人P2X_1蛋白生物信息预测

利用生物信息学方法对配体门控离子通道受体人P2X_1蛋白的理化性质、信号肽、跨膜区、亲疏水性、二级结构及三级结构、蛋白质间的相互作用、GO注释等进行预测分析。结果显示:P2X_1蛋白是两次跨膜的亲水蛋白质,由399个氨基酸组成,等电点为8.75,有一段核定位序列;二级结构存在6个α螺旋区和15个β折叠区,三级结构预测结果的可靠性为45.35%,拉曼图分析表明预测结构较稳定;与P2X_1相互作用的蛋白质主要是传导信号的嘌呤受体和离子通道蛋白质,而且P2X_1蛋白可能参与血管凝集及炎症反应等生理过程。上述对人P2X_1蛋白结构及功能的预测为研究人P2X_1蛋白在生物过程及疾病治疗方面的作用提供了重要的理论依据。     

人Ruvbl1蛋白生物信息分析

采用生物信息学预测对人AAA+(ATPases associated with diverse cellular Activities)ATP酶家族成员Ruvbl1蛋白质的理化性质、蛋白质同源性、跨膜区域、核定位序列及信号肽、亲/疏水性,蛋白质高级结构、蛋白质间相互作用、GO注释进行预测分析。人Ruvbl1蛋白有456个氨基酸,等电点为6.02,有核定位序列,无信号肽,蛋白质具亲水性且高度保守;二级结构存在21个α螺旋和10个β折叠,相互作用蛋白及GO注释提示其主要在细胞核中发挥功能。人Ruvbl1蛋白是DNA解螺旋的关键酶,通过解螺旋DNA为基因的同源重组以及DNA损伤修复提供结构基础。     

植物金属硫蛋白MT2的生物信息分析

用生物信息分析方法对已在GenBank上注册的拟南芥等13种植物金属硫蛋白MT2的氨基酸序列与组成、亚细胞定位、跨膜区与信号肽、疏水性／亲水性、蛋白质二、三级结构以及功能等进行分析与预测。结果表明,植物MT2主要位于叶绿体中,无信号肽,是非跨膜的亲水性蛋白,不规则卷曲是其蛋白质二级结构的主要结构元件,无功能结构域。这一结果可为植物MT2深入的结构与功能分析及利用提供进一步的信息与参考。     

人P2X3蛋白结构与功能的生物信息学分析

嘌呤能受体P2X3(P2X3 receptor,P2X3R)为一种双跨膜蛋白,在疼痛、咳嗽等涉及神经信号传导的疾病中发挥作用.本研究利用生物信息学技术对人P2X3R进行理化性质、B细胞抗原表位、同源性、信号肽和跨膜区、二级结构、互作蛋白、磷酸化修饰以及基因本体论预测和分析,发现其主要表达于神经系统,常以P2X2/3R异...     

P2Y_6受体生物学效应的研究进展

嘌呤受体分为P1和P2受体两大类,其中,P2受体又分为配体门控离子通道型受体(P2X受体)和G蛋白偶联型受体(P2Y受体)。P2Y6受体是P2Y家族中的一员,P2Y6受体参与心血管疾病、内分泌疾病及神经病变等疾病的发生。随着氯吡格雷(P2Y12受体阻断剂)等嘌呤受体阻断剂被FDA批准应用于临床,且表现出良好的疗效,P2Y6受体的生物学效应的研究,亦成为人们开展针对P2Y受体的新型靶向性药物研究的热点之一。基于分子生物学技术的发展,P2Y6受体生物学效应的研究取得了显著进展。     

人STC2蛋白的生物学分析

运用生物信息学方法预测分析不同物种间STC2蛋白的理化性质、同源性以及人STC2蛋白亲水性、核定位序列,跨膜区域、信号肽结构、亚细胞定位,二级结构、三级结构、互作蛋白、GO注释分析。STC2蛋白由302个氨基酸组成,理论等电点为6.93,具有较强亲水性,在哺乳动物中较为保守,不存在核定位序列和跨膜结构,含有信号肽,主要集中在细胞内质网或分泌到胞外;STC2蛋白二级结构预测有11个α螺旋区和1个β折叠区,拉曼图表明三级预测结构可靠,互作蛋白及GO注释提示STC2可参与多种细胞生物学过程。通过对人STC2蛋白结构和功能的预测分析,为STC2蛋白的进一步研究提供一定的理论依据,也为STC2相关疾病的诊治提供新的思路。     

