刍议重症急性呼吸综合征带来的启示

重症急性呼吸综合征(SARS)自暴发至今,已经造成数百人死亡、数百亿美元的经济损失。在同SARS斗争的同时,应该想到生物技术发展对人类产生的双重效应,以及如何防止生物科学新突破被误用和滥用;也应该想到生物恐怖对人类可能的威胁,因此应积极保护我们的基因资源。SARS除了带给人类灾难以外,也带给我们更多的思考,并可能会促成我们建立相应的机制,以应对未来可能出现的更大灾难。     

浅谈影响计算机网络信息安全的因素及技术对策

本文介绍了关于计算机网络信息安全的概念,分析了影响计算机网络信息安全的主要因素,提出了加强计算机网络信息安全的技术对策。     

网络安全漏洞检测与攻击图的总体设计

随着计算机技术的发展,已经广泛应用于人们的工作和生活中。随之网络和信息安全方面也越来受到人们的重视。本文从网络安全漏洞检测与攻击图构建两方面进行分析,探讨增强计算机安全性能的相关措施。     

全细胞网络重建与细胞工厂设计

在各种组学及其相应的网络研究相对成熟的基础上,集成各组学网络的细胞整合型网络或全细胞网络将大大提高对生物表型的预测能力,并成为代谢工程决策的有力武器.本文在阐述了细胞工厂设计中应该考虑细胞整合网络之后,综述了细胞整合网络的重建、分析、设计方法方面的有关问题,并进一步就研究细胞整合网络涉及的数据库、软件平台、并行计算几方面的作用作了介绍.     

浅析图书馆计算机网络安全管理

本文介绍的重点是计算机网络安全管理如何运用在图书管管理中,从信息安全和物理安全两方面详细分析了如何做好图书馆计算机网络安全管理工作。     

转座因子的发现与进展及其科学启示

转座因子(TEs)被誉为科学史上“超时代”的伟大发现,但这一科学发现经历了近40年的曲折。随着分子遗传学的发展,TEs的研究已经在TEs的普遍性和应用性等方面取得了重要进展。同时,对TEs的发现过程及其研究进展的探讨,能够带给我们许多有益的科学启示。     

基因调控网络的生物信息学研究

调控网络的研究对于深入理解细胞的决定和分化、多细胞生物的生长发育至关重要。在调控网络中调控元件、基序(motif)、组件(module)、网络整体的拓扑学结构等4个结构层次进行的研究已经发展出了几类主要方法,但仍然有些问题需要解决。用理论方法及基于生物工程技术和合成生物学中研究成果的方法,建立调控网络Circuit的可计算模型的标准和数据库也在不断发展中。新近的研究还显示,高拟真度的Circuit模型与Circuit重建的研究方法联用,可以切实地解决许多调控网络研究中的重要问题。     

基因表达时间延迟调控关系识别软件ITdGR

基因表达调控网络的深入研究有利于分子药物靶标的发现以及推新药的研发,是未来生物医学研究的重要内容。针对基因表达调控的时间延迟问题,我们初步设计开发了一套基于基因表达谱数据识别基因表达时间延迟调控关系的软件ITdGR(Identification of Time-delayed Gene Regulations)。并已经成功地将该软件应用于酿酒酵母细胞周期的基因表达谱数据中,识别出的调控关系与已有的知识相符。该软件为基因调控网络重构以及基因表达动态研究提供了一个方便和快捷的工具。     

脑白质功能——来自BOLD-fMRI的证据

白质是组成大脑神经网络不可缺少的部分,对白质的探索多采用解剖形态学方法.血氧水平依赖功能性磁共振成像(blood oxygen level dependent functional magnetic resonance imaging,BOLD-fMRI)作为一种研究大脑功能的非侵入性工具已得到了广泛的应用,但是大多数BOLD-fMRI研究集中在大脑灰质,将白质BOLD信号作为噪声处理.事实上,白质的BOLD信号允许我们探索其动态功能特性,构建白质的功能连接网络,进而从功能角度来评估白质的完整性.因此,在已有研究基础上,我们对白质功能研究相对较少的原因以及BOLD信号可能的神经生理基础进行探讨,并概述了近年来已经发表的相关证据.最后,我们梳理了白质BOLD-fMRI研究存在的问题以及未来研究方向.     

