猪3号染色体九个微卫星位点的遗传多态性研究和遗传图谱构建

从已公布的猪 3号染色体连锁图谱中选取 9个微卫星位点 ,分析了这些位点在大白猪×梅山猪资源家系F2代 140头个体上的多态性 ,利用Crimap软件分别构建了猪 3号染色体两性平均连锁图谱以及公、母畜连锁图谱。结果表明 :各位点等位基因数为 2～ 4个 ,杂合度为 0 .436～ 0 .6 5 6 ,多态信息含量为 0 .35 1～ 0 .5 82 ;本研究所构建的平均连锁图谱全长为 16 1.1cM ,公、母畜连锁图谱全长分别为 135 .8cM和 188.7cM。与USDA所公布的连锁图谱相比 ,两者的标记顺序一致 ,但我们的图谱标记间隔偏大。     

利用鸡F2资源群体构建1号染色体遗传连锁图谱

在鸡1号染色体上选取23个微卫星标记,利用东北农业大学鸡F2资源群体构建了遗传连锁图谱。选用369只F2个体用于基因型测定。结果表明23个微卫星位点除MCW0058为低度多态,其他位点均为中高度多态。构建的连锁图谱覆盖1号染色体全长,总共637.9 cM。MCW0115和ROS0025标记顺序与EL图谱不同,但与WAU图谱一致。其他标记顺序与3大参考家系标记顺序一致,图谱总长和标记间距离大于3大参考家系。此连锁图谱的构建为数量性状位点（QTL）定位奠定了良好的基础。     

凉山半细毛羊1号染色体微卫星遗传连锁图谱的构建

实验选择绵羊1号条染色体上的9个微卫星标记,采用父系半同胞家系群体（共387个个体）构建凉山半细毛羊1号染色体遗传连锁图。建立的资源参考家系通过20个微卫星标记进行了系谱确证。试验结果表明,9个标记的等位基因数变化范围为5~15个,杂合度在0.202~0.831之间,平均杂合度为0.617,各标记的平均多态信息含量PIC=0.604。构建的凉山半细毛羊1号条染色体遗传连锁图总长度311.0 cM,与美国肉畜中心（USDA）和国际绵羊作图中心（IMF）构建的绵羊1号条染色遗传连锁图结果基本一致。可用于下一步的QTL定位研究。     

微卫星标记对资源猪群的遗传分析和连锁图谱构建

在猪数量性状位点的定位研究中,标记的使用和图谱的构建是很重要的。本研究从猪的第4、6、7、8和13染色体上选取39个微卫星标记,在来源于约克夏和梅山214头猪组成的资源群中,分析了遗传特征并构建了图谱。研究表明,平均等位基因数、平均观察杂合度(Ho)和平均多态信息含量(PIC)在F1和F2代中分别为:3.2,0.528,0.463和3.2,0.496,0.447。结果表明大多数微卫星标记位点表现为中高度杂合性。在资源群体中,平均有信息减数分裂数是217.4(44-316),而各染色体上两性平均图谱的长度分别是:172.3cM(SSC4),168.7cM(SSC6),191.7cM(SSC7),197.3cM(SSC8),178.3cM(SSC13)。与USDA-MARC的参考图谱相比,标记位点的顺序相同,但长度均较长。雌雄两性图谱相比,第4和第6染色体上雌性图谱长于雄性图谱;而在另外3条染色体上,则雄性图谱长于雌性图谱。结果显示了标记位点在资源猪群的遗传特征和遗传关系,其连锁图谱可用于今后的QTL定位。     

猪F2设计资源家系中4条染色体微卫星标记分析

利用中国地方猪种蓝塘猪(16头母猪)与外来品种长白猪(8头公猪)按F2设计建立资源家系, 根据美国肉畜中心(USDA-MARC 2.0)公布的猪连锁图谱, 在1、4、7和8号染色体上间隔10~20 cM选择一个微卫星标记, 共31个标记, 采用WAVEÒ核苷酸片段分析系统和ABI 377 DNA序列分析仪检测资源群体的P、F1和F2代个体微卫星的基因型, 对其基因频率、杂合度和多态信息含量等进行统计分析。结果发现: 利用ABI 377检测的猪1、4和8号染色体上的有效微卫星标记21个, 其中13个标记的18个等位基因片段大小超过了网上已报道的结果, 发现新等位基因的标记占62%; 在31个微卫星标记中, 杂合度(h)在0.043~0.7855之间, 总平均杂合度为0.6460, 其中70%座位的h>0.60; 总平均多态信息含量(PIC)为0.5949, 有77.4%位点的PIC>0.5。统计分析结果表明, 选用的微卫星标记能够较好地提供标记信息, 为进一步在该家系中进行猪重要性状的QTL定位打下了良好的基础。     

