四个绵羊品种BMPR-IB基因CDS区864位点多态性及其产羔数相关性分析

为了探索绵羊产羔性状与绵羊BMPR-IB基因多态性位点关系,找寻调控绵羊繁殖力的分子标记,以小尾寒羊(多胎母羊)、湖羊(多胎母羊)、蒙古羊(单,双胎母羊)、和甘肃高山细毛羊(单,双胎母羊)样本为试验材料,运用DNA直接测序及PCR-SSCP技术的方法,对BMPR-IB基因CDS区864位点进行分析。试验羊品种出现3种基因型AA、AB、BB,该基因编码区第846位点发生TC的突变。湖羊母羊以及小尾寒羊母羊的优势基因型均为AA型,而蒙古羊母羊和甘肃高山细毛羊母羊AB型基因频率略高于AA型。4种绵羊的优势等位基因均为A。小尾寒羊、甘肃高山细毛羊、湖羊三种绵羊x2值和G2值均未达到显著水平(p0.05),而蒙古羊的x2值和G2值达到显著水平(p0.05),说明除了蒙古羊其他3种羊均达到Hardy-weinberg平衡状态。四种绵羊的观测值F在BMPR-IB基因中均处于95%置信区间内,且接近于上线。根据各品种间的PIC多态信息含量可知,属于低度多态的是小尾寒羊和湖羊(PIC0.25),而在蒙古羊和甘肃高山细毛羊信息含量处于中度多态(0.25PIC0.5)。显著性检验分析表明:甘肃高山细毛羊与小尾寒羊、湖羊,蒙古羊与小尾寒羊、湖羊中差异呈现显著(p0.05)。BMPR-IB基因编码区第846位点突变在不同繁殖力母羊群体中分布不同,该位点可以作为绵羊潜在分子标记位点。     

小尾寒羊高繁殖力候选基因ESR的研究

利用PCR—SSCP技术对高繁殖力绵羊品种（小尾寒羊、湖羊、德国肉用美利奴羊）和低繁殖力绵羊品种（多赛特羊、萨福克羊）的雌激素受体（estrogen receptor,ESR）基因第一外显子部分序列进行单核苷酸多态性研究。结果表明：小尾寒羊、湖羊和德国肉用美利奴羊中存在3种基因型（AA、BB、AB）,而在多赛特羊和萨福克羊中只存在两种基因型（AA、AB）。统计结果表明：湖羊、德国肉用美利奴羊、小尾寒羊、萨福克羊和多赛特羊A等位基因频率分别为0．672、0．786、0．846、0．857和0．867,B等位基因频率分别为0．328、0．214、0．154、0．143和0．133。测序结果表明：BB型和AA型相比在外显子1第363位发生1处碱基突变（C→G）。独立性检验表明：小尾寒羊和湖羊之间基因型分布差异极显著（P〈0．01）,湖羊和多赛特羊之间基因型分布差异显著（P〈0．05）,其他各个绵羊品种之间基因型分布差异均不显著。A8基因型和BB基因型小尾寒羊产羔数比AA基因型分别多0．51只（P〈0．05）和0．7只（P〈0．05）。研究结果表明：ESR基因可能是控制小尾寒羊多胎性能的一个主效基因或与之存在紧密的遗传连锁。     

牦牛MC1R基因的多态性研究

旨在为探究牦牛MC1R基因多态性与毛色形成的相关性,利用PCR-SSCP和DNA测序技术,对64头牦牛(33头黑色九龙牦牛,31头白色天祝白牦牛)的MC1R基因多态性进行检测。结果表明:天祝白牦牛和九龙牦牛均有3种基因型(AA、BB、AB),但天祝白牦牛的多态性较低,而九龙牦牛表现为中度多态。经χ2适合性检验,2个牦牛品种在该基因多态位点上均偏离Hardy-Weinberg平衡。测序结果表明BB型与AA型在该片段的第179位碱基处存在C→A单碱基突变;第214位碱基处发生T→C突变。     

