DNA碱基组分分析在Frankia属分类中的应用研究

用热变性温度法,测定了非豆科植物固氮放线菌Frankia属七个菌株的DNA碱基组成,结果表明,该属的DNA(G+C)mol%在66.0—72.0之间。这些菌株可分为两个不同的类群,Ⅰ群包括EmI108,EmI131,EgI413和CeI513,(G十C)mol%66.12—67.34之间;Ⅱ群包括AsI13和MrIr5,(G十C)mol% 69.78—72.22之间。各菌株的生理试验表明,Ⅰ群菌株多利用葡萄糖或吐温作为唯一碳源;Ⅱ群菌株则不利用葡萄糖和吐温,所有菌株都利用丙酸和醋酸。     

棉花枯萎病菌异核体的三个不同核型分离子DNA碱基组成及18S rDNA序列*

从棉花枯萎病菌 (Fusariumoxysporum f.sp .vasinfectum)异核体菌株Ag1 49的菌落角变处分离得到 3个培养特征和致病性差异明显的单孢分离子。分别测定了这 3个分离子的总DNA和核DNA的碱基组成 ,以及它们的 1 8SrDNA的部分序列 ( 1 477个碱基对 )。它们的总DNA (G +C)mol%差异在 0.1 %～ 0.4%之间 ;核DNA (G +C)mol%的差异在0.4%～ 0.8%范围内 ;而 1 8SrDNA的部分序列则完全相     

石鲽病原琼氏不动杆菌形态型Ⅰ的鉴定*

从由杀鲑气单胞菌(Aerom onas salmonicida)所引起的石鲽(Stone flounder,Kareiusbicoloratus L.)细菌性败血感染症病(死)鱼肝、脾、肾及肠内容物中,同时检出了作为继发感染的病原菌。经对6株纯培养菌在形态特征、理化特性等方面较系统的表观分类学指征鉴定及代表菌株DNA中G+C mol%的测定,表明为琼氏不动杆菌的一个新形态型并定名为琼氏不动杆菌形态型Ⅰ(Acinetobacter juniimorphovarⅠ);     

棉花枯萎病菌异核体的三个不同核型分离子DNA碱基组成及18S rDNA序列

从棉花枯萎病菌（Fusarium oxysporum f.sp.vasinfectum）异核体菌株Ag149的菌落我变处分离得到3个培养特征和致病性差异明显的单孢分离子。分别测定了这3个分离子的总DNA和核DNA的碱基组成,以及它们的18S rDNA的部分序列（1477个碱基对）。它们的总DNA（G＋C）mol%差异在0.1%-0.4%之间;核DNA（G＋C）mol%的差异在0.4%-0.8%范围内;而18S rDNA的部分序列则完全相同。     

反相高效液相色谱法测定色盐杆菌新种ST307的DNA G+C mol%含量

目的:使用反相高效液相色谱法测定色盐杆菌新种ST307的DNA G+C mol%含量.方法:以Escherichia coli DH5α为标准菌株,采用90%重蒸水10%甲醇为流动相,检测波长260nm,流速1ml·min-1,在Venusil MP C18柱上对四种碱基进行分离.结果:DNA碱基分离效果好,以外标法计算得到标准菌株DH5α的DNA G+C mol%含量为50.3%,待测菌株ST307的DNA G+C mol%含量为60.5%.结论:采用反向高效液相色谱法测定色盐杆菌的DNA G+C mol%含量准确可靠.     