人类蛋白质相互作用组

高通量酵母双杂交与免疫亲和纯化技术的快速发展和日臻成熟,使得在蛋白质组水平上大规模地研究蛋白质之间的相互作用成为可能。目前,人类蛋白质互作网络在细胞、组织、器官乃至整个个体水平的研究已经陆续展开。蛋白质互作网络中蛋白质数量也由少数几个向整个蛋白质组扩展。同时,功能、疾病、生态等相关的蛋白质互作网络研究也取得了一定的成果。然而,人类的蛋白质互作网络研究正面临着一些问题和挑战。本文综述了人类蛋白质互作网络的研究方法、研究进展以及面临的挑战,同时指出了人类蛋白质互作网络研究的方向和目标。     

航海日记后记

从海上回来的丁抗博士,又给我们发来了一些邮件,补充了出海过程中没来得及写出来的一些细节,当然更多的是把深海研究的前沿课题带给了我们。以下文字删去了与海上发回的邮件重复的部分,并由丁抗博士审阅。     

对生理学发展的一点思考

近年来生理学的进展给人以极深刻的印象,从神经生理学等若干主要研究领域来看,除了历史性的叙述和某些基本的实验事实之外,自60年代以来,至少有50％以上的内容已经改写,研究的广度和深度更是今非昔比。新技术的应用、新资料的涌现、新概念的产生、新机理的提出,已经使人们对生理活动本质的了解焕然一新。这种前所未有的发展势头向我们提出了一系列值得深思的问题,其中最重要的是:生理学正在走向何处?我们应该怎样驾驭它的发展?     

迎接生物技术的第三个浪潮

加入ＷＴＯ在我国经济生活中是件大事 ,它既带给我们巨大的发展机遇 ,也使我们遭遇到巨大的挑战。外贸形势说明 :一场旷日持久的、空前惨烈的经济战已经打响。与生物技术密切相关的农业、医药等产业的状况也不容乐观。在这种激烈竞争形势下 ,中国企业必需学会积极发现并认真构筑自己赖以生存和发展的优势 ,在这当中打造企业自身的技术优势就具有特别重要的意义。令人欣慰的是 ,在新世纪向我们走来的时候 ,生物技术掀起了它的第...     

生理学教学中实行PBL教学的可行性调查与研究

在生理学教学中,我们的教学人员一直在创新现有的教学模式。针对生理学学科的特点,传统的教学方法已经不能满足现代阶段教学目标,而且随着科学技术的发展,生理学的教学方法也应该结合当今社会的发展不断完善。本文先是阐述了PBL教学法的发展历史,并针对其教学可行性进行了调查,最后系统的研究了该种教学方法。     

利用eQTL构建基因-基因网络挖掘类风湿性关节炎风险基因*

摘要目的：类风湿性关节炎是一种全身的慢性炎症型疾病，可能影响许多组织和器官，主要发作于灵活的关节。全世界人群中大 约有1%会患有类风湿性关节炎。目前已经证实了一些基因与类风湿性关节炎相关，但是这些基因只能解释一小部分遗传风险， 因此我们需要新的策略和方法来解决这个问题。方法：表达数量性状位点（eQTL）是指能够调控基因或蛋白质表达的基因组位点， 本文采用了eQTL数据构建基因- 基因网络并挖掘候选类风湿性关节炎风险基因。结果：首先，利用eQTL 数据,基于基因之间的 共调控系数，建立基因- 基因网络，我们建立了5 个不同阈值(0、0.2、0.4、0.6和0.8)的基因-基因网络；然后，在OMIM 和GAD数 据库中搜索已经证实的与类风湿性关节炎相关的186 个基因；最后我们将已证实与类风湿性关节炎相关的186 个基因分别投入 到这5 个网络中，利用基因与基因之间的相关性来挖掘到一些可能与类风湿性关节炎相关的候选风险基因。结论：本文基于 eQTL构建了基因-基因网络，结合已知类风湿性关节炎风险基因，挖掘未知风险基因，得到了较好的结果，证明了本方法的有效 性，且对于类风湿性关节炎的发病机制研究具有重要价值。除了类风湿性关节炎外，本方法还可推广到其它复杂疾病中，因此本 方法对人类复杂疾病的研究具有很强的学术理论价值和应用价值。     

