SEN病毒中国株流行病学研究及克隆和序列分析

为了解SEN病毒中国株的流行病学及基因序列 ,采集肝炎患者 (甲～戊型 )、非甲～非戊型肝炎患者、ALT升高的婴幼儿、尿毒症患者、静脉毒瘾者和健康体检人群的血清标本 ,用巢式PCR检测SEN病毒 ,结果他们的检出率依次为 13 3%、2 0 5 %、4 8%、5 8%、5 7%和 0。PCR获得了两种不同长度阳性片段。选取 5份阳性PCR产物进行纯化、连接及转化 ,获取重组克隆 ,命名为 pGCEM -SENVL(1、2、3)、pGEM -SENVS(1、2 ) ,进行DNA序列分析。结果与SEN病毒 (AX0 2 5 6 6 7)序列同源性分别为 87 7%、76 1%、88 2 %、72 7%和 78 8%。首次发现我国存在SEN病毒散发感染 ,并存在不同于SEN病毒 (AX0 2 5 6 6 7)的中国变异株 ,而且有同一患者存在两种变异株的复合感染     

猪圆环病毒2型分离毒株全基因组的克隆及序列分析

根据GenBank中猪圆环病毒2型（PCV－2）基因序列,设计两对特异性引物,用PCR方法从接种疑似PMWS仔猪病料的细胞中分段扩增2个分离毒株全基因组。将扩增片段克隆入pGEM-T easy载体,筛选获得含有相应片段的阳性重组质粒。对质粒中的插入片段进行测序拼接,获得2株均为1768bp的全基因组序列。应用DNA star序列分析软件,对所测PCV－2序列与GenBank中的国内外PCV毒株进行同源性比较,并绘制系统发生树,结果发现：所测两毒株之间的核苷酸序列同源性极高,可达99．8％,亲缘关系密切;与PCV－2参考毒株的同源性介于95．3％－99．7％之间,其中与美国的一株PCV－2同源性最高,分别为99．5％和99．7％,亲缘关系很近;与国内两分离株同源性分别为96．4％和98．8％－98．9％;与PCV－1参考毒株同源性仅为77．1％－77．5％。     

抗—HCV阴性献血员中丙型肝炎病毒RNA检测及序列分析

对95份抗—HCVIgG阴性献血员采用逆转录聚合酶链反应法（PCR）检测丙型肝炎病毒RNA,结果8次中有6次其检测出17份阳性标本（17／95,17．9％）,复查抗—HCVIgG仍为阴性。对其中8份阳性产物中高变区1的序列分析结果表明均为不同株HCV序列．排除了PCR污染的可能性。对其中2份阳性产物测定了全序列并与HCV各基因型代表株的相应序列比较,与HCVⅡ型相应序列的核苷酸同源性为77％～79％。而与HCVⅠ、Ⅲ、Ⅳ相应序列间的同源性为62％～69％,表明为HCVⅡ型序列。结果提示献血员抗—HCVIgG筛选不能完全排除HCV感染者,漏检不是由于HCV基因序列变异．而是检测方法本身缺陷所致。     

PCR—微孔板杂交法检测不同人群TTV DNA

根据报道的TTV全序列设计引物和探针,建立PCR－微孔板杂交法,检测81例正常人群、92例职业献血员123例甲－庚型肝炎、32例非甲－庚型肝炎、48型发性肝癌患者的TTV DNA。结果表明TTV在以上五种人群中的阳性率分别为3．7％、4．3％、21．1％、28．1％、52．0％,前者与后三者比较有显著性差异（P＜0．05）,TTV合并HBV二重感染重叠感染的54．0％,这揭示不同人群均存在TTV感染,正常人群和职业献血员存在健康携带状态,甲－庚型肝炎和非甲－庚肝炎病人为高危人群,TTV可与各型肝炎存在重叠感染,TTV除经血传播外,存在其它传播途径,TTV感染与ALT及TBIL的升高密切相关。     

传染性支气管炎病毒江苏分离株核蛋白基因序列测定与同源性分析

将本室鸡传染性支气管炎病毒（IBV）江苏省地方分离肾型毒株JS／95／03接种鸡胚,分离、纯化病毒,提取单股RNA做为反转录－聚合酶链反应（RT－PCR）的扩增模板。用Genbank公开序列多重比较后设计一对引物,使用单管RT－PCR方法,物异扩增IBV核蛋白（N）基因5'端854bp的片段,扩增产物纯化后测,序列分析表明,IBV N基因也存在较大变异,此毒株与呼吸型疫苗株M41序列同源性最高。     

