恒河猴Fas基因的克隆

目的研究猴艾滋病发病机制中细胞凋亡的作用,克隆凋亡相关基因Ｆａｓ的ｃＤＮＡ序列。方法从恒河猴腹股沟淋巴结中提取总ＲＮＡ,根据人的Ｆａｓ ｃＤＮＡ序列设计上、下游引物,通过ＲＴ－ＰＣＲ扩增出目的ｃＤＮＡ片段,将这一片段克隆到ｐＧＦＭ－Ｔ Ｅａｓｙ载体中,筛选阳性克隆并进行序列测定。结果首次克隆了恒河猴Ｆａｓ基因,编码序列为１００５ ｂｐ,将其序列提交ＧｅｎＢａｎｋ,收录号为ＡＹ００７５７２。结论克隆的新序列与ＧｅｎＢａｎｋ已收录的人和食蟹猴的Ｆａｓ基因在编码序列的长度上稍有区别,人的编码序列为１００８ｂｐ,食蟹猴的为９９６ ｂｐ。     

大熊猫犬瘟热病毒附着或血凝蛋白基因的序列分析

首次对犬瘟热病毒（ＣＤＶ）大熊猫（ＧＰ）毒株附着或血凝蛋白（Ｈ）基因进行了序列测定并与疫苗株Ｏｎｄｅｒｓｔｅｐｏｏｒｔ进行了比较。我们设计合成了４对引物,对ＧＰ株进行了ＲＴ－ＰＣＲ扩增与测序。Ｈ蛋白基因全长为１９４６ｂｐ,开放阅读框架（ＯＲＦ）始于２１－２３位的ＡＴＧ,终止于１８４２－１８４４位的ＴＧＡ,编码６０７个氨基酸,该基因序列已被ＧｅｎＢａｎｋ。将ＧＰ毒株与ＧｅｎＢａｎｋ中疫苗弱毒株Ｏｎｄ     

国内信息

我国真菌传植物病毒研究获重大进展浙江省农科院陈剑平副院长主持的“中国和欧洲真菌传麦类棒状病毒新种类、血清学特性及其基因组全序列研究”获重大进展。专家鉴定认为 ,该成果首次测定了 4种病毒 6个分离物基因组全序列 ,共计约 6万个碱基 ,占ＥＭＢＬ/ＧｅｎＢａｎｋ/ＤＤＢｊ基因数据库中登录的全部真菌传棒状病毒属基因组序列的 3/ 4 ,对该病毒属的研究将产生重大影响 ,此项成果处于国际领先水平。陈剑平等通过基因组全序列的测定和分析比较 ,鉴定出我国山东和欧洲 (法国和意大利 )发生的禾谷多粘菌传麦类病毒为真菌传棒状病毒属新种…     

在网络上作蛋白质序列分析

因特网上的Ｗｅｂ服务器是生物学家的主要网络资源[1] ,就目前的数学和计算机科学能力而言 ,不同的基因组序列项目产生的大量序列 ,仍是生物计算领域的主要挑战之一。如何从生物数据的海量中获取蛋白质序列最有价值的信息 ?首要条件是访问由几个生物计算中心如ＮＣＢＩ、ＥＢＩ、ＥＭＢＬ、ＳＩＢ和ＩＮ ＦＯＢＩＯＧＥＮ研究开发的最新序列和结构数据库 (例 :ＥＭＢＬ、ＧｅｎＢａｎｋ、Ｓｗｉｓｓ Ｐｒｏｔ、ＰｒｏｔｅｉｎＤａｔａＢａｎｋ)。网络蛋白质序列分析 (ＮｅｔｗｏｒｋＰｒｏｔｅｉｎＳｅｑｕｅｎｃｅＡｎａｌｙｓｉｓ,ＮＰＳ …     

我国发现两个新的TTV基因亚型

河南医科大学微生物与免疫学教研室科研人员在我国发现了两个新的ＴＴＶ基因亚型,已被收录于国际基因数据库。近年,研究者从众多的河南省各类肝炎患者中,筛选出４８例ＴＴＶ感染者,并对其病毒基因进行ＤＮＡ序列分析,发现了两个新的ＴＴＶ基因亚型,经国际基因权威部门ＧｅｎＢａｎｋ认定,并被命名为ＴＴＶＨＮ和ＴＴＶＨＮ２（即“河南１号ＴＴＶ病毒”和“河南２号ＴＴＶ病毒”）。这两个基因亚型已被收录在国际基因数据库,并于６月２２日通过互联网向全世界公布。我国发现两个新的TTV基因亚型@杨淑培     

破伤风毒素C部分的克隆及在大肠杆菌中的表达

用ＣＲ方法从破伤风杆菌基因组ＤＮＡ上坟增出破伤风毒素Ｃ部分（ｔｅｔａｎｕｓ ｔｏｘｉｎ ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｃ,ＴＴＣ）,经测序其基因片段由１３５６ｂｐ组成,可编码４５１个氨基酸残基的多肽。将其插入原核表达载体ｐＥＴ－２８ａ（＋）中,并在大肠杆力ＢＬ２１９ＤＥ３）中表达,其表达量占可溶性总蛋白质的８．２％;ＳＤＳ－ＰＡＧＥ和免疫印迹分析表明,ＴＴＣ基因（该基因ＧｅｎＢａｎｋ登录号为ＡＦ１５４８２）表     

