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1.
群体凝血因子C同源物基因(Coagulation factor C homology,COCH)是人类发现的第一个伴前庭功能障碍的耳聋基因,位于人类染色体14q12-q13上。迄今,在COCH基因上发现16个位点突变导致常染色体显性遗传非综合征型耳聋DFNA9的发生,其中包括13个非同义单核苷酸多态性(Non-synonymous single nucleotide polymorphisms,nsSNPs)位点。由于该基因其他nsSNPs的基因型与表型关系尚不清楚,因此文章采用生物信息学方法,从COCH基因全部的SNPs中分级筛选,结合已知的致病nsSNPs信息及蛋白三维结构验证,首次预测出由COCH基因编码的cochlin蛋白的vWFA (Von Willebrand factor type A domain)区的8个高风险致病性nsSNPs(I176T、R180Q、G265E、V269L、I368N、I372T、R416C和Y424D)。同时,对位于LCCL (Limulus factor C, cochlin, and late gestation lung protein Lgl1)区域的6个已知致病突变的nsSNPs ( P51S、G87W、I109N、I109T、W117R和F121S)进行了三维结构模拟,发现突变体均发生了环状结构或链状结构的改变。本研究对COCH基因的基因型与表型的相关性研究为遗传性耳聋筛查提供了相应的理论依据,也对该基因所编码的cochlin蛋白的功能研究具有一定的指导意义。 相似文献
2.
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs),即在基因组水平上由单个核苷酸的变异而引起的DNA序列多态性变化,具体是指在DNA序列中的单个碱基的变异,其是人类基因组变异种最常见的一种。SNP研究最主要的目的就是对人类表型变异遗传学的理解,尤其是关于人类遗传疾病的研究。而非同义单核苷酸多态性(nsSNPs)是SNPs中的一种,主要是指处于编码区会引起翻译后对应氨基酸序列变化的单核苷酸突变。因为nsSNPs可能会对蛋白质的功能造成影响,被认为是造成人类遗传病的主要原因。因此将与疾病相关的nsSNPs从中性的nsSNPs中区分出来是很重要的。本文根据国内外与疾病相关nsSNPs预测的研究,分析了预测中所涉及到的特征属性,总结了对这些特征进行优化的特征选择方法,并概述了在预测过程中使用的各种分类器。 相似文献
3.
运用PCR-SSCP技术研究100尾牙鲆(Paralichthys olivaceus)MyoD基因的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms, SNPs), 并将筛选到的突变位点与牙鲆生长性状进行相关性分析。结果表明, 在外显子1和内含子1上存在3个SNPs, 在外显子1 (MyoD2)基因座发现3种基因型AA、AB和BB, G863A突变, 属于同义突变。在内含子MyoD4基因座检测到DD、FF、CD、CE、DE和DF型个体。利用最小二乘法研究MyoD基因多态性位点对牙鲆生长性状的影响。结果表明, 外显子1的SNPs对生长性状无显著影响(P0.05)。内含子1的SNPs对牙鲆的生长性状影响均显著(P0.05)。研究结果为SNPs位点与牙鲆生长性能关联分析奠定了基础。
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4.
《昆虫知识》2022,(3)
【目的】本研究拟利用已获得的中华蜜蜂Apis cerana cerana幼虫肠道的转录组数据对单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)和插入缺失(Insertion-Deletion,InDel)突变位点进行挖掘和分析,旨在丰富中华蜜蜂的SNP和InDel信息,并为新型分子标记的开发提供基础。【方法】根据有效读段与东方蜜蜂Apis cerana参考基因组的比对情况,采用GATK软件识别单碱基错配和碱基的插入缺失情况,再利用ANNOVAR软件对SNP位点和InDel位点进行分析。通过相关生物信息学软件将SNP和InDel位点所在基因分别比对GO和KEGG数据库,以获得相应的功能和通路注释。【结果】共鉴定到中华蜜蜂的58 919个SNP位点,包括24 548个纯合位点和34 371个杂合位点;发生转换和颠换的SNP位点分别有49102和9817个;数量最多和最少的突变类型分别是C/T和T/G;分布在外显子区的SNP位点数量最多,达到22 649个;此外,发生同义突变的SNP位点数量最多,其次是非同义突变;SNP位点所在基因可注释到46个GO条目和121条KEGG通路。共鉴定到6 551个InDel位点,包括3 270个插入突变和3 281个缺失突变;分布在内含子区InDel位点最多,共计2 793个;发生移码插入的InDel位点最多;进一步分析结果显示InDel位点所在基因可注释到27个GO条目和28条KEGG通路。【结论】本研究鉴定到中华蜜蜂的大量SNP位点和InDel位点,解析了SNP和InDel位点的突变类型、基因组功能元件分布和密码子突变类型,并揭示SNP和InDel位点对中华蜜蜂的重要生物学过程具有潜在影响。 相似文献
5.
