汉坦病毒的基因分型及其序列分析

为了探讨从核苷酸水平耐汉坦病毒进行分型,设计两对型特异性引物,采用反转录和聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ）,对亚太地区１８株汉坦病毒进行了扩增鉴定,并对其中７株汉坦病毒的ＰＣＲ产物进行了测序分析。ＰＣＲ的分型结果表明,Ⅰ型引物只能扩增血清Ⅰ型病毒的ｃＤＮＡ;Ⅱ型引物也只能扩增血清Ⅱ型病毒,其间无交叉反应。采用巢式ＰＣＲ和限制性内切酶验证了ＰＣＲ产物的特异性。序列分析结果表明,Ｒ３６Ｍ片段Ｇ１区的核苷酸序列与血清Ⅰ型病毒代表株７６－１１８的同源性为７８．４％,而与血清Ⅱ型病毒Ｒ２２的同源性为６８．１％;Ｒ３６与汉坦病毒序列同源性的成对比较结果也表明,Ｒ３６与血清Ⅰ型病毒的同源性均高于血清Ⅱ型病毒;Ｌｅａｋｅｙ虽然能被Ⅱ型引物扩增,但其序列与血清Ⅱ型病毒Ｒ２２的同源性仅为４４．９％,故不属于血清Ⅱ型病毒。上述研究结果表明,反转录聚合酶链反应能对多数汉坦病毒准确分型,但最终结果尚有赖于序列分析。     

蓝舌病毒血清5型毒株S7基因编码区的分子克隆与序列分析

目的:对蓝舌病毒(BTV)血清5型毒株(BTV-5)的S7基因编码区(ORF)进行克隆和序列分析。方法:用TRIzol LS试剂提取病毒总RNA,经反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增BTV-5型毒株S7基因的编码区,将扩增片段克隆到pGEM-T Easy载体上,对阳性克隆进行核苷酸序列测定;采用DNAStar和DNASIS v2.5软件对环状病毒属不同种群的S7基因ORF序列及其推导的氨基酸序列进行同源性及系统进化树分析。结果:克隆的基因片段长1050bp,为S7基因开放性读码框的全长序列,编码349个氨基酸残基;与环状病毒属不同血清型毒株比较,核酸序列同源性范围为42.2%～96.6%,推导的氨基酸序列同源性范围为40.4%～99.7%。结论:蓝舌病毒与非洲马瘟病毒、鹿流行性出血热病毒分属于不同种群,群内不同血清型的S7基因ORF序列及其推导的氨基酸序列显示出很高的同源性,而不同种群之间的同源性很低。     

抗—HCV阴性献血员中丙型肝炎病毒RNA检测及序列分析

对95份抗—HCVIgG阴性献血员采用逆转录聚合酶链反应法（PCR）检测丙型肝炎病毒RNA,结果8次中有6次其检测出17份阳性标本（17／95,17．9％）,复查抗—HCVIgG仍为阴性。对其中8份阳性产物中高变区1的序列分析结果表明均为不同株HCV序列．排除了PCR污染的可能性。对其中2份阳性产物测定了全序列并与HCV各基因型代表株的相应序列比较,与HCVⅡ型相应序列的核苷酸同源性为77％～79％。而与HCVⅠ、Ⅲ、Ⅳ相应序列间的同源性为62％～69％,表明为HCVⅡ型序列。结果提示献血员抗—HCVIgG筛选不能完全排除HCV感染者,漏检不是由于HCV基因序列变异．而是检测方法本身缺陷所致。     

鲤春病毒糖蛋白(G)基因的分离及同源性比较

通过RT-PCR和巢氏PCR方法从疑似鲤春病毒(SVCV)侵染的镜鲤肝组织中获得了鲤春病毒糖蛋白(G)基因。通过序列测定与分析,所获得的鲤春病毒糖蛋白(G)基因由606个核苷酸组成,编码一个由202个氨基酸组成的糖蛋白。通过NCBIblast与9个来自不同国家或地区的鲤春病毒糖蛋白(G)基因序列比对分析,发现获得的鲤鱼春季病毒糖蛋白G基因DNA序列与美国分离的AY527273株同源性最高为99.8%,与中国分离的AY842485株同源性次高为98.7%,与英国分离的两个序列SVI538065和SVI538066株的同源性为98.2%,而与其它国家的分离株如SVU18101、SVI318079、SVI538061、SVI538062、SVI538063的同源性最差,仅为89.4%~90.0%。氨基酸同源性分析结果与DNA同源性分析结果一致,所获得的鲤春病毒糖蛋白G基因氨基酸推导序列与其它9个分离株的氨基酸同源性在89.6%~99.5%之间。对SVCV不同分离株遗传变异和进化关系的分析为下一步开展SVCV快速诊断方法的研究和疫苗的研制奠定了基础。     