稻瘟病菌侵染诱导的水稻早期反应基因的cDNA片段克隆与序列分析

以稻瘟病菌感染水稻,利用ｍＲＮＡ差汞显示技术分离了稻瘟病菌侵染诱导的水稻早期反应基因ＥＲ１的ｃＤＮＡ片段。Ｎｏｒｔｈｅｒｎ ｂｌｏｔ分析表明,ＥＲ１基因在稻瘟病菌侵染水稻叶片６ｈ后开始表达,８ｈ最强,１０￣１２ｈ开始减弱,１６ｈ消失。Ｓｏｕｔｈｅｍ ｂｌｏｔ分析表明,ＥＲ１基因属于水稻基因组。对ＥＲ１基因片段进行了克隆和序列分析。经查询,在ＧｅｎＢａｎｋ中没有与ＥＲ１同源的基因序列。     

美国能源部资助的微生物基因组研究概况

自 1 995年 1 2月完成第一个微生物 (流感嗜血杆菌 )全基因组测序以来[1] ,微生物基因组学策略和技术提高很快 ,促进了其他生命形式 (包括人类 )的基因组学发展 ,开创了生物基因组计划新时代[2 ] 。短短几年内 ,互联网数据库中各种生物基因组数据迅速增长。 1 998年 2月 2 0日美国Ｓｃｉｅｎｃｅ杂志评选的当年世界十大科技进展 ,将微生物基因组图谱的构建列为其中第六项 ,同年 3月 2 7日Ｓｃｉｅｎｃｅ杂志编者指出 :生物基因组革命可以同工业革命和计算机革命所带来的变化相比 ,是“第三次技术革命”[3 ] 。微生物全基因组测序 ,不仅是人…     

微生物单细胞基因组技术及其在环境微生物研究中的应用

单细胞及单细胞基因组学研究是近年生命科学研究的热点之一,微生物单细胞基因组学研究是继微生物元基因组学(又称宏基因组学,Metagenomics)之后新发展起来的,可有效获取环境中大量无法培养的微生物遗传信息的技术。微生物单细胞基因组技术包括单细胞获取、全基因组扩增、全基因组测序以及数据分析等步骤,目前该技术在环境微生物研究中的应用主要集中于探索未被元基因组技术或其它常规技术探测到的新型功能基因,或是对环境中物种丰度极小的未培养微生物的发现,以及对微生物细胞生命进化过程的研究等。本文对微生物单细胞基因组技术中单细胞获取和全基因组扩增所涉及到的不同方法以及应用此技术对环境微生物取得的主要研究进展进行综述。     

微生物基因组研究进展

本综述了微生物全基因组测序的基本方法,数据收集和组装,序列缺口的填充、全基因组序列注释。同时对微生物基因组的研究现状和重大意义也作了简单概述。     

稻瘟病菌侵染诱导的水稻早期反应基因的cDNA片段克隆与序列分析

以稻瘟病菌感染水稻,利用ｍＲＮＡ 差异显示技术分离了稻瘟病菌侵染诱导的水稻早期反应基因ＥＲ１（ｅａｒｌｙ ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ ｇｅｎｅ） 的ｃＤＮＡ 片段。Ｎｏｒｔｈｅｒｎ ｂｌｏｔ 分析表明,ＥＲ１ 基因在稻瘟病菌侵染水稻叶片６ ｈ 后开始表达,８ ｈ 最强,１０ ～１２ ｈ 开始减弱,１６ ｈ 消失。Ｓｏｕｔｈｅｒｎ ｂｌｏｔ 分析表明,ＥＲ１ 基因属于水稻基因组。对ＥＲ１ 基因片段（２１９ ｂｐ） 进行了克隆和序列分析。经查询,在ＧｅｎＢａｎｋ 中没有与ＥＲ１ 同源的基因序列。     

基因库(GenBank)的电子邮件检索

基因库（ＧｅｎＢａｎｋ）是由美国国立卫生研究院、美国国立医学图书馆以及美国国家生物技术信息中心建立发行的,所有已知核酸和蛋白质序列及其文献和生物学注释的公共数据库。可以通过ＷＷ Ｗ 、ＦＴＰ、Ｅ－ ｍ ａｉｌ获取其中的数据,本文主要介绍了查询服务器的检索方法。     

苏云金芽孢杆菌基因组研究概况

迄今为止,全球已有2个Bt株菌株完成了全基因组测序,1个Bt菌株正在拼接中,15个Bt菌株正在进行测序中.已有22个Bt质粒完成了全序列测定.Bt是作为生物农药使用最广泛的微生物菌株,也是最为成功地将其杀虫晶体蛋白基因应用于植物转基因的微生物.在基因组进化、新基因发现、基因表达调控等方面一直是科学家研究的热点,并取得了相当多的成果.本文概述了苏云金芽孢杆菌基因组测序现状、基因组特征及比较基因学等方面的研究进展.     