用商品群作为参考系构建猪的微卫星连锁图谱

由 19头杂种公猪 [皮特兰× (皮特兰×汉普夏 ) ]、5 2头杂种母猪 [Leicoma× (大约克×长白 ) ]及其 332头后代组成的商品群作为参考系 ,选择 172个微卫星标记和 3个Ⅰ类标记 (RYR1、PIT1、PRKAG3)对参考系的个体进行遗传标记分型 ,应用CRIMAP(2 4 )构建猪的整个基因组微卫星连锁图谱。采用多重PCR方法对微卫星标记进行扩增 ,用ABI 377测序仪进行电泳分离 ,应用Genescan 3 0和Genotyper 2 0软件进行基因型检测。 3个Ⅰ类标记用PCR RFLP技术进行分型。CRIMAP程序分析表明 :所构建的猪常染色体性平均连锁图谱的总长度为 2 36 8 7cM ,X染色体的长度为 14 3 10cM ,遗传标记的平均间距为 16 3cM ,亲本的微卫星标记座位的杂合度平均为 0 70。此连锁图谱的构建将为商品猪群的生长、胴体、肉质以及繁殖性状的QTL扫描打下基础。     

猪2号染色体遗传连锁图谱的构建与QTL定位分析

构建了猪2号染色体的遗传连锁图谱,并进一步进行了重要生产性状数量性状位点的定位,结果表明,7个微卫星位点均为中高度多态性位点,多态信息含量为0．40182－0．58477,可以满足遗传连锁图谱构建的要求,构建的资源家系遗传连锁图谱总长152．9cM,位点的排列顺序与USDA结果一致,但除了Sw2516与Sw1201标记区间外,所有标记区间距离均大于USDA图谱,将连锁图谱与性状记忆结合起来,进一步进行了猪数量性状位点定位的研究,在2号染色体发现了显著影响活体估测瘦肉率等活体估测性状的QTLs,此外还发现眼肌高度和背最长肌大理石纹的QTLs,其中影响活体估测瘦肉率的QTL达到了染色体显著的水平（P＜0．01）,且解释性状的表型变异达21．55％,影响眼肌高度和背最长肌大理石纹的QTLs分别可以解释10．12％和10．97％的表型变异,影响活体估测性状的QTLs加性效应与显性效应作用方向相反,影响眼肌高度的QTL加性效应与显性效应相同,在大白猪中具有增效等位基因,定位的QTLs效应较大,为在群体中开展分子标记辅助育种奠定了理论基础。     

利用商品猪群定位猪耳型QTL

由 19头杂种公猪 [皮特兰× (皮特兰×汉普夏 ) ]、5 2头杂种母猪 [Leicoma× (大约克×长白 ) ]及其 332头后代组成的商品群作为参考家系 ,选择 172个微卫星标记和 3个 1类标记 (RYR1、PRKAG3、PIT1)对参考家系的个体进行遗传标记分型 ,构建了猪的整个基因组微卫星连锁图谱。按照线性评分的方法 (竖耳 :1分 ;垂耳 :- 1分 ;半垂耳 :0分 )测定猪的耳型表型值。耳型测定值的平均值为 0 .2 3,标准差为 0 .82。应用最小二乘回归方法对耳型的QTL进行定位 ,结果仅在 6号染色体的末端 (Sw1881和Sw32 2 )之间以 1%基因组显著性水平检测出 1个耳型基因位点 ,而在其他染色体上即使 10 %染色体显著性水平上也没有发现QTL。     

