HIF-1-alpha激活的长链非编码RNA-ANRIL与肺腺癌的关系的研究

摘要目的：现已经证实缺氧诱导因子-1alpha（hypoxia inducible factor-1,HIF-1alpha）与肺腺癌（lung adenocarcinoma，LA）侵袭性有关。 INK4 基因座中反义非编码RNA（CDKN2B antisense RNA 1，ANRIL）是目前确认的能够促进肿瘤发生发展的一种长链非编码 RNA（long noncoding RNA，lncRNA）。而本研究即探究在肺腺癌中HIF-1琢与ANRIL之间是否存在一定的联系。方法：利用实时定 量PCR 技术（quantitative real-time polymerase chain reaction，qRT-PCR）检测人体肺腺癌组织和肺腺癌细胞系A549 中HIF-1-alpha和 ANRIL的表达水平，然后利用小干扰RNA（small interfering RNA，siRNA）和基因过表达技术使HIF-1alpha低量和过量表达，再检测 肺腺癌细胞系A549 中ANRIL表达水平的变化。结果：ANRIL和HIF-1alpha在人体肺腺癌组织和肺腺癌细胞系A549 中的表达水平 呈现正相关，而且ANRIL 和HIF-1alpha在癌组织中的表达水平均高于癌旁组织，并且通过HIF-1alpha的低量和过量表达，ANRIL亦呈 现相应的变化。结论：ANRIL 和HIF-1alpha在肺腺癌组织中的表达具有相关性，而且HIF-1琢能够刺激激活ANRIL的表达，因此 ANRIL-HIF-1alpha可能为肺腺癌的诊疗提供一个崭新的靶点。     

MSTN基因siRNA表达载体的构建和鉴定

目的构建能沉默MSTN基因的小干扰RNA表达载体,并鉴定它沉默肌母细胞MSTN基因的效率。方法合成3对发夹小干扰RNA模板寡核苷酸链,退火后插入pSileneer载体．构建成可沉默MSTN基因的小干扰RNA表达载体,通过酶切和测序鉴定构建的小干扰RNA表达载体。将小干扰RNA表达载体转染肌母细胞,用实时荧光定量RT—PCR和Western印迹检测转染的肌母细胞myostatin的表达水平。结果酶切和测序证实3个小干扰RNA表达载体构建正确,实时荧光定量RT—PCR显示所构建的3个小干扰RNA表达载体对肌母细胞MSTN基因的干扰率分别为43．6％、47．7％和81．6％,它们的干扰效果被Western印迹所证实。结论干扰率为81．6％的小干扰RNA表达载体为构建成功的小干扰RNA表达载体,。岜可用作MSTN基因的功能研究和肌病治疗的分子研究。     

里氏木霉中小分子RNA对纤维素酶表达调控的作用

目的:通过过表达小分子RNA和抑制小分子RNA功能,研究小分子RNA对里氏木霉QM9414纤维素酶表达的影响。方法:利用含里氏木霉强启动子Ppdc的质粒p-Ppdc'-Tcbh1,分别构建过表达载体和Tough Decoy(Tu D)序列,对里氏木霉QM9414的3个小分子RNA(mil R5、mil R7和mil R10)进行过表达和抑制,过表达和抑制后的小分子RNA表达量通过荧光定量PCR检测,最终测定转化菌株的滤纸酶活,研究过表达和抑制小分子RNA后对纤维素酶表达的影响。结果:过表达载体能提高小分子RNA的表达量,过表达重组菌株OE-mil R7的滤纸酶活明显提高;Tu D序列表达载体可抑制小分子RNA的功能,抑制小分子RNA的重组菌株Tu D7酶活略有下降。结论:mil R7可能参与纤维素酶表达调控,为对里氏木霉的产纤维素酶能力进行改造提供了新的靶点。     