昆虫杆状病毒基因工程研究新进展

80年代出现的昆虫杆状病毒载体表达系统 ,在国内外研究与应用发展很快 ,笔者就这一方面的新进展作一综述。1　杆状病毒基因的原核及真核系统表达粉纹夜蛾 (Ｔｒｉｃｈｏｐｌｕｓｉａｎｉ)颗粒体病毒 (ＴｎＧＶ)编码的病毒增强因子 (ｖｉｒａｌｅｎｈａｎｃｉｎｇｆａｃｔｏｒ,ＶＥＦ)基因是第一个被克隆、测序的昆虫病毒增效基因[1] ,该基因含有 3,5 5 6ｂｐ (ＧｅｎＢａｎｋＤ12 6 17) ,Ｇ +Ｃ为 46 5 % ,编码的增效蛋白由 90 1ａａ(ＧＶｅｎＰｅｐｔＢＡＡ0 2 141)组成。 1998年Ｒｉｎｃｏｎ -Ｃａｓｔｒｏ等该基因插入苜蓿尺蠖 (Ａｕｔ…     

微生物基因组研究及其对生命科学的影响

微生物基因组研究是人类基因组计划 (ＨＧＰ)的一部分 ,主要含有以下三类[1 ] :人类基因组计划中的“模式生物”(ｍｏｄｅｌｏｒｇａｎｉｓｍ) ,即重要病原微生物和对阐明生物学基本问题有价值的微生物。自 1 995年流感嗜血杆菌 (Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ)的全基因组序列完成以来 ,微生物基因组研究范围不断扩大 ,目前已达 1 0 0多项 (ｈｔｔｐ ://ｗｗｗ .ｔｉｇｒ.ｏｒｇ,1 999/5/1 9) ,已完成测序的微生物 2 5个 ,其中 1 9个已发表。微生物基因组研究对人基因组计划及微生物学 ,甚至整个生命科学都产生了巨大影响。1…     

通过电子邮件开展核酸和蛋白质序列分析

近年来,许多核酸和蛋白质序列数据库如ＧｅｎＢａｎｋ、ＥＭＢＬ、ＤＤＢＪ、ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ、ＰＤＢ等均建立了与Ｉｎｔｅｒｎｅｔ的连接,并开通了电子邮件服务器,向用户免费提供序列分析服务。只要用户按规定的格式向电子邮件服务器发送序列分析请求,电子邮件服...     

如何向基因库(GenBank)发送核酸序列数据

基因库（ＧｅｎＢａｎｋ）是美国国家生物技术信息中心（ＮａｔｉｏｎａｌＣｅｎｔｅｒｆｏｒＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＮＣＢＩ）开发的一个核酸序列数据库,其网址为：ｈｔｐ：／／ｗｗｗｎｃｂｉｎｌｍｎｉｈｇｏｖ／。它是公开获取的...     

微生物基因组研究

人基因组计划(Human Genome Project HGP)是一项国际性的研究计划,其目标是要把人基因组大约10万个基因、30亿对核苷酸定位和序列分析,是一项可与“人类登月计划”相比拟的空前浩大的工程,它的实施对医学和人类认识自身有着划时代的意义,它的完成对人类疾病的控制有极其重要的作用。要完成这样的项目,如果用传统的方法来进行,几乎是不可思议的,而各种自动化的大规模基因分析技术和计算机为基础的信息处理技术不断出现,大大加快了基因组分析的进程。对微生物基因组进行分析,在人基因组计划中仅是作为一种“模式生物”(model organism),用它们来试验方法,验证     

熊猫等动物犬瘟热病毒附着蛋白基因的遗传多样性

为了研究犬瘟热病毒（ｃａｎｉｎｅ ｄｉｓｔｅｍｐｅｒ ｖｉｒｕｓ,ＣＤＶ）大熊猫株、小熊猫株和长春犬株附着蛋白（Ｈ）基因的遗传这异,对Ｈ基因进行了序列测定。上述３个ＣＤＶ毒株的Ｈ基因全长均为１９４６ｂｐ,开放阅读框架（ＯＲＦ）始于２１－２３位的ＡＴＧ,终止于１８４２－１８４４位的ＴＧＡ,编码６０７个氨基酸。与ＧｅｎＢａｎｋ中１５个ＣＤＶ株推导的Ｈ蛋白氨基酸序列比较发现,１６个野毒株潜在的Ｈ－联糖基     

微生物基因组精简优化的研究进展

微生物基因组精简优化是构建合成生物学底盘细胞的重要策略.文中从基因组精简的整体设计出发,归纳了微生物的必需基因及其确定方法,重点介绍了各种微生物基因组精简策略,分析了多种基因组精简菌株的特点,充分展示了基因组精简优化在构建合成生物学底盘细胞中的重要作用.