利用杉木的F1代群体构建遗传连锁图谱

对于杉木 1∶1分离的分子标记位点 ,提出了一种新的构建遗传连锁图谱的策略。通过二点连锁分析 ,任意两个位点的连锁相和重组率可以得到推断和估计。对于一个连锁群中的最优排序 ,采用隐马尔可夫链模型的方法进行多位点的连锁分析。该作图方法比通常林木上所用的“拟测交”作图方法更有效。采用该作图策略 ,利用句容0号无性系 (♀ )×柔叶杉 (♂ )的F1代群体的AFLP分子标记数据重建了句容 0号无性系和柔叶杉的遗传连锁图谱。在句容 0号无性系的连锁图谱中 ,有 10 1个标记分布在 11个连锁群上 ,图谱的总长度为 2 2 82 6cM ,平均图距为 2 2 6cM ,单个连锁群上最多含有 17个标记 ,最少含有 5个标记 ;在柔叶杉的连锁图谱中 ,有 94个标记分布在 11个连锁群上 ,图谱的总长度为 2 5 6 5 8cM ,平均图距为 2 7 3cM ,单个连锁群上最多含有 16个标记 ,最少含有 4个标记。构建的句容 0号无性系和柔叶杉的遗传连锁图谱比原有的图谱分别增加了 2 6个标记和 2 8个标记 ,双亲的图谱共增加了 5 4个AFLP标记 ,使图谱上的分子标记总数达到 195个 ,双亲遗传图谱的跨度均超过了 2 0 0 0cM ,基本上达到了杉木基因组的长度 ,图谱的覆盖率接近于 10 0 %。利用新的作图方法可以较大提高分子标记在图谱上的分辨率 ,得到可认为是     

利用杉木的F1代群体构建遗传连锁图谱

对于杉木11分离的分子标记位点,提出了一种新的构建遗传连锁图谱的策略.通过二点连锁分析,任意两个位点的连锁相和重组率可以得到推断和估计.对于一个连锁群中的最优排序,采用隐马尔可夫链模型的方法进行多位点的连锁分析.该作图方法比通常林木上所用的"拟测交"作图方法更有效.采用该作图策略,利用句容0号无性系(♀)×柔叶杉(♂)的F1代群体的AFLP分子标记数据重建了句容0号无性系和柔叶杉的遗传连锁图谱.在句容0号无性系的连锁图谱中,有101个标记分布在11个连锁群上,图谱的总长度为2 282.6 cM,平均图距为22.6 cM,单个连锁群上最多含有17个标记,最少含有5个标记;在柔叶杉的连锁图谱中,有94个标记分布在11个连锁群上,图谱的总长度为2 565.8 cM,平均图距为27.3 cM,单个连锁群上最多含有16个标记,最少含有4个标记.构建的句容0号无性系和柔叶杉的遗传连锁图谱比原有的图谱分别增加了26个标记和28个标记,双亲的图谱共增加了54个AFLP标记,使图谱上的分子标记总数达到195个,双亲遗传图谱的跨度均超过了2 000 cM,基本上达到了杉木基因组的长度,图谱的覆盖率接近于100%.利用新的作图方法可以较大提高分子标记在图谱上的分辨率,得到可认为是覆盖了整个基因组的遗传连锁框架图.     

大白×梅山猪资源家系生长性状QTL的检测

以大白猪和梅山猪为父母本建立F2 资源家系 ,在 2 0 0 0年 ,随机选留 6 6头F2 代个体 ,获得出生重、6 0日龄体重、出生至 6 0日龄平均日增重及 6 0日龄至屠宰前平均日增重的表型数据。结合 4 8个微卫星标记构建的猪 1、2、3、4、6和 7号染色体遗传连锁图谱 ,用线性模型最小二乘法对各数量性状进行QTL区间作图 ,利用置换法(permutation)确定显著性阈值。研究发现 ,猪 4号染色体上有一个染色体水平极显著 (P <0 0 1)的QTL影响 6 0日龄至屠宰前平均日增重 ,并达到基因组显著水平 (P <0 0 5 )。在染色体水平 ,出生至 6 0日龄平均日增重QTL位于 2号染色体 ,6 0日龄体重QTL位于 1号染色体。 6号染色体的出生至 6 0日龄平均日增重QTL达到建议显著水平     

水稻籼粳交F2、F6群体遗传连锁图谱的比较分析

以部分基因组和全基因组测序水稻籼稻(O sativa L. indica)品种“培矮64S”(Pei’ai 64S♀)和粳稻(O sativa L. japonica)品种“日本晴”(Nipponbare♂)为构图亲本, 选取F2代180个株系为作图群体, 构建含138个微卫星位点的水稻遗传连锁图谱, 覆盖基因组2 046.2 cM, 平均图距17.1 cM, 即F2 图谱; 采用单粒传法获得F2:6 代330个株系, 用相同的多态性标记分析F6群体, 构建含92个标记连锁图谱, 覆盖基因组2 563.5 cM, 平均图距27.86 cM, 即F6图谱; F2、F6图谱在连锁群数、定位标记数、标记的位置顺序、遗传图距、平均图距等方面发生了较大变化, 并对产生这些差异的原因进行了初步分析。     

