直接从土壤中提取DNA的方法

研究微生物的多样性 ,即微生物的种类和数量的多少是评价土壤质量的重要指标。由于土壤微生物种类繁多 ,数量巨大 ,加上土壤中 99%的种类难以通过传统的平板分离技术来进行培养[1],人们必须借助其他技术来解决。近年发展的非培养技术 ,如ＢＩＯＬＯＧ微量板分析技术[2 ]、细胞壁磷脂酸分析技术[3]和分子生物学方法[4 - 6 ],克服了培养的环节 ,对微生物生态学研究产生极大的推动作用。其中分子生物学是应用最广、最有发展潜力的技术。它的主要步骤是通过直接提取土壤中的ＤＮＡ ,经纯化处理后 ,利用合适的引物扩增 1 6ＳｒＲＮＡ基因 ,通过分…     

从土壤中提取DNA方法比较

设计并比较了3种直接从土壤中提取DNA的方法。试验结果表明:3种方法都可以从土壤中提取到分子量大于23.13 kb的DNA的片段,每克干土DNA的提取量为2.5~31μg,不同方法间在DNA产量、纯度等方面存在较大差异。     

三种土壤微生物总DNA提取方法的比较

本文对3种常用的土壤微生物总DNA提取方法Martin法、高盐改进法及试剂盒法进行了比较,并通过DNA得率、纯度及16S rDNA V3可变区的PCR扩增结合DGGE法(denaturing gradient gel electrophoresis),分别对3种方法进行评价.结果表明,3种方法提取的DNA均能满足土壤微生物多样性分析的要求.其中试剂盒方法操作简单,提取的DNA质量较高,但DNA得率较低且成本昂贵.Martin法和高盐改进法用时较长,DNA得率较高,纯度较低,但对后续PCR扩增和DGGE分析没有明显影响,且成本低廉.     

蝗虫肠道微生物总DNA提取方法的比较

采用Bead beating法和QIAamp DNA stool mini kit法提取蝗虫肠道微生物总DNA,并对2种方法提取DNA的得率、完整性以及16SrRNA基因扩增产物的变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)图谱等进行综合比较。结果表明,Bead beating法提取DNA的得率显著高于QIAamp DNA stool mini kit法(P=0.042),而QIAamp DNA stool mini kit法提取DNA片段更完整。PCR-DGGE检测微生物多样性结果显示,QIAamp DNA stool mini kit法提取DNA所代表的微生物群落多样性略高于Bead beating法,但Mann-Whitley统计学检验表明用2种方法检测蝗虫肠道微生物多样性无显著差异(P=0.17)。因此在蝗虫肠道微生物群落多样性的检测中QIAamp DNA stool mini kit法具一定的优势,而Bead beating法同样适用。     

两种提取肠道微生物总DNA方法的比较

目的比较肠道微生物总DNA两种提取方法的优缺点。方法采用苯酚-氯仿抽提法和试剂盒法提取肠道微生物总DNA,比较其作为模板扩增细菌16S DNA的优缺点。结果两种方法提取的细菌DNA均能用于后续PCR扩增的模板。酚-氯仿抽提法经济可靠,但提取的DNA量及纯度较低试;剂盒法提取方便,操作简单,质量稳定,易标准化,但成本高。结论两种方法各具优缺点,应根据实验室条件和实验要求进行选择。     

茶园土壤微生物总DNA不同提取方法的比较

传统的微生物分离培养方法,在反映茶园土壤微生物基因信息上有很大的局限性,因此,目前逐步被分子生态学的方法替代,而获得高质量、大片段、无偏好的土壤微生物总DNA则是茶园土壤微生物分子生态学研究的基础.本文采用SDS高盐法、变性剂加SDS高盐法、脱腐SDS高盐法、CTAB法和Krsek改进法5种土壤微生物DNA提取方法分别从茶园土壤微生物中提取总DNA,并对5种方法提取的DNA的片段大小、质量和产量进行了综合评价.结果表明,Krsek改进法提取到的DNA片段最大(>23 kb)、纯度最高(OD260/OD280>1.70;OD260/OD230>1.35)、产量较高(>34.50μg/g dry soil)且不需纯化就可以用于PCR扩增和RFLP分析.因此,Krsek改进法是一种高效、可靠且适合于茶园土壤微生物分子生态学研究的DNA提取方法.     

土壤样品中DNA提取方法的比较

对土壤样品中提取DNA方法的有效性进行了比较研究。如果以细胞有效裂解和DNA产率为标准,用冻融进行预处理再结合SDS和溶菌酶的化学裂解方法,是效果最佳的DNA抽提方法,细胞裂解率为82%,DNA产率达20.8μg/g。为了去除PCR抑制物,将DNA样品进一步用柱纯化,回收率为80%。纯化后的DNA样品可用于16SrDNA扩增及其他分子操作。     

沼气池污泥微生物总DNA提取方法的比较

沼气发酵系统是一个复杂的生态系统,其污泥微生物超过99%是不可培养的。为了优化沼气池纤维素的转化效率、沼气的产率和开展污泥微生物多样性研究,本研究采用化学裂解法、溶菌酶裂解法和QIAampDNA Stool Mini Kit提取了沼气池污泥样品中微生物的总DNA,对三种方法的DNA得率、纯度、大片段提取效果以及是否含有PCR反应抑制剂进行了研究,最后对16S rRNA基因V3区的扩增产物进行了PCR变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)分析。与化学裂解法和QIAamp DNA Stool Mini Kit法相比,溶菌酶裂解法得到的DNA量大、片段长、片段分布广、PCR扩增效率高;同时PCR-DGGE图谱显示,溶菌酶裂解法可更好地展示沼气池污泥中微生物的多样性。该结果为进一步提高沼气池中纤维素的转化效率和沼气生产优势菌种的质和量打下了一定的前期基础。     

