基于SSR分子标记分析云南月季种质资源亲缘关系(英文)

利用简单重复序列SSR(simple sequence repeat)标记技术对48份月季种质资源(包括14份野生种、20份古老月季品种和14份栽培品种)的遗传多样性和亲缘关系进行了分析.结果表明,(1)18对SSR引物在18个SSR位点上共检测到160个等位基因,每一位点的等位基因变幅为6～13个,平均8.9个,材料间遗传相似系数变化范围为0.157 8～0.754 9,表明在分子水平上云南月季种质资源具有丰富的遗传多样性.(2)聚类分析结果显示,在相似系数为0.44处,可将 14个野生种明显分为6个组,这与植物形态学分类结果上基本一致;在遗传相似系数为0.40水平上将48份供试材料分为八大组群.(3)亲缘关系分析结果显示,5个野生种和所有古老月季品种与大多数栽培品种的亲缘关系较近.     

内蒙古3种生态型扁蓿豆遗传多样性与亲缘关系的分析

采用SSR分子标记结合21个表型性状对来自内蒙古3种生态型扁蓿豆种质资源的遗传多样性和亲缘关系进行了分析.结果表明:3种生态型的22份扁蓿豆材料在考察的4个质量性状上差异明显;在17个数量性状上,总体变异程度为黄花型扁蓿豆>扁蓿豆>细叶扁蓿豆;表型性状的遗传相似系数在31.59～113.27间,变异系数为43.30%.SSR分析结果显示,18对引物平均多态性比率为80.09%,引物平均等位位点数为6.06,位点多态性信息含量平均为0.32,遗传相似系数在0.37～0.47间,变异系数为61.80%.表型性状聚类、SSR分子标记聚类及主成分分析结果均显示,黄花型扁蓿豆和扁蓿豆的亲缘关系较近,与细叶扁蓿豆的亲缘关系较远.     

鉴定烟草种质资源SSR核心引物筛选和验证

核心引物对遗传多样性分析、种质资源鉴定、品种纯度和真实性检测、指纹图谱构建等研究具有重要价值。本研究利用均匀分布于烟草24条染色体的278对SSR引物,对20份亲缘关系相对较远的烟草材料进行初步筛选,筛选出32对引物。随后再加上10份亲缘关系较近的材料（共30份）对引物进行复筛,最终确定14对为核心引物。将14对引物对39份烟草材料进行进行系谱分析、品种遗传多样性分析和农艺性状分析聚类,结果表明该套SSR核心引物适用于烟草种质资源鉴定和遗传多样性分析。     

基于SSR标记的132份甘薯种质指纹图谱的构建及遗传多样性分析

利用SSR分子标记技术,构建132份甘薯种质的DNA指纹图谱,并进行遗传多样性分析,旨在为甘薯种质资源亲缘关系鉴定、分类提供理论依据。利用筛选的核心引物进行PCR扩增,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检测显示,19对引物共扩增出232个条带,其中多态性条带165条,多态性比率为71.1%,平均每对引物扩增出8.68个条带,多态性信息含量变化范围在0.6706~0.9331之间,平均为0.8158;其中引物SSR9和引物C33可将132份种质完全区分开,并构建供试材料的DNA指纹图谱,供试材料遗传距离在0.0363~0.5939之间,平均为0.4087,表明种质资源间遗传多样性丰富。基于SSR标记对供试材料进行聚类分析,将供试材料分为2个类群,第Ⅰ类群分为两个亚类,第Ⅰ-1亚类包括济薯25和3份日本引进品种日本金千贯、安納芋、日本薯;第Ⅰ-2亚类包括济徐薯23、苏丹、济薯09281。第Ⅱ类群分为两个亚类,第Ⅱ-1亚类由S07甘薯品系和与其亲缘关系较近的20份甘薯种质组成;第Ⅱ-2亚类由剩余的70份甘薯种质组成,为甘薯分子辅助育种中亲本的选择提供理论依据。     