嵌合RNA在肿瘤中的生物学意义

嵌合RNA(chimeric RNA)是来自不同基因的外显子片段通过一定的染色体重排或转录剪接机制形成的融合转录本，具有编码新RNA和/或蛋白质的潜能。嵌合RNA广泛存在于肿瘤和正常组织中，但不同的组织、细胞甚至分化的不同时间点都可能有其独特的嵌合RNA表达谱。目前，对嵌合RNA的研究尚处于起步阶段，其相关定义和术语尚不明确，因此，本文将对其进行统一规范。此外，为了从多维度认识“嵌合RNA”,本文将对嵌合RNA的形成机制和分类，以及其在肿瘤发生发展中的作用机制及其在不同肿瘤中的功能和应用进行详细论述。研究表明，嵌合RNA可编码一定的基因产物，在调控细胞的增殖、迁移、侵袭和凋亡等方面发挥重要作用。在肿瘤中，嵌合RNA可编码特异性蛋白质，通过改变细胞表型，或者直接以非编码嵌合RNA的形式影响基因的表达或调控通路，导致癌症的发生。基于此使得嵌合RNA及其编码产物有望成为诊断癌症的重要标志物和药物治疗的有效靶点。近年来，已在不同肿瘤中发现了多种特异性嵌合RNA,它们在疾病的发生和进展中发挥了重要的作用。目前，已有嵌合RNA及其产物作为分子靶标成功应用于临床诊断和治疗，或者评估疾病的预后。本文将...     

Cx43 与Smo 基因在胰腺癌中的表达及其临床意义

目的:研究细胞间隙连接蛋白43(Cx43)与信号通路基因Smoothened(Smo)在胰腺癌中的表达及其临床意义。方法:选择从2013年1月~2015年12月在医院接受手术治疗的胰腺癌患者53例切除组织及与癌组织相配对的3cm外癌旁组织,对比不同胰腺组织中Cx43与Smo阳性表达率,及Cx43 m RNA与Smo m RNA表达水平,分析胰腺癌组织中Cx43和Smo表达与胰腺癌的病理特征之间的关系及两者的相关性。结果:胰腺癌组织中Cx43的阳性表达率及Cx43 m RNA表达水平明显低于在癌旁组织,而Smo的阳性表达率及Smo m RNA表达水平明显高于癌旁组织,差异均有统计学意义(均P0.05)。胰腺癌患者组织学分级为Ⅲ级、有淋巴结转移者的Cx43 m RNA表达水平分别明显低于Ⅰ~Ⅱ级、无淋巴结转移者,Smo m RNA表达水平则明显高于Ⅰ~Ⅱ级、无淋巴结转移者,差异均有统计学意义(均P0.05)。Pearson相关性分析结果发现,胰腺癌组织中Cx43 m RNA和Smo m RNA表达呈负相关关系(r=-0.846,P=0.000)。结论:Cx43 m RNA在胰腺癌中的表达下降,而Smo m RNA则表达上调,临床监测Cx43及Smo基因的表达情况,有助于评价患者的病情与预后。     

RNA药物递送载体的研究进展

核糖核酸(ribonucleic acid, RNA)疗法通过将外源RNA引入特定细胞来精准调控基因的表达，从而实现对疾病的干预。近年来，临床结果表明RNA疗法在基因调控和疾病预防上是一种十分有潜力的基因疗法。然而，RNA药物在递送过程中仍然面临如稳定性差、组织靶向性弱、免疫原性强等诸多问题，限制了RNA药物的进一步临床转化应用。本文总结了不同RNA药物的递送方式在临床前和临床实验中取得的最新研究进展，并讨论不同递送载体的应用前景和局限性，旨在为RNA药物递送方式的优化提供新的设计思路，促进RNA疗法的临床应用。     

Qβ噬菌体RNA复制酶基因的克隆及在大肠杆菌中的表达

构建了带有Qβ噬菌体RNA复制酶cDNA基因的重组表达质粒pKK-Rep,采用电泳分析的方法考察了不同浓度的IPTG、不同的葡萄糖浓度对pKK-Rep在E.coli JM109中表达RNA复制酶蛋白的影响。结果表明,0.01mmol/L IPTG可以有效诱导pKK-Rep表达RNA复制酶蛋白,但表达的RNA复制酶蛋白大多数为不溶性蛋白。在培养基中添加0.02%的葡萄糖对该RNA复制酶蛋白的组成型表达无明显的影响,但当葡萄糖浓度增加至0.04%-1.0%时,这种组成型表达量显著降低。采用MDV－poly( )RNA作为模板来体外检测可溶性表达蛋白的活性,结果表明其具有体外特异扩增RNA模板的活性。     

