谭清苏铁性别连锁的RAPD和SCAR分子标记

利用RAPD(Random amplified polymorphicDNA)分子标记技术,寻找谭清苏铁(Cycas tanqingii)中与性别相关的分子标记,筛选了160个10bp的随机引物,产生了2500多个RAPD条带。只有引物S0465(CCCCGGTAAC)产生了一条大约500bp的雌性特异RAPD标记,该分子标记出现在所有的供试雌性植株中,而所有的供试雄性植株都不具有该标记。对该特异片段进行了克隆和序列测定,并根据序列分析结果将RAPD标记转化为重复性和特异性更好的特异特征序列扩增区域(SCAR)分子标记,并命名为STQC-S465-483。分子标记的建立可用于谭清苏铁幼苗性别的早期鉴定,为谭清苏铁就地保护和迁地保护提供技术支持。     

谭清苏铁性别相关的RAPD标记研究

以谭清苏铁(Cycas tanqingii D.Y.Wang)雌雄植株半年生羽叶为材料,用优化的CTAB法分别提取其全基因组DNA,进行RAPD单因子梯度实验和正交实验以优化扩增条件。应用160个RAPD随机引物检测基因组DNA,雌雄植株均扩增出1450多条带,其中引物S0465扩增出与谭清苏铁雌株高度相关的RAPD标记,其大小约为500bp,该标记与雄株没有关联。     

大麻性别的RAPD和SCAR分子标记

利用随机扩增多态性DNA（random amplified polymorphic DNA,RAPD)技术获得与大麻性别连锁的分子标记,将10株雄性大麻或10株雌性麻的单个DNA样品等量混合分别组成雄性或雌性DNA池（DNApool),以提供具有相同遗传背景的雄,雄性DNA样品。每个随机引物分别用三个不同的循环程序进行PCR扩增,在30个随机引物中,用引物S401扩增得到一条约2．5kb雄性多态性片段,对该片段进行了克隆和序列分析 ,并根据序列分析结果将上述RAPD分子标记转化为重复性和特异性更好的SCAR（Sequence characterized amplified regions)分子标记。     

大麻性别的RAPD和SCAR分子标记

利用随机扩增多态性DNA(randomamplifiedpolymorphicDNA,RAPD)技术获得与大麻性别连锁的分子标记.将10株雄性大麻或10株雌性大麻的单个DNA样品等量混合分别组成雄性或雌性DNA池(DNApool),以提供具有相同遗传背景的雌、雄性DNA样品.每个随机引物分别用三个不同的循环程序进行PCR扩增.在30个随机引物中,用引物401扩增得到一条约2.5kb雄性多态性片段.对该片段进行了克隆和序列分析,并根据序列分析结果将上述RAPD分子标记转化为重复性和特异性更好的SCAR(sequencecharacterizedamplifiedregions)分子标记.     

南蛇藤雌性性别相关的RAPD和SCAR标记

南蛇藤(Celastrus orbiculatus Thunb)属卫矛科南蛇藤属落叶藤本植物,是中国传统中药材,雌雄异株,少量雄全同株。由于目前在分子水平上对南蛇藤性别差异的研究较少,极大地限制了对其的开发利用。本研究利用RAPD分子标记对南蛇藤雌株、雄株和雄全同株进行了差异比较。100个引物中有5个引物(S127、S140、S148、S174及S111)在不同性别南蛇藤的基因组DNA中扩增到存在明显差异的条带。根据序列分析的结果将RAPD引物转化成特异性较强的SCAR引物后,仅引物S111扩增出一条雌性特异性条带。序列分析发现,该片段包含两个超过100个氨基酸的开放阅读框,其功能有待进一步的研究。     

18种绣线菊分子身份证的构建和SCAR标记转化

取北方常见的18种绣线菊,用200条RAPD随机引物进行扩增,选出10条引物扩增出的清晰稳定、重复性好的图谱进行数据分析。10条引物共检测出51个位点。对凝胶电泳得到的谱带统计结果并赋值,用IDAnalysis 1.0软件进行数据分析的结果表明,仅需6条引物对应的7个位点可将18种绣线菊完全区分。在RAPD扩增过程中,找到三裂绣线菊的特异标记SL700,并将此标记转化成SCAR标记,这一特异标记在分子水平可将三裂绣线菊与其他17种绣线菊区分开来。     