高效液相色谱法测定红树林放线菌DNA的[G+C)mol%含量

应用高效液相色谱法测定了放线菌的(G+C)mol%,并就有关分析条件和DNA水解条件进行了优化选择.以Escherichia.coli DH5α作为标准菌株,实验室分离鉴定的8株红树林放线菌作为待测菌株,采用流动相为20 mmol/L KH2PO4缓冲液(pH 5.6)∶甲醇(体积比90∶10),检测波长为260 nm,硫速为1 ml/min,柱温为35℃,分析时间15 min对4种碱基进行分离.结果表明:标准碱基溶液的pH值、流动相的组成和pH值是影响各碱基色谱峰分离和峰形的主要因素.在优化选择的条件下测定,DNA碱基分离效果好,无杂峰干扰,以峰面积计算得到标准菌株Escherichia coli DH5 α的(G+C)mol%为54.9694%与已经报道的差异不显著;待测菌株的(G+C)mol%均在菌株所在科或属下的(G+C)mol%围内;采用酸水解放线菌的DNA可缩短鉴定时间,步骤简明.实验结果充分显示高效液相色谱法测定放线菌(G+C)mol%快速、准确、结果稳定,是放线菌分类鉴定的一种可靠方法.     

涅斯捷连科氏菌属菌株的分离及系统学研究

从我国新疆及埃及东部高盐环境中分离到 4株形态上类似于涅斯捷连科氏菌属的革兰氏阳性菌株。以该属的 2个典型菌株 (NesterenkoniahalobiaDSM 2 0 5 4 1T和NesterenkonialacusekhoensisDSM 12 5 4 4 T)为对照 ,对 4个分离菌株进行了包括形态学 ,生长pH范围 ,温度范围 ,耐NaCl,KCl,MgCl2 ·6H2 O ,CaCl2 实验及酶学特性以及细胞化学组份、(G C)mol%含量测定 ,16SrDNA分析及DNA DNA杂交在内的多相分类研究。结果显示 ,4个分离菌株属于涅斯捷连科氏菌属 ,但与涅斯捷连科氏菌属的 2个有效发表种有显著差异 ,因此 4个分离菌株均为该属的新种     

沙坡头地区根瘤菌DNA同源性及16SrDNA全序列

数值分类和多位点酶电泳分析表明,分离自宁夏沙坡头 地区的12株根瘤菌构成一个独立的表观群。对这一菌群进行了DNA同源性和群内中心菌株1 6SrDNA全序列分析。12个菌株的G+C mol%在56.4～62.2范围内;群内DNA同源性为72.3% ～9.5%,大于70%,属种内水平;中心株N220的16SrDNA全序列与参比菌株的序列比较,从 模拟系统发育树看出,它与三株土壤杆菌、三株根瘤菌的16SrDNA序列同源性在94.8%～99 .2%的相似性水平上构成一个分支,看来沙坡头地区这群根瘤菌是一个独立的新种群。     

核酸碱基组分与毛霉目的分类

本文对毛霉目中6科16属40个种共60株真菌DNA的G+C含量与分布作了系统的研究。在提取DNA时选用了Storck等人在Marmur提取细菌DNA方法基础上发展起来的真菌DNA提取法,经过一些修改后成功地提取了毛霉目真菌的DNA。经该法提取的DNA片段长、纯度高,在热变性时DNA的增色效应一般都大于35%。各个种的GC含量大致有一固定值。根据所测毛霉目16属各属真菌的平均GC含量,可将它们分为明显的三组:Gongronella, Haplosporangium, Mortierella及Syncephalastrum为一组,GC含量最高为46.0-49.8%; Cunninghamella单独成一组,GC含量最低只有28.8%;其他各属包括Absidia, Mucor, Rhizopus等GC含量介乎这两组之间,分布于34.9-41.9%。这一次序除Helicostylum与Circinella的数值低于他人的报道外,其余和文献报道值一致。一般属内GC含量变化小于10%,种内变化小于2%。所测得的G+C mol%对分Syncephalastrum monosporum Zheng et al.和Mortierella ramanniana (Moeller) Linneman的合理归属提供了佐证。对某些所测结果与文献报道值有出入的原因作了讨论和分析。对采用Mandel等1970年建议的公式GC=(Tm 0.1×SSC/50.2)-0.990来计算GC含量的依据也作了讨论。     