从生命科学的发展谈中小学生物教学的重要性

现在生物科学也称之为生命科学,因为生物学已经从细胞水平深入到分子和量子水平。生命科学对农、林、牧、渔、医药、卫生以及生态工程都是必要的基础。这些基础应该在中小学时期打好是不言而喻的。在先进国家,已经从我们习惯认识的地球生物学发展到所谓空间生物学(Space Biology)或称作微重力生命科学(Microgravity Life Science)。在地球上我们研究的生物生长发育及其生命节奏和在太空中没有地心     

中国生态学期刊现状分析

通过对我国12种主要生态学期刊的出版指标、引用指标和网络传播能力的现状分析,得出《生态学报》、《应用生态学报》、《植物生态学报》和《生态学杂志》已经成为我国生态学期刊的第一方阵,出版能力和引用表现都要优于其他期刊,但是期刊特色不明显。生态学期刊已经不能满足生态学快速发展的需要,应该有新的期刊来承载新生分支学科的内容,同时生态学期刊需要进一步加强网络传播能力的建设。最重要的是生态学期刊应该从散落在其他学科的状态中聚集起来形成生态学期刊集群。     

利用eQTL构建基因-基因网络挖掘类风湿性关节炎风险基因

目的：类风湿性关节炎是一种全身的慢性炎症型疾病,可能影响许多组织和器官,主要发作于灵活的关节。全世界人群中大约有1％会患有类风湿性关节炎。目前已经证实了一些基因与类风湿性关节炎相关,但是这些基因只能解释一小部分遗传风险,因此我们需要新的策略和方法来解决这个问题。方法：表达数量性状位点（eQTL）是指能够调控基因或蛋白质表达的基因组位点,本文采用了eQTL数据构建基因一基因网络并挖掘候选类风湿性关节炎风险基因。结果：首先,利用eQTL数据,基于基因之间的共调控系数,建立基因-基因网络,我们建立了5个不同阈值（0、O．2、0．4、0．6和0．8）的基因-基因网络;然后,在OMIM和GAD数据库中搜索已经证实的与类风湿性关节炎相关的186个基因;最后我们将已证实与类风湿性关节炎相关的186个基因分别投入到这5个网络中,利用基因与基因之间的相关性来挖掘到一些可能与类风湿性关节炎相关的候选风险基因。结论：本文基于eQTL构建了基因．基因网络,结合已知类风湿性关节炎风险基因,挖掘未知风险基因,得到了较好的结果,证明了本方法的有效性,且对于类风湿性关节炎的发病机制研究具有重要价值。除了类风湿性关节炎外,本方法还可推广到其它复杂疾病中,因此本方法对人类复杂疾病的研究具有很强的学术理论价值和应用价值。     

The abundance effect on network nestedness is stronger for parasitic than herbivory interactions

多度对寄生型网络嵌套结构的影响大于食草型网络 因为物种多度显著影响种间互作频率,分析食物网结构对物种多样性和稳定性影响时,应基于能够反映物种真实偏好的网络(即偏好网),而不是直接观察得到的网络(即观察网)。食草网络中(植物为低营养级)的植物资源多度大于寄生网络中(动物为低营养级)寄主资源多度,因此我们假设：寄生网络的结构比食草网络的结构更易受到多度效应的影响。为验证这一假设,我们从已发表的文献中收集了80 个定量观察网络(包括34个植物-食草昆虫网络和46个寄生网络),应用有效多度模型去除物种多度对观察网络的影响,从而得出偏好网络。然后,我们应用weighted NODF和spectral radius两个嵌套系数表征网络嵌套性,分析了观察网和偏好网的物种链接数分布、相互作用均匀度、加权连通度和稳健性的差异。结果表明,在偏好网中,寄生网络的嵌套程度要低于食草网络,这可能是因为去除多度影响增加了种间作用频率的均匀度。偏好网的加权连通度和稳健性显著高于相应的观察网,表明偏好网比观察网具有更高的网络稳定性。未来的食物网研究不仅应关注互惠和拮抗网络的结构差异,还应该关注食草和寄生等不同类型拮抗食物网的结构差异。     

当代基因伦理研究问题探析

基因伦理研究是生命伦理学的一个重要分支。围绕着基因中心文化现象、基因检测技术、生物样本库建设以及基因增强带来的伦理问题,既关注＂我们应该做什么＂的实质伦理学研究,也进行＂我们应该怎样做＂的程序伦理学研究,探讨中国文化背景和社会转型下基因伦理研究的重要工作,为下一步的基因伦理研究提供启示。