小尾寒羊高繁殖力候选基因BMP15和GDF 9的研究

以控制Belclare和Cambridge绵羊高繁殖力的骨形态发生蛋白 15 (bonemorphogeneticprotein 15 ,BMP15 )基因和生长分化因子 9(growthdifferentiationfactor 9,GDF9)基因为候选基因 ,采用PCR RFLP技术检测BMP15基因和GDF9基因在高繁殖力绵羊品种 (小尾寒羊、湖羊 )以及低繁殖力绵羊品种 (多赛特羊、特克塞尔羊、德国肉用美利奴羊 )中的单核苷酸多态性 ,同时研究这两个基因对小尾寒羊高繁殖力的影响。结果表明 :在 5个绵羊品种中都没有检测到GDF9基因的G8突变 (C→T) ,也没有检测到BMP15基因的B4突变 (G→T)。高繁殖力的小尾寒羊在BMP15基因编码序列第 718位碱基处发生了与Belclare绵羊和Cambridge绵羊相同的B2突变 (C→T) ,而其余 4个绵羊品种则没有发生这种突变。对于BMP15基因的B2突变 ,在小尾寒羊中检测到AA、AB两种基因型 ,A等位基因频率为 0 734,B等位基因频率为 0 2 6 6。小尾寒羊与其余 4个绵羊品种间B2突变基因型分布差异极显著 (P <0 0 0 1)。突变杂合基因型 (AB)小尾寒羊平均产羔数比野生纯合基因型 (AA)多 0 6 2只 (P <0 0 1)。研究结果表明 ,BMP15B2突变对小尾寒羊高繁殖力影响作用十分明显 ,同时排除了GDF9G8突变和BMP15B4突变影响小尾寒羊高繁殖力的可能性     

红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)MC4R基因的多态性分析

采用PCR-SSCP(single strand conformation polymorphism)技术和DNA测序方法分析红鳍东方鲀MC4R(Melanocortin-4receptor)基因编码区多态性。在MC4R基因编码区48 nt和264 nt均发生了碱基的转换突变(G→A),两个突变位点分别位于M1和M2引物扩增产物中。引物M1扩增产物SSCP分析得到两种基因型:AA基因型和AB基因型,并且AA基因型和A等位基因频率明显高于AB基因型和B等位基因。引物M2扩增产物也得到两种基因型:CC基因型和CD基因型,CC基因型和C等位基因频率明显高于CD基因型和D等位基因。遗传变异结果分析表明,两个突变位点均属于低度多态性,而且群体遗传杂合度较低,反映了该群体的遗传一致性较高。     

Leptin基因多态性与绵羊季节性发情的相关分析

根据leptin基因在GenBank中的已知序列设计两对引物,采用PCR-SSCP技术在常年发情的湖羊和季节性发情的阿勒泰羊群体中进行单核苷酸多态性(SNPs)检测,对筛查到的SNP位点进行基因型与绵羊季节性发情的关联分析。结果表明,与湖羊相比,阿勒泰羊leptin基因第1内含子上有3个连续碱基TTG的插入和C/T碱基突变;第3外显子3上发生G/T碱基突变,编码氨基酸由缬氨酸变成亮氨酸。Leptin外显子2扩增片段上检测到AA、AB、BB三种基因型,BB基因型在阿勒泰羊群体中属于优势基因型;对两个群体进行基因型频率独立性χ2检验,差异极显著(P0.001),说明BB基因型是影响季节性发情的有利基因型。研究结果提示,绵羊品种中Leptin基因序列的差异性可能是造成绵羊季节性发情的原因之一,可作为常年发情绵羊品种选育的辅助标记。     

藏獒MC1R基因多态性与毛色表型的关联研究

目的:通过检测藏獒黑素皮质激素受体1(MC1R)基因的单链构象多态性(SSCP)在不同毛色群体中的分布,探讨MC1R基因多态性与毛色表型的相关性。方法:采用DNA测序技术,选择不同毛色藏獒的DNA为样本,根据GenBank发布的荷斯坦牛MC1R基因序列设计一对引物,采用PCR-SSCP技术分析MC1R基因在藏獒中的SSCP。结果:MC1R基因在藏獒中具有PCR-SSCP多态性,分别检测到3种基因型(AA、AB和BB);对MC1R基因多态性片段DNA克隆测序后发现,MC1R基因在编码区第313位存在单碱基突变(G→A),该突变导致第105位氨基酸发生由丙氨酸向苏氨酸的改变(T105A)。结论:MC1R基因的多态性与毛色性状不存在显著的相关性。     

