红鳍东方鲀干扰素γ基因的原核表达

旨在探究一种简单高效的获取重组红鳍东方鲀IFNγ蛋白的方法。提取红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)肾脏组织的总RNA,并以其为模板进行RT-PCR扩增干扰素γ(IFNγ)基因序列。将IFNγ成熟肽序列与表达载体p ET-32a(+)相连,成功构建了重组表达载体PET-32a-IFNγ。将其转化入E.coli BL21(DE3)感受态细胞后获得了重组表达IFNγ的基因工程菌。经IPTG诱导,p ET-32a-IFNγ在BL21中得到了表达。通过对表达产物的纯化和Western blotting检测,结果显示红鳍东方鲀IFNγ基因在大肠杆菌中的表达准确,且目的蛋白表达量较高。     

红鳍东方鲀干扰素γ基因的原核表达北大核心CSCD

旨在探究一种简单高效的获取重组红鳍东方鲀IFNγ蛋白的方法。提取红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)肾脏组织的总RNA,并以其为模板进行RT-PCR扩增干扰素γ(IFNγ)基因序列。将IFNγ成熟肽序列与表达载体p ET-32a(+)相连,成功构建了重组表达载体PET-32a-IFNγ。将其转化入E.coli BL21(DE3)感受态细胞后获得了重组表达IFNγ的基因工程菌。经IPTG诱导,p ET-32a-IFNγ在BL21中得到了表达。通过对表达产物的纯化和Western blotting检测,结果显示红鳍东方鲀IFNγ基因在大肠杆菌中的表达准确,且目的蛋白表达量较高。     

红鳍东方鲀特异性免疫相关基因的研究进展

红鳍东方(Takifugu rubripes)是我国北方重要的经济鱼类,但随着人工养殖规模的扩大,红鳍东方的病害越来越突出,给红鳍东方的生产造成了影响。因此,对红鳍东方免疫相关基因的研究意义十分重大。综述红鳍东方特异性免疫相关基因的研究进展。     

荧光标记红鳍东方鲀可行性研究

2012年7月13日至10月1日,注射荧光染料(Visible implant elastomer,VIE)标记体重(13.58±1.19)g、体长(7.15±0.61)cm的红鳍东方鲀。标记部位为左侧尾柄的上、下半部,分别记为标记Ⅰ、Ⅱ组。标记30 d、55 d、80 d后标记组的存活率、体重、体长与对照组均无显著差异(P0.05)。标记30 d后无论是通过紫外光源照射还是肉眼观察标记组的保持率均为100%;55 d和80 d时的保持率均有所下降,并表现为紫外光源照射识别的保持率高于肉眼观察的,80 d时通过紫外光源照射识别标记Ⅰ、Ⅱ组红鳍东方鲀的荧光标记保持率均在93%以上,可见荧光标记红鳍东方鲀具有可行性。     

红鳍东方鲀MIF基因的鉴定及生物信息学分析

巨噬细胞游走抑制因子（macrophage migration inhibitory factor,MIF）,最早是在1966年研究迟发型超敏反应中发现的细胞因子。Weiser等于1989年首次克隆了人M1F基因。Bernhagen等发现,当垂体前叶细胞暴露于内毒素脂多糖（LPS）后,就会释放MIF分子,表明MIF是联系内分泌和免疫系统的中介因子。     

红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)干扰素调节因子2基因的克隆及原核表达

干扰素调节因子(Interferon regulatory factor,IRF)是一种多功能的转录因子。采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和c DNA末端快速扩增(RACE)技术克隆了红鳍东方鲀干扰素调节因子2(Interferon regulatory factor 2,IRF2)基因的全长c DNA。该基因全长为1 552 bp,其中5'非编码区(5'-UTR)187 bp,3'非编码区(3'-UTR)429 bp,编码区(CDS)为936 bp,共编码311个氨基酸。将IRF2的编码区序列连接到原核表达载体p ET32a(+),成功构建了重组体p ET32a(+)-IRF2。将重组体p ET32a(+)-IRF2转入大肠杆菌感受态细胞BL21(DE3)中,获得了重组表达IRF2的基因工程菌。经IPTG诱导,p ET32a(+)-IRF2在BL21中得到了融合表达。通过对表达产物的纯化和Western blotting检测,结果显示红鳍东方鲀IRF2基因在大肠杆菌中的表达效果较高,目的蛋白准确。     