探讨白介素17A基因多态性与胃癌预后的关系。129例研究对象纳入生存分析,分成死亡和存活两组,用基因测序的方法检测血液样本IL-17A基因SNP位点rs3748067、rs17880588基因型分布。rs3748067位点有3种基因型T/T、C/T、C/C,rs17880588位点有2种基因型A/G、G/G。比较存活组和死亡组之间的基因型分布频率和单点等位基因分布频率,发现rs3748067的基因型C/T在死亡组的分布频率较存活组高,基因型T/T和C/C在死亡组的分布频率低于存活组,两组之间分布频率差异有统计学意义(P0.05)。杂合型C/T基因型在存活组分布低于死亡组(OR=2.051,CI=0.016~1.420),该位点基因型杂合可能为胃癌预后的一种危险因素。rs17880588的两种基因型A/G、G/G在存活组和死亡组的分布频率差异无统计学意义(P0.05)。结论:IL-17A基因rs3748067位点SNP与胃癌预后可能有相关性。 相似文献
6.
药物毒物代谢酶编码区的非同义单核苷酸多态性(nsSNPs)导致氨基酸改变,从而可能改变相应蛋白质的功能,使人体对有关药物毒物产生异常反应,亦与疾病易感性关联.在人类Ⅱ相代谢酶基因中已发现大量nsSNPs,但对这些酶nsSNPs基因型和表型间的关系了解甚少.本研究从Ensembl基因组数据库和NCBISNP数据库识别出104个人类Ⅱ相酶基因的923个经确认的nsSNPs.用PolyPhen,Panther和SNAP算法预测,发现44%~59%的nsSNPs影响到蛋白质功能.本研究的预测结果与已有实验研究证据基本吻合.68%的已知有害nsSNPs被正确预测为有害.本研究识别出多个尚未经实验研究的功能氨基酸.Panther和PolyPhen的预测结果吻合,SNAP非中性预测结果与PolyPhen预测分值亦吻合.进化上非中性的(去稳定化的)氨基酸替换可能是Ⅱ相酶活性改变,产生疾病易感性和药物/外源物毒性的致病基础.本研究还在有害nsSNPs预测的框架内阐明了Ⅱ相酶的分子进化模式. 相似文献
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PAH基因内一个A/C多态性位点的分析 总被引:1,自引:0,他引:1
在苯丙氨酸羟化酶基因IVS3的3‘端-11位有一个A/C多态性位点,应用SSCP分析可进行简便检测,A等位基因的频率为0.656,C等位基因的频率为0.344,此位点的多态性信息含量(PIC)为0.351。A/C位点与同一内含子内的STR位点间没有连锁不平衡性,联合应用这两个多态性位点进行单体型连锁分析,对PKU家系进行产前基断诊断率可达75%。 相似文献
8.
旨在筛选可能与人类疾病有关的hRFT2基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,nsSNPs)和突变位点,从SNP数据库中检索并筛选出395个有效的hRFT2基因SNPs,其中包括30个同义SNPs(synonymous SNPs,sSNPs)和31个非同义SNPs(non-synonymous single nucleotide polymorphisms,nsSNPs)。分别采用SIFT、SNPs3D和PolyPhen-2方法分析nsSNPs引起的氨基酸替换是否可能影响hRFT2的功能。结果表明,5个nsSNPs(rs11477762、rs146302587、rs146492942、rs76947760和rs145431028)可能严重影响hRFT2蛋白的功能,其中rs76947760和rs145431028的影响已得到临床证明,另外3个nsSNPs(rs148387972、rs140391358和rs3746802)也可能对hRFT2有较大的影响。 相似文献
9.