抗血栓靶点P2Y_（12）受体的结构学研究

急性冠状动脉综合征（acute coronary syndromes,ACS）是一种常见的心血管疾病,临床表现主要为不稳定心绞痛、非Q波心肌梗死、Q波心肌梗死和心脏缺血性猝死等[1]。即使得到最大限度的治疗,仍然有5%~10%的ACS患者在初次发病后的一个月内出现心脏功能反复性失常,甚至是死亡。我们知道,ACS属于冠心病的一种,当冠脉内粥样斑块发生松动、裂纹或破裂时,斑块内高度致血栓形成的物质     

P2Y_(12)受体及其抑制剂与急性冠脉综合征

急性冠脉综合征(acute coronary syndrome,ACS)是指冠状动脉粥样硬化斑块破裂或侵袭,继发完全或不完全闭塞性血栓所导致的心脏急性缺血综合征。P2Y_(12)受体属于视紫红质类G蛋白偶联受体家族,主要分布于血小板表面,是一种跨膜糖蛋白,当该受体与其配体结合后,使血小板聚集、活化,导致血栓形成。该受体在其他多种细胞中也有分布,与人体的炎症和免疫相关。目前,以P2Y_(12)受体抑制剂为代表的抗血小板药物是急性冠脉综合征的主要研究领域。本文主要对P2Y_(12)受体的结构特征、生理功能及其抑制剂的主要种类和临床应用进行综述。     

嘌呤能G蛋白偶联受体P2Y_(12)与一种抗血栓药形成复合物的晶体结构

<正>随着2012年诺贝尔化学奖的揭晓,人们的目光再次被聚焦到了人体内最大的膜受体蛋白家族G蛋白偶联受体(G protein coupled receptor,GPCR),由于其重要的生理、病理功能以及特殊的蛋白结构使之成为目前最热门的药物治疗靶点,给生物医药产业的发展带来了巨大的契机.为此,中国近年来不断加大     

人SDCT2蛋白亚细胞定位信号分析

为了确定人高亲和力钠离子依赖性二羧酸共转运蛋白（high-affinity sodium-dependent dicarboxylate co-transporter, SDCT2,NaDC3）在细胞内的定位,构建了SDCT2与增强型绿色荧光蛋白（EGFP）的融合蛋白表达载体,并转染肾小管上皮细胞LLC-PK1,激光共聚焦显微镜观察显示,SDCT2蛋白主要定位于细胞的基底侧膜上.同时将SDCT2-EGFP融合基因mRNA显微注射到爪蟾卵母细胞中表达,可见融合蛋白的绿色荧光仅分布在细胞膜上.为了进一步确定该蛋白质的亚细胞定位信号序列,将SDCT2基因的N端及C端分别缺失,并构建缺失突变体与EGFP的融合蛋白表达载体,将它们转染到LLC-PK1中,观察SDCT2 缺失体在细胞内的分布情况.结果显示,N端缺失的SDCT2蛋白主要位于细胞质中,顶膜和基底侧膜上也有表达;C端缺失的SDCT2蛋白主要位于基底侧膜上,顶膜几乎没有表达,细胞质中表达很少.免疫组化结果也显示,SDCT2只表达于人近端肾小管上皮细胞的基底侧膜.这表明SDCT2蛋白的N端序列对其亚细胞定位是必需的,人SDCT2蛋白的基底膜定位信号位于N端序列中.     

烟草T-phylloplanin基因编码蛋白结构与功能的生物信息分析

利用美国国家生物技术信息中心(NCBI)网站所提供的相关信息,分析T-phylloplanin基因编码蛋白。该基因全长861hp,有一个完整的330hp的开放读框,编码110个氨基酸。该基因编码蛋白分子量为11.31kD,理论等电点为7.74。其氨基酸残基的不同区域分布有多N-糖基化位点、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和N-肉豆蔻酰化位点,还有一个跨膜信号肽。T-phylloplanin基因编码蛋白与烟草叶片短柄腺毛分泌的抗性蛋白具有高度的同源性(93%),显示它在烟草抗性系统研究中有潜在价值。     