利用SSR标记鉴定番茄种质资源

采用SSR技术,从32对番茄引物中筛选出9对多态性较高的引物,分析了24份番茄种质材料的遗传多态性。9对引物共检测到64条带,其中在每个位点上检测到3～12条带,平均为7．1条。供试材料间遗传距离介于0．031～0．437之间,平均遗传距离为0．198。UPGMA分类结果将24份材料分为抗病毒材料和易感病毒材料两大类,每大类进一步又分为小果型和中大果型两亚类。归类有较明显的遗传类型的趋同性,而与来源地没有相关性。     

应用SSR标记分析鹰嘴豆种质资源遗传多样性

种质资源的遗传多样性是育种工作的基础,本研究利用SSR标记对鹰嘴豆资源进行遗传多样性分析,旨在发掘鹰嘴豆资源中丰富的遗传变异。从48对鹰嘴豆SSR引物中筛选出18对核心多态性引物,对96份不同来源的鹰嘴豆种质资源进行SSR标记的遗传多样性分析。结果表明,18对SSR引物共检测到115个等位变异,占总检测位点的52.99%,每对SSR引物可检测出3~10个等位变异,平均6.39个;平均每个位点多态信息量(PIC)为0.8107,变化范围为0.6661~0.8984。Shannon's信息指数平均为1.4769,变化范围为0.0607~1.9584。PGMA聚类结果表明,在遗传相似系数0.59处,可将96份鹰嘴豆资源分为6个类群,类群Ⅰ包含9份资源,类群Ⅱ包含2份资源,类群Ⅲ包含28份资源,类群Ⅳ包含4份资源,类群Ⅴ包含40份资源,类群Ⅵ包含13份资源。本研究对我国鹰嘴豆种质资源的评价与利用、优异基因的挖掘、育种亲本材料的选择等提供科学依据。     

利用SSR技术研究花生属种间亲缘关系

用44对SSR特异引物对花生属不同区组的21份种质进行了分析,获得能稳定揭示花生属种间差异的SSR引物34对。34对引物在21份种质中共检测到190个等位基因变异,每个位点上检测的等位变异数为3~11个,平均为5.59个。21份材料间存在很大的遗传变异,平均遗传距离为0.63,变异范围为0.08~0.95。聚类分析表明,区组间的遗传分化大于区组内的遗传分化,匍匐区组的遗传分化大于其他区组的遗传分化,同一物种不同种质间也存在很大的差异。栽培种花生与花生区组材料的亲缘关系相对较近,与花生属的植物学分类一致,其中A基因组的A.duranensis和A.villosa及B基因组的A.bati-zocoi与栽培种花生的亲缘关系更近一些。     

向日葵种质的SSR分析

以向日葵种质‘阜8321,的114份单株为材料,利用23对引物进行SSR分析.结果表明,23对引物扩增共获得57条带,其中24条多态性带,多态性比率为42.11％.聚类分析显示114个个体间遗传相似性较高,遗传相似系数为0.86～1.00,在遗传相似系数0.87附近,可将114份单株分为两个类群,第一类群包括4份样品,其余110个单株为第二类群.PopGen 3.2软件分析得出种质内个体间平均有效基因位点数、平均香农指数和位点预期杂合度分别为1.4682、0.4078和0.2606.说明该种质个体间SSR位点存在一定的差异,为异质型种质,在繁种更新中应注意维持其遗传完整性.     

菊科药用植物遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析北大核心CSCD

本研究采用ISSR分子标记对菊科各属种质进行遗传多样性和亲缘关系进行分析,为种质资源的有效保存及分子鉴定奠定基础。采用ISSR-PCR扩增国家中药种质资源库保存的菊科40个属的40份药用植物,琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物,NTSYS-pc2. 1软件对电泳结果进行多态性分析,UPGMA构建遗传树。此次实验筛选出8条引物,40份材料扩增出68个位点,多态性位点为68个,多态性位点百分率为100%,遗传相似性系数范围在0. 71～0. 91。UPGMA聚类分析结果表明在相似性系数为0. 75时可将这40种菊科药用植物分为7类。结果表明目前搜集的40个属材料遗传多样性较为丰富,选择的8个ISSR引物可进一步用于后续种质资源的分子鉴定。     