用杆状病毒载体在昆虫细胞内大量合成Ⅰ型人T细胞白血病病毒功能性P40~x蛋白

人类Ⅰ型T细胞白血病病毒(HTLV-1)是嗜T淋巴细胞病毒,它与一种特殊形式的成人T细胞白血病有关,HTLA-1基因组3′端编码产物-p40~x是一种4万道尔顿的多肽,对HTLV-1长末端重复序列(LTR)内启动子的转录有强的反式激活作用(trans-activation),因而它为病毒复制所必需。 目前已知利用杆状病毒载体表达的外源基因产物有10多种。为了获得足量蛋白以研究p40~x的结构及作     

侵染新疆甜瓜的黄瓜花叶病毒衣壳蛋白的克隆及其序列分析

利用同源克隆的方法,扩增获得了新疆16个地区CMV病毒分离物CP蛋白基因全长序列,16个地区CMV病毒分离物CP蛋白基因全长约1 100 bp,最大开放阅读框介于630~690 bp,编码约210个氨基酸,蛋白质大小约25 k D。序列比对发现16个地区CMV病毒核酸序列的3'末端非编码区保守性较低,编码区及其5'端序列保守性较高,氨基酸序列的两端均存在不同数量的变异位点,根据CMV病毒同源性比对结果,16个地区病毒均属于同一CMV亚组。通过核酸序列构建的分子进化树分析发现,本研究分离获得的新疆16个地区CMV病毒衣壳蛋白基因序列则存在较高同源性且不同地区病毒分离物间相对遗传距离差异较小,16个地区与国内外15个地区病毒分离物相比均存在较大差异,统计分析显示,新疆CMV分离物组内核酸序列相对遗传距离差异不显著,相比参考序列,其差异则极显著,这一结果与聚类分析结果能够得到相互印证。分析认为,不同地区CMV病毒CP蛋白基因虽然与外来地区病毒基因存在较大差异,但由于本研究分离的新疆16个地区CMV病毒衣壳蛋白基因序列存在较高同源性且病毒因受不同理化条件的影响往往存在不同程度的变异率,因此认为,分离获得的新疆16个地区CMV病毒可能受地理位置、气候等因素的影响,其基因组中存在异于其他地区不同程度的变异趋势与类型,导致相应蛋白质稳定性也随之发生变化,从而更好的适应在新疆甜瓜植株上的侵染和定殖。     

医药其它

941522由逆转录病毒载体介导的对HTLV-1诱导的细胞转化的反义RNA抑制[会,英]/Gilboa,E.…∥Viral Vector.-1988.-116～121[译自 DBA,1993,12(25),93-14493] 构建了含有HTLV-Ⅰ病毒基因组不同区(逆转录取向、由异源内部启动子调控)的一组逆病毒载体(反义载体)。选择了HTLV-Ⅰ基因组的2个     

禽Ⅰ型副粘病毒f基因克隆及序列分析

用RT—PCR一步法对云南省不同禽类(鸡、鸽子)3株禽Ⅰ型副粘病毒F基因进行扩增和克隆,并对其f基因片段核苷酸序列进行分析,结果表明,云南省禽Ⅰ型副粘病毒各毒株同源性为88．1％--94．9％,与疫苗株LaSota和强毒株F48E9的同源性为85．6％。所分离两株新城疫病毒在F蛋白裂解位点区(112—117aa)的氨基酸序列与强毒株在这一区域的序列完全相同,表明为强毒株。鸽Ⅰ型副粘病毒F蛋白裂解位点区的氨基酸序列与PPMVZQ98—1株在这一区域的序列完全相同,揭示为中强毒株。以1662bp核苷酸绘制系统发育树,表明云南地方新城疫病毒届于基因Ⅶ型,鸽Ⅰ型副粘病毒届于基因Ⅵ型。     

栗疫病菌低毒性病毒(CHV1)分子序列的多态性

为了探明欧洲栗疫病菌低毒性病毒(CHV1)病毒的起源,采用序列测定方法对来自中国、日本和意大利的30个CHV1的遗传多样性进行了分析。测定了所有病毒的部分序列,根据测序结果可将其分为29个单元型,分属于3个不同的亚型:中国菌株的病毒群体归属于亚型Ⅰ和Ⅲ;日本病毒群体除Ja55属于亚型Ⅲ外,其余属于亚型Ⅱ;意大利病毒群体除IT192属于亚型Ⅰ外,其余都属于亚型Ⅲ。中国CHV1病毒群体的地理分布特点为:亚型Ⅰ主要分布在长江以北,其中只有09344(来自湖南)例外;而亚型Ⅲ主要分布在长江以南,但09228(北京)、09235(北京)、09277(辽宁)例外。这不同于欧洲主要以一种亚型为主的情况,表明各群体之间存在着一定的基因流动。本研究的结果表明中国CHV1病毒群体的遗传多样性比日本群体和意大利群体都丰富。     