人U6基因POI Ⅲ启动子表达反义VEGF cDNA抑制SMMC-7721肝癌细胞VEGF表达的观察

 由 RNA聚合酶启动子在细胞内转录高浓度反义 RNA是抑制靶蛋白的一种有效手段 ,有报道 POI 启动子转录小分子 RNA存在效率不高 ,带有较多的非特异性序列等缺点 ,为了克服这些问题 ,表达反义 VEGF RNA的人 U6基因表达盒对人肝癌细胞株 SMMC- 772 1 VEGF表达的抑制作用进行了研究 .首先 PCR扩增 2 0 0 bp VEGF c DNA以正、反向插入人 U6 sn RNA.通过测序证实反向插入的正确性 .采用细胞原位杂交 ,RNA酶保护分析 ,Northern印迹来证实反义 RNA表达的情况 ,利用 RT- PCR方法研究了其对人肝癌细胞株 SMMC- 772 1 VEGF表达的抑制效果 .细胞原位杂交结果显示 U6启动子转录产物主要分布于细胞核内 ,细胞浆内亦有表达 ,RNA酶保护分析显示 U6基因 POI 启动子能高表达所需大小反义 RNA,Northern印迹结果显示脂质体 lipo-fectamine介导含 U6基因 POI 启动子的质粒转染人肝癌细胞株 SMMC- 772 1后 1 2 h即有表达且可持续表达 6 d. RT- PCR证实 U6基因 POI 启动子转录的反义 VEGF RNA能有效抑制SMMC- 772 1细胞 VEGF的 m RNA表达 .已有的研究结果揭示 POI 启动子是反义基因治疗中一种好的选择     

利用脊髓灰质炎病毒5'NCR和RNA聚合酶基因可提高外源基因表达

将含脊髓灰质炎病毒 (PV)RNA聚合酶的不同长度基因片段克隆到载体 pSG5质粒上 ,分别构建了 4个表达RNA聚合酶的质粒。体外转录实验证明 ,pSG5 POL1 99和 pSG5 POL2 0 3质粒转染细胞的提取物促进了特异的RNA转录 ,表明两质粒可表达RNA聚合酶。将PV的 5'NCR序列插在载体 pGREENLANTERN 1的CMV启动子下游 ,构建了 pGREENLANTERN 1 5'NCR质粒 ;用 LacZ基因替换GFP基因分别插入到PGREENLANTERN 1和pGREENLANTERN 1 5'NCR质粒上 ,构建成 pLacZLANTERN 1和 pLacZLANTERN 1 5'NCR质粒。表达RNA聚合酶的质粒与 pLacZ 5'NCR调控表达报告基因的质粒共转染 ,明显提高了报告基因的表达水平 ,表明PV的表达调控元件和RNA聚合酶基因可用于构建外源基因高效表达载体。     

竞争性内源RNA的研究进展及研究策略

竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ce RNA)通过结合同一种mi RNA参与其靶基因的表达调控。研究发现,假基因转录物、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)、编码蛋白质的m RNA、环形RNA(circular RNA,circ RNA)等都可以作为ce RNA参与基因表达的调控,并与肿瘤的发生发展有着重要的联系。本文在近年来ce RNA研究进展的基础上,从ce RNA研究的常用技术、研究策略、生物信息学分析、ce RNA表达一致性等方面进行综述,开展ce RNA研究需要采取的研究策略。     

RNA原位杂交技术的一些应用技巧

目的:检测基因在动物组织或细胞中的时空表达模式。方法:转录反义RNA探针;利用RNA原位杂交技术检测人和小鼠牙原基中若干基因的表达。结果与结论:通过优化条件,转录出完整的反义RNA探针,并成功地利用RNA原位杂交技术在组织中检测到基因的表达;分析了一些在RNA原位杂交的过程中可能碰到的问题及其解决方法。     