MC4R、POU1F1基因对京海黄鸡生长性能的遗传效应

以MC4R和POU1F1基因为候选基因, 采用PCR-SSCP和DNA测序技术检测两个候选基因在京海黄鸡群体中的单核苷酸多态性(SNPs), 同时对候选基因与京海黄鸡生长性能的相关性进行了研究。结果表明, MC4R基因编码区第662 bp位置有G→C碱基的点突变, 在京海黄鸡中检测到AA、AB、BB 3种基因型, A等位基因频率为0.929, B等位基因频率为0.071; 在POU1F1基因exon3在序列的第5 231 bp位置有一个A→T碱基的点突变, 检测到CC、CD、DD 3种基因型, C等位基因频率为0.500, D等位基因频率为0.500。采用GLM模型分析基因型对生长性能的遗传效应, 结果表明, MC4R基因AA基因型个体的4、8、12周龄体重显著地高于BB型个体(P<0.05), 16周龄体重差异极显著(P<0.01); POU1F1基因CD基因型个体体重极显著高于CC型和DD型(P<0.01)。因此推测MC4R和POU1F1基因可能是影响鸡生长性状的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因, 能够在分子标记辅助选择中用于对鸡生长性状的遗传改良。     

三种绵羊BMP15基因第二外显子多态性及与产羔数的相关性分析

绵羊存在影响多胎性状的不同主效基因,选择影响Romney Hanna绵羊和Cambridge绵羊高繁殖力的骨形态发生蛋白15 (bone morphogenetic protein 15, BMP15)为候选基因,采用PCR-SSCP的方法检测BMP15基因外显子Ⅱ第747位点(T747→C)和755位点(T755→C)在蒙古羊、甘肃高山细毛羊、小尾寒羊三种绵羊母羊中的多态性,同时还研究了上述两处突变对三种绵羊产羔数的影响。表明:(1)一共检测到野生纯合型AA、突变杂合型AB (T747→C)、AC (T755→C)三种不同的基因型,AA为优势基因型,A为优势等位基因;(2)三种基因型在甘肃高山细毛羊中均被检测到,而蒙古羊和小尾寒羊中未检测出AB基因型;(3)突变杂合型蒙古羊(AC)比野生纯合型(AA)的平均产羔数多0.27只(p<0.05)。(4)AC的基因型频率,双羔母羊和多羔母羊均高于单羔母羊。根据以上实验推测,BMP15第755位点发生的T→C突变(AC型)对蒙古羊一胎产双羔影响十分显著,甘肃高山细毛羊中AC基因型的绵羊其产羔数有比AA基因型和AB基因型多的趋势,因此该位点可能是一个影响绵羊高繁殖力潜在的DNA标记。     

中国美利奴羊H-FABP基因多态性及其与部分肉质性状相关性的研究

利用聚合酶链式反应-单链构象多态（PCR-SSCP）技术检测中国美利奴羊(Chinese Merino)心脏型脂肪酸结合蛋白基因（H-FABP）外显子2的单核苷酸多态性（SNPs）和遗传多态性,分析其与肌内脂肪（IMF）含量、肌纤维直径和肌纤维密度的相互关系,为该品种绵羊的分子标记辅助选择提供理论依据。结果显示,H-FABP基因外显子2有AA、AB和BB 3种基因型,AA型和BB型在778位均发生了C缺失,939位均发生了A→G转换,BB型还在789位发生了T→C转换,该突变导致所编码氨基酸发生了缬氨酸→丙氨酸的替换;BB型为IMF的优势基因型,与AB型相比差异显著(P<0.05),与AA型相比差异极显著（P<0.01);BB型对肌纤维直径存在负相关。结果提示,中国美利奴羊H-FABP基因外显子2具有多态性,该基因可能是中国美利奴羊肉质性状的主效基因,或者与控制这些性状的主效基因相连锁。     