红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)MC4R基因的多态性分析

采用PCR-SSCP(single strand conformation polymorphism)技术和DNA测序方法分析红鳍东方鲀MC4R(Melanocortin-4receptor)基因编码区多态性。在MC4R基因编码区48 nt和264 nt均发生了碱基的转换突变(G→A),两个突变位点分别位于M1和M2引物扩增产物中。引物M1扩增产物SSCP分析得到两种基因型:AA基因型和AB基因型,并且AA基因型和A等位基因频率明显高于AB基因型和B等位基因。引物M2扩增产物也得到两种基因型:CC基因型和CD基因型,CC基因型和C等位基因频率明显高于CD基因型和D等位基因。遗传变异结果分析表明,两个突变位点均属于低度多态性,而且群体遗传杂合度较低,反映了该群体的遗传一致性较高。     

红鳍东方鲀不同生长时期脑和肌肉的转录组比较分析

红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)是中国北方重要的海水养殖鱼类.本研究通过Illumina测序技术对13月龄和15月龄红鳍东方鲀的脑组织和肌肉组织共12个样本进行了转录组测序与分析.结果表明:在脑组织样本中平均共得到5 510万条原始reads,在肌肉组织样本中平均共得到5 482万条原始reads.在1...     

红鳍东方鲀GPI基因对急性低盐胁迫的响应机制

为了获得红鳍东方鲀Takifugu rubripes葡萄糖-6-磷酸异构酶(Glucose-6-Phosphate Isomerase, GPI)的基因信息及其表达特性, 研究采用RT-PCR和实时荧光定量PCR (qPCR) 技术进行了GPI基因的克隆、组织表达分析及其在急性低盐胁迫下的基因响应研究。结果显示, 所获得的红鳍东方鲀GPI基因序列长1736 bp, 包含一个完整的开放阅读框(Open Reading Frame, ORF)。ORF由1662个核苷酸组成, 编码553个氨基酸; 预测的氨基酸序列中有2个糖异构域(Sugar Isomerase Domains), 不存在信号肽和跨膜结构域。多序列比对结果表明物种间GPI具有较高的保守性。qPCR结果表明: GPI基因mRNA在红鳍东方鲀鳃、肌肉、脑、肠、肝及肾等组织中均有表达, 其中肌肉中表达量最高。在不同盐度胁迫下, 在鳃中, 各低盐组GPI mRNA相对表达量均呈现先升高后降低又回升的趋势; 在肾中, 各低盐组GPI mRNA相对表达量变化趋势各有不同。由此推测, GPI基因在红鳍东方鲀对急性低盐胁迫的响应中发挥一定作用。     

锌指转录因子GATA4的功能研究进展

先天性心脏病(congenital heart disease,CHD)是常见的先天性缺陷之一,严重危害儿童和成人的健康。锌指转录因子GATA4是心脏形态正常发育的调节因子,贯穿胚胎发育和心脏发育阶段多个表达过程。GATA4的突变会导致多种先天性心脏病的发生,新型GATA4突变(c.A899C,p.K300T)揭示了与房间隔缺陷(ASD)相关的GATA4甲基化位点的突变,拓宽了GATA4基因的突变图谱。GATA4作为心肌细胞生长和心肌发育中的关键参与者,可以调节心肌基因的表达,以应对肥厚性刺激。GATA4通过TRAF3IP2和IL1A激活NF-κB通路,将自噬和DDR联系到衰老和炎症反应。本综述围绕GATA4的结构与功能进行综述,为先天性心脏病的治疗、抗衰老提供一些病理基础或理论参考。     

GATA转录因子研究进展

GATA家族是一类能识别GATA基序(motif)并与之结合的转录调节因子,其普遍具有锌指结构。GATA家族的共同特点是对一致性序列(T／A)GATA(A／G)具有高度亲合性。其家族成员已发现在动物、真菌、植物等生物中广泛存在。     

GATA—1红系特异性转录调节因子

ＧＡＴＡ－１是一种红系特异性转录调节因子,其结合基序广泛存在于红系特异表达基因的顺式调节元件中;ＧＡＴＡ－１具有锌指结构;能反式激活携带其结合基序的报告基因,在红系细胞分化发育中起重要作用。     