草鱼呼肠孤病毒HZ08株S4基因序列分析

草鱼呼肠孤病毒HZ08株是本实验室从患出血病草鱼体内分离到的一个新毒株,已完成部分基因序列的分析,其氨基酸序列的同源性和873株相比,仅为20%~30%之间.因序列差异较大,无法通过设计特异性引物来扩增和分析其基因序列,采用单引物扩增技术,对HZ08株S4基因进行序列分析表明:S4全长为2263 bp,最大的ORF编码717个氨基酸,推导出其表达的蛋白约为79 kDa.正如其他基因节段,基因末端也含有保守碱基序列5′(GUAAUUU…UUCAUC),3′.S4基因推导的氨基酸序列与同宿主的其他呼肠孤病毒的非结构蛋白NS1同源性最大,其次是和哺乳动物正呼肠孤病毒的非结构蛋白mu-NS以及禽呼肠孤病毒非结构蛋白NS1同源性较大,表明S4可能表达细胞骨架相关蛋白.基于S4推导出的氨基酸序列构建的系统进化树HZ08株单独作为一个分支,与同宿主的其他呼肠孤病毒亲缘关系比较近,而与其他呼肠孤病毒则相对较远.这提示HZ08株可能是多个毒株的遗传信息经长期的遗传进化而得,综合其它已知序列信息,推测HZ08株可能为呼肠孤病毒的一个新成员.     

抗口蹄疫病毒相关基因的筛选及分析

口蹄疫是一种烈性传染病,其广泛流行给社会造成了巨大经济损失。为了研究口蹄疫灭活疫苗免疫的分子机制,同时也为抗口蹄疫病毒药物的研制奠定基础,本研究应用mRNA差异显示技术,以PK-15细胞为材料,系统比较了口蹄疫疫苗刺激组（A组）和正常的PK-15细胞（B组）的基因表达情况,回收差异片段,经二次扩增并纯化后,得到30条ESTs。将30条ESTs采用以地高辛标记的反向Northern点杂交鉴定,将阳性条带克隆测序,筛选出8条ESTs,编号E1~E8,应用BLASTn工具将8条ESTs对核酸数据库nr和dbEST中所有序列进行了同源性分析,其中E1,E2分别与猪的热休克蛋白基因、猪的MHCⅠ类基因同源,序列相似性都达到100%。E3,E4,E5,E7分别与已有核酸数据库中的基因克隆或EST具有较高同源性,为已知的EST,但功能未知;E6,E8在数据库中没有发现与其相似性较高的序列,为新的EST。应用数据库资源将E5、E7进行电子延伸后,将延伸序列进行开放阅读框分析,又经TBLASTx分析发现E7蛋白质序列与猪的精氨酸酶Ⅰ类蛋白序列有很高同源性。将E1、E2、E4、E5序列进行了基因表达谱分析,对E6、E8用BLASTx工具对非冗余蛋白质数据库nr进行了相似性搜索,在其他物种中找到了相似的基因序列。本研究筛选出的热休克蛋白基因、MHCⅠ类基因、精氨酸酶Ⅰ类基因和其他未知功能基因可以作为抗口蹄疫病毒研究中的侯选基因,其具体的功能有待今后进一步研究。     

应用间接免疫荧光试验检测我国正常人和白血病病人血清中嗜T淋巴细胞Ⅲ型病毒抗体

法国巴斯德研究所,自获得性免疫缺损综合症(Aids)先兆症淋巴结病(LAS)分离到一种病毒,命名为淋巴结病相关病毒(LAV);美国Gallo自Aids患者分离出逆转录病毒。后来证明,两者是相同的,但与嗜T淋巴细胞病毒(HTLV)Ⅰ、Ⅱ型不同,称为HTLV-Ⅲ病毒,是Aids的致病因子。 Aids是1981年发现的一种高死亡率疾病。HTLV-Ⅲ病毒侵袭人的OK74或辅助T细胞而     