嗜吞噬无形体Msp2蛋白与宿主互作靶蛋白筛选及生物信息分析

目的:筛选与嗜吞噬无形体Msp2蛋白互作的THP-1细胞靶蛋白,有助于理解病原体侵袭宿主的分子机理。方法:PCR获得无形体msp2基因克隆到pGBKT7载体上构建诱饵质粒并转化酵母菌株Y2HGold,营养缺陷培养基及蓝白斑实验验证诱饵质粒是否有自激活、毒性;抽提THP-1总RNA,经反转录、Long-distance PCR、同源重组等构建到pGADT7-Rec载体上并转化酵母菌株Y187,鉴定cDNA文库质量;酵母双杂交筛选与无形体Msp2互作的宿主细胞靶蛋白,生物信息学分析蛋白互作可能导致的信号通路变化。结果:成功构建诱饵质粒;cDNA文库容量达4×106克隆,插入片段大小100-3000 bp,且无污染;酵母双杂交获得宿主靶蛋白7个,分别是NADH脱氢酶(泛醌)1α亚体13(NDUFA13)、锌指蛋白36, C3H样2(ZFP36L2)、核糖体蛋白11(RPL11)、前胸腺素α(PTMA)、C19orf10、组织蛋白酶G(CTSG)、核糖体蛋白S25(RPS25);生物信息学分析,互作的宿主靶蛋白主要参与细胞增殖、细胞凋亡、溶酶体成熟及其它一些信号通路等生物学过程。结论:应用酵母双杂交系统初步筛选出与嗜吞噬细胞无形体表面蛋白Msp2互作的宿主细胞靶蛋白,并利用生物信息学初步分析了其参与的生物学过程,为进一步研究病原菌胞内生存分子机制奠定了基础。     

抗人P185^erbB2的scFv—Fc融合蛋白的表达及免疫功能分析

为提高鼠源单抗用于体内治疗的效应功能及降低人抗鼠抗体反应 ,将编码抗人P185 erbB2 单抗轻、重链可变区 (VL、VH)融合构建的单链抗体 (scFv)基因片段与人IgG1的Fc区基因片段融合构建了scFv Fc融合基因 ,并将其克隆到哺乳动物细胞表达载体pCIDN中。用重组载体转染CHO细胞 ,通过G4 18筛选获得稳定高表达克隆。更换无血清培养基培养 ,经重组蛋白质A亲和层析柱纯化scFv Fc融合蛋白。融合蛋白质在还原SDS PAGE中表现为5 2kD的条带 ;与SK BR 3细胞裂解液共培育可特异性地沉淀出P185 erbB2 蛋白 ;FACS分析表明融合蛋白质识别P185 erbB2 蛋白的胞外段 ;ELISA测定融合蛋白质对细胞表面抗原P185 erbB2 的亲和常数为 7.5× 10 -10 (mol/L) -1。构建scFv Fc融合基因 ,将其克隆到表达载体 ,进一步稳定表达抗P185 erbB2 的scFv Fc融合蛋白 ,为进一步的体外、体内研究鼠源单抗治疗效果创造了条件。     

谷子蔗糖磷酸合成酶及互作蛋白的生物信息和基因表达分析

蔗糖在植物的生长过程中发挥至关重要的作用,蔗糖磷酸合成酶(SPS)是蔗糖合成的关键限速酶。生物信息分析显示,在谷子中,SPS-Si000130m与海藻糖6-磷酸合成酶基因TPS-Si016303m、尿苷二磷酸葡萄糖脱氢酶基因UGD-Si035452m存在显著的相互作用。高通量测序对谷子3种基因的表达谱研究进一步表明,在谷子根、茎、叶、穗中SPS-Si000130m基因与TPS-Si016303m基因的表达模式呈正相关,与UGD-Si0354-52m基因的表达模式呈负相关。但无论是正相关还是负相关,TPS-Si016303m和UGD-Si035452m沿谷子叶片梯度的表达模式均与SPS-Si000130m基因存在差异。SPS-Si000130m的表达集中在叶片光合作用的功能部位,而TPS-Si016303m的转录物在叶片梯度各部位均可检测到,可见即使这两个基因呈现正相关,它们之间仍存在自身独特的表达、调控特点;负相关基因(即UGD-Si035452m和SPS-Si000130m)沿叶片梯度相反的表达模式则反映出植物通过基因表达的区域化,避免这两个酶彼此竞争相同底物,防止无效循环的进行。进一步通过生物信息学软件预测三种蛋白的功能结构域和3D结构则显示,SPS-Si000130m和TPS-Si016303m之间存在相同功能结构域—糖基转移酶功能结构域;而SPS-Si000130m和UGD-Si035452m之间没有相同功能结构域。总之,深入研究3种蛋白功能和结构的特点及它们之间的相互作用,将加深对谷子糖类代谢调控网络的认识,并有助于我们改善谷子品质的研究。     