鸡Myostatin基因单核苷酸多态性的群体遗传学分析 总被引:20,自引:0,他引:20
肌肉生长抑制素是控制骨骼肌生长发育的重要细胞因子,采用PCR-SSCP和测序的方法发现了5个位于Myostatin基因5′-和3′-调控区的单核苷酸多态性位点,对北京油鸡、白耳鸡、石歧杂、矮小黄鸡、小型黄鸡、惠阳胡须鸡、隐性白羽鸡、海兰、AA鸡等不同鸡种的该单核苷酸多态性分析结果表明:Myostatin基因的5′调控区引物P60/P61扩增片段多态性是由3个核苷酸的改变而产生的[分别是G→A(304位)、A→G(322位)、G→(344位)],引物P93/P94扩增片段的多态性是由G→A(167位)突变造成的,引物P117。P118PC扩增片段多态性是由T→C(177位)造成的。3′调控我引物P80/P81扩增片段多态性是由第7263位A突变为T造成的,引物P76/P77扩增片段多态性是由A→G(6935位)造成的。不同鸡种群体遗传学分析表明,5′-调控区引物60/P61扩增片段多态性片段多态性是由A→G(6935位)造成的。不同鸡种群体遗传学分析表明,5′-调控区引物P60/P61扩增片段多态性位点在北京油鸡的基因型频率分布与其他的品种有很大的差异,其BB型频率为0.700,AA基因型频率仅为0.033,而其他鸡种中以A基因优势;对于引物P93/P94,品种间的基因型频率差异极显著(P<0.01),北京油鸡和AA鸡的EE型频率鸡种中以A基因占优势;对于引物P93/P94,品种间的基因型频率差异极显著(P<0.01),北京油鸡和AA鸡的EE型频率低于其他品种,白耳鸡和海兰蛋鸡以EE型为主,其频率高于其他品种;3′-调控区引物P80/P81多态怀位点在9个鸡种中都是等位基因C占优势。引物P76/P77,总体上MM型的频率较低,杂合子MN型的频率较高。 相似文献
10.
猪Mx1基因第14外显子多态性分析及新突变位点的 发现 总被引:1,自引:0,他引:1
采用PCR-RFLP方法对国内外7个猪种Mx1基因第14外显子的多态性进行分析, 共检测到3个等位基因, 6种基因型。其中杜洛克中仅存在AA基因型, 苏太猪中存在全部基因型, 只有在梅山猪和具有梅山猪血统的苏太猪中出现基因型BB。所有猪种中, 只有在地方猪种和培育猪种中出现等位基因B, 所有猪种除松辽黑猪外均以A为优势等位基因。卡方检验结果表明, 不同猪种间基因型分布差异较大, 梅山猪和松辽黑猪与其他所有猪种的基因型频率差异极显著(P<0.01) , 苏太猪与除皮特兰猪外的所有猪种的基因型频率差异也极显著(P<0.01) , 淮猪与杜洛克和约克夏这两个国外猪种基因型频率差异不显著(P>0.05), 而与皮特兰和其他地方猪种的基因型频率均存在极显著差异(P<0.01) 。通过测序在扩增片段中新发现了3种类型的碱基突变, 前2个分别导致了Thr和Glu向Ala和Arg的替换, 最后一个突变不引起氨基酸的变化, 且后两个突变位点为BB基因型所特有。 相似文献
11.