SSR分子标记在山茶属观赏资源遗传多样性研究中的应用

采用微卫星(SSR)分子标记的方法,利用20对SSR引物对33份山茶属资源(含种和品种)的DNA样品进行了PCR扩增,从中筛选出10对扩增效果较好的SSR引物,并对33份资源进行了遗传多样性分析。结果显示:10对引物在33个植物材料中共检测出123个等位基因,每个SSR位点的等位基因数为3~22个,SSR2引物检测到的等位基因数量最多,达22个,平均每对引物含有12.3个等位基因,平均多态性信息量为0.74,变化范围为0.06~0.96。利用遗传距离矩阵按UPGMA方法进行聚类,结果表明33份植物材料可分为9个分支,很好的区分了品种间的亲缘关系,可为杂交育种的组合选择提供理论基础。不同花型的山茶属植物在10个微卫星位点上共发现42个特异等位基因,可能与不同的花型性状有关。     

新疆吐鲁番荒漠土壤绿藻的多样性分析

应用RAPD技术对吐鲁番地区火焰山及艾丁湖区域分离的15株土壤绿藻(chlorophyta)品系的遗传多样性及其亲缘关系进行探讨。结果表明:从20个随机引物中,筛选出多态性和重复性较好且谱带清晰的引物8个,这8个引物扩增出的DNA片段大多在300～2 000 bp之间,所形成的多态性位点数差距较大,显示该区域土壤绿藻具有较丰富的遗传多样性;15株土壤绿藻扩增共得到74条谱带,71条多态性带,其多态性比率为95.95%;聚类分析显示15株土壤绿藻明显地聚为2大类,与其来源相对应,即隶属于同一亚组或相近亚组的不同种基本归为一类,其种间关系与传统的形态学分类结果相吻合。     

基于ISSR标记的烤烟种质遗传多样性研究

利用ISSR标记分析了24份代表性烤烟种质的遗传多样性。从100个ISSR引物中筛选出10个引物,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳可以检测到208条稳定的条带,片段大小介于200~2 400 bp之间,条带数在7~37条之间;扩增片段中多态性带141条,平均多态性比率(PPB)为67.79%。 通过UPGMA聚类分析,24个烤烟品种分为5类,最大一类有12个材料,主要衍生于Coker319。品种间遗传相似指数(GS)范围为0.66~0.85,表明其遗传多样性较低,需要拓宽烤烟种质的遗传基础。同时,利用2个多态性好的ISSR引物可以将这24份烤烟材料区分开,每个品种都有各自独特的指纹图谱,表明ISSR标记适于烟草品种鉴定和遗传多样性研究。     

桂热杧系列品种（系）的亲缘关系分析

从100条ISSR引物中选取12条多态性好的引物,对广西亚热带作物所选育的16个杧果（Mangifera indica L．）品种（系）及其可能亲本共22个样品的亲缘关系进行了分析。结果表明：这12条引物共扩增出127条DNA谱带,其中多态性条带为85条,条带多态百分率为66．93％。聚类分析显示,所有供试品种（系）之间的亲缘关系都比较近,相似系数在0．81以上;如果以相似系数0．82为标准,可将供试的22个品种（系）分为3大类。利用ISSR技术能较好地区分桂热杧系列品种（系）的亲缘关系。     

鸢尾属部分植物种质资源的RAPD分析

采用RAPD分子标记技术,从100个随机引物中筛选出多态性强、重复性好且稳定性高的引物18个,对38份野生鸢尾属材料进行扩增,共扩增出409条带,其中多态性带405条,多态性比率为99.0%,表明野生鸢尾属植物种间有丰富的遗传多态性;根据DNA谱带计算物种间遗传距离,聚类分析结果将鸢尾属38份材料划分为6组,其结果与传统生物学特性划分的6个亚属的分类结果基本一致;物种特有RAPD标记分析表明,利用18个引物可以较好地将鸢尾属38种植物区分开,其中9个材料得到了单一标记的扩增带,表明运用RAPD分子标记对研究鸢尾属植物特异性基因及标记的筛选等有一定的理论和实际应用价值。     