脉冲电磁场对C2C12 成肌细胞增殖影响的实验研究

目的:研究不同强度脉冲电磁场干预对成肌细胞增殖的影响。方法:10Hz脉冲低频电磁场刺激经复苏后培养贴壁良好的C2C12成肌细胞,根据不同磁场强度和作用时间将其分为A、B、C组,无磁场干预的为对照组。采用RT-q PCR检测不同磁场强度下成肌细胞标记基因Myf5、Myo D及Pax7的m RNA的表达。结果:经RT-q PCR检测三种基因的表达情况,Myf5 m RNA在1.5 m T磁场强度下照射第五天表达最高;0.5 m T磁场强度下Myf5 m RNA的表达与对照组相比无统计学意义(P>0.05);1.0 m T磁场强度下Myf5 m RNA表达与对照组比较差异具有统计学意义(P<0.05);1.5 m T磁场强度下Myf5 m RNA表达与对照组比较差异具有统计学意义(P<0.05)。对照组Myo D m RNA的表达要比磁场作用下表达要高。三个磁场强度下Myo D m RNA表达与对照组相比均无统计学意义(P>0.05)。0.5 m T、1.0 m T磁场强度下Pax7 m RNA的表达要比对照组要高,与对照组相比具有统计学意义(P<0.05);1.5 m T磁场强度下Pax7 m RNA表达与对照组相比无统计学意义(P>0.05)。结论 :1.5 m T脉冲电磁场强度下作用5天对体外培养的成肌细胞Myf5 m RNA标记基因增殖促进作用最强。     

Toll样受体对肠道病毒71型基因组RNA的识别分析

目的分析Toll样受体(TLRs)对肠道病毒71型(EV71)基因组RNA的识别。方法用荧光定量RT-PCR方法检测与EV71基因组RNA作用24、48和72 h后人结肠癌SW620细胞的TLR3、TLR7和白细胞介素-6(IL-6)、IL-8、IL-12 m RNA表达。结果细胞的TLR3、TLR7 m RNA和IL-6、IL-12 m RNA在作用72 h后表达增加,IL-8 m RNA各时间点表达无变化。结论 TLR3、TLR7可与EV71基因组RNA识别,并诱导细胞因子IL-6、IL-12活化表达。     

《自然-生物技术》：一种修饰RNA疗法更有助治疗心力衰竭

与传统的提供较长时间蛋白表达的传统DNA投递方法相比，一种采用修饰RNA的治疗方法通过限制治疗蛋白表达数日的方式在患有心力衰竭小鼠身上具有更优秀的表现。本周发表在《自然-生物技术》上的这项研究表明，修饰RNA或许能为通过激活内在干细胞以修复受损组织的治疗方案提供一种有用的工具。     

靶向DNA修复基因ERCC6的shRNA载体构建及干扰效果评价

构建靶向ERCC6基因的短发夹RNA(short hairpin RNA,sh RNA)真核表达载体,评价其对肺癌细胞ERCC6表达的干扰效果。依据ERCC6基因的核苷酸序列和小干扰RNA的设计原则,设计并合成靶向ERCC6基因的3对ERCC6-sh RNAs和1对阴性对照NC-sh RNA片段,退火后连接至表达载体p GPU6/GFP/Neo中,重组载体经测序鉴定后转染肺癌SPC-A-1细胞中观察绿色荧光蛋白的表达情况,实时荧光定量PCR和Western blotting方法检测ERCC6基因表达的变化。经测序分析证实,各ERCC6-sh RNA的表达载体均构建成功。转染重组质粒48 h后的各组细胞均有绿色荧光表达。实时荧光定量PCR和Western blotting表明,相对于阴性对照组,ERCC6-sh RNA1、ERCC6-sh RNA2、ERCC6-sh RNA3三个实验组SPC-A-1细胞中ERCC6基因在m RNA和蛋白水平上的表达均显著降低(p0.05),其中ERCC6-sh RNA3载体的干扰效果最佳。本研究成功构建并筛选了靶向ERCC6基因的sh RNA高效干扰载体,能够有效抑制ERCC6基因在肺癌细胞中的表达,这为进一步研究ERCC6基因与肿瘤发生分子机制和化疗耐药的相关性提供了帮助。     

利用脊髓灰质炎病毒5＇NCR和RNA聚合酶基因可提高外源基因表达

将含脊髓灰质炎病毒(PV)RNA聚合酶的不同长度基因片段克隆到载体pSG5质粒上,分别构建了4个表达RNA聚合酶的质粒.体外转录实验证明,pSG5-POL1.99和pSG5-POL2.03质粒转染细胞的提取物促进了特异的RNA转录,表明两质粒可表达RNA聚合酶.将PV的5＇NCR序列插在载体pGREEN LANTERN-1的CMV启动子下游,构建了pGREEN LANTERN-1-5＇NCR质粒;用LacZ基因替换GFP基因分别插入到PGREEN LANTERN-1和pGREEN LANTERN-1-5＇NCR质粒上,构建成 pLacZ LANTERN-1和pLacZ LANTERN-1-5＇NCR质粒.表达RNA聚合酶的质粒与pLacZ 5＇NCR调控表达报告基因的质粒共转染,明显提高了报告基因的表达水平,表明PV的表达调控元件和RNA聚合酶基因可用于构建外源基因高效表达载体.     

