钱塘江日本沼虾野生群体遗传变异的SSR分析

利用微卫星标记分析了钱塘江干流水域闻堰、富阳、场口、桐庐等7个野生日本沼虾群体的遗传多样性和遗传结构。结果表明:10个微卫星位点呈现高度多态性;闻堰、富阳、场口、新安江等中下游野生群体的遗传多样性水平有高于歙县和休宁两个上游群体遗传多样性水平的趋势。符号检验和Wilcoxon符号秩次检验的结果表明,钱塘江日本沼虾群体近期没有发生瓶颈效应,群体数量也没有下降。FST的范围介于0.0201～0.1069。分子方差分析结果显示,大部分的遗传变异(93.48%)存在于个体间,少部分遗传变异(6.52%)存在于群体之间。群体间FST及AMOVA分析表明,群体处于中等遗传分化水平;基于DA遗传距离构建的NJ聚类树显示,地理位置相邻的群体聚在一起。STRUCTURE分析413份参试的日本沼虾样本被分为2个理论种群,即上游歙县和休宁群体为一个理想种群,其余中下游的5个群体为另一个理想种群。日本沼虾的遗传多样性和遗传结构与所生存的地理位置具有相关性。     

五个罗氏沼虾群体遗传多样性的微卫星分析

利用16对微卫星标记对来自泰国(CP)、缅甸(MN)、孟加拉(BD)和中国(MP和DP)的共5个罗氏沼虾群体进行了遗传多样性和遗传结构的分析。结果显示, 16个微卫星位点均具有较高的多态性,平均等位基因数(Na)、期望杂合度(He)、Shannon信息指数(I)和多态信息含量(PIC)分别为17.563、0.8316、2.1662和0.7328。5个群体的期望杂合度(He)介于0.7025—0.8594,多态信息含量(PIC)介于0.6538—0.8048,表明所有群体均具有高度遗传多样性,遗传多样性水平CP>MP>BD>MN>DP。遗传分化指数(Fst)值介于0.03430—0.17333,表明所有群体间均有不同程度的遗传分化。16个微卫星位点的Fst值均大于0.05,均值为0.0977,与群体间有遗传分化相符。AMOVA分析显示群体间变异占总变异的6.22%,群体内个体间的变异占总变异的40.72%,个体内部的遗传变异占总变异的53.07%。基于Nei氏遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示, MN群体首先与MP群体聚为一类,再与DP群体聚为一类,之后再与B...     

鄱阳湖日本沼虾15个群体遗传多样性的微卫星分析

利用徽卫星分子标记研究鄱阳湖15个日本沼虾(Macrobrachium nipponense野生群体的遗传多样性.结果表明:10个微卫星位点呈高度多态性,共检测到129个多态性位点;每个群体中至少有5个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡,表现出杂合不足;15个日本沼虾群体均表现出较高的遗传多样性,其中大坝外群体和星池群体遗传多样性较高,万户和湖口群体相对较低.瓶颈效应和突变-漂移平衡分析表明,鄱阳湖日本沼虾群体近期没有经历过瓶颈效应,群体数量也没有下降.群体间F统计量及AMOVA分析显示,鄱阳湖日本沼虾群体存在极显著的遗传分化程度(FST=0.04709,P＜O.01).综上所述,鄱阳湖日本沼虾群体具有丰富的遗传多样性,可作为日本沼虾选育的基础群.     

罗氏沼虾不同育种群体遗传多样性研究

为深入了解罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)不同种质资源的遗传背景,研究采用微卫星标记和线粒体基因相结合,对罗氏沼虾4个育种群体,即选育3代的数丰核心群体(SF)、引进的正大群体(ZD)、正大和数丰杂交的群体(ZDS)、正大子代和数丰杂交的群体(ZD2S)的遗传多样性进行了研究。150个个体的微卫星分析结果显示, 7个微卫星位点均表现出高度多态性(PIC>0.5), 4个群体平均的等位基因数(N_a)、期望杂合度(H_e)和多态信息含量(PIC)分别为19.43、0.8980和0.8867。SF群体的平均H_e(0.874)和PIC(0.854)最高,ZD2S的H_e (0.863)和PIC (0.834)其次, ZDS群体的H_e (0.798)和PIC (0.761)最低。4个群体间的遗传分化指数(F_ST)为0.04166—0.10438,处于中低水平的遗传分化,其中, ZD和ZDS的遗传分化最大, F_ST...     