我国肾综合出血热疫苗生产株LR1株的基因组序列分析

为测定我国肾综合征出血热疫苗生产株LR1株的全基因组序列,了解该株分子基础,从提纯的细胞总RNA逆转录PCR扩增,产物纯化后克隆T载体纯化后测序,结果证明,LR1株全基因组序列由L6533、M3616、S片段的1692个核苷酸组成,依各自读码框架分别编码21511、1135、429个氨基酸。序列同源比较分析表明,LR1毒株与国外HTN型毒株高度同源,属同一亚型,尤其与HTN代表株75－1183个片段同源率高达99．3％－99．8％,而与国内的HTN型病毒差异较大,同源率仅为79．4％－84．6％。氨基酸比较也显示了同样的结果。     

临床分离耐甲氧西林溶血性葡萄球菌的SCCmec分型及同源性分析

目的了解临床分离耐甲氧西林溶血性葡萄球菌（MRSH）的SCCmec基因型别及相同SCCmec型别菌株的同源性。方法多重PCR进行SCCmec分型,ERIC-PCR法对相同SCCmec型别菌株进行同源性分析。结果83株临床分离MRSH菌株中,SCCmecI型有23株（27．7％）,SCCmecⅡ型有10株（12．1％）,SCCmecm型有24株（28．9％）,SCCmecIV型有1株（1．2％）,I、Ⅱ混合型有8株（9．6％）,I、Ⅲ混合型有6株（7．2％）,Ⅱ、11混合型有5株（6．0％）,I、Ⅱ、Ⅲ混合型有3株（3．6％）,未分型3株（3．6％）。ERIC—PCR结果显示,23株SCCmecI型分为11型,其中A型5株,B型5株,C型3株,其余8株各为1型,2株未分型;10株SCCmecⅡ型分为6型,其中D型4株,E型2株,3株各为1型,1株未分型;24株SCCmecm型分为9型,其中F型11株,G型2株,H型2株,I型2株,5株各为1型,2株未分型。结论临床分离MRSH中,SCCmecI、Ⅲ型为多,部分菌株呈混合型别;相同SCCmec型别的部分菌株之间可能存在克隆传播。     

唾液中人类疱疹病毒7型的分离与培养

目的：了解人群中人类疱疹病毒7型（HHIV－7）的感染情况,并对HHV－7进行分离培养、鉴定。方法：以聚合酶链反应（PCR）检测唾液中的HHV－7,再以巢式PCR及酶切加鉴别;分离其中2例标本中的病毒,以人脐带血单个核细胞（HCBMC）进行培养,再通过DNA序列测定来鉴定培养结果。结果：检测120例唾液标本有97例阳性,PCR阳性结果示186bp处有一荧光带,经ECORI酶切后成为126bp和60bp两条荧光带,巢式PCR结果示94bp处有一荧光谱,HCBMC可用于HHV－7的传代培养,唾液中分离的HHV－7与培养结果所测得的病毒序列一致。与Berneman分离测得的JI株结果相似,结论：人的唾液中HHV－7检出率高,HHV－7可在HCBMC中增殖。     

汉坦病毒汉滩型特殊新亚型的发现

应用RT－PCR扩增了皖南山区分离株AH09的M和S片段全基因,克隆于T载体,纯化后测定序列。结果AH09株M片段的全基因序列共3625个核苷酸,编码1135个氨基酸;S片段的全基因序列共1724个核苷酸,编码430个氨基酸。M和S片段全基因核苷酸和氨基酸与汉坦病毒各型株的代表株和HTN型毒株的同源性比较表明,AH09株分枝与HTN型接近,与其它各型病毒则相距较远,故确定为HTN型毒株,但AH09株与HTN型毒株的M和S片段全基因序列有差异,其差异分别高达23．6％和20．4％,经种系发生分析,AH09株是迄今为止所发现的HTN型病毒中差异最大的新基因亚型病毒株,AH09株病毒M片段的氨基酸与HTN型相差13．5％至14．8％,而S片段仅相差7％－8．1％,说明AH09毒株的变异主要发生在M片段。而ORF和3‘端的NCR区核苷酸序列分析比较说明,病毒的变异更主要集中在该片段的3‘端的NCR区。     