硬粒小麦基因组中疑似硒蛋白生物信息分析

目的：用生物信息学的方法对硬粒小麦基因组中疑似硒蛋白的氨基酸序列进行综合分析,进一步找寻其为硒蛋白的生物信息依据,并初步分析推断其功能。方法：利用Vector NTI等多种生物信息学工具对硬粒小麦AYl46587．1序列中发现的疑似硒蛋白编码序列进行综合分析研究。结果：发现2段目标编码序列具有与某些蛋白酶相似的生物信息学特征,并推测其蛋白编码具有目前未知的机理。结论：推断AYl46587．1序列中存在编码未知硒蛋白的编码段,其编码的硒蛋白参与硬粒小麦胚芽生长发育时期能量调节。     

硒蛋白P的研究进展

硒蛋白P（SeP)是从大鼠和人血浆中分离,纯化得到的一种糖蛋白,每个硒蛋白P多肽含有10个硒代半胱氨酸,硒蛋白P中的硒含量占大鼠和人血浆中硒含量的50%以上,在其mRNA开放阅读框架中克隆的cDNA的序列含有10个UGA密码子。硒代半胱氨酸在一个UGA密码子处嵌入蛋白的一级结构,尽管对硒蛋白P功能还没有彻底了解,它的一种非常可能的作用是作为一种胞外抗氧化剂,大鼠血浆中的硒蛋白P在体内实验中对Diquat诱导的脂质过氧化和肝损坏具有保护作用,人血浆中的硒蛋白P在体外实验中显示减少内作为一存活促进因子。     

硒蛋白P的研究进展

硒蛋白P(SeP)是从大鼠和人血浆中分离、纯化得到的一种糖蛋白 ,每个硒蛋白P多肽含有10个硒代半胱氨酸。硒蛋白P中的硒含量占大鼠和人血浆中硒含量的 5 0 %以上。在其mRNA开放阅读框架中克隆的cDNA的序列含有 10个UGA密码子。硒代半胱氨酸在一个UGA密码子处嵌入蛋白的一级结构 ,尽管对硒蛋白P功能还没有彻底了解 ,它的一种非常可能的作用是作为一种胞外抗氧化剂。大鼠血浆中的硒蛋白P在体内实验中对Diquat诱导的脂质过氧化和肝损坏具有保护作用 ,人血浆中的硒蛋白P在体外实验中显示减少内毒素过氧化硝酸盐和磷脂氢过氧化物的活性。牛血浆中的硒蛋白P在神经细胞的培养中作为一存活促进因子。     

硒蛋白P的研究进展

微量元素硒 (Ｓｅ)作为许多具有重要生物功能的硒酶的活性中心 ,不但与机体的免疫应答及抗氧化作用等生理功能密切相关 ,而且能够降低癌症的发生率[1,2 ] 。在流行病学和临床研究中 ,常用血浆或全血中Ｓｅ浓度作为衡量Ｓｅ状态的指标 ,而且血浆浓度能比全血浓度更迅速地反映Ｓｅ状态的变化。在哺乳动物血浆中 ,Ｓｅ主要结合在 3种蛋白质中 :硒蛋白Ｐ、胞外谷胱甘肽过氧化物酶和清蛋白。其中硒蛋白Ｐ所含Ｓｅ大约占血浆中全部Ｓｅ浓度的 5 0 %。硒蛋白Ｐ不同于目前所鉴定的所有其他硒蛋白 ,因为它含有 10～ 12个硒代半胱氨酸 (ＳｅＣｙｓ)残…     

硒蛋白P的研究进展

硒蛋白P最初在血浆中发现,占血浆总硒的60%,在其多肽链中有10个硒半胱氨酸。由10个读码框内的UGA编码,而UGA一般是作为终止密码子起作用,故硒蛋白P的生物合成需要多个特异的因子。如特异的tR-NA,延伸因子和mRNA上的特异的二级结构等。硒蛋白P的功能尚不清,初步的研究结果提示可有转运硒,抗氧化,结构重金属和神经营养等作用。