SCN1A是多种神经系统疾病的致病基因,该基因的精确表达对于维持神经系统正常功能非常重要.为了认识SCN1A启动子区多态性位点(single nucleotide polymorphisms,SNPs)的保守性及其功能意义,应用生物信息学方法分析了目前已发表位于SCN1A启动子区的11个SNPs,分别命名S1~S11.分析结果表明,S3、S5和S7等位基因频率没有人种差异性,其余SNP等位基因频率均有人种差异性;接近核心启动子的SNPs要比远离核心启动子SNPs的保守程度高,提示靠近核心启动子的SNPs影响SCN1A基因表达的概率可能越大;大部分SNPs祖传等位基因在哺乳动物中是保守的(S3除外),暗示这些SNPs新生等位基因有可能在人类进化过程起到一定的作用:启动子分析软件预测发现,含S2、S4、S8及S9等4个SNPs不同等位基因的同一序列分别存在不同转录因子结合元件,而含S1和S11不同等位基因的同一序列都只能预测到含其中一个等位基因的序列存在转录因子结合元件,这些差异可能是SNPs影响SCN1A表达的重要原因之一.这些分析将为进一步研究SCN1A启动子区SNPs与神经系统疾病的相互关系打下基础. 相似文献
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目的:探讨代谢酶CYP1A1基因MspI位点多态性与新疆汉族人群肺癌遗传易感性之间的相关性.方法:应用聚合酶链式反应(PCR)-限制性片段长度多态性(RFLP)技术检测59例新疆汉族肺癌和84例新疆汉族健康人的CYP1A1基因MspI位点多态性分布频率,并分析了CYP1A1基因MspI位点多态性与新疆汉族人群肺癌遗传易感性和患者性别之间的相关性.结果:(1)CYP1A1基因MspI位点3种多态基因型分布频率在两组间比较差异有统计学意义(χ2=6.682,P=0.035),CC基因型在病例组的分布频率显著高于正常对照组.(2)携带突变CC基因型的个体较携带TT基因型的个体患肺癌的危险性增加(OR=3.759.95%CI=1.228-11.494,P=0.035).(3)男女肺癌患者的CYP1A1基因MspI位点基因型及等位基因频率的差异均无显著性(P>0.05).结论:(1)CC突变基因型可能是新疆汉族人群的肺癌易感因素.(2)CYP1A1基因MspI位点多态性可能与新疆汉族肺癌患者的性别无关. 相似文献
13.
应用CRISPR-Cas9系统对人诱导多能干细胞(human induced pluripotent stem cells, hiPSCs)进行基因编辑,为疾病模型的建立、致病机制研究、药物筛选及基因校正治疗疾病提供了更广阔的平台。相对于CRISPR-Cas9介导的基因敲除,应用该系统介导的同源重组实现基因点突变或突变校正效率要低、且难度偏大。为了实现对MYO7A杂合点突变(c.4118C>T)的人iPSCs的点突变校正,本文构建了表达maxGFP的pX330质粒。针对需校正的突变位点,设计5组识别序列并连接到maxGFP-pX330中构建靶向质粒。将5组打靶质粒分别转染HEK 293FT细胞48 h,细胞表达GFP;测序结果显示,MYO7A基因相应位点出现杂峰,表明打靶质粒具有打断活性。将同源模版单链寡核苷酸链(single-stranded DNA oligonucleotides, ssODN)与打靶质粒共同电转入人iPSCs后48 h,经流式分选出(5.8±2.2)%的细胞表达GFP。分选后细胞行单克隆扩增并测序。结果显示,打靶质粒1和ssODN组合对点突变校正未成功;打靶质粒2、3、4、5与ssODN组合均获得了校正后的细胞株。本研究表明,打断位点是影响同源重组校正效率的关键因素。当应用CRISPR/Cas9(或其它核酸酶)介导的同源重组进行基因编辑操作时,可以同时选择多个打靶位点造成基因组不同位置上的双链打断(double-stranded break, DSB)位点,以获得目的单克隆细胞株。本研究为应用CRISPR-Cas9系统对人诱导多能干细胞进行基因编辑提供了有力参考。 相似文献
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《基因组学与应用生物学》2016,(5)
