的相关性;应用TRANSMIT软件构建单倍型并统计分析单倍型频率是否存在差异; 采用半定量RT-PCR方法检测25例马蹄内翻足患儿肌肉及肌腱组织COL9A1基因mRNA的表达。结果发现rs592121及rs1135056位点在先天性马蹄内翻足中均存在传递不平衡( P < 0. 05)。马蹄内翻足患儿组织中COL9A1基因表达水平高于正常组织(t = 4.7500, P < 0. 05)。提示COL9A1基因可能是先天性马蹄内翻足重要的易感基因。     

COL1A1基因转录调控序列变异与单纯性马蹄内翻足的相关性

采用半定量RT-PCR方法检测20例单纯性马蹄内翻足患儿下肢肌肉及肌腱组织中COL1A1基因mRNA的表达, 根据COL1A1基因转录调控区-1 031 bp~ +30 bp及第1内含子的序列, 设计8对引物, PCR扩增后, 采用变性梯度凝胶电泳技术筛查突变并测序。半定量RT-PCR结果表明, 与正常对照组相比, 单纯性马蹄内翻足患儿患侧肌肉及肌腱组织中COL1A1基因表达水平明显上调(t =12.680, P＜0.05); 经PCR-DGGE筛查并测序发现1名患者存在-161(C→T)的杂合变异, 另1名患者存在+274(C→G)的纯合变异。二者均为新发现的变异。提示COL1A1基因转录调控序列变异可能是单纯性马蹄内翻足的致病原因之一。     

HOXD13、FHL1和先天性马蹄内翻足的相关研究

为研究HOXD13、FHL1和先天性马蹄内翻足的关系, 应用变性梯度凝胶电泳技术检测HOXD13基因在先天性马蹄内翻足个体中的突变, 应用半定量RT-PCR及免疫组织化学技术检测HOXD13、FHL1在先天性马蹄内翻足患者肌肉组织中的表达; 并用软件预测FHL1基因上游HOXD13的结合位点, 凝胶阻滞试验(Electrophoretic mobility shift assay, EMSA)验证HOXD13和FHL1的相互作用。结果84例先天性马蹄内翻足患者中未发现HOXD13基因编码区突变存在。与同期正常足部肌肉组织相比HOXD13(33.3%), FHL1 (46.6%)在先天性马蹄内翻足患者肌肉组织中表达明显下调。EMSA结果表明, 当HOXD13存在时出现特异的DNA阻滞条带。上述结果说明：HOXD13的编码区突变可能不是先天性马蹄内翻足发生的原因, 而HOXD13和 FHL1表达水平的改变可能与马蹄内翻足畸形的发生有关, HOXD13可能通过直接调控FHL1发挥作用。     

基质金属蛋白酶-9 基因单核苷酸多态性与肺结核病的相关性研究

目的:探讨基质金属蛋白酶-9(matrix metalloproteinase-9,MMP-9)基因多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与肺结核的相关性。方法:对符合纳入及排除标准的肺结核病例组224例及健康对照组249例进行血样收集与临床资料采集。采用飞行时间质谱分析方法对MMP-9基因rs17576、rs2236416、rs3787268、rs3918254共4个多态性位点进行基因分型,数据统计分析采用SPSS20.0和Haplo View 4.0软件进行。结果:我们首次发现,在病例及对照组中,rs17576基因型频率分布存在统计学差异(X~2=7.822,P=0.020)。与对照组相比,病例组G等位基因频率显著高于对照组(X~2=7.335,P=0.007,OR=1.463,95%CI=1.110-1.927)。病例组rs17576基因型分布中,GG和AG基因型患者吸烟史显著高于AA基因型患者;GG和AG基因型患者卡介苗接种史显著低于AA基因型患者。连锁不平衡分析发现一个单倍型(rs17576-rs3918254)高度连锁(D'0.7;r~20.8)。在病例组及对照组中,G-C和A-C单倍型频率分布存在显著性差异,病例组中G-C单倍型频率显著高于对照组(P=0.022),对照组中A-C单倍型频率显著高于疾病组(P=0.024)。结论:MMP-9基因rs17576多态性位点可能与肺结核有关,携带有rs17576位点G等位基因的个体更易发生肺结核。携带G-C(rs17576-rs3918254)单倍型的个体更易患肺结核病,携带A-C(rs17576-rs3918254)单倍型的个体相对不易患肺结核病。     