紫斑牡丹遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR标记对一个居群内的16个紫斑牡丹品种材料进行基因组多态性分析,从100条引物中筛选出15条用于紫斑牡丹的ISSR扩增。共扩增出134条带,其中多态性条带96条,多态性百分率为71.6%。根据ISSR扩增结果,利用NTSYSpc 2.10e软件进行Jaccard相似性系数分析,16个紫斑牡丹品种的遗传相似系数为0.45～0.93。UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.534处,16个紫斑牡丹品种材料可分为4类。第Ⅰ类中的6个紫斑牡丹品种材料中有5个为皇冠型品种,1个单瓣型,其他类中也有皇冠花型品种但未聚在Ⅰ类中;第Ⅱ类仅有1个‘粉盘托桂’,它是所选材料中唯一的托桂型品种,单独聚为一类;第Ⅲ类由不同花色、花型品种聚为一类,可见亲缘关系较近的紫斑牡丹品种性状变异性也很大;第Ⅳ类中A组品种材料均为白色,花型有单瓣型、荷花型和绣球型;B组仅有一个‘银线女’,它是所选材料中唯一的红色绣球型材料。研究表明,不同相似系数的遗传聚类划分与花色、花型之间并非完全具有相关性。     

红掌品种亲缘关系SRAP分析

利用相关序列扩增多态性（SRAP）分子标记,从100对引物组合中筛选出 26对多态性高、条带清晰的SRAP引物,对33个红掌品种进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果如下：（1）26对引物共扩增出366条条带,其中有314条多态性条带,多态性比率为85.79%。引物组合产生的条带数在9～23之间,平均每对引物组合扩增出14.1条和12.1条多态性条带。（2）根据SRAP扩增结果,利用UPGMA法进行聚类分析,33份材料的遗传相似系数在0.55～0.94之间,在遗传相似系数0.786处可将33个红掌品种分为5个类群。结果表明,供试品种遗传多样性丰富,本研究为品种鉴定和杂交育种提供了参考信息。     

利用RAPD标记分析东亚地区桔梗的亲缘关系

对取自中国、日本、韩国和朝鲜等东亚地区的24个桔梗种质资源,利用RAPD-PCR标记方法,分析了其遗传变异和遗传关系,旨在为桔梗的品种鉴定和杂交育种的亲本选择提供理论依据。结果表明： （1）用11个引物扩增出131条谱带,平均每个引物扩增出11.9条谱带,并扩增出61个多态性谱带,平均每个引物扩增出5.5条多态性谱带,显示出了相对高的多态率（46.6%）。（2）得到的RAPD数据的遗传相似性范围为0.668～0.994,并以遗传相似系数0.78为标准,将24个桔梗种质资源分为7个类群。     

应用ISSR标记研究仲彬草属植物的遗传变异

利用ISSR标记对仲彬草属14个种和1个变种共32份材料进行了研究。结果表明:仲彬草属材料间ISSR标记多态性较高,变异较大。12个引物共扩增出593条带,其中535条(90.2%)具有多态性,每个引物可扩增出11~80条多态性带,平均44.6条。ISSR标记遗传相似系数在种间变化范围为0.430~0.866,平均值为0.620。从聚类分析得知,ISSR标记能将32份仲彬草属材料完全分开,32份材料聚为4类。同种不同居群的材料分别聚在一起,亲缘关系较近,同时,在分子水平上种内不同居群间也存在分化;种间存在明显的遗传差异;形态相似、地理分布一致的物种倾向于聚类在一起,有一定的亲缘关系。因此,ISSR分子标记能有效地评价仲彬草属物种的亲缘关系。     

应用RAPD和ISSR标记对24份花生栽培种材料进行遗传多样性分析

利用RAPD引物和ISSR引物分析我国24份花生栽培种材料的遗传多样性.结果表明:所选的RAPD引物和ISSR引物中分别有13条引物和10条引物扩增出了清晰并可重复的条带,共扩增出123条带和87条带,平均每条引物扩增出9.5条带和8.7条带,其中多态性带分别占条带总数的47.15％和57.47％,平均每条引物扩增出4...