稳定同位素标签技术在定量蛋白质组研究的应用

高通量的从蛋白质组水平进行整体的蛋白质鉴定和精确定量比较分析,在阐述生物功能以及疾病发生发展机制等方面非常重要。稳定同位素标签技术在过去的几年中获得了很大的发展,并形成了代谢引入类、化学合成类以及酶解引入类等三大类型。该文对稳定同位素标签技术的技术特点以及应用进行了简述。     

实用性同位体标记技术

同位体标记技术．诸如iTRAQ（相对和绝对定量的同位体标签）．可以通过报道子离子信号对多元肽进行定量。因为用RAQ允许对多达8个不同的标签集进行分析．所以比只容纳2—3个标记物的代谢标记技术（重同位素标记）更为优越。虽然如此．直至最近在用离子阱质谱仪进行的串联质谱分析中低质量片段的回收率都很差．所以在许多分析平台中很难应用ITRAQ．     

蛋白组学及其在肿瘤研究中的应用

蛋白组学是通过生化的方法研究细胞内全部蛋白质组成和动态变化的一门新兴学科,在医学生物学研究领域的各个方面都具有巨大的潜力,尤其为肿瘤研究提供了崭新的思路与技术。2DE—MS蛋白组学研究技术,包括蛋白质标本准备、蛋白质分离纯化、蛋白分析鉴定及数据库等方面,目前已应用于肿瘤的发病机制探讨、早期诊断及疗效评价。     

绿色荧光蛋白在蛋白质研究中的应用

绿色荧光蛋白（green fluorescent protein,GFP）自发现以来,由于具有自发荧光等特性,在分子生物学和细胞生物学领域得到广泛应用。GFP作为一种报道分子,在研究蛋白质相互作用和构象变化、检测蛋白质表达、蛋白质和细胞荧光示踪中,起到了重要的作用。该文通过对绿色荧光蛋白特性的分析．介绍其作为荧光标记在蛋白质研究中的应用,并展望进一步的研究前景。     

穿越蛋白组学数据丛林

HUPO强调了对标准分析方法和工作流程中心的需求。     

蛋白组学研究抗菌肽对BEL-7402细胞的作用

目的:采用蛋白组学研究家蝇抗菌肽cecropin对人肝癌BEL-7402细胞蛋白的影响,从蛋白质水平探讨抗菌肽抗肿瘤机制.方法:在测定肿瘤细胞生长指数的基础上,通过双向凝胶电泳分离差异蛋白,银染后进行图像分析,对表达差异2倍以上蛋白质点进行胶内酶解和MALDI-TOF-MS检测,获得肽质量指纹谱,应用Mascot搜索引擎在NCBI nr数据库中进行检索鉴定.结果:家蝇抗菌肽cecropin能够抑制BEL-7402细胞的生长,与对照组比较,抗菌肽处理组双向凝胶电泳共答定出12个差异表达蛋白点(上调蛋白6个,下调蛋白6个),大部分与细胞凋亡、细胞代谢、基因转录以及细胞骨架等相关.结论:这为深入研究抗菌肽抗肿瘤机制打下了基础.     

与一分子荧光分析系统相结合的蛋白质精确标记技术

识别4个碱基密码子的tRNA与荧光标记的氨基酸结合部位特异的标记蛋白质的试剂盒开发成功。与奥林帕斯公司的一分子荧光分析系统相结合,将在蛋白质相互作用的分析方面发挥威力。[编者按]     

iTRAQ法分析增龄雌性小鼠肝蛋白组学变化

目的 研究增龄雌性小鼠肝蛋白组学变化,寻找增龄相关核心差异蛋白,基于蛋白质组学探讨增龄机理,为衰老机制的研究提供分子靶位.方法 使用同位素标记的相对与绝对定量(iTRAQ法)、LC-MS及生物信息学分析12月龄、3月龄雌性小鼠间差异蛋白.结果 两组对比鉴定到差异蛋白数369个,其中182个表现为上调,187个表现为下调...     

定量蛋白质组学研究技术

随着蛋白质组研究的深入发展,人们已不满足对一个混合体系中蛋白质进行定性和简单定量分析,要求更加准确的定量分析。为此,有人提出了“定量蛋白质组学”概念。目前,应用于定量蛋白质学的研究技术主要有：蛋白质荧光染色技术,同位素标记技术,同位素亲和标签技术,蛋白质芯片技术。     

乙型肝炎表面抗原阳性转基因小鼠肝组织基因表达谱及蛋白组学的初步研究

目的 利用与乙型肝炎病毒(ItBV)携带者相类似的#59系HBV转基因小鼠动物模型研究乙型肝炎表面抗原(HBsAg)蛋白对肝组织生理、代谢状态的影响,以了解HBsAg持续表达对肝细胞影响的机制。方法 用Affmertix基因芯片观察转基因小鼠肝组织基因表达谱的改变。用蛋白组学方法鉴定部分代谢相关酶类在转基因小鼠肝组织内的丰度改变。结果 基因芯片实验显示43个基因在转基因小鼠肝组织内显著(≥2倍)上调表达,104个基因显著下调表达。蛋白组学实验检出18个代谢相关酶在转基因小鼠肝组织内丰度高于对照鼠1．5倍以上,9个代谢相关酶低于对照鼠1．5倍以上。结论 HBV蛋白的存在对宿主肝组织代谢状态产生显著影响。推测其表现为胆固醇合成增强、胆汁酸合成减弱。糖异生作用增强、糖酵解减弱。氨基酸分解代谢增强、尿素合成减弱。     