口腔扁平苔藓患者的CIITA基因单倍型分析

目的:分析CIITA基因中单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)的单倍型与口腔扁平苔藓(Oral Lichen Planus,OLP)之间的关系,并探讨计算单倍型的新方法。方法:在得到42名患者与86名对照的CIITA基因中15个SNP位点的信息后,通过Haploview和SHEsis软件以及本研究组设计的频数计数法进行单倍型分析。组间比较使用χ2检验,并以P=0.05作为统计检验标准。结果:在本研究群体中,CIITA基因上的15个SNP位点能够形成两个单体域(haploblock),其中由位点rs6498124,rs11647384和rs4774所组成的单倍型GAC在三种单倍型分析方法中均显示出显著的统计学差异(Haploview:Chi2=6.127,P=0.013;SHEsis:Chi2=6.469 P=0.011;频数计数法:Chi2=5.460,P=0.019)。结论:在由CIITA基因的SNP位点rs6498124,rs11647384,rs4774组成的单体域中,单倍型GAC对OLP的患病具有潜在的保护性。频数计数法显示,rs4774位点本身的保护性及其与同一单体域内另外两个位点之间的完全连锁不平衡关系是单体型GAC显示出保护性的主要依据。提示单倍型对疾病易感性的解释在于其中的特定SNP位点等位基因型,及其该位点与其它相关位点间的连锁不平衡关系。     

葡萄糖转运体9(GLUT9)基因启动子区的rs13124007(G/C)及rs6850166(G/A)位点的单核苷酸多态性(SNP)与汉族女性痛风相关性研究

目的:探讨葡萄糖转运体9(GLUT9)基因启动子区的rs13124007(C/G)及rs6850166(A/G)位点的单核苷酸多态性(SNP)与中国汉族女性人群痛风易感性之间的相关性.方法:选取185例痛风患者和300例正常对照者,提取基因组DNA,采用聚合酶链式反应(PCR技术),特异性扩增GLUT9基因所需要的目的片段,对扩增的目的片段进行测序后,比较痛风组和正常对照组的基因型频率及等位基因频率分布情况.结果:女性痛风组中GLUT9基因的启动子区rs13124007和rs6805116两个位点的基因型频率分布与正常对照组相比,统计学上无明显的差异(X2=0.906,P=0.636;X2=3.335,P=0.189),rs13124007 SNP位点的C等位基因频率和rs6850166SNP位点的A的等位基因频率与正常对照组相比也无明显的统计学差异(X2=0.506,P=0.477;X=3.268,P=0.071).结论:葡萄糖转运体9(GLUT9)基因启动子区的rs 13124007(C/G)及rs6850166(A/G)位点的单核苷酸多态性(SNP)与中国汉族女性人群痛风易感性无明显的相关性.     

COL1A1及IGF-1基因与中国北方汉族人群高度近视相关性研究

目的:探讨I型胶原α1链(collagen I alpha-1,COL1A1)基因和类胰岛素生长因子-1 (insulin-like growth factors-1, IGF-1)基因与中国北方汉族人群高度近视的相关性。方法:收集2011年10月~2017年1月经我院眼科视光学中心诊疗的高度近视眼患者286例(病例组)及正常对照者201例(对照组),病例组按照眼球中轴长度分为A组(眼轴长度≥27 mm)126例和B组(眼轴长度27 mm)160例。用血液基因组DNA提取试剂盒提取受试者外周静脉抗凝血中的基因组DNA,采用多重PCR反应和基因测序得到目标片段COL1A1基因的多态位点rs2075555、rs2075554、rs2269336、rs1107946、rs1007086,IGF-1基因的多态位点rs12423791、rs10860860、rs2946834、rs6214的碱基序列,用卡方检验和Logistic回归分析的方法分析病例组和对照组之间各基因分布的差异。结果:病例组和正常对照组COL1A1基因的单核苷酸多态性位点的基因型频率和等位基因频率均无显著性差异(P0.05)。病例组和正常对照组IGF-1基因的rs12423791位点的基因型频率和等位基因频率有统计学差异(P=0.016),其他3个位点的单核苷酸多态性位点均无显著性差异(P0.05)。病例A组和对照组及A组和B组之间COL1A1基因的5个单核苷酸多态性位点分布均无显著性差异(P0.05),IGF-1基因的rs12423791位点有统计学差异(P=0.033)。结论:胶原类基因COL1A1的多态性与中国北方汉族人群高度近视的发生无显著相关性,IGF-1基因的rs12423791位点的多态性与中国北方汉族人群高度近视的发生有显著相关性。     