肺囊康定产生菌Glarea lozoyensis线粒体基因组序列的再分析

[目的] Glarea lozoyensis是抗真菌药物卡泊芬净的产生菌,其突变菌株ATCC 74030的线粒体基因组已被报道。我们此前的研究发现诱变剂能引起该菌某些细胞核基因的突变,但诱变剂是否也能引起线粒体DNA序列的改变并不清楚。[方法] 组装野生型菌株ATCC 20868的线粒体基因组,并与发表的突变型菌株ATCC 74030的线粒体基因组进行比较。通过PCR验证野生和突变菌株线粒体基因组间表现差异之处,并利用正确的线粒体基因组序列进行新的分析。[结果] 我们成功组装出野生型菌株ATCC 20868的线粒体基因组,通过比较其与发表的ATCC 74030的线粒体基因组序列,发现存在6处单核苷酸变异位点和2处具有长度差异的区域。然而,随后的PCR验证和序列比较并没有发现2个菌株间存在这些差异。最初观察到的碱基差异是因为发表的ATCC 74030线粒体基因组存在序列错误。有趣的是,在Glarea lozoyensis的线粒体基因组中,我们发现存在3个具有内含子的tRNA基因和1个rnpB基因。同时,该菌线粒体基因组中存在多种重复序列,在其线粒体和细胞核基因组间也存在明显的DNA片段重复事件。[结论] 诱变剂没有引起G. lozoyensis线粒体DNA的任何改变;发表的ATCC 74030的线粒体基因组存在序列错误。我们报道G. lozoyensis正确的线粒体基因组序列,并且发现该菌线粒体和细胞核基因组间频繁的基因交流。     

反相高效液相色谱法测定Bacillus claussi的DNA G+Cmol%

目的:为了建立细菌DNA G Cmol%的快速准确的测定方法,选用反相高效液相色谱法测定Bacillus claussiDNA的G C mol%。方法:以已完成全基因测序的Bacillus haloduransC-125作为标准菌株,作者实验室新分离鉴定的2株Bacillus claussi作为待测菌株。采用80 mmol/L磷酸二氢钾溶液(pH5.6)20%甲醇为移动相,检测波长260nm,流速1ml.min-1,在Kromasil C18柱上对4种碱基进行分离。结果:DNA碱基分离效果好,无杂峰干扰,以峰面积计算得到标准菌株Bacillus haloduransC-125的G C mol%为44.23%,待测菌株的G C mol%分别为45.75%、43.35%,经过统计学分析,与已经报道的G C mol%差异不显著。结论:实验结果充分显示高效反相液相色谱法测定细菌DNAG C mol%快速、准确、结果稳定,是细菌精确分类鉴定的一种可靠方法。     

新疆苦豆子根瘤菌的数值分类研究

苦豆子(Sophora alopecuroides)对于干旱荒漠地区的畜牧业发展有着非常重要的意义,其生长特性与根瘤菌有密切关系。我们对分离自新疆苦豆子根瘤的67株根瘤菌及36个模式菌株进行了118项表型性状的测定,包括唯一碳源利用、唯一氮源利用、对抗生素和染料的抗性、耐盐性、初始pH值生长范围、生长温度范围及石蕊牛奶反应、氧化酶、过氧化氢酶和脲酶。对测定结果用聚类分析方法进行了分析,获得数值分类树状图。结果表明：新疆苦豆子根瘤菌在碳氮源利用、抗生素敏感性以及对染料的抗性程度等方面存在着差异。新疆苦豆子根瘤菌能耐受低温,并具有较强的耐盐、碱能力,所有供试菌株均能在初始pH值为9－12的YMA培养基上生长,92.5％的菌株能耐受3.0％的NaCl,91.0％的菌株能耐受4.0％的NaCl,有18株菌甚至能耐受5.0％和6.0％的NaCl。聚类结果表明, 在84.8%的相似性水平上,67个供试菌株构成了4个新的表观群,第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ类群分别有21、7、4、3个菌株,中心菌株分别为NWBC152、NWTKX101、NWYJS12、NWLP112。此外,数值分类结果还表明,苦豆子根瘤菌与模式菌株的相似性较低,它们所形成的4个独立群可能有新种出现。     