福建省2000～2003年戊型肝炎病毒分离株的分子流行病学研究

为研究福建省2000～2003年急性散发性戊型肝炎病毒（HEV）分离株的分子流行病学特征,采用RT—PCR方法扩增HEV ORF2的基因片段,经纯化、克隆、测序后,对其序列用Neighbor-Joining法和Bootstrap法进行基因进化分析。从158例急性散发性戊型肝炎的血清标本中扩增出72份HEV RNA,经基因进化树分析,这72株HEV均属于HEV基因Ⅳ型,且被明显地分为A、B、C、D共4个组群。A群的同源性最高,群内同源性为93．3％～100％;D群的同源性最低,群内同源性在86．6％～100％之间。A群和B群流行株所占比例没有差异;C群流行株所占比例由2002年的7．1％逐渐增加到2003年的26．3％（x^2=10．553,P=0．014）;D群则由85．7％逐渐减少到44．7％（x^2=8．136,P=0．043）。引起福建地区急性散发性戊型肝炎流行的HEV均属于HEV基因Ⅳ型,基因型内存在不同的组群,其中D群的变异较大。     

肾综合征出血热乳鼠脑II型纯化疫苗病毒株R22全S基因的特征

为了解肾综合征出血热乳鼠脑II型纯化疫苗侯选病毒株R22的分子生物学特征,应用PCR方法克隆了R22株的全S基因,并测序分析比较,结果R22株的S片段的全基因序列共1774个核苷酸,编码429个氨基酸,与汉坦病毒I型76－118株核苷酸和氨基酸同源率分为73．7％,83．3％,而与同型的SR－11株则高达95．6％,97．9％,核苷酸序列比较发现R22在1701－1709有一个ACCTCCTA7个碱基的插入,1756－1760处有一5个碱基的缺失,应用DNASTAR软件,绘出了R22株病毒S基因编码的蛋白质的二级结构。     

香蕉束顶病毒基因克隆和序列分析

对香蕉束顶病毒（ＢＢＴＶ）中国分离株ＤＮＡ组份Ｉ（ＤＮＡ－１）、外壳蛋白（ＣＰ）和运转蛋白（ＭＰ）基因进行了克隆和序列分析。ＢＢＴＶＤＮＡ－１含有１１０３个核苷酸,与南太平洋和亚洲分离株分别有８７％－８８％ ９６．９－９８％的核苷酸序列同源性。由ＤＮＡ－１编码的复制酶含有１８６个在酸残基。与南太平洋和亚洲分离株分别有８４．４％－９５．８％和９７．６％、９８．０％的氨基酸序列同源性。外壳蛋白基因由５     

金黄色葡萄球菌儿童临床分离株携带PVL基因状况的分析

目的了解金黄色葡萄球菌儿童分离株携带Panton-Valentine杀白细胞素（PVL）基因的状况及感染类型。方法采用多重PCR同时检测金黄色葡萄球菌16SrRNA基因、PVL基因和mecA基因;多重PCR检测MR—SA的SCCmec基因型及亚型。结果66株金黄色葡萄球菌JL童临床分离株经多重PCR检测,其中MRSA有7株（10．6％）,MSSA有59株（89．4％）;携带PVL基因金黄色葡萄球菌有31株,总阳性率为47．O％（31／66）,其中2株为MRSA,29株为MSSA,阳性率分别为28．6％（2／7）和49。2％（29／59）。2株MRSA都属于SCCmecIV型;31株PVL基因阳性分离株有21株分离自脓液,7株分离自血液,仅1株分离自痰液。结论儿童MSSA是携带PVL基因的主要菌株,携带PVL基因的金黄色葡萄球菌主要引起化脓性感染和血流感染。     

福州地区庚型肝炎病毒重叠感染

为研究庚型肝炎病毒在福州地区的重叠感染,采用ＥＬＩＳＡ法检测本院住院的２８６例病毒性肝炎（ＨＶ）患者和５００名供血员的抗－ＨＧＶ。结果表明,甲、乙、丙、戊型肝炎患者和供血员的抗－ＨＧＶ检出率分别为２．０％、２．２％、４．０％、１０．０％和０．２％。急性肝炎、慢性肝炎、慢性重型肝炎、肝硬化、原发性肝癌和抗－ＨＣＶ阳性供血员的检出率分别为７．９％、４．３％、３３．３％、０％、７．１％和６．３％,慢性重型肝炎检出率较慢性肝炎显著升高（Ｐ＜０．０５）。各型肝炎患者和供血员均存在庚型肝炎病毒重叠感染,以慢性重型肝炎为著。     