红鳍东方鲀病原鱼肠道弧菌的生物学特性研究

对引起红鳍东方鲀发病死亡的病原细菌进行了分离和主要生物学特性研究,包括病原性、形态特征、理化特性、16S rRNA基因序列及其系统发育学分析、胞外酶及溶血素活性、K抗原及耐药性等.结果表明,引起红鳍东方纯发病死亡的病原细菌为弧菌属(-Vibrio Pacini 1854)的鱼肠道弧菌(V.ichthyoenteri Ishimaru,et al.1996),2株代表菌株16S rRNA基凶序列(GenBank登录号分别为:EF611424和EF635304)与GenBank数据库中鱼肠道弧菌的同源性在98%-100%,且在构建的MP系统发生树中与鱼肠道弧菌聚为一个分支.分离菌不具有淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶、DNA酶、脲酶、明胶酶和卵磷脂酶活性,且在含7%家兔脱纤血液营养琼脂培养基上不溶血.不具有K抗原.人工感染试验中分离菌对红鳍东方纯表现出明显的致病性.药敏试验结果显示,4株分离菌对供试37种抗菌药物中的苯唑青霉素和杆菌肽2种耐药.     

红鳍东方鲀精原干细胞鉴定、分离及纯化

为获得高比例精原干细胞, 开展了不同月龄红鳍东方鲀精原干细胞分离纯化研究。采用组合酶消化法制备不同月龄的精巢单细胞悬液, 通过形态学观察和生殖细胞特异基因vasa免疫荧光鉴别精原干细胞, Percoll不连续梯度(10%、30%和50%)纯化精原干细胞。结果显示: 14月龄雄鱼精巢生殖细胞主要为A型精原细胞, 精原干细胞占比极显著性地高于22月龄(P<0.05)。纯化后精原干细胞主要分布在10%—30% Percoll梯度带中, 14月龄雄鱼生殖细胞主要分布在此层, 且纯化后精原干细胞占比远高于纯化前以及22月龄纯化前后。结果表明, 14月龄更适用组合酶消化分离, 并通过Percoll梯度离心法获得高比例的红鳍东方鲀精原干细胞。     

红鳍东方鲀ctgf基因的SNPs筛选及其与早期生长性状的关联分析

结缔组织生长因子(connective tissue growth factor, CTGF)是一种分泌蛋白,可调节细胞的增殖、分化和生长。为探究ctgf基因是否存在单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)及其与红鳍东方鲀早期生长性状的相关性,本研究对2月龄的893个红鳍东方鲀个体的体重、体长和体全长早期的生长性状进行了测定,筛选了ctgf基因上的SNPs位点,利用最小二乘法分析了SNPs与早期生长性状间的相关性。结果表明,在ctgf基因上存在14个SNP位点,其中C23T、G39T和C270G位点为错义突变,这些位点编码的氨基酸种类由苏氨酸、亮氨酸和丙氨酸分别变为甲硫氨酸、苯丙氨酸和甘氨酸。C23T、G39T和C270G位点均与红鳍东方鲀早期生长性状相关,其中C23T位点的CC基因型个体的体长极显著长于CT基因型个体的体长(P<0.01);G39T位点TT基因型在体全长上显著大于GG基因型和GT基因型个体的体全长(P<0.05),TT基因型个体在体重和体长这两个生长性状上极显著大于GG基因型和GT基因型个体的体重和体全长(P...     

基于轻量级卷积神经网络的红鳍东方鲀个体身份无损识别方法

文章充分利用红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)体侧纹理特征提出了一种基于轻量级卷积神经网络的鱼类个体身份识别方法,可在无损前提下实现红鳍东方鲀个体身份的高精度识别。首先,采用SOLOv2模型进行前景分割,并结合红鳍东方鲀体型特点,通过质心和哈希值计算方法完成数据集生成和筛选;随后,从多维度分别测试主流深度学习图像分类骨干网络和不同损失函数在红鳍东方鲀身份识别中的效果;继而,在MobileNet v2骨干网络基础上,耦合Softmax Loss函数,建立了一种适用于红鳍东方鲀的个体身份无损识别的最优组合方法。研究结果表明,文章方法准确率可达90.2%,优于其他相关主流方法(准确率73.6%—89.3%),相关研究成果将为循环水养殖鱼类个体身份无损识别和精准生物量估算提供技术支撑。     