人工养殖与选育对罗氏沼虾遗传多样性的影响

为探讨人工养殖与选择育种对罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)遗传多样性的影响,实验测定了孟加拉野生群体、缅甸野生群体、浙江养殖群体、广西养殖群体及选育群体"南太湖2号"共111只罗氏沼虾核糖体转录间隔区2(Internal transcribed spacer 2,ITS2)基因序列,结果发现58个碱基变异位点,定义56个单倍型。在5个群体中,孟加拉野生群体的遗传多样性最高(平均核苷酸差异数K和核苷酸多态性指数Pi分别为7.186和0.0155),依次为缅甸野生群体、浙江养殖群体、广西养殖群体,选育群体"南太湖2号"遗传多样性最低(K和Pi分别为3.032和0.0065)。5个群体间配对Fst分析表明,养殖群体与野生群体遗传分化显著(P<0.01),选育群体"南太湖2号"不仅与野生群体遗传分化显著,同时还与广西养殖群体产生了显著的遗传分化(P<0.01)。系统树显示,孟加拉野生群体和缅甸野生群体聚为一支,浙江养殖群体、广西养殖群体和选育群体"南太湖2号"则聚为另一支。研究结果表明,人工养殖和选育降低了罗氏沼虾的遗传多样性水平,并导致群体间发生了显著的遗传分化。     

微卫星标记分析白斑狗鱼遗传多样性

为了解我国境内白斑狗鱼(Esox lucius)野生群体的遗传多样性现状,利用8对微卫星引物对额尔齐斯河流域185河段、635河段、乌伦古湖及吉力湖4个地理群体的遗传多样性进行了研究。结果显示,8个微卫星位点的平均等位基因数为6.625 0,多态信息含量为0.603 6～0.656 5,可有效用于白斑狗鱼遗传多样性和遗传结构分析。4个群体的平均期望杂合度为0.712 6～0.660 0,表明我国境内野生白斑狗鱼群体有较高的遗传多样性水平。整个群体的总近交系数为0.266 6,少数个体存在近交现象,白斑狗鱼群体有近交倾向。平均分化系数为0.062 2,群体间的遗传变异占总群体变异的6.22%,白斑狗鱼各群体间的分化程度不大。群体间的基因流值变化范围为10.077 5～3.360 6,说明白斑狗鱼不同群体间存在较为广泛的基因交流。     

太湖日本沼虾野生群体遗传结构的微卫星分析

利用8个高度多态性的微卫星位点分析了太湖日本沼虾野生群体的遗传结构.结果表明:在15个群体中至少有3个位点经Bonferroni校正后显示杂合不足,显著偏离了HardyWeinberg平衡;15个群体中观测杂合度均大于0.683,显示出较高的遗传多样性水平,但其波动明显,如太湖东、南部的渡口和陆巷等群体的遗传多样性高于西、北部的华庄和洋渚等群体;突变-漂移平衡分析结果显示,15个群体中部分位点杂合显著过剩,偏离了突变-漂移平衡,且近期曾经历过瓶颈效应,群体数量曾经下降;群体间AMOVA分析表明,太湖日本沼虾群体间遗传分化程度较低(FST=0.011),98.9%的遗传变异来自群体内,1.1%来自群体间,并没有形成显著的遗传结构,在种质资源保护和管理上可视作一个单元;华庄与吴塘门群体间DA遗传距离达到0.206,已接近种间分类界限,故太湖日本沼虾种质资源可持续利用工作仍须深入的研究.     

长江水系中华绒螯蟹野生和人工繁殖大眼幼体的遗传多样性分析

长江水系中华绒螯蟹是我国最重要的河蟹养殖群体,通常认为长江野生大眼幼体在成蟹阶段具有一定的生长优势,但是长江流域河蟹增殖放流和养殖群体逃逸可能对其野生大眼幼体遗传多样性造成一定的影响,尚未见相关报道。因此,本研究利用29对微卫星标记对河蟹长江水系野生和人工繁殖大眼幼体的亲缘关系及遗传多样性进行了分析。两群体大眼幼体均表现出较高的杂合水平,两个种群Ho分别为0.729 9和0.750 0,无显著差异(p0.05)。两群体总近交系数(Fit)为0.171 2,群体内近交系数(Fis)为0.165 9,群体间分化系数(Fst)为0.006 4;分子方差分析(AMOVA)显示,99.7%的遗传变异来自种群内个体间,0.3%来源于种群间的变异,遗传分化程度较低;各位点的基因流Nm平均值为38.739 9,说明两种群基因交流频繁;群间平均遗传距离仅为0.106 7。瓶颈效应和遗传结构分析显示,两个群体近期经历过瓶颈效应,群体间间遗传混杂,不能分出有效理论种群数。综上所述,长江口河蟹野生大眼幼体的SSR遗传多样性稍高于人工繁殖群体,两者的遗传分化程度较低,这暗示两群体间存在基因交流。     

