应用相互作用陷阱发现蛋白质——实例分析

为了了解某一特定蛋白的功能,通过识别与该蛋白相关的其它蛋白不失为一种有用的研究策略。研究两种蛋白之间相互作用的方法通常采用生化技术如偶联、免疫共沉淀等。1989年,Fields等首先创立了用遗传学方法研究蛋白之间相互作用。1991年,与Fields同实验室的Chien等在上述基础上进一步简化了该方法中的蛋白构建途径,并将这种方法称为双杂交系统(Two-hybrid system)。1993年,Gyuris等利用同样原理建立了研究蛋白之间相互作用的有效方法,将这种方法称为相互作用陷阱(Interaction trap)。随后研究者们纷纷采用这种方法去发现相互作用的蛋白质,相     

一种新的等温单向生长基因合成法初步探索

基因合成正日益成为基因获取的一种有效手段。两种常用的基因合成方法是基于PCR的基因合成（P法）和基于连接酶的基因合成(L法)。这两种方法都不是独立于所合成基因的序列内容的。文章首次提出了一种新的基因合成策略—等温单向生长法(Isothermal Unidirectional Elongation Method, IUEM), 在3种酶的作用下, DNA链在等温状态下单向串行延伸, 直到获得目标基因。由于引物设计成特殊的发夹结构, 该方法可以做到合成过程独立于或部分独立于目标基因的序列内容。本文探索了该策略的实验可行性, 检测了影响基因合成的各种因素, 并利用该方法成功地合成了一段254 bp和一段300 bp的DNA序列。     

肠道菌群与大脑相互作用的研究进展

定植于宿主肠道中的微生物参与了宿主多种生理功能以及相关疾病的发生。一个新的医学研究热点在近年内逐渐被关注,肠道菌群可通过主要由神经—内分泌介导的肠—脑轴(gut-brain axis,GBA)与大脑进行双向式交流。GBA不仅实现了肠道菌群对大脑发育和功能的影响,也促使大脑对肠道菌群结构和多样性的改变成为可能。本文旨在对肠道菌群与大脑相互作用的研究进展作一综述,以期为肠道和大脑功能领域的研究以及重要相关疾病的治疗策略提供理论依据。     

生物降解海上浮油的新方法

法国 Elf—Aquitaine 公司,是法国最大的石油公司。这个公司的研究应用部最近提出了一项新的生物降解海上浮油的技术,该技术利用细菌和酵母原地生物降解石油烃类,亦即降解过程是在海洋环境中进行的,约2—9个月完成分解石油烃。要使这种生物降解有效,应增加能降解石     

Advanced Genetics公司在抗冻害细菌研究中取得突破

Advanced Genetics公司宣布在抗冻害细菌的研究中取得一项重要突破。该公司的科研人员已经分离得到一株新的天然存在的非成冰晶菌株(天然ICE菌株)。这一菌株回复突变为导致冻害细菌的趋势如果存在的话,也是很微弱的。     

用抗体稳定活性蛋白质的研究进展

蛋白质类药物在体内的半衰期短，主要原因是体内蛋白酶降低。利用抗体稳定活性蛋白质是一种较有前途的解决方法。本文介绍该方法的理论基础，以及随着抗体技术的进展（血清我克隆抗体→单克隆本→基因工程抗体）而提出的新的研究策略，这样为抗体稳定活性蛋白质开辟一条新的途径。     

CPSF蛋白相互作用的体外研究

目的：研究在前体mRNA的切割与多聚腺嘌呤化中4种CPSF蛋白间的相互作用及CPSF73k、100k、160k与PAP的相互作用。方法：将GST—CPSF30k和GST—PAP结合于谷胱甘肽Sepharose基质上，与经网织红细胞体外翻译的CPSF73k、100k、160k蛋白进行GST—pUll down试验。结果与讨论：蛋白质电泳结果表明，4种CPSF蛋白可相互作用，以四聚体的形式与参与前体mR—NA3’端加工。此外，CPSF73k、100k、160k也可分别与PAP相互作用，共同完成前体mRNA的切割与多聚腺嘌呤化。     