TNF-α基因多态性及其与奶牛乳房炎的相关性分析

以417头中国荷斯坦奶牛为研究对象,根据体细胞评分(Somatic cell score,SCS)的大小将该奶牛群体划分为感染牛群(100头)和健康牛群(317头)。通过PCR-RFLP和CRS-RFLP方法检测了肿瘤坏死因子α(Tumor necrosis factor-alpha,TNF-α)基因在荷斯坦奶牛群体中的多态性,并分析这些多态位点和奶牛乳房炎的相关性。研究发现了3个单核苷酸多态位点(Single-nucleotide polymorphism,SNP):第2外显子39bp处G→A的突变;第4外显子293bp处C→T的突变;5′侧翼区(5′-flanking region,5′UTR)C→G的突变。这3个突变位点分别是DraⅠ、AfaⅠ和DdeⅠ限制性内切酶的酶切多态位点,其中DraⅠ为创造酶切位点。经过基因型分析与χ2检验表明:3个酶切多态位点在荷斯坦奶牛群中均未达到Hardy-Weinberg平衡状态。运用SPSS13.0软件,采用最小二乘拟合线性模型分析3个酶切多态位点与SCS的关系,结果表明:AA基因型个体在DraⅠ酶切位点中的SCS显著大于BB及AB基因型个体(P0.05),BB基因型表现出乳房炎抗性。AfaⅠ酶切位点中BB基因型个体的SCS显著大于AA及AB基因型个体(P0.05),AA基因型表现出乳房炎抗性。DdeⅠ酶切位点中,AB基因型个体的SCS显著低于AA基因型个体(P0.05),AB基因型为优良基因型。因此BB、AA、AB基因型分别为DraⅠ、AfaⅠ、DdeⅠ酶切位点中的优良基因型,可作为分子标记应用于奶牛乳房炎抗性筛选。     

奶牛β-Lg基因第1外显子PCR-SSCP多态性与泌乳性能的相关性

采用PCR-SSCP技术并结合测序对233头奶牛β乳球蛋白(β-Lg)基因5’端部分序列和外显子1全部序列进行了多态性研究,分析了该基因与奶牛泌乳性状的相关性。结果表明:β-Lg基因5’端和外显子1共存在2个等位基因3种基因型,BB型为优势基因型,B为优势等位基因。该群体在这一位点上偏离Hardy-Weinberg平衡状态,多态信息含量(PIC)为0.3548。测序结果显示,与普通牛该基因序列(X14710)相比,B等位基因在2073 bp、2202 bp和2206 bp处发生了G→C、C→T和A→G的碱基突变,其中2202 bp处的C→T突变导致第11位氨基酸由苏氨酸变为异亮氨酸,而A等位基因在3个位点上与X14710相同。最小二乘法分析表明,BB型305 d乳蛋白量显著高于AA型和AB型(P<0.05);AB型305 d乳脂量显著高于AA型(P<0.05),BB型与AB型之间差异不显著(P>0.05);等位基因B为高乳蛋白量和乳脂量的优势基因,可作为奶牛选育的分子遗传标记。     

绵羊GDF9基因PCR-SSCP分析

生长分化因子9（GDF9）是由卵母细胞分泌的一种生长因子,它对早期卵泡的生长和分化起重要的调节作用。采用PCR－SSCP技术分析了GDF9基因在小尾寒羊、湖羊、多赛特羊和萨福克羊4个绵羊品种的多态性。结果表明：GDF9基因在两对引物扩增片段中均存在PCR－SSCP多态性。对于引物1扩增片段,4个绵羊品种均检测到AA基因型,AB基因型只出现在湖羊、多赛特羊和萨福克羊中,仅在萨福克羊中检测到BB基因型;在4个绵羊品种中,A等位基因频率明显高于B等位基因频率。对于引物2扩增片段,4个绵羊品种均检测到AA基因型,AB基因型只出现在湖羊、多赛特羊和萨福克羊中,4个绵羊品种均没有检测到BB基因型;在4个绵羊品种中,AA基因型频率最高,A等位基因频率明显高于B等位基因频率。引物1的多态性片段测序分析表明：位于GDF9基因cDNA第152处发生了单碱基的改变（A→G）,并导致了氨基酸的改变（天冬酰胺→天冬氨酸）。     