大仓鼠年龄组及性别群体的遗传多样性

本文应用随机扩增多态性DNA (RAPD) 技术, 采用多态位点率、Shannon 信息多样性指数和Nei 遗传多样性指数作为种群遗传变异的指标, 研究了1998 和1999 年大仓鼠种群性别群体和年龄组群体的遗传多样性。主要的结论是: 性别群体间遗传分化较小, 年龄组群体间分化较大; 年龄组相距越大, 遗传分化也就越大; 幼年组的遗传多样性高于老龄组的遗传多样性; 1999 年秋季种群的年龄组遗传分化和差异要比1998 年四季种群更为明显。大仓鼠不同年龄组群体间的遗传分化支持遗传结构由于受时空上的选择压力而产生变异和适应性观点。大仓鼠幼体的遗传多样性比成体和老体的较高, 这一结果倾向于支持Ford 的假说, 说明种群繁殖出的幼体遗传多样性高, 其中有遗传质量好的, 也有遗传质量差的,但在生存过程中, 随着选择压力的作用, 种群趋于适应, 与环境不相适应的类型遭到淘汰,低质的幼体由于自然选择压力的增加而从种群中消失, 致使成年和老年群体多态性逐渐降低。     

内蒙古亚洲小车蝗种群遗传多样性的微卫星分析

亚洲小车蝗Oedaleus asiaticus Bei-Bienko是我国北方草原和农牧交错区主要的害虫之一。为了从分子水平评价内蒙古地区亚洲小车蝗种群的遗传多样性和种群间遗传分化, 本文采用8对微卫星引物对内蒙古15个地点的亚洲小车蝗种群进行遗传多样性分析。结果表明： 各位点有效等位基因数为3.4517~13.2881, 多态信息含量值为0.5601~0.8563, Shannon氏多样性指数在0.7018~4.1789之间。15个种群的平均期望杂合度为0.6836, Nei氏期望杂合度为0.5303~0.6513, 群体遗传距离为0.1092~0.4235, 群体分化率Fst平均值为0.1612, 基因流Nm平均值为1.6164。8个微卫星位点均具有较高的多态性, 各种群间的遗传分化水平较大, 基因交流程度中等, 个体间的遗传变异大于种群间的遗传变异。15个不同地点的亚洲小车蝗种群根据遗传距离共聚为6支。种群间遗传分化与地理距离呈正相关关系。高山和沙漠对不同地区亚洲小车蝗种群的迁移具有阻碍作用, 可能是形成遗传分化的主要原因。研究结果从分子水平探索不同地区亚洲小车蝗种群间的内在联系, 为制定亚洲小车蝗的综合治理策略提供了分子生物学的基础资料。     

长江中下游黄鳝遗传多样性的微卫星分析

为了解我国长江中下游地区野生黄鳝(Monopterus albus)的种质资源现状,利用黄鳝微卫星分子标记分析我国长江中下游4个黄鳝野生群体(湖北群体、安徽群体、江苏群体和浙江群体)的遗传多样性水平.通过磁珠富集法获得50个黄鳝徽卫星序列,设计并合成了30对微卫星引物,经筛选得到8对多态性稳定的引物,均为高度多态位点.每对引物扩增得到等位基因数12 -26,平均等位基因数17.4个群体的平均多态信息含量分别为0.804、0.864、0.824和0.736,平均等位基因数分别为9.13、11.00、9.00和7.25,平均期望杂合度分别为0.865、0.918、0.882和0.813,表明4个黄鳝群体遗传多样性丰富,其中安徽群体遗传多样性水平最高,浙江群体相对较低.4个群体间遗传分化指数(FsT)为0.031 2-0.096 5,6.28％的遗传变异存在于群体间,表明4个群体间存在一定的遗传分化.聚类分析显示,浙江群体与安徽群体先聚在一起,再与江苏群体聚为一支,湖北群体单独聚为一支.     