GATA转录因子和血液系统疾病

GATA转录因子是造血系统重要的调控因子。近年的研究发现,它不仅参与正常的造血调控,它的突变或异常表达还参与了血液系统疾病的发生和发展。现对GATA-1和GATA-2、GATA-3的突变和/或异常表达以及与之相关的血液系统疾病进行综述。     

投喂频率对红鳍东方鲀生长和行为的影响

以红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)幼鱼为实验对象,研究在日投喂量相同的条件下,不同投喂频率[3次/d(F3)、4次/d(F4)和5次/d(F5)]对幼鱼生长和行为的影响。结果表明:(1) F4组幼鱼的生长性能显著高于F3和F5组(P<0.05);(2)在实验结束时,不同处理组幼鱼的游泳速度差异显著,从大到小依次为F4>F3>F5(P<0.05),F4组幼鱼的角速度显著高于F3和F5组(P<0.05), F4组幼鱼的加速度和活跃度显著低于F3和F5组(P<0.05), F3组幼鱼的对象间距离显著高于F4和F5组(P<0.05);(3) GLMMs的结果表明, F4组幼鱼的游速受到实验时间与投喂频率交互效应的影响显著(P<0.05),各处理组之间的比较结果显示,实验时间和投喂频率的交互效应对F5组幼鱼的加速度有正向效果,但其显著降低了F5组幼鱼的对象间距离。综上所述,不同投喂频率对幼鱼的生长性能和行为表现具有显著影响。实验推测4次/d的投喂频率可能改变了幼鱼的能量分配,更多的能量被用于生长和游泳,使得幼鱼的生长性能有所提高,并...     

基于MiSeq测序技术分析红鳍东方鲀养殖环境菌群多样性

养殖环境中的微生物在物质循环及能量流动中发挥着重要的作用。对养殖环境中微生物多样性研究,不仅可以为养殖过程中病害防治提供基础,还可以发现新的微生物资源。本文利用Mi Seq测序技术分析了大连某养殖公司红鳍东方鲀养殖环境中室内养殖环境水、室外入水口水和底泥中菌群结构特征,从室内养殖环境水、室外入水口水和室外入水口底泥样品中分别获得27164、41146和30474条有效序列。结果表明:红鳍东方鲀养殖环境中具有较高的菌群多样性,其中室外入水口底泥中菌群多样性较其相应养殖水环境中菌群多样性高;3个样品中的细菌可归为33个门类,除常见报道的绿弯菌门、拟杆菌门、浮霉菌门、蓝藻门、酸杆菌门、变形菌门、梭杆菌门、疣微菌门、厚壁菌门和放线菌门外,还有23个鲜见报道的门类的菌群被检测到;各样品中菌群组成虽有差异,但变形菌门和拟杆菌门为优势菌,约占68.33%~93.37%。本文揭示了大连某养殖公司红鳍东方鲀池塘养殖环境中的菌群多样性和丰度,比较了其菌群结构及差异,为红鳍东方鲀健康养殖提供参考。     

转录因子AP-4基因真核表达载体构建及表达分析

本研究利用生物信息学分析AP-4与胃癌患者临床病理信息的相关性,根据GenBank中人AP-4基因cDNA序列设计并合成特异性引物,以胃癌细胞总RNA逆转录的cDNA为模板,利用高保真酶扩增AP-4基因CDS (Coding DNA sequence)序列并构建入pcDNA3.1+载体,并通过限制性内切酶酶切分析和测序法进行进一步验证;脂质体法将AP-4重组表达载体及对照pcDNA3.1+载体转染胃癌细胞,qRT-PCR(Quantitative real time polymerase chain reaction)和Western blotting检测分别检测AP-4在m RNA和蛋白水平的表达。生物信息学分析发现,AP-4的表达与胃癌分期及预后显著相关;酶切及测序分析表明,转录因子AP-4真核表达载体构建成功,并能够在胃癌细胞中实现转录和蛋白水平的高效表达。此研究为深入研究转录因子AP-4在胃癌等肿瘤发生发展中的作用及分子机制奠定了基础。