从土壤中提取DNA用于PCR扩增

设计、比较了5种直接从土壤中提取DNA的方法。实验结果表明这5种方法都可以从土壤中提取到长度大于15kb的DNA片段,但在不同方法间DNA的产量存在很大差异;初提的土壤DNA经进一步提纯后均可用于PCR反应,利用细菌16S rRNA基因和抗菌肽Shiva-1基因的引物都得到了相应的目的产物。其中方法5提取DNA产量最高,无明显降解,且重复性好,是一种从小量土壤样品中直接提取DNA的理想方法。     

从土壤中分离DNA的研究进展

从土壤中分离ＤＮＡ用于各种分析有着重要的意义。本文论述了土壤中存在的生物活笥抑制因子及其对策,讨论了从土壤中分离ＤＮＡ的基本步骤注意的问题,并列举了现任中从土壤中分离ＤＮＡ的简便方法     

四种土壤微生物总DNA的纯化方法的比较

比较了4种从土壤中直接抽提的微生物总DNA的纯化方法,实验结果表明1 %的琼脂糖凝胶电泳纯化方法及葡聚糖凝胶G 2 0 0离心层析纯化方法均不能完全纯化从土壤中抽提的微生物总DNA。若将直接抽提的总DNA先经葡聚糖凝胶G 2 0 0离心层析纯化,再用1 %的琼脂糖凝胶电泳纯化,则能取得较好的纯化效果。含2 %PVP的1 %琼脂糖凝胶电泳纯化,用DNA凝胶回收试剂盒回收后没有得到纯化后的土壤微生物总DNA。     

松科植物基因组总DNA提取方法的比较

目的:研究对比了用不同方法提取红松、樟子松和红皮云杉等3种松科植物叶片基因组DNA的效果,以寻找适合提取松科植物叶片基因组DNA的方法。方法:分别比较了用传统的CTAB法、SDS法以及3种改良的CTAB法提取的上述3种松科植物叶片基因组DNA的电泳、纯度和酶切效果。结果:采用不同方法提取的3种松科植物叶片基因组DNA的质量差异较大。结论:常规CTAB法和SDS法无法提取出高质量松科植物基因组DNA,而改良后的CTAB法的提取效果较好。     

高温环境样品总DNA直接和间接提取方法的比较

分别采用两种环境总DNA直接提取法和一种间接提取法从6种温泉菌席样品中提取总DNA,以DNA粗产物的纯度、能否用于后续PCR扩增及PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)所反映的微生物多样性为评价指标对两类方法进行比较和评价。研究发现,虽然间接提取法效率低下,但对于高温极端环境中生物量较小的样品,间接法能得到有研究价值的、纯度较高的环境样品总DNA,而直接法得到的DNA量小且不适于PCR扩增操作。在使用这2类方法都能得到可用于研究操作的DNA的情况下,间接提取法能更好的体现环境样品中微生物的多样性。     

美花石斛基因组DNA提取方法的比较

采用CTAB法、尿素法、高盐低pH法、SDS法和陈大明法等5种方法提取美花石斛(Dendrobium loddigesii Rolfe)基因组总DNA,通过电泳、紫外光谱分析和RAPD-PCR扩增等检测手段,比较分析了DNA质量。DNA条带显示改良CTAB法和改良尿素法较好。     

红树林土壤总DNA不同提取方法比较研究

获得高浓度、大片段、无偏好的土壤微生物总DNA是土壤微生物分子生态学研究和宏基因组文库构建的基础。本研究采用了5种方法从红树林土壤中提取DNA,并对5种方法提取出的DNA的质量和产量进行比较评价。结果表明,5种方法均可从土壤中提取到DNA,但不同方法提取到DNA的产量和质量存在明显差异。Bio101FastPrep?SPINKit(forSoil)抽提到的DNA得率最高,适合分子生态学研究;SDS-GITC-PEG法提取的DNA纯度最高,所得到的DNA片段较大(>48kb),有利于构建宏基因组文库。     

用于分子生态学研究的土壤微生物DNA提取方法

利用SDS高盐法和变性剂加SDS高盐法对土壤微生物总DNA进行了提取,然后通过电泳加树脂柱回收和连续2次树脂柱回收方法进行了纯化.结果表明,变性剂加SDS高盐法的DNA提取效率明显高于前者,电泳加树脂柱法的纯化效果更好.通过PCR扩增表明,经过纯化后的DNA,都可以进行16SrDNA扩增和nirK、nosZ、nifH等功能基因的扩增.因此,变性剂加SDS高盐法是一种更为高效、可靠且适合于环境微生物分子生态学研究的DNA提取方法.     

鸢尾属药用植物总DNA提取方法的比较研究

以鸢尾属（Iris L．）药用植物鸢尾Iris tectorum Maxim．叶片为材料,分别采用CTAB法、高盐低pH法、SDS法和试剂盒法四种方法提取植物总DNA,并通过琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度计、ISSR和RAPD四种方法对所提取的DNA样品进行检测。结果表明,用SDS—I法提取的植物总DNA纯度、浓度和完整性都很高,从经济角度考虑优于用试剂盒提取,从提取效果考虑不亚于用CTAB法和高盐低pH法提取,是比较适合鸢尾属植物总DNA提取的方法。     

花生总DNA的快速提取与纯化研究

优化了花生总DNA的提取条件。用3.50ml细胞提取液,2.50ml饱和KCl溶液,0．25倍样液体积的酚／氯仿／异戊醇(21：28：1)溶液,0.30倍样液体积的氯仿／异戊醇溶液,0.60倍体积的异丙醇,可从1．0g花生芽中提得4．0mg纯DNA。用该法提取总DNA的产率高,时间短,DNA的纯度高。