为了寻找影响猪产仔数的功能基因,本研究选取5个候选SNP位点CASI0003452、DIAS0001380、ALGA0071919、MARC0052565和ALGA0045832,采用等位基因特异PCR方法对候选位点的多态性变化进行群体研究。结果表明:香猪群体中C~(452)位点以BB基因型为主,低产群的B等位基因频率明显高于高产群(p0.05),两个香猪群体的B等位基因频率明显高于大白猪(p0.05)。D~(380)位点,两个香猪群的A等位基因频率低于于大白猪,且与乳头数呈弱的正相关;香猪和大白猪群体中A~(919)和M~(565)位点在香猪和大白猪群体中的基因型均为CC型,没有多态性;A~(832)位点两个香猪群A等位基因频率明显低于大白猪(p0.05)。经测序证实D~(380)位点处于C1GALT1基因外显子1中,属于同义密码子突变(GCC→GCU),存在密码子偏好性,可能影响香猪C1GALT1基因的表达,可能与香猪的性早熟有关。C~(452)位于PDIA4基因内含子4中,已知PDIA4基因直接影响繁殖的主效基因ER的结构和功能,推测C~(452)位点的多态性有可能影响PDIA4蛋白的表达,进而干扰卵母细胞成熟、受精及胚胎的早期发育等生理过程。 相似文献
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《基因组学与应用生物学》2017,(9)
为了深入了解蛋白激酶C-γ(PRKCG)基因rs3745406和rs2547362单核苷酸多态性与骨肉瘤易感性及其遗传机理。本研究收集了68例骨肉瘤患者及健康体检者70人为研究对象,利用PCR扩增技术比较了健康组与骨肉瘤组PPKCG基因rs3745406和rs2547362基因型频率及等位基因频率的差异,分析可导致骨肉瘤易感的相关基因群体遗传特征。研究表明,rs3745406单核酸多态性在对照组与骨肉瘤组的基因型(CC,TT,CT)及等位基因(C,T)频率分布差异(p=0.410,p=0.518)以及在其他临床因素的比较中(p0.05)均无统计学意义,而在有转移和无转移间差异均有统计学意义(p=0.000,p=0.000);rs2547362单核酸多态性在对照组与骨肉瘤组的基因型(CC,TT,CT)及等位基因(C,T)频率分布(p=0.006,p=0.007)差异均有统计学意义,而在在各临床因素的比较中(p0.05)均无统计学意义(p0.05)。我们的研究表明:PPKCG基因rs2547362SNPs与骨肉瘤发生有关,PPKCG基因rs3745406的突变与骨肉瘤的转移相关。其作用机制可能是rs2547362、rs3745406 SNPs通过某种信号激活PRKCG,导致细胞核肿瘤蛋白发生磷酸化,影响了转录或翻译水平的调控,细胞的分裂通路紊乱导致骨肉瘤的发生。 相似文献
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目的:探讨硫酸基转移酶(sulfotransferase,SULT)lA1、细胞间粘附分子(ICAM5)基因多态性与女性乳腺癌易感性的关系.方法:采外周血DNA后用等位基因特异性扩增法(allele specific amplification,ASA)检测青岛市200例正常对照者和160例乳腺癌患者的SULTIA1、ICAM5基因多态性分布,并进行统计学分析.结果:(1)SULTlA1 Arg/Arg、Arg/His、His/His三种基因型分布在对照组和病例组之间的差异无显著意义(P=0.103);病例组、对照组His等位基因频率分别为19.5%和9.2%(P=0.039),此差别有统计学意义;在淋巴结转移方面SULTIA1基因三种基因型在阴、阳性组间的差异有统计学意义(P=0.038).(2)ICAM5基因各基因型及等位基因分布频率在病例组和对照组间的差异无显著意义(P=0.245,P=0.294);从临床病例分型方面进一步分析,基因型GG与携带变异基因A的GA及AA基因型相比差异均无统计意义.结论:SULTlA1 His等位基因与汉族女性乳腺癌的发生可能相关. 相似文献
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《基因组学与应用生物学》2018,(10)