乙肝病毒表面抗原的抗体双阳性者中病毒S区基因序列分析

为了解乙肝病毒（HBV）表面抗原和抗体双阳性患者中病毒的基因型及其HVB S区是否有变异。用放射免疫试剂检测HBsAg阳性样品中的抗－HBs抗体，用聚合酶链反应法检测双阳性样品中的HBV DNA，然后对阳性样品进行克隆和基因序列分析，并将所得序列与HBV不同基因型的代表株进行比较分析。结果显示389例HBsAg阳性样品中有10例为抗HBs抗体阳性；该10例双阳性样品中有5例为HBV DNA阳性；序列分析显示该5株HBV均为B基因型，其中4株为adw亚型，1株为adr亚型；其中有2株在S区的“a”决定簇的氨基酸发生了变异。     

国槐DNA导入花生D5代性状遗传变异的分析

利用花粉管通道技术对国槐DNA导入花生栽培品种79266,D2代变异株98D010－7经连续自交,D3代获得9个株系,61个株行,641个单株,观察D5代群体内每个单株的开花型、株型、主茎高、第一对侧枝长、分枝数及单株结果数等主要农艺性状的表现型。结果表明：（1）79266和98D010－7均为连续开花型,D5代出现了交替开花型变异株,占总株数4．37％,开花型分离株行占16．39％;（2）79266株型直立,98D010－7株型葡匐,D5代表现型有直立,葡匐和半葡匐3种类型,分别占34．95％、14．04％和51．09％;表现分离的株行占73．77％;（3）株高和第一对侧枝长与79266相比显著降低;（4）单档分枝数与受体平均值相近,只有1个株系分枝数显著少于受体79266,其它8个株系差异不显著;（5）D5代群体有3个株系的单株结果数显著大于受体79266的单株结果数。     

山羊关节炎脑炎病毒甘肃株全基因组克隆和序列分析

根据GenBank中发表的山羊关节炎脑炎病毒CAEV-CO株（caprine arthritis encephalitis virus-CO,CAEV-CO）的全基因组序列（序列号：NC-001463）,设计合成了7对引物,对CAEV甘肃株的全基因组进行了PCR扩增,并对扩增产物进行了克隆和测序。结果表明,CAEV-甘肃株基因组全长为9186nt。与国际标准毒株CAEV—CO株相比,在编码区有12个碱基的缺失,二者的核苷酸同源性为91．0％;在非编码区有27个核苷酸的插人,核苷酸同源性为97．0％。gag、pol、蛋白Q、tat、env基因编码的氨基酸同源性分别为94．6％、94．7％、87．9％、94．7％和91．5％。     

兰州地区无偿献血人群血清TTV-DNA的检测

为了解兰州地区人群TTV的感染状况,作者采用套式PCR法,以TTV-DNA的ORFl中的一段309nt的序列为扩增序列,对36份兰州地区无偿献血人群血清DNA进行扩增,将扩增阳性片段测序并进行序列同源性比较,结果发现兰州地区无偿献血人群TTV感染率为52．7％。10份兰州序列之间的同源性为88．6％～95．4％,兰州序列与日本TA287株的同源性为88．1％～93．3％,表明兰州地区无偿献血人群TIN感染非常普遍,兰州地区TTV流行株存在变异,至少有基因亚型存在。     

我国SEO型汉坦病毒全S基因核苷酸序列测定

为获得SEO型病毒基因组更为详尽的资料，也为局部暴发的原因提供科学的资料，我国采用病毒分离、McAbs分型。RT－PCR扩增及核苷酸序列测定的方法，在国内首次测出我国SEO型病毒较为完整的全S片段，并与76－118、Seoul,SRⅡ株的核苷酸及氨基酸同源性进行比较，分别为：64．2％、91．8％、96．8％及80．5％、95．4％、97．3％。表明病毒基因组间的重排不是造成发病高峰的原因。     

胃粘膜损伤中EB病毒感染与P53抑癌基因突变的研究

为了探讨EB病毒（EBV）感染与胃癌发生的关系,应用PCR技术对166例胃粘膜损伤标本的EBVDNA进行检测．其中66例应用银染PCR－SSCP分析技术检测了p53exon5～8突变情况,10例应用直接法原位PCR技术检测了EBV在组织中的感染情况。结果166例标本中EBV感染率为30．1％;EBV在细胞中感染大体是弥散型,主要存在于细胞核。66例标本中p53基因突变率为54．5％。对比分析,EBV阳性标本中p53基因突变率为75％（21／28）,EBV阴性标本中p53基因突变率为39．5％（15／38）。结果表明,EBV对胃粘膜组织细胞具有易感性,p53基因突变在胃粘膜病变中是一个常发事件,EBV感染与p53基因突变之间存在着高度相关性．对癌症的发生具有重要作用。