东方粘虫颗粒体病毒超氧化物歧化酶基因的克隆与分析

为获得东方粘虫颗粒体病毒(Pseudelatia separata granulovirus,PsGV)基因组序列,采用随机克隆方法,建立PsGV的质粒基因文库,并通过对插入片段进行克隆鉴定和序列分析,获得编码超氧化物歧化酶蛋白的基因(PsGV-sod)。该基因阅读框为462bp,共编码153个氨基酸。核苷酸和氨基酸同源性比较结果表明该基因与其他颗粒体病毒同源性较高,通过保守基序分析,认为其为铜锌超氧化物歧化酶。     

云南萝芙木pnae基因全长克隆及其序列分析

根据已知的其他物种PNAE酶cDNA序列设计引物,采用RT-PCR技术从云南萝芙木叶片中扩增获得pnae基因部分cDNA序列即PNAE酶基因中间大片段,再用RACE技术获得其两端序列。序列拼接得到完整的1 004 bp的PNAE酶基因,根据获得的序列,分析得到795 bp的开放阅读框,编码264个氨基酸。序列分析显示,云南萝芙木中PNAE酶氨基酸序列与蛇根木中的该酶氨基酸序列同源性高达90%,但和其他植物物种中的PNAE酶氨基酸序列,以及其他物种间的PNAE酶氨基酸序列同源性都不高,在40%-60%之间,表明不同物种中PNAE酶氨基酸序列不具有全序列的高度同源性。进一步序列分析发现,在各植物的PNAE酶氨基酸序列中都存在两个高度保守的氨基酸区域,表明不同物种中PNAE酶存在共同的高度保守区段。     

一株辛德毕斯病毒的基因组序列测定及分析

目的：对引进的一株辛德毕斯病毒的基因组序列进行测定,阐明其与已报道毒株序列的关系。方法：对辛德毕斯病毒基因组编码区进行分段RT-PCR扩增,对非编码区采用RACE法进行扩增,将扩增产物直接进行测序,应用DNAStar软件将测序结果拼接得到基因组序列,采用MEGA3.1软件对9株辛德毕斯病毒基因组序列进行系统进化发生树的构建。结果与结论：此株辛德毕斯病毒基因组共11663nt,编码3745个氨基酸残基,其中5＇端的2/3基因组编码4种非结构蛋白NSp1、NSp2、NSp3和NSp4,3＇端的1/3基因组编码5种结构蛋白E1、E2、E3、6K和C;结构基因和非结构基因之间有48nt的连接区为非翻译区;病毒基因组5＇末端和3＇末端分别有59、318nt的非编码区;序列同源性分析结果表明,此株病毒与S.A.AR86株的同源性最高,两者核苷酸序列的同源性为99.7%,氨基酸序列的同源性为99.6%,而与本室保存的另一辛德毕斯病毒MEI株的遗传进化关系稍远,系统进化发生树处于不同分支上。     

滇池南部和北部噬藻体群落多样性及其环境因子相关性

噬藻体是一类能特异性感染蓝藻的双链DNA病毒,是水环境浮游病毒的重要组成部分,参与调控藻类群落结构、藻类生理代谢和水圈元素循环等。但目前对淡水湖泊中噬藻体群落结构及其驱动因素的认识很有限。为了解滇池噬藻体种类和数量、不同区域噬藻体群落结构及其驱动因子,本研究采集滇池南部(DCS)、北部(DCN)表层水样,采用克隆文库和PCR技术比较两区域噬藻体多样性和数量,结合相关性分析探究噬藻体群落形成的驱动因子。研究结果显示噬藻体g20基因克隆文库包含182条序列和44个操作分类单元(operational taxonomic units, OTU)(南部24个,北部20个),南部噬藻体g20基因多样性高于北部的。系统发育分析显示,44个OTU分布在4个簇(α、 β、 γ和ε)和3个新的亚簇(DC-Ⅰ、 DC-Ⅱ和DC-Ⅲ)。文库中仅有1条序列与海洋来源的噬藻体g20基因同源(同源性67.96%),其他序列均与淡水环境中的噬藻体g20基因同源(同源性70.56%～100.00%)。主坐标分析(principal co-ordinates analysis,PCoA)也显示,滇池与其他淡水生境的噬藻...     