不同种群罗氏沼虾幼体对急速升温的耐受力*

实验选取了江苏、上海和广东3个养殖种群和1个越南野生种群的罗氏沼虾幼体进行急速升温实验,对其耐受力进行比较,测定不同种群罗氏沼虾的环境适应力。实验结果表明,广东种群和越南种群的罗氏沼虾幼体对高温的耐受力明显高于上海种群和江苏种群。     

利用COI基因序列分析长江与澜沧江水系日本沼虾群体的遗传结构

测定了我国长江水系和澜沧江水系的日本沼虾9个群体,共79个个体的线粒体COI基因序列片段(约450bp),结果发现有89个变异位点,共计有46个单倍型。其中云南昆明(KM)群体具有较丰富的遗传多样性(h=1.000,π=0.028),而重庆(CQ)群体的遗传多样性最小(h=0.700,π=0.008)。AMOVA分析表明,群体间的遗传变异占总遗传变异的9.66%,而90.34%的遗传变异源于群体内。采用邻接法(NJ)构建的分子系统树显示,46个单倍型明显地聚为长江中下游和长江上游与澜沧江两个族群。其结果可以为合理开发和利用日本沼虾自然野生资源,以及建立和保护日本沼虾种质资源库及基因库提供必要的参考。     

湘江野鲤养殖群体和自然群体遗传多样性的微卫星分析

采用微卫星技术,用17对微卫星引物对湘江野鲤养殖群体和自然群体的的遗传多样性进行分析.结果表明:有15对引物扩增出清晰的条带,其中13对引物在群体间呈现多态性;2个群体中,13对多态性引物分别扩增等位基因2～12个,共90个,其中35个等位基因为2群体共有,55个等位基因具有群体特异性,引物平均等位基因数为6.92个,等位基因频率为0.0667～0.8333;养殖群体和自然群体的平均遗传杂合度和平均多态信息含量分别为0.5688、0.5152,0.5860、0.5347;2个群体间遗传相似性指数为0.6762,遗传距离为0.3238,表明湘江野鲤养殖和自然群体遗传多样性均较为丰富,2个群体间遗传变异程度较高.     

垂珠花自然居群表型性状及遗传多样性分析

为探索垂珠花自然居群间表型差异的内在因素,该研究用14个表型性状和微卫星分子标记法对6个垂珠花自然居群进行遗传多样性分析。结果表明:(1)14个表型性状在居群间和居群内皆存在极显著差异;居群间平均表型分化系数(V_(st))为22.64%,垂珠花自然居群内的表型变异大于居群间的表型变异,说明居群内变异是垂珠花居群的主要变异来源。(2)4对微卫星引物在87个个体上共检测到43个等位基因,平均每条引物10.63个,平均多态位点百分率(P)为100%;平均观察杂合度(H_o)和平均期望杂合度(H_e)分别为0.659和0.811,Shannon多样性指数(I)平均达1.894;居群内遗传多样性(H_s)高达0.811,居群间遗传多样性(D_(st))仅为0.110,居群间遗传分化系数(F_(st))为0.118,说明11.8%的遗传变异来自于居群间,88.2%的遗传变异来自于居群内,与表型变异研究所得结论大体相一致。表型性状和微卫星分子标记结果均表明垂珠花自然居群存在丰富的遗传变异,较高的基因流(Nm=2.050)使得垂珠花居群间的遗传变异小于居群内的遗传变异。     

不同桃树品种上桃蚜遗传多样性的研究

桃蚜Myzus persicae(Sulzer)寄主广泛,是一种全球性的广食性害虫。为了探明不同桃树品种对桃蚜遗传分化的影响,我们采用微卫星分子标记技术对白油蟠桃,黄油蟠桃等7个桃树品种上的桃蚜进行遗传多样性研究。结果表明,7对微卫星引物在171个样本中检测到118个等位基因,平均每个位点有16.857个等位基因。不同品种桃树上桃蚜的遗传多样性较为丰富,表明种内存在着较大的遗传变异。种群间没有遗传分化或分化不明显,这可能是种群间存在着明显的基因交流而造成的,说明桃树品种间的差异对桃蚜的分化影响较小。     

长江下游地区4个克氏原螯虾群体的遗传多样性分析

为了对长江下游地区克氏原螯虾(Procambarus clarkii)群体的遗传多样性状况进行本底调查, 本文利用17对微卫星引物对南京(NJ)、盱眙(XY)、合肥(HF)、南昌(NC)4个克氏原螯虾地理群体进行了遗传多样性研究。结果表明, 4个地理群体的平均观测杂合度为0.4322–0.4826、平均期望杂合度为0.4024–0.6121、平均多态信息含量为0.3408–0.5624, 4个克氏原螯虾群体的遗传多样性处于中等水平, 其中南京群体遗传多样性最高, 合肥群体最低; 4个克氏原螯虾群体的基因流为1.3729–5.9161, 遗传分化指数为0.0405–0.1540, 群体间基因流水平较高, 群体间遗传分化程度较小。聚类结果显示4个群体可分为2支: 南京、南昌、盱眙三个群体聚为一支, 合肥群体独自成一支。以上结果将为克氏原螯虾遗传育种、资源保护和利用提供一定的理论依据。     