苔藓植物相互作用的研究进展

综述了苔藓植物种内和种间正相互作用、种内和种间竞争、生态位与共存等的研究现状及其进展.苔藓植物常为严酷环境中的优势植物,并在保持水分和获取光及养分资源两方面存在权衡.因严酷环境中竞争的重要性相对较低,苔藓植物的正相互作用较为多见.然而,在苔藓植物种内、种间及其与维管植物之间,均不乏竞争的实例.在严酷性较低的环境如过湿的泥炭地中,竞争的重要性增加.多种苔藓植物间可存在竞争等级,该等级往往随环境的变化而变化.随机过程、物种的殖民本质以及更新策略的差异可导致苔藓植物生态位的重叠与共存,但竞争导致生态位分化也是苔藓植物共存的机理之一.苔藓植物不应简单地归类于耐压-杂草型生活史策略者,竞争仍是构建某些苔藓植物群落及其与维管植物共存群落的重要因子之一.     

全基因组基因-基因相互作用研究现状

复杂疾病目前正在全球范围流行, 极大地影响人类的健康。研究发现, 复杂疾病的性状受到多个位点的相互作用影响。目前的全基因组关联分析(Genome-wide association study, GWAS)仅仅解析单个SNP位点对疾病易感性的贡献, 单纯依靠这一种策略并不能在寻找复杂疾病的病因上得到根本性的突破。基因-基因相互作用可能是复杂疾病致病的主要因素之一。针对这一点, 科学家已经提出了一些检验基因相互作用的算法, 包括惩罚logistic回归模型、多因子降维(Multifactor dimensional reduction)、集合关联法(Set-association approach)、贝叶斯网络(Bayesian networks)、随机森林法等。文章首先对目前这些方法做了综述, 并指出了其中的不足, 包括计算复杂度太高、假设驱动、数据会过度拟合、对低维数据不敏感等, 进而简述了一种由笔者所在实验室开发的基于GPU的研究基因相互作用的算法, 该算法复杂度低, 不需要任何假设, 没有边际效应, 有很好的稳定性, 速度快, 适用于进行全基因组范围内的基因-基因相互作用计算。     

应用酵母双杂交技术寻找与GGNBP相互作用的蛋白质

生殖细胞缺陷症(gcd)小鼠突变体是20个世纪90年代初发现的一种不育突变小鼠,其不育原因是由于其胚胎期原始生殖细胞的数目低于正常。FancL(也叫Pog)的缺失是引起gcd突变小鼠的原因,FancL基因缺失后可能影响了小鼠胚胎期原始生殖细胞的增殖／存活和成年期小鼠精母细胞的减数分裂。FANCL是一种含有PHD结构域的泛素E3连接酶,是Fanconi贫血复合物的组分之一。在生殖细胞中,FANCL与GGN1和GGN3相互作用,GGN1和GGN2又与一种新的蛋白质GGNBP特异作用。但GGNBP蛋白的功能还不清楚。为了研究GGNBP的功能以及揭示更多的参与该过程的蛋白质,运用Clontech公司新开发的第3套酵母双杂交系统,以GGNBP为诱饵从成年小鼠睾丸cDNA库中筛选与其相互作用的蛋白质基因,发现了一个主要在睾丸中表达的新的基因,其编码的蛋白质产物在酵母系统中与GGNBP特异作用。     

蛋白质复合体及蛋白质相互作用研究新策略—化学交联结合质谱分析法

近年来化学交联法结合质谱分析法被广泛用于蛋白质复合体结构及蛋白质相互作用的研究。研究表明这两种方法的有机结合为研究蛋白质复合体结构及蛋白质相互作用提供了一条新的途径。文章对不同类型的化学交联剂、质谱分析中的Bottom-up 与Top-down 两种研究策略,以及化学交联法结合质谱分析法在蛋白质复合体结构、蛋白质相互作用研究中的应用进行综述。这两种方法的不断发展与完善,将会极大促进生物大分子复合体结构及蛋白质相互作用的研究。     