绵羊3号染色体的遗传连锁图谱构建及QTL定位

以四川凉山半细毛羊资源群体为研究对象, 选取位于绵羊3号染色体上的9个微卫星标记, 构建遗传连锁图谱, 用QTLExpress软件对影响绵羊生长发育的5个性状进行QTL定位分析。结果显示: (1) 9个微卫星标记的平均多态信息含量和平均群体杂合度分别为0.606 (0.378～0.738)、0.650 (0.404～0.766); (2) 连锁图谱总长为339.8 cM, 标记平均间距为42.5 cM, 略长于国际主要绵羊作图组织构建的图谱; (3) QTLExpress分析表明, 检测到影响羔羊断奶重、断奶日增重和成年体重的3个QTL, 分别位于99 cM、219 cM、273 cM处, 影响断奶日增重和成年体重的QTL都达到显著水平, 而影响羔羊断奶重的QTL未达到显著水平。     

猪1号染色体微卫星多态性研究及遗传连锁图谱的构建

微卫星具有多态性高、保守性好等优点。本研究选取以20cM左右的间距均匀分布于1号染色体的8个多态微卫星基因座构建猪1号染色体的遗传连锁图谱,为进一步进行重要经济性状基因座的定位打下基础。试验结果表明,8个基因座等位基因数目2~5个,各个基因座等位基因频率在0.015~0.75之间,杂合度为0.39705~0.67675,多态信息含量为0.32925~0.59316。构建的资源家系遗传连锁图谱总长181.5cM,与USDA结果基本一致,可进一步用于猪数量性状基因座定位的研究。 The Microsatellite Polymorphism Research on Porcine Chromosome 1 and the Construction of Its Genetic Map QU Yan-chun,DENG Chang-yan,XIONG Yuan-zhu,SU Yu-hong,ZHENG Rong,LIU Gui-lan The Key Laboratory of Pig Breeding and Genetics,The Ministry of Agriculture, Huazhong Agricultural University,Wuhan 430070,China Abstract:As a molecular marker,microsatellite has many advantages such as high polymorphism and good conservativeness in animal genetic research.The study chose 8 microsatellite markers that evenly distributed on chromosome 1 with a distance about 20 cM to build the genetic map of porcine chromosome 1.The results of our experiment are as follows:the number of alleles for 8 markers is 2 to 5,their gene frequency is from 0.015 to 0.75,the heterozygosity is from 0.39705 to 0.67675 and the polymorphic information content is from 0.32925 to 0.59316.The map we built is basically in consistent with the result of USDA and can be used in searching quantitative traits loci in pigs. Key words：porcine; microsatellite; heterozygosity; polymorphic information content; genetic map     

猪的雌雄连锁图谱的比较研究

用统计的方法,对以一个商品猪群为参考家系,采用163个微卫星标记和3个I-型分子标记（RYR1、PRKAG3、PIT1）构建的猪常染色体雌、雄连锁图谱的长度进行了比较。结果表明,常染色体的雌性连锁图谱的总长度为2625.9 cM,雄性连锁图谱的总长度为2259.7 cM,二者比率为1.16 ：1;除了1号和14号染色体以外,其余染色体的雌性连锁图谱的长度均比雄性连锁图谱长。1、3、5、6、7、8、10、11、12、13、14、16、17、18号染色体的雌雄连锁图谱的长度差异极显著（P<0.01）;9号染色体的雌雄连锁图谱的长度差异为显著（P<0.05）;2、4、12、15号染色体的雌雄图谱的长度差异不显著。 Abstract：The difference between the length of female- and male-linkage map, which was created with a reference pedigree based on a commercial porcine population and using 163 microsatellite markers as well as 3 type-I markers (RYR1, PRKAG3, PIT1), was statistic analyzed. The results showed that the total length of female linkage map of autosomes is 2625.9 cM and the total length of the male linkage map is 2259.7 cM; the ratio between the total length of the female- and male-linkage maps is 1.16 ：1; except for the chromosomes 1 and 14, the female linkage maps of the other chromosomes are longer than the male linkage maps. The difference between the length of female- and male-linkage maps of chromosomes 1, 3, 5, 6, 7, 8, 10, 11, 12, 13, 14, 16, 17 and 18 is very significant (P<0.01) and the difference of chromosome 9 is significant (P<0.05); but there is no significance on chromosomes 2, 4, 12 and 15.     