中国香菇自然种质的rDNA遗传多样性分析

测定了全国范围内的59个野生香菇菌株rDNA的ITS区域的序列。所得序列的总长度在723-727个碱基之间,G+C含量也基本稳定在57.5%左右。用Phylip3.6软件包对59个ITS序列进行DNA数据分析。结果表明59个菌株被划分到3个不同的谱系中,其中谱系Ⅰ包括11个菌株,分布较为均衡,涉及东北、西北、西南和东部沿海等地区的8个省份;谱系Ⅱ包括14菌株,以西北、西南的4个省份为主;谱系Ⅲ包括34个菌株,覆盖范围最广,除东北和西北高原地区外,其它均有涉及。地缘关系分析表明以陕、甘为主的西北高原地区的菌株涉及Ⅰ、Ⅱ两个谱系;以闽、浙、赣和台湾为主的东部沿海地区的菌株涉及Ⅰ、Ⅲ两个谱系;而以云、贵、川为主的西南地区的菌株则覆盖到了所有的3个谱系。这三个地区的香菇遗传多样性最丰富,西南地区尤为突出,是香菇种质资源保护与利用的重点区域。     

超慢生大豆根瘤菌DNA G+C含量和DNA同源性测定

用热变性温度法和液相复性速率法分别测定了超慢生大豆根瘤菌(ESG,extra-slow-growing soybean rhizobia)DNA G+C mol%及与其它根瘤菌间的DNA同源性.结果表明,ESG的DNA G+C mol含量在59.2—63.5%之间,且不同地区不同血清型的ESG代表菌株DNA同源率在70%以上,说明它们是遗传型一致的类群.ESG与在大豆上结瘤的快生大豆根瘤菌(Rhizobium fredii USDA205)同源率为14.8%,与慢生大豆根瘤菌(Bradyrhizobiumjaponicum)三个DNA同源组的同源率分别为20.5%,30.0%,19.4%.测定结果还表明,ESG与其它根瘤菌遗传学的亲缘关系也很远.     

一株拮抗辣椒疫霉的假单胞菌的分离与鉴定

从甜椒根际土壤中分离到一株对辣椒疫霉(Phytophthora capsici)具有强拮抗作用的假单胞属(Pseudomonasspp.)菌株GP72,研究其拮抗性表明,对多种植物病原真菌均有很强的抑制作用。对该菌株进行形态特征、生理生化、Biolog GN、(G C)mol%含量测定及16S rDNA序列分析,鉴定为绿针假单胞菌(Pseudomonas chlororaphis)。特征为单细胞,极生单个鞭毛,不能利用聚β-羟基丁酸盐,能够较强地利用Biolog系统95种碳源中的45种作为底物生长,较弱利用其中的6种底物,与绿针假单胞菌(Pseudomonas chlororaphis)的相似性达到98%,相似指数为0.72。用热解链方法测得基因组DNA的(G C)mol%含量为65.1mol%。以16S rDNA序列为基础构建了包括13株邻近种属细菌在内的系统发育树,其中与模式致金色假单胞菌的同源性最近。     

嗜热脂肪芽孢杆菌的表观群与亲缘群的关系

用DNA-DNA体外杂交的方法考察了嗜热脂肪芽孢杆菌的表观群菌株的亲缘关系。按DNA同源性％形成三个亲缘群。亲缘群并不与表观群十分吻合,却与DNA的G+C含量更相关。同一亲缘群菌株DNA的G+c含量相近,然而DNA的。+。含量相近的并不一定属于同一亲缘群。 表观群中各菌株的中心株距离也与DNA的G十。含量相关。。州“的G+C含量接近中心株的菌株,则它与中心株距离也相对地接近。结果表明嗜热脂肪芽孢杆菌是一个异源性的种。本文结果支持Brenner的主张：将表观特征和遗传特征结台作为种的定义。     

超慢生大豆根瘤菌DNA G+C含量和DNA同源性测定

用热变性温度法和液相复性速率法分别测定了超慢生大豆根瘤菌(ESG,extra-slow-growing soybean rhizobia)DNA G+C mol%及与其它根瘤菌间的DNA同源性.结果表明,ESG的DNA G+C mol含量在59.2—63.5%之间,且不同地区不同血清型的ESG代表菌株DNA同源率在70%以上,说明它们是遗传型一致的类群.ESG与在大豆上结瘤的快生大豆根瘤菌(Rhizobium fredii USDA205)同源率为14.8%,与慢生大豆根瘤菌(Bradyrhizobiumjaponicum)三个DNA同源组的同源率分别为20.5%,30.0%,19.4%.测定结果还表明,ESG与其它根瘤菌遗传学的亲缘关系也很远.     