贵州省25株狂犬病病毒核蛋白基因序列分析

分析贵州省25株狂犬病病毒的核蛋白基因(N基因)序列,探讨贵州省狂犬病流行特征与狂犬病病毒变异情况。以RT-nested PCR检测来自贵州省2005年至2010年不同地区的病人脑组织、病人唾液以及犬脑组织标本狂犬病病毒RNA,经测序与拼接后得到25条N基因全长序列,采用生物信息学软件对N基因序列进行分析。25株狂犬病病毒核蛋白在核苷酸及氨基酸水平上彼此的同源性分别为89.3%～100%和98.%～100%;与国内其他省已发表基因1型狂犬病病毒核苷酸和氨基酸序列同源性分别为88%～99.1%和88%～99.7%,与已知的基因1型狂犬病病毒比较,25株病毒核蛋白氨基酸序列发生了若干位点的取代。进化树分析显示,同一地区内与相邻地区,以及同一时间段与相邻时间段内狂犬病病毒N基因进化亲缘关系相近。25株贵州省狂犬病病毒流行毒株均属基因1型,其核蛋白在基因的核苷酸及推导的氨基酸水平上均有变异,且这些变异具有地域和时间分布特性。     

鲫两种不同生长激素cDNA的分子克隆和分析

从鲫脑垂体组织提取总RNA ,采用 3′RACE PCR的方法 ,从单一垂体总RNA中扩增出编码两种不同类型鲫生长激素的cDNA :生长激素Ⅰ (GrowthhormoneⅠ ,GHⅠ )和生长激素Ⅱ (GrowthhormoneⅡ ,GHⅡ )。将两种类型的鲫GHcDNA分别克隆到pGEM TEasyVector上进行序列测定和分析。克隆的鲫GHⅠ和GHⅡcDNA均包括编码 188个氨基酸残基的GH成熟肽序列和 3′端的非翻译区 ,但不含信号肽序列和 5′端非编码区。序列分析结果表明 ,鲫GHⅠ的碱基序列和推测的氨基酸序列与国外已经发表的金鱼GHⅠ的同源性分别为 98 7%和 97 9% ;GHⅡ的碱基序列和推测的氨基酸序列与金鱼GHⅡ的同源性分别为 99 1%和 99 5% ,虽然同源性较高 ,但仍具有一定的差异     

我国2009年新分离乙脑病毒全基因组序列特征研究

本研究对我国2009年新分离的两株乙脑病毒进行全基因组序列测定和分析,以了解病毒全基因组分子特征。通过RT-PCR和核苷酸序列测定方法获得病毒全基因组序列,采用ClustalX、DNASTAR、MEGA等生物学软件完成核苷酸序列及氨基酸序列分析和系统进化分析等。研究结果显示,新分离两株乙脑病毒YN0911和YN0967株基因组全长均为10 965个核苷酸,编码3 432个氨基酸。这2株乙脑病毒之间核苷酸同源性为98.7%,氨基酸同源性为99.8%。与国际乙脑病毒流行株相比,核苷酸同源性为83.5%～98.9%,氨基酸同源性为94.8%～99.7%。与乙脑病毒疫苗株SA14-14-2相比,在E蛋白有13个氨基酸差异位点,但都位于抗原关键位点之外。这2株病毒在3′UTR区域存在11nt缺失。基于C/PrM区段、E基因、全基因组系统进化分析结果均显示新分离2株乙脑病毒为G I乙脑病毒,并且和越南、四川、贵州、广西以往的分离株遗传进化关系较近。本研究提示我国新分离的2株乙脑病毒均为G I乙脑病毒,决定病毒毒力的关键氨基酸位点未见明显变化。     

中国狂犬病疫苗生产株CTN-1全基因序列分析

本文首次对我国现行狂犬病疫苗生产用毒株CTN-1进行全长基因组序列测定和分析,为CTN-1疫苗在我国实际应用中的优势提供理论基础。利用RT-PCR方法分段扩增CTN-1全基因组序列,随后将PCR产物克隆到T载体、测序、拼接,用MegAlign软件比较CTN-1全基因组序列与国内外狂犬病疫苗株和街毒株全基因组序列的同源性;再以糖蛋白(G)基因为模板,用ClustalX和MEGA4软件进行系统进化分析。测序结果表明CTN-1全基因组序列的长度为11925nt(GenBank登录号FJ959397),序列分析表明CTN-1为基因Ⅰ型;CTN-1株全基因组序列与国内外狂犬病疫苗株和街毒株全基因组之间的同源性是81.5%～93.4%;与美国蝙蝠分离株SHBRV18的同源性最低,仅为81.5%;与新近从中国国内分离的野毒株HN10株的同源性最高,达93.4%。系统进化分析结果表明,CTN-1与国内不同地区大多数分离的狂犬病街毒株聚类于同一组内;而我国另一疫苗株aG株与国外疫苗株如Flury、PM、PV、ERA、RC-HL和个别中国街毒株分在另一组内。G基因氨基酸对比也显示CTN-1株与国内大多数街毒株的同源性高于其他疫苗株,结果说明CTN-1株较其他疫苗株病毒更适合制备用于预防中国狂犬病的灭活疫苗。