Innogenetics公司分离到第三种艾滋病毒

Innogenetics 公司和热带医学研究所(比利时,Antwerp)从两名非洲患者血液中分离到第三种艾滋病毒(HIV~(-3))。该病毒与最常见的 HIV-1和罕见的 HIV-2均不同。公司为了寻找新的艾滋病毒株,并以基因工程方法研制相应的病毒蛋白抗原而进行筛选工作。在此过程中发现了该病毒。早在1987年,Innogenetics 就推出一种能对当时已知的艾滋病毒进行快速抗原检测。现在,公司研究人员发现该法也能检测 HIV-3。Akzo(荷兰,Arnhem)的一家子公司 Organon Teknika 将此检测法投入市场。最近,Innogenetics 从一家日本公     

《自然》：实现用人体皮肤直接造血

加拿大研究人员日前开发出一种新的造血方法，可将人体皮肤直接转变为血液。这一医学突破可能为癌症治疗和病人手术过程中的输血带来新的血源。     

一种新的观察活体肾脏皮质微循环的方法

利用Sprague—Dawley大鼠慢性肾盂积水,在不切开积水肾的前提下,直接观察活体肾皮质微循环。该方法无损伤,微循环观察效果好,为开展肾皮质微循环研究提供了一种新的方法。     

结合蛋白质相互作用数据进行基因表达数据聚类

提出了一种蛋白质相互作用的相似性度量,将其与基因表达数据的相似性度量相结合,定义了一种融合的距离度量,并且将这种融合的距离度量用于改进现有的K—means聚类方法。经过实际数据的检验,改进后的K—means方法比常用的其它几种聚类方法具有更好的效果,说明结合蛋白质相互作用数据可以使得基因表达聚类的结果更有生物意义。     

科技信息

1987—1988年微生物提高采油的概况1987年约有6项微生物提高采油的规划开始执行或继续执行,而1988年只有澳大利亚公布了一项新的大规模的试验规划。微生物提高采油是将微生物注入井下提高产油量的一种方法,该法的许多支持者长期地     

果蝇基因有助于培育转基因鸡

《ＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙＮｅｗｓ》１９９８年１８卷２８期第５页报道：英国罗斯林研究所的研究人员发现了一种采用可转移的、分离自果蝇的海洋生物因子培育转基因鸡的方法。该法为鸟类生物技术注入了新的活力,一些新兴公司,如Ａｖｉｇｅｎｉｃｓ公司,最近看好这...     

阿洛卡SSD—256B超出现16根白色粗横条故障的检修方法

阿洛卡SSD——256型B超是阿洛卡公司十多年以前的产品,是腹部黑白B超。阿洛卡公司早已停产,但该型机与SSD—210DXII便携式黑白B超一样,目前在县、乡镇一级医院中仍然还有一定的数量。在检修一台该型号B超过,遇到一例比较少见的故障现象,现把检修方法写下来,以供同行参考。     

Dicer蛋白与Wig-1蛋白的相互作用的研究

Dicer是RNA干扰中起核心作用的一种dsRNase．Wig-1是受p53诱导的、与dsRNA特异结合的一种锌指蛋白。本研究初步证实了Dicer蛋白与Wig-1蛋白存在相互作用。GST pull-down实验表明Dicer蛋白能与GST—Wig-1结合,而Wig-1蛋白能竞争性干扰Dicer与GST—eIF2C1的结合：Far—western分析证实Dicer蛋白可以与结合在硝酸纤维素膜上的GST—Wig-1蛋白结合：进一步发现Wig-1能有效促进重组Dicer的dsRNase酶切活性。这些结果揭示Dicer蛋白和Wig-1蛋白很可能通过相互作用共同参与了dsRNA调控相关的生理过程。     

生物分子相互作用分析技术的一次突破

细胞生命活动的过程,无不涉及两个或多个生物分子之间相互作用,如信号传导、免疫反应、酶与底物作用等。因此,为了更好地研究生命过程,就迫切需要开发出一种能实时检测出生物分子间相互作用的系统,Phar－maca公司于90年代初就开发出了这样一种技术,即BM技术（BiornoecularInterationAnalssis）,该技术是基于表面等离子共振（Snd。PI。R。ce,简称SPR）的光物理现象［fi。在该现象中,所检测出的共振角与结合在传感片表面的生物分子的质量呈正比例关系。因此以时间对共振角（以共振单位表示）作图可记录相互作用的动态全过程,…