利用两个测序水稻品种构建微卫星连锁图谱

利用已完成基因组测序的两个水稻品种日本晴和931l的数据库成功开发出水稻微卫星新标记,并利用由90个单株组成的日本晴×9311 F2作图群体,构建了一张包含152个SSR标记位点、覆盖基因组总长度2 455.7 cM的连锁图谱,有46个SSR新标记为自主开发,该图谱标记间的平均遗传距离为16.16 cM;并将未能在Temnykh等人(2001)构建的图谱上定位的微卫星标记RM345和RM494定位在第6染色体上.通过与Temnykh等人(2001)和兰涛等人(2003)所构建的图谱从作图群体的类型和大小、标记的类型和数量、标记在染色体上的线性排列顺序等几个方面进行比较,所绘制的图谱其标记在染色体线性排列上与Temnykh等人绘制的图谱具有很高的一致性,达93.81%.     

RAPD和SSR两种标记构建的中国对虾遗传连锁图谱

利用RAPD和SSR分子标记结合拟测交策略，对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)“黄海1号”雌虾与野生雄虾作为亲本进行单对杂交产生的F1代，采用RAPD和SSR 两种分子标记技术初步构建了中国对虾雌、雄遗传连锁图谱。对460个RAPD引物和44对SSR引物进行筛选，共选出61个RAPD引物和20对SSR引物，用于对父母本和82个F1个体进行遗传分析。共得到母本分离标记146个(RAPD标记128个，微卫星标记18个)和父本分离标记127个(RAPD标记109个，微卫星标记18个)。雌性图谱包括8个连锁群、9个三联体和14个连锁对，标记间平均间隔为11.28 cM，图谱共覆盖1 173 cM，覆盖率为59.36%；雄性图谱包括10个连锁群、12个三联体和7个连锁对，标记间平均间隔为12.05 cM，图谱共覆盖1 144.6 cM，覆盖率为62.01%。中国对虾遗传图谱的构建为其分子标记辅助育种、比较基因组作图及数量性状位点的定位与克隆奠定了基础。     

RAPD和SSR两种标记构建的中国对虾遗传连锁图谱

利用RAPD和SSR分子标记结合拟测交策略,对中国对虾(Fenneropenaeuschinensis)“黄海1号”雌虾与野生雄虾作为亲本进行单对杂交产生的F1代,采用RAPD和SSR两种分子标记技术初步构建了中国对虾雌、雄遗传连锁图谱。对460个RAPD引物和44对SSR引物进行筛选,共选出61个RAPD引物和20对SSR引物,用于对父母本和82个F1个体进行遗传分析。共得到母本分离标记146个(RAPD标记128个,微卫星标记18个)和父本分离标记127个(RAPD标记109个,微卫星标记18个)。雌性图谱包括8个连锁群、9个三联体和14个连锁对,标记间平均间隔为11·28cM,图谱共覆盖1173cM,覆盖率为59·36%;雄性图谱包括10个连锁群、12个三联体和7个连锁对,标记间平均间隔为12·05cM,图谱共覆盖1144·6cM,覆盖率为62·01%。中国对虾遗传图谱的构建为其分子标记辅助育种、比较基因组作图及数量性状位点的定位与克隆奠定了基础。     

用AFLP标记构建白桦遗传连锁图谱

用AFLP的方法分析中国白桦×欧洲白桦的78个F1个体,并按照拟测交作图策略,建立了中国白桦和欧洲白桦遗传连锁图谱。从群体的45对引物组合中分离出343个分离位点,χ^2检验表明,其中有311个符合1：1拟测交分离位点。在这些位点中168个来自中国白桦,143个来自欧洲白桦。软件分析表日月,中国白桦的168个位点构成9个连锁群,11个三联体和14个连锁对,55个为非连锁位点,连锁标记覆盖的总距离为1909．2cM,平均图距为16．9cM;来自欧洲白桦的143个位点构成12个连锁群,4个三联体和9个连锁对,21个为非连锁位点,连锁标记覆盖的总距离为1857．3cM,平均图距为15．2cM。     

基于SRAP和SSR标记构建的杏扁遗传连锁图谱

以杏扁品种‘龙王帽’授粉‘优一’获得98个F1代单株为作图群体,采用SRAP和SSR标记进行连锁图谱的构建。采用Join Map 4.0软件进行连锁分析,分别构建了‘龙王帽’和‘优一’的分子连锁框架图,共获得132个SRAP标记和17个SSR标记。其中父本遗传图谱涉及8个连锁群,包含53个SRAP标记和9个SSR标记,图谱总长为694.8 cM,标记间平均图距为11.21 cM,平均每个连锁群上有7.75个标记位点,连锁群平均长度为86.85 cM;母本遗传图谱涉及8个连锁群,包含79个SRAP标记和8个SSR标记,图谱总长为924.8 cM,标记间平均图距为10.63 cM,平均每个连锁群上有10.87个标记位点,连锁群平均长度为115.6 cM。