水稻苯达松敏感致死基因的RAPD标记和SCAR标记

利用RAPD技术对水稻品种农林 8号 (含苯达松抗性基因Ben)和其突变体农林 8号m (含苯达松敏感致死基因ben)进行标记 ,从 36 0个 10bp寡核苷酸随机引物中筛选出 5个引物产生的 7个RAPD标记。经对多态性标记的克隆和序列分析 ,再设计PCR引物 ,将其中 4个RAPD标记OPG18/ 94 3、OPG18/ 972、OPD10 / 12 4 8和OPF0 3/ 1198转化成SCAR标记SCAR/G18/ 883、SCAR/G18/ 890、SCAR/G18/ 919/ 94 8、SCAR/D10 / 12 37、SCAR/F0 3/ 1186。通过对农林 8号×农林 8号mF2 分离群体 32 0个单株的连锁分析及在 1对含ben基因的近等基因系H12 1和Hben12 1中验证 ,标记SCAR/G18/ 883、SCAR/G18/ 890、SCAR/G18/ 919/ 94 8与Ben或ben基因共分离 ,SCAR/D10 / 12 37与Ben基因的遗传距离为 (14 .8± 2 .1)cM。经Southernblotting分析并结合F2 代分离比例表明 ,标记OPG18/ 94 3、OPG18/ 972及其转化的SCAR标记在基因组中为单拷贝序列 ,且OPG18/ 94 3和OPG18/ 972为一对等位STS位点。这是首次报道与ben或Ben基因相连锁的分子标记。本研究为利用分子标记辅助ben基因的转育及利用图位克隆技术分离ben基因提供了有用的分子标记。     

水稻苯达松敏感致死基因的RAPD标记和SCAR标记

利用RAPD技术对水稻品种农林8号(含苯达松抗性基因Ben)和其突变体农林8号m (含苯达松敏感致死基因ben)进行标记,从360个10 bp寡核苷酸随机引物中筛选出5个引物产生的7个RAPD标记.经对多态性标记的克隆和序列分析,再设计PCR引物,将其中4个RAPD标记OPG18/943、OPG18/972、OPD10/1248和OPF03/1198转化成SCAR标记SCAR/G18/883、SCAR/G18/890、SCAR/G18/919/948、SCAR/D10/1237、SCAR/F03/1186.通过对农林8号×农林8号m F2分离群体320个单株的连锁分析及在1对含ben基因的近等基因系H121和Hben121中验证,标记SCAR/G18/883、SCAR/G18/890、SCAR/G18/919/948与Ben 或ben基因共分离,SCAR/D10/1237与Ben基因的遗传距离为(14.8±2.1) cM.经Southern blotting分析并结合F2代分离比例表明,标记OPG18/943、OPG18/972及其转化的SCAR标记在基因组中为单拷贝序列,且OPG18/943和OPG18/972为一对等位STS位点.这是首次报道与ben或Ben基因相连锁的分子标记.本研究为利用分子标记辅助ben基因的转育及利用图位克隆技术分离ben基因提供了有用的分子标记.     

银杏性别相关分子标记

利用RAPD技术寻找银杏(Ginkgo biloba L.)中与性别相关的分子标记。筛选了1200个10bp的随机引物,产生了8372个RAPD条带。只有S1478产生一条大小为682bp、雄性特异的分子标记,该分子标记被命名为S1478—682,出现在所有雄性植株中,而所有雌性植株都不具有该分子标记。通过在北京和沈阳种植的银杏植株的RAPD推广验证,说明该分子标记可以用来检测银杏植株的性别。     

芽孢杆菌TS02特异RAPD标记的SCAR标记转化和验证

利用自主分离的蜡状芽孢杆菌菌株TS02, 采用RAPD方法对TS02及其同源性相近的5株芽孢杆菌(地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、短小芽孢杆菌) 进行了RAPD条带特异性分析, 从TS02基因组中筛选获得了一个533 bp的特异RAPD标记TSR1。TSR1克隆、测序后, 根据其序列设计出一对特异引物P1/P2进行扩增, 结果只在TS02中扩增得到目的片段, 而其余对照菌株扩增为阴性, 从而证明试验得到了在种水平上对该菌种进行准确鉴定的特异SCAR标记。     

Molecular Identification of Tropical Tasar Silkworm (Antheraea mylitta) Ecoraces with RAPD and SCAR Markers

The tropical tasar silkworm, Antheraea mylitta, has several ecoraces, 10 of which are commercially exploited for the production of tasar silk. These ecoraces are identified by morphological markers that are greatly influenced by photoperiod, humidity, altitude, and host plants. The DNA markers, random amplification of polymorphic DNA (RAPD), and sequence-characterized amplified region (SCAR) are identified to complement the existing morphological markers. Seven RAPD bands are selected that identify 8 of the 10 ecoraces. These identified RAPD fragments are sequenced and primers are designed for SCAR markers. Of the seven sets of primers, a single primer pair produced polymorphic SCAR bands that diagnose 5 of the 10 ecoraces. All 10 ecoraces are identified by the use of RAPD and SCAR markers together.     