甘肃肉羊新品种选育群GDF9基因外显子2多态性及其与产羔性状关联分析

根据GenBank发布的绵羊GDF9基因外显子2的序列设计4对引物,采用PCR-SSCP技术分析GDF9基因外显子2在甘肃内羊新品种选育群羊中的单核苷酸多态性,并与产羔性状进行关联分析.结果表明,GDF9基因的扩增片段在所检测的新品种群羊中存在PCR-SSCP多态性,检测到3种基因型(AA、AB和BB),而在32只无角陶赛特母羊群中只检测到AA和AB基因型.测序结果显示,GDF9基因编码区第978位碱基发生A→G突变,但没有导致氨基酸的改变;第994位碱基发生G→A突变,导致Ⅴ变成Ⅰ(缬氨酸→异亮氨酸).新品种选育群羊产羔数的最小二乘均值关系为AB＞ AA＞ BB,统计分析结果初步表明3种基因型之间差异不显著(P＞0.05).故该区域可能不是影响新品种群羊繁殖力的功能结构区城.     

合作猪SLA-DQA基因第4外显子多态性分析

合作猪的MHC-DQA基因的适应性变异,其抗原识别区域(即外显子4)通过PCR扩增和随后的单链构象多态性(SSCP)和序列分析,结果显示在439个合作猪个体,SLA-DQA第4外显子检出4个等位基因和6个基因型(AA、BB、DD、AB、AC和AD),其中A等位基因和AA基因型的频率最高,为优势基因和优势基因型。对不同型的PCR-SSCP条带测序分析,发现7个突变位点(5 068 bp T→C,5 109 bp和5 149 bp处缺失C,5 131 bp A→G导致丝氨酸变为甘氨酸,5 135 bp C→T,5 234 bp G→A,5 136 bp处插入A)。遗传学分析发现,合作猪多态信息含量(PIC)为0.240 1,属于低度多态,各种基因型的分布不显著。研究结果证实,合作猪SLA—DQA基因第4外显子为低度多态。     

中国美利奴羊H-FABP基因多态性及其与部分肉质性状的相关性

利用聚合酶链式反应-单链构象多态（PCR-SSCP）技术检测中国美利奴羊（Ovis aries var. Merino）心型脂肪酸结合蛋白基因（H-FABP）外显子2的单核苷酸多态性（SNPs）和遗传多态性,分析其与肌内脂肪（IMF）含量、肌纤维直径和肌纤维密度的相互关系,为该品种绵羊的分子标记辅助选择提供理论依据。结果显示,H-FABP基因外显子2有AA、AB和BB 3种基因型,AA型和BB型在778位均发生了C缺失,939位均发生了A→G转换,BB型还在789位发生了T→C转换,该突变导致所编码氨基酸发生了缬氨酸→丙氨酸的替换;BB型为IMF的优势基因型,与AB型相比差异显著（P<0.05）,与AA型相比差异极显著（P<0.01）;BB型对肌纤维直径存在负相关。结果提示,中国美利奴羊H-FABP基因外显子2具有多态性,该基因可能是中国美利奴羊肉质性状的主效基因,或者与控制肉质性状的主效基因相连锁。     

甘肃河西地区西门塔尔杂交类群NGB基因第3外显子的遗传变异研究

旨在对甘肃河西的临泽、甘州、武威、金昌、高台5个地区283头西门塔尔杂交类群NGB基因第3外显子的遗传多态性及变异特征进行系统分析,采用PCR-SSCP方法检测了283头西门塔尔杂交类群NGB基因第3外显子和部分内含子的多态性,且对群体内各等位基因进行了测序。结果显示,5个地区西门塔尔杂交类群共检测出5个等位基因(A、B、C、D、E),表现为5种基因型(AA、AB、AC、AD、AE)。其中甘州、武威、金昌西门塔尔杂交类群NGB基因均只检测到AA、AB 2种基因型,高台西门塔尔杂交类群检测到AA、AE 2种基因型,临泽西门塔尔杂交类群检测到AA、AB、AC、AD 4种基因型。A等位基因和AA基因型的频率在5个群体中最高,为优势基因和优势基因型。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,共发现6个核苷酸突变位点(75 bp C→T,78 bp C→G,128 bp G→A,214 bp G→A,232 bp C→T,233 bp G→A),其中第75 bp和第78 bp处的突变位点位于内含子区域,其余4处突变位点均位于外显子区域。第214 bp处的核苷酸突变导致甘氨酸(Gly)突变为丝氨酸(Ser),第232 bp处核苷酸突变导致精氨酸(Arg)突变为色氨酸(Trp),第233 bp处核苷酸突变导致精氨酸(Arg)突变为谷氨酰胺(Gln),经χ2检验结果显示,5个地区的西门塔尔杂交类群在此3个突变位点上都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。群体遗传学分析结果表明,临泽、甘州、武威、金昌、高台西门塔尔杂交类群的多态信息含量(PIC)分别为0.0582、0.0196、0.0196、0.0161、0.0159,均属于低度多态(PIC0.25)。     