飘鱼微卫星位点的筛选及珠江流域5个地理群体的遗传多样性分析

为了解珠江流域飘鱼(Pseudolaubuca sinensis)群体间的遗传多样性及其分化程度,利用RAD-Seq技术开发出微卫星位点,并设计了100对微卫星引物,筛选出66个可稳定扩增出目的条带的位点,其中16个具有较高的多态性(PIC>0.5),以2碱基重复居多。利用其中10对多态性位点对珠江流域的郁江(YuJ)、左江(ZJ)、右江(YJ)、融江(RJ)和桂江(GJ)飘鱼群体进行遗传多样性研究,得到有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度范围分别为5.2028—6.3800、0.6773—0.7667和0.7975—0.8425,表明珠江流域5个飘鱼群体具有较高的遗传多样性,以YuJ群体遗传多样性最高, RJ群体遗传多样性为最低。且群体间各个遗传参数相差较小,说明他们的遗传多样性水平相近。AMOVA分析显示,遗传变异主要来自于群体内(98.45%),仅一小部分的变异来自于群体间(1.55%),总群体的遗传分化系数Fst为0.015,两两群体间的Fst在–0.0033—0.0295波动,属于低等程度的分化。群体间基因交流值(Nm)在8.2246—76.0075,表明群体间基因交...     

广西和云南树鼩群体遗传多样性的比较分析

目的比较分析我国广西、云南两个树鼩群体的遗传差异和分化程度,推动树鼩优良品系的培育和优化实验动物模型。方法提取广西和云南各32只树鼩的全血基因组DNA,分别采用9对荧光标记微卫星引物进行PCR扩增,通过毛细管电泳技术检测扩增片段,并利用POPGENE等软件比较两个树鼩群体的遗传相关指标。结果广西和云南两个树鼩群体平均期望杂合度(He)为0.703,平均多态信息含量(PIC)为0.725,Fis均值0。CCBL1B、CCDC61、EDA1和OPA3四个位点表现为极显著偏离哈迪-温伯格平衡。两群体的遗传距离及无偏遗传距离分别为1.277和1.268,遗传相似系数约为0.28。遗传结构变异的分布情况显示61.57%的微卫星遗传变异来自于群体内部,38.43%存在于群体之间。STRUCTURE分析发现广西和云南树鼩为中缅树鼩群体的两个不同的亚种。结论广西和云南树鼩两个群体的遗传多样性都较丰富,两个群体间具有较大的遗传差异和分化程度,遗传变异主要来源于群体内部。     

东北大口鲇2个群体的微卫星DNA多态分析

利用磁珠富集法克隆制备的24个大口鲇（Silurus meriaionalis Chen）微卫星标记,对黑龙江野生群体与松花江养殖群体2个东北大口鲇（S．soldatovi）的地理种群的等位基因频率（P）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）和有效等位基因数（Ne）等进行了遗传检测,以遗传偏离指数（d）检验Hardy—Weinberg平衡,并以Nei氏遗传分化系数（GST）和AMOVA分析（ФST）群体遗传变异的来源。同时,使用PHYLIP3．63软件绘制基于Nei氏遗传距离的个体间UPGMA系统树。结果表明：24个微卫星标记在东北大口鲇的2个群体中共扩增出1357条多态性片段,片段长度为1024385bp,总体平均等位基因8．875个,可以用于东北大口鲇遗传多样性的评估。并发现8个可区分这2个种群的遗传标记;黑龙江群体的P、Ho、He、PIC和Ne依次为0．165、0．435、0．758、0．742和5．019,松花江群体为0．147、0．299、0．847、0．764和5．944,在这些多样性参数上,方差分析也显示2地理种群差异不显著,在大多数位点并无显著差异,仅HLJcf37位点具有显著差异：在多个位点偏离Hardy—Weinberg平衡,2群体呈现不同程度的杂合体过度,纯合体完全缺失现象,其原因有待证实;群体遗传变异分析证实2群体间遗传分化较弱,其98％以上的变异是由群体内个体间的遗传变异引起的,群体间的变异对总变异影响不显著。UPGMA系统树也显示出个体间遗传距离小,亲缘关系很近。结果表明,人工繁殖没有对东北大口鲇的遗传多样性产生影响,该种群遗传分化小,种质资源状况良好。