SLC6A4基因多态性与海洛因依赖的关联性研究

目的:探讨5-羟色胺转运体基因(solute carrier family 6 member 4,SLC6A4)基因4个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点与海洛因依赖之间的关系。方法:严格按照诊断标准,选取无亲缘关系的海洛因依赖个体397例(病例组)及健康对照个体402例(对照组)提取基因组DNA,采用SNaPshot SNP分型技术对SLC6A4基因4个SNP位点(rs1042173,rs3813034,rs6354,rs7224199)进行基因分型,比较病例-对照组间各位点等位基因、基因型频率的差异。结果:病例组和对照组SLC6A4基因rs1042173和rs3813034位点的基因型和等位基因频率比较存在显著性差异(P0.05),rs1042173的C等位基因(P=0.031,OR=1.317,95%CI=1.026-1.691)及rs3813034的C等位基因(P=0.013,OR=1.375,95%CI=1.069-1.768)是海洛因依赖的危险因素。病例组TCC单倍型(rs7224199、rs3813034和rs1042173)的比例较对照组显著增高(P0.05)。结论:SLC6A4基因rs1042173和rs3813034多态性可能与海洛因成瘾有关,携带有rs1042173的C等位基因和rs3813034的C等位基因的个体及携带TCC单倍型的个体可能更容易对海洛因产生依赖。     

CNR1、GAD1和BDNF基因多态性与云南傣族男性海洛因依赖的相关性分析

为了探讨大麻素受体1基因(Cannabinoid receptor 1,CNR1)3个SNP位点(rs6454674、rs1049353和rs806368)、谷氨酸脱羧酶1基因(Glutamate decarboxylase 1,GAD1)3个SNP位点(rs1978340、rs3791878和rs11542313)、脑源性神经营养因子基因(Brain-derived neurotrophic factor,BDNF)2个SNP位点(rs6265和rs13306221)与云南傣族男性海洛因依赖的相关性,文章采用病例对照关联分析,建立8-SNPs复合扩增体系,应用SNaPshot方法检测165例傣族男性海洛因依赖患者和170例健康傣族男性CNR1、GAD1和BDNF基因8个SNPs位点基因型,采用SPSS17.0、Haploview4.2、PHASE2.1和MDR软件进行统计学分析。结果显示,rs13306221基因型频率在海洛因依赖组和对照组中的差异具有统计学意义(P<0.025),海洛因依赖组rs6265 A等位基因显著高于对照组(P<0.05),由rs1978340-rs3791878-rs11542313构建的T-A-C、C-C-C、C-C-T和T-C-C单体型及rs6265-rs13306221构建的A-G单体型频率在海洛因依赖组及对照组中差异具有统计学意义(P<0.05),海洛因依赖组T-A-C、C-C-T和A-G单体型频率明显高于对照组,GAD1基因rs1978340与rs3791878之间可能存在强协同的交互作用。结果表明,CNR1基因rs1049353多态性、GAD1基因rs1978340和rs11542313多态性以及BDNF基因rs6265和rs13306221多态性与云南傣族男性海洛因依赖相关联,并且携带rs6265 A等位基因的个体可能更容易对海洛因产生依赖。     

BRCA1 基因启动子区SNPs 与散发性乳腺癌易感性的相关研究

目的:探讨BRCA1基因启动子区rs11655505、rs73625095位点单核苷酸多态性与散发性乳腺癌易感性的关系。方法:采用ASA-PCR方法对200例乳腺癌患者(均经病理确诊)及200例正常女性BRCA1基因启动子区rs11655505(A/G)、rs73625095(A/G)位点单核苷酸多态性(SNP)进行分析,并将其PCR产物进行测序。结果:乳腺癌患者BRCA1基因启动子区rs11655505位点的A/G基因型频率为75%,显著高于正常人的40%;A/A基因型频率为7%,G/G基因型频率为18%,分别低于正常人的30%、30%。此位点的A或G等位基因在乳腺癌病例组及对照组中均无差别(x2=2.427,P=0.119);rs73625095位点的A/G基因型频率为68%,显著高于正常人的15%;G/G基因型频率为32%,低于正常人的84%;乳腺癌病例组中BRCA1基因启动子区rs11655505、rs73625095位点的A/G基因型与淋巴结转移与否相比,差别均有统计学意义(x2=7.321,P=0.026、x2=4.782,P=0.029)。结论:BRCA1基因rs11655505位点、rs736...