RAPD and SCAR Markers Linked to a Gene Conferring Resistance to Angular Leaf Spot in Common Bean

Angular leaf spot, caused by the fungus Phaeoisariopsis griseola , is one of the most important bean diseases in Brazil. The objectives of this study were to determine the inheritance of angular leaf spot resistance and to identify random amplified polymorphic DNA (RAPD) and sequence-characterized amplified region (SCAR) markers linked to the resistance gene present in cv. Cornell 49-242, in a cross between this cultivar and susceptible cv. Rudá. The parents, F₁, F₂ and backcross-derived plants were inoculated with P. griseola pathotype 31-17 under environmentally controlled greenhouse conditions. The results indicate that one single dominant gene controls the resistance in Cornell 49–242. Two RAPD markers, OPN 02_890c and OPE 04_650c, were found to be linked in the coupling phase, at 3.2 and 12.5 c m of the resistance gene, respectively. To increase the reproducibility of the detection of marker OPN02_890c it was converted into a SCAR marker. It is proposed that the designation of Phg-2 be used for the angular leaf spot resistant gene present in Cornell 49-242.     

芥菜型油菜黄籽基因分子标记的开发

该研究在前期对‘吴旗黄芥’黄籽性状遗传图谱研究的基础上,利用白菜及拟南芥基因组信息,在芸薹属白菜A基因组BAC克隆KBrH105I15上设计了5对SCAR引物,在拟南芥第3染色体黄籽基因的同源区域At3g14120与At3g29615附近设计了6对IP引物,11对引物分别扩增F2群体(‘吴旗黄芥’ב武功褐芥’)的1 212个单株,开发与‘吴旗黄芥’黄籽基因更近的分子标记。结果表明:来自于白菜A基因组BAC克隆KBrH105I15上的Y12(Y12为共显性标记),以及来自于拟南芥第3染色体同源区域At3g24180的IP-6表现与‘吴旗黄芥’黄籽基因紧密连锁,其遗传距离分别为0.2和0.1cM,较之前最近的标记距离分别缩短0.3和0.2cM。这2个标记的开发对开展‘吴旗黄芥’黄籽基因的克隆奠定了基础。     

葎草雄性连锁的ISSR标记克隆及SCAR标记的建立

以雌雄异株植物薇草(Humulus scandens L.)为材料,通过优化扩增体系中的退火温度、Mg2+浓度及模板浓度等主要影响因素,利用简单重复序列间扩增标记对其雌雄株性别的基因组差异进行研究.结果表明,62条ISSR引物中有40条引物能扩增出稳定的条带,共产生302条带.引物164扩增出1条雄性连锁标记,经克隆测序,该片段长度为553 bp,AT含量为64.3%,根据测序结果设计特异引物,将该标记转化为稳定性更好的SCAR标记.     

基于SSR分子标记的延胡索遗传多样性研究

采用SSR分子标记分析延胡索的遗传多样性,筛选出多态性高、稳定性好的12对引物,对19个居群360份延胡索样品进行了群体遗传分析。结果表明:(1)12对SSR引物共扩增出多态性位点227个,检测到4~9个等位基因,平均等位基因数目为5.25个,表现出丰富的多态性;延胡索居群具有较高的遗传多样性(Na=5.25,I=1.192 6,H=0.387 9),物种间遗传分化程度高(Fst=0.388 3),基因流较弱(Nm=0.393 8)。(2)UPGMA聚类分析和贝叶斯距离分析结果表明,19个居群明显聚为4大支;Mantle Test结果(r=0.326,P=0.01)表明,地理位置相近的种群亲缘关系更近。研究认为,延胡索的遗传结构是该物种自交为主的繁育系统、克隆生长、地理隔离以及居群间有限的基因流共同作用的结果,故对该物种的保护应以就地保护为主。