RNA干扰抑制TGF-βⅡ型受体的表达

目的:观察针对TGF-βRⅡ的干扰RNA对TGF-βRⅡ表达的抑制作用,探讨RNA干扰TGF-βRⅡ的方法对肾问质纤维化的抑制作用.方法:PCR方法扩增TGF-βRⅡ的cDNA序列,将全长的TGF-βRⅡ cDNA插入pcDNA3中,构建TGF-βRⅡ的真核表达栽体,酶切、测序及间接免疫荧光鉴定;根据TGF-βRⅡ的设计针对TGF-βRⅡ的干扰RNA,构建针对TGF-βRⅡ的RNA干扰质粒pSUPER-TGF-βR Ⅱ并进行酶切及测序鉴定;脂质体介导针对TGF-βR Ⅱ的RNA干扰质粒和TGF-β RⅡ的真核表达载体共转染293T细胞,western-blot检测293细胞内TGF-β R Ⅱ的表达.结果:pcDNA3-TGF-βRⅡ测序结果显示TGF-βRⅡ基因未发生突变.间接免疫荧光检测TGF-βRⅡ在293T细胞内的表达;测序显示RNA干扰质粒pSUPER-TGF-βRⅡ序列正确,RNA干扰质粒明显抑制293T细胞内TGF-βRⅡ的表达.结论:成功构建了TGF-βRⅡ的真核表达载体及针对TGF-βRⅡ的RNA干扰质粒,RNA干扰质粒能够抑制TGF-βRⅡ的表达,为进一步研究针对TGF-βRⅡ的RNA干扰对肾纤维化的预防及治疗作用提供有用工具.     

口蹄疫病毒3D基因的克隆表达及功能分析

利用RT-PCR技术扩增了口蹄疫病毒(FMDV)编码RNA依赖的RNA聚合酶的3D基因,并将其克隆到原核表达质粒载体pET-28a(+)中.3D基因经测序确认后在大肠杆菌BL-21中表达,表达产物纯化的目的蛋白进行Western-blotting检测,获得分子量约55KDa的单一3D基因表达产物.利用RNA体外复制体系和荧光定量PCR技术,证明纯化的3D基因表达产物RNA依赖的RNA聚合酶具有较高的酶活性,可以在体外从头合成FMDV RNA,且主要以引物依赖的方式合成病毒基因组.     

美用新技术完成炭疽基因组测序

美国乔治亚理工学院科学家使用一种称为RNA测序的新技术，描绘出了炭疽芽孢杆菌的基因表达。公布在最新一期《细菌学》杂志网络版上的此项研究成果．标志着任何细菌转录（细菌表达不同基因时产生的完整信使RNA集合）自此可被全面定义．并为研究细菌如何调控基因表达提供了更多细节。     

人线粒体RNA加工及调控

线粒体是细胞内氧化磷酸化（oxidative phosphorylation,OXPHOS）和合成三磷酸腺苷（adenosine triphosphate,ATP）的细胞器，是细胞能量代谢的“动力工厂”。线粒体几乎存在于所有真核生物中，参与细胞凋亡、钙稳态以及先天免疫反应的调节等过程，对细胞行使正常的生理功能至关重要。线粒体是半自主细胞器，拥有自身的基因组DNA，编码37个基因，包括2个rRNA基因、13个m RNA基因和22个tRNA基因。线粒体的基因表达需要经过复杂的转录和转录后加工过程，包括多顺反子RNA的切割、RNA的修饰以及RNA的末端加工等过程。异常的线粒体RNA加工会导致线粒体RNA表达谱发生变化、线粒体翻译紊乱、线粒体功能失常等，从而造成多种线粒体相关疾病。本文综述了线粒体DNA的转录、RNA转录后加工以及影响RNA加工的因素方面的最新研究进展。