生物科学专业信息资源推介

数据库名称BGI家蚕基因组数据库BGI SilkwormDatabase数据库网址http://silkworm.genomics.org.cn/数据库简介家蚕基因组有28条染色体,约4.8亿碱基对,估计有基因4万个。2003年11月,中科院华大基因和西南农大等单位已率先完成家蚕基因组"框架图"绘制工作,在此基础上构架家蚕基因     

揭开拟南芥基因组序列的奥秘

拟南芥植物的个体较小,生活周期短,很适于根农杆菌的转化,因此被认为是特别适合在实验室中进行遗传操作的模式植物。１９８７年,在美国密歇根州立大学召开的第三届国际拟南芥大会上,人们再次确认了这种植物的模式植物地位。由于拟南芥基因组较小,约１２０兆碱基对,而玉米和小麦的碱基对则大得多,前者约为２５００兆,后者１６０００兆。因此,拟南芥应是测定基因组序列最为理想的材料。另外,更为重要的是,尽管拟南芥的基因组没有在高等植物上普遍存在的大量DNA重复区,但它们却包含了植物发育、代谢、环境信号反应和抗病性等所…     

人类第14号染色体基因破译完毕

继人类第 2 2、2 1和 2 0号染色体上的基因被破译之后 ,人体第 14号染色体上的基因又被破译 ,人类对自身的了解更进一步。此前 ,参与“人类基因组测序计划”的各国科学家已公布了人类基因组草图和完成图 ,完成了对 30多亿个碱基对排列顺序的测定。此次研究可以算是人类基因组的后续工作。据悉 ,科学家们对第 14号染色体上的 80 0 0多万个碱基对完成了测序 ,对上面的所有基因进行了破译 ,共发现大约 10 0 0个基因 ,准确率达到 99.99%。此次确定的 10 0 0多个基因中有多个基因与一些遗传疾病密切相关 ,并有大量基因对人体免疫系统有重要意义。…     

关于拟南芥染色体图的国际项目

美国国家科学基金会(NSF)等发起的、近年来引人注目的测定拟南芥基因构造的项目即将开始.估计今年秋季整备事务局等机构的体制.日本准备参加上述项目研究的国立基础生物学研究所细胞信息部门的志村令郎教授说:"到2000年就能得知全部碱基序列.可能成为最早完成的"染色体项目".拟南芥(Arabidopsis thaliana)是十字花科植物之一,容易栽培.播种后6周就能获得第二代种子,作为实验材料.它具有类似于果蝇的特性.最大的特征是染色体小.染色体数是2n=10.核的单倍体染色体有7×10~7碱基对.重复序     

小鼠基因组草图完成

科学家们宣布已经完成了小鼠基因组的草图绘制的工作。华盛顿公告 :科学家们发表宣言说 :他们已经从实验小鼠的体中得到了其基因序列 ,并绘制出了基因草图 ,小鼠———一个种低等的啮齿类生物能使我们更多的了解人类生物体的构造 ,也使我们懂得怎样预防和控制疾病。来自 30余所大学和公司由数百名研究人员组成的序列分析工作组 ,积极投入到测序工作中 ,并分析小鼠的 2 5亿个碱基对的遗传信息。一些科学家把找到小鼠基因作为一个里程碑 ,其兴奋程度胜过去年人类基因组草图的完成 ,在麻省理工学院的基因研究中心参与基因测序工作的爱瑞克斯·…     

日本计划用白杨树基因培育新树种

日本森林综合研究所和物理化学研究所近日决定 ,今后两三年内在搜集所有白杨树基因的基础上 ,选取有用基因加以解析 ,以用于培育吸纳、贮存二氧化碳能力强的树木。白杨树大约有 5 .5万个碱基对 ,比已经完成基因测序工程的水稻碱基对稍多一点 ,是最有可能成为率先完成基因测序的树木 ,从而作为树木研究标本在国际上引人注目。据悉 ,现在美国已经开始了白杨树基因测序工作 ,研究白杨染色体的国际组织最近也已正式成立。然而 ,如果待白杨树基因测序完成之后再来培育新品种速度太慢 ,因此日本森林综合研究所决定将目标集中于有用基因 ,而且解析…     

人类第1号染色体基因测序完毕

英美科学家近日公布了人类第1号染色体的基因测序图,这个染色体是人类“生命之书”中最长也是最后被破解的一章。第1号染色体中共有2．23亿个碱基对,占人类基因组中碱基对总量的8％左右。科学家这次测序确定了人类第1号染色体     