绵羊ADAMTS-1基因在不同组织间差异表达及第五外显子多态性分析

了探究绵羊ADAMTS-1在不同组织间差异表达及ADAMTS-1第五外显子多态性与蒙古羊母羊(单、双羔)、小尾寒羊多羔(多羔)产羔性状相关性分析,本次试验利用实时荧光定量分析法对不同羊品种组织间差异表达量进行分析,及PCR-SSCP法和直接测序法对ADAMTS-1基因第五外显子多态性进行相关性分析。对三个群体绵羊8个组织进行表达量分析可知,卵巢在所有群体中的表达量显著高于其他组织,而其余组织按照表达水平由高往低依次是肾脏、心脏、肝脏、肺脏、脾脏、垂体、下丘脑。试验发现小尾寒羊多羔卵巢的表达量是蒙古羊双羔母羊的1.54倍、蒙古羊单羔母羊的2.61倍。通过对ADAMTS-1基因第五外显子分析可知,在CDS区出现C1506T、G1509A,且均属于同义突变。3种带型分别命名为AA、AB、AC,由显著性分析可知三种基因型均对产羔数不显著。所有绵羊群体x~2检验表明均处于Hardy-weinberg平衡状态,PIC值属于低度中度多态(0.25PIC0.5)。试验所得数据表明ADAMTS-1基因对于蒙古羊和小尾寒羊产羔数有重要的影响,初步认定是蒙古羊和小尾寒羊的多胎主效基因。     

五指山猪GH、IGFBP3基因SNPs检测及与生长性状的关联分析

以五指山猪为试验材料,采用PCR-SSCP和测序相结合技术,对GH基因和IGFBP3基因进行多态性检测,并分析其与生长性状(体质量,体高,体长和胸围)的相关性。结果表明,GH基因第2外显子存在一处G→A转换,属沉默突变,该位点与生长性状关联分析显示,BB基因型的体重显著高于AA基因型和AB基因型;IGFBP3基因第2外显子存在一处G→C颠换,属沉默突变,该位点与生长性状关联分析显示,AA基因型的体高显著高于BB基因型;IGFBP3基因第4内含子存在一处碱基C缺失,该位点与生长性状关联分析显示,AA基因型体重显著高于AB基因型和BB基因型。研究将为五指山猪生长发育规律、系统选育及矮小机制等方面研究提供了遗传学依据。     

鸡MC4R基因的SNPs及其与屠体性状的相关研究

黑素皮质素受体(MC4R, melanocortin-4 receptor)基因的突变与猪、鼠和人等的食欲、肥胖、生长等性状有关, 而鸡MC4R基因的功能却知之甚少. 利用PCR-SSCP(single strand conformation polymorphism)和DNA测序的方法, 对资源家系F₂代鸡群MC4R基因多态性进行了分析, 发现存在4个单核苷酸多态(SNPs, single nucleotide polymorphisms)位点. 其中, 在MC4R基因5′调控区-524 nt发生了碱基的转换突变(C→T), 导致突变型基因比野生型基因多了一个NF-E2和一个cap转录因子结合位点; 在MC4R编码区(61 nt)发生了碱基的错义突变(G→A), 导致此处蛋白质的氨基酸由甘氨酸变为精氨酸; 在MC4R编码区315和336 nt发生了碱基的颠换突变(G→T)和转换突变(C→T), 这两个突变为同义突变. 通过最小二乘分析SNPs与屠体性状的关系, 结果是突变的BB, DD和FF等基因型与鸡的体重、全净膛重(或半净膛重)、腿肉重等存在显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)的关系, 但与腹脂重不显著. 结果表明, MC4R基因可以作为影响和控制鸡体重、生长等屠体性状的主要候选基因.