应用蛋白组学方法筛选和鉴定乙型肝炎病毒PreS1结合蛋白

前S1蛋白（PreS1）在乙型肝炎病毒与宿主的相互作用中起至关重要的作用．为筛选乙型肝炎病毒PreS1结合蛋白,进一步探讨其在病毒感染过程中的作用,原核表达、纯化了PreS1-谷胱甘肽-S-转移酶（glutathione-S-transferase,GST）融合蛋白,利用此蛋白与HepG2细胞裂解液进行Pull-down实验,其产物进行双向凝胶电泳分离. 结果发现2个PreS1特异结合蛋白,经质谱鉴定为分子伴侣蛋白——葡萄糖调节蛋白78(GRP78)和葡萄糖调节蛋白75(GRP75)．通过免疫共沉淀和Western印迹分析证实,PreS1与GRP75之间存在相互作用．实验结果表明,GRP75为新发现乙型肝炎病毒PreS1特异结合蛋白,其与PreS1结合后的生理功能以及在HBV感染过程中的作用值得深入研究．     

不同微生物大鼠腹腔注射模型尿液蛋白组学的比较

不同的微生物都可以引起腹腔感染,文中尝试利用尿液来区分不同的微生物感染.通过在大鼠腹腔内分别注射大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和白色念球菌建立3种模型,收集感染后0、12、36、72h的尿液,并使用液相色谱串联质谱技术(LC-MS/MS)对尿蛋白进行分析.与感染前相比,在大肠杆菌腹腔注射模型中共鉴定到69个差异蛋白,在金黄色...     

原料乳冷藏过程中微生物细胞的宏蛋白组学分析

原料乳在投入生产前通常需4°C冷藏,在这个过程中微生物的污染将造成冷藏原料乳的变质。【目的】本文旨在分子水平上探究原料乳冷藏过程中微生物表达的差异蛋白质的动态变化,为原料乳的冷藏提供理论支撑。【方法】利用Label-free技术研究原料乳4°C冷藏6 d期间微生物菌体蛋白质的物种来源、功能及参与通路,筛选差异蛋白质并对主要差异蛋白质参与的通路进行富集,探究其变化规律。【结果】冷藏过程中共鉴定出341个微生物菌体蛋白质,其中冷藏3 d后产生的蛋白质占所有检出蛋白质的60.12%。COG及KEGG分析表明,蛋白质所体现的功能及参与的通路随时间而变化。冷藏4 d,参与糖酵解/糖异生、ABC转运蛋白、氨基糖和核苷酸糖代谢等通路的蛋白数量显著增加。随冷藏时间延长,相邻时间点差异蛋白质数目逐渐增多,且富集在不同的通路中。【结论】冷藏过程中原料乳中的微生物所产生的蛋白质参与的通路及其所体现的功能复杂,4 d时的变化最为明显,或可作为原料乳质量控制的关键节点。     

家蚕LongSAGE文库鉴定及延长标签的改进GLGI方法

结合标签的基因序列延伸(GLGI)是随着基因表达序列标签(SAGE)应运而生的一种鉴定新标签的技术。为了克服该技术操作繁琐、成本高的弊端,根据已经构建的家蚕限性茧色品种的2个LongSAGE文库,选择30个差异表达的标签(tag)进行GLGI延伸。尝试了几个简化,(1)用totalRNA代替mRNA进行dsDNA的合成;(2)调整磁珠吸附DNA的顺序;(3)在PCR反应中用普通的DNA聚合酶代替高保真酶(Pfu)。结果显示,30个标签有27个获得有效扩增,扩增序列真实包括了SAGE标签的17bp序列,3个标签的结果符合NCBI的家蚕数据库已有注释,13个未注释标签经过延长后得到了注释,11个标签序列为待确定的新基因序列。这种简化能够作为家蚕SAGE文库其他tag和新基因研究的有效简化操作体系。与传统的方法相比,可减少成本30%以上,缩短操作时间20%。     

植物表达序列标签(EST)标记及其应用研究进展

简要介绍了植物表达序列标签(EST)标记的研究现状,并对几种植物中利用EST建立分子标记的几种策略和EST标记在绘制遗传图谱、资源分析、品种鉴定及比较基因组学研究方面的应用等进行了综合评述。     

定量蛋白质组学分析方法及应用

蛋白质组学经历了近10年的发展,现在已经初具规模。但是由于它是动态地观察生物体不断变化的所有蛋白质,所以技术难度非常之大。为使研究简化并更具针对性,人们着重进行比较蛋白质组学的研究。为了具体量化这些蛋白质的变化产生了定量蛋白质组学,近几年各种标记技术的进步使得该学科得以迅猛发展。     

CD45新型免疫荧光标记与检测方法研究

使用经生物修饰后的荧光纳米颗粒,探索了白细胞共同抗原CD45的新型荧光标记与检测方法。将联吡啶钌配合物[三(2,2-联吡啶)氯化钌,六水]为核,二氧化硅为外壳的荧光纳米颗粒用鼠抗人CD45Pur进行生物修饰后,对人体白细胞进行荧光标记,通过荧光显微镜和流式细胞仪检测标记样品的细胞数目和荧光强度,结果表明,该新型荧光标记方法的灵敏度高,光学稳定性好,可准确有效地识别人体白细胞。     

基于表达序列标签的简单重复序列标记开发策略

作为一种新型分子标记,表达序列标签-简单重复序列(EST-SSR)来自表达基因,因此除具备来源于传统基因组的SSR标记的所有优势外,还与基因功能表达具有直接或间接的关系,从而强化了SSR标记在遗传研究中的应用。我们简要介绍了EST-SSR标记的开发策略、方法及其应用进展,总结了其中存在的一些问题,目的是为今后该领域的研究提供一定的参考。