西藏根瘤菌新表观群的DNA同源性及16S rDNA全序列分析

在前期数值分类工作的基础上,对7株与Rhizobium关系较密切的分离自西藏部分地区豆科植物Trigonellaspp.和Astragalusspp.的根瘤菌所形成的独立表观群,通过DNA同源性测定及16S rDNA全序列分析进行了分类地位的进一步确定。结果表明:该独立表观群菌株的(G C)mol%为59.5%~63.3%,群内菌株间DNA同源性在74.3%~92.3%之间,中心菌株XZ2-3与相关Rhizobium种之间的DNA同源性在0%~47.4%之间,是不同于Rhizobium内各种的新DNA同源群。另外,16S rDNA全序列分析结果也表明,中心菌株XZ2-3占居Rhizobium系统发育分支中的一个独立亚分支,其与临近R.leguminosarumUSDA2370T和R.etliCFN42T之间的序列相似性分别为96.55%和96.62%。根据国际系统细菌学委员会提出的细菌种属分类标准,该独立表观群构成了一个不同于Rhizobium内各种的新种群。该研究结果丰富了现有根瘤菌分类系统,将为国际上现有Rhizobium的14个种中再增添一个新的分类单元。     

金黄色葡萄球菌中PVL基因与噬菌体DNA的同源性*

为了探讨金黄色葡萄球菌PVL基因与噬菌体的相关性 ,从 4株含有PVL基因的菌株中分离出DNA ,用HindⅢ或EcoRⅠ酶切后 ,分别与PVL和LukM-lukF-PV探针进行Southern印迹杂交 ,以及对含有PVL基因及其下游区域的片段克隆、测序和同源性分析。结果表明3株菌的PVL基因及其下游区域的序列与V8菌株噬菌体∮PVL的PVL基因及其下游噬菌体attsite的序列     

螺旋霉素3-O-酰基转移酶基因的删除和主要产生螺旋霉素组分Ⅰ菌株的获得

螺旋霉素（SP）为16元环大环内酯类抗生素,含有螺旋霉素Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ个组分,其结构的差异为16元内酯环的C₃上分别连接羟基（SPⅠ）、乙酰基（SPⅡ）和丙酰基（SPⅢ）;SPⅡ和SPⅢ是在相同的3-O-酰基转移酶催化下SPⅠ进一步酰化的产物。SPⅠ、SPⅡ和SPⅢ在生物学活性方面无大差异。为简化螺旋霉素组分,便于今后对其结构进行进一步改造,根据碳霉素和麦迪霉素生物合成中的3-O-酰基转移酶序列,设计了简并性PCR引物,并采用SON-PCR（single oligonucleotide nested PCR）方法,从螺旋霉素产生菌S. spiramyceticus F21中进行特异性扩增,获得了螺旋霉素3-O-酰基转移酶基因（sspA）及其侧翼序列,共约4.3kb（其中的3457nt DNA序列已被Genbank收录,DQ642742）。采用DNA同源双交换技术对S. spiramyceticusF21中的sspA进行了删除。对螺旋霉素原株和sspA缺失变株进行发酵产物提取和HPLC分析表明：原株中SPⅠ、SPⅡ和SPⅢ的相对含量分别为7.8%、67%和25%,变株中则分别为72％、18%和9.6%;变株主要组分为SPⅠ。螺旋霉素sspA缺失变株的获得为螺旋霉素组分简化及其衍生物的结构改造奠定了基础。