植物“果蝇”——拟南芥Arabidopsis

如果果蝇是真核细胞和分子遗传学研究的模式系统,那么拟南芥则是植物生理学、植物发育生物学和植物分子遗传学研究的最好模式系统。其原因是:该植物株小,生长期短,每株结籽1万粒,种子很小,遗传习性优良,具有开花植物的全部特征,自交亲和,能远缘杂交,能用土壤根癌农杆菌转化。基因组小而简单,染色体5条,约70兆碱基对,仅是酵母基因组的5倍,比多数植物要小得多。拟南芥基因组中重复顺序少,多数DNA为单拷贝,极大地方便基因表达和调控的研究,其遗传距离也很小,共约500个摩尔根单位,因此,几次杂交就可确定一个新的基因在遗传图谱中的位置。拟南芥的分子遗传学背景知识十分丰富,BFLP遗传图谱     

国外大刊重要论文简介

拟南芥的全基因组插入突变体分析 ①AlonsoJM ,StepanovaAN ,LeisseTJetal.Science,2 0 0 3 ,3 0 1:653～ 657在拟南芥和水稻基因组测序完成后 ,下一步就是研究基因功能和基因调控。功能缺失突变体可用来分析功能未知基因。Alonso等创建序列标记的农杆菌T_DNA插入拟南芥突变体库中 ,最后获得的 15万个转化植物能够表达卡那霉素抗性并且独立繁殖。平均每株中含有 1.5个T_DNA插入片段 ,这意味着拟南芥突变体库大约包含 2 2 50 0 0个成功的T_DNA插入整合 ,几乎代表了拟南芥的整个基因区域。使用一个高通量插入位点恢复系统 ,其中 880…     

科学家公布最新的人类基因组图谱

新华网北京 2月 1 2日专电 (记者谢培 ,毛磊 ,姜岩 ) :继去年 6月 2 6日科学家公布人类基因组“工作框架图”之后 ,中、美、日、德、法、英等 6国科学家和美国塞莱拉公司今天联合公布人类基因组图谱及初步分析结果 .来自科技部和中国科学院的消息说 ,这次公布的人类基因组图谱是在原“工作框架图”的基础上 ,经过整理、分类和排列后得到的 ,它更加准确、清晰、完整 .对它的初步分析表明 ,人类基因组由31 .647亿个碱基对组成 ,共有 3万至 3.5万个基因 ,比蚯蚓仅多 1万个 ,比果蝇多 2万个 ,远小于原先 1 0万个基因的估计 .另外 ,科学家还发现…     

拟南芥——一把打开植物生命奥秘大门的钥匙

在过去的20年中,拟南芥作为模式植物广泛用于植物生命科学研究。历时10年的模式植物拟南芥的全基因组测序工作于2000年完成,通过测序获得的拟南芥基因组核苷酸序列全部公布在互联网上,有力地推动了植物生命科学研究向前发展。科学家提出的“2010计划”旨在通过全世界植物科学家的努力,到2010年能够尽可能多地了解拟南芥基因的功能。通过拟南芥研究所获得的信息将有助于人类对控制不同植物复杂生命活动机制的认识。     

研发动态

我国人基因组图谱研究取得重要进展 11月6日,Natue杂志以封面文章的形式,介绍了我国科学家在基因科学方面的最新成就：独立自主地完成了第一个中国人基因组序列图谱（定名“炎黄一号”）的绘制和分析工作。这篇论文描绘了第一个中国人的全基因组图谱,测序数据总量达到1177亿碱基对,基因组平均测序深度达到36倍,有效覆盖率高达99．97％,变异检测精度达99．9％以上。     

大肠杆菌青霉素G酰化酶基因及其邻近区域的核苷酸全序列

我们由E.coli AS1.76克隆了青霉素G酰化酶的基因,并且测定了其全部核苷酸序列。青霉素G酰化酶结构基因是由下述功能片段组成的:(1)编码信号肽(26个氨基酸残基)的78个碱基对;(2)编码α-亚基(209个氨基酸残基)的627个碱基对;(3)编码间隔肽(54个氨基酸残基)的162个碱基对;(4)编码β亚基(557个氨基酸残基)的1671个碱基对。此外,我们还发现起始密码子(ATG)前有个核糖体结合位点和启动子序列以及在终止密码子(TAA)之后有个转录终止信号。与最近发表的青霉素G酰化酶基因的DNA序列比较,同源性达99.7%。     

拟南芥不同组织基因表达及可变剪接差异分析

可变剪接是转录后重要的基因表达调控方式,也是转录组和蛋白质组多样性的重要来源. 近年来随着拟南芥、水稻、玉米等植物转录组测序的完成,研究人员发现植物pre-mRNA可变剪接的发生与组织分化、发育等生物学过程密切相关. 本工作基于GEO数据库的RNA-seq数据,使用高通量测序数据分析常用的Trimmomatic、Salmon、DESeq2、SUPPA2等工具,识别了拟南芥的种子、根、叶、花、花梗、节间、长角果共7种组织的表达基因和可变剪接事件,以及7种组织间的差异表达基因和差异可变剪接事件,并以叶和花为例展示了相应的生物学功能分析. 该工作系统地研究了拟南芥基因表达和可变剪接发生的组织特异性,有助于进一步阐明植物基因组的基因表达调控机制.     