为探讨SLC12A3基因rs11643718位点基因多态性与原发性高血压(EH)发病的关系及对EH患者的健康教育对策,本研究选取心血管内科门诊确诊的高血压患者150例(EH组)、健康自愿者300例进行调查(对照组),采用聚合酶链反应(PCR)技术检测两组人群的SLC12A3基因rs11643718位点基因多态性,并收集两组的一般资料、生活行为方式资料,采用多因素分析EH发病的危险因素及其防治对策。研究发现EH组患者的SLC12A3基因rs11643718位点基因型与对照组比较差异无统计学意义(p0.05);EH组SLC12A3基因rs11643718位点等位基因频率A (10.57%)显著的低于对照组"16.33%",差异具有统计学意义(p0.05);采用Logistic回归分析可知,食盐量、LDL-C、TC、TG增加、SLC12A3基因rs11643718位点等位基因频率A降低是人群发生高血压的独立危险因素,差异有统计学意义(p0.05)。本研究的结果说明,高血压的发病受多种因素的影响,SLC12A3基因rs11643718位点等位基因频率A表达可以降低人群发生高血压疾病的风险。 相似文献
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核桃JrCBF基因的克隆与表达和单核苷酸多态性分析 总被引:1,自引:0,他引:1
根据CBF基因氨基酸保守序列设计简并引物,运用cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆核桃JrCBF基因cDNA全长序列。用实时荧光定量PCR分析JrCBF基因在低温胁迫下的表达模式,并分析JrCBF基因的单核苷酸多态性。结果获得长度为879 bp的CBF基因cDNA全长序列,编码214个氨基酸,命名为JrCBF;低温能诱导JrCBF基因的表达,4℃处理2 h后表达量开始增加,8 h后达到最大值;自然越冬条件下,JrCBF基因在花芽中表达量呈现先上升后下降的趋势,在寒冬时期(1月份)表达量最高;单核苷酸多态性分析JrCBF基因序列中有28个SNPs位点和7个Indels标记,存在2个突变热点区;单倍型分析显示15份材料可分为9个单倍型,单倍型多样性为0.9238。本研究为通过基因工程手段培育抗寒核桃品种和分子标记辅助育种提供了帮助。 相似文献
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以15个香菇栽培品种为材料,对尿嘧啶核苷酸-胞嘧啶核苷酸激酶基因(UMP-CMP kinase gene,uck1)、分裂原活化蛋白激酶基因(mitogen-activated protein kinase gene,mapk)和外切β-1,3葡聚糖酶基因(exo-β-1,3-glucanase-encoding gene,exg1)进行了部分序列的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分析。结果表明,测序中出现的双峰,是菌丝双核体细胞中两细胞核之间的差异造成的。在采用uck1、mapk和exg1的3,126bp中,共发现48处多态性位点,发生频率为1/65bp,其中36个属于转换、12个为颠换。从群体发生频率上,38个属于超过10%的常见SNP,10个属于罕见SNP。不同基因的SNP发生频率不同,uck1、mapk和exg1的SNP发生频率分别为1.40%、0.82%和2.41%。外显子区SNP数量高于内含子,3个基因在外显子区域分布28个,内含子分布20个。外显子的28个SNP位点中,11个为错义突变,17个为同义突变。错义突变引起了编码氨基酸的改变。对SNP位点的聚类分析表明,15个栽培品种间存在的多态性位点在1–36之间,15个品种的SNP类型不同。uck1,mapk,exg1的SNP可用于香菇栽培品种的鉴别。 相似文献
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为研究中国人家族性肥厚型心肌病(HCM)的致病基因突变位点,分析基因型与临床表型的相互关系,文章在1个中国汉族HCM家系中进行心脏肌钙蛋白T(TNNT2)基因、心脏肌球蛋白结合蛋白C(MYBPC3)基因和心脏β-肌球蛋白重链(MYH7)基因的突变筛查,聚合酶链式反应(PCR)扩增基因功能区外显子片段并对PCR产物进行测序分析.结果表明:在该家系接受调查的7名成员中有4名成员携带MYH7基因c.1273G>A杂合突变,该突变位点位于MYH7基因的14号外显子并使425位的甘氨酸(Gly)转换为精氨酸(Arg).该突变首次在国内HCM家系中发现,突变携带者的临床表型在家系内部呈现明显的异质性.该家系成员TNNT2及MYBPC3基因未发现突变且正常对照组相同位置未发现异常.MYH7基因是我国家族性HCM的致病基因之一,携带c.1273G>A突变的肥厚型心肌病患者临床表型差异明显,提示可能有其它因素参与了肥厚型心肌病的发展过程. 相似文献