人类和某些动植物的基因组大小

┌───────┬────────────┐│物种 │基因组大小(百万碱基对.) │├───────┼────────────┤│人类 │ 5800 ││黑腹果蝇 │ 150 ││普通栽培稻 │ 970 ││小麦 │ 5900 ││玉米 │ 5000 ││豌豆 │ 4500 ││豌豆(线校体) │ 0 .24 ││绿豆 │4 40一48公 ││西瓜(线粒体) │ 26 ││烟草 │ 1600 ││烟草(叶绿体) │0 .156844 ││洋葱 │ 1 4700 ││拟南芥 │ 100 ││川百合 │ 42000 ││酿酒醉母 │ 20 ││大肠杆菌 │ 3,86 ││花椰菜花叶病毒│ 0 .0081 │└───────┴───…     

国内信息

人类基因组“中国卷”率先绘制完成号称“生命登月”的人类基因组计划率先在中国取得突破。尽管中国参与时间最晚 ,但是我国科学家在不到两年时间里完成了所承担的染色体区域测序任务并在参与的六国中率先绘制出完成图。专家认为 ,“中国卷”的绘制完成 ,是我国科学家为破译人类基因组“天书”作出的独特贡献。存在于染色体上的基因 ,是具有遗传效应的ＤＮＡ分子片段。每个染色体含有一个ＤＮＡ分子 ,每个ＤＮＡ分子都含有 4种核苷酸 ,而核苷酸的排列顺序就决定了基因的差异。因此 ,人类基因组计划的核心任务之一就是测定 30亿个碱基对的序…     

部分柔性的核酸双螺旋构象的模型化研究

基于核酸结构单元的基本思想,在分析给出任意碱基对片段的自由度集合和两碱基对片段的简化自由度集合的基础上,建立了DNA/m5cDNA/RNA双螺旋结构的理论模型和两碱基对部分柔性的构象计算方法.利用本方法获得的标准B-DNA双螺旋构象参数与实验基本一致.根据DNA嵌插受体的统计性实验约束,优化产生了适用于阿霉素类抗癌药的三碱基对DNA片段的理论嵌插受体模型.     

番茄基因组研究取得重大突破

[本刊讯]由来自中国、美国、荷兰、以色列等14个国家的300多位科学家组成的"番茄基因组研究国际协作组"完成了对栽培番茄全基因组的精细序列分析。这项成果于2012年5月31日以封面文章发表在国际权威学术期刊《Nature》。番茄是研究果实发育的经典模式植物,其基因组有12条染色体,约9亿个碱基对。协作组坚持采用"克隆连克隆"和"全基因组鸟枪法"相结合的测序策略,历经8年多的艰苦努力,终于获得了高质量的番茄基因组序列。在解码的番     

改变世界的科学计划——人类基因组计划

1　人类科学史上的又一次革命2 0 0 0年 6月 2 6日 ,参与人类基因组计划的美、英、日、法、德和中国六国科学家 ,同时向全世界宣布人类基因组“工作框架图”绘制完成。2 0 0 1年 2月 1 2日 ,中、美、德、日、法、英等 6国科学家和美国塞莱拉公司又联合公布了人类基因组图谱及对它的初步分析结果 ,为新千年献上了一份厚礼 ,它标志着生命科学又向纵深迈进一步 ,科学家们的最新研究表明 :人类基因组有 31 647亿个碱基对组成 ,共有 3万至 3 5万个基因 ,比线虫仅多 1万个 ,比果蝇多 2万个 ,远小于原先 1 0万个基因的估计。而且在人类基因组中还…     

国外大刊重要论文简介拟南芥DNA全序列测定与分析完成

在2000年12月14日英国出版的NATURE杂志上(Vol.408:796～815),发表了植物分子遗传研究的模式开花植物拟南芥115.4 Mb的全序列图谱,原文的中文译名为“开花植物拟南芥的基因组序列分析”。拟南芥DNA全长125 Mb,只剩下10 Mb的中心着丝区DNA,因为多重复序列所含基因很少,还未全测出。拟南芥全基因组DNA包含25 498个功能基因组及其所对应的11 000个蛋白质家族。这是人类首次全部破译出一种高等植物的全基因序列,是在分子水平上向植物生命奥